FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KE5602, 579 aa 1>>>pF1KE5602 579 - 579 aa - 579 aa Library: human.CCDS.faa 18511270 residues in 32554 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 10.5392+/-0.00102; mu= -2.8465+/- 0.062 mean_var=326.9261+/-68.938, 0's: 0 Z-trim(113.7): 23 B-trim: 202 in 1/54 Lambda= 0.070933 statistics sampled from 14324 (14337) to 14324 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.751), E-opt: 0.2 (0.44), width: 16 Scan time: 4.090 The best scores are: opt bits E(32554) CCDS41296.1 YTHDF2 gene_id:51441|Hs108|chr1 ( 579) 3964 419.5 5.9e-117 CCDS53287.1 YTHDF2 gene_id:51441|Hs108|chr1 ( 529) 3625 384.7 1.5e-106 CCDS75747.1 YTHDF3 gene_id:253943|Hs108|chr8 ( 585) 2681 288.2 2e-77 CCDS75748.1 YTHDF3 gene_id:253943|Hs108|chr8 ( 588) 2614 281.3 2.3e-75 CCDS75749.1 YTHDF3 gene_id:253943|Hs108|chr8 ( 534) 2454 264.9 1.8e-70 CCDS13511.1 YTHDF1 gene_id:54915|Hs108|chr20 ( 559) 1367 153.7 5.8e-37 >>CCDS41296.1 YTHDF2 gene_id:51441|Hs108|chr1 (579 aa) initn: 3964 init1: 3964 opt: 3964 Z-score: 2213.2 bits: 419.5 E(32554): 5.9e-117 Smith-Waterman score: 3964; 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100.0% identity (100.0% similar) in 529 aa overlap (51-579:1-529) 30 40 50 60 70 80 pF1KE5 GSVHQKDGLNDDDFEPYLSPQARPNNAYTAMSDSYLPSYYSPSIGFSYSLGEAAWSTGGD :::::::::::::::::::::::::::::: CCDS53 MSDSYLPSYYSPSIGFSYSLGEAAWSTGGD 10 20 30 90 100 110 120 130 140 pF1KE5 TAMPYLTSYGQLSNGEPHFLPDAMFGQPGALGSTPFLGQHGFNFFPSGIDFSAWGNNSSQ :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS53 TAMPYLTSYGQLSNGEPHFLPDAMFGQPGALGSTPFLGQHGFNFFPSGIDFSAWGNNSSQ 40 50 60 70 80 90 150 160 170 180 190 200 pF1KE5 GQSTQSSGYSSNYAYAPSSLGGAMIDGQSAFANETLNKAPGMNTIDQGMAALKLGSTEVA :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS53 GQSTQSSGYSSNYAYAPSSLGGAMIDGQSAFANETLNKAPGMNTIDQGMAALKLGSTEVA 100 110 120 130 140 150 210 220 230 240 250 260 pF1KE5 SNVPKVVGSAVGSGSITSNIVASNSLPPATIAPPKPASWADIASKPAKQQPKLKTKNGIA :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS53 SNVPKVVGSAVGSGSITSNIVASNSLPPATIAPPKPASWADIASKPAKQQPKLKTKNGIA 160 170 180 190 200 210 270 280 290 300 310 320 pF1KE5 GSSLPPPPIKHNMDIGTWDNKGPVAKAPSQALVQNIGQPTQGSPQPVGQQANNSPPVAQA :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS53 GSSLPPPPIKHNMDIGTWDNKGPVAKAPSQALVQNIGQPTQGSPQPVGQQANNSPPVAQA 220 230 240 250 260 270 330 340 350 360 370 380 pF1KE5 SVGQQTQPLPPPPPQPAQLSVQQQAAQPTRWVAPRNRGSGFGHNGVDGNGVGQSQAGSGS :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS53 SVGQQTQPLPPPPPQPAQLSVQQQAAQPTRWVAPRNRGSGFGHNGVDGNGVGQSQAGSGS 280 290 300 310 320 330 390 400 410 420 430 440 pF1KE5 TPSEPHPVLEKLRSINNYNPKDFDWNLKHGRVFIIKSYSEDDIHRSIKYNIWCSTEHGNK :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS53 TPSEPHPVLEKLRSINNYNPKDFDWNLKHGRVFIIKSYSEDDIHRSIKYNIWCSTEHGNK 340 350 360 370 380 390 450 460 470 480 490 500 pF1KE5 RLDAAYRSMNGKGPVYLLFSVNGSGHFCGVAEMKSAVDYNTCAGVWSQDKWKGRFDVRWI :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS53 RLDAAYRSMNGKGPVYLLFSVNGSGHFCGVAEMKSAVDYNTCAGVWSQDKWKGRFDVRWI 400 410 420 430 440 450 510 520 530 540 550 560 pF1KE5 FVKDVPNSQLRHIRLENNENKPVTNSRDTQEVPLEKAKQVLKIIASYKHTTSIFDDFSHY :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS53 FVKDVPNSQLRHIRLENNENKPVTNSRDTQEVPLEKAKQVLKIIASYKHTTSIFDDFSHY 460 470 480 490 500 510 570 pF1KE5 EKRQEEEESVKKERQGRGK ::::::::::::::::::: CCDS53 EKRQEEEESVKKERQGRGK 520 >>CCDS75747.1 YTHDF3 gene_id:253943|Hs108|chr8 (585 aa) initn: 2004 init1: 1198 opt: 2681 Z-score: 1503.6 bits: 288.2 E(32554): 2e-77 Smith-Waterman score: 2700; 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CCDS75 SWAAIARKPAKPQPKLKPKGNVGIGGSAVPPPPIKHNMNIGTWDEKGSVVKAPPTQPVLP 240 250 260 270 280 290 300 310 320 330 340 pF1KE5 -QNIGQPTQGSPQPVGQQANNSPPVAQASVGQQTQPLPPPP-----PQPA----QLSVQQ :.: : .:::. : ::..:... :: :: :: : ::: :.. :: CCDS75 PQTIIQ----QPQPLIQP----PPLVQSQLPQQ-QPQPPQPQQQQGPQPQAQPHQVQPQQ 300 310 320 330 340 350 360 370 380 390 pF1KE5 QAAQPTRWVAPRNRGSGFGHNGVDGNGVGQSQAGSG-----STPS--EPHPVLEKLRSIN : : .:::::::::.::..: ::.:. . : : ..:: : :::::::..:: CCDS75 QQLQ-NRWVAPRNRGAGFNQN----NGAGSENFGLGVVPVSASPSSVEVHPVLEKLKAIN 350 360 370 380 390 400 400 410 420 430 440 450 pF1KE5 NYNPKDFDWNLKHGRVFIIKSYSEDDIHRSIKYNIWCSTEHGNKRLDAAYRSMNGKGPVY ::::::::::::.::::::::::::::::::::.::::::::::::::::::.:::::.: CCDS75 NYNPKDFDWNLKNGRVFIIKSYSEDDIHRSIKYSIWCSTEHGNKRLDAAYRSLNGKGPLY 410 420 430 440 450 460 460 470 480 490 500 510 pF1KE5 LLFSVNGSGHFCGVAEMKSAVDYNTCAGVWSQDKWKGRFDVRWIFVKDVPNSQLRHIRLE :::::::::::::::::::.::::. :::::::::::.:.:.:::::::::.:::::::: CCDS75 LLFSVNGSGHFCGVAEMKSVVDYNAYAGVWSQDKWKGKFEVKWIFVKDVPNNQLRHIRLE 470 480 490 500 510 520 520 530 540 550 560 570 pF1KE5 NNENKPVTNSRDTQEVPLEKAKQVLKIIASYKHTTSIFDDFSHYEKRQEEEESVKKERQG ::.::::::::::::::::::::::::::..::::::::::.::::::::::....::. CCDS75 NNDNKPVTNSRDTQEVPLEKAKQVLKIIATFKHTTSIFDDFAHYEKRQEEEEAMRRERN- 530 540 550 560 570 580 pF1KE5 RGK :.: CCDS75 RNKQ >>CCDS75748.1 YTHDF3 gene_id:253943|Hs108|chr8 (588 aa) initn: 1198 init1: 1198 opt: 2614 Z-score: 1466.5 bits: 281.3 E(32554): 2.3e-75 Smith-Waterman score: 2633; 67.8% identity (86.5% similar) in 584 aa overlap (18-579:22-587) 10 20 30 40 50 pF1KE5 MSASSLLEQRPKGQGNKVQNGSVHQKDGLNDDDFEPYLSPQARPNNAYTAMSDSYL :::::.::::..:::::::::: :. .:.: ::: :. CCDS75 MFYLDLTLFHRAEETGEESFSVQNGSIHQKDAVNDDDFEPYLSSQTNQSNSYPPMSDPYM 10 20 30 40 50 60 60 70 80 90 100 110 pF1KE5 PSYYSPSIGFSYSLGEAAWSTGGDTAMPYLTSYGQLSNGEPHFLPDAMFGQPGALGSTP- ::::.::::: ::::::::::.:: :::::.:::.:::: :..::..:.::::::.:: CCDS75 PSYYAPSIGFPYSLGEAAWSTAGDQPMPYLTTYGQMSNGEHHYIPDGVFSQPGALGNTPP 70 80 90 100 110 120 120 130 140 150 160 170 pF1KE5 FLGQHGFNFFPSGIDFSAWGNNSSQGQSTQSSGYSSNYAYAPSSLGGAMIDGQSAFANET :::::::::::.. :::.::...:::::::::.:::.:.: ::::: :. :::..:.:.: CCDS75 FLGQHGFNFFPGNADFSTWGTSGSQGQSTQSSAYSSSYGYPPSSLGRAITDGQAGFGNDT 130 140 150 160 170 180 180 190 200 210 220 230 pF1KE5 LNKAPGMNTIDQGMAALKLGSTEVASNVPKVVGSAVGSGSITSNIVASNSLPPATIAPPK :.:.::...:.:::..::.:. .... : :.::.:..:...:: .:.::.::.. : :: CCDS75 LSKVPGISSIEQGMTGLKIGG-DLTAAVTKTVGTALSSSGMTS--IATNSVPPVSSAAPK 190 200 210 220 230 240 250 260 270 280 290 pF1KE5 PASWADIASKPAKQQPKLKTKN--GIAGSSLPPPPIKHNMDIGTWDNKGPVAKAP-SQAL :.::: :: :::: ::::: :. ::.::..:::::::::.:::::.:: :.::: .: . CCDS75 PTSWAAIARKPAKPQPKLKPKGNVGIGGSAVPPPPIKHNMNIGTWDEKGSVVKAPPTQPV 240 250 260 270 280 290 300 310 320 330 340 pF1KE5 V--QNIGQPTQGSPQPVGQQANNSPPVAQASVGQQTQPLPPPP-----PQPA----QLSV . :.: : .:::. : ::..:... :: :: :: : ::: :.. CCDS75 LPPQTIIQ----QPQPLIQP----PPLVQSQLPQQ-QPQPPQPQQQQGPQPQAQPHQVQP 300 310 320 330 340 350 360 370 380 390 pF1KE5 QQQAAQPTRWVAPRNRGSGFGHNGVDGNGVGQSQAGSG-----STPS--EPHPVLEKLRS ::: : .:::::::::.::..: ::.:. . : : ..:: : :::::::.. 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CCDS75 QGQSTQSSAYSSSYGYPPSSLGRAITDGQAGFGNDTLSKVPGISSIEQGMTGLKIGG-DL 100 110 120 130 140 200 210 220 230 240 250 pF1KE5 ASNVPKVVGSAVGSGSITSNIVASNSLPPATIAPPKPASWADIASKPAKQQPKLKTKN-- .. : :.::.:..:...:: .:.::.::.. : :::.::: :: :::: ::::: :. 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