FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KE5614, 531 aa 1>>>pF1KE5614 531 - 531 aa - 531 aa Library: human.CCDS.faa 18511270 residues in 32554 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.5798+/-0.000949; mu= 17.2784+/- 0.058 mean_var=71.7061+/-13.944, 0's: 0 Z-trim(105.1): 24 B-trim: 0 in 0/47 Lambda= 0.151459 statistics sampled from 8216 (8233) to 8216 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.629), E-opt: 0.2 (0.253), width: 16 Scan time: 2.390 The best scores are: opt bits E(32554) CCDS14503.1 NXF3 gene_id:56000|Hs108|chrX ( 531) 3629 802.5 0 CCDS14497.1 NXF2 gene_id:56001|Hs108|chrX ( 626) 1181 267.6 3e-71 CCDS43979.1 NXF2B gene_id:728343|Hs108|chrX ( 626) 1181 267.6 3e-71 CCDS8037.1 NXF1 gene_id:10482|Hs108|chr11 ( 619) 1004 228.9 1.3e-59 CCDS14491.2 NXF5 gene_id:55998|Hs108|chrX ( 365) 807 185.7 7.7e-47 CCDS44629.1 NXF1 gene_id:10482|Hs108|chr11 ( 356) 758 175.0 1.3e-43 >>CCDS14503.1 NXF3 gene_id:56000|Hs108|chrX (531 aa) initn: 3629 init1: 3629 opt: 3629 Z-score: 4284.5 bits: 802.5 E(32554): 0 Smith-Waterman score: 3629; 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CCDS14 DELFVRDASPQETQSAFSIPVSTLSSSSEPSLSQEQQEMVQAFSAQSGMKLEWSQKCLQD 540 550 560 570 580 590 CCDS14 NEWNYTRAGQAFTMLQTEGKIPAEAFKQIS 600 610 620 >>CCDS43979.1 NXF2B gene_id:728343|Hs108|chrX (626 aa) initn: 1852 init1: 1181 opt: 1181 Z-score: 1392.6 bits: 267.6 E(32554): 3e-71 Smith-Waterman score: 1800; 52.1% identity (73.1% similar) in 562 aa overlap (7-529:19-576) 10 20 30 40 pF1KE5 MSLPSGHTTGHTDQVVQRRARCWDIYQRRFSSRSEPVNPGMHSS--SH : : : : : . . .. :..:: . : . :: CCDS43 MCSTLKKCGTYRTEVAECHDHGST---FQGRKKGGSSFRDNFDKRSCHYEHGGYERPPSH 10 20 30 40 50 50 60 70 80 90 100 pF1KE5 -QQQDGDAAMHGAHMDSPVRYTPYTISPYNRKGSFRKQDQTHVNMEREQKPPERRMEGNM :..::.. :. .: :. .:.:::.: .:. .....:. ... :..:::::.: : CCDS43 CQENDGSVEMRDVHKDQQLRHTPYSIR-CERRMKWHSEDEIRITTWRNRKPPERKMSQNT 60 70 80 90 100 110 110 120 130 140 150 160 pF1KE5 PDGTLGSWFKITVPFGIKYNEKWLLNLIQNECSVPFVPVEFHYENMHASFFVENASIAYA :: .:::.:.:.::::.. ::.: ::..:: :.::.::: .: :::..:: : : CCDS43 QDGYTRNWFKVTIPYGIKYDKAWLMNSIQSHCSDRFTPVDFHYVRNRACFFVQDASAASA 120 130 140 150 160 170 170 180 190 200 210 220 pF1KE5 LKNVSGKIWDEDNEKISIFVNPAGIPHFVHRELKSEKVEQIKLAMNQQCDVSQEALDIQR ::.:: ::.:..:.:: :::: . :. :. .:: ..:..::.::.. .:::.:::.: CCDS43 LKDVSYKIYDDENQKICIFVNHSTAPYSVKNKLKPGQMEMLKLTMNKRYNVSQQALDLQN 180 190 200 210 220 230 230 240 250 260 pF1KE5 LPFYPDMVNRDTKMASNPRKCMAASLDVHEENIPTVMS---------------------- : : ::...:: . : :.::::.: . :.:.: ..: CCDS43 LRFDPDLMGRDIDIILNRRNCMAATLKIIERNFPELLSLNLCNNKLYQLDGLSDITEKAP 240 250 260 270 280 290 270 280 290 300 pF1KE5 --------------AGEMDKWKGIEPGEKCADRSPVCTTFSDTSSNINSILELFPKLLCL : :. : ::.. : . .:.:.:::: :. ...: . ::::: : CCDS43 KVKTLNLSKNKLESAWELGKVKGLKLEELWLEGNPLCSTFSDQSAYVSAIRDCFPKLLRL 300 310 320 330 340 350 310 320 330 340 350 360 pF1KE5 DGQQSPRATLCGTEAHKRLPTCKGSFFGSEMLKNLVLQFLQQYYLIYDSGDRQGLLSAYH ::.. .. .. . . :: .: ::: ::.:::::::::: :::::::::::.::: CCDS43 DGRELSAPVIVDIDSSETMKPCKENFTGSETLKHLVLQFLQQYYSIYDSGDRQGLLGAYH 360 370 380 390 400 410 370 380 390 400 410 420 pF1KE5 DEACFSLSIPFNPEDSAPSSFCKFFKDSRNIKILKDPYLRGELLKHTKLDIVDSLSALPK :::::::.:::.:.::::::.::.:.::::.: ::::::.::::..:: ::::::::::: CCDS43 DEACFSLAIPFDPKDSAPSSLCKYFEDSRNMKTLKDPYLKGELLRRTKRDIVDSLSALPK 420 430 440 450 460 470 430 440 450 460 470 480 pF1KE5 TQHDLSSFLVDMWYQTEWMLCFSVNGVFKEVEGQSQGSVLAFTRTFIATPGSSSSLCIVN :::::::.:::.: ::: :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS43 TQHDLSSILVDVWCQTERMLCFSVNGVFKEVEGQSQGSVLAFTRTFIATPGSSSSLCIVN 480 490 500 510 520 530 490 500 510 520 530 pF1KE5 DKLFVRDTSHQGTQSALFTLVPTAFSSSVPAFSQEQQKMLPS :.:::::.: : ::::. : : ::: :..:::::.:. CCDS43 DELFVRDASPQETQSAFSIPVSTLSSSSEPSLSQEQQEMVQAFSAQSGMKLEWSQKCLQD 540 550 560 570 580 590 CCDS43 NEWNYTRAGQAFTMLQTEGKIPAEAFKQIS 600 610 620 >>CCDS8037.1 NXF1 gene_id:10482|Hs108|chr11 (619 aa) initn: 1003 init1: 1003 opt: 1004 Z-score: 1183.6 bits: 228.9 E(32554): 1.3e-59 Smith-Waterman score: 1677; 49.7% identity (71.4% similar) in 563 aa overlap (11-529:11-571) 10 20 30 40 50 pF1KE5 MSLPSGHTTGHTDQVV---QRRARCWDIYQRRF---SSRSEPVNPGMHSSSHQQQDGDAA : :. : ::. . .. .. . :: . :..:: ...:::.: CCDS80 MADEGKSYSEHDDERVNFPQRKKKGRGPFRWKYGEGNRRSGRGGSGIRSSRLEEDDGDVA 10 20 30 40 50 60 60 70 80 90 100 110 pF1KE5 MHGAHMDSP-VRYTPYTISPYNRKG-SFRKQDQTHVNMEREQKPPERRMEGNMPDGTLGS : :. :.: :::.::: : ::.: ... .:. ::...:.. :::: :. ::: . 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