FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KE2162, 283 aa 1>>>pF1KE2162 283 - 283 aa - 283 aa Library: human.CCDS.faa 18511270 residues in 32554 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.4272+/-0.00107; mu= 13.1809+/- 0.064 mean_var=51.1201+/-10.073, 0's: 0 Z-trim(100.6): 33 B-trim: 0 in 0/48 Lambda= 0.179382 statistics sampled from 6175 (6186) to 6175 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.559), E-opt: 0.2 (0.19), width: 16 Scan time: 1.690 The best scores are: opt bits E(32554) CCDS4168.1 VDAC1 gene_id:7416|Hs108|chr5 ( 283) 1843 485.1 2.4e-137 CCDS7348.1 VDAC2 gene_id:7417|Hs108|chr10 ( 294) 1484 392.2 2.3e-109 CCDS53544.1 VDAC2 gene_id:7417|Hs108|chr10 ( 309) 1484 392.2 2.4e-109 CCDS6131.1 VDAC3 gene_id:7419|Hs108|chr8 ( 283) 1318 349.3 1.9e-96 CCDS47850.1 VDAC3 gene_id:7419|Hs108|chr8 ( 284) 1308 346.7 1.1e-95 >>CCDS4168.1 VDAC1 gene_id:7416|Hs108|chr5 (283 aa) initn: 1843 init1: 1843 opt: 1843 Z-score: 2579.3 bits: 485.1 E(32554): 2.4e-137 Smith-Waterman score: 1843; 100.0% identity (100.0% similar) in 283 aa overlap (1-283:1-283) 10 20 30 40 50 60 pF1KE2 MAVPPTYADLGKSARDVFTKGYGFGLIKLDLKTKSENGLEFTSSGSANTETTKVTGSLET :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS41 MAVPPTYADLGKSARDVFTKGYGFGLIKLDLKTKSENGLEFTSSGSANTETTKVTGSLET 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 pF1KE2 KYRWTEYGLTFTEKWNTDNTLGTEITVEDQLARGLKLTFDSSFSPNTGKKNAKIKTGYKR :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS41 KYRWTEYGLTFTEKWNTDNTLGTEITVEDQLARGLKLTFDSSFSPNTGKKNAKIKTGYKR 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 pF1KE2 EHINLGCDMDFDIAGPSIRGALVLGYEGWLAGYQMNFETAKSRVTQSNFAVGYKTDEFQL :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS41 EHINLGCDMDFDIAGPSIRGALVLGYEGWLAGYQMNFETAKSRVTQSNFAVGYKTDEFQL 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 230 240 pF1KE2 HTNVNDGTEFGGSIYQKVNKKLETAVNLAWTAGNSNTRFGIAAKYQIDPDACFSAKVNNS :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS41 HTNVNDGTEFGGSIYQKVNKKLETAVNLAWTAGNSNTRFGIAAKYQIDPDACFSAKVNNS 190 200 210 220 230 240 250 260 270 280 pF1KE2 SLIGLGYTQTLKPGIKLTLSALLDGKNVNAGGHKLGLGLEFQA ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS41 SLIGLGYTQTLKPGIKLTLSALLDGKNVNAGGHKLGLGLEFQA 250 260 270 280 >>CCDS7348.1 VDAC2 gene_id:7417|Hs108|chr10 (294 aa) initn: 1510 init1: 1474 opt: 1484 Z-score: 2076.9 bits: 392.2 E(32554): 2.3e-109 Smith-Waterman score: 1484; 74.6% identity (95.4% similar) in 283 aa overlap (1-283:12-294) 10 20 30 40 pF1KE2 MAVPPTYADLGKSARDVFTKGYGFGLIKLDLKTKSENGLEFTSSGSANT : .::.::::::.:::.:.::.::::.:::.:::: .:.::..:::.:: CCDS73 MATHGQTCARPMCIPPSYADLGKAARDIFNKGFGFGLVKLDVKTKSCSGVEFSTSGSSNT 10 20 30 40 50 60 50 60 70 80 90 100 pF1KE2 ETTKVTGSLETKYRWTEYGLTFTEKWNTDNTLGTEITVEDQLARGLKLTFDSSFSPNTGK .: ::::.:::::.: ::::::::::::::::::::..:::. .:::::::..::::::: CCDS73 DTGKVTGTLETKYKWCEYGLTFTEKWNTDNTLGTEIAIEDQICQGLKLTFDTTFSPNTGK 70 80 90 100 110 120 110 120 130 140 150 160 pF1KE2 KNAKIKTGYKREHINLGCDMDFDIAGPSIRGALVLGYEGWLAGYQMNFETAKSRVTQSNF :..:::..:::: ::::::.:::.:::.:.:. :.:::::::::::.:..:::..:..:: CCDS73 KSGKIKSSYKRECINLGCDVDFDFAGPAIHGSAVFGYEGWLAGYQMTFDSAKSKLTRNNF 130 140 150 160 170 180 170 180 190 200 210 220 pF1KE2 AVGYKTDEFQLHTNVNDGTEFGGSIYQKVNKKLETAVNLAWTAGNSNTRFGIAAKYQIDP ::::.: .::::::::::::::::::::: . :.:.::::::.:.. ::::::::::.:: CCDS73 AVGYRTGDFQLHTNVNDGTEFGGSIYQKVCEDLDTSVNLAWTSGTNCTRFGIAAKYQLDP 190 200 210 220 230 240 230 240 250 260 270 280 pF1KE2 DACFSAKVNNSSLIGLGYTQTLKPGIKLTLSALLDGKNVNAGGHKLGLGLEFQA : .:::::::::::.::::::.::.:::::::.:::..::::::.::.::..: CCDS73 TASISAKVNNSSLIGVGYTQTLRPGVKLTLSALVDGKSINAGGHKVGLALELEA 250 260 270 280 290 >>CCDS53544.1 VDAC2 gene_id:7417|Hs108|chr10 (309 aa) initn: 1510 init1: 1474 opt: 1484 Z-score: 2076.6 bits: 392.2 E(32554): 2.4e-109 Smith-Waterman score: 1484; 74.6% identity (95.4% similar) in 283 aa overlap (1-283:27-309) 10 20 30 pF1KE2 MAVPPTYADLGKSARDVFTKGYGFGLIKLDLKTK : .::.::::::.:::.:.::.::::.:::.::: CCDS53 MSWCNELRLPALKQHSIGRGLESHITMCIPPSYADLGKAARDIFNKGFGFGLVKLDVKTK 10 20 30 40 50 60 40 50 60 70 80 90 pF1KE2 SENGLEFTSSGSANTETTKVTGSLETKYRWTEYGLTFTEKWNTDNTLGTEITVEDQLARG : .:.::..:::.::.: ::::.:::::.: ::::::::::::::::::::..:::. .: CCDS53 SCSGVEFSTSGSSNTDTGKVTGTLETKYKWCEYGLTFTEKWNTDNTLGTEIAIEDQICQG 70 80 90 100 110 120 100 110 120 130 140 150 pF1KE2 LKLTFDSSFSPNTGKKNAKIKTGYKREHINLGCDMDFDIAGPSIRGALVLGYEGWLAGYQ ::::::..::::::::..:::..:::: ::::::.:::.:::.:.:. :.:::::::::: CCDS53 LKLTFDTTFSPNTGKKSGKIKSSYKRECINLGCDVDFDFAGPAIHGSAVFGYEGWLAGYQ 130 140 150 160 170 180 160 170 180 190 200 210 pF1KE2 MNFETAKSRVTQSNFAVGYKTDEFQLHTNVNDGTEFGGSIYQKVNKKLETAVNLAWTAGN :.:..:::..:..::::::.: .::::::::::::::::::::: . :.:.::::::.:. 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