Result of FASTA (omim) for
pFN21AB5978
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB5978, 564 aa
1>>>pF1KB5978 564 - 564 aa - 564 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 10.5620+/-0.000543; mu= -5.6537+/- 0.034
mean_var=362.5729+/-73.406, 0's: 0 Z-trim(117.6): 162 B-trim: 399 in 1/55
Lambda= 0.067356
statistics sampled from 29496 (29670) to 29496 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.675), E-opt: 0.2 (0.348), width: 16
Scan time: 11.960
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_005545 (OMIM: 148041,615726) keratin, type II c ( 564) 3628 367.2 7.7e-101
NP_775109 (OMIM: 612315,615735) keratin, type II c ( 564) 3594 363.9 7.6e-100
NP_005546 (OMIM: 148042,615728) keratin, type II c ( 564) 3592 363.7 8.7e-100
NP_000415 (OMIM: 131760,131800,131900,131960,14804 ( 590) 2776 284.5 6.7e-76
NP_004684 (OMIM: 609025,612318) keratin, type II c ( 551) 2379 245.9 2.6e-64
NP_476429 (OMIM: 122100,148043) keratin, type II c ( 628) 2169 225.5 4e-58
NP_006112 (OMIM: 113800,139350,144200,146590,60096 ( 644) 2089 217.7 8.8e-56
NP_056932 (OMIM: 616671) keratin, type II cytoskel ( 638) 2061 215.0 5.8e-55
NP_002263 (OMIM: 123940,193900) keratin, type II c ( 520) 2041 213.0 1.9e-54
NP_778253 (OMIM: 611158) keratin, type II cytoskel ( 578) 1994 208.5 4.9e-53
NP_787028 (OMIM: 611160) keratin, type II cytoskel ( 535) 1982 207.3 1e-52
NP_000414 (OMIM: 146800,600194) keratin, type II c ( 639) 1974 206.6 2e-52
NP_778238 (OMIM: 608247) keratin, type II cytoskel ( 540) 1871 196.5 1.9e-49
NP_258259 (OMIM: 608245,615896) keratin, type II c ( 523) 1848 194.2 8.5e-49
NP_542785 (OMIM: 608246) keratin, type II cytoskel ( 511) 1836 193.1 1.9e-48
NP_001139697 (OMIM: 608246) keratin, type II cytos ( 511) 1836 193.1 1.9e-48
NP_778223 (OMIM: 194300,608248,613981,614929) kera ( 529) 1804 190.0 1.7e-47
XP_011536637 (OMIM: 602766) PREDICTED: keratin, ty ( 600) 1768 186.5 2.1e-46
NP_149034 (OMIM: 602766) keratin, type II cuticula ( 600) 1768 186.5 2.1e-46
XP_016874325 (OMIM: 608246) PREDICTED: keratin, ty ( 419) 1730 182.7 2.1e-45
XP_016874238 (OMIM: 608245,615896) PREDICTED: kera ( 441) 1728 182.5 2.5e-45
XP_016874323 (OMIM: 608246) PREDICTED: keratin, ty ( 442) 1728 182.5 2.5e-45
NP_005547 (OMIM: 148059) keratin, type II cytoskel ( 469) 1714 181.2 6.6e-45
NP_002264 (OMIM: 148060) keratin, type II cytoskel ( 483) 1714 181.2 6.7e-45
NP_001243222 (OMIM: 148060) keratin, type II cytos ( 483) 1714 181.2 6.7e-45
NP_001243211 (OMIM: 148060) keratin, type II cytos ( 511) 1714 181.2 7e-45
NP_775487 (OMIM: 611159) keratin, type II cytoskel ( 520) 1622 172.3 3.5e-42
XP_011536627 (OMIM: 148059) PREDICTED: keratin, ty ( 445) 1593 169.4 2.2e-41
NP_149022 (OMIM: 601078) keratin, type II cuticula ( 513) 1522 162.5 2.9e-39
XP_016874324 (OMIM: 608246) PREDICTED: keratin, ty ( 439) 1506 160.9 7.6e-39
XP_016874322 (OMIM: 608246) PREDICTED: keratin, ty ( 445) 1506 160.9 7.7e-39
NP_002274 (OMIM: 602032,602767) keratin, type II c ( 507) 1449 155.4 3.9e-37
NP_002272 (OMIM: 158000,602153) keratin, type II c ( 505) 1432 153.8 1.2e-36
NP_001307127 (OMIM: 158000,601928) keratin, type I ( 486) 1392 149.9 1.8e-35
XP_016874785 (OMIM: 158000,601928) PREDICTED: kera ( 486) 1392 149.9 1.8e-35
XP_005268923 (OMIM: 158000,601928) PREDICTED: kera ( 563) 1392 149.9 2e-35
NP_002273 (OMIM: 158000,602765) keratin, type II c ( 493) 1389 149.6 2.2e-35
NP_001287743 (OMIM: 611159) keratin, type II cytos ( 410) 1268 137.8 6.7e-32
XP_011536590 (OMIM: 611158) PREDICTED: keratin, ty ( 345) 1250 135.9 2e-31
NP_001139698 (OMIM: 608246) keratin, type II cytos ( 469) 1207 131.9 4.5e-30
XP_016874783 (OMIM: 148059) PREDICTED: keratin, ty ( 292) 1082 119.6 1.4e-26
XP_011536591 (OMIM: 611158) PREDICTED: keratin, ty ( 322) 1064 117.8 5.2e-26
NP_001074961 (OMIM: 611161) keratin, type II cytos ( 422) 1061 117.7 7.7e-26
NP_872313 (OMIM: 611161) keratin, type II cytoskel ( 452) 1061 117.7 8.1e-26
XP_016874326 (OMIM: 608246) PREDICTED: keratin, ty ( 271) 1055 116.9 8.4e-26
XP_011536559 (OMIM: 608247) PREDICTED: keratin, ty ( 508) 995 111.3 7.5e-24
NP_001287739 (OMIM: 602032,602767) keratin, type I ( 295) 886 100.5 7.9e-21
XP_011536312 (OMIM: 611159) PREDICTED: keratin, ty ( 488) 869 99.1 3.5e-20
NP_003371 (OMIM: 116300,193060) vimentin [Homo sap ( 466) 777 90.1 1.7e-17
XP_006717563 (OMIM: 116300,193060) PREDICTED: vime ( 466) 777 90.1 1.7e-17
>>NP_005545 (OMIM: 148041,615726) keratin, type II cytos (564 aa)
initn: 3628 init1: 3628 opt: 3628 Z-score: 1931.4 bits: 367.2 E(85289): 7.7e-101
Smith-Waterman score: 3628; 100.0% identity (100.0% similar) in 564 aa overlap (1-564:1-564)
10 20 30 40 50 60
pF1KB5 MASTSTTIRSHSSSRRGFSANSARLPGVSRSGFSSVSVSRSRGSGGLGGACGGAGFGSRS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_005 MASTSTTIRSHSSSRRGFSANSARLPGVSRSGFSSVSVSRSRGSGGLGGACGGAGFGSRS
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB5 LYGLGGSKRISIGGGSCAISGGYGSRAGGSYGFGGAGSGFGFGGGAGIGFGLGGGAGLAG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_005 LYGLGGSKRISIGGGSCAISGGYGSRAGGSYGFGGAGSGFGFGGGAGIGFGLGGGAGLAG
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB5 GFGGPGFPVCPPGGIQEVTVNQSLLTPLNLQIDPTIQRVRAEEREQIKTLNNKFASFIDK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_005 GFGGPGFPVCPPGGIQEVTVNQSLLTPLNLQIDPTIQRVRAEEREQIKTLNNKFASFIDK
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB5 VRFLEQQNKVLETKWTLLQEQGTKTVRQNLEPLFEQYINNLRRQLDSIVGERGRLDSELR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_005 VRFLEQQNKVLETKWTLLQEQGTKTVRQNLEPLFEQYINNLRRQLDSIVGERGRLDSELR
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB5 GMQDLVEDFKNKYEDEINKRTAAENEFVTLKKDVDAAYMNKVELQAKADTLTDEINFLRA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_005 GMQDLVEDFKNKYEDEINKRTAAENEFVTLKKDVDAAYMNKVELQAKADTLTDEINFLRA
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB5 LYDAELSQMQTHISDTSVVLSMDNNRNLDLDSIIAEVKAQYEEIAQRSRAEAESWYQTKY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_005 LYDAELSQMQTHISDTSVVLSMDNNRNLDLDSIIAEVKAQYEEIAQRSRAEAESWYQTKY
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_005 EELQVTAGRHGDDLRNTKQEIAEINRMIQRLRSEIDHVKKQCANLQAAIADAEQRGEMAL
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_005 KDAKNKLEGLEDALQKAKQDLARLLKEYQELMNVKLALDVEIATYRKLLEGEECRLNGEG
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490 500 510 520 530 540
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_005 VGQVNISVVQSTVSSGYGGASGVGSGLGLGGGSSYSYGSGLGVGGGFSSSSGRAIGGGLS
490 500 510 520 530 540
550 560
pF1KB5 SVGGGSSTIKYTTTSSSSRKSYKH
::::::::::::::::::::::::
NP_005 SVGGGSSTIKYTTTSSSSRKSYKH
550 560
>>NP_775109 (OMIM: 612315,615735) keratin, type II cytos (564 aa)
initn: 3594 init1: 3594 opt: 3594 Z-score: 1913.5 bits: 363.9 E(85289): 7.6e-100
Smith-Waterman score: 3594; 98.4% identity (100.0% similar) in 564 aa overlap (1-564:1-564)
10 20 30 40 50 60
pF1KB5 MASTSTTIRSHSSSRRGFSANSARLPGVSRSGFSSVSVSRSRGSGGLGGACGGAGFGSRS
:::::::::::::::::::::::::::::::::::.::::::::::::::::::::::::
NP_775 MASTSTTIRSHSSSRRGFSANSARLPGVSRSGFSSISVSRSRGSGGLGGACGGAGFGSRS
10 20 30 40 50 60
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pF1KB5 LYGLGGSKRISIGGGSCAISGGYGSRAGGSYGFGGAGSGFGFGGGAGIGFGLGGGAGLAG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_775 LYGLGGSKRISIGGGSCAISGGYGSRAGGSYGFGGAGSGFGFGGGAGIGFGLGGGAGLAG
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB5 GFGGPGFPVCPPGGIQEVTVNQSLLTPLNLQIDPTIQRVRAEEREQIKTLNNKFASFIDK
::::::::::::::::::::::::::::::::::.:::::::::::::::::::::::::
NP_775 GFGGPGFPVCPPGGIQEVTVNQSLLTPLNLQIDPAIQRVRAEEREQIKTLNNKFASFIDK
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pF1KB5 VRFLEQQNKVLETKWTLLQEQGTKTVRQNLEPLFEQYINNLRRQLDSIVGERGRLDSELR
:::::::::::.::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_775 VRFLEQQNKVLDTKWTLLQEQGTKTVRQNLEPLFEQYINNLRRQLDSIVGERGRLDSELR
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pF1KB5 GMQDLVEDFKNKYEDEINKRTAAENEFVTLKKDVDAAYMNKVELQAKADTLTDEINFLRA
.:::::::.:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_775 NMQDLVEDLKNKYEDEINKRTAAENEFVTLKKDVDAAYMNKVELQAKADTLTDEINFLRA
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pF1KB5 LYDAELSQMQTHISDTSVVLSMDNNRNLDLDSIIAEVKAQYEEIAQRSRAEAESWYQTKY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_775 LYDAELSQMQTHISDTSVVLSMDNNRNLDLDSIIAEVKAQYEEIAQRSRAEAESWYQTKY
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370 380 390 400 410 420
pF1KB5 EELQVTAGRHGDDLRNTKQEIAEINRMIQRLRSEIDHVKKQCANLQAAIADAEQRGEMAL
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.::::::::::::::::
NP_775 EELQVTAGRHGDDLRNTKQEIAEINRMIQRLRSEIDHVKKQCASLQAAIADAEQRGEMAL
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430 440 450 460 470 480
pF1KB5 KDAKNKLEGLEDALQKAKQDLARLLKEYQELMNVKLALDVEIATYRKLLEGEECRLNGEG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_775 KDAKNKLEGLEDALQKAKQDLARLLKEYQELMNVKLALDVEIATYRKLLEGEECRLNGEG
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pF1KB5 VGQVNISVVQSTVSSGYGGASGVGSGLGLGGGSSYSYGSGLGVGGGFSSSSGRAIGGGLS
:::::.::::::.:::::::::::::::::::::::::::::.:::::::::::::::::
NP_775 VGQVNVSVVQSTISSGYGGASGVGSGLGLGGGSSYSYGSGLGIGGGFSSSSGRAIGGGLS
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550 560
pF1KB5 SVGGGSSTIKYTTTSSSSRKSYKH
::::::::::::::::::::::::
NP_775 SVGGGSSTIKYTTTSSSSRKSYKH
550 560
>>NP_005546 (OMIM: 148042,615728) keratin, type II cytos (564 aa)
initn: 3592 init1: 3592 opt: 3592 Z-score: 1912.5 bits: 363.7 E(85289): 8.7e-100
Smith-Waterman score: 3592; 98.6% identity (99.8% similar) in 564 aa overlap (1-564:1-564)
10 20 30 40 50 60
pF1KB5 MASTSTTIRSHSSSRRGFSANSARLPGVSRSGFSSVSVSRSRGSGGLGGACGGAGFGSRS
:::::::::::::::::::::::::::::::::::.::::::::::::::::::::::::
NP_005 MASTSTTIRSHSSSRRGFSANSARLPGVSRSGFSSISVSRSRGSGGLGGACGGAGFGSRS
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pF1KB5 LYGLGGSKRISIGGGSCAISGGYGSRAGGSYGFGGAGSGFGFGGGAGIGFGLGGGAGLAG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_005 LYGLGGSKRISIGGGSCAISGGYGSRAGGSYGFGGAGSGFGFGGGAGIGFGLGGGAGLAG
70 80 90 100 110 120
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pF1KB5 GFGGPGFPVCPPGGIQEVTVNQSLLTPLNLQIDPTIQRVRAEEREQIKTLNNKFASFIDK
::::::::::::::::::::::::::::::::::.:::::::::::::::::::::::::
NP_005 GFGGPGFPVCPPGGIQEVTVNQSLLTPLNLQIDPAIQRVRAEEREQIKTLNNKFASFIDK
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190 200 210 220 230 240
pF1KB5 VRFLEQQNKVLETKWTLLQEQGTKTVRQNLEPLFEQYINNLRRQLDSIVGERGRLDSELR
:::::::::::.::::::::::::::::::::::::::::::::::.:::::::::::::
NP_005 VRFLEQQNKVLDTKWTLLQEQGTKTVRQNLEPLFEQYINNLRRQLDNIVGERGRLDSELR
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB5 GMQDLVEDFKNKYEDEINKRTAAENEFVTLKKDVDAAYMNKVELQAKADTLTDEINFLRA
.:::::::.:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_005 NMQDLVEDLKNKYEDEINKRTAAENEFVTLKKDVDAAYMNKVELQAKADTLTDEINFLRA
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB5 LYDAELSQMQTHISDTSVVLSMDNNRNLDLDSIIAEVKAQYEEIAQRSRAEAESWYQTKY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_005 LYDAELSQMQTHISDTSVVLSMDNNRNLDLDSIIAEVKAQYEEIAQRSRAEAESWYQTKY
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB5 EELQVTAGRHGDDLRNTKQEIAEINRMIQRLRSEIDHVKKQCANLQAAIADAEQRGEMAL
::::.:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_005 EELQITAGRHGDDLRNTKQEIAEINRMIQRLRSEIDHVKKQCANLQAAIADAEQRGEMAL
370 380 390 400 410 420
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pF1KB5 KDAKNKLEGLEDALQKAKQDLARLLKEYQELMNVKLALDVEIATYRKLLEGEECRLNGEG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_005 KDAKNKLEGLEDALQKAKQDLARLLKEYQELMNVKLALDVEIATYRKLLEGEECRLNGEG
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pF1KB5 VGQVNISVVQSTVSSGYGGASGVGSGLGLGGGSSYSYGSGLGVGGGFSSSSGRAIGGGLS
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: :::::
NP_005 VGQVNISVVQSTVSSGYGGASGVGSGLGLGGGSSYSYGSGLGVGGGFSSSSGRATGGGLS
490 500 510 520 530 540
550 560
pF1KB5 SVGGGSSTIKYTTTSSSSRKSYKH
::::::::::::::::::::::::
NP_005 SVGGGSSTIKYTTTSSSSRKSYKH
550 560
>>NP_000415 (OMIM: 131760,131800,131900,131960,148040,17 (590 aa)
initn: 2642 init1: 2491 opt: 2776 Z-score: 1483.7 bits: 284.5 E(85289): 6.7e-76
Smith-Waterman score: 2867; 77.2% identity (90.3% similar) in 588 aa overlap (3-563:2-589)
10 20 30 40 50
pF1KB5 MASTSTTIRSHSSSRRGFSANSARLPGVSRSGFSSVSVSRSRGSGGLG-----GACGGAG
: .... .:.. :.::. :: :.:::..:.::: : . :.::.: :::: .:
NP_000 MSRQSSVSFRSGGSRSFSTASAITPSVSRTSFTSVSRSGGGGGGGFGRVSLAGACGVGG
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KB5 FGSRSLYGLGGSKRISIGGGSCAISGGYGSRAGGSYGFGG-AGSGFGFGGGAGIGFGLGG
.::::::.:::::::::. .. .. . .:. :::.::::: :::::::::::: ::::::
NP_000 YGSRSLYNLGGSKRISISTSGGSFRNRFGAGAGGGYGFGGGAGSGFGFGGGAGGGFGLGG
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KB5 GAGLAGGFGGPGFPVCPPGGIQEVTVNQSLLTPLNLQIDPTIQRVRAEEREQIKTLNNKF
:::..:::::::::::::::::::::::::::::::::::.:::::.:::::::::::::
NP_000 GAGFGGGFGGPGFPVCPPGGIQEVTVNQSLLTPLNLQIDPSIQRVRTEEREQIKTLNNKF
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KB5 ASFIDKVRFLEQQNKVLETKWTLLQEQGTKTVRQNLEPLFEQYINNLRRQLDSIVGERGR
:::::::::::::::::.::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 ASFIDKVRFLEQQNKVLDTKWTLLQEQGTKTVRQNLEPLFEQYINNLRRQLDSIVGERGR
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KB5 LDSELRGMQDLVEDFKNKYEDEINKRTAAENEFVTLKKDVDAAYMNKVELQAKADTLTDE
::::::.::::::::::::::::::::.:::::: :::::::::::::::.::.:.: ::
NP_000 LDSELRNMQDLVEDFKNKYEDEINKRTTAENEFVMLKKDVDAAYMNKVELEAKVDALMDE
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KB5 INFLRALYDAELSQMQTHISDTSVVLSMDNNRNLDLDSIIAEVKAQYEEIAQRSRAEAES
:::.. ..::::::::::.::::::::::::::::::::::::::::::::.:::.::::
NP_000 INFMKMFFDAELSQMQTHVSDTSVVLSMDNNRNLDLDSIIAEVKAQYEEIANRSRTEAES
300 310 320 330 340 350
360 370 380 390 400 410
pF1KB5 WYQTKYEELQVTAGRHGDDLRNTKQEIAEINRMIQRLRSEIDHVKKQCANLQAAIADAEQ
:::::::::: :::::::::::::.::.:.::::::::.:::.::::::::: :::::::
NP_000 WYQTKYEELQQTAGRHGDDLRNTKHEISEMNRMIQRLRAEIDNVKKQCANLQNAIADAEQ
360 370 380 390 400 410
420 430 440 450 460 470
pF1KB5 RGEMALKDAKNKLEGLEDALQKAKQDLARLLKEYQELMNVKLALDVEIATYRKLLEGEEC
:::.:::::.::: ::.::::::::.::::.:::::::.::::::::::::::::::::
NP_000 RGELALKDARNKLAELEEALQKAKQDMARLLREYQELMNTKLALDVEIATYRKLLEGEEC
420 430 440 450 460 470
480 490 500 510
pF1KB5 RLNGEGVGQVNISVVQSTVSSGYGGASGVGSGLG----------LGGGSSYSY-------
::.::::: :::::: :.::::::..:: :.::: :.:::: ::
NP_000 RLSGEGVGPVNISVVTSSVSSGYGSGSGYGGGLGGGLGGGLGGGLAGGSSGSYYSSSSGG
480 490 500 510 520 530
520 530 540 550 560
pF1KB5 ---GSGLGVGG-GFSSSSGRAIGGGLSSVGGGSSTIKYTTTSSSSRKSYKH
:.::.::: :::.::::..: :..: ::.::..:...:.::::::.:
NP_000 VGLGGGLSVGGSGFSASSGRGLGVGFGSGGGSSSSVKFVSTTSSSRKSFKS
540 550 560 570 580 590
>>NP_004684 (OMIM: 609025,612318) keratin, type II cytos (551 aa)
initn: 2534 init1: 2121 opt: 2379 Z-score: 1275.6 bits: 245.9 E(85289): 2.6e-64
Smith-Waterman score: 2577; 72.3% identity (89.5% similar) in 573 aa overlap (3-564:2-551)
10 20 30 40 50
pF1KB5 MASTSTTIRSHSSSRRGFSANSARLPGVSRSGFSSVSVSRSR-GSGGLGG-ACGGAGFGS
: ...: .:.::::::..:: :...:: ::::::.:: :::::: . .::.:::
NP_004 MSRQSSITFQSGSRRGFSTTSAITPAAGRSRFSSVSVARSAAGSGGLGRISSAGASFGS
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KB5 RSLYGLGGSKRISIGGGSCAISGGYGSRAGGSYGFGGAGSGFGFGGGAGIGFGLGGGAGL
::::.:::.::.::.: . . .:.:.::.. .: ..::::.:::.:
NP_004 RSLYNLGGAKRVSINGCGSSCRSGFGGRASNRFG---VNSGFGYGGGVG-----------
60 70 80 90 100
120 130 140 150 160 170
pF1KB5 AGGFGGPGFPVCPPGGIQEVTVNQSLLTPLNLQIDPTIQRVRAEEREQIKTLNNKFASFI
:::.::.::::::::::::::::::::::.:::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 -GGFSGPSFPVCPPGGIQEVTVNQSLLTPLHLQIDPTIQRVRAEEREQIKTLNNKFASFI
110 120 130 140 150 160
180 190 200 210 220 230
pF1KB5 DKVRFLEQQNKVLETKWTLLQEQGTKTVRQNLEPLFEQYINNLRRQLDSIVGERGRLDSE
:::::::::::::::::.::::::..::::::::::..: ..:::::.::. :::::..:
NP_004 DKVRFLEQQNKVLETKWALLQEQGSRTVRQNLEPLFDSYTSELRRQLESITTERGRLEAE
170 180 190 200 210 220
240 250 260 270 280 290
pF1KB5 LRGMQDLVEDFKNKYEDEINKRTAAENEFVTLKKDVDAAYMNKVELQAKADTLTDEINFL
::.:::.::::: .::::::::::::::::.:::::::::::::::.::. .: .::::.
NP_004 LRNMQDVVEDFKVRYEDEINKRTAAENEFVALKKDVDAAYMNKVELEAKVKSLPEEINFI
230 240 250 260 270 280
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pF1KB5 RALYDAELSQMQTHISDTSVVLSMDNNRNLDLDSIIAEVKAQYEEIAQRSRAEAESWYQT
....::::::.::...::::::::::::::::::::::::::::.::.::::::::::::
NP_004 HSVFDAELSQLQTQVGDTSVVLSMDNNRNLDLDSIIAEVKAQYEDIANRSRAEAESWYQT
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pF1KB5 KYEELQVTAGRHGDDLRNTKQEIAEINRMIQRLRSEIDHVKKQCANLQAAIADAEQRGEM
:::::::::::::::::::::::.:.::::::::.::: :::::..::.::::::::::.
NP_004 KYEELQVTAGRHGDDLRNTKQEISEMNRMIQRLRAEIDSVKKQCSSLQTAIADAEQRGEL
350 360 370 380 390 400
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pF1KB5 ALKDAKNKLEGLEDALQKAKQDLARLLKEYQELMNVKLALDVEIATYRKLLEGEECRLNG
:::::. :: ::.::::::::.::::.:::::::.::::::::::::::::::::::.:
NP_004 ALKDARAKLVDLEEALQKAKQDMARLLREYQELMNIKLALDVEIATYRKLLEGEECRLSG
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pF1KB5 EGVGQVNISVVQSTVSSGYGGASGVGSG-LGLGGGSSYSY--------GSGLGVGGGFSS
:::. :::::: ::.:::::..:..:.: :::::::.::. :.::: :.:::.
NP_004 EGVSPVNISVVTSTLSSGYGSGSSIGGGNLGLGGGSGYSFTTSGGHSLGAGLG-GSGFSA
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pF1KB5 SSGRAIGGGLSSVGGGSSTIKYTTTSSSSRKSYKH
.:.: :: ::..:..:...:.:::.::: :
NP_004 TSNR----GL---GGSGSSVKFVSTTSSSQKSYTH
530 540 550
>>NP_476429 (OMIM: 122100,148043) keratin, type II cytos (628 aa)
initn: 2038 init1: 1559 opt: 2169 Z-score: 1164.6 bits: 225.5 E(85289): 4e-58
Smith-Waterman score: 2249; 63.9% identity (80.5% similar) in 606 aa overlap (9-560:7-610)
10 20 30 40 50 60
pF1KB5 MASTSTTIRSHSSSRRGFSANSARLPGVSRSGFSSVSVSRSRGSGGLGGACGGAGFGSRS
.. ... .:::. :: . : :: .: :. : . :.:. : :..::::::
NP_476 MSRQASKTSGGGSQGFSGRSAVVSGSSR--MSCVAHSGGAGGGAYGFRSGAGGFGSRS
10 20 30 40 50
70 80 90
pF1KB5 LYGLGGSKRISI------------GGG--SCAISGGYGSRAGGSYG--FGGA-------G
::.:::.: ::: ::: :::..::::. :..:: :::. :
NP_476 LYNLGGNKSISISVAAGGSRAGGFGGGRSSCAFAGGYGGGFGSGYGGGFGGGFGGGRGMG
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100 110 120 130 140
pF1KB5 SGFG----FGGGAGIG----FGLGGGAGLAGGFGGPGFPVCP--------PGGIQEVTVN
.::: :::..:.: :: :: : .::::::: : ::::::::.:
NP_476 GGFGGAGGFGGAGGFGGAGGFGGPGGFGGSGGFGGPGSLGSPGGFGPGGFPGGIQEVTIN
120 130 140 150 160 170
150 160 170 180 190 200
pF1KB5 QSLLTPLNLQIDPTIQRVRAEEREQIKTLNNKFASFIDKVRFLEQQNKVLETKWTLLQEQ
:::: :::..::: : .:.:.:::::::::::::::::::::::::::::::::.:::.:
NP_476 QSLLQPLNVEIDPQIGQVKAQEREQIKTLNNKFASFIDKVRFLEQQNKVLETKWNLLQQQ
180 190 200 210 220 230
210 220 230 240 250
pF1KB5 GTKTVR--QNLEPLFEQYINNLRRQLDSIVGERGRLDSELRGMQDLVEDFKNKYEDEINK
::... .:::::::..:: :: ::.:.::::::::::..:.:::::::.::::::::
NP_476 GTSSISGTNNLEPLFENHINYLRSYLDNILGERGRLDSELKNMEDLVEDFKKKYEDEINK
240 250 260 270 280 290
260 270 280 290 300 310
pF1KB5 RTAAENEFVTLKKDVDAAYMNKVELQAKADTLTDEINFLRALYDAELSQMQTHISDTSVV
::::::::::::::::.:::::::::::.:.: :::.:::.::::::::::.::::::::
NP_476 RTAAENEFVTLKKDVDSAYMNKVELQAKVDALIDEIDFLRTLYDAELSQMQSHISDTSVV
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320 330 340 350 360 370
pF1KB5 LSMDNNRNLDLDSIIAEVKAQYEEIAQRSRAEAESWYQTKYEELQVTAGRHGDDLRNTKQ
:::::::.::::::::::.::::.:::::.::::. :::: :::.:::::::::::::.
NP_476 LSMDNNRSLDLDSIIAEVRAQYEDIAQRSKAEAEALYQTKLGELQTTAGRHGDDLRNTKS
360 370 380 390 400 410
380 390 400 410 420 430
pF1KB5 EIAEINRMIQRLRSEIDHVKKQCANLQAAIADAEQRGEMALKDAKNKLEGLEDALQKAKQ
:: :.::::::::.::. :::: ::::.:::.:::.::::::::. ::. :. :::.::.
NP_476 EIIELNRMIQRLRAEIEGVKKQNANLQTAIAEAEQHGEMALKDANAKLQELQAALQQAKD
420 430 440 450 460 470
440 450 460 470 480 490
pF1KB5 DLARLLKEYQELMNVKLALDVEIATYRKLLEGEECRLNGEGVGQVNISVVQSTVSS----
::::::..:::::::::::::::::::::::::: :..:: . :.::::.:...:
NP_476 DLARLLRDYQELMNVKLALDVEIATYRKLLEGEEYRMSGECPSAVSISVVSSSTTSASAG
480 490 500 510 520 530
500 510 520 530 540
pF1KB5 GYGGASGVGSGLGLGGG--------SSYSYGSGLGVGGGFSS-SSGRAIGGGLSSVGGGS
::::. : : : ::::: :... :.: :.::::.. ::: . :.:..:..:.
NP_476 GYGGGYGGGMGGGLGGGFSAGGGSGSGFGRGGGGGIGGGFGGGSSGFSGGSGFGSISGAR
540 550 560 570 580 590
550 560
pF1KB5 STIKYTTTSSSSRKSYKH
.. ::.: .
NP_476 YGVSGGGFSSASNRGGSIKFSQSSQSSQRYSR
600 610 620
>>NP_006112 (OMIM: 113800,139350,144200,146590,600962,60 (644 aa)
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Smith-Waterman score: 2197; 62.6% identity (82.0% similar) in 589 aa overlap (3-563:2-588)
10 20 30 40 50
pF1KB5 MASTSTTIRSHSSSRRGFSANSARLPGVSRSGFSSVSVSRSRGSGGLGGACGGAG-----
: . . :: : :::..:: . . .: :: :. :: :.:: ..:::.:
NP_006 MSRQFSSRSGYRSGGGFSSGSAGIINYQRRTTSS-STRRSGGGGGRFSSCGGGGGSFGA
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100
pF1KB5 ---FGSRSLYGLGGSKRISI----GGG-SCAISGGYGSRAGGSYGFGGAG-SGFGFGGGA
:::::: .::::: ::: ::: . ...::::. . :. ::::.: .: :.:::.
NP_006 GGGFGSRSLVNLGGSKSISISVARGGGRGSGFGGGYGGGGFGGGGFGGGGFGGGGIGGGG
60 70 80 90 100 110
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pF1KB5 GIGFGLGGGAGLAGGFGGPGF-----PVCPPGGIQEVTVNQSLLTPLNLQIDPTIQRVRA
::: :::. .::::: :. ::::::::::::.::::: :::..::: ::.:..
NP_006 FGGFGSGGGGFGGGGFGGGGYGGGYGPVCPPGGIQEVTINQSLLQPLNVEIDPEIQKVKS
120 130 140 150 160 170
170 180 190 200 210 220
pF1KB5 EEREQIKTLNNKFASFIDKVRFLEQQNKVLETKWTLLQEQGTKTVRQNLEPLFEQYINNL
.::::::.:::.:::::::::::::::.::.::: :::. :.: .:::: ::..::::
NP_006 REREQIKSLNNQFASFIDKVRFLEQQNQVLQTKWELLQQVDTSTRTHNLEPYFESFINNL
180 190 200 210 220 230
230 240 250 260 270 280
pF1KB5 RRQLDSIVGERGRLDSELRGMQDLVEDFKNKYEDEINKRTAAENEFVTLKKDVDAAYMNK
::..:.. ....::::::..:::.:::..::::::::::: :::::::.:::::.:::.:
NP_006 RRRVDQLKSDQSRLDSELKNMQDMVEDYRNKYEDEINKRTNAENEFVTIKKDVDGAYMTK
240 250 260 270 280 290
290 300 310 320 330 340
pF1KB5 VELQAKADTLTDEINFLRALYDAELSQMQTHISDTSVVLSMDNNRNLDLDSIIAEVKAQY
:.:::: :.: .::.:: :::.::::::::.::.:.:.:::::::.::::::::::::::
NP_006 VDLQAKLDNLQQEIDFLTALYQAELSQMQTQISETNVILSMDNNRSLDLDSIIAEVKAQY
300 310 320 330 340 350
350 360 370 380 390 400
pF1KB5 EEIAQRSRAEAESWYQTKYEELQVTAGRHGDDLRNTKQEIAEINRMIQRLRSEIDHVKKQ
:.:::.:.::::: ::.::::::.:::::::..::.: ::.:.::.:::::::::.::::
NP_006 EDIAQKSKAEAESLYQSKYEELQITAGRHGDSVRNSKIEISELNRVIQRLRSEIDNVKKQ
360 370 380 390 400 410
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pF1KB5 CANLQAAIADAEQRGEMALKDAKNKLEGLEDALQKAKQDLARLLKEYQELMNVKLALDVE
.::: .:.::::::: :::::::::. ::::::.::.::::::..::::::.:::::.:
NP_006 ISNLQQSISDAEQRGENALKDAKNKLNDLEDALQQAKEDLARLLRDYQELMNTKLALDLE
420 430 440 450 460 470
470 480 490 500 510
pF1KB5 IATYRKLLEGEECRLNGEGVGQVNISVVQSTVSSGYGGASGVGSGLGLG-GGSSY-----
::::: :::::: :..:: . .:..:: : .. . ::. : :.: : : :::::
NP_006 IATYRTLLEGEESRMSGECAPNVSVSVSTSHTTISGGGSRG-GGGGGYGSGGSSYGSGGG
480 490 500 510 520 530
520 530 540 550 560
pF1KB5 SYGSGLGVGGGFSS--SSGRAIGGGLSSVG-GGSSTIKYTTTSSSSRKSYKH
::::: : ::: .: :.: . :.: .: : ::.. . . :.:: .:.
NP_006 SYGSGGGGGGGRGSYGSGGSSYGSGGGSYGSGGGGGGHGSYGSGSSSGGYRGGSGGGGGG
540 550 560 570 580 590
NP_006 SSGGRGSGGGSSGGSIGGRGSSSGGVKSSGGSSSVKFVSTTYSGVTR
600 610 620 630 640
>>NP_056932 (OMIM: 616671) keratin, type II cytoskeletal (638 aa)
initn: 2108 init1: 1855 opt: 2061 Z-score: 1107.8 bits: 215.0 E(85289): 5.8e-55
Smith-Waterman score: 2219; 66.4% identity (80.8% similar) in 590 aa overlap (9-559:8-584)
10 20 30 40 50
pF1KB5 MASTSTTIRSHSSSRRGFSANSARLPGVSRSGFSSVSVSRSRGSGGLGGACG---GAG-F
.: :. .:::. :: . : :: . :.:: :.:: :::: ::: :
NP_056 MNRQVCKKSFSGRSQGFSGRSAVVSGSSRMS----CVARSGGAGG--GACGFRSGAGSF
10 20 30 40 50
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pF1KB5 GSRSLYGLGGSKRISI------------GGG--SCAISGGYGSRAGGSYG--FGGA-GSG
::::::.::..: ::: ::: ::...::::. ::::: :::. : :
NP_056 GSRSLYNLGSNKSISISVAAGSSRAGGFGGGRSSCGFAGGYGGGFGGSYGGGFGGGRGVG
60 70 80 90 100 110
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pF1KB5 FGFGGGAGIGFGLGG--GAGLAGG---FGGPG-F-PVCPPGGIQEVTVNQSLLTPLNLQI
::::..:.: : :: : :. :: ::::: : : ::::::: :::::: :::..:
NP_056 SGFGGAGGFG-GAGGFGGPGVFGGPGSFGGPGGFGPGGFPGGIQEVIVNQSLLQPLNVEI
120 130 140 150 160 170
160 170 180 190 200 210
pF1KB5 DPTIQRVRAEEREQIKTLNNKFASFIDKVRFLEQQNKVLETKWTLLQEQGTKTVRQNLEP
:: : .:.:.::::::::::::::::::::::::::::::::: :::.: : . ..:::
NP_056 DPQIGQVKAQEREQIKTLNNKFASFIDKVRFLEQQNKVLETKWELLQQQTTGSGPSSLEP
180 190 200 210 220 230
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pF1KB5 LFEQYINNLRRQLDSIVGERGRLDSELRGMQDLVEDFKNKYEDEINKRTAAENEFVTLKK
::.::. : .::::..:::: :..::..:::::::::.::::::::::::::::: :::
NP_056 CFESYISFLCKQLDSLLGERGNLEGELKSMQDLVEDFKKKYEDEINKRTAAENEFVGLKK
240 250 260 270 280 290
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pF1KB5 DVDAAYMNKVELQAKADTLTDEINFLRALYDAELSQMQTHISDTSVVLSMDNNRNLDLDS
:::::.:::::::::.:.::::..:::.::. ::::::.: ::::::::::::: ::: :
NP_056 DVDAAFMNKVELQAKVDSLTDEVSFLRTLYEMELSQMQSHASDTSVVLSMDNNRCLDLGS
300 310 320 330 340 350
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pF1KB5 IIAEVKAQYEEIAQRSRAEAESWYQTKYEELQVTAGRHGDDLRNTKQEIAEINRMIQRLR
:::::.::::::::::..:::. :::: :::.:::::::::::::.:: :.::::::::
NP_056 IIAEVRAQYEEIAQRSKSEAEALYQTKLGELQTTAGRHGDDLRNTKSEIMELNRMIQRLR
360 370 380 390 400 410
400 410 420 430 440 450
pF1KB5 SEIDHVKKQCANLQAAIADAEQRGEMALKDAKNKLEGLEDALQKAKQDLARLLKEYQELM
.::..:::: ::::.:::.::::::::::::. ::. :. ::::::.::::::..:::::
NP_056 AEIENVKKQNANLQTAIAEAEQRGEMALKDANAKLQDLQTALQKAKDDLARLLRDYQELM
420 430 440 450 460 470
460 470 480 490 500
pF1KB5 NVKLALDVEIATYRKLLEGEECRLNGEGVGQVNISVVQSTVS-SG--------YGGASGV
:::::::::::::::::::::::..:: . : ::::....: :: .::.::
NP_056 NVKLALDVEIATYRKLLEGEECRMSGECQSAVCISVVSNVTSTSGSSGSSRGVFGGVSGS
480 490 500 510 520 530
510 520 530 540 550 560
pF1KB5 GSGLGLGGGSSYSYGSGLGVGGGFSSSSGRAIGGGLSS--VGGGSSTIKYTTTSSSSRKS
::: : :::: : .:: ::.:: :.:: ::.:: .:: .:. .: ..::.::
NP_056 GSG-GYKGGSSSSSSSGYGVSGG--SGSGY---GGVSSGSTGGRGSSGSYQSSSSGSRLG
540 550 560 570 580
pF1KB5 YKH
NP_056 GAGSISVSHSGMGSSSGSIQTSGGSGYKSGGGGSTSIRFSQTTSSSQHSSTK
590 600 610 620 630
>>NP_002263 (OMIM: 123940,193900) keratin, type II cytos (520 aa)
initn: 2085 init1: 1875 opt: 2041 Z-score: 1098.4 bits: 213.0 E(85289): 1.9e-54
Smith-Waterman score: 2132; 67.2% identity (85.6% similar) in 521 aa overlap (16-535:13-510)
10 20 30 40 50 60
pF1KB5 MASTSTTIRSHSSSRRGFSANSARLPGVSRSGFSSVSVSRSRGSGGLGGACGGAGFGSRS
:::: .:: . : .:..:::::.: :: .: :...::::::
NP_002 MIARQQCVRGGPRGFSCGSAIVGGGKRGAFSSVSMS-----GG-AGRCSSGGFGSRS
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KB5 LYGLGGSKRISIGGGSCAISGGYGSRAGGSYGFGGAGSGFGFGGGAGIGFGLGGGAGLAG
::.: :.: ::. : : ::: :. ::::: ::: : ::: :: .: .
NP_002 LYNLRGNKSISM---SVA-----GSRQGAC--FGGAG---GFGTG---GFG-GGFGGSFS
60 70 80 90
130 140 150 160 170 180
pF1KB5 GFGGPGFPVCPPGGIQEVTVNQSLLTPLNLQIDPTIQRVRAEEREQIKTLNNKFASFIDK
: ::::::::: :::::::.::::::::...::: ::.::.::::::: :::::::::::
NP_002 GKGGPGFPVCPAGGIQEVTINQSLLTPLHVEIDPEIQKVRTEEREQIKLLNNKFASFIDK
100 110 120 130 140 150
190 200 210 220 230 240
pF1KB5 VRFLEQQNKVLETKWTLLQEQGTKTVRQNLEPLFEQYINNLRRQLDSIVGERGRLDSELR
:.:::::::::::::.:::.: : : .::::::: :.. ::.:::.. ...:::.:::.
NP_002 VQFLEQQNKVLETKWNLLQQQTTTTSSKNLEPLFETYLSVLRKQLDTLGNDKGRLQSELK
160 170 180 190 200 210
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NP_002 QSAVSISVVSGSTSTGGISGGLGSGSGFGLSSGFGSGSGSGFGFGGSVSGSSSSKIISTT
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pF1KB5 SSVGGGSSTIKYTTTSSSSRKSYKH
NP_002 TLNKRR
520
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pF1KB5 MASTSTTIRSHSSSRRGFSANSARLPGVSRSGFSSVSVSRSRGSGGLGGACGGAGFGSR
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NP_778 SLYNLGGSRSISINLMGRSTSGF--CQGGGVGGFGG-GRGFGVGSTGAG-GFG-GGGFGG
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NP_778 AGFGTSNFGLGGFGPYCPPGGIQEVTINQSLLEPLHLEVDPEIQRIKTQEREQIMVLNNK
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NP_778 FASFIDKVRFLEQQNQVLQTKWELLQQVNTSTGTNNLEPLLENYIGDLRRQVDLLSAEQM
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NP_778 ALYQTKYQELQITAGRHGDDLKNSKMEIAELNRTVQRLQAEISNVKKQIEQMQSLISDAE
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NP_778 SRMSGELQSHVSISVQNSQVSVNGGAGGGGSYGSG-GYGGGSGGGYGGGRSYRGG--GAR
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NP_778 GRSGGGYGSGCGGGGGS--YGGSGRSGRGSSRVQIIQTSTNTSHRRILE
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564 residues in 1 query sequences
60827320 residues in 85289 library sequences
Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
start: Sat Nov 5 10:06:19 2016 done: Sat Nov 5 10:06:21 2016
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]