FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KE3928, 396 aa 1>>>pF1KE3928 396 - 396 aa - 396 aa Library: human.CCDS.faa 18511270 residues in 32554 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.4922+/-0.00095; mu= 15.7754+/- 0.056 mean_var=65.9016+/-13.283, 0's: 0 Z-trim(105.0): 37 B-trim: 380 in 1/48 Lambda= 0.157989 statistics sampled from 8143 (8177) to 8143 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.633), E-opt: 0.2 (0.251), width: 16 Scan time: 2.780 The best scores are: opt bits E(32554) CCDS72996.1 DENND1B gene_id:163486|Hs108|chr1 ( 396) 2657 614.6 4.9e-176 CCDS35134.1 DENND1A gene_id:57706|Hs108|chr9 ( 559) 1839 428.2 8.9e-120 CCDS35133.1 DENND1A gene_id:57706|Hs108|chr9 (1009) 1839 428.3 1.5e-119 CCDS41452.2 DENND1B gene_id:163486|Hs108|chr1 ( 426) 1693 394.9 7.3e-110 CCDS72997.1 DENND1B gene_id:163486|Hs108|chr1 ( 775) 1609 375.9 7.1e-104 CCDS77225.1 DENND1C gene_id:79958|Hs108|chr19 ( 757) 999 236.8 5e-62 CCDS45938.1 DENND1C gene_id:79958|Hs108|chr19 ( 801) 999 236.8 5.2e-62 CCDS7792.1 ST5 gene_id:6764|Hs108|chr11 ( 717) 374 94.4 3.6e-19 CCDS7791.1 ST5 gene_id:6764|Hs108|chr11 (1137) 374 94.4 5.4e-19 CCDS60219.1 DENND2D gene_id:79961|Hs108|chr1 ( 468) 367 92.7 7.6e-19 CCDS831.1 DENND2D gene_id:79961|Hs108|chr1 ( 471) 367 92.7 7.6e-19 CCDS43659.1 DENND2A gene_id:27147|Hs108|chr7 (1009) 347 88.3 3.5e-17 CCDS875.1 DENND2C gene_id:163259|Hs108|chr1 ( 871) 343 87.3 5.8e-17 CCDS58018.1 DENND2C gene_id:163259|Hs108|chr1 ( 928) 343 87.3 6.1e-17 CCDS6491.3 DENND4C gene_id:55667|Hs108|chr9 (1909) 306 79.0 3.9e-14 CCDS83349.1 DENND4C gene_id:55667|Hs108|chr9 (1958) 306 79.1 4e-14 CCDS58119.1 DENND5A gene_id:23258|Hs108|chr11 (1241) 283 73.7 1e-12 CCDS31423.1 DENND5A gene_id:23258|Hs108|chr11 (1287) 283 73.7 1.1e-12 CCDS44857.1 DENND5B gene_id:160518|Hs108|chr12 (1274) 261 68.7 3.4e-11 CCDS76542.1 DENND5B gene_id:160518|Hs108|chr12 (1309) 261 68.7 3.5e-11 >>CCDS72996.1 DENND1B gene_id:163486|Hs108|chr1 (396 aa) initn: 2657 init1: 2657 opt: 2657 Z-score: 3273.9 bits: 614.6 E(32554): 4.9e-176 Smith-Waterman score: 2657; 99.7% identity (99.7% similar) in 396 aa overlap (1-396:1-396) 10 20 30 40 50 60 pF1KE3 MAAAPREEKRWPQPVFSNPVVLWKFPEDFGDQEILQSVPKFCFPFDVERVSQNQVGQHFT :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS72 MAAAPREEKRWPQPVFSNPVVLWKFPEDFGDQEILQSVPKFCFPFDVERVSQNQVGQHFT 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 pF1KE3 FVLTDIESKQRFGFCRLTSGGTICLCILSYLPWFEVYYKLLNTLADYLAKELENDLNETL :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS72 FVLTDIESKQRFGFCRLTSGGTICLCILSYLPWFEVYYKLLNTLADYLAKELENDLNETL 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 pF1KE3 RSLYNHPVPKANTPVNLSVHSYFIAPDVTGLPTIPESRNLTEYFVAVDVNNMLQLYASML :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS72 RSLYNHPVPKANTPVNLSVHSYFIAPDVTGLPTIPESRNLTEYFVAVDVNNMLQLYASML 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 230 240 pF1KE3 HERRIVIISSKLSTLTACIHGSAALLYPMYWQHIYIPVLPPHLLDYCCAPMPYLIGIHSS :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS72 HERRIVIISSKLSTLTACIHGSAALLYPMYWQHIYIPVLPPHLLDYCCAPMPYLIGIHSS 190 200 210 220 230 240 250 260 270 280 290 300 pF1KE3 LIERVKNKSLEDVVMLNVDTNTLESPFSDLNNLPSDVVSALKNKLKKQSTATGDGVARAF :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS72 LIERVKNKSLEDVVMLNVDTNTLESPFSDLNNLPSDVVSALKNKLKKQSTATGDGVARAF 250 260 270 280 290 300 310 320 330 340 350 360 pF1KE3 LRAQAALFGYYRDALRYKPGEPITFCEESFVKHRSSVMKQFLETAINLQLFKQFIDGRLA ::::::::: :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS72 LRAQAALFGSYRDALRYKPGEPITFCEESFVKHRSSVMKQFLETAINLQLFKQFIDGRLA 310 320 330 340 350 360 370 380 390 pF1KE3 KLNAGRGFSDVFEEEITSGGFCGGKDKLQYDYPFSQ :::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS72 KLNAGRGFSDVFEEEITSGGFCGGKDKLQYDYPFSQ 370 380 390 >>CCDS35134.1 DENND1A gene_id:57706|Hs108|chr9 (559 aa) initn: 1814 init1: 1606 opt: 1839 Z-score: 2263.9 bits: 428.2 E(32554): 8.9e-120 Smith-Waterman score: 1839; 70.6% identity (90.5% similar) in 378 aa overlap (16-392:28-404) 10 20 30 40 pF1KE3 MAAAPREEKRWPQPVFSNPVVLWKFPEDFGDQEILQSVPKFCFPFDVE .:.: : .::::..:::.::.. :::::: :. 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CCDS35 LQLFKQFIDGRLDLLNSGEGFSDVFEEEINMGEY-AGSDKLYHQWLSTVRKGSGAILNTV 370 380 390 400 410 CCDS35 KTKANPAMKTVYKFAKDHAKMGIKEVKNRLKQKDIAENGCAPTPEEQLPKTAPSPLVEAK 420 430 440 450 460 470 >>CCDS41452.2 DENND1B gene_id:163486|Hs108|chr1 (426 aa) initn: 2513 init1: 1693 opt: 1693 Z-score: 2085.9 bits: 394.9 E(32554): 7.3e-110 Smith-Waterman score: 2478; 94.5% identity (94.7% similar) in 399 aa overlap (18-396:28-426) 10 20 30 40 50 pF1KE3 MAAAPREEKRWPQPVFSNPVVLWKFPEDFGDQEILQSVPKFCFPFDVERV .:::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS41 MDCRTKANPDRTFDLVLKVKCHASENEDPVVLWKFPEDFGDQEILQSVPKFCFPFDVERV 10 20 30 40 50 60 60 70 80 90 100 110 pF1KE3 SQNQVGQHFTFVLTDIESKQRFGFCRLTSGGTICLCILSYLPWFEVYYKLLNTLADYLAK :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS41 SQNQVGQHFTFVLTDIESKQRFGFCRLTSGGTICLCILSYLPWFEVYYKLLNTLADYLAK 70 80 90 100 110 120 120 130 140 150 pF1KE3 ELENDLNETLRSLYNHPVPKANTPVNLSV--------------------HSYFIAPDVTG ::::::::::::::::::::::::::::: ::::::::::: CCDS41 ELENDLNETLRSLYNHPVPKANTPVNLSVNQEIFIACEQVLKDQPALVPHSYFIAPDVTG 130 140 150 160 170 180 160 170 180 190 200 210 pF1KE3 LPTIPESRNLTEYFVAVDVNNMLQLYASMLHERRIVIISSKLSTLTACIHGSAALLYPMY :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS41 LPTIPESRNLTEYFVAVDVNNMLQLYASMLHERRIVIISSKLSTLTACIHGSAALLYPMY 190 200 210 220 230 240 220 230 240 250 260 270 pF1KE3 WQHIYIPVLPPHLLDYCCAPMPYLIGIHSSLIERVKNKSLEDVVMLNVDTNTLESPFSDL :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS41 WQHIYIPVLPPHLLDYCCAPMPYLIGIHSSLIERVKNKSLEDVVMLNVDTNTLESPFSDL 250 260 270 280 290 300 280 290 300 310 320 330 pF1KE3 NNLPSDVVSALKNKLKKQSTATGDGVARAFLRAQAALFGYYRDALRYKPGEPITFCEESF ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: :::::::::::::::::::: CCDS41 NNLPSDVVSALKNKLKKQSTATGDGVARAFLRAQAALFGSYRDALRYKPGEPITFCEESF 310 320 330 340 350 360 340 350 360 370 380 390 pF1KE3 VKHRSSVMKQFLETAINLQLFKQFIDGRLAKLNAGRGFSDVFEEEITSGGFCGGKDKLQY :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS41 VKHRSSVMKQFLETAINLQLFKQFIDGRLAKLNAGRGFSDVFEEEITSGGFCGGKDKLQY 370 380 390 400 410 420 pF1KE3 DYPFSQ :::::: CCDS41 DYPFSQ >>CCDS72997.1 DENND1B gene_id:163486|Hs108|chr1 (775 aa) initn: 2453 init1: 1609 opt: 1609 Z-score: 1978.4 bits: 375.9 E(32554): 7.1e-104 Smith-Waterman score: 2394; 93.6% identity (94.4% similar) in 390 aa overlap (18-387:28-417) 10 20 30 40 50 pF1KE3 MAAAPREEKRWPQPVFSNPVVLWKFPEDFGDQEILQSVPKFCFPFDVERV .:::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS72 MDCRTKANPDRTFDLVLKVKCHASENEDPVVLWKFPEDFGDQEILQSVPKFCFPFDVERV 10 20 30 40 50 60 60 70 80 90 100 110 pF1KE3 SQNQVGQHFTFVLTDIESKQRFGFCRLTSGGTICLCILSYLPWFEVYYKLLNTLADYLAK :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS72 SQNQVGQHFTFVLTDIESKQRFGFCRLTSGGTICLCILSYLPWFEVYYKLLNTLADYLAK 70 80 90 100 110 120 120 130 140 150 pF1KE3 ELENDLNETLRSLYNHPVPKANTPVNLSV--------------------HSYFIAPDVTG ::::::::::::::::::::::::::::: ::::::::::: CCDS72 ELENDLNETLRSLYNHPVPKANTPVNLSVNQEIFIACEQVLKDQPALVPHSYFIAPDVTG 130 140 150 160 170 180 160 170 180 190 200 210 pF1KE3 LPTIPESRNLTEYFVAVDVNNMLQLYASMLHERRIVIISSKLSTLTACIHGSAALLYPMY :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS72 LPTIPESRNLTEYFVAVDVNNMLQLYASMLHERRIVIISSKLSTLTACIHGSAALLYPMY 190 200 210 220 230 240 220 230 240 250 260 270 pF1KE3 WQHIYIPVLPPHLLDYCCAPMPYLIGIHSSLIERVKNKSLEDVVMLNVDTNTLESPFSDL :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS72 WQHIYIPVLPPHLLDYCCAPMPYLIGIHSSLIERVKNKSLEDVVMLNVDTNTLESPFSDL 250 260 270 280 290 300 280 290 300 310 320 330 pF1KE3 NNLPSDVVSALKNKLKKQSTATGDGVARAFLRAQAALFGYYRDALRYKPGEPITFCEESF ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: :::::::::::::::::::: CCDS72 NNLPSDVVSALKNKLKKQSTATGDGVARAFLRAQAALFGSYRDALRYKPGEPITFCEESF 310 320 330 340 350 360 340 350 360 370 380 390 pF1KE3 VKHRSSVMKQFLETAINLQLFKQFIDGRLAKLNAGRGFSDVFEEEITSGGFCGGKDKLQY ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::. . CCDS72 VKHRSSVMKQFLETAINLQLFKQFIDGRLAKLNAGRGFSDVFEEEITSGGFCGGNPRSYQ 370 380 390 400 410 420 pF1KE3 DYPFSQ CCDS72 QWVHTVKKGGALFNTAMTKATPAVRTAYKFAKNHAKLGLKEVKSKLKHKENEEDYGTCSS 430 440 450 460 470 480 >>CCDS77225.1 DENND1C gene_id:79958|Hs108|chr19 (757 aa) initn: 1354 init1: 824 opt: 999 Z-score: 1227.1 bits: 236.8 E(32554): 5e-62 Smith-Waterman score: 1338; 54.4% identity (77.5% similar) in 373 aa overlap (35-384:1-373) 10 20 30 40 50 60 pF1KE3 PREEKRWPQPVFSNPVVLWKFPEDFGDQEILQSVPKFCFPFDVERVSQNQVGQHFTFVLT .: :::::::::::: . . :::::.:: CCDS77 MQMVPKFCFPFDVEREPPSPAVQHFTFALT 10 20 30 70 80 90 100 110 120 pF1KE3 DIESKQRFGFCRLTSGGTICLCILSYLPWFEVYYKLLNTLADYLAKELENDLNETLRSLY :. ...::::::: .: ::::::.::::::.::::::..: ::.. .. .: :..:. 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CCDS77 KRAPSYRTLELELLEWQERELFEYFVVVSLKKKPSRNTYLPEVSYQFPKLDRPTKQMREA 680 690 700 710 720 730 40 50 60 70 80 pF1KE3 ---LQSVPKFCFP--FDVERVSQNQVGQHFTFVLTDIESKQRFGFCR--LTSGGTICL-- :...:.:::: : ::. . .. :.:.:: ....:::.:: : :: : CCDS77 EERLKAIPQFCFPDAKDWLPVSEYS-SETFSFMLTGEDGSRRFGYCRRLLPSGKGPRLPE 740 750 760 770 780 790 90 100 110 120 130 140 pF1KE3 --CILSYLPWFEVYYKLLNTLADYLAKELENDL-NETLRSLYNHPVPKANTPVNLSVHSY :..: : : .. :.:. . . . : .:::.. : : . ..... CCDS77 VYCVISRLGCFGLFSKVLDEVERR--RGISAALVYPFMRSLMESPFPAPGKTIKVKTFLP 800 810 820 830 840 850 150 160 170 180 190 pF1KE3 FIAPDVTGLPTIPESR----NLTEYFVAVDVNNMLQLYASMLHERRIVIISSKLSTLTAC . .: : .:: .. :. ..: ......::.: :::......:::::..: CCDS77 GAGNEVLELRRPMDSRLEHVDFECLFTCLSVRQLIRIFASLLLERRVIFVADKLSTLSSC 860 870 880 890 900 910 200 210 220 230 240 250 pF1KE3 IHGSAALLYPMYWQHIYIPVLPPHLLDYCCAPMPYLIGIHSSLIERVKNKSLEDVVMLNV :. .:::::. ::: .::::: ..: : : :.:.:. :: . ..:. .:...:.:. 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CCDS77 KCRAKG---LFEQRVEQYLEELPDTEQSGMNKFLRGLGNKMKFLHKKN 1100 1110 1120 1130 >>CCDS60219.1 DENND2D gene_id:79961|Hs108|chr1 (468 aa) initn: 354 init1: 208 opt: 367 Z-score: 451.8 bits: 92.7 E(32554): 7.6e-19 Smith-Waterman score: 507; 28.5% identity (60.0% similar) in 390 aa overlap (19-376:70-450) 10 20 30 40 pF1KE3 MAAAPREEKRWPQPVFSNPVVLWKFP--EDF--GDQE----ILQSVPK :.. ..:: :.. :.:: .:...: CCDS60 SLPNFAGGQHFFEYLLVVSLKKKRSEDDYEPIITYQFPKRENLLRGQQEEEERLLKAIPL 40 50 60 70 80 90 50 60 70 80 90 pF1KE3 FCFPFDVERVSQNQVGQH-FTFVLTDIESKQRFGFCR--LTSGGTICL----CILSYLPW :::: : .: .. .. :.::::........:.:: : .: : ::.: . 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