FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KB5793, 831 aa 1>>>pF1KB5793 831 - 831 aa - 831 aa Library: /omim/omim.rfq.tfa 60827320 residues in 85289 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.8382+/-0.000323; mu= 19.6741+/- 0.020 mean_var=94.3741+/-18.991, 0's: 0 Z-trim(116.8): 37 B-trim: 0 in 0/55 Lambda= 0.132022 statistics sampled from 28229 (28266) to 28229 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.667), E-opt: 0.2 (0.331), width: 16 Scan time: 13.150 The best scores are: opt bits E(85289) NP_002950 (OMIM: 602458,613589) sortilin isoform 1 ( 831) 5664 1089.4 0 XP_005271157 (OMIM: 602458,613589) PREDICTED: sort ( 830) 5641 1085.0 0 XP_005271159 (OMIM: 602458,613589) PREDICTED: sort ( 695) 4701 905.9 0 XP_006710875 (OMIM: 602458,613589) PREDICTED: sort ( 695) 4701 905.9 0 XP_005271158 (OMIM: 602458,613589) PREDICTED: sort ( 695) 4701 905.9 0 NP_001192157 (OMIM: 602458,613589) sortilin isofor ( 694) 4678 901.6 0 NP_065828 (OMIM: 606284) VPS10 domain-containing r (1159) 872 176.8 4.9e-43 XP_011511818 (OMIM: 606284) PREDICTED: VPS10 domai (1160) 872 176.8 4.9e-43 XP_016863970 (OMIM: 606284) PREDICTED: VPS10 domai (1166) 872 176.8 5e-43 XP_011511816 (OMIM: 606284) PREDICTED: VPS10 domai (1173) 872 176.8 5e-43 XP_011511817 (OMIM: 606284) PREDICTED: VPS10 domai (1173) 872 176.8 5e-43 XP_005248044 (OMIM: 606284) PREDICTED: VPS10 domai (1174) 872 176.8 5e-43 NP_055793 (OMIM: 606285) VPS10 domain-containing r (1222) 826 168.1 2.2e-40 XP_011537503 (OMIM: 606283) PREDICTED: VPS10 domai (1116) 801 163.3 5.6e-39 NP_001193499 (OMIM: 606283) VPS10 domain-containin (1130) 801 163.3 5.7e-39 XP_016871104 (OMIM: 606283) PREDICTED: VPS10 domai (1159) 801 163.3 5.8e-39 NP_001193500 (OMIM: 606283) VPS10 domain-containin (1159) 801 163.3 5.8e-39 NP_443150 (OMIM: 606283) VPS10 domain-containing r (1168) 801 163.3 5.8e-39 NP_001193498 (OMIM: 606283) VPS10 domain-containin (1179) 801 163.3 5.9e-39 NP_001193501 (OMIM: 606283) VPS10 domain-containin (1179) 801 163.3 5.9e-39 XP_011537501 (OMIM: 606283) PREDICTED: VPS10 domai (1187) 801 163.3 5.9e-39 NP_001013049 (OMIM: 606283) VPS10 domain-containin (1198) 801 163.3 6e-39 XP_016871103 (OMIM: 606283) PREDICTED: VPS10 domai (1203) 801 163.3 6e-39 XP_016871105 (OMIM: 606283) PREDICTED: VPS10 domai (1031) 763 156.0 8e-37 XP_016871106 (OMIM: 606283) PREDICTED: VPS10 domai (1018) 761 155.6 1e-36 XP_016873660 (OMIM: 104300,602005) PREDICTED: sort (1769) 697 143.6 7.4e-33 XP_016873659 (OMIM: 104300,602005) PREDICTED: sort (2039) 697 143.7 8.2e-33 XP_016873658 (OMIM: 104300,602005) PREDICTED: sort (2110) 697 143.7 8.5e-33 XP_011541265 (OMIM: 104300,602005) PREDICTED: sort (2176) 697 143.7 8.7e-33 NP_003096 (OMIM: 104300,602005) sortilin-related r (2214) 697 143.7 8.8e-33 XP_011537844 (OMIM: 606285) PREDICTED: VPS10 domai ( 866) 638 132.1 1e-29 XP_016871107 (OMIM: 606283) PREDICTED: VPS10 domai ( 726) 560 117.2 2.7e-25 XP_011541267 (OMIM: 104300,602005) PREDICTED: sort (1701) 400 87.0 7.7e-16 >>NP_002950 (OMIM: 602458,613589) sortilin isoform 1 pre (831 aa) initn: 5664 init1: 5664 opt: 5664 Z-score: 5828.3 bits: 1089.4 E(85289): 0 Smith-Waterman score: 5664; 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99.7% identity (99.9% similar) in 695 aa overlap (137-831:1-694) 110 120 130 140 150 160 pF1KB5 DLRGSVSLSWVGDSTGVILVLTTFHVPLVIMTFGQSKLYRSEDYGKNFKDITDLINNTFI :::::::::::::::::::::::::::::: NP_001 MTFGQSKLYRSEDYGKNFKDITDLINNTFI 10 20 30 170 180 190 200 210 220 pF1KB5 RTEFGMAIGPENSGKVVLTAEVSGGSRGGRIFRSSDFAKNFVQTDLPFHPLTQMMYSPQN :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: NP_001 RTEFGMAIGPENSGKVVLTAEVSGGSRGGRIFRSSDFAKNFVQTDLPFHPLTQMMYSPQN 40 50 60 70 80 90 230 240 250 260 270 280 pF1KB5 SDYLLALSTENGLWVSKNFGGKWEEIHKAVCLAKWGSDNTIFFTTYANGSCKADLGALEL ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: .::::::: NP_001 SDYLLALSTENGLWVSKNFGGKWEEIHKAVCLAKWGSDNTIFFTTYANGSC-TDLGALEL 100 110 120 130 140 290 300 310 320 330 340 pF1KB5 WRTSDLGKSFKTIGVKIYSFGLGGRFLFASVMADKDTTRRIHVSTDQGDTWSMAQLPSVG :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: NP_001 WRTSDLGKSFKTIGVKIYSFGLGGRFLFASVMADKDTTRRIHVSTDQGDTWSMAQLPSVG 150 160 170 180 190 200 350 360 370 380 390 400 pF1KB5 QEQFYSILAANDDMVFMHVDEPGDTGFGTIFTSDDRGIVYSKSLDRHLYTTTGGETDFTN :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: NP_001 QEQFYSILAANDDMVFMHVDEPGDTGFGTIFTSDDRGIVYSKSLDRHLYTTTGGETDFTN 210 220 230 240 250 260 410 420 430 440 450 460 pF1KB5 VTSLRGVYITSVLSEDNSIQTMITFDQGGRWTHLRKPENSECDATAKNKNECSLHIHASY :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: NP_001 VTSLRGVYITSVLSEDNSIQTMITFDQGGRWTHLRKPENSECDATAKNKNECSLHIHASY 270 280 290 300 310 320 470 480 490 500 510 520 pF1KB5 SISQKLNVPMAPLSEPNAVGIVIAHGSVGDAISVMVPDVYISDDGGYSWTKMLEGPHYYT :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: NP_001 SISQKLNVPMAPLSEPNAVGIVIAHGSVGDAISVMVPDVYISDDGGYSWTKMLEGPHYYT 330 340 350 360 370 380 530 540 550 560 570 580 pF1KB5 ILDSGGIIVAIEHSSRPINVIKFSTDEGQCWQTYTFTRDPIYFTGLASEPGARSMNISIW :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: NP_001 ILDSGGIIVAIEHSSRPINVIKFSTDEGQCWQTYTFTRDPIYFTGLASEPGARSMNISIW 390 400 410 420 430 440 590 600 610 620 630 640 pF1KB5 GFTESFLTSQWVSYTIDFKDILERNCEEKDYTIWLAHSTDPEDYEDGCILGYKEQFLRLR :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: NP_001 GFTESFLTSQWVSYTIDFKDILERNCEEKDYTIWLAHSTDPEDYEDGCILGYKEQFLRLR 450 460 470 480 490 500 650 660 670 680 690 700 pF1KB5 KSSVCQNGRDYVVTKQPSICLCSLEDFLCDFGYYRPENDSKCVEQPELKGHDLEFCLYGR :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: NP_001 KSSVCQNGRDYVVTKQPSICLCSLEDFLCDFGYYRPENDSKCVEQPELKGHDLEFCLYGR 510 520 530 540 550 560 710 720 730 740 750 760 pF1KB5 EEHLTTNGYRKIPGDKCQGGVNPVREVKDLKKKCTSNFLSPEKQNSKSNSVPIILAIVGL :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: NP_001 EEHLTTNGYRKIPGDKCQGGVNPVREVKDLKKKCTSNFLSPEKQNSKSNSVPIILAIVGL 570 580 590 600 610 620 770 780 790 800 810 820 pF1KB5 MLVTVVAGVLIVKKYVCGGRFLVHRYSVLQQHAEANGVDGVDALDTASHTNKSGYHDDSD :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: NP_001 MLVTVVAGVLIVKKYVCGGRFLVHRYSVLQQHAEANGVDGVDALDTASHTNKSGYHDDSD 630 640 650 660 670 680 830 pF1KB5 EDLLE ::::: NP_001 EDLLE 690 >>NP_065828 (OMIM: 606284) VPS10 domain-containing recep (1159 aa) initn: 619 init1: 267 opt: 872 Z-score: 893.6 bits: 176.8 E(85289): 4.9e-43 Smith-Waterman score: 913; 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NP_065 ARAPSPGAPPPPRSPRSRPLLLLLLLLGACGAA-GRSPEPGRLGPHAQLTRVPRSPPAGR 20 30 40 50 60 70 40 50 60 70 80 pF1KB5 SQ-----DRLDAPPPPAAPLPRWSGPIGVSWGLRAAAAGGAFPRGGRWRRSAPGEDEECG .. :: :.:: : :: . : .: :.: ::.:.:: : NP_065 AEPGGGEDRQARGTEPGAPGPS-PGPAP-GPGEDGAPAAGY----RRWERAAP----LAG 80 90 100 110 120 90 100 110 120 130 140 pF1KB5 RVRDFVAKLANNTHQHVFDDLRGSVSLSWVGDSTGVILVLTTF-HVPLVIMTFGQSKLYR . ..: ... : .... . :.:....:::.:: . :. . . .:.:.: NP_065 VASRAQVSLISTSFVLKGDATHNQAMVHWTGENSSVILILTKYYHADMGKVL--ESSLWR 130 140 150 160 170 180 150 160 170 180 190 200 pF1KB5 SEDYGKNFKDITDLINNTFIRTEFGMAIGPENSGKVVLTAEVSGGSRGGRIFRSSDFAKN : :.: .. .: . : . .: : : :. ::.:.. : ..: .: :.: . . NP_065 SSDFGTSYTKLTLQPGVTTVIDNF--YICPTNKRKVILVSS-SLSDRDQSLFLSADEGAT 190 200 210 220 230 240 210 220 230 240 250 260 pF1KB5 FVQTDLPFHPLTQMMYSPQNSDYLLALSTENGLWVSKNFGGKWEEIHKAVCLAKWGSDNT : . .:: : ... :.. : .:: . :. :.::...: :: ... : . . NP_065 FQKQPIPFFVET-LIFHPKEEDKVLAYTKESKLYVSSDLGKKWTLLQERV------TKDH 250 260 270 280 290 270 280 290 300 310 pF1KB5 IFFTTYANGSCKADLGALELWRTSDLGKSFKTIGVKIYSFG-------LGGRFLFASVMA .:... .. . :: .: ..::: .:. . :.. . ..: . .:. . NP_065 VFWSV-SGVDADPDLVHVE---AQDLGGDFRYVTCAIHNCSEKMLTAPFAGPIDHGSLTV 300 310 320 330 340 320 330 340 350 360 370 pF1KB5 DKDTTRRIHVSTDQG--------DTWSMAQLPSVGQEQFYSILAANDDMVFMHVDEPGDT . : .:..: . . . .::. . . .:.......::. :.: . NP_065 QDDYIFFKATSANQTKYYVSYRRNEFVLMKLPKYALPKDLQIISTDESQVFVAVQEWYQM 350 360 370 380 390 400 380 390 400 410 420 pF1KB5 GFGTIFTSDDRGIVYSKSLDRHLYTTTGGET---DFTNVTSLRGVYITSVLSEDNSIQTM ... :: ::. :. :. . . :. :. .: ...::.... . :....:. NP_065 DTYNLYQSDPRGVRYALVLQDVRSSRQAEESVLIDILEVRGVKGVFLAN-QKIDGKVMTL 410 420 430 440 450 460 430 440 450 460 470 480 pF1KB5 ITFDQGGRWTHLRKPENSECDATAKNKN----ECSLHIHASYSISQKLNVPMAPLSEPNA ::...: : .:: : : ..: : .: ::.: .. . .. . .. .: NP_065 ITYNKGRDWDYLRPPS---MDMNGKPTNCKPPDCHLHLHLRWADNPYVSGTVH--TKDTA 470 480 490 500 510 520 490 500 510 520 530 540 pF1KB5 VGIVIAHGSVGDAISVMVPDVYISDDGGYSWTKMLEGPHYYTILDSGGIIVAIEHSSRPI :.... :..:. . . ..::..: :..: ...: :. :: ::.::::. .: :. NP_065 PGLIMGAGNLGSQLVEYKEEMYITSDCGHTWRQVFEEEHHILYLDHGGVIVAIKDTSIPL 530 540 550 560 570 580 550 560 570 580 590 600 pF1KB5 NVIKFSTDEGQCWQTYTFTRDPIYFTGLASEPGARSMNISIWGFTESFLTSQWVSYTIDF ...:::.::: :.:..:: .. :: :::: ... ....: :: :.: .:: NP_065 KILKFSVDEGLTWSTHNFTSTSVFVDGLLSEPGDETLVMTVFGHI-SF-RSDWELVKVDF 590 600 610 620 630 640 610 620 630 640 650 660 pF1KB5 KDILERNCEEKDYTIWLAHSTDPEDYEDGCILGYKEQFLRLRKSSVCQNGRDYVVTKQPS . . :.: :.::. : . . : ::.: ...: . ...: : .::... . NP_065 RPSFSRQCGEEDYSSWELSNLQG----DRCIMGQQRSFRKRKSTSWCIKGRSFTSALTSR 650 660 670 680 690 670 680 690 700 710 pF1KB5 ICLCSLEDFLCDFGYYRPEND----SKCVEQ----PELKGHDLEFCLYGREEHLTTNGYR .: : :::::.:. : .. .:: . : : : : . . .. ::: NP_065 VCECRDSDFLCDYGFERSSSSESSTNKCSANFWFNPLSPPDD---CALG-QTYTSSLGYR 700 710 720 730 740 750 720 730 740 750 760 770 pF1KB5 KIPGDKCQGGVNPVREVKDLKKKCTSNFLSPEKQNSKSNSVPIILAIVGLMLVTVVAGVL :. .. :.:::. NP_065 KVVSNVCEGGVDMQQSQVQLQCPLTPPRGLQVSIQGEAVAVRPGEDVLFVVRQEQGDVLT 760 770 780 790 800 810 >>XP_011511818 (OMIM: 606284) PREDICTED: VPS10 domain-co (1160 aa) initn: 619 init1: 267 opt: 872 Z-score: 893.6 bits: 176.8 E(85289): 4.9e-43 Smith-Waterman score: 913; 26.9% identity (57.3% similar) in 762 aa overlap (6-728:47-765) 10 20 30 pF1KB5 MERPWGAADGLSRWPHGLG---LLLLLQLLPPSTL ::: : : : :: : . ::. 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XP_011 FQKQPIPFFVET-LIFHPKEEDKVLAYTKESKLYVSSDLGKKWTLLQERV------TKDH 250 260 270 280 290 270 280 290 300 310 pF1KB5 IFFTTYANGSCKADLGALELWRTSDLGKSFKTIGVKIYSFG-------LGGRFLFASVMA .:... .. . :: .: ..::: .:. . :.. . ..: . .:. . XP_011 VFWSV-SGVDADPDLVHVE---AQDLGGDFRYVTCAIHNCSEKMLTAPFAGPIDHGSLTV 300 310 320 330 340 320 330 340 350 360 370 pF1KB5 DKDTTRRIHVSTDQG--------DTWSMAQLPSVGQEQFYSILAANDDMVFMHVDEPGDT . : .:..: . . . .::. . . .:.......::. :.: . XP_011 QDDYIFFKATSANQTKYYVSYRRNEFVLMKLPKYALPKDLQIISTDESQVFVAVQEWYQM 350 360 370 380 390 400 380 390 400 410 420 pF1KB5 GFGTIFTSDDRGIVYSKSLDRHLYTTTGGET---DFTNVTSLRGVYITSVLSEDNSIQTM ... :: ::. :. :. . . :. :. .: ...::.... . :....:. 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