FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KE4551, 661 aa 1>>>pF1KE4551 661 - 661 aa - 661 aa Library: human.CCDS.faa 18511270 residues in 32554 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 7.5224+/-0.00103; mu= 9.7395+/- 0.061 mean_var=146.1036+/-28.605, 0's: 0 Z-trim(109.0): 28 B-trim: 49 in 2/50 Lambda= 0.106107 statistics sampled from 10543 (10561) to 10543 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.681), E-opt: 0.2 (0.324), width: 16 Scan time: 2.870 The best scores are: opt bits E(32554) CCDS8897.1 PMEL gene_id:6490|Hs108|chr12 ( 661) 4418 688.5 7.7e-198 CCDS55834.1 PMEL gene_id:6490|Hs108|chr12 ( 668) 4394 684.9 9.9e-197 CCDS55833.1 PMEL gene_id:6490|Hs108|chr12 ( 575) 3665 573.2 3.4e-163 CCDS5380.1 GPNMB gene_id:10457|Hs108|chr7 ( 560) 456 82.0 2.5e-15 CCDS34610.1 GPNMB gene_id:10457|Hs108|chr7 ( 572) 450 81.1 4.9e-15 >>CCDS8897.1 PMEL gene_id:6490|Hs108|chr12 (661 aa) initn: 4418 init1: 4418 opt: 4418 Z-score: 3665.4 bits: 688.5 E(32554): 7.7e-198 Smith-Waterman score: 4418; 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CCDS34 GPQLMEVTVYRRHG-RAYVPIAQVKDVYVVTDQIPVFVTMFQKNDRNSSDETFLKDLPIM 210 220 230 240 250 260 240 250 260 270 280 290 pF1KE4 FALQLHDPSGYLAEADLSYTWDFGDSSGTLISRALVVTHTYLEPGPVTAQVVLQAAIPLT : . .:::: .: . ..: :.:::..: ..: .:.:::. : . .....:: : CCDS34 FDVLIHDPSHFLNYSTINYKWSFGDNTGLFVSTNHTVNHTYVLNGTFSLNLTVKAAAP-- 270 280 290 300 310 320 300 310 320 330 340 350 pF1KE4 SCGYSPVPGTTDGHRPTAEAPNTTAGQVPTTEVVGTTPGQAPTAEPSGTTSVQVPTTEVI : : : .:: :: . CCDS34 ----------------------------------GPCPPPPPPPRPSK------PTPSLA 330 340 360 370 380 390 400 410 pF1KE4 STAPVQMPTAESTGMTPEKVPVSEVMGTTLAEMSTPEATGMTPAEVSIVVLSGTTAAQVT .: . . .: .:: .: .: :.: . 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