FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KE4530, 592 aa 1>>>pF1KE4530 592 - 592 aa - 592 aa Library: human.CCDS.faa 18511270 residues in 32554 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 9.5785+/-0.00135; mu= -0.4935+/- 0.079 mean_var=264.8172+/-54.618, 0's: 0 Z-trim(106.7): 41 B-trim: 132 in 1/50 Lambda= 0.078814 statistics sampled from 9086 (9108) to 9086 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.628), E-opt: 0.2 (0.28), width: 16 Scan time: 3.670 The best scores are: opt bits E(32554) CCDS718.1 GBP1 gene_id:2633|Hs108|chr1 ( 592) 3832 449.9 4.2e-126 CCDS717.2 GBP3 gene_id:2635|Hs108|chr1 ( 595) 3359 396.1 6.5e-110 CCDS719.1 GBP2 gene_id:2634|Hs108|chr1 ( 591) 3018 357.4 3e-98 CCDS722.1 GBP5 gene_id:115362|Hs108|chr1 ( 586) 2567 306.1 8.3e-83 CCDS721.1 GBP4 gene_id:115361|Hs108|chr1 ( 640) 2151 258.8 1.5e-68 CCDS720.1 GBP7 gene_id:388646|Hs108|chr1 ( 638) 2149 258.6 1.8e-68 CCDS723.1 GBP6 gene_id:163351|Hs108|chr1 ( 633) 2097 252.7 1.1e-66 >>CCDS718.1 GBP1 gene_id:2633|Hs108|chr1 (592 aa) initn: 3832 init1: 3832 opt: 3832 Z-score: 2377.5 bits: 449.9 E(32554): 4.2e-126 Smith-Waterman score: 3832; 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CCDS71 SLSEKEKAIEVERIKAESAEAAKKMLEEIQKKNEEMMEQKEKSYQEHVKQLTEKMERDRA 480 490 500 510 520 530 550 560 570 580 590 pF1KE4 QLLKEQERTLALKLQEQEQLLKEGFQKESRIMKNEIQDLQTKMRR-RKACTIS ::. :::.::::::::::.::::::..::. ....: :.: . . . :.: CCDS71 QLMAEQEKTLALKLQEQERLLKEGFENESKRLQKDIWDIQMRSKSLEPICNIL 540 550 560 570 580 590 >>CCDS722.1 GBP5 gene_id:115362|Hs108|chr1 (586 aa) initn: 2588 init1: 1743 opt: 2567 Z-score: 1600.2 bits: 306.1 E(32554): 8.3e-83 Smith-Waterman score: 2567; 66.7% identity (84.4% similar) in 591 aa overlap (1-591:1-585) 10 20 30 40 50 60 pF1KE4 MASEIHMTGPMCLIENTNGRLMANPEALKILSAITQPMVVVAIVGLYRTGKSYLMNKLAG :: ::::. ::::::: : .: .: :::.::::::::.:::::::::::::::::::::: CCDS72 MALEIHMSDPMCLIENFNEQLKVNQEALEILSAITQPVVVVAIVGLYRTGKSYLMNKLAG 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 pF1KE4 KKKGFSLGSTVQSHTKGIWMWCVPHPKKPGHILVLLDTEGLGDVEKGDNQNDSWIFALAV :.::::..:::::::::::.::::::. :.: ::::::::::::::.::.:: :::::. 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CCDS72 ALTETEKKKKEAQVKAEAEKAEAQRLAAIQRQNEQMMQERERLHQEQVRQ----MEIAKQ 480 490 500 510 520 530 550 560 570 580 590 pF1KE4 QLLKEQERTLALKLQEQEQLLKEGFQKESRIMKNEIQDLQTKMRRRKACTIS . : ::.. ..::: :. :: ..: . .:.: : . :.. CCDS72 NWLAEQQKMQEQQMQEQAAQLSTTFQAQNRSLLSELQHAQRTVNNDDPCVLL 540 550 560 570 580 >>CCDS721.1 GBP4 gene_id:115361|Hs108|chr1 (640 aa) initn: 1800 init1: 1033 opt: 2151 Z-score: 1344.0 bits: 258.8 E(32554): 1.5e-68 Smith-Waterman score: 2151; 55.1% identity (82.1% similar) in 586 aa overlap (3-587:18-601) 10 20 30 40 pF1KE4 MASEIHMTGPMCLIENTNGRLMANPEALKILSAITQPMVVVAIVG :: : .:.::.:: . .: .: .::.::. :.::.::::::: CCDS72 MGERTLHAAVPTPGYPESESIMMAPICLVENQEEQLTVNSKALEILDKISQPVVVVAIVG 10 20 30 40 50 60 50 60 70 80 90 100 pF1KE4 LYRTGKSYLMNKLAGKKKGFSLGSTVQSHTKGIWMWCVPHPKKPGHILVLLDTEGLGDVE :::::::::::.::::..:: :::::::.::::::::::: .::.: ::::::::::::: CCDS72 LYRTGKSYLMNRLAGKRNGFPLGSTVQSETKGIWMWCVPHLSKPNHTLVLLDTEGLGDVE 70 80 90 100 110 120 110 120 130 140 150 160 pF1KE4 KGDNQNDSWIFALAVLLSSTFVYNSIGTINQQAMDQLYYVTELTHRIRSKSSPDENENEV :.. .::::::::::::::.:::::..:::.::..::.:::::.. ::.:: : .:. CCDS72 KSNPKNDSWIFALAVLLSSSFVYNSVSTINHQALEQLHYVTELAELIRAKSCP--RPDEA 130 140 150 160 170 170 180 190 200 210 220 pF1KE4 EDSADFVSFFPDFVWTLRDFSLDLEADGQPLTPDEYLTYSLKLKKGTSQKDETFNLPRLC :::..:.::::::.::.:::.:.:. ::.:.: :::: .::: : . : .. :.:: : CCDS72 EDSSEFASFFPDFIWTVRDFTLELKLDGNPITEDEYLENALKLIPGKNPKIQNSNMPREC 180 190 200 210 220 230 230 240 250 260 270 280 pF1KE4 IRKFFPKKKCFVFDRPVHRRK-LAQLEKLQDEELDPEFVQQVADFCSYIFSNSKTKTLSG ::.:: :.::::::::.. .. : ..... .:.:. .:..: .::::::...::::: CCDS72 IRHFFRKRKCFVFDRPTNDKQYLNHMDEVPEENLERHFLMQSDNFCSYIFTHAKTKTLRE 240 250 260 270 280 290 290 300 310 320 330 340 pF1KE4 GIQVNGPRLESLVLTYVNAISSGDLPCMENAVLALAQIENSAAVQKAIAHYEQQMGQKVQ :: :.: :: .::.:::.::.:: .::.:::: ::::.:: ::::.: :: :::.:... CCDS72 GIIVTGKRLGTLVVTYVDAINSGAVPCLENAVTALAQLENPAAVQRAADHYSQQMAQQLR 300 310 320 330 340 350 350 360 370 380 390 400 pF1KE4 LPTESLQELLDLHRDSEREAIEVFIRSSFKDVDHLFQKELAAQLEKKRDDFCKQNQEASS :::..::::::.: ::::: ::.. :::: .: :::.:. .:::. :: ::.:::. CCDS72 LPTDTLQELLDVHAACEREAIAVFMEHSFKDENHEFQKKLVDTIEKKKGDFVLQNEEASA 360 370 380 390 400 410 410 420 430 440 450 460 pF1KE4 DRCSGLLQVIFSPLEEEVKAGIYSKPGGYRLFVQKLQDLKKKYYEEPRKGIQAEEILQTY :.. :. . : : . ::.: :::. :.... .... : ::::..:.:.::.. CCDS72 KYCQAELKRLSEHLTESILRGIFSVPGGHNLYLEEKKQVEWDYKLVPRKGVKANEVLQNF 420 430 440 450 460 470 470 480 490 500 510 520 pF1KE4 LKSKESMTDAILQTDQTLTEKEKEIEVERVKAESAQASAKMLQEMQRKNEQMMEQKERSY :.:. . ..:::.:..:: :: : .::. :.:. ..:.: :....:::: .:::. CCDS72 LQSQVVVEESILQSDKALTAGEKAIAAERAMKEAAEKEQELLREKQKEQQQMMEAQERSF 480 490 500 510 520 530 530 540 550 560 570 580 pF1KE4 QEHLKQLTEKMENDRVQLLKEQERTLALKLQEQEQLLKEGFQKESRIMKNEIQDLQTKMR ::.. :. .:.:..: .::.:.:: : ::. ::..::: :::.:. ...::..:. :.. CCDS72 QEYMAQMEKKLEEERENLLREHERLLKHKLKVQEEMLKEEFQKKSEQLNKEINQLKEKIE 540 550 560 570 580 590 590 pF1KE4 RRKACTIS : CCDS72 STKNEQLRLLKILDMASNIMIVTLPGASKLLGVGTKYLGSRI 600 610 620 630 640 >>CCDS720.1 GBP7 gene_id:388646|Hs108|chr1 (638 aa) initn: 1839 init1: 956 opt: 2149 Z-score: 1342.8 bits: 258.6 E(32554): 1.8e-68 Smith-Waterman score: 2149; 55.1% identity (81.7% similar) in 584 aa overlap (1-583:1-582) 10 20 30 40 50 60 pF1KE4 MASEIHMTGPMCLIENTNGRLMANPEALKILSAITQPMVVVAIVGLYRTGKSYLMNKLAG ::::::: ::.:: :::.:.:..: :::.::::::::.:::::::::::::::::::::: CCDS72 MASEIHMPGPVCLTENTKGHLVVNSEALEILSAITQPVVVVAIVGLYRTGKSYLMNKLAG 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 pF1KE4 KKKGFSLGSTVQSHTKGIWMWCVPHPKKPGHILVLLDTEGLGDVEKGDNQNDSWIFALAV :.::: :: ::.:.::::::::::::.::.: :.:::::::::.::.: ..::::::::: CCDS72 KNKGFPLGCTVKSETKGIWMWCVPHPSKPNHTLILLDTEGLGDMEKSDPKSDSWIFALAV 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 pF1KE4 LLSSTFVYNSIGTINQQAMDQLYYVTELTHRIRSKSSPDENENEVEDSADFVSFFPDFVW ::::.:::::.::::.::..::.::::::. ::.:: : .:::::..::::::::.: CCDS72 LLSSSFVYNSMGTINHQALEQLHYVTELTELIRAKSCP--RPDEVEDSSEFVSFFPDFIW 130 140 150 160 170 190 200 210 220 230 240 pF1KE4 TLRDFSLDLEADGQPLTPDEYLTYSLKLKKGTSQKDETFNLPRLCIRKFFPKKKCFVFDR :.:::.:.:. ::.:.: :::: .::: .: . . .. : :: ::.::::.::::::: CCDS72 TVRDFTLELKLDGHPITEDEYLENALKLISGKNPQIQNSNKPREWIRHFFPKQKCFVFDR 180 190 200 210 220 230 250 260 270 280 290 pF1KE4 PVHRRKLA-QLEKLQDEELDPEFVQQVADFCSYIFSNSKTKTLSGGIQVNGPRLESLVLT :.. .:: ..:......:: .: .: .::::::...::::: :: :.: :: :: : CCDS72 PINDKKLLLHVEEVREDQLDSNFQMQSENFCSYIFTHAKTKTLREGILVTGNRLGMLVET 240 250 260 270 280 290 300 310 320 330 340 350 pF1KE4 YVNAISSGDLPCMENAVLALAQIENSAAVQKAIAHYEQQMGQKVQLPTESLQELLDLHRD :..::.:: ::.:::. .::: :::::::.: :: :::.:.:..::..::::::.: CCDS72 YLDAINSGATPCLENAMAVLAQCENSAAVQRAANHYSQQMAQQVRFPTDTLQELLDVHAV 300 310 320 330 340 350 360 370 380 390 400 410 pF1KE4 SEREAIEVFIRSSFKDVDHLFQKELAAQLEKKRDDFCKQNQEASSDRCSGLLQVIFSPLE ::::: ::.. :::: .. :::.:. .:::..:: ::.:::. :.. :. . : CCDS72 CEREAIAVFMEYSFKDKSQEFQKKLVDTMEKKKEDFVLQNEEASAKYCQAELKRLSELLT 360 370 380 390 400 410 420 430 440 450 460 470 pF1KE4 EEVKAGIYSKPGGYRLFVQKLQDLKKKYYEEPRKGIQAEEILQTYLKSKESMTDAILQTD : .. : . :::. .... . ... : ::::..:.:.::..:.:. . ..:::.: CCDS72 ESISRGTFFVPGGHNIYLEAKKKIEQDYTLVPRKGVKADEVLQSFLQSQVVIEESILQSD 420 430 440 450 460 470 480 490 500 510 520 530 pF1KE4 QTLTEKEKEIEVERVKAESAQASAKMLQEMQRKNEQMMEQKERSYQEHLKQLTEKMENDR ..:: :: : ....: :.:. ..:.. :....:::: .:::.::.. :: .::: .: CCDS72 KALTAGEKAIAAKQAKKEAAEKEQELLRQKQKEQQQMMEAQERSFQENIAQLKKKMERER 480 490 500 510 520 530 540 550 560 570 580 590 pF1KE4 VQLLKEQERTLALKLQEQEQLLKEGFQKESRIMKNEIQDLQTKMRRRKACTIS . ..: .. :. :.. :.:: :::.. . ...::. :. .. 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