FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KB7764, 501 aa 1>>>pF1KB7764 501 - 501 aa - 501 aa Library: human.CCDS.faa 18511270 residues in 32554 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 11.1263+/-0.00101; mu= -2.7284+/- 0.062 mean_var=477.0633+/-97.058, 0's: 0 Z-trim(117.8): 12 B-trim: 182 in 1/54 Lambda= 0.058720 statistics sampled from 18662 (18674) to 18662 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.826), E-opt: 0.2 (0.574), width: 16 Scan time: 3.940 The best scores are: opt bits E(32554) CCDS10750.1 IRX3 gene_id:79191|Hs108|chr16 ( 501) 3370 299.4 5.9e-81 CCDS34132.1 IRX1 gene_id:79192|Hs108|chr5 ( 480) 941 93.6 5.1e-19 CCDS10751.1 IRX5 gene_id:10265|Hs108|chr16 ( 483) 797 81.4 2.4e-15 CCDS58462.1 IRX5 gene_id:10265|Hs108|chr16 ( 482) 795 81.3 2.7e-15 CCDS3868.1 IRX2 gene_id:153572|Hs108|chr5 ( 471) 727 75.5 1.4e-13 CCDS3867.1 IRX4 gene_id:50805|Hs108|chr5 ( 519) 703 73.5 6.3e-13 CCDS32449.1 IRX6 gene_id:79190|Hs108|chr16 ( 446) 626 66.9 5.2e-11 >>CCDS10750.1 IRX3 gene_id:79191|Hs108|chr16 (501 aa) initn: 3370 init1: 3370 opt: 3370 Z-score: 1566.8 bits: 299.4 E(32554): 5.9e-81 Smith-Waterman score: 3370; 99.8% identity (99.8% similar) in 501 aa overlap (1-501:1-501) 10 20 30 40 50 60 pF1KB7 MSFPQLGYQYIRPLYPSERPGAAGGSGGSAGARGGLGAGASELNASGSLSNVLSSVYGAP :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS10 MSFPQLGYQYIRPLYPSERPGAAGGSGGSAGARGGLGAGASELNASGSLSNVLSSVYGAP 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 pF1KB7 YAAAAAAAAAQGYGAFLPYAAELPIFPQLGAQYELKDSPGVQHPAAAAAFPHPHPAFYPY :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS10 YAAAAAAAAAQGYGAFLPYAAELPIFPQLGAQYELKDSPGVQHPAAAAAFPHPHPAFYPY 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 pF1KB7 GQYQFGDPSRPKNATRESTSTLKAWLNEHRKNPYPTKGEKIMLAIITKMTLTQVSTWFAN :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS10 GQYQFGDPSRPKNATRESTSTLKAWLNEHRKNPYPTKGEKIMLAIITKMTLTQVSTWFAN 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 230 240 pF1KB7 ARRRLKKENKMTWAPRSRTDEEGNAYGSEREEEDEEEDEEDGKRELELEEEELGGEEEDT :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS10 ARRRLKKENKMTWAPRSRTDEEGNAYGSEREEEDEEEDEEDGKRELELEEEELGGEEEDT 190 200 210 220 230 240 250 260 270 280 290 300 pF1KB7 GGEGLADDDEDEEIDLENLDGAATEPELSLAGAARRDGDLGLGPISDSKNSDSEDSSEGL :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS10 GGEGLADDDEDEEIDLENLDGAATEPELSLAGAARRDGDLGLGPISDSKNSDSEDSSEGL 250 260 270 280 290 300 310 320 330 340 350 360 pF1KB7 EDRPLPVLSLAPAPPPVAVASPSLPSPPVSLDPCAPAPAPASALQKPKIWSLAETATSPD :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS10 EDRPLPVLSLAPAPPPVAVASPSLPSPPVSLDPCAPAPAPASALQKPKIWSLAETATSPD 310 320 330 340 350 360 370 380 390 400 410 420 pF1KB7 NPRRSPPGAGGSPPGAAVAPSALQLSPAAAAAAAHRLVSAPLGKFPAWTNRPFPGPPPGP :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS10 NPRRSPPGAGGSPPGAAVAPSALQLSPAAAAAAAHRLVSAPLGKFPAWTNRPFPGPPPGP 370 380 390 400 410 420 430 440 450 460 470 480 pF1KB7 RPHPLSLLGSAPPHLLGLPGAAGHPAAAAAFARPAEPEGGTDRCSALEVEKKLLKTAFQP : :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS10 RLHPLSLLGSAPPHLLGLPGAAGHPAAAAAFARPAEPEGGTDRCSALEVEKKLLKTAFQP 430 440 450 460 470 480 490 500 pF1KB7 VPRRPQNHLDAALVLSALSSS ::::::::::::::::::::: CCDS10 VPRRPQNHLDAALVLSALSSS 490 500 >>CCDS34132.1 IRX1 gene_id:79192|Hs108|chr5 (480 aa) initn: 759 init1: 592 opt: 941 Z-score: 455.0 bits: 93.6 E(32554): 5.1e-19 Smith-Waterman score: 1118; 44.8% identity (61.7% similar) in 525 aa overlap (1-501:1-480) 10 20 30 40 50 pF1KB7 MSFPQLGY-QYIRPLYPS----ERPGAAGGSGGSAGARGGLGAGASELNASGSLSNVLSS :::::::: ::. :. ::::. ......:.: .. ::.::.. :. . ...: CCDS34 MSFPQLGYPQYLSAAGPGAYGGERPGVLAAAAAAAAAASSGRPGAAELGG-GAGAAAVTS 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 pF1KB7 VYGAPYAAAAAAAAAQGYGAFLPYAAELPIFPQLGAQYELKDSPGVQHPAAAAAFPHPHP : : ::::. :.: .:.:::::::.: .: :.:.::::::.::: :::. :: : : CCDS34 VLGM-YAAAGPYAGAPNYSAFLPYAADLSLFSQMGSQYELKDNPGV-HPATFAA--HTAP 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 pF1KB7 AFYPYGQYQFGDPSRPKNATRESTSTLKAWLNEHRKNPYPTKGEKIMLAIITKMTLTQVS :.:::::.:.:::.:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS34 AYYPYGQFQYGDPGRPKNATRESTSTLKAWLNEHRKNPYPTKGEKIMLAIITKMTLTQVS 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 230 pF1KB7 TWFANARRRLKKENKMTWAPRSRTDEEGNAYGSEREEEDEEEDEEDGKRELELEEEELGG :::::::::::::::.::. ::. .:.: .::. : : :. :.: .:..:: .. 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CCDS10 QKAASGCERLQGPPTPAGKETE---GSLSDSDFKEPPSEGRLDALQ-GPPRTGGPSPAGP 230 240 250 260 270 300 310 320 330 340 350 pF1KB7 SSEGLEDRP---LPVLSLAPAPPPVAVASPSLPSPPVSLDPCAPAPAPASALQKPKIWSL .. : . : :. . ::.: :.: : :. : :. : : : ..: :::.::: CCDS10 AAARLAEDPAPHYPAGAPAPGPHPAAGEVPPGPGGP-SVIHSPPPPPPPAVLAKPKLWSL 280 290 300 310 320 330 360 370 380 390 400 pF1KB7 AETATSPDNPRRSPPGAGGSP----PGAAVAPSALQLSPAAAAAAAHRLVSAPLGKFPAW :: ::: :. . . : ::: :: .: .:: : :. : : : :: ::. CCDS10 AEIATSSDKVKDGGGGNEGSPCPPCPGP-IAGQALGGSRASPAPAPSRSPSAQC-PFPGG 340 350 360 370 380 390 410 420 430 440 450 460 pF1KB7 TNRPFPGPPPGPRPHPLSLLGSAPPHLLGLPGAAGHPAAAAAFARPAEPEGGTDRCSALE : : .: . :: :: : :: . :... . . . .: .:: CCDS10 TVLSRPLYYTAPFYPGYTNYGSFG-HLHGHPGPGPGPTTGPGSHFNGLNQTVLNRADALA 400 410 420 430 440 450 470 480 490 500 pF1KB7 VEKKLLKTAFQPVPRRPQNHLDAALVLSALSSS . :.:.. : CCDS10 KDPKMLRSQSQLDLCKDSPYELKKGMSDI 460 470 480 >>CCDS58462.1 IRX5 gene_id:10265|Hs108|chr16 (482 aa) initn: 751 init1: 515 opt: 795 Z-score: 388.1 bits: 81.3 E(32554): 2.7e-15 Smith-Waterman score: 804; 38.1% identity (56.6% similar) in 491 aa overlap (1-479:1-464) 10 20 30 40 50 60 pF1KB7 MSFPQLGYQYIRPLYPSERPGAAGGSGGSAGARGGLGAGASELNASGSLSNVLSSVYGAP ::.:: :: : :: . . . :... . : ..::. :.: : .: CCDS58 MSYPQ-GYLY----QPSASLALYSCPAYSTSVIS--GPRTDELGRSSSGSAF------SP 10 20 30 40 70 80 90 100 110 pF1KB7 YAAAAA-AAAAQGYGAFLPYAAELPIFPQLGAQYELKDSPGVQHPAAAAAFPHPHPAFYP ::...: .: . ::.. : :.:. : .: :: . :. :... . :: : CCDS58 YAGSTAFTAPSPGYNSHLQYGAD-PAAAAAAAFSSYVGSPYDHTPGMAGSLGY-HPYAAP 50 60 70 80 90 100 120 130 140 150 160 170 pF1KB7 YGQYQFGDPSRPKNATRESTSTLKAWLNEHRKNPYPTKGEKIMLAIITKMTLTQVSTWFA :.: .:::. :::::..:.::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS58 LGSYPYGDPAYRKNATRDATATLKAWLNEHRKNPYPTKGEKIMLAIITKMTLTQVSTWFA 110 120 130 140 150 160 180 190 200 210 220 230 pF1KB7 NARRRLKKENKMTWAPRSRTD--EEGNAYGSEREEEDEEEDEEDGKR----ELELEEEEL ::::::::::::::.::.:.. :: . :...::: . :: : :.. CCDS58 NARRRLKKENKMTWTPRNRSEDEEEEENIDLEKNDEDEPQKPEDKGDPEGPEAGAEQKAA 170 180 190 200 210 220 240 250 260 270 280 290 pF1KB7 GGEEEDTGGEGLADDDEDEEIDLENLDGAATEPEL-SLAGAARRDGDLGLGPISDSKNSD .: :. : : . . .. .. .: .: .: : : : :: . CCDS58 SGCERLQGPPTPAGKETEGSLSDSDFKEPPSEGRLDALQGPPRTGGPSPAGP---AAARL 230 240 250 260 270 280 300 310 320 330 340 350 pF1KB7 SEDSSEGLEDRPLPVLSLAPAPPPVAVASPSLPSPPVSLDPCAPAPAPASALQKPKIWSL .:: . :. . ::.: :.: : :. : :. : : : ..: :::.::: CCDS58 AEDPAPHY-----PAGAPAPGPHPAAGEVPPGPGGP-SVIHSPPPPPPPAVLAKPKLWSL 290 300 310 320 330 360 370 380 390 400 pF1KB7 AETATSPDNPRRSPPGAGGSP----PGAAVAPSALQLSPAAAAAAAHRLVSAPLGKFPAW :: ::: :. . . : ::: :: .: .:: : :. : : : :: ::. CCDS58 AEIATSSDKVKDGGGGNEGSPCPPCPGP-IAGQALGGSRASPAPAPSRSPSAQC-PFPGG 340 350 360 370 380 390 410 420 430 440 450 460 pF1KB7 TNRPFPGPPPGPRPHPLSLLGSAPPHLLGLPGAAGHPAAAAAFARPAEPEGGTDRCSALE : : .: . :: :: : :: . :... . . . .: .:: CCDS58 TVLSRPLYYTAPFYPGYTNYGSFG-HLHGHPGPGPGPTTGPGSHFNGLNQTVLNRADALA 400 410 420 430 440 450 470 480 490 500 pF1KB7 VEKKLLKTAFQPVPRRPQNHLDAALVLSALSSS . :.:.. : CCDS58 KDPKMLRSQSQLDLCKDSPYELKKGMSDI 460 470 480 >>CCDS3868.1 IRX2 gene_id:153572|Hs108|chr5 (471 aa) initn: 650 init1: 513 opt: 727 Z-score: 357.1 bits: 75.5 E(32554): 1.4e-13 Smith-Waterman score: 782; 38.2% identity (58.4% similar) in 497 aa overlap (1-480:1-452) 10 20 30 40 50 60 pF1KB7 MSFPQLGYQYIRPLYPSERPGAAGGSGGSAGARGGLGAGASELNASGSLSNVLSSVYGAP ::.:: :: : . ::. . . : . ..:.: :: : .. ....: : CCDS38 MSYPQ-GYLY-------QAPGSLALYSCPAYGASALAAPRSEELARSASGSAFSPY---P 10 20 30 40 70 80 90 100 110 pF1KB7 YAAAAAAAAAQGYGAFLPYAAELPI----FPQ-LGAQYELKDSPGVQHPAAAAAFPHPH- .:: .: :: :.:. : :.:. ::. .:: :. . :. ..: .. ::. CCDS38 GSAAFTAQAATGFGSPLQYSADAAAAAAGFPSYMGAPYD-AHTTGM---TGAISY-HPYG 50 60 70 80 90 100 120 130 140 150 160 170 pF1KB7 PAFYPYGQYQFGDPSRPKNATRESTSTLKAWLNEHRKNPYPTKGEKIMLAIITKMTLTQV : ::: :..::. :::::..:.:::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS38 SAAYPY---QLNDPAYRKNATRDATATLKAWLNEHRKNPYPTKGEKIMLAIITKMTLTQV 110 120 130 140 150 160 180 190 200 210 220 230 pF1KB7 STWFANARRRLKKENKMTWAPRSRTDEEGNAYGSEREEEDEEEDEEDGKRELELEEEELG ::::::::::::::::::::::.....: . :. . .:: :. . : :.: .. CCDS38 STWFANARRRLKKENKMTWAPRNKSEDEDEDEGDATRSKDESPDKAQEGTETSAEDEGIS 170 180 190 200 210 220 240 250 260 270 280 290 pF1KB7 GEEEDTGGEGLADDDEDEEIDLENLDGAATEPELSLAGAARRDGDLGLGPISDSKNSDSE ..:.: . . : : :.: : .: : .:. .: . :....: : CCDS38 -----LHVDSLTDHSCSAESDGEKLPCRAGDP-LCESGSECKDK---YDDLEDDEDDD-E 230 240 250 260 270 300 310 320 330 340 pF1KB7 DSSEGLEDRPLPVLSL------AP--APPPVAVASPSLPSPPVS-LDPCAPAPAPASALQ .. .:: : :: : :: .::: :. . .: : .: :: :: . CCDS38 EGERGLAP-PKPVTSSPLTGLEAPLLSPPPEAAPRGGRKTPQGSRTSPGAPPPA-----S 280 290 300 310 320 350 360 370 380 390 400 pF1KB7 KPKIWSLAETATSPDNPRRSPPGAGGSPPG--AAVAPSALQLSPAAAAAAAHRLVSAPLG :::.::::: ::: . :: : ::: ::.::.. :... : : :: CCDS38 KPKLWSLAEIATSDLKQPSLGPGCG--PPGLPAAAAPASTGAPPGGSPYPASPL----LG 330 340 350 360 370 410 420 430 440 450 460 pF1KB7 KFPAWTNRPFPGPPPGPRPHPLSLLGSAPPHLLGLPGAAGHPAAAAAFARPAEPEGGTDR . : . . :: : . .: :.. :: .::. :. : : : ..: CCDS38 R-PLYYTSPFYGNYTNYGNLNAALQGQG---LLRYNSAAAAPGEALHTAPKAASDAGKAG 380 390 400 410 420 430 470 480 490 500 pF1KB7 CSALEVEKKLLKTAFQPVPRRPQNHLDAALVLSALSSS :: . . ...: CCDS38 AHPLESHYRSPGGGYEPKKDASEGCTVVGGGVQPYL 440 450 460 470 >>CCDS3867.1 IRX4 gene_id:50805|Hs108|chr5 (519 aa) initn: 654 init1: 473 opt: 703 Z-score: 345.6 bits: 73.5 E(32554): 6.3e-13 Smith-Waterman score: 740; 36.1% identity (56.9% similar) in 534 aa overlap (1-465:1-519) 10 20 30 40 pF1KB7 MSFPQLGYQYIR-P--LYPSERPGAAGGSGGSAGARGGLGAGA----------SELNASG ::.::.:: : : :. .. .. ::: . : .: .:.: :.: :.. 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