FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KE1465, 376 aa 1>>>pF1KE1465 376 - 376 aa - 376 aa Library: human.CCDS.faa 18511270 residues in 32554 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.6868+/-0.000985; mu= 11.7808+/- 0.060 mean_var=144.9485+/-29.587, 0's: 0 Z-trim(110.6): 155 B-trim: 0 in 0/51 Lambda= 0.106529 statistics sampled from 11529 (11713) to 11529 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.719), E-opt: 0.2 (0.36), width: 16 Scan time: 3.080 The best scores are: opt bits E(32554) CCDS30976.1 FMOD gene_id:2331|Hs108|chr1 ( 376) 2569 406.3 2.2e-113 CCDS9038.1 LUM gene_id:4060|Hs108|chr12 ( 338) 1030 169.8 3.2e-42 CCDS1438.1 PRELP gene_id:5549|Hs108|chr1 ( 382) 858 143.4 3.2e-34 CCDS9037.1 KERA gene_id:11081|Hs108|chr12 ( 352) 813 136.4 3.7e-32 CCDS6696.1 OMD gene_id:4958|Hs108|chr9 ( 421) 764 129.0 7.7e-30 CCDS55601.1 PODN gene_id:127435|Hs108|chr1 ( 519) 457 81.9 1.4e-15 CCDS56578.1 ECM2 gene_id:1842|Hs108|chr9 ( 643) 434 78.4 1.9e-14 CCDS6698.1 ECM2 gene_id:1842|Hs108|chr9 ( 699) 434 78.5 2e-14 CCDS54226.1 PODNL1 gene_id:79883|Hs108|chr19 ( 510) 429 77.6 2.8e-14 CCDS12300.1 PODNL1 gene_id:79883|Hs108|chr19 ( 512) 429 77.6 2.8e-14 CCDS9039.1 DCN gene_id:1634|Hs108|chr12 ( 359) 425 76.8 3.3e-14 CCDS14721.1 BGN gene_id:633|Hs108|chrX ( 368) 420 76.1 5.7e-14 CCDS13121.1 FLRT3 gene_id:23767|Hs108|chr20 ( 649) 400 73.2 7.2e-13 CCDS8057.1 FLRT1 gene_id:23769|Hs108|chr11 ( 674) 394 72.3 1.4e-12 CCDS54225.1 PODNL1 gene_id:79883|Hs108|chr19 ( 421) 389 71.3 1.7e-12 CCDS9877.1 FLRT2 gene_id:23768|Hs108|chr14 ( 660) 390 71.7 2.1e-12 CCDS55602.1 PODN gene_id:127435|Hs108|chr1 ( 642) 356 66.4 7.8e-11 CCDS573.1 PODN gene_id:127435|Hs108|chr1 ( 661) 356 66.5 8e-11 >>CCDS30976.1 FMOD gene_id:2331|Hs108|chr1 (376 aa) initn: 2569 init1: 2569 opt: 2569 Z-score: 2149.1 bits: 406.3 E(32554): 2.2e-113 Smith-Waterman score: 2569; 100.0% identity (100.0% similar) in 376 aa overlap (1-376:1-376) 10 20 30 40 50 60 pF1KE1 MQWTSLLLLAGLFSLSQAQYEDDPHWWFHYLRSQQSTYYDPYDPYPYETYEPYPYGVDEG :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS30 MQWTSLLLLAGLFSLSQAQYEDDPHWWFHYLRSQQSTYYDPYDPYPYETYEPYPYGVDEG 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 pF1KE1 PAYTYGSPSPPDPRDCPQECDCPPNFPTAMYCDNRNLKYLPFVPSRMKYVYFQNNQITSI :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS30 PAYTYGSPSPPDPRDCPQECDCPPNFPTAMYCDNRNLKYLPFVPSRMKYVYFQNNQITSI 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 pF1KE1 QEGVFDNATGLLWIALHGNQITSDKVGRKVFSKLRHLERLYLDHNNLTRMPGPLPRSLRE :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS30 QEGVFDNATGLLWIALHGNQITSDKVGRKVFSKLRHLERLYLDHNNLTRMPGPLPRSLRE 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 230 240 pF1KE1 LHLDHNQISRVPNNALEGLENLTALYLQHNEIQEVGSSMRGLRSLILLDLSYNHLRKVPD :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS30 LHLDHNQISRVPNNALEGLENLTALYLQHNEIQEVGSSMRGLRSLILLDLSYNHLRKVPD 190 200 210 220 230 240 250 260 270 280 290 300 pF1KE1 GLPSALEQLYMEHNNVYTVPDSYFRGAPKLLYVRLSHNSLTNNGLASNTFNSSSLLELDL :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS30 GLPSALEQLYMEHNNVYTVPDSYFRGAPKLLYVRLSHNSLTNNGLASNTFNSSSLLELDL 250 260 270 280 290 300 310 320 330 340 350 360 pF1KE1 SYNQLQKIPPVNTNLENLYLQGNRINEFSISSFCTVVDVVNFSKLQVLRLDGNEIKRSAM :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS30 SYNQLQKIPPVNTNLENLYLQGNRINEFSISSFCTVVDVVNFSKLQVLRLDGNEIKRSAM 310 320 330 340 350 360 370 pF1KE1 PADAPLCLRLASLIEI :::::::::::::::: CCDS30 PADAPLCLRLASLIEI 370 >>CCDS9038.1 LUM gene_id:4060|Hs108|chr12 (338 aa) initn: 1216 init1: 920 opt: 1030 Z-score: 871.4 bits: 169.8 E(32554): 3.2e-42 Smith-Waterman score: 1030; 46.5% identity (79.2% similar) in 318 aa overlap (61-376:26-337) 40 50 60 70 80 90 pF1KE1 LRSQQSTYYDPYDPYPYETYEPYPYGVDEGPAYTYGSPSPPDPRDCPQECDCPPNFPTAM : ::. :: .: ::.:: ..:.:: CCDS90 MSLSAFTLFLALIGGTSGQYYDYDFPLSIYGQSSP----NCAPECNCPESYPSAM 10 20 30 40 50 100 110 120 130 140 150 pF1KE1 YCDNRNLKYLPFVPSRMKYVYFQNNQITSIQEGVFDNATGLLWIALHGNQITSDKVGRKV :::. .:: .:.:: .::.:..:::: :.: .:.:.: : :. : : . ..:. .: CCDS90 YCDELKLKSVPMVPPGIKYLYLRNNQIDHIDEKAFENVTDLQWLILDHNLLENSKIKGRV 60 70 80 90 100 110 160 170 180 190 200 210 pF1KE1 FSKLRHLERLYLDHNNLTRMPGPLPRSLRELHLDHNQISRVPNNALEGLENLTALYLQHN ::::..:..:...:::::. ::::.::..:.: ::.:... ...::: ::: ..:::: CCDS90 FSKLKQLKKLHINHNNLTESVGPLPKSLEDLQLTHNKITKL--GSFEGLVNLTFIHLQHN 120 130 140 150 160 220 230 240 250 260 pF1KE1 EIQE--VGSSMRGLRSLILLDLSYNHLRKVPDGLPSALEQLYMEHNNVYTVPDSYFRGAP ...: :.....::.:: ::::.:.. ..:.::: .: ::...:.. ..:: ::. CCDS90 RLKEDAVSAAFKGLKSLEYLDLSFNQIARLPSGLPVSLLTLYLDNNKISNIPDEYFKRFN 170 180 190 200 210 220 270 280 290 300 310 320 pF1KE1 KLLYVRLSHNSLTNNGLASNTFNSSSLLELDLSYNQLQKIPPVNTNLENLYLQGNRINEF : :.::::: :...:. .:.:: :::.:::::::.:..:: :: :::: ::. :....: CCDS90 ALQYLRLSHNELADSGIPGNSFNVSSLVELDLSYNKLKNIPTVNENLENYYLEVNQLEKF 230 240 250 260 270 280 330 340 350 360 370 pF1KE1 SISSFCTVVDVVNFSKLQVLRLDGNEIKRSAMPADAPLCLRLASLIEI .:.::: .. ...::.. ::::::.:.....: : :::.:. . . CCDS90 DIKSFCKILGPLSYSKIKHLRLDGNRISETSLPPDMYECLRVANEVTLN 290 300 310 320 330 >>CCDS1438.1 PRELP gene_id:5549|Hs108|chr1 (382 aa) initn: 966 init1: 360 opt: 858 Z-score: 727.8 bits: 143.4 E(32554): 3.2e-34 Smith-Waterman score: 905; 40.2% identity (68.6% similar) in 388 aa overlap (3-376:7-382) 10 20 30 40 50 pF1KE1 MQWTSLLLLAGLFSLSQAQYEDDPHWWFHY-LRSQQSTYYDPYDPYPYETYEPYPY : :: : : :..:.: :. : . : : : : :: CCDS14 MRSPLCW--LLPLLILASVAQGQPTRRPRPGTGPGRRPRPRPRPTPSFPQPDEPAEP--- 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 pF1KE1 GVDEGPAYTYGSPSP-PDPRDCPQECDCPPNFPTAMYCDNRNLKYLPFVPSRMKYVYFQN .: : : :: : :::.:: :::.::.:.:::.:::. .: .: :..:.:.:: CCDS14 -TDLPPPLPPGPPSIFP---DCPRECYCPPDFPSALYCDSRNLRKVPVIPPRIHYLYLQN 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 pF1KE1 NQITSIQEGVFDNATGLLWIALHGNQITSDKVGRKVFSKLRHLERLYLDHNNLTRMPGPL : :: . :.::::: :: : .:.: :. ..:. :: : ::...:.: ..:. : CCDS14 NFITELPVESFQNATGLRWINLDNNRIR--KIDQRVLEKLPGLVFLYMEKNQLEEVPSAL 120 130 140 150 160 180 190 200 210 220 230 pF1KE1 PRSLRELHLDHNQISRVPNNALEGLENLTALYLQHNEIQE---VGSSMRGLRSLILLDLS ::.:..:.:..:.:::.: ... :::: : ::::.... ....::..:. :.:. CCDS14 PRNLEQLRLSQNHISRIPPGVFSKLENLLLLDLQHNRLSDGVFKPDTFHGLKNLMQLNLA 170 180 190 200 210 220 240 250 260 270 280 290 pF1KE1 YNHLRKVPDGLPSALEQLYMEHNNVYTVPDSYFRGAPKLLYVRLSHNSLTNNGLASNTFN .: :::.: .:.:..:::.. :.. :.:..::.. :.: ..::..:.::. :: .:.:: CCDS14 HNILRKMPPRVPTAIHQLYLDSNKIETIPNGYFKSFPNLAFIRLNYNKLTDRGLPKNSFN 230 240 250 260 270 280 300 310 320 330 340 pF1KE1 SSSLLELDLSYNQLQKIPPVNTNLENLYLQGNRINEFSISSFCT--VV-------DVVNF :.:: : ::.:.....: .:. ::.:::..: :.... ...: .: :. : CCDS14 ISNLLVLHLSHNRISSVPAINNRLEHLYLNNNSIEKINGTQICPNDLVAFHDFSSDLENV 290 300 310 320 330 340 350 360 370 pF1KE1 SKLQVLRLDGNEIKRSAMPADAPLCLRLASLIEI .:. :::::: .: .: : .:.:: . . : CCDS14 PHLRYLRLDGNYLK-PPIPLDLMMCFRLLQSVVI 350 360 370 380 >>CCDS9037.1 KERA gene_id:11081|Hs108|chr12 (352 aa) initn: 889 init1: 492 opt: 813 Z-score: 690.9 bits: 136.4 E(32554): 3.7e-32 Smith-Waterman score: 865; 41.9% identity (75.4% similar) in 313 aa overlap (75-376:41-352) 50 60 70 80 90 100 pF1KE1 YPYETYEPYPYGVDEGPAYTYGSPSPPDPRDCPQECDCPPNFPTAMYCDNRNLKYLPFVP .::.:: :::.::::.::.::.:: .: .: CCDS90 VLFITDTVWSRSVRQVYEVHDSDDWTIHDFECPMECFCPPSFPTALYCENRGLKEIPAIP 20 30 40 50 60 70 110 120 130 140 150 160 pF1KE1 SRMKYVYFQNNQITSIQEGVFDNATGLLWIALHGNQITSDKVGRKVFSKLRHLERLYLDH ::. :.:.::: : .: : :.::: : :: :. :.::. . . ..:.:..: :.:. CCDS90 SRIWYLYLQNNLIETIPEKPFENATQLRWINLNKNKITNYGIEKGALSQLKKLLFLFLED 80 90 100 110 120 130 170 180 190 200 210 220 pF1KE1 NNLTRMPGPLPRSLRELHLDHNQISRVPNNALEGLENLTALYLQHNEIQEVG---SSMRG :.: ..:.::::::..:.: .:..::.:.... .::::: : ::.:.. . . ....: CCDS90 NELEEVPSPLPRSLEQLQLARNKVSRIPQGTFSNLENLTLLDLQNNKLVDNAFQRDTFKG 140 150 160 170 180 190 230 240 250 260 270 280 pF1KE1 LRSLILLDLSYNHLRKVPDGLPSALEQLYMEHNNVYTVPDSYFRGAPKLLYVRLSHNSLT :..:. :... : ::..: ::. ::....:.. .:..:: ::. ..::.::.:. CCDS90 LKNLMQLNMAKNALRNMPPRLPANTMQLFLDNNSIEGIPENYFNVIPKVAFLRLNHNKLS 200 210 220 230 240 250 290 300 310 320 330 340 pF1KE1 NNGLASNTFNSSSLLELDLSYNQLQKIPPVNTNLENLYLQGNRINEFSISSFCTVVDVV- ..:: : :. ::.:.:.::.::: :.: ....:..:.:. :.:. ..: .: ... CCDS90 DEGLPSRGFDVSSILDLQLSHNQLTKVPRISAHLQHLHLDHNKIKSVNVSVICPSPSMLP 260 270 280 290 300 310 350 360 370 pF1KE1 ----NFS---KLQVLRLDGNEIKRSAMPADAPLCLRLASLIEI .:: .:. ::::::::: .: :.:: . . : CCDS90 AERDSFSYGPHLRYLRLDGNEIK-PPIPMALMTCFRLLQAVII 320 330 340 350 >>CCDS6696.1 OMD gene_id:4958|Hs108|chr9 (421 aa) initn: 764 init1: 442 opt: 764 Z-score: 649.2 bits: 129.0 E(32554): 7.7e-30 Smith-Waterman score: 764; 37.8% identity (67.7% similar) in 331 aa overlap (29-356:21-343) 10 20 30 40 50 60 pF1KE1 MQWTSLLLLAGLFSLSQAQYEDDPHWWFHYLRSQQSTYYDPYDPYPYETYEPYPYGVDEG .: : . :: :.: :. .:: CCDS66 MGFLSPIYVIFFFFGVKVHCQYETYQWDEDYDQEPDDDYQTGFPFRQNVD-- 10 20 30 40 50 70 80 90 100 110 120 pF1KE1 PAYTYGSPSPPDPRDCPQECDCPPNFPTAMYCDNRNLKYLPFVPSRMKYVYFQNNQITSI :: : : .:: :: :::..::::::.:: .: .: ... .:.: :.: .. CCDS66 ----YGVPFHQYTLGCVSECFCPTNFPSSMYCDNRKLKTIPNIPMHIQQLYLQFNEIEAV 60 70 80 90 100 130 140 150 160 170 180 pF1KE1 QEGVFDNATGLLWIALHGNQITSDKVGRKVFSKLRHLERLYLDHNNLTRMPGPLPRSLRE . : ::: : : : :.: :.:. ::.:: .: .:.:.:::: ..: :::.::.. CCDS66 TANSFINATHLKEINLSHNKIKSQKIDYGVFAKLPNLLQLHLEHNNLEEFPFPLPKSLER 110 120 130 140 150 160 190 200 210 220 230 pF1KE1 LHLDHNQISRVPNNALEGLENLTALYLQHNEIQEV---GSSMRGLRSLILLDLSYNHLRK : : .:.::.. .::..:: ::: : : .: ... . . ...:. :.: :.:.. CCDS66 LLLGYNEISKLQTNAMDGLVNLTMLDLCYNYLHDSLLKDKIFAKMEKLMQLNLCSNRLES 170 180 190 200 210 220 240 250 260 270 280 290 pF1KE1 VPDGLPSALEQLYMEHNNVYTVPDSYFRGAPKLLYVRLSHNSLTNNGLASNTFNSSSLLE .: ::::.: : .:.:.. ..:..:: ::: .:.:::.: . . : :: ...: CCDS66 MPPGLPSSLMYLSLENNSISSIPEKYFDKLPKLHTLRMSHNKLQD--IPYNIFNLPNIVE 230 240 250 260 270 280 300 310 320 330 340 350 pF1KE1 LDLSYNQLQKIPPVNTNLENLYLQGNRINEFSISSFCTVVDVVNFSKLQVLRLDGNEIKR :....:.:.. . :::.::::.:.:...... .: .: ... .: .:.: :..: CCDS66 LSVGHNKLKQAFYIPRNLEHLYLQNNEIEKMNLTVMCPSIDPLHYHHLTYIRVDQNKLKE 290 300 310 320 330 340 360 370 pF1KE1 SAMPADAPLCLRLASLIEI CCDS66 PISSYIFFCFPHIHTIYYGEQRSTNGQTIQLKTQVFRRFPDDDDESEDHDDPDNAHESPE 350 360 370 380 390 400 >>CCDS55601.1 PODN gene_id:127435|Hs108|chr1 (519 aa) initn: 538 init1: 233 opt: 457 Z-score: 393.0 bits: 81.9 E(32554): 1.4e-15 Smith-Waterman score: 457; 30.4% identity (62.7% similar) in 316 aa overlap (68-376:107-414) 40 50 60 70 80 90 pF1KE1 YYDPYDPYPYETYEPYPYGVDEGPAYTYGSPSP-PDPRDCPQECDCPPNFPTAMYCDNRN :.: : .::..: : . .. : . . CCDS55 GFGRSGGHSLSPEENEFAEEEPVLVLSPEEPGPGPAAVSCPRDCACSQE--GVVDCGGID 80 90 100 110 120 130 100 110 120 130 140 150 pF1KE1 LKYLPF-VPSRMKYVYFQNNQITSIQEGVFDNATGLLWIALHGNQITSDKVGRKVFSKLR :. .: .: . ... .:::.. .: :.:.. ..: . :..: .:.. . ..: :: CCDS55 LREFPGDLPEHTNHLSLQNNKLEKIPPGAFSELSSLRELYLQNNYLTDEGLDNETFWKLS 140 150 160 170 180 190 160 170 180 190 200 210 pF1KE1 HLERLYLDHNNLTRMPGPLPRSLRELHLDHNQISRVPNNALEGLENLTALYLQHNEIQEV :: : :. :::.:.:. ::::: :::..: : : :.: ...: : :. :...: CCDS55 SLEYLDLSSNNLSRVPAGLPRSLVLLHLEKNAIRSVDANVLTPIRSLEYLLLHSNQLREQ 200 210 220 230 240 250 220 230 240 250 260 270 pF1KE1 GS---SMRGLRSLILLDLSYNHLRKVPDGLPSALEQLYMEHNNVYTVPDSYFRGAPKLLY : ...::. : . : : :..::.::: .. :.. ::.. . : . : CCDS55 GIHPLAFQGLKRLHTVHLYNNALERVPSGLPRRVRTLMILHNQITGIGREDFATTYFLEE 260 270 280 290 300 310 280 290 300 310 320 330 pF1KE1 VRLSHNSLTNNGLASNTFNSSSLLE-LDLSYNQLQKIPP-VNTNLENLYLQGNRINEFSI . ::.: .:. . ..: . ::. :::: :.:. .:: . :.. : .. :.. .. CCDS55 LNLSYNRITSPQVHRDAFRKLRLLRSLDLSGNRLHTLPPGLPRNVHVLKVKRNELAALAR 320 330 340 350 360 370 340 350 360 370 pF1KE1 SSFCTVVDVVNFSKLQVLRLDGNEIKRSAMPADAPLCLRLASLIEI ... :....:. : : .:... :. : . : .:..: CCDS55 GAL------VGMAQLRELYLTSNRLRSRALGPRAWVDLAHLQLLDIAGNQLTEIPEGLPE 380 390 400 410 420 CCDS55 SLEYLYLQNNKISAVPANAFDSTPNLKGIFLRFNKLAVGSVVDSAFRRLKHLQVLDIEGN 430 440 450 460 470 480 >>CCDS56578.1 ECM2 gene_id:1842|Hs108|chr9 (643 aa) initn: 439 init1: 198 opt: 434 Z-score: 372.8 bits: 78.4 E(32554): 1.9e-14 Smith-Waterman score: 434; 31.6% identity (66.5% similar) in 266 aa overlap (67-325:282-546) 40 50 60 70 80 90 pF1KE1 TYYDPYDPYPYETYEPYPYGVDEGPAYTYGSPSPPDPRDCPQ-ECDCPPNFPTAMYCDNR :: : :: . : .. : . : : CCDS56 DEEEEGEEGEEDEEDEEDPVRGDMFRMPSRSPLPAPPRGTLRLPSGCSLSYRT-ISCINA 260 270 280 290 300 310 100 110 120 130 140 150 pF1KE1 NLKYLP-FVPSRMKYVYFQNNQITSIQEGVFDNATGLLWIALHGNQITSDKVGRKVFSKL : .: .. .. . . .:.:.:: . .:.. .: . : :.:::. .: :.:. : CCDS56 MLTQIPPLTAPQITSLELTGNSIASIPDEAFNGLPNLERLDLSKNNITSSGIGPKAFKLL 320 330 340 350 360 370 160 170 180 190 200 210 pF1KE1 RHLERLYLDHNNLTRMPGPLPRSLRELHLDHNQISRVPNNALEGLENLTALYLQHNEIQE ..: :: .: ::: ..:. :: .:.::....:... . ...: :..:..: :. :...: CCDS56 KKLMRLNMDGNNLIQIPSQLPSTLEELKVNENNLQAIDEESLSDLNQLVTLELEGNNLSE 380 390 400 410 420 430 220 230 240 250 260 270 pF1KE1 VGSS---MRGLRSLILLDLSYNHLRKVPDGLPSALEQLYMEHNNVYTVPDSYFRGAPKLL .. . .. :.:: : :. :..: .:.:::...:.::.:.:.. . . : . :. 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