FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KE4588, 913 aa 1>>>pF1KE4588 913 - 913 aa - 913 aa Library: human.CCDS.faa 18511270 residues in 32554 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 9.1397+/-0.00111; mu= 2.9429+/- 0.067 mean_var=164.9147+/-33.820, 0's: 0 Z-trim(108.2): 32 B-trim: 84 in 1/50 Lambda= 0.099872 statistics sampled from 10056 (10076) to 10056 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.642), E-opt: 0.2 (0.31), width: 16 Scan time: 4.710 The best scores are: opt bits E(32554) CCDS35379.1 CUL4B gene_id:8450|Hs108|chrX ( 913) 5859 857.0 0 CCDS43987.1 CUL4B gene_id:8450|Hs108|chrX ( 895) 5715 836.2 0 CCDS83487.1 CUL4B gene_id:8450|Hs108|chrX ( 900) 5715 836.2 0 CCDS41908.1 CUL4A gene_id:8451|Hs108|chr13 ( 759) 4103 604.0 3.5e-172 CCDS9533.1 CUL4A gene_id:8451|Hs108|chr13 ( 659) 3755 553.8 3.8e-157 CCDS73604.1 CUL4A gene_id:8451|Hs108|chr13 ( 667) 3711 547.5 3.1e-155 CCDS7179.1 CUL2 gene_id:8453|Hs108|chr10 ( 745) 979 153.8 1.1e-36 CCDS73086.1 CUL2 gene_id:8453|Hs108|chr10 ( 758) 979 153.8 1.1e-36 CCDS55709.1 CUL2 gene_id:8453|Hs108|chr10 ( 764) 979 153.8 1.1e-36 CCDS2462.1 CUL3 gene_id:8452|Hs108|chr2 ( 768) 977 153.5 1.4e-36 CCDS58751.1 CUL3 gene_id:8452|Hs108|chr2 ( 702) 888 140.7 9.2e-33 CCDS34772.1 CUL1 gene_id:8454|Hs108|chr7 ( 776) 872 138.4 5e-32 >>CCDS35379.1 CUL4B gene_id:8450|Hs108|chrX (913 aa) initn: 5859 init1: 5859 opt: 5859 Z-score: 4570.7 bits: 857.0 E(32554): 0 Smith-Waterman score: 5859; 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CCDS71 MSLKPRVVD--FDETWNKLLTTIKAVVMLEYVE 10 20 30 240 250 260 270 280 290 pF1KE4 KYNLEELYQAVENLC-SYK--ISANLYKQLRQICEDHIKAQIHQFREDSLDSVLFLKKID . . .. .. . :: .: .. :: . . . :.:.. ..:. .: ..:: . CCDS71 RATWNDRFSDIYALCVAYPEPLGERLYTETKIFLENHVR-HLHKRVLESEEQVLVM--YH 40 50 60 70 80 300 310 320 330 pF1KE4 RCWQNHCRQMIMIRSIFLFLDRTYVLQNSM-----------------LPSIWDMGLELFR : :... . .. .. .:. .. .:.. : : ...:...: CCDS71 RYWEEYSKGADYMDCLYRYLNTQFIKKNKLTEADLQYGYGGVDMNEPLMEIGELALDMWR 90 100 110 120 130 140 340 350 360 370 380 pF1KE4 AHIISDQKVQNKTIDGILLLIERERNGEAIDRSLLRSLLSMLSD---------LQIYQDS .. . .: : .: :. .:.:: .......... . :..::. 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CCDS71 MNYL-GKPYVAMVTTYQMAVLLAFNNSETVSYKELQDSTQMNEKELTKTIKSLL--DVKM 570 580 590 600 610 620 800 810 820 830 840 850 pF1KE4 LAKNPKGKDIEDGDKFICNDDFKHKLFRIKINQIQMKETVEEQASTTERVFQDRQYQIDA . .. . .::. ..: : .:. : ..::. ..:.: .:. .: : .::.. ..: CCDS71 INHDSEKEDIDAESSFSLNMNFSSKRTKFKITTSMQKDTPQEMEQTRSAVDEDRKMYLQA 630 640 650 660 670 680 860 870 880 890 900 910 pF1KE4 AIVRIMKMRKTLSHNLLVSEVYNQLKFPVKPAD--LKKRIESLIDRDYMERDKENPNQYN ::::::: ::.: :: :..:: .: . .:. .:: :: :::..:.::.. . ..:. CCDS71 AIVRIMKARKVLRHNALIQEVISQSRARFNPSISMIKKCIEVLIDKQYIERSQASADEYS 690 700 710 720 730 740 pF1KE4 YIA :.: CCDS71 YVA >>CCDS73086.1 CUL2 gene_id:8453|Hs108|chr10 (758 aa) initn: 838 init1: 326 opt: 979 Z-score: 772.0 bits: 153.8 E(32554): 1.1e-36 Smith-Waterman score: 1076; 28.6% identity (62.8% similar) in 767 aa overlap (191-913:3-758) 170 180 190 200 210 220 pF1KE4 SILISSVASVHHANGLAKSSTTVSSFANSKPGSAKKLVIKNFKDKPKLPENYTDETWQKL ::. . ... ::.. . ::::.:: CCDS73 MVPGKEFQHYTCTMSLKPRVVD--FDETWNKL 10 20 30 230 240 250 260 270 pF1KE4 KEAVEAIQNSTSI-KYNLEELYQAVENLC-SYK--ISANLYKQLRQICEDHIKAQIHQFR ...:. . . . .. .. . :: .: .. :: . . . :.:.. ..:. CCDS73 LTTIKAVVMLEYVERATWNDRFSDIYALCVAYPEPLGERLYTETKIFLENHVR-HLHKRV 40 50 60 70 80 280 290 300 310 320 pF1KE4 EDSLDSVLFLKKIDRCWQNHCRQMIMIRSIFLFLDRTYVLQNSM---------------- .: ..:: . . : :... . .. .. .:. .. .:.. CCDS73 LESEEQVLVMYH--RYWEEYSKGADYMDCLYRYLNTQFIKKNKLTEADLQYGYGGVDMNE 90 100 110 120 130 140 330 340 350 360 370 pF1KE4 -LPSIWDMGLELFRAHIISDQKVQNKTIDGILLLIERERNGEAIDRSLLRSLLSMLSD-- : : ...:...: .. . .: : .: :. .:.:: .......... . CCDS73 PLMEIGELALDMWRKLMV--EPLQAILIRMLLREIKNDRGGEDPNQKVIHGVINSFVHVE 150 160 170 180 190 200 380 390 400 410 420 430 pF1KE4 -------LQIYQDSFEQRFLEETNRLYAAEGQKLMQEREVPEYLHHVNKRLEEEADRLIT :..::. ::. :: ::.. : :...:.:: . .:...: ::..: : CCDS73 QYKKKFPLKFYQEIFESPFLTETGEYYKQEASNLLQESNCSQYMEKVLGRLKDEEIRCRK 210 220 230 240 250 260 440 450 460 470 480 490 pF1KE4 YLDQTTQKSLIATVEKQLLGEHLTAILQKGLNNLLDENRIQDLSLLYQLFSRVRGGVQVL :: .. ..: .......:: .:. .:.. ... .:.. .: :. : :. . CCDS73 YLHPSSYTKVIHECQQRMVADHLQ-FLHAECHNIIRQEKKNDMANMYVLLRAVSTGLPHM 270 280 290 300 310 320 500 510 520 530 540 pF1KE4 LQQWIEYIKAFG--STIVINPEKDKTM-VQELLDFKDKVDHIIDICFLKNEKFINAMKEA .:. ..:. : .: .. :. :. :. .:. . : ..:. . ...:..:. .: CCDS73 IQELQNHIHDEGLRATSNLTQENMPTLFVESVLEVHGKFVQLINTVLNGDQHFMSALDKA 330 340 350 360 370 380 550 560 570 580 590 600 pF1KE4 FETFINKR-PN---KPAELIAKYVDSKLRAGNKEATDEELEKMLDKIMIIFRFIYGKDVF . . .: : :. : ::.::: :. :. . : :..:.: : ... .:..: :::: CCDS73 LTSVVNYREPKSVCKAPELLAKYCDNLLKKSAKGMTENEVEDRLTSFITVFKYIDDKDVF 390 400 410 420 430 440 610 620 630 640 650 660 pF1KE4 EAFYKKDLAKRLLVGKSASVDAEKSMLSKLKHECGAAFTSKLEGMFKDMELSKDIMIQFK . :: . :::::. : : :.:.:..:..:::. :: :::::. :. :: .: :. .:. 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CCDS73 RSAVDEDRKMYLQAAIVRIMKARKVLRHNALIQEVISQSRARFNPSISMIKKCIEVLIDK 690 700 710 720 730 740 900 910 pF1KE4 DYMERDKENPNQYNYIA .:.::.. . ..:.:.: CCDS73 QYIERSQASADEYSYVA 750 >>CCDS55709.1 CUL2 gene_id:8453|Hs108|chr10 (764 aa) initn: 838 init1: 326 opt: 979 Z-score: 772.0 bits: 153.8 E(32554): 1.1e-36 Smith-Waterman score: 1073; 28.8% identity (62.9% similar) in 753 aa overlap (205-913:23-764) 180 190 200 210 220 230 pF1KE4 GLAKSSTTVSSFANSKPGSAKKLVIKNFKDKPKLPENYTDETWQKLKEAVEAIQNSTSI- ::.. . ::::.:: ...:. . CCDS55 MYRVTWSTFWLRFQHYTCTMSLKPRVVD--FDETWNKLLTTIKAVVMLEYVE 10 20 30 40 50 240 250 260 270 280 290 pF1KE4 KYNLEELYQAVENLC-SYK--ISANLYKQLRQICEDHIKAQIHQFREDSLDSVLFLKKID . . .. .. . :: .: .. :: . . . :.:.. ..:. .: ..:: . CCDS55 RATWNDRFSDIYALCVAYPEPLGERLYTETKIFLENHVR-HLHKRVLESEEQVLVM--YH 60 70 80 90 100 300 310 320 330 pF1KE4 RCWQNHCRQMIMIRSIFLFLDRTYVLQNSM-----------------LPSIWDMGLELFR : :... . .. .. .:. .. .:.. : : ...:...: CCDS55 RYWEEYSKGADYMDCLYRYLNTQFIKKNKLTEADLQYGYGGVDMNEPLMEIGELALDMWR 110 120 130 140 150 160 340 350 360 370 380 pF1KE4 AHIISDQKVQNKTIDGILLLIERERNGEAIDRSLLRSLLSMLSD---------LQIYQDS .. . .: : .: :. .:.:: .......... . :..::. 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