Result of FASTA (ccds) for
pFN21AB7117
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB7117, 283 aa
1>>>pF1KB7117 283 - 283 aa - 283 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 4.8667+/-0.000753; mu= 17.2107+/- 0.045
mean_var=60.8811+/-12.259, 0's: 0 Z-trim(107.9): 22 B-trim: 4 in 1/51
Lambda= 0.164374
statistics sampled from 9853 (9874) to 9853 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.687), E-opt: 0.2 (0.303), width: 16
Scan time: 2.340
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS14408.1 GJB1 gene_id:2705|Hs108|chrX ( 283) 1920 463.6 7.4e-131
CCDS9291.1 GJB6 gene_id:10804|Hs108|chr13 ( 261) 1077 263.6 1.1e-70
CCDS9290.1 GJB2 gene_id:2706|Hs108|chr13 ( 226) 1071 262.2 2.5e-70
CCDS383.1 GJB4 gene_id:127534|Hs108|chr1 ( 266) 876 216.0 2.4e-56
CCDS382.1 GJB5 gene_id:2709|Hs108|chr1 ( 273) 855 211.0 7.7e-55
CCDS384.1 GJB3 gene_id:2707|Hs108|chr1 ( 270) 850 209.8 1.7e-54
CCDS58547.1 GJD3 gene_id:125111|Hs108|chr17 ( 294) 531 134.2 1.1e-31
CCDS7191.1 GJD4 gene_id:219770|Hs108|chr10 ( 370) 502 127.4 1.6e-29
CCDS5008.1 GJB7 gene_id:375519|Hs108|chr6 ( 223) 464 118.2 5.3e-27
CCDS30834.1 GJA8 gene_id:2703|Hs108|chr1 ( 433) 464 118.4 9.1e-27
CCDS34697.1 GJC3 gene_id:349149|Hs108|chr7 ( 279) 451 115.2 5.4e-26
CCDS9289.1 GJA3 gene_id:2700|Hs108|chr13 ( 435) 447 114.4 1.5e-25
CCDS30669.1 GJA4 gene_id:2701|Hs108|chr1 ( 333) 439 112.4 4.5e-25
CCDS929.1 GJA5 gene_id:2702|Hs108|chr1 ( 358) 436 111.7 7.8e-25
CCDS5123.1 GJA1 gene_id:2697|Hs108|chr6 ( 382) 426 109.4 4.2e-24
CCDS5025.1 GJA10 gene_id:84694|Hs108|chr6 ( 543) 413 106.4 4.8e-23
CCDS432.1 GJA9 gene_id:81025|Hs108|chr1 ( 515) 409 105.4 8.8e-23
CCDS11487.1 GJC1 gene_id:10052|Hs108|chr17 ( 396) 386 99.9 3.1e-21
CCDS10040.1 GJD2 gene_id:57369|Hs108|chr15 ( 321) 377 97.7 1.2e-20
CCDS1569.1 GJC2 gene_id:57165|Hs108|chr1 ( 439) 370 96.1 4.7e-20
>>CCDS14408.1 GJB1 gene_id:2705|Hs108|chrX (283 aa)
initn: 1920 init1: 1920 opt: 1920 Z-score: 2462.7 bits: 463.6 E(32554): 7.4e-131
Smith-Waterman score: 1920; 100.0% identity (100.0% similar) in 283 aa overlap (1-283:1-283)
10 20 30 40 50 60
pF1KB7 MNWTGLYTLLSGVNRHSTAIGRVWLSVIFIFRIMVLVVAAESVWGDEKSSFICNTLQPGC
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CCDS14 MNWTGLYTLLSGVNRHSTAIGRVWLSVIFIFRIMVLVVAAESVWGDEKSSFICNTLQPGC
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB7 NSVCYDQFFPISHVRLWSLQLILVSTPALLVAMHVAHQQHIEKKMLRLEGHGDPLHLEEV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 NSVCYDQFFPISHVRLWSLQLILVSTPALLVAMHVAHQQHIEKKMLRLEGHGDPLHLEEV
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB7 KRHKVHISGTLWWTYVISVVFRLLFEAVFMYVFYLLYPGYAMVRLVKCDVYPCPNTVDCF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 KRHKVHISGTLWWTYVISVVFRLLFEAVFMYVFYLLYPGYAMVRLVKCDVYPCPNTVDCF
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB7 VSRPTEKTVFTVFMLAASGICIILNVAEVVYLIIRACARRAQRRSNPPSRKGSGFGHRLS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 VSRPTEKTVFTVFMLAASGICIILNVAEVVYLIIRACARRAQRRSNPPSRKGSGFGHRLS
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280
pF1KB7 PEYKQNEINKLLSEQDGSLKDILRRSPGTGAGLAEKSDRCSAC
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 PEYKQNEINKLLSEQDGSLKDILRRSPGTGAGLAEKSDRCSAC
250 260 270 280
>>CCDS9291.1 GJB6 gene_id:10804|Hs108|chr13 (261 aa)
initn: 1008 init1: 511 opt: 1077 Z-score: 1382.8 bits: 263.6 E(32554): 1.1e-70
Smith-Waterman score: 1077; 58.0% identity (85.1% similar) in 255 aa overlap (1-254:1-250)
10 20 30 40 50 60
pF1KB7 MNWTGLYTLLSGVNRHSTAIGRVWLSVIFIFRIMVLVVAAESVWGDEKSSFICNTLQPGC
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CCDS92 MDWGTLHTFIGGVNKHSTSIGKVWITVIFIFRVMILVVAAQEVWGDEQEDFVCNTLQPGC
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110
pF1KB7 NSVCYDQFFPISHVRLWSLQLILVSTPALLVAMHVAHQQH-IEKKMLRLEGHGDPLHLEE
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CCDS92 KNVCYDHFFPVSHIRLWALQLIFVSTPALLVAMHVAYYRHETTRKFRRGEKRNDFKDIED
70 80 90 100 110 120
120 130 140 150 160 170
pF1KB7 VKRHKVHISGTLWWTYVISVVFRLLFEAVFMYVFYLLYPGYAMVRLVKCDVYPCPNTVDC
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CCDS92 IKKQKVRIEGSLWWTYTSSIFFRIIFEAAFMYVFYFLYNGYHLPWVLKCGIDPCPNLVDC
130 140 150 160 170 180
180 190 200 210 220 230
pF1KB7 FVSRPTEKTVFTVFMLAASGICIILNVAEVVYLIIRACARRAQRRSNPPSRKGSGFGHRL
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CCDS92 FISRPTEKTVFTIFMISASVICMLLNVAELCYLLLKVCFRRSKRAQTQKNHPN----HAL
190 200 210 220 230
240 250 260 270 280
pF1KB7 SPEYKQNEINKLLSEQDGSLKDILRRSPGTGAGLAEKSDRCSAC
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CCDS92 K-ESKQNEMNELISDSGQNAITGFPS
240 250 260
>>CCDS9290.1 GJB2 gene_id:2706|Hs108|chr13 (226 aa)
initn: 1067 init1: 553 opt: 1071 Z-score: 1376.0 bits: 262.2 E(32554): 2.5e-70
Smith-Waterman score: 1071; 64.3% identity (91.1% similar) in 224 aa overlap (1-223:1-224)
10 20 30 40 50 60
pF1KB7 MNWTGLYTLLSGVNRHSTAIGRVWLSVIFIFRIMVLVVAAESVWGDEKSSFICNTLQPGC
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CCDS92 MDWGTLQTILGGVNKHSTSIGKIWLTVLFIFRIMILVVAAKEVWGDEQADFVCNTLQPGC
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110
pF1KB7 NSVCYDQFFPISHVRLWSLQLILVSTPALLVAMHVAHQQHIEK-KMLRLEGHGDPLHLEE
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CCDS92 KNVCYDHYFPISHIRLWALQLIFVSTPALLVAMHVAYRRHEKKRKFIKGEIKSEFKDIEE
70 80 90 100 110 120
120 130 140 150 160 170
pF1KB7 VKRHKVHISGTLWWTYVISVVFRLLFEAVFMYVFYLLYPGYAMVRLVKCDVYPCPNTVDC
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CCDS92 IKTQKVRIEGSLWWTYTSSIFFRVIFEAAFMYVFYVMYDGFSMQRLVKCNAWPCPNTVDC
130 140 150 160 170 180
180 190 200 210 220 230
pF1KB7 FVSRPTEKTVFTVFMLAASGICIILNVAEVVYLIIRACARRAQRRSNPPSRKGSGFGHRL
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CCDS92 FVSRPTEKTVFTVFMIAVSGICILLNVTELCYLLIRYCSGKSKKPV
190 200 210 220
240 250 260 270 280
pF1KB7 SPEYKQNEINKLLSEQDGSLKDILRRSPGTGAGLAEKSDRCSAC
>>CCDS383.1 GJB4 gene_id:127534|Hs108|chr1 (266 aa)
initn: 875 init1: 519 opt: 876 Z-score: 1125.1 bits: 216.0 E(32554): 2.4e-56
Smith-Waterman score: 876; 52.2% identity (79.3% similar) in 232 aa overlap (1-231:1-228)
10 20 30 40 50 60
pF1KB7 MNWTGLYTLLSGVNRHSTAIGRVWLSVIFIFRIMVLVVAAESVWGDEKSSFICNTLQPGC
:::. : ::::::..::...:.::::.::::..: ::::: :: ::...:.::: ::::
CCDS38 MNWAFLQGLLSGVNKYSTVLSRIWLSVVFIFRVLVYVVAAEEVWDDEQKDFVCNTKQPGC
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB7 NSVCYDQFFPISHVRLWSLQLILVSTPALLVAMHVAHQQHIEKKMLRLEGHGDPLHLEEV
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CCDS38 PNVCYDEFFPVSHVRLWALQLILVTCPSLLVVMHVAYREERERKHHLKHGPNAPSLYDNL
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB7 KRHKVHISGTLWWTYVISVVFRLLFEAVFMYVFYLLYPGYAMVRLVKCDVYPCPNTVDCF
.... : :::::..:..:. .: :.:.:. :: : : :.: :.: :::.::::.
CCDS38 SKKR----GGLWWTYLLSLIFKAAVDAGFLYIFHRLYKDYDMPRVVACSVEPCPHTVDCY
130 140 150 160 170
190 200 210 220 230
pF1KB7 VSRPTEKTVFTVFMLAASGICIILNVAEVVYLIIRACAR-RAQRRSNPPSRKGSGFGHRL
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CCDS38 ISRPTEKKVFTYFMVTTAAICILLNLSEVFYLVGKRCMEIFGPRHRRPRCRECLPDTCPP
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280
pF1KB7 SPEYKQNEINKLLSEQDGSLKDILRRSPGTGAGLAEKSDRCSAC
CCDS38 YVLSQGGHPEDGNSVLMKAGSAPVDAGGYP
240 250 260
>>CCDS382.1 GJB5 gene_id:2709|Hs108|chr1 (273 aa)
initn: 843 init1: 490 opt: 855 Z-score: 1098.0 bits: 211.0 E(32554): 7.7e-55
Smith-Waterman score: 855; 52.2% identity (80.4% similar) in 230 aa overlap (1-222:1-223)
10 20 30 40 50 60
pF1KB7 MNWTGLYTLLSGVNRHSTAIGRVWLSVIFIFRIMVLVVAAESVWGDEKSSFICNTLQPGC
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CCDS38 MNWSIFEGLLSGVNKYSTAFGRIWLSLVFIFRVLVYLVTAERVWSDDHKDFDCNTRQPGC
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110
pF1KB7 NSVCYDQFFPISHVRLWSLQLILVSTPALLVAMHVAHQQHIEKKMLRLEGHGDP---LHL
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CCDS38 SNVCFDEFFPVSHVRLWALQLILVTCPSLLVVMHVAYREVQEKR--HREAHGENSGRLYL
70 80 90 100 110
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pF1KB7 EEVKRHKVHISGTLWWTYVISVVFRLLFEAVFMYVFYLLYPGYAMVRLVKCDVYPCPNTV
. :.. : :::::: :.::. . .:.:::. .:: : . .::: . :::: :
CCDS38 NPGKKR-----GGLWWTYVCSLVFKASVDIAFLYVFHSFYPKYILPPVVKCHADPCPNIV
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KB7 DCFVSRPTEKTVFTVFMLAASGICIILNVAEVVYLIIRAC-----ARRAQRRSNPPSRKG
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CCDS38 DCFISKPSEKNIFTLFMVATAAICILLNLVELIYLVSKRCHECLAARKAQAMCTGHHPHG
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280
pF1KB7 SGFGHRLSPEYKQNEINKLLSEQDGSLKDILRRSPGTGAGLAEKSDRCSAC
CCDS38 TTSSCKQDDLLSGDLIFLGSDSHPPLLPDRPRDHVKKTIL
240 250 260 270
>>CCDS384.1 GJB3 gene_id:2707|Hs108|chr1 (270 aa)
initn: 839 init1: 500 opt: 850 Z-score: 1091.7 bits: 209.8 E(32554): 1.7e-54
Smith-Waterman score: 850; 51.1% identity (80.3% similar) in 233 aa overlap (1-227:1-223)
10 20 30 40 50 60
pF1KB7 MNWTGLYTLLSGVNRHSTAIGRVWLSVIFIFRIMVLVVAAESVWGDEKSSFICNTLQPGC
:.: : .::::::..:::.::.::::.:.::..: ::::: :::::...: ::: ::::
CCDS38 MDWKTLQALLSGVNKYSTAFGRIWLSVVFVFRVLVYVVAAERVWGDEQKDFDCNTKQPGC
10 20 30 40 50 60
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pF1KB7 NSVCYDQFFPISHVRLWSLQLILVSTPALLVAMHVAHQQHIEKKMLRLEGHGDP---LHL
..::::..::::..:::.::::.:. :.::: .:::.... :.. . . ::: :.
CCDS38 TNVCYDNYFPISNIRLWALQLIFVTCPSLLVILHVAYREERERR--HRQKHGDQCAKLYD
70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KB7 EEVKRHKVHISGTLWWTYVISVVFRLLFEAVFMYVFYLLYPGYAMVRLVKC-DVYPCPNT
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CCDS38 NAGKKH-----GGLWWTYLFSLIFKLIIEFLFLYLLHTLWHGFNMPRLVQCANVAPCPNI
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KB7 VDCFVSRPTEKTVFTVFMLAASGICIILNVAEVVYLIIRACAR--RAQRRSNPPSRKGSG
:::...::::: .:: ::..::..::.:.. :. ::: : : :. ....:
CCDS38 VDCYIARPTEKKIFTYFMVGASAVCIVLTICELCYLI---CHRVLRGLHKDKPRGGCSPS
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280
pF1KB7 FGHRLSPEYKQNEINKLLSEQDGSLKDILRRSPGTGAGLAEKSDRCSAC
CCDS38 SSASRASTCRCHHKLVEAGEVDPDPGNNKLQASAPNLTPI
240 250 260 270
>>CCDS58547.1 GJD3 gene_id:125111|Hs108|chr17 (294 aa)
initn: 508 init1: 346 opt: 531 Z-score: 682.3 bits: 134.2 E(32554): 1.1e-31
Smith-Waterman score: 531; 39.2% identity (69.8% similar) in 222 aa overlap (3-223:4-223)
10 20 30 40 50
pF1KB7 MNWTGLYTLLSGVNRHSTAIGRVWLSVIFIFRIMVLVVAAESVWGDEKSSFICNTLQPG
:. : .::..:. .: .::.:: :..::::.::.... .:. ::. :.:::::::
CCDS58 MGEWAFLGSLLDAVQLQSPLVGRLWLVVMLIFRILVLATVGGAVFEDEQEEFVCNTLQPG
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pF1KB7 CNSVCYDQFFPISHVRLWSLQLILVSTPALLVAMHVAHQQHIEKKMLRLEGHGDPLHLEE
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CCDS58 CRQTCYDRAFPVSHYRFWLFHILLLSAPPVLFVVYSMHRAGKEAGGAEAAAQCAP-GLPE
70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KB7 VKRHKVHISGT-LWWTYVISVVFRLLFEAVFMYVFYLLYPGYAMVRLVKCDVYPCPNTVD
.. . . :..::..::: : .:. ::: :. .. : :::.:::
CCDS58 AQCAPCALRARRARRCYLLSVALRLLAELTFLGGQALLY-GFRVAPHFACAGPPCPHTVD
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KB7 CFVSRPTEKTVFTVFMLAASGICIILNVAEVVYLIIRACARRAQRRSNPPSRKGSGFGHR
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CCDS58 CFVSRPTEKTVFVLFYFAVGLLSALLSVAELGHLLWKGRPRAGERDNRCNRAHEEAQKLL
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280
pF1KB7 LSPEYKQNEINKLLSEQDGSLKDILRRSPGTGAGLAEKSDRCSAC
CCDS58 PPPPPPPPPPALPSRRPGPEPCAPPAYAHPAPASLRECGSGRGKASPATGRRDLAI
240 250 260 270 280 290
>>CCDS7191.1 GJD4 gene_id:219770|Hs108|chr10 (370 aa)
initn: 416 init1: 215 opt: 502 Z-score: 643.7 bits: 127.4 E(32554): 1.6e-29
Smith-Waterman score: 502; 31.5% identity (60.8% similar) in 286 aa overlap (9-281:10-285)
10 20 30 40 50
pF1KB7 MNWTGLYTLLSGVNRHSTAIGRVWLSVIFIFRIMVLVVAAESVWGDEKSSFICNTLQPG
:. .: . : .:..:. . ...:..:.:.:.. :. ::. :.:::::::
CCDS71 MEGVDLLGFLIITLNCNVTMVGKLWFVLTMLLRMLVIVLAGRPVYQDEQERFVCNTLQPG
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KB7 CNSVCYDQFFPISHVRLWSLQLILVSTPALLVAMHVAHQQHIEKKM--LRLEGHGDPLHL
: .:::: : :.::.:.: .: . : :. . ...: :. . : .:
CCDS71 CANVCYDVFSPVSHLRFWLIQGVCVLLPSAVFSVYVLHRGATLAALGPRRCPDPREPASG
70 80 90 100 110 120
120 130 140 150 160 170
pF1KB7 EEVKRHKVHISGTLWWT-----YVISVVFRLLFEAVFMYVFYLLYPGYAMVRLVKCDVYP
.. . : : :.: ...: :.::.: . :.:. :. . : :
CCDS71 QRRCPRPFGERGGLQVPDFSAGYIIHLLLRTLLEAAFGALHYFLF-GFLAPKKFPCTRPP
130 140 150 160 170
180 190 200 210 220
pF1KB7 CPNTVDCFVSRPTEKTVFTVFMLAASGICIILNVAEVVYLIIRACA--RRAQRRSNPPS-
: ..:::.:::::::... .:. :.:.. ..:..:..: :. :: .:: .::.
CCDS71 CTGVVDCYVSRPTEKSLLMLFLWAVSALSFLLGLADLV------CSLRRRMRRRPGPPTS
180 190 200 210 220 230
230 240 250 260 270 280
pF1KB7 ---RKGSGFGHRLSPEYKQNEINKLLSEQDGSLKDILRRSPGTGAGLAEKSDRCSAC
:: :: . . . ..: .. :..:. :. : ::: ....: :
CCDS71 PSIRKQSGASGHAEGRRTDEEGGR---EEEGAPAPPGARAGGEGAGSPRRTSRVSGHTKI
240 250 260 270 280 290
CCDS71 PDEDESEVTSSASEKLGRQPRGRPHREAAQDPRGSGSEEQPSAAPSRLAAPPSCSSLQPP
300 310 320 330 340 350
>>CCDS5008.1 GJB7 gene_id:375519|Hs108|chr6 (223 aa)
initn: 767 init1: 443 opt: 464 Z-score: 598.2 bits: 118.2 E(32554): 5.3e-27
Smith-Waterman score: 776; 48.8% identity (76.5% similar) in 217 aa overlap (1-217:1-205)
10 20 30 40 50 60
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