FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KE1352, 332 aa 1>>>pF1KE1352 332 - 332 aa - 332 aa Library: /omim/omim.rfq.tfa 60827320 residues in 85289 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.2532+/-0.000411; mu= 15.6554+/- 0.025 mean_var=59.9844+/-12.074, 0's: 0 Z-trim(110.4): 21 B-trim: 32 in 1/49 Lambda= 0.165598 statistics sampled from 18690 (18709) to 18690 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.586), E-opt: 0.2 (0.219), width: 16 Scan time: 7.420 The best scores are: opt bits E(85289) NP_000104 (OMIM: 128100,605204) torsin-1A precurso ( 332) 2208 536.3 3.5e-152 NP_055321 (OMIM: 608050) torsin-1B isoform 1 precu ( 336) 1542 377.1 2.8e-104 XP_005251984 (OMIM: 608050) PREDICTED: torsin-1B i ( 291) 1107 273.2 4.8e-73 NP_001078816 (OMIM: 608052) prosalusin isoform a p ( 321) 919 228.3 1.7e-59 NP_001304822 (OMIM: 608050) torsin-1B isoform 2 pr ( 216) 910 226.1 5.4e-59 XP_011516856 (OMIM: 608052) PREDICTED: prosalusin ( 320) 911 226.4 6.4e-59 NP_071766 (OMIM: 607555) torsin-3A precursor [Homo ( 397) 844 210.4 5.1e-54 NP_001304823 (OMIM: 608050) torsin-1B isoform 3 pr ( 159) 575 146.0 5.1e-35 NP_001127902 (OMIM: 608052) prosalusin isoform c p ( 242) 565 143.7 3.9e-34 NP_569726 (OMIM: 608052) prosalusin isoform b prec ( 253) 565 143.7 4e-34 NP_001238950 (OMIM: 608052) prosalusin isoform f [ ( 159) 471 121.1 1.5e-27 NP_001238947 (OMIM: 608052) prosalusin isoform f [ ( 159) 471 121.1 1.5e-27 NP_001245322 (OMIM: 616254,616271) caseinolytic pe ( 648) 144 43.3 0.0017 NP_001245323 (OMIM: 616254,616271) caseinolytic pe ( 662) 144 43.3 0.0018 NP_001245321 (OMIM: 616254,616271) caseinolytic pe ( 677) 144 43.3 0.0018 XP_005274377 (OMIM: 616254,616271) PREDICTED: case ( 678) 144 43.3 0.0018 NP_110440 (OMIM: 616254,616271) caseinolytic pepti ( 707) 144 43.3 0.0019 >>NP_000104 (OMIM: 128100,605204) torsin-1A precursor [H (332 aa) initn: 2208 init1: 2208 opt: 2208 Z-score: 2853.1 bits: 536.3 E(85289): 3.5e-152 Smith-Waterman score: 2208; 99.7% identity (99.7% similar) in 332 aa overlap (1-332:1-332) 10 20 30 40 50 60 pF1KE1 MKLGRAVLGLLLLAPSVVQAVEPISLGLALAGVLTGYIYPRLYCLFAECCGQKRSLSREA :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: NP_000 MKLGRAVLGLLLLAPSVVQAVEPISLGLALAGVLTGYIYPRLYCLFAECCGQKRSLSREA 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 pF1KE1 LQKDLDDNLFGQHLAKKIILNAVFGFINNPKPKKPLTLSLHGWTGTGKNFVSKIIAENIY :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: NP_000 LQKDLDDNLFGQHLAKKIILNAVFGFINNPKPKKPLTLSLHGWTGTGKNFVSKIIAENIY 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 pF1KE1 EGGLNSDYVHLFVATLHFPHASNITLYKDQLQLWIRGNVSACARSIFIFDEMDKMHAGLI :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: NP_000 EGGLNSDYVHLFVATLHFPHASNITLYKDQLQLWIRGNVSACARSIFIFDEMDKMHAGLI 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 230 240 pF1KE1 DAIKPFLDYYDLVDGVSYQKAMFIFLSNAGAERITDVALDFWRSGKQREDIKLKDIEHAL :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: NP_000 DAIKPFLDYYDLVDGVSYQKAMFIFLSNAGAERITDVALDFWRSGKQREDIKLKDIEHAL 190 200 210 220 230 240 250 260 270 280 290 300 pF1KE1 SVSVFNNKNSGFWHSSLIHRNLIDYFVPFLPLEYKHLKMCIRVEMQSRGYEIDEDIVSRV :::::::::::::::::: ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: NP_000 SVSVFNNKNSGFWHSSLIDRNLIDYFVPFLPLEYKHLKMCIRVEMQSRGYEIDEDIVSRV 250 260 270 280 290 300 310 320 330 pF1KE1 AEEMTFFPKEERVFSDKGCKTVFTKLDYYYDD :::::::::::::::::::::::::::::::: NP_000 AEEMTFFPKEERVFSDKGCKTVFTKLDYYYDD 310 320 330 >>NP_055321 (OMIM: 608050) torsin-1B isoform 1 precursor (336 aa) initn: 1564 init1: 1453 opt: 1542 Z-score: 1993.1 bits: 377.1 E(85289): 2.8e-104 Smith-Waterman score: 1542; 67.2% identity (89.1% similar) in 329 aa overlap (4-329:9-336) 10 20 30 40 50 pF1KE1 MKLGRAVLGLLLLAPSVVQAVEPISLGLAL--AGVLTGYI-YPRLYCLFAECCGQ : :.:.::: : :: : :::..:::. :...:::. : .:: ::::: . 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NP_001 QGGLRSPRVHHFSPVLHFPHPSHIERYKKDLKSWVQGNLTACGRSLFLFDEMDKMPPGLM 120 130 140 150 160 170 190 200 210 220 230 240 pF1KE1 DAIKPFLDYYDLVDGVSYQKAMFIFLSNAGAERITDVALDFWRSGKQREDIKLKDIEHAL ....::: .: :..:.::.:::.::.:.:.:..:::. ::: ..::.: :...: .. NP_001 EVLRPFLGSSWVVYGTNYRKAIFIFISNTGGEQINQVALEAWRSRRDREEILLQELEPVI 180 190 200 210 220 230 250 260 270 280 290 300 pF1KE1 SVSVFNNKNSGFWHSSLIHRNLIDYFVPFLPLEYKHLKMCIRVEMQSRGYEIDEDIVSRV : .:..: . :: .:..... :.: ::::::. .:.. :. :. . : : ...:. : NP_001 SRAVLDNPHHGFSNSGIMEERLLDAVVPFLPLQRHHVRHCVLNELAQLGLEPRDEVVQAV 240 250 260 270 280 290 310 320 330 pF1KE1 AEEMTFFPKEERVFSDKGCKTVFTKLDYYYDD . ::::..:..::..::::: ... .. NP_001 LDSTTFFPEDEQLFSSNGCKTVASRIAFFL 300 310 320 >>NP_001304822 (OMIM: 608050) torsin-1B isoform 2 precur (216 aa) initn: 888 init1: 827 opt: 910 Z-score: 1180.1 bits: 226.1 E(85289): 5.4e-59 Smith-Waterman score: 910; 66.0% identity (85.9% similar) in 206 aa overlap (4-206:9-213) 10 20 30 40 50 pF1KE1 MKLGRAVLGLLLLAPSVVQAVEPISLGLAL--AGVLTGYI-YPRLYCLFAECCGQ : :.:.::: : :: : :::..:::. :...:::. : .:: ::::: . NP_001 MLRAGWLRGAAALALLL-AARVVAAFEPITVGLAIGAASAITGYLSYNDIYCRFAECCRE 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 pF1KE1 KRSLSREALQKDLDDNLFGQHLAKKIILNAVFGFINNPKPKKPLTLSLHGWTGTGKNFVS .: :. ::. ::...::::::: ..:..:. :: :: .::::::::::::.:::::::: NP_001 ERPLNASALKLDLEEKLFGQHLATEVIFKALTGFRNNKNPKKPLTLSLHGWAGTGKNFVS 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 pF1KE1 KIIAENIYEGGLNSDYVHLFVATLHFPHASNITLYKDQLQLWIRGNVSACARSIFIFDEM .:.:::.. ::.:..:::::.:::::: ..: ::.:::: :::::::::: :.:::::: NP_001 QIVAENLHPKGLKSNFVHLFVSTLHFPHEQKIKLYQDQLQKWIRGNVSACANSVFIFDEM 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 230 pF1KE1 DKMHAGLIDAIKPFLDYYDLVDGVSYQKAMFIFLSNAGAERITDVALDFWRSGKQREDIK ::.: :.:::::::::::. ::::::.::.:::: NP_001 DKLHPGIIDAIKPFLDYYEQVDGVSYRKAIFIFLRVH 180 190 200 210 240 250 260 270 280 290 pF1KE1 LKDIEHALSVSVFNNKNSGFWHSSLIHRNLIDYFVPFLPLEYKHLKMCIRVEMQSRGYEI >>XP_011516856 (OMIM: 608052) PREDICTED: prosalusin isof (320 aa) initn: 927 init1: 548 opt: 911 Z-score: 1178.7 bits: 226.4 E(85289): 6.4e-59 Smith-Waterman score: 911; 43.4% identity (76.6% similar) in 304 aa overlap (26-329:18-319) 10 20 30 40 50 60 pF1KE1 MKLGRAVLGLLLLAPSVVQAVEPISLGLALAGVLTGYIYPRLYCLFAECCGQKRSLSREA :::. :.. ... : : .. : . . XP_011 MAAATRGCRPWGSLLGLLGLVSAAA-AAWDLASLRCTLGAFCECDFRPDLPG 10 20 30 40 50 70 80 90 100 110 120 pF1KE1 LQKDLDDNLFGQHLAKKIILNAVFGFINNPKPKKPLTLSLHGWTGTGKNFVSKIIAENIY :. :: ..: :::::: ....:. .:. .: : :::.:::::::::::..::...:. .. XP_011 LECDLAQHLAGQHLAKALVVKALKAFVRDPAPTKPLVLSLHGWTGTGKSYVSSLLAHYLF 60 70 80 90 100 110 130 140 150 160 170 180 pF1KE1 EGGLNSDYVHLFVATLHFPHASNITLYKDQLQLWIRGNVSACARSIFIFDEMDKMHAGLI .::: : :: : .::::: :.: ::: :. :..::..::.::.:.::::::: ::. XP_011 QGGLRSPRVHHFSPVLHFPHPSHIERYKD-LKSWVQGNLTACGRSLFLFDEMDKMPPGLM 120 130 140 150 160 170 190 200 210 220 230 240 pF1KE1 DAIKPFLDYYDLVDGVSYQKAMFIFLSNAGAERITDVALDFWRSGKQREDIKLKDIEHAL ....::: .: :..:.::.:::.::.:...:..:::. ::: ..::.: :...: .. XP_011 EVLRPFLGSSWVVYGTNYRKAIFIFISNTGGKQINQVALEAWRSRRDREEILLQELEPVI 180 190 200 210 220 230 250 260 270 280 290 300 pF1KE1 SVSVFNNKNSGFWHSSLIHRNLIDYFVPFLPLEYKHLKMCIRVEMQSRGYEIDEDIVSRV : .:..: . :: .:..... :.: ::::::. .:.. :. :. . : : ...:. : XP_011 SRAVLDNPHHGFSNSGIMEERLLDAVVPFLPLQRHHVRHCVLNELAQLGLEPRDEVVQAV 240 250 260 270 280 290 310 320 330 pF1KE1 AEEMTFFPKEERVFSDKGCKTVFTKLDYYYDD . ::::..:..::..::::: ... .. XP_011 LDSTTFFPEDEQLFSSNGCKTVASRIAFFL 300 310 320 >>NP_071766 (OMIM: 607555) torsin-3A precursor [Homo sap (397 aa) initn: 838 init1: 456 opt: 844 Z-score: 1090.8 bits: 210.4 E(85289): 5.1e-54 Smith-Waterman score: 844; 39.4% identity (73.0% similar) in 315 aa overlap (20-329:82-395) 10 20 30 40 pF1KE1 MKLGRAVLGLLLLAPSVVQAVEPISLGLALAGVLTGYIYPRLYCLFAEC :. :.. : : : . :: : .: NP_071 LRAAGALSKRYWTLFSCQVWPDDCDEDEEAATGPLGWRLPLLGQRYLDLLTTWYCSFKDC 60 70 80 90 100 110 50 60 70 80 90 100 pF1KE1 C--GQKR-SLSREALQKDLDDNLFGQHLAKKIILNAVFGFINNPKPKKPLTLSLHGWTGT : :. : : . .:. ::. : ::::.....: .: :....:.:.: :.::.:::.:: NP_071 CPRGDCRISNNFTGLEWDLNVRLHGQHLVQQLVLRTVRGYLETPQPEKALALSFHGWSGT 120 130 140 150 160 170 110 120 130 140 150 160 pF1KE1 GKNFVSKIIAENIYEGGLNSDYVHLFVATLHFPHASNITLYKDQLQLWIRGNVSACARSI :::::.....::.:. :: :: :..:.::.:::: . . :::.::. :: . . : ... NP_071 GKNFVARMLVENLYRDGLMSDCVRMFIATFHFPHPKYVDLYKEQLMSQIRETQQLCHQTL 180 190 200 210 220 230 170 180 190 200 210 220 pF1KE1 FIFDEMDKMHAGLIDAIKPFLDYYDLVDGVSYQK--AMFIFLSNAGAERITDVALDFWRS ::::: .:.: ::.... : :. .: .. ..:.:::: .. :..:.: . .. NP_071 FIFDEAEKLHPGLLEVLGPHLERRA-PEGHRAESPWTIFLFLSNLRGDIINEVVLKLLKA 240 250 260 270 280 290 230 240 250 260 270 280 pF1KE1 GKQREDIKLKDIEHALSVSVFNNKNSGFWHSSLIHRNLIDYFVPFLPLEYKHLKMCIRVE : .::.: .. .: :.. . .. ..:: :: :...::::::.:::::::.:...: : NP_071 GWSREEITMEHLEPHLQAEIVETIDNGFGHSRLVKENLIDYFIPFLPLEYRHVRLCARDA 300 310 320 330 340 350 290 300 310 320 330 pF1KE1 MQSRGYEIDEDIVSRVAEEMTFFPKEERVFSDKGCKTVFTKLDYYYDD . :. :. ....:. :.. ::::..::..:::.. ...:. NP_071 FLSQELLYKEETLDEIAQMMVYVPKEEQLFSSQGCKSISQRINYFLS 360 370 380 390 >>NP_001304823 (OMIM: 608050) torsin-1B isoform 3 precur (159 aa) initn: 564 init1: 486 opt: 575 Z-score: 749.7 bits: 146.0 E(85289): 5.1e-35 Smith-Waterman score: 575; 58.9% identity (83.4% similar) in 151 aa overlap (4-151:9-158) 10 20 30 40 50 pF1KE1 MKLGRAVLGLLLLAPSVVQAVEPISLGLAL--AGVLTGYI-YPRLYCLFAECCGQ : :.:.::: : :: : :::..:::. :...:::. : .:: ::::: . NP_001 MLRAGWLRGAAALALLL-AARVVAAFEPITVGLAIGAASAITGYLSYNDIYCRFAECCRE 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 pF1KE1 KRSLSREALQKDLDDNLFGQHLAKKIILNAVFGFINNPKPKKPLTLSLHGWTGTGKNFVS .: :. ::. ::...::::::: ..:..:. :: :: .::::::::::::.:::::::: NP_001 ERPLNASALKLDLEEKLFGQHLATEVIFKALTGFRNNKNPKKPLTLSLHGWAGTGKNFVS 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 pF1KE1 KIIAENIYEGGLNSDYVHLFVATLHFPHASNITLYKDQLQLWIRGNVSACARSIFIFDEM .:.:::.. ::.:..:::::.:::::: ..: ::...: NP_001 QIVAENLHPKGLKSNFVHLFVSTLHFPHEQKIKLYQSSLT 120 130 140 150 180 190 200 210 220 230 pF1KE1 DKMHAGLIDAIKPFLDYYDLVDGVSYQKAMFIFLSNAGAERITDVALDFWRSGKQREDIK >>NP_001127902 (OMIM: 608052) prosalusin isoform c precu (242 aa) initn: 570 init1: 550 opt: 565 Z-score: 733.9 bits: 143.7 E(85289): 3.9e-34 Smith-Waterman score: 565; 45.9% identity (75.1% similar) in 181 aa overlap (26-206:18-197) 10 20 30 40 50 60 pF1KE1 MKLGRAVLGLLLLAPSVVQAVEPISLGLALAGVLTGYIYPRLYCLFAECCGQKRSLSREA :::. :.. ... : : .. : . . 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NP_569 QGGLRSPRVHHFSPVLHFPHPSHIERYKKDLKSWVQGNLTACGRSLFLFDEMDKMPPGLM 120 130 140 150 160 170 190 200 210 220 230 240 pF1KE1 DAIKPFLDYYDLVDGVSYQKAMFIFLSNAGAERITDVALDFWRSGKQREDIKLKDIEHAL ....::: .: :..:.::.:::. NP_569 EVLRPFLGSSWVVYGTNYRKAIFIFIRWGPALQWAQWGGHFSEVQLYSLSLCSQQNPVPH 180 190 200 210 220 230 332 residues in 1 query sequences 60827320 residues in 85289 library sequences Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc) start: Sun Nov 6 23:34:52 2016 done: Sun Nov 6 23:34:53 2016 Total Scan time: 7.420 Total Display time: 0.030 Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]