FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KE1314, 559 aa 1>>>pF1KE1314 559 - 559 aa - 559 aa Library: human.CCDS.faa 18511270 residues in 32554 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.7944+/-0.00125; mu= 11.1270+/- 0.074 mean_var=116.7865+/-22.002, 0's: 0 Z-trim(104.6): 68 B-trim: 0 in 0/50 Lambda= 0.118680 statistics sampled from 7915 (7975) to 7915 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.605), E-opt: 0.2 (0.245), width: 16 Scan time: 3.220 The best scores are: opt bits E(32554) CCDS3929.1 C9 gene_id:735|Hs108|chr5 ( 559) 3796 661.8 6.1e-190 CCDS606.1 C8A gene_id:731|Hs108|chr1 ( 584) 906 167.0 5.7e-41 CCDS60151.1 C8B gene_id:732|Hs108|chr1 ( 529) 488 95.4 1.9e-19 CCDS60152.1 C8B gene_id:732|Hs108|chr1 ( 539) 488 95.4 1.9e-19 CCDS30730.1 C8B gene_id:732|Hs108|chr1 ( 591) 488 95.4 2e-19 CCDS3936.1 C6 gene_id:729|Hs108|chr5 ( 934) 453 89.6 1.9e-17 CCDS47201.1 C7 gene_id:730|Hs108|chr5 ( 843) 423 84.4 6e-16 >>CCDS3929.1 C9 gene_id:735|Hs108|chr5 (559 aa) initn: 3796 init1: 3796 opt: 3796 Z-score: 3523.5 bits: 661.8 E(32554): 6.1e-190 Smith-Waterman score: 3796; 100.0% identity (100.0% similar) in 559 aa overlap (1-559:1-559) 10 20 30 40 50 60 pF1KE1 MSACRSFAVAICILEISILTAQYTTSYDPELTESSGSASHIDCRMSPWSEWSQCDPCLRQ :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS39 MSACRSFAVAICILEISILTAQYTTSYDPELTESSGSASHIDCRMSPWSEWSQCDPCLRQ 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 pF1KE1 MFRSRSIEVFGQFNGKRCTDAVGDRRQCVPTEPCEDAEDDCGNDFQCSTGRCIKMRLRCN :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS39 MFRSRSIEVFGQFNGKRCTDAVGDRRQCVPTEPCEDAEDDCGNDFQCSTGRCIKMRLRCN 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 pF1KE1 GDNDCGDFSDEDDCESEPRPPCRDRVVEESELARTAGYGINILGMDPLSTPFDNEFYNGL :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS39 GDNDCGDFSDEDDCESEPRPPCRDRVVEESELARTAGYGINILGMDPLSTPFDNEFYNGL 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 230 240 pF1KE1 CNRDRDGNTLTYYRRPWNVASLIYETKGEKNFRTEHYEEQIEAFKSIIQEKTSNFNAAIS :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS39 CNRDRDGNTLTYYRRPWNVASLIYETKGEKNFRTEHYEEQIEAFKSIIQEKTSNFNAAIS 190 200 210 220 230 240 250 260 270 280 290 300 pF1KE1 LKFTPTETNKAEQCCEETASSISLHGKGSFRFSYSKNETYQLFLSYSSKKEKMFLHVKGE :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS39 LKFTPTETNKAEQCCEETASSISLHGKGSFRFSYSKNETYQLFLSYSSKKEKMFLHVKGE 250 260 270 280 290 300 310 320 330 340 350 360 pF1KE1 IHLGRFVMRNRDVVLTTTFVDDIKALPTTYEKGEYFAFLETYGTHYSSSGSLGGLYELIY :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS39 IHLGRFVMRNRDVVLTTTFVDDIKALPTTYEKGEYFAFLETYGTHYSSSGSLGGLYELIY 310 320 330 340 350 360 370 380 390 400 410 420 pF1KE1 VLDKASMKRKGVELKDIKRCLGYHLDVSLAFSEISVGAEFNKDDCVKRGEGRAVNITSEN :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS39 VLDKASMKRKGVELKDIKRCLGYHLDVSLAFSEISVGAEFNKDDCVKRGEGRAVNITSEN 370 380 390 400 410 420 430 440 450 460 470 480 pF1KE1 LIDDVVSLIRGGTRKYAFELKEKLLRGTVIDVTDFVNWASSINDAPVLISQKLSPIYNLV :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS39 LIDDVVSLIRGGTRKYAFELKEKLLRGTVIDVTDFVNWASSINDAPVLISQKLSPIYNLV 430 440 450 460 470 480 490 500 510 520 530 540 pF1KE1 PVKMKNAHLKKQNLERAIEDYINEFSVRKCHTCQNGGTVILMDGKCLCACPFKFEGIACE :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS39 PVKMKNAHLKKQNLERAIEDYINEFSVRKCHTCQNGGTVILMDGKCLCACPFKFEGIACE 490 500 510 520 530 540 550 pF1KE1 ISKQKISEGLPALEFPNEK ::::::::::::::::::: CCDS39 ISKQKISEGLPALEFPNEK 550 >>CCDS606.1 C8A gene_id:731|Hs108|chr1 (584 aa) initn: 695 init1: 327 opt: 906 Z-score: 849.0 bits: 167.0 E(32554): 5.7e-41 Smith-Waterman score: 939; 30.1% identity (60.5% similar) in 569 aa overlap (7-552:2-538) 10 20 30 40 50 pF1KE1 MSACRSFAVAICILEISILTAQYTTSYDPELTES---SGSASHIDCRMSPWSEWSQCDPC :::.. :: :..: : .. . .... ... . . :..: ::::..: :: CCDS60 MFAVVFFIL--SLMTCQPGVTAQEKVNQRVRRAATPAAVTCQLSNWSEWTDCFPC 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 pF1KE1 LRQMFRSRSIEVFGQFNGKRCTDAVGDRRQCVPTEPCEDAEDDCGNDFQCS-TGRCIKMR . .: ::. ..:.: :. . :. .: . : . .::.::::. ::::.: . 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CCDS60 SD-FERNVTEKMAS-KSGFSFGF------KIPGIFELGISSQSDRGKHYIR----RTKRF 180 190 200 210 220 290 300 310 320 330 340 pF1KE1 QLFLSYSSKKEKMFLHVKGEIHLGRFVMRNRDVVLTTTFVDDIKALPTTYEKGEYFAFLE :. ...:::.......... .. :...: :.. .: :: : ::: ... CCDS60 -------SHTKSVFLHARSDLEVAHYKLKPRSLMLHYEFLQRVKRLPLEYSYGEYRDLFR 230 240 250 260 270 350 360 370 380 390 400 pF1KE1 TYGTHYSSSGSLGGLYELIYVLDKASMKRKGVELKDIKRCLGYHLDVSLAFSEISVGAEF .:::: . . :::.:: :..: .:.: :.... : . .. :. :. :. CCDS60 DFGTHYITEAVLGGIYEYTLVMNKEAMERGDYTLNNVHACAKNDFKIGGAIEEVYVSLGV 280 290 300 310 320 330 410 420 430 440 450 pF1KE1 NKDDCVKRG---EGRAVNITSENLIDDVVSLIRGGTRKYAFELKEKLLRGTVIDVTDFVN . : :: : . : .....:.: :.:::. .. : . : . :. . . CCDS60 SVGKC--RGILNEIKDRN-KRDTMVEDLVVLVRGGASEHITTLAYQEL--PTADLMQ--E 340 350 360 370 380 460 470 480 490 500 510 pF1KE1 WASSINDAPVLISQKLSPIYNLVPVK-MKNAHLKKQNLERAIEDYINEFSVRKCHTCQNG :..... :..:. :. :.:.:: . . . .::...:.:.. .: : .: ::.. 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CCDS30 ERPHSFGSNAVNKSFAKSRQMRSVDVTLMPIDCELSSWSSWTTCDPCQKKRYRYAYLLQP 40 50 60 70 80 90 80 90 100 110 120 pF1KE1 GQFNGKRCTDAVGDRRQCVPTEPCEDAEDDCGNDFQCS-TGRCIKMRLRCNGDNDCGDFS .::.:. :. . . ..:: ..:: .. : . : :. ::::.. :: ::::::::: : CCDS30 SQFHGEPCNFSDKEVEDCVTNRPC-GSQVRC-EGFVCAQTGRCVNRRLLCNGDNDCGDQS 100 110 120 130 140 150 130 140 150 160 170 180 pF1KE1 DEDDCESEPRPPCRDRVVEESELARTAGYGINILGMDPLSTPFDNEFYNGLCNRDRDGNT :: .:. . :. .. . .. :. :::.. . . .:...: : :. :: CCDS30 DEANCR-RIYKKCQHEMDQYWGIGSLAS-GINLFTNSFEGPVLDHRYYAGGCSPHYILNT 160 170 180 190 200 190 200 210 220 230 240 pF1KE1 LTYYRRPWNVASLIYETKGEKNFRTEHYEEQIEAFKSIIQEKTSNFNAAISLKFTPTETN .:.:.:: : .:.:. .: ..:: . :. . :: .. ....:. : CCDS30 --RFRKPYNVESYTPQTQGKYEFILKEYESYSD-FERNVTEKMAS-KSGFSFGF------ 210 220 230 240 250 250 260 270 280 290 300 pF1KE1 KAEQCCEETASSISLHGKGSFRFSYSKNETYQLFLSYSSKKEKMFLHVKGEIHLGRFVMR : : :: : .:: .: ... . :. ...:::.......... .. 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CCDS30 VLVRGGASEHITTLAYQEL--PTADLMQ--EWGDAVQYNPAIIKVKVEPLYELVTATDFA 430 440 450 460 470 480 490 500 510 520 530 540 pF1KE1 NAHLKKQNLERAIEDYINEFSVRKCHTCQNGGTVILMDGKCLCACPFKFEGIACEISKQK . .::...:.:.. .: : .: ::..:. .: ..: : :: .:.:::.: .: CCDS30 YSSTVRQNMKQALEEFQKEVSSCHCAPCQGNGVPVLKGSRCDCICPVGSQGLACEVSYRK 490 500 510 520 530 540 550 pF1KE1 ISEGLPALEFPNEK CCDS30 NTPIDGKWNCWSNWSSCSGRRKTRQRQCNNPPPQNGGSPCSGPASETLDCS 550 560 570 580 590 >>CCDS3936.1 C6 gene_id:729|Hs108|chr5 (934 aa) initn: 568 init1: 354 opt: 453 Z-score: 426.9 bits: 89.6 E(32554): 1.9e-17 Smith-Waterman score: 807; 27.4% identity (60.5% similar) in 514 aa overlap (30-540:69-553) 10 20 30 40 50 pF1KE1 MSACRSFAVAICILEISILTAQYTTSYDPELTESSGSASHIDCRMSPWSEWSQCDPCLR : : . . :.: .. .. ::.::::.. 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