FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KE1369, 538 aa 1>>>pF1KE1369 538 - 538 aa - 538 aa Library: human.CCDS.faa 18511270 residues in 32554 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 11.1668+/-0.000944; mu= -5.9630+/- 0.057 mean_var=348.3393+/-72.848, 0's: 0 Z-trim(117.0): 103 B-trim: 170 in 1/50 Lambda= 0.068718 statistics sampled from 17572 (17677) to 17572 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.815), E-opt: 0.2 (0.543), width: 16 Scan time: 4.330 The best scores are: opt bits E(32554) CCDS9581.1 AJUBA gene_id:84962|Hs108|chr14 ( 538) 3872 397.4 2.3e-110 CCDS59375.1 WTIP gene_id:126374|Hs108|chr19 ( 430) 1149 127.3 3.5e-29 CCDS2729.1 LIMD1 gene_id:8994|Hs108|chr3 ( 676) 1123 124.9 3e-28 CCDS9582.1 AJUBA gene_id:84962|Hs108|chr14 ( 121) 945 106.7 1.6e-23 CCDS3291.1 LPP gene_id:4026|Hs108|chr3 ( 612) 851 97.9 3.6e-20 CCDS5708.1 TRIP6 gene_id:7205|Hs108|chr7 ( 476) 812 93.9 4.4e-19 CCDS5883.1 ZYX gene_id:7791|Hs108|chr7 ( 572) 686 81.5 2.9e-15 CCDS30609.1 FBLIM1 gene_id:54751|Hs108|chr1 ( 276) 620 74.7 1.5e-13 CCDS163.1 FBLIM1 gene_id:54751|Hs108|chr1 ( 373) 616 74.4 2.6e-13 >>CCDS9581.1 AJUBA gene_id:84962|Hs108|chr14 (538 aa) initn: 3872 init1: 3872 opt: 3872 Z-score: 2094.9 bits: 397.4 E(32554): 2.3e-110 Smith-Waterman score: 3872; 100.0% identity (100.0% similar) in 538 aa overlap (1-538:1-538) 10 20 30 40 50 60 pF1KE1 MERLGEKASRLLEKFGRRKGESSRSGSDGTPGPGKGRLSGLGGPRKSGPRGATGGPGDEP :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS95 MERLGEKASRLLEKFGRRKGESSRSGSDGTPGPGKGRLSGLGGPRKSGPRGATGGPGDEP 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 pF1KE1 LEPAREQGSLDAERNQRGSFEAPRYEGSFPAGPPPTRALPLPQSLPPDFRLEPTAPALSP :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS95 LEPAREQGSLDAERNQRGSFEAPRYEGSFPAGPPPTRALPLPQSLPPDFRLEPTAPALSP 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 pF1KE1 RSSFASSSASDASKPSSPRGSLLLDGAGAGGAGGSRPCSNRTSGISMGYDQRHGSPLPAG :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS95 RSSFASSSASDASKPSSPRGSLLLDGAGAGGAGGSRPCSNRTSGISMGYDQRHGSPLPAG 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 230 240 pF1KE1 PCLFGPPLAGAPAGYSPGGVPSAYPELHAALDRLYAQRPAGFGCQESRHSYPPALGSPGA :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS95 PCLFGPPLAGAPAGYSPGGVPSAYPELHAALDRLYAQRPAGFGCQESRHSYPPALGSPGA 190 200 210 220 230 240 250 260 270 280 290 300 pF1KE1 LAGAGVGAAGPLERRGAQPGRHSVTGYGDCAVGARYQDELTALLRLTVGTGGREAGARGE :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS95 LAGAGVGAAGPLERRGAQPGRHSVTGYGDCAVGARYQDELTALLRLTVGTGGREAGARGE 250 260 270 280 290 300 310 320 330 340 350 360 pF1KE1 PSGIEPSGLEEPPGPFVPEAARARMREPEAREDYFGTCIKCNKGIYGQSNACQALDSLYH :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS95 PSGIEPSGLEEPPGPFVPEAARARMREPEAREDYFGTCIKCNKGIYGQSNACQALDSLYH 310 320 330 340 350 360 370 380 390 400 410 420 pF1KE1 TQCFVCCSCGRTLRCKAFYSVNGSVYCEEDYLFSGFQEAAEKCCVCGHLILEKILQAMGK :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS95 TQCFVCCSCGRTLRCKAFYSVNGSVYCEEDYLFSGFQEAAEKCCVCGHLILEKILQAMGK 370 380 390 400 410 420 430 440 450 460 470 480 pF1KE1 SYHPGCFRCIVCNKCLDGIPFTVDFSNQVYCVTDYHKNYAPKCAACGQPILPSEGCEDIV :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS95 SYHPGCFRCIVCNKCLDGIPFTVDFSNQVYCVTDYHKNYAPKCAACGQPILPSEGCEDIV 430 440 450 460 470 480 490 500 510 520 530 pF1KE1 RVISMDRDYHFECYHCEDCRMQLSDEEGCCCFPLDGHLLCHGCHMQRLNARQPPANYI :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS95 RVISMDRDYHFECYHCEDCRMQLSDEEGCCCFPLDGHLLCHGCHMQRLNARQPPANYI 490 500 510 520 530 >>CCDS59375.1 WTIP gene_id:126374|Hs108|chr19 (430 aa) initn: 1252 init1: 1095 opt: 1149 Z-score: 637.3 bits: 127.3 E(32554): 3.5e-29 Smith-Waterman score: 1199; 44.2% identity (58.4% similar) in 498 aa overlap (40-535:26-422) 10 20 30 40 50 60 pF1KE1 RLLEKFGRRKGESSRSGSDGTPGPGKGRLSGLGGPRKSGPRGATGGPGDE--PLEPAREQ : :.: . : :: ::::: : : . 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CCDS59 DYHVACYHCEDCGLQLSGEEGRRCYPLAGHLLCRRCHLRRLQPGPLPSPTVHVTEL 380 390 400 410 420 430 >>CCDS2729.1 LIMD1 gene_id:8994|Hs108|chr3 (676 aa) initn: 1211 init1: 1094 opt: 1123 Z-score: 620.7 bits: 124.9 E(32554): 3e-28 Smith-Waterman score: 1189; 39.8% identity (64.9% similar) in 490 aa overlap (79-531:184-665) 50 60 70 80 90 100 pF1KE1 PRGATGGPGDEPLEPAREQGSLDAERNQRGSFEAPRYEGSFPAGPPPTRALPLPQSLPPD :. .:.. :. : : :. .: . .. : . CCDS27 LATSEMSAFHQPGPCEDPSCLTHGDYYDNLSLASPKW-GDKP-GVSPSIGLSVGSGWPSS 160 170 180 190 200 210 110 120 130 140 150 160 pF1KE1 FRLEPTAPALSPRSSFASSSASDASKPSSPRGSLLLDGAGAGGAGGSRPC----SNRTSG .: : . . : .:. :: .::: ...: :: .. .: . .. CCDS27 PGSDPPLPKPCGDHPLNHRQLSLSSSRSS-EGSLGGQNSGIGGRSSEKPTGLWSTASSQR 220 230 240 250 260 270 170 180 190 200 210 pF1KE1 ISMGY---DQRHGSPLPAGPCLFGPPLAGAPAGYS-P--GGVPSAYPELHAALDRLYAQR .: : . ..:.: .:: : ..:: . : : ::.: . : . .. ... . CCDS27 VSPGLPSPNLENGAP-AVGPVQPRTPSVSAPLALSCPRQGGLPRSNSGLGGEVSGVMS-K 280 290 300 310 320 220 230 240 250 260 270 pF1KE1 PAGFGCQESRHSYPPALGSPGALAGAGVGAAGPLERRGAQPGRHSVTGYGDCAVGARYQD : . : .. : . : .: ... .: : ..:: :: : : ..: . . CCDS27 P-NVDPQPWFQDGPKSYLSSSAPSSSPAGLDG--SQQGAVPGLGPKPGCTDLGTGPKLSP 330 340 350 360 370 380 280 290 300 310 320 pF1KE1 E------LTALLRLTVGTGGREAGARGEPSGI---EPSG--LEEP-----PGPFV-PEAA ...: .:. : .. : ... ::. .. : ::: . : :: CCDS27 TSLVHPVMSTLPELSCKEGPLGWSSDGSLGSVLLDSPSSPRVRLPCQPLVPGPELRPSAA 390 400 410 420 430 440 330 340 350 360 370 pF1KE1 RARM--------REPEA--REDYFGTCIKCNKGIYGQSNACQALDSLYHTQCFVCCSCGR . .. :: .: . ::::.:.::.::..: ..::::. .::: ::.: .:.: CCDS27 ELKLEALTQRLEREMDAHPKADYFGACVKCSKGVFGAGQACQAMGNLYHDTCFTCAACSR 450 460 470 480 490 500 380 390 400 410 420 430 pF1KE1 TLRCKAFYSVNGSVYCEEDYLFSGFQEAAEKCCVCGHLILEKILQAMGKSYHPGCFRCIV :: :::: :::.:.::::.:.::::..:..: .:::::.. ::::.:::::::::::.. CCDS27 KLRGKAFYFVNGKVFCEEDFLYSGFQQSADRCFLCGHLIMDMILQALGKSYHPGCFRCVI 510 520 530 540 550 560 440 450 460 470 480 490 pF1KE1 CNKCLDGIPFTVDFSNQVYCVTDYHKNYAPKCAACGQPILPSEGCEDIVRVISMDRDYHF ::.::::.::::: :..::: :::: :::::::: :::: :: .. .::.::::::: CCDS27 CNECLDGVPFTVDSENKIYCVRDYHKVLAPKCAACGLPILPPEGSDETIRVVSMDRDYHV 570 580 590 600 610 620 500 510 520 530 pF1KE1 ECYHCEDCRMQLSDEEGCCCFPLDGHLLCHGCHMQRLNARQPPANYI :::::::: ..:.::.: :.::. ::.::.::..::. : CCDS27 ECYHCEDCGLELNDEDGHRCYPLEDHLFCHSCHVKRLEKRPSSTALHQHHF 630 640 650 660 670 >>CCDS9582.1 AJUBA gene_id:84962|Hs108|chr14 (121 aa) initn: 945 init1: 945 opt: 945 Z-score: 535.6 bits: 106.7 E(32554): 1.6e-23 Smith-Waterman score: 945; 100.0% identity (100.0% similar) in 121 aa overlap (418-538:1-121) 390 400 410 420 430 440 pF1KE1 EEDYLFSGFQEAAEKCCVCGHLILEKILQAMGKSYHPGCFRCIVCNKCLDGIPFTVDFSN :::::::::::::::::::::::::::::: CCDS95 MGKSYHPGCFRCIVCNKCLDGIPFTVDFSN 10 20 30 450 460 470 480 490 500 pF1KE1 QVYCVTDYHKNYAPKCAACGQPILPSEGCEDIVRVISMDRDYHFECYHCEDCRMQLSDEE :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS95 QVYCVTDYHKNYAPKCAACGQPILPSEGCEDIVRVISMDRDYHFECYHCEDCRMQLSDEE 40 50 60 70 80 90 510 520 530 pF1KE1 GCCCFPLDGHLLCHGCHMQRLNARQPPANYI ::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS95 GCCCFPLDGHLLCHGCHMQRLNARQPPANYI 100 110 120 >>CCDS3291.1 LPP gene_id:4026|Hs108|chr3 (612 aa) initn: 804 init1: 551 opt: 851 Z-score: 475.5 bits: 97.9 E(32554): 3.6e-20 Smith-Waterman score: 884; 31.0% identity (56.6% similar) in 542 aa overlap (4-528:94-601) 10 20 30 pF1KE1 MERLGEKASRLLEKFGRRKGESSRSGSDGTPGP : :.: .. . : . : ::. :. CCDS32 EGDFLPPPPPPLDDSSALPSISGNFPPPPPLDEEAFKVQGNPGGKTLEERRSSLDAEIDS 70 80 90 100 110 120 40 50 60 70 80 90 pF1KE1 GKGRLSGL--GGPRKS-GPRGATGGPGDEPLEPAREQGSLDAERNQRGSFEAPRYEGSFP . :. : ..: : :...::. .. :. : . ..: . : CCDS32 LTSILADLECSSPYKPRPPQSSTGSTASPPV-------STPVTGHKR--MVIPNQPPLTA 130 140 150 160 170 100 110 120 130 140 pF1KE1 AGPPPTRALPLPQSLPPDFRLEPTAP--ALSPRSSFASSSASDASKPSSPRGSLLLDGAG . . : ::. : :.:: .:.:. . . .: . :: : : .. . .: CCDS32 TKKSTLKPQPAPQAGPI-----PVAPIGTLKPQPQPVPASYTTASTSSRPTFNVQVKSAQ 180 190 200 210 220 150 160 170 180 190 200 pF1KE1 AGGAGGSRPCSNRTSGIS-MGYDQRHGSPLP-AGPCLFGPPLAGAPAGYS----PGGVPS . . : :.. : . .::. . :.: .: : :: . . :. :: : CCDS32 PSPHYMAAPSSGQIYGSGPQGYNTQ---PVPVSGQC--PPPSTRGGMDYAYIPPPGLQPE 230 240 250 260 270 280 210 220 230 240 250 pF1KE1 -AY---PELHAALDRLYAQRPAGFGCQESRHSYPPALGSPG--ALAGAGVGAAGPLERRG .: :. . :: : :.: .:.. :. :. : : . : CCDS32 PGYGYAPNQGRYYEGYYAAGP-GYG---GRNDSDPTYGQQGHPNTWKREPGYTPPGAGNQ 290 300 310 320 330 340 260 270 280 290 300 310 pF1KE1 AQPGRHSVTGYGDCAVGARYQDELTALLRLTVGTGGREAGARGEPSGIEPSGLEEPPGPF :: . ::: . : ..: . : ..: : ::.. :: : CCDS32 NPPGMYPVTGPKKTYI----TDPVSAPCAPPLQPKGGHSGQLG-PSSVAPSFRPEDELEH 350 360 370 380 390 320 330 340 350 360 370 pF1KE1 VPEAARARMREPEAREDYFGTCIKCNKGIYGQSNACQALDSLYHTQCFVCCSCGRTLRCK . . :..: : : ::: : .:.... :....: :.:...:..::.: :. :: . CCDS32 LTKKMLYDMENPPADE-YFGRCARCGENVVGEGTGCTAMDQVFHVDCFTCIICNNKLRGQ 400 410 420 430 440 450 380 390 400 410 420 430 pF1KE1 AFYSVNGSVYCEEDYLFSGFQEAAEKCCVCGHLILEKILQAMGKSYHPGCFRCIVCNKCL ::.:. ..::: :. .. :.: ::.. :.:.::.: ::.::: :: :..:.. : CCDS32 PFYAVEKKAYCEPCYI-----NTLEQCNVCSKPIMERILRATGKAYHPHCFTCVMCHRSL 460 470 480 490 500 440 450 460 470 480 490 pF1KE1 DGIPFTVDFSNQVYCVTDYHKNYAPKCAACGQPILPSEGCEDIVRVISMDRDYHFECYHC :::::::: .. ..:. :.::..::.:..: .::.:. : :. ::....:::.: .::.: CCDS32 DGIPFTVDAGGLIHCIEDFHKKFAPRCSVCKEPIMPAPGQEETVRIVALDRDFHVHCYRC 510 520 530 540 550 560 500 510 520 530 pF1KE1 EDCRMQLSDEEGCCCFPLDGHLLCHGCHMQRLNARQPPANYI ::: ::. .. :.:::::.::. :. :. CCDS32 EDCGGLLSEGDNQGCYPLDGHILCKTCNSARIRVLTAKASTDL 570 580 590 600 610 >>CCDS5708.1 TRIP6 gene_id:7205|Hs108|chr7 (476 aa) initn: 830 init1: 496 opt: 812 Z-score: 456.1 bits: 93.9 E(32554): 4.4e-19 Smith-Waterman score: 839; 35.1% identity (56.3% similar) in 510 aa overlap (51-528:3-465) 30 40 50 60 70 pF1KE1 ESSRSGSDGTPGPGKGRLSGLGGPRKSGPRGATGGPGDEPLEPARE-QGSLDAERNQRGS : : : .: :::: :: . ::. CCDS57 MSGPTWLPPKQP-EPARAPQG----RAIPRGT 10 20 80 90 100 110 120 130 pF1KE1 FEAPRYEGSFPAGPPPTRALPLP--QSLPPDFRLEPTAPA-LSPRSSFASSSASDASKPS : .:. : . ::: : : .:: .. .. . ... :.. . CCDS57 PGPPPAHGAALQPHPRVNFCPLPSEQCYQAPGGPEDRGPAWVGSHGVLQHTQGLPADRGG 30 40 50 60 70 80 140 150 160 170 180 pF1KE1 SPRGSL-----LLDGAGAGGAGGSRPCSNRTSGISMGYDQ------RHGS--PLPAGPCL ::: ::... : :: : : . ..:. : :: : ::.: : CCDS57 LRPGSLDAEIDLLSSTLAELNGGRGHASRRPD--RQAYEPPPPPAYRTGSLKPNPASP-L 90 100 110 120 130 140 190 200 210 220 230 240 pF1KE1 FGPPLAG-APAGYSPGGVPSAYPELHAALDRLYAQRPAGFGCQESRHSYPPALGSPGALA . : .: .::.:. ...: : : . . .. . .:. :: :: :. : . CCDS57 PASPYGGPTPASYTTASTP-AGPAFPV---QVKVAQPVR-GCG------PPRRGASQA-S 150 160 170 180 190 250 260 270 280 290 300 pF1KE1 GAGVGAAGPLERRGAQPGRHSVTGYGDCAVGARYQDELTALLRLTVGTGGRE--AGARGE : : :: ::: : : : : : : : :..: ::. : CCDS57 GPLPGPHFPL------PGRGEVWGPG-----YRSQRE--------PGPGAKEEAAGVSG- 200 210 220 230 310 320 330 340 350 pF1KE1 PSGIEPSGLEEPPGPFV--PEAARAR--------MREPEAREDYFGTCIKCNKGIYGQSN :.: .: . : :. :: : : .: . : ::: : :.. . :.. CCDS57 PAGRGRGGEHGPQVPLSQPPEDELDRLTKKLVHDMNHPPSGE-YFGQCGGCGEDVVGDGA 240 250 260 270 280 290 360 370 380 390 400 410 pF1KE1 ACQALDSLYHTQCFVCCSCGRTLRCKAFYSVNGSVYCEEDYLFSGFQEAAEKCCVCGHLI . ::: ..:. :::: .: :: . ::.:. .::: :. . ::: .:.. : CCDS57 GVVALDRVFHVGCFVCSTCRAQLRGQHFYAVERRAYCEGCYVAT-----LEKCATCSQPI 300 310 320 330 340 420 430 440 450 460 470 pF1KE1 LEKILQAMGKSYHPGCFRCIVCNKCLDGIPFTVDFSNQVYCVTDYHKNYAPKCAACGQPI :..::.::::.:::::: :.::.. ::::::::: ..:..:. :.:...::.:..:: : CCDS57 LDRILRAMGKAYHPGCFTCVVCHRGLDGIPFTVDATSQIHCIEDFHRKFAPRCSVCGGAI 350 360 370 380 390 400 480 490 500 510 520 pF1KE1 LPSEGCEDIVRVISMDRDYHFECYHCEDCRMQLSDEEGCC--CFPLDGHLLCHGCHMQRL .: : :. ::....::..:. ::.::.: . ::.: : : :.:::::.::..: :. CCDS57 MPEPGQEETVRIVALDRSFHIGCYKCEECGLLLSSE-GECQGCYPLDGHILCKACSAWRI 410 420 430 440 450 460 530 pF1KE1 NARQPPANYI CCDS57 QELSATVTTDC 470 >>CCDS5883.1 ZYX gene_id:7791|Hs108|chr7 (572 aa) initn: 787 init1: 449 opt: 686 Z-score: 387.5 bits: 81.5 E(32554): 2.9e-15 Smith-Waterman score: 755; 31.1% identity (52.3% similar) in 572 aa overlap (13-527:24-569) 10 20 30 40 pF1KE1 MERLGEKASRLLEKFG-----RRKGESSRSG-SDGTPGPGKGRLS-GLG .::: . : . : : :. :.:: : . : CCDS58 MAAPRPSPAISVSVSAPAFYAPQKKFGPVVAPKPKVNPFRPGDSEPPPAPGAQRAQMGRV 10 20 30 40 50 60 50 60 70 80 90 pF1KE1 GPRKSGPRGATGGPGDEPLEPAREQGSLD-AERNQRGSFEAPR--YEGSFPAGPPPTRAL : : : : :: : :. : :: :.: : : ::: .: . . 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