FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KE5711, 805 aa 1>>>pF1KE5711 805 - 805 aa - 805 aa Library: human.CCDS.faa 18511270 residues in 32554 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.8203+/-0.000984; mu= 13.6877+/- 0.059 mean_var=104.8101+/-20.311, 0's: 0 Z-trim(108.0): 47 B-trim: 72 in 1/50 Lambda= 0.125277 statistics sampled from 9861 (9901) to 9861 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.66), E-opt: 0.2 (0.304), width: 16 Scan time: 2.700 The best scores are: opt bits E(32554) CCDS7492.1 PKD2L1 gene_id:9033|Hs108|chr10 ( 805) 5401 987.3 0 CCDS3627.1 PKD2 gene_id:5311|Hs108|chr4 ( 968) 2496 462.3 1.7e-129 CCDS43367.1 PKD2L2 gene_id:27039|Hs108|chr5 ( 613) 1904 355.2 1.9e-97 CCDS78062.1 PKD2L2 gene_id:27039|Hs108|chr5 ( 624) 1904 355.2 1.9e-97 CCDS58971.1 PKD2L2 gene_id:27039|Hs108|chr5 ( 523) 1221 231.7 2.4e-60 CCDS58972.1 PKD2L2 gene_id:27039|Hs108|chr5 ( 602) 831 161.3 4.5e-39 CCDS14073.1 PKDREJ gene_id:10343|Hs108|chr22 (2253) 407 84.9 1.6e-15 CCDS45385.1 PKD1 gene_id:5310|Hs108|chr16 (4302) 358 76.2 1.3e-12 CCDS32369.1 PKD1 gene_id:5310|Hs108|chr16 (4303) 358 76.2 1.3e-12 >>CCDS7492.1 PKD2L1 gene_id:9033|Hs108|chr10 (805 aa) initn: 5401 init1: 5401 opt: 5401 Z-score: 5276.9 bits: 987.3 E(32554): 0 Smith-Waterman score: 5401; 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CCDS36 GQPPRVAWAER-------LVRGLRGLWGTRLMEESSTNREKYLKSVLRELVTYLLFLIVL 190 200 210 220 230 120 130 140 150 160 170 pF1KE5 CLLTYGMTSSSAYYYTKVMSELFLHTP-SDT-GVSFQAISSMADFWDFAQGPLLDSLYWT :.::::: ::..::::..::.::: :: : : ..:...::: ::: :..: :::.::: CCDS36 CILTYGMMSSNVYYYTRMMSQLFLDTPVSKTEKTNFKTLSSMEDFWKFTEGSLLDGLYWK 240 250 260 270 280 290 180 190 200 210 220 230 pF1KE5 KWYNNQSLGHGSHSFIYYENMLLGVPRLRQLKVRNDSCVVHEDFREDILSCYDVYSPDKE .::. . ..:::.:::.::::::.:::.::: :: . .:.:..: :::::: ..: CCDS36 MQPSNQTEAD-NRSFIFYENLLLGVPRIRQLRVRNGSCSIPQDLRDEIKECYDVYSVSSE 300 310 320 330 340 350 240 250 260 270 280 290 pF1KE5 EQLPFGPFNGTAWTYHSQDELGGFSHWGRLTSYSGGGYYLDLPGSRQGSAEALRALQEGL .. :::: ::::: : :. .:.: :::: ...:::.:::::: .:. .: . .:.... CCDS36 DRAPFGPRNGTAWIYTSEKDLNGSSHWGIIATYSGAGYYLDLSRTREETAAQVASLKKNV 360 370 380 390 400 410 300 310 320 330 340 350 pF1KE5 WLDRGTRVVFIDFSVYNANINLFCVLRLVVEFPATGGAIPSWQIRTVKLIRYVSNWDFFI :::::::..::::::::::::::::.::.::::::::.:::::.. .::::::...:::. 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CCDS36 AACEIIFCFFIFYYVVEEILEIRIHKLHYFRSFWNCLDVVIVVLSVVAIGINIYRTSNVE 480 490 500 510 520 530 420 430 440 450 460 470 pF1KE5 RLMGKLLQQPNTYADFEFLAFWQTQYNNMNAVNLFFAWIKIFKYISFNKTMTQLSSTLAR :. ..:.. ::. .:: ::.:: :.::. ::..::.:::.::.:.::.::.:::.:..: CCDS36 VLL-QFLEDQNTFPNFEHLAYWQIQFNNIAAVTVFFVWIKLFKFINFNRTMSQLSTTMSR 540 550 560 570 580 590 480 490 500 510 520 530 pF1KE5 CAKDILGFAVMFFIVFFAYAQLGYLLFGTQVENFSTFIKCIFTQFRIILGDFDYNAIDNA ::::..:::.::::.:.:::::.::.:::::..:::: .::::::::::::... :..: CCDS36 CAKDLFGFAIMFFIIFLAYAQLAYLVFGTQVDDFSTFQECIFTQFRIILGDINFAEIEEA 600 610 620 630 640 650 540 550 560 570 580 590 pF1KE5 NRILGPAYFVTYVFFVFFVLLNMFLAIINDTYSEVKEELAGQKDELQLSDLLKQGYNKTL ::.::: ::.:.:::.::.::::::::::::::::: .:: :: :..::::...::.:.: CCDS36 NRVLGPIYFTTFVFFMFFILLNMFLAIINDTYSEVKSDLAQQKAEMELSDLIRKGYHKAL 660 670 680 690 700 710 600 610 620 630 640 650 pF1KE5 LRLRLRKERVSDVQKVLQGGEQEIQFEDFTNTLRELGHAEHEITELTATFTKFDRDGNRI ..:.:.:. :.:... :. : ...:... . :. ::.. :: : :::.:.::.. CCDS36 VKLKLKKNTVDDISESLRQGGGKLNFDELRQDLKGKGHTDAEI---EAIFTKYDQDGDQE 720 730 740 750 760 660 670 680 690 700 pF1KE5 LDEKEQEKMRQDLEEERVALNTEIEKLGRSIVSS--PQG----------KSGPEAARAGG : :.:...::.:::.:: :. . .: : . : :.. :: . : :. CCDS36 LTEHEHQQMRDDLEKEREDLDLDHSSLPRPMSSRSFPRSLDDSEEDDDEDSGHSSRRRGS 770 780 790 800 810 820 710 720 730 740 750 pF1KE5 WVSG---EEFYMLTRRVLQLETVLEGVVSQIDAVGSKLKMLERKGWLAPSPGVKEQAIWK :: ::: .:.::: ..: . ..::.:::: ::...:: CCDS36 ISSGVSYEEFQVLVRRVDRMEHSIGSIVSKIDAVIVKLEIMERAKLKRREVLGRLLDGVA 830 840 850 860 870 880 760 770 780 790 800 pF1KE5 HPQPAPAVTPDPWGVQGGQESEVPYKREEEALEERRLSRGEIPTLQRS CCDS36 EDERLGRDSEIHREQMERLVREELERWESDDAASQISHGLGTPVGLNGQPRPRSSRPSSS 890 900 910 920 930 940 >>CCDS43367.1 PKD2L2 gene_id:27039|Hs108|chr5 (613 aa) initn: 1746 init1: 1403 opt: 1904 Z-score: 1862.9 bits: 355.2 E(32554): 1.9e-97 Smith-Waterman score: 1904; 50.6% identity (79.5% similar) in 547 aa overlap (93-635:21-559) 70 80 90 100 110 120 pF1KE5 RTQVSSCCLHICQGIRGLWGTTLTENTAENRELYIKTTLRELLVYIVFLVDICLLTYGMT .:. : :::.:::.:..::...:.::.::. CCDS43 MAEASRWHRGGASKHKLHYRKEVEITTTLQELLLYFIFLINLCILTFGMV 10 20 30 40 50 130 140 150 160 170 180 pF1KE5 SSSAYYYTKVMSELFLHT--PSDTGVSFQAISSMADFWDFAQGPLLDSLYWTKWYNNQSL . :: .:::: ::: : :.. ..:..: :..::: : .::::..::: .:::::.: CCDS43 NPHMYYLNKVMSSLFLDTSVPGEERTNFKSIRSITDFWKFMEGPLLEGLYWDSWYNNQQL 60 70 80 90 100 110 190 200 210 220 230 pF1KE5 GH-GSHSFIYYENMLLGVPRLRQLKVRNDSCVVHEDFREDILSCYDVYSPDKEEQLPFGP . . : :::::.::::::.:::::::..: :. .:. . :: :. .:. :: CCDS43 YNLKNSSRIYYENILLGVPRVRQLKVRNNTCKVYSSFQSLMSECYGKYTSANEDLSNFGL 120 130 140 150 160 170 240 250 260 270 280 290 pF1KE5 FNGTAWTYHSQDELGGFSHWGRLTSYSGGGYYLDLPGSRQGSAEALRALQEGLWLDRGTR .: : : ... . . ::: : : .::: . : :.. . . . :. . :. :::: CCDS43 QINTEWRYSTSNTNSPW-HWGFLGVYRNGGYIFTLSKSKSETKNKFIDLRLNSWITRGTR 180 190 200 210 220 300 310 320 330 340 350 pF1KE5 VVFIDFSVYNANINLFCVLRLVVEFPATGGAIPSWQIRTVKLIRYVSNWDFFIVGCEVIF :.:::::.::::.::::..:::.::::::: . :::. .:::.:::: .:.::..::. : CCDS43 VIFIDFSLYNANVNLFCIIRLVAEFPATGGILTSWQFYSVKLLRYVSYYDYFIASCEITF 230 240 250 260 270 280 360 370 380 390 400 410 pF1KE5 CVFIFYYVVEEILELHIHRLRYLSSIWNILDLVVILLSIVAVGFHIFRTLEVNRLMGKLL :.:.: ....:. ... . :..:::: :.:...:: .:::.:. . .... :.:.:: CCDS43 CIFLFVFTTQEVKKIKEFKSAYFKSIWNWLELLLLLLCFVAVSFNTYYNVQIFLLLGQLL 290 300 310 320 330 340 420 430 440 450 460 470 pF1KE5 QQPNTYADFEFLAFWQTQYNNMNAVNLFFAWIKIFKYISFNKTMTQLSSTLARCAKDILG .. . :.:: ::: :. :::. :...:::::::::.:::::::.::::::.::.:::.: CCDS43 KSTEKYSDFYFLACWHIYYNNIIAITIFFAWIKIFKFISFNKTMSQLSSTLSRCVKDIVG 350 360 370 380 390 400 480 490 500 510 520 530 pF1KE5 FAVMFFIVFFAYAQLGYLLFGTQVENFSTFIKCIFTQFRIILGDFDYNAIDNANRILGPA ::.::::.::::::::.:.::.::..:::: . ::.::::.::::.. .:..:: :::: CCDS43 FAIMFFIIFFAYAQLGFLVFGSQVDDFSTFQNSIFAQFRIVLGDFNFAGIQQANPILGPI 410 420 430 440 450 460 540 550 560 570 580 590 pF1KE5 YFVTYVFFVFFVLLNMFLAIINDTYSEVKEELA-GQKDELQLSDLLKQGYNKTLLRLRLR ::.:..::::::::::::::::::::::: . . :.. ...:. ..::.:...: ..::. CCDS43 YFITFIFFVFFVLLNMFLAIINDTYSEVKADYSIGRRLDFELGKMIKQSYKNVLEKFRLK 470 480 490 500 510 520 600 610 620 630 640 650 pF1KE5 KERVSDVQKVLQGGEQEIQFEDFTNTLRELGHAEHEITELTATFTKFDRDGNRILDEKEQ : . .. .:. .: :... :. : :.:: CCDS43 KAQKDEDKKTKGSG-------DLAEQARREGFDENEIQNAEQMKKWKERLEKKYYSMEIQ 530 540 550 560 570 580 660 670 680 690 700 710 pF1KE5 EKMRQDLEEERVALNTEIEKLGRSIVSSPQGKSGPEAARAGGWVSGEEFYMLTRRVLQLE CCDS43 DDYQPVTQEEFRDGTTTKYKMRFSECLTKRI 590 600 610 >>CCDS78062.1 PKD2L2 gene_id:27039|Hs108|chr5 (624 aa) initn: 1746 init1: 1403 opt: 1904 Z-score: 1862.8 bits: 355.2 E(32554): 1.9e-97 Smith-Waterman score: 1904; 50.6% identity (79.5% similar) in 547 aa overlap (93-635:21-559) 70 80 90 100 110 120 pF1KE5 RTQVSSCCLHICQGIRGLWGTTLTENTAENRELYIKTTLRELLVYIVFLVDICLLTYGMT .:. : :::.:::.:..::...:.::.::. CCDS78 MAEASRWHRGGASKHKLHYRKEVEITTTLQELLLYFIFLINLCILTFGMV 10 20 30 40 50 130 140 150 160 170 180 pF1KE5 SSSAYYYTKVMSELFLHT--PSDTGVSFQAISSMADFWDFAQGPLLDSLYWTKWYNNQSL . :: .:::: ::: : :.. ..:..: :..::: : .::::..::: .:::::.: CCDS78 NPHMYYLNKVMSSLFLDTSVPGEERTNFKSIRSITDFWKFMEGPLLEGLYWDSWYNNQQL 60 70 80 90 100 110 190 200 210 220 230 pF1KE5 GH-GSHSFIYYENMLLGVPRLRQLKVRNDSCVVHEDFREDILSCYDVYSPDKEEQLPFGP . . : :::::.::::::.:::::::..: :. .:. . :: :. .:. :: CCDS78 YNLKNSSRIYYENILLGVPRVRQLKVRNNTCKVYSSFQSLMSECYGKYTSANEDLSNFGL 120 130 140 150 160 170 240 250 260 270 280 290 pF1KE5 FNGTAWTYHSQDELGGFSHWGRLTSYSGGGYYLDLPGSRQGSAEALRALQEGLWLDRGTR .: : : ... . . ::: : : .::: . : :.. . . . :. . :. :::: CCDS78 QINTEWRYSTSNTNSPW-HWGFLGVYRNGGYIFTLSKSKSETKNKFIDLRLNSWITRGTR 180 190 200 210 220 300 310 320 330 340 350 pF1KE5 VVFIDFSVYNANINLFCVLRLVVEFPATGGAIPSWQIRTVKLIRYVSNWDFFIVGCEVIF :.:::::.::::.::::..:::.::::::: . :::. .:::.:::: .:.::..::. : CCDS78 VIFIDFSLYNANVNLFCIIRLVAEFPATGGILTSWQFYSVKLLRYVSYYDYFIASCEITF 230 240 250 260 270 280 360 370 380 390 400 410 pF1KE5 CVFIFYYVVEEILELHIHRLRYLSSIWNILDLVVILLSIVAVGFHIFRTLEVNRLMGKLL :.:.: ....:. ... . :..:::: :.:...:: .:::.:. . .... :.:.:: CCDS78 CIFLFVFTTQEVKKIKEFKSAYFKSIWNWLELLLLLLCFVAVSFNTYYNVQIFLLLGQLL 290 300 310 320 330 340 420 430 440 450 460 470 pF1KE5 QQPNTYADFEFLAFWQTQYNNMNAVNLFFAWIKIFKYISFNKTMTQLSSTLARCAKDILG .. . :.:: ::: :. :::. :...:::::::::.:::::::.::::::.::.:::.: CCDS78 KSTEKYSDFYFLACWHIYYNNIIAITIFFAWIKIFKFISFNKTMSQLSSTLSRCVKDIVG 350 360 370 380 390 400 480 490 500 510 520 530 pF1KE5 FAVMFFIVFFAYAQLGYLLFGTQVENFSTFIKCIFTQFRIILGDFDYNAIDNANRILGPA ::.::::.::::::::.:.::.::..:::: . ::.::::.::::.. .:..:: :::: CCDS78 FAIMFFIIFFAYAQLGFLVFGSQVDDFSTFQNSIFAQFRIVLGDFNFAGIQQANPILGPI 410 420 430 440 450 460 540 550 560 570 580 590 pF1KE5 YFVTYVFFVFFVLLNMFLAIINDTYSEVKEELA-GQKDELQLSDLLKQGYNKTLLRLRLR ::.:..::::::::::::::::::::::: . . :.. ...:. ..::.:...: ..::. CCDS78 YFITFIFFVFFVLLNMFLAIINDTYSEVKADYSIGRRLDFELGKMIKQSYKNVLEKFRLK 470 480 490 500 510 520 600 610 620 630 640 650 pF1KE5 KERVSDVQKVLQGGEQEIQFEDFTNTLRELGHAEHEITELTATFTKFDRDGNRILDEKEQ : . .. .:. .: :... :. : :.:: CCDS78 KAQKDEDKKTKGSG-------DLAEQARREGFDENEIQNAEQMKKWKERLEKKYYSMEIQ 530 540 550 560 570 580 660 670 680 690 700 710 pF1KE5 EKMRQDLEEERVALNTEIEKLGRSIVSSPQGKSGPEAARAGGWVSGEEFYMLTRRVLQLE CCDS78 DDYQPVTQEEFRELFLYAVELEKELHYINLKLNQVVRKVSAL 590 600 610 620 >>CCDS58971.1 PKD2L2 gene_id:27039|Hs108|chr5 (523 aa) initn: 1051 init1: 819 opt: 1221 Z-score: 1196.9 bits: 231.7 E(32554): 2.4e-60 Smith-Waterman score: 1221; 45.9% identity (76.3% similar) in 379 aa overlap (93-468:21-398) 70 80 90 100 110 120 pF1KE5 RTQVSSCCLHICQGIRGLWGTTLTENTAENRELYIKTTLRELLVYIVFLVDICLLTYGMT .:. : :::.:::.:..::...:.::.::. 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CCDS58 MAEASRWHRGGASKHKLHYRKEVEITTTLQELLLYFIFLINLCILTFGMV 10 20 30 40 50 130 140 150 160 170 180 pF1KE5 SSSAYYYTKVMSELFLHT--PSDTGVSFQAISSMADFWDFAQGPLLDSLYWTKWYNNQSL . :: .:::: ::: : :.. ..:..: :..::: : .::::..::: .:::::.: CCDS58 NPHMYYLNKVMSSLFLDTSVPGEERTNFKSIRSITDFWKFMEGPLLEGLYWDSWYNNQQL 60 70 80 90 100 110 190 200 210 220 230 pF1KE5 GH-GSHSFIYYENMLLGVPRLRQLKVRNDSCVVHEDFREDILSCYDVYSPDKEEQLPFGP . . : :::::.::::::.:::::::..: :. .:. . :: :. .:. :: CCDS58 YNLKNSSRIYYENILLGVPRVRQLKVRNNTCKVYSSFQSLMSECYGKYTSANEDLSNFGL 120 130 140 150 160 170 240 250 260 270 280 290 pF1KE5 FNGTAWTYHSQDELGGFSHWGRLTSYSGGGYYLDLPGSRQGSAEALRALQEGLWLDRGTR .: : : ... . . ::: : : .::: . : :.. . . . :. . :. :::: CCDS58 QINTEWRYSTSNTNSPW-HWGFLGVYRNGGYIFTLSKSKSETKNKFIDLRLNSWITRGTR 180 190 200 210 220 300 310 320 330 340 350 pF1KE5 VVFIDFSVYNANINLFCVLRLVVEFPATGGAIPSWQIRTVKLIRYVSNWDFFIVGCEVIF :.:::::.::::.::::..:::.::::::: . :::. .:::.:::: .:.::..::. : CCDS58 VIFIDFSLYNANVNLFCIIRLVAEFPATGGILTSWQFYSVKLLRYVSYYDYFIASCEITF 230 240 250 260 270 280 360 370 380 390 400 410 pF1KE5 CVFIFYYVVEEILELHIHRLRYLSSIWNILDLVVILLSIVAVGFHIFRTLEVNRLMGKLL :.:.: ....:. ... . :..:::: :.:...:: : CCDS58 CIFLFVFTTQEVKKIKEFKSAYFKSIWNWLELLLLLL----------------------L 290 300 310 320 420 430 440 450 460 470 pF1KE5 QQPNTYADFEFLAFWQTQYNNMNAVNLFFAWIKIFKYISFNKTMTQLSSTLARCAKDILG .. . :.:: ::: :. :::. :...:::::::::.:::::::.::::::.::.:::.: CCDS58 KSTEKYSDFYFLACWHIYYNNIIAITIFFAWIKIFKFISFNKTMSQLSSTLSRCVKDIVG 330 340 350 360 370 380 480 490 500 510 520 530 pF1KE5 FAVMFFIVFFAYAQLGYLLFGTQVENFSTFIKCIFTQFRIILGDFDYNAIDNANRILGPA ::.::::.::::::::.:.::.::..:::: . ::.::::.::::.. .:..:: :::: CCDS58 FAIMFFIIFFAYAQLGFLVFGSQVDDFSTFQNSIFAQFRIVLGDFNFAGIQQANPILGPI 390 400 410 420 430 440 540 550 560 570 580 590 pF1KE5 YFVTYVFFVFFVLLNMFLAIINDTYSEVKEELA-GQKDELQLSDLLKQGYNKTLLRLRLR ::.:..::::::::::::::::::::::: . . :.. ...:. ..::.:...: ..::. 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