FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KE6311, 425 aa 1>>>pF1KE6311 425 - 425 aa - 425 aa Library: human.CCDS.faa 18511270 residues in 32554 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.0646+/-0.000785; mu= 13.6150+/- 0.047 mean_var=76.9265+/-15.218, 0's: 0 Z-trim(108.9): 15 B-trim: 99 in 1/50 Lambda= 0.146230 statistics sampled from 10506 (10517) to 10506 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.693), E-opt: 0.2 (0.323), width: 16 Scan time: 2.090 The best scores are: opt bits E(32554) CCDS11519.1 SCRN2 gene_id:90507|Hs108|chr17 ( 425) 2875 615.8 2.4e-176 CCDS45723.1 SCRN2 gene_id:90507|Hs108|chr17 ( 378) 2528 542.6 2.4e-154 CCDS2258.1 SCRN3 gene_id:79634|Hs108|chr2 ( 424) 1488 323.2 2.9e-88 CCDS5422.1 SCRN1 gene_id:9805|Hs108|chr7 ( 414) 1466 318.6 7.2e-87 CCDS47567.1 SCRN1 gene_id:9805|Hs108|chr7 ( 434) 1466 318.6 7.5e-87 CCDS54420.1 SCRN3 gene_id:79634|Hs108|chr2 ( 417) 1399 304.4 1.3e-82 CCDS47568.1 SCRN1 gene_id:9805|Hs108|chr7 ( 346) 1231 269.0 5.1e-72 >>CCDS11519.1 SCRN2 gene_id:90507|Hs108|chr17 (425 aa) initn: 2875 init1: 2875 opt: 2875 Z-score: 3279.4 bits: 615.8 E(32554): 2.4e-176 Smith-Waterman score: 2875; 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CCDS22 MTSSGRYCEGYKLLNKHKGNITFETMMEILRDKPSGINME-GEFLTTASMVSILPQDSSL 240 250 260 270 280 290 300 310 320 330 340 350 pF1KE6 PCVHFLTATPDPSRSVFKPFIFGVGVAQAPQVLSPTFGAQDPVRTLPRFQTQVDRRHTLY ::.::.:.:::: ::::::::: ..: .. :::: .: :. .:. :::: :: CCDS22 PCIHFFTGTPDPERSVFKPFIFVPHISQLLDTSSPTFELEDLVKKKSHFKP--DRRHPLY 300 310 320 330 340 350 360 370 380 390 400 410 pF1KE6 RGHQAALGLMERDQDRGQQLQQKQQDLEQEGLEATQGLLAGEWAPPLWELGGLFQAFVKR . :: :: ... ...... . .... ::.: .. ...: .. . .. .:: .: CCDS22 QKHQQALEVVNNNEEKAKIMLDNMRKLEKELFREMESILQNKHLD-VEKIVNLFPQCTKD 360 370 380 390 400 420 pF1KE6 ESQAYA : : : CCDS22 EIQIYQSNLSVKVSS 410 420 >>CCDS5422.1 SCRN1 gene_id:9805|Hs108|chr7 (414 aa) initn: 1158 init1: 623 opt: 1466 Z-score: 1673.1 bits: 318.6 E(32554): 7.2e-87 Smith-Waterman score: 1466; 51.9% identity (78.0% similar) in 422 aa overlap (1-420:1-409) 10 20 30 40 50 60 pF1KE6 MASSSPDSPCSCDCFVSVPPASAIPAVIFAKNSDRPRDEVQEVVFVPAGTHTPGSRLQCT ::.. :. :::. :: . :.:.::: ::::::::::. :. : : :...:: CCDS54 MAAAPPSY-----CFVAFPPRAKDGLVVFGKNSARPRDEVQEVVYFSAADHEPESKVECT 10 20 30 40 50 70 80 90 100 110 120 pF1KE6 YIEVEQVSKTHAVILSRPSWLWGAEMGANEHGVCIGNEAVWTREPVGEGEALLGMDLLRL :: ..:: .:.:...:::.::::::::::::::::.:::. ::::..: ::::::::.:: CCDS54 YISIDQVPRTYAIMISRPAWLWGAEMGANEHGVCIANEAINTREPAAEIEALLGMDLVRL 60 70 80 90 100 110 130 140 150 160 170 pF1KE6 ALERSSSAQEALHVITGLLEHYGQGGNCLEDAAP-FSYHSTFLLADRTEAWVLETAGRLW .:::. .:.::: ::..:::..::::: .::: :..:..:..:: ::::::: :. : CCDS54 GLERGETAKEALDVIVSLLEEHGQGGNYFEDANSCHSFQSAYLIVDRDEAWVLETIGKYW 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 230 pF1KE6 AAQRIQEGARNISNQLSIGTDISAQHPELRTHAQAKGWWDGQGAFDFAQIFSLTQQPVRM ::... ::.: : .:::. : ..:.:::::..::..::: :.: :.:...:: ::. CCDS54 AAEKVTEGVRCICSQLSLTTKMDAEHPELRSYAQSQGWWTGEGEFNFSEVFS----PVE- 180 190 200 210 220 230 240 250 260 270 280 290 pF1KE6 EAAKARFQAGRELLRQRQGGITAEVMMGILRDKESGICMDSGGFRTTASMVSVLPQDPTQ . ::.. :.... .::...::. :::: ::.:.:: : :::: ::::::. .. CCDS54 --DHLDCGAGKDSLEKQEESITVQTMMNTLRDKASGVCIDSEFFLTTASGVSVLPQNRSS 240 250 260 270 280 300 310 320 330 340 350 pF1KE6 PCVHFLTATPDPSRSVFKPFIFGVGVAQAPQVLSPTFGAQDPVRTLPRFQTQVDRRHTLY ::.:..:.:::::::.:::::: : .:.. :: :: .::.. :::: . :::: :: CCDS54 PCIHYFTGTPDPSRSIFKPFIFVDDVKLVPKTQSPCFGDDDPAKKEPRFQEKPDRRHELY 290 300 310 320 330 340 360 370 380 390 400 410 pF1KE6 RGHQAALGLMERDQDRGQQLQQKQQDLEQEGLEATQGLL-AGEWAPPLWELGGLFQAFVK ..:. : ...: ::..:..:.. . .::..:::: . .: ..: : :.: :: : CCDS54 KAHEWARAIIESDQEQGRKLRSTMLELEKQGLEAMEEILTSSEPLDPA-EVGDLFYDCVD 350 360 370 380 390 400 420 pF1KE6 RESQAYA : CCDS54 TEIKFFK 410 >>CCDS47567.1 SCRN1 gene_id:9805|Hs108|chr7 (434 aa) initn: 1158 init1: 623 opt: 1466 Z-score: 1672.8 bits: 318.6 E(32554): 7.5e-87 Smith-Waterman score: 1466; 51.9% identity (78.0% similar) in 422 aa overlap (1-420:21-429) 10 20 30 40 pF1KE6 MASSSPDSPCSCDCFVSVPPASAIPAVIFAKNSDRPRDEV ::.. :. :::. :: . :.:.::: :::::: CCDS47 MVQDGTFKTRDSTWTCESTRMAAAPPSY-----CFVAFPPRAKDGLVVFGKNSARPRDEV 10 20 30 40 50 50 60 70 80 90 100 pF1KE6 QEVVFVPAGTHTPGSRLQCTYIEVEQVSKTHAVILSRPSWLWGAEMGANEHGVCIGNEAV ::::. :. : : :...:::: ..:: .:.:...:::.::::::::::::::::.:::. CCDS47 QEVVYFSAADHEPESKVECTYISIDQVPRTYAIMISRPAWLWGAEMGANEHGVCIANEAI 60 70 80 90 100 110 110 120 130 140 150 pF1KE6 WTREPVGEGEALLGMDLLRLALERSSSAQEALHVITGLLEHYGQGGNCLEDAAP-FSYHS ::::..: ::::::::.::.:::. .:.::: ::..:::..::::: .::: :..: CCDS47 NTREPAAEIEALLGMDLVRLGLERGETAKEALDVIVSLLEEHGQGGNYFEDANSCHSFQS 120 130 140 150 160 170 160 170 180 190 200 210 pF1KE6 TFLLADRTEAWVLETAGRLWAAQRIQEGARNISNQLSIGTDISAQHPELRTHAQAKGWWD ..:..:: ::::::: :. :::... ::.: : .:::. : ..:.:::::..::..::: CCDS47 AYLIVDRDEAWVLETIGKYWAAEKVTEGVRCICSQLSLTTKMDAEHPELRSYAQSQGWWT 180 190 200 210 220 230 220 230 240 250 260 270 pF1KE6 GQGAFDFAQIFSLTQQPVRMEAAKARFQAGRELLRQRQGGITAEVMMGILRDKESGICMD :.: :.:...:: ::. . ::.. :.... .::...::. :::: ::.:.: CCDS47 GEGEFNFSEVFS----PVE---DHLDCGAGKDSLEKQEESITVQTMMNTLRDKASGVCID 240 250 260 270 280 280 290 300 310 320 330 pF1KE6 SGGFRTTASMVSVLPQDPTQPCVHFLTATPDPSRSVFKPFIFGVGVAQAPQVLSPTFGAQ : : :::: ::::::. ..::.:..:.:::::::.:::::: : .:.. :: :: . 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