FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KB7054, 574 aa 1>>>pF1KB7054 574 - 574 aa - 574 aa Library: /omim/omim.rfq.tfa 60827320 residues in 85289 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 13.6300+/-0.000476; mu= -18.0378+/- 0.029 mean_var=757.6193+/-184.638, 0's: 0 Z-trim(123.1): 73 B-trim: 2507 in 1/55 Lambda= 0.046596 statistics sampled from 42339 (42415) to 42339 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.791), E-opt: 0.2 (0.497), width: 16 Scan time: 12.080 The best scores are: opt bits E(85289) NP_991331 (OMIM: 608433,612337) zinc finger and BT ( 531) 702 62.7 3.4e-09 XP_016855549 (OMIM: 608433,612337) PREDICTED: zinc ( 522) 700 62.6 3.7e-09 NP_001265125 (OMIM: 608433,612337) zinc finger and ( 522) 700 62.6 3.7e-09 XP_005273063 (OMIM: 608433,612337) PREDICTED: zinc ( 522) 700 62.6 3.7e-09 NP_006343 (OMIM: 608433,612337) zinc finger and BT ( 522) 700 62.6 3.7e-09 NP_001131073 (OMIM: 613915,616248) zinc finger and ( 422) 538 51.6 6.2e-06 XP_016876400 (OMIM: 613915,616248) PREDICTED: zinc ( 422) 538 51.6 6.2e-06 NP_056982 (OMIM: 605878) zinc finger and BTB domai ( 584) 437 44.9 0.00084 NP_001304919 (OMIM: 605878) zinc finger and BTB do ( 584) 437 44.9 0.00084 XP_005259628 (OMIM: 605878) PREDICTED: zinc finger ( 584) 437 44.9 0.00084 XP_005259627 (OMIM: 605878) PREDICTED: zinc finger ( 634) 437 45.0 0.00089 NP_003434 (OMIM: 604084) zinc finger and BTB domai ( 803) 411 43.4 0.0035 NP_001274532 (OMIM: 604084) zinc finger and BTB do ( 810) 411 43.4 0.0035 NP_055687 (OMIM: 616590) zinc finger and BTB domai ( 677) 404 42.8 0.0043 XP_005251691 (OMIM: 616590) PREDICTED: zinc finger ( 677) 404 42.8 0.0043 >>NP_991331 (OMIM: 608433,612337) zinc finger and BTB do (531 aa) initn: 1057 init1: 296 opt: 702 Z-score: 286.0 bits: 62.7 E(85289): 3.4e-09 Smith-Waterman score: 917; 39.2% identity (59.8% similar) in 508 aa overlap (50-525:9-500) 20 30 40 50 60 70 pF1KB7 RKRSLLRGAVGRYRGATGGDLFWAPFPSWGTMEFPEHSQQLLQSLREQRSQGFLCDCTVM .::::.::..::: : ::: :::::::::. 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NP_006 GDAQFRAHRAVLASCSMYFHLFYKD-QLDKRDIVHLNSDIVTAPAFALLLEFMYEGKLQF 40 50 60 70 80 150 160 170 180 190 200 pF1KB7 RGDTPVEDVLAAASYLHMNDIVKVCKRRLQARALAEADSTKKEEETNSQLPSLEFLSSTS . : :.:::::::::::: :::::::..:. .: .:::::::::...: ..: ::. : NP_006 K-DLPIEDVLAAASYLHMYDIVKVCKKKLKEKATTEADSTKKEEDASSCSDKVESLSDGS 90 100 110 120 130 140 210 220 230 240 250 pF1KB7 RGTQPSLASAETSGHWGKGEWKGSAAPSPT--VRPPDEPPM---SSGADTTQPGMEVDAP .: : : :. . : . :: . : . : :..: : : :.. NP_006 SHIAGDLPSDEDEGE----DEKLNILPSKRDLAAEPGNMWMRLPSDSAGIPQAGGEAE-- 150 160 170 180 190 200 260 270 280 290 300 pF1KB7 HLRAPHPPVADVSLASPSSSTETIPTNYFSSGISAVSLEPLPSLDV-----GPESLR--V :: .: ..::: ::::.. .: ...... . .:.: : :.: NP_006 ----PHATAAGKTVASPCSSTESLSQRSVTSVRDSADVDCVLDLSVKSSLSGVENLNSSY 210 220 230 240 250 310 320 330 340 350 pF1KB7 VEPKDP--GGPLQ-GFYPPASAPTS---------APAPVSAPVPSQAPAPAE-AELVQVK .: .. .: :: : . :. : .. . : :.:. .. NP_006 FSSQDVLRSNLVQVKVEKEASCDESDVGTNDYDMEHSTVKESVSTNNRVQYEPAHLAPLR 260 270 280 290 300 310 360 370 380 390 400 pF1KB7 VEAIVIS-DEETDVSDEQPQGPE--RAFPSGGAVYGAQPSQPEAFEDPGAAGL----EEV .... :.: .::.. . :: :. :: . : . . : . ..: NP_006 EDSVLRELDREDKASDDEMMTPESERVQVEGGMESSLLPYVSNILSPAGQIFMCPLCNKV 320 330 340 350 360 370 410 420 430 440 450 460 pF1KB7 GPSDHFLPTDPHLPYHLLPGAGQYHRGLVTSPLPAPASLHEPLYLSSEYEAAPGSFGVFT :: :.: :: :. : . . .:. :: . : : NP_006 FPSPHILQI--HLSTHFREQDGIRSKPAADVNVPT-CSLCGKTF-SCMYTLKRHERTHSG 380 390 400 410 420 430 470 480 490 500 510 520 pF1KB7 EDVPTCKTCGKTFSCSYTLRRHATVHTRERPYECRYCLRSYTQSGDLYRHIRKAHNEDLA : :: :::.:. :..: :::.:::::.:. :..: : .:::::::::::: : : NP_006 EKPYTCTQCGKSFQYSHNLSRHAVVHTREKPHACKWCERRFTQSGDLYRHIRKFHCELVN 440 450 460 470 480 490 530 540 550 560 570 pF1KB7 KRSKPDPEVGPLLGVQPLPGSPTADRQSSSGGGPPKDFVLAPKTNI NP_006 SLSVKSEALSLPTVRDWTLEDSSQELWK 500 510 520 >>NP_001131073 (OMIM: 613915,616248) zinc finger and BTB (422 aa) initn: 1023 init1: 397 opt: 538 Z-score: 227.5 bits: 51.6 E(85289): 6.2e-06 Smith-Waterman score: 759; 37.4% identity (54.3% similar) in 506 aa overlap (51-523:1-413) 30 40 50 60 70 80 pF1KB7 KRSLLRGAVGRYRGATGGDLFWAPFPSWGTMEFPEHSQQLLQSLREQRSQGFLCDCTVMV ::::::. .:: ::.:: ::::::::.: NP_001 MEFPEHGGRLLGRLRQQRELGFLCDCTVLV 10 20 30 90 100 110 120 130 140 pF1KB7 GSTQFLAHRAVLASCSPFFQLFYKERELDKRDLVCIHNEIVTAPAFGLLLDFMYAGQLTL :...: :::::::.:: .:.:::..: .:: : ....:::::::: :::::: :.: : NP_001 GDARFPAHRAVLAACSVYFHLFYRDRPAGSRDTVRLNGDIVTAPAFGRLLDFMYEGRLDL 40 50 60 70 80 90 150 160 170 180 190 200 pF1KB7 RGDTPVEDVLAAASYLHMNDIVKVCKRRLQARALAEADSTKKEEETNSQLPSLEFLSSTS :. :::::::::::::: ::::::: ::: :. : : .. . 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XP_016 RS-LPVEDVLAAASYLHMYDIVKVCKGRLQ-------------EKDRSLDP-----GNPA 100 110 120 130 210 220 230 240 250 260 pF1KB7 RGTQPSLASAETSGHWGKGEWKGSAAPSPTVRPPDEPPMSSGADTTQPGMEVDAPHLRAP :..: :. : : .: :..: ::. :. .. : : :: XP_016 PGAEP----AQPPCPWPV--W--TADLCPAARKAKLPPF--GVKAALP------P--RAS 140 150 160 170 270 280 290 300 310 320 pF1KB7 HPPVADVSLASPSSSTETIPTNYFSSGISAVSLEPLPSLDVGPESLRVVEPKDPGGPLQG :: .: : : . :..: :: ::.. :: XP_016 GPPPCQV----PEESDQ------------ALDL----SLKSGPRQERV------------ 180 190 200 330 340 350 360 370 380 pF1KB7 FYPPASAPTSAPAPVSAPVPSQAPAPAEAELVQVKVEAIVISDEETDVSDEQPQGPERAF .:: : :. :: :. : :: : .:..: . :...:..: . XP_016 -HPPCVLQT--------PLCSQRQ-PGAQPL--VKDERDSLSEQEESSSSRSPHSPPKPP 210 220 230 240 390 400 410 420 430 pF1KB7 P---SGGAVYGAQPSQPEAFEDPGAAGLEEVGPSDHFLPTDPHLPYHLLPGAGQYHRGLV : . : : : :: : . : :. :: .: . : .. .: ::. : XP_016 PVPAAKGLVVGLQP-LPLSGE--GSRELE-LGAGR--LASEDELG----PGGPLCICPLC 250 260 270 280 290 440 450 460 470 480 490 pF1KB7 TSPLPAPASLHEPLYLSSEYEAAPGSFGVFTED--VPTCKTCGKTFSCSYTLRRH----- .. .:. :. :.::.... .. . .. : .::: :::::::.:::.:: XP_016 SKLFPSSHVLQ--LHLSAHFRERDSTRARLSPDGVAPTCPLCGKTFSCTYTLKRHERTHS 300 310 320 330 340 350 500 510 520 pF1KB7 -----------------------ATVHTRERPYECRYCLRSYTQSGDLYRHIRKAHNEDL ..:::::.:. ::.: : .:::::::::.:: : XP_016 GEKPYTCVQCGKSFQYSHNLSRHTVVHTREKPHACRWCERRFTQSGDLYRHVRKFHCGLV 360 370 380 390 400 410 530 540 550 560 570 pF1KB7 AKRSKPDPEVGPLLGVQPLPGSPTADRQSSSGGGPPKDFVLAPKTNI XP_016 KSLLV 420 >>NP_056982 (OMIM: 605878) zinc finger and BTB domain-co (584 aa) initn: 387 init1: 191 opt: 437 Z-score: 189.2 bits: 44.9 E(85289): 0.00084 Smith-Waterman score: 454; 24.7% identity (50.3% similar) in 547 aa overlap (51-566:11-538) 30 40 50 60 70 80 pF1KB7 KRSLLRGAVGRYRGATGGDLFWAPFPSWGTMEFPEHSQQLLQSLREQRSQGFLCDCTVMV . ::.::...:..: :::.::.::: ...: NP_056 MAGGVDGPIGIPFPDHSSDILSGLNEQRTQGLLCDVVILV 10 20 30 40 90 100 110 120 130 pF1KB7 GSTQFLAHRAVLASCSPFFQ-LFYKERELDKRDLVCIHNEIVTAPAFGLLLDFMYAGQLT . .: .::.:::.:: .:. :: . .:.... : ..:.: :. :.:: :.. :: NP_056 EGREFPTHRSVLAACSQYFKKLFTSGAVVDQQNVYEI--DFVSAEALTALMDFAYTATLT 50 60 70 80 90 140 150 160 170 180 190 pF1KB7 LRGDTPVEDVLAAASYLHMNDIVKVCKRRLQARALA-EADSTKKEEETNSQLPS------ . . . : :.:.:: :.. . .:: :. . :: .: . . . .:. . 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