FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KE6340, 352 aa 1>>>pF1KE6340 352 - 352 aa - 352 aa Library: /omim/omim.rfq.tfa 60827320 residues in 85289 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.0488+/-0.000408; mu= 12.9421+/- 0.025 mean_var=106.1014+/-22.815, 0's: 0 Z-trim(115.4): 348 B-trim: 1249 in 1/49 Lambda= 0.124513 statistics sampled from 25421 (25880) to 25421 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.674), E-opt: 0.2 (0.303), width: 16 Scan time: 7.480 The best scores are: opt bits E(85289) NP_008966 (OMIM: 217300,603288) keratocan precurso ( 352) 2381 438.5 1.1e-122 NP_958505 (OMIM: 601914) prolargin precursor [Homo ( 382) 1247 234.8 2.4e-61 NP_002716 (OMIM: 601914) prolargin precursor [Homo ( 382) 1247 234.8 2.4e-61 NP_002014 (OMIM: 600245) fibromodulin precursor [H ( 376) 813 156.8 6.9e-38 NP_002336 (OMIM: 600616) lumican precursor [Homo s ( 338) 747 144.9 2.4e-34 XP_005270514 (OMIM: 608661) PREDICTED: podocan iso ( 613) 500 100.8 8.4e-21 NP_001186010 (OMIM: 608661) podocan isoform 2 [Hom ( 642) 500 100.8 8.7e-21 NP_001186009 (OMIM: 608661) podocan isoform 2 [Hom ( 642) 500 100.8 8.7e-21 XP_016855783 (OMIM: 608661) PREDICTED: podocan iso ( 652) 500 100.8 8.8e-21 NP_714914 (OMIM: 608661) podocan isoform 1 [Homo s ( 661) 500 100.8 8.9e-21 NP_060150 (OMIM: 603932,607850,608135) asporin iso ( 379) 452 92.0 2.3e-18 NP_001184225 (OMIM: 603479) extracellular matrix p ( 643) 445 90.9 8.2e-18 NP_001184224 (OMIM: 603479) extracellular matrix p ( 677) 445 90.9 8.5e-18 NP_001384 (OMIM: 603479) extracellular matrix prot ( 699) 445 91.0 8.7e-18 XP_016885213 (OMIM: 300106,301870) PREDICTED: bigl ( 368) 425 87.1 6.5e-17 NP_001702 (OMIM: 300106,301870) biglycan prepropro ( 368) 425 87.1 6.5e-17 NP_037412 (OMIM: 604806) leucine-rich repeat trans ( 674) 382 79.6 2.2e-14 XP_005273918 (OMIM: 604806) PREDICTED: leucine-ric ( 674) 382 79.6 2.2e-14 XP_011543185 (OMIM: 604806) PREDICTED: leucine-ric ( 674) 382 79.6 2.2e-14 NP_037413 (OMIM: 604808,615271) leucine-rich repea ( 649) 365 76.6 1.7e-13 XP_005260739 (OMIM: 604808,615271) PREDICTED: leuc ( 649) 365 76.6 1.7e-13 XP_011527507 (OMIM: 604808,615271) PREDICTED: leuc ( 649) 365 76.6 1.7e-13 NP_938205 (OMIM: 604808,615271) leucine-rich repea ( 649) 365 76.6 1.7e-13 XP_011527506 (OMIM: 604808,615271) PREDICTED: leuc ( 649) 365 76.6 1.7e-13 XP_011538979 (OMIM: 608661) PREDICTED: podocan iso ( 402) 348 73.3 1e-12 NP_001258 (OMIM: 602178) chondroadherin precursor ( 359) 341 72.0 2.2e-12 NP_001333075 (OMIM: 604807) leucine-rich repeat tr ( 660) 344 72.8 2.4e-12 XP_016876618 (OMIM: 604807) PREDICTED: leucine-ric ( 660) 344 72.8 2.4e-12 XP_016876620 (OMIM: 604807) PREDICTED: leucine-ric ( 660) 344 72.8 2.4e-12 XP_005267547 (OMIM: 604807) PREDICTED: leucine-ric ( 660) 344 72.8 2.4e-12 XP_016876623 (OMIM: 604807) PREDICTED: leucine-ric ( 660) 344 72.8 2.4e-12 XP_016876624 (OMIM: 604807) PREDICTED: leucine-ric ( 660) 344 72.8 2.4e-12 NP_037363 (OMIM: 604807) leucine-rich repeat trans ( 660) 344 72.8 2.4e-12 XP_016876621 (OMIM: 604807) PREDICTED: leucine-ric ( 660) 344 72.8 2.4e-12 XP_011534913 (OMIM: 604807) PREDICTED: leucine-ric ( 660) 344 72.8 2.4e-12 NP_001333073 (OMIM: 604807) leucine-rich repeat tr ( 660) 344 72.8 2.4e-12 XP_016876619 (OMIM: 604807) PREDICTED: leucine-ric ( 660) 344 72.8 2.4e-12 NP_001333074 (OMIM: 604807) leucine-rich repeat tr ( 660) 344 72.8 2.4e-12 XP_016876622 (OMIM: 604807) PREDICTED: leucine-ric ( 660) 344 72.8 2.4e-12 NP_001333072 (OMIM: 604807) leucine-rich repeat tr ( 660) 344 72.8 2.4e-12 XP_011522516 (OMIM: 602178) PREDICTED: chondroadhe ( 440) 341 72.1 2.6e-12 XP_016867994 (OMIM: 610486) PREDICTED: leucine-ric ( 653) 341 72.3 3.5e-12 NP_071426 (OMIM: 610486) leucine-rich repeat-conta ( 653) 341 72.3 3.5e-12 XP_011514763 (OMIM: 610486) PREDICTED: leucine-ric ( 653) 341 72.3 3.5e-12 NP_001333361 (OMIM: 606666,615311) leucine-rich re ( 927) 335 71.3 9.6e-12 NP_060960 (OMIM: 606666,615311) leucine-rich repea ( 951) 335 71.3 9.8e-12 NP_612490 (OMIM: 616236) chondroadherin-like prote ( 762) 331 70.5 1.4e-11 XP_005261427 (OMIM: 616236) PREDICTED: chondroadhe ( 771) 331 70.5 1.4e-11 NP_001180264 (OMIM: 603932,607850,608135) asporin ( 242) 320 68.1 2.3e-11 XP_016864010 (OMIM: 606654) PREDICTED: relaxin rec ( 676) 309 66.5 1.9e-10 >>NP_008966 (OMIM: 217300,603288) keratocan precursor [H (352 aa) initn: 2381 init1: 2381 opt: 2381 Z-score: 2323.8 bits: 438.5 E(85289): 1.1e-122 Smith-Waterman score: 2381; 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57.3% identity (84.8% similar) in 316 aa overlap (41-352:72-382) 20 30 40 50 60 70 pF1KE6 VLFITDTVWSRSVRQVYEVHDSDDWTIHDFECPMECFCPPSFPTALYCENRGLKEIPAIP .:: ::.:::.::.::::..:.:...:.:: NP_958 PTPSFPQPDEPAEPTDLPPPLPPGPPSIFPDCPRECYCPPDFPSALYCDSRNLRKVPVIP 50 60 70 80 90 100 80 90 100 110 120 130 pF1KE6 SRIWYLYLQNNLIETIPEKPFENATQLRWINLNKNKITNYGIEKGALSQLKKLLFLFLED :: :::::::.: .: . :.::: ::::::..:.: . :.. .: .: :.::..: NP_958 PRIHYLYLQNNFITELPVESFQNATGLRWINLDNNRIRK--IDQRVLEKLPGLVFLYMEK 110 120 130 140 150 140 150 160 170 180 190 pF1KE6 NELEEVPSPLPRSLEQLQLARNKVSRIPQGTFSNLENLTLLDLQNNKLVDNAFQRDTFKG :.:::::: :::.::::.:..:..:::: :.::.:::: :::::.:.: :..:. :::.: NP_958 NQLEEVPSALPRNLEQLRLSQNHISRIPPGVFSKLENLLLLDLQHNRLSDGVFKPDTFHG 160 170 180 190 200 210 200 210 220 230 240 250 pF1KE6 LKNLMQLNMAKNALRNMPPRLPANTMQLFLDNNSIEGIPENYFNVIPKVAFLRLNHNKLS ::::::::.:.: ::.::::.:. ::.::.:.:: ::..::. .:..::.:::.:::. NP_958 LKNLMQLNLAHNILRKMPPRVPTAIHQLYLDSNKIETIPNGYFKSFPNLAFIRLNYNKLT 220 230 240 250 260 270 260 270 280 290 300 310 pF1KE6 DEGLPSRGFDVSSILDLQLSHNQLTKVPRISAHLQHLHLDHNKIKSVNVSVICPSPSMLP :.:::. .:..:..: :.::::....:: :. .:.::.:..:.:...: . :::. : NP_958 DRGLPKNSFNISNLLVLHLSHNRISSVPAINNRLEHLYLNNNSIEKINGTQICPND--LV 280 290 300 310 320 330 320 330 340 350 pF1KE6 AERDSFSYG----PHLRYLRLDGNEIKPPIPMALMTCFRLLQAVII : .: :: ::::::::::: .:::::. :: ::::::.:.: NP_958 AFHD-FSSDLENVPHLRYLRLDGNYLKPPIPLDLMMCFRLLQSVVI 340 350 360 370 380 >>NP_002716 (OMIM: 601914) prolargin precursor [Homo sap (382 aa) initn: 1419 init1: 740 opt: 1247 Z-score: 1222.4 bits: 234.8 E(85289): 2.4e-61 Smith-Waterman score: 1247; 57.3% identity (84.8% similar) in 316 aa overlap (41-352:72-382) 20 30 40 50 60 70 pF1KE6 VLFITDTVWSRSVRQVYEVHDSDDWTIHDFECPMECFCPPSFPTALYCENRGLKEIPAIP .:: ::.:::.::.::::..:.:...:.:: NP_002 PTPSFPQPDEPAEPTDLPPPLPPGPPSIFPDCPRECYCPPDFPSALYCDSRNLRKVPVIP 50 60 70 80 90 100 80 90 100 110 120 130 pF1KE6 SRIWYLYLQNNLIETIPEKPFENATQLRWINLNKNKITNYGIEKGALSQLKKLLFLFLED :: :::::::.: .: . :.::: ::::::..:.: . :.. .: .: :.::..: NP_002 PRIHYLYLQNNFITELPVESFQNATGLRWINLDNNRIRK--IDQRVLEKLPGLVFLYMEK 110 120 130 140 150 140 150 160 170 180 190 pF1KE6 NELEEVPSPLPRSLEQLQLARNKVSRIPQGTFSNLENLTLLDLQNNKLVDNAFQRDTFKG :.:::::: :::.::::.:..:..:::: :.::.:::: :::::.:.: :..:. :::.: NP_002 NQLEEVPSALPRNLEQLRLSQNHISRIPPGVFSKLENLLLLDLQHNRLSDGVFKPDTFHG 160 170 180 190 200 210 200 210 220 230 240 250 pF1KE6 LKNLMQLNMAKNALRNMPPRLPANTMQLFLDNNSIEGIPENYFNVIPKVAFLRLNHNKLS ::::::::.:.: ::.::::.:. ::.::.:.:: ::..::. .:..::.:::.:::. NP_002 LKNLMQLNLAHNILRKMPPRVPTAIHQLYLDSNKIETIPNGYFKSFPNLAFIRLNYNKLT 220 230 240 250 260 270 260 270 280 290 300 310 pF1KE6 DEGLPSRGFDVSSILDLQLSHNQLTKVPRISAHLQHLHLDHNKIKSVNVSVICPSPSMLP :.:::. .:..:..: :.::::....:: :. .:.::.:..:.:...: . :::. : NP_002 DRGLPKNSFNISNLLVLHLSHNRISSVPAINNRLEHLYLNNNSIEKINGTQICPND--LV 280 290 300 310 320 330 320 330 340 350 pF1KE6 AERDSFSYG----PHLRYLRLDGNEIKPPIPMALMTCFRLLQAVII : .: :: ::::::::::: .:::::. :: ::::::.:.: NP_002 AFHD-FSSDLENVPHLRYLRLDGNYLKPPIPLDLMMCFRLLQSVVI 340 350 360 370 380 >>NP_002014 (OMIM: 600245) fibromodulin precursor [Homo (376 aa) initn: 889 init1: 492 opt: 813 Z-score: 801.2 bits: 156.8 E(85289): 6.9e-38 Smith-Waterman score: 865; 41.9% identity (75.4% similar) in 313 aa overlap (41-352:75-376) 20 30 40 50 60 70 pF1KE6 VLFITDTVWSRSVRQVYEVHDSDDWTIHDFECPMECFCPPSFPTALYCENRGLKEIPAIP .::.:: :::.::::.::.::.:: .: .: NP_002 YPYETYEPYPYGVDEGPAYTYGSPSPPDPRDCPQECDCPPNFPTAMYCDNRNLKYLPFVP 50 60 70 80 90 100 80 90 100 110 120 130 pF1KE6 SRIWYLYLQNNLIETIPEKPFENATQLRWINLNKNKITNYGIEKGALSQLKKLLFLFLED ::. :.:.::: : .: : :.::: : :: :. :.::. . . ..:.:..: :.:. NP_002 SRMKYVYFQNNQITSIQEGVFDNATGLLWIALHGNQITSDKVGRKVFSKLRHLERLYLDH 110 120 130 140 150 160 140 150 160 170 180 190 pF1KE6 NELEEVPSPLPRSLEQLQLARNKVSRIPQGTFSNLENLTLLDLQNNKLVDNAFQRDTFKG :.: ..:.::::::..:.: .:..::.:.... .::::: : ::.:.. . . ....: NP_002 NNLTRMPGPLPRSLRELHLDHNQISRVPNNALEGLENLTALYLQHNEIQEVG---SSMRG 170 180 190 200 210 220 200 210 220 230 240 250 pF1KE6 LKNLMQLNMAKNALRNMPPRLPANTMQLFLDNNSIEGIPENYFNVIPKVAFLRLNHNKLS :..:. :... : ::..: ::. ::....:.. .:..:: ::. ..::.::.:. NP_002 LRSLILLDLSYNHLRKVPDGLPSALEQLYMEHNNVYTVPDSYFRGAPKLLYVRLSHNSLT 230 240 250 260 270 280 260 270 280 290 300 310 pF1KE6 DEGLPSRGFDVSSILDLQLSHNQLTKVPRISAHLQHLHLDHNKIKSVNVSVICPSPSMLP ..:: : :. ::.:.:.::.::: :.: ....:..:.:. :.:. ..: .: ... NP_002 NNGLASNTFNSSSLLELDLSYNQLQKIPPVNTNLENLYLQGNRINEFSISSFCTVVDVV- 290 300 310 320 330 340 320 330 340 350 pF1KE6 AERDSFSYGPHLRYLRLDGNEIK-PPIPMALMTCFRLLQAVII .:: .:. ::::::::: .: :.:: . . : NP_002 ----NFS---KLQVLRLDGNEIKRSAMPADAPLCLRLASLIEI 350 360 370 >>NP_002336 (OMIM: 600616) lumican precursor [Homo sapie (338 aa) initn: 757 init1: 370 opt: 747 Z-score: 737.7 bits: 144.9 E(85289): 2.4e-34 Smith-Waterman score: 790; 39.4% identity (74.0% similar) in 312 aa overlap (42-352:37-337) 20 30 40 50 60 70 pF1KE6 LFITDTVWSRSVRQVYEVHDSDDWTIHDFECPMECFCPPSFPTALYCENRGLKEIPAIPS : :: :: :.:.:.::.. :: .: .: NP_002 TLFLALIGGTSGQYYDYDFPLSIYGQSSPNCAPECNCPESYPSAMYCDELKLKSVPMVPP 10 20 30 40 50 60 80 90 100 110 120 130 pF1KE6 RIWYLYLQNNLIETIPEKPFENATQLRWINLNKNKITNYGIEKGALSQLKKLLFLFLEDN : ::::.:: :. : :: :::.:.:.:. :..: . : :. ..:.::.: : .. : NP_002 GIKYLYLRNNQIDHIDEKAFENVTDLQWLILDHNLLENSKIKGRVFSKLKQLKKLHINHN 70 80 90 100 110 120 140 150 160 170 180 190 pF1KE6 ELEEVPSPLPRSLEQLQLARNKVSRIPQGTFSNLENLTLLDLQNNKLVDNAFQRDTFKGL .: : .:::.:::.:::..::.... :.: .: :::.. ::.:.: ..: . .:::: NP_002 NLTESVGPLPKSLEDLQLTHNKITKL--GSFEGLVNLTFIHLQHNRLKEDAVSA-AFKGL 130 140 150 160 170 180 200 210 220 230 240 250 pF1KE6 KNLMQLNMAKNALRNMPPRLPANTMQLFLDNNSIEGIPENYFNVIPKVAFLRLNHNKLSD :.: :... : . .: ::.. . :.::::.: .::..::. . . .:::.::.:.: NP_002 KSLEYLDLSFNQIARLPSGLPVSLLTLYLDNNKISNIPDEYFKRFNALQYLRLSHNELAD 190 200 210 220 230 240 260 270 280 290 300 310 pF1KE6 EGLPSRGFDVSSILDLQLSHNQLTKVPRISAHLQHLHLDHNKIKSVNVSVICPSPSMLPA :.:. .:.:::...:.::.:.: ..: .. .:.. .:. :.... ... .: ..: NP_002 SGIPGNSFNVSSLVELDLSYNKLKNIPTVNENLENYYLEVNQLEKFDIKSFC---KIL-- 250 260 270 280 290 320 330 340 350 pF1KE6 ERDSFSYGPHLRYLRLDGNEI-KPPIPMALMTCFRLLQAVII .::. ....::::::.: . .: .. :.:. . : . NP_002 --GPLSYS-KIKHLRLDGNRISETSLPPDMYECLRVANEVTLN 300 310 320 330 >>XP_005270514 (OMIM: 608661) PREDICTED: podocan isoform (613 aa) initn: 465 init1: 354 opt: 500 Z-score: 494.5 bits: 100.8 E(85289): 8.4e-21 Smith-Waterman score: 500; 34.8% identity (66.3% similar) in 270 aa overlap (42-308:68-335) 20 30 40 50 60 70 pF1KE6 LFITDTVWSRSVRQVYEVHDSDDWTIHDFECPMECFCPPSFPTALYCENRGLKEIPA-IP :: .: : : .. : . :.:.:. .: XP_005 LSPEENEFAEEEPVLVLSPEEPGPGPAAVSCPRDCAC--SQEGVVDCGGIDLREFPGDLP 40 50 60 70 80 90 80 90 100 110 120 130 pF1KE6 SRIWYLYLQNNLIETIPEKPFENATQLRWINLNKNKITNYGIEKGALSQLKKLLFLFLED . .: :::: .: : . . .:. .::..:..:. :. . :. .: .: .:.: . 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XP_016 RLLRSLDLSGNRLHTLPPGLPRNVHVLKVKRNELAALARGALVGMAQLRELYLTSNRLRS 470 480 490 500 510 520 260 270 280 290 300 pF1KE6 EGLPSRGF-DVSSILDLQLSHNQLTKVPR-ISAHLQHLHLDHNKIKSVNVSVICPSPSM- ..: :.. :.. . :... ::::..:. . :..:.:..:::..: .... .:.. XP_016 RALGPRAWVDLAHLQLLDIAGNQLTEIPEGLPESLEYLYLQNNKISAVPANAFDSTPNLK 530 540 550 560 570 580 310 320 330 340 350 pF1KE6 ----------LPAERDS-FSYGPHLRYLRLDGNEIKPPIPMALMTCFRLLQAVII . . :: : ::. : ..:: XP_016 GIFLRFNKLAVGSVVDSAFRRLKHLQVLDIEGNLEFGDISKDRGRLGKEKEEEEEEEEEE 590 600 610 620 630 640 XP_016 EETR 650 >>NP_714914 (OMIM: 608661) podocan isoform 1 [Homo sapie (661 aa) initn: 465 init1: 354 opt: 500 Z-score: 494.0 bits: 100.8 E(85289): 8.9e-21 Smith-Waterman score: 500; 34.8% identity (66.3% similar) in 270 aa overlap (42-308:116-383) 20 30 40 50 60 70 pF1KE6 LFITDTVWSRSVRQVYEVHDSDDWTIHDFECPMECFCPPSFPTALYCENRGLKEIPA-IP :: .: : : .. : . :.:.:. .: NP_714 LSPEENEFAEEEPVLVLSPEEPGPGPAAVSCPRDCAC--SQEGVVDCGGIDLREFPGDLP 90 100 110 120 130 140 80 90 100 110 120 130 pF1KE6 SRIWYLYLQNNLIETIPEKPFENATQLRWINLNKNKITNYGIEKGALSQLKKLLFLFLED . .: :::: .: : . . .:. .::..:..:. :. . :. .: .: .:.: . NP_714 EHTNHLSLQNNQLEKIYPEELSRLHRLETLNLQNNRLTSRGLPEKAFEHLTNLNYLYLAN 150 160 170 180 190 200 140 150 160 170 180 190 pF1KE6 NELEEVPSPLPRSLEQLQLARNKVSRIPQGTFSNLENLTLLDLQNNKLVDNAFQRDTFKG :.: .: :: .: ....: : ...: ::.. :: . :.::::.: .. . :.: NP_714 NKLTLAPRFLPNALISVDFAANYLTKIYGLTFGQKPNLRSVYLHNNKLADAGLPDNMFNG 210 220 230 240 250 260 200 210 220 230 240 250 pF1KE6 LKNLMQLNMAKNALRNMPPRLPANTMQLFLDNNSIEGIPENYFNVIPKVAFLRLNHNKLS .:. : ...: ::..: .:: ..: : ::..: :: . :. . .. : :..: :. NP_714 SSNVEVLILSSNFLRHVPKHLPPALYKLHLKNNKLEKIPPGAFSELSSLRELYLQNNYLT 270 280 290 300 310 320 260 270 280 290 300 pF1KE6 DEGLPSRGF-DVSSILDLQLSHNQLTKVPR-ISAHLQHLHLDHNKIKSVNVSVICPSPSM :::: .. : .::. :.:: :.:..:: . : :::..: :.::...:. : :. 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