FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KB5793, 831 aa 1>>>pF1KB5793 831 - 831 aa - 831 aa Library: human.CCDS.faa 18511270 residues in 32554 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.3552+/-0.000862; mu= 16.3513+/- 0.052 mean_var=93.5096+/-19.292, 0's: 0 Z-trim(109.4): 14 B-trim: 476 in 1/50 Lambda= 0.132631 statistics sampled from 10830 (10839) to 10830 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.674), E-opt: 0.2 (0.333), width: 16 Scan time: 4.240 The best scores are: opt bits E(32554) CCDS798.1 SORT1 gene_id:6272|Hs108|chr1 ( 831) 5664 1094.3 0 CCDS55618.1 SORT1 gene_id:6272|Hs108|chr1 ( 694) 4678 905.6 0 CCDS47008.1 SORCS2 gene_id:57537|Hs108|chr4 (1159) 872 177.4 1.2e-43 CCDS7558.1 SORCS3 gene_id:22986|Hs108|chr10 (1222) 826 168.7 5.6e-41 CCDS7559.1 SORCS1 gene_id:114815|Hs108|chr10 (1168) 801 163.9 1.5e-39 CCDS8436.1 SORL1 gene_id:6653|Hs108|chr11 (2214) 697 144.1 2.5e-33 >>CCDS798.1 SORT1 gene_id:6272|Hs108|chr1 (831 aa) initn: 5664 init1: 5664 opt: 5664 Z-score: 5854.8 bits: 1094.3 E(32554): 0 Smith-Waterman score: 5664; 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CCDS47 ARAPSPGAPPPPRSPRSRPLLLLLLLLGACGAA-GRSPEPGRLGPHAQLTRVPRSPPAGR 20 30 40 50 60 70 40 50 60 70 80 pF1KB5 SQ-----DRLDAPPPPAAPLPRWSGPIGVSWGLRAAAAGGAFPRGGRWRRSAPGEDEECG .. :: :.:: : :: . : .: :.: ::.:.:: : CCDS47 AEPGGGEDRQARGTEPGAPGPS-PGPAP-GPGEDGAPAAGY----RRWERAAP----LAG 80 90 100 110 120 90 100 110 120 130 140 pF1KB5 RVRDFVAKLANNTHQHVFDDLRGSVSLSWVGDSTGVILVLTTF-HVPLVIMTFGQSKLYR . ..: ... : .... . :.:....:::.:: . :. . . .:.:.: CCDS47 VASRAQVSLISTSFVLKGDATHNQAMVHWTGENSSVILILTKYYHADMGKVL--ESSLWR 130 140 150 160 170 180 150 160 170 180 190 200 pF1KB5 SEDYGKNFKDITDLINNTFIRTEFGMAIGPENSGKVVLTAEVSGGSRGGRIFRSSDFAKN : :.: .. .: . : . .: : : :. ::.:.. : ..: .: :.: . . CCDS47 SSDFGTSYTKLTLQPGVTTVIDNF--YICPTNKRKVILVSS-SLSDRDQSLFLSADEGAT 190 200 210 220 230 240 210 220 230 240 250 260 pF1KB5 FVQTDLPFHPLTQMMYSPQNSDYLLALSTENGLWVSKNFGGKWEEIHKAVCLAKWGSDNT : . .:: : ... :.. : .:: . :. :.::...: :: ... : . . CCDS47 FQKQPIPFFVET-LIFHPKEEDKVLAYTKESKLYVSSDLGKKWTLLQERV------TKDH 250 260 270 280 290 270 280 290 300 310 pF1KB5 IFFTTYANGSCKADLGALELWRTSDLGKSFKTIGVKIYSFG-------LGGRFLFASVMA .:... .. . :: .: ..::: .:. . :.. . ..: . .:. . CCDS47 VFWSV-SGVDADPDLVHVE---AQDLGGDFRYVTCAIHNCSEKMLTAPFAGPIDHGSLTV 300 310 320 330 340 320 330 340 350 360 370 pF1KB5 DKDTTRRIHVSTDQG--------DTWSMAQLPSVGQEQFYSILAANDDMVFMHVDEPGDT . : .:..: . . . .::. . . .:.......::. :.: . CCDS47 QDDYIFFKATSANQTKYYVSYRRNEFVLMKLPKYALPKDLQIISTDESQVFVAVQEWYQM 350 360 370 380 390 400 380 390 400 410 420 pF1KB5 GFGTIFTSDDRGIVYSKSLDRHLYTTTGGET---DFTNVTSLRGVYITSVLSEDNSIQTM ... :: ::. :. :. . . :. :. .: ...::.... . :....:. CCDS47 DTYNLYQSDPRGVRYALVLQDVRSSRQAEESVLIDILEVRGVKGVFLAN-QKIDGKVMTL 410 420 430 440 450 460 430 440 450 460 470 480 pF1KB5 ITFDQGGRWTHLRKPENSECDATAKNKN----ECSLHIHASYSISQKLNVPMAPLSEPNA ::...: : .:: : : ..: : .: ::.: .. . .. . .. .: CCDS47 ITYNKGRDWDYLRPPS---MDMNGKPTNCKPPDCHLHLHLRWADNPYVSGTVH--TKDTA 470 480 490 500 510 520 490 500 510 520 530 540 pF1KB5 VGIVIAHGSVGDAISVMVPDVYISDDGGYSWTKMLEGPHYYTILDSGGIIVAIEHSSRPI :.... :..:. . . ..::..: :..: ...: :. :: ::.::::. .: :. CCDS47 PGLIMGAGNLGSQLVEYKEEMYITSDCGHTWRQVFEEEHHILYLDHGGVIVAIKDTSIPL 530 540 550 560 570 580 550 560 570 580 590 600 pF1KB5 NVIKFSTDEGQCWQTYTFTRDPIYFTGLASEPGARSMNISIWGFTESFLTSQWVSYTIDF ...:::.::: :.:..:: .. :: :::: ... ....: :: :.: .:: CCDS47 KILKFSVDEGLTWSTHNFTSTSVFVDGLLSEPGDETLVMTVFGHI-SF-RSDWELVKVDF 590 600 610 620 630 640 610 620 630 640 650 660 pF1KB5 KDILERNCEEKDYTIWLAHSTDPEDYEDGCILGYKEQFLRLRKSSVCQNGRDYVVTKQPS . . :.: :.::. : . . : ::.: ...: . ...: : .::... . CCDS47 RPSFSRQCGEEDYSSWELSNLQG----DRCIMGQQRSFRKRKSTSWCIKGRSFTSALTSR 650 660 670 680 690 670 680 690 700 710 pF1KB5 ICLCSLEDFLCDFGYYRPEND----SKCVEQ----PELKGHDLEFCLYGREEHLTTNGYR .: : :::::.:. : .. .:: . : : : : . . .. ::: CCDS47 VCECRDSDFLCDYGFERSSSSESSTNKCSANFWFNPLSPPDD---CALG-QTYTSSLGYR 700 710 720 730 740 750 720 730 740 750 760 770 pF1KB5 KIPGDKCQGGVNPVREVKDLKKKCTSNFLSPEKQNSKSNSVPIILAIVGLMLVTVVAGVL :. .. :.:::. CCDS47 KVVSNVCEGGVDMQQSQVQLQCPLTPPRGLQVSIQGEAVAVRPGEDVLFVVRQEQGDVLT 760 770 780 790 800 810 >>CCDS7558.1 SORCS3 gene_id:22986|Hs108|chr10 (1222 aa) initn: 387 init1: 168 opt: 826 Z-score: 849.1 bits: 168.7 E(32554): 5.6e-41 Smith-Waterman score: 833; 25.6% identity (59.7% similar) in 702 aa overlap (55-727:143-805) 30 40 50 60 70 80 pF1KB5 QLLPPSTLSQDRLDAPPPPAAPLPRWSGPIGVSWGLRAAAAGGAFPRGGRWRRSAPGEDE : .:. .: : :. ::.: .. :. CCDS75 ERRGRGIPAPAKLGGARRSRRAQPPITQERGDAWA--TAPADGS--RGSRPLAKGSREEV 120 130 140 150 160 90 100 110 120 130 140 pF1KB5 ECGRVRDFVA---KLANNTHQHVFDDLRGSVSLSWVGDSTGVILVLTTFHVPLVIMTFGQ . :. .: .: ... . :. .... . : : ...:::.:: .. . . . . CCDS75 KAPRAGGSAAEDLRLPSTSFALTGDSAHNQAMVHWSGHNSSVILILTKLY-DFNLGSVTE 170 180 190 200 210 220 150 160 170 180 190 200 pF1KB5 SKLYRSEDYGKNFKDITDLINNTFIRTEFGMAIGPENSGKVVLTAEVSGGSRGGRIFRSS :.:.:: ::: ... ..: .. . . . ..: :. :..: .: . :. :: CCDS75 SSLWRSTDYGTTYEKLNDKVGLKTVLSY--LYVNPTNKRKIML---LSDPEMESSILISS 230 240 250 260 270 280 210 220 230 240 250 260 pF1KB5 DFAKNFVQTDLPFHPLTQMMYSPQNSDYLLALSTENGLWVSKNFGGKWEEIHKAVCLAKW : . .. . : :. . .... :.. :..:: : .. :. : .:: .:. .:. . CCDS75 DEGATYQKYRLTFY-IQSLLFHPKQEDWVLAYSLDQKLYSSMDFGRRWQLMHERI----- 290 300 310 320 330 270 280 290 300 310 pF1KB5 GSDNTIFFTTYANGSCKADLGALELWRTSDLGKSFKTIGVK----IYSFGLGGRFLFASV . : :. . :. . .::: .:. ::.: . : .. : .: . : CCDS75 -TPNR-FYWSVAGLDKEADLVHMEV-RTTDGYAHYLTCRIQECAETTRSGPFARSIDISS 340 350 360 370 380 390 320 330 340 350 360 pF1KB5 MADKDTTRRIHVSTD---------QGDTWSMAQLPSVGQEQFYSILAANDDMVFMHVDEP .. .: :.:.:. . ..... .::. . . . :.......:: :.: CCDS75 LVVQDEYIFIQVTTSGRASYYVSYRREAFAQIKLPKYSLPKDMHIISTDENQVFAAVQEW 400 410 420 430 440 450 370 380 390 400 410 420 pF1KB5 GDTGFGTIFTSDDRGIVYSKSLDRHLYTTTG--GET--DFTNVTSLRGVYITSVLSEDNS ... ... :: ::: .. ... .. .. : :. .. .:....:..... . :.. CCDS75 NQNDTYNLYISDTRGIYFTLAME-NIKSSRGLMGNIIIELYEVAGIKGIFLANK-KVDDQ 460 470 480 490 500 510 430 440 450 460 470 480 pF1KB5 IQTMITFDQGGRWTHLRKPENSECDATAKNKNE-CSLHIHASYSISQKLNVPMAPLSEPN ..:.::...: : :. :. . . .. ::::.: . : . . .. :. . CCDS75 VKTYITYNKGRDWRLLQAPDVDLRGSPVHCLLPFCSLHLHLQLSENPYSSGRIS--SKET 520 530 540 550 560 490 500 510 520 530 540 pF1KB5 AVGIVIAHGSVGDAISVMVPDVYISDDGGYSWTKMLEGPHYYTILDSGGIIVAIEHSSRP : :.:.: :..: .: :.::.::: .: .... . .:: :: .::..:. : CCDS75 APGLVVATGNIGPELSYTDIGVFISSDGGNTWRQIFDEEYNVWFLDWGGALVAMKHTPLP 570 580 590 600 610 620 550 560 570 580 590 600 pF1KB5 INVIKFSTDEGQCWQTYTFTRDPIYFTGLASEPGARSMNISIWG-FTESFLTSQWVSYTI . . : :::. :. : :: :.. : : : .. ....: :. : :.: . CCDS75 VRHLWVSFDEGHSWDKYGFTSVPLFVDGALVEAGMETHIMTVFGHFS---LRSEWQLVKV 630 640 650 660 670 680 610 620 630 640 650 pF1KB5 DFKDILERNCEEKDYTIW-LAHSTDPEDYEDGCILGYKEQFLRLRKSSVCQNGRDYV--V :.:.:. :.: ..:: : : .. .: :..: .. : . . .. : :::. : CCDS75 DYKSIFSRHCTKEDYQTWHLLNQGEP------CVMGERKIFKKRKPGAQCALGRDHSGSV 690 700 710 720 730 740 660 670 680 690 700 710 pF1KB5 TKQPSICLCSLEDFLCDFGYYRPENDSKCVE----QPELKGHDLEFCLYGREEHLTTNGY ...: :.:. :: ::.:: : ...:.:: .: ..: : : . .:...:: CCDS75 VSEP--CVCANWDFECDYGYER-HGESQCVPAFWYNPASPSKD---CSLG-QSYLNSTGY 750 760 770 780 790 720 730 740 750 760 770 pF1KB5 RKIPGDKCQGGVNPVREVKDLKKKCTSNFLSPEKQNSKSNSVPIILAIVGLMLVTVVAGV :.: ...: :. CCDS75 RRIVSNNCTDGLREKYTAKAQMCPGKAPRGLHVVTTDGRLVAEQGHNATFIILMEEGDLQ 800 810 820 830 840 850 >>CCDS7559.1 SORCS1 gene_id:114815|Hs108|chr10 (1168 aa) initn: 386 init1: 192 opt: 801 Z-score: 823.6 bits: 163.9 E(32554): 1.5e-39 Smith-Waterman score: 868; 25.5% identity (60.3% similar) in 697 aa overlap (67-740:130-792) 40 50 60 70 80 90 pF1KB5 LDAPPPPAAPLPRWSGPIGVSWGLRAAAAGGAFPRGGRWRRSAPGED-EECGRVRDFVAK :.. ::. . .. .: .. : : . CCDS75 AVAARSGRRRRSGADQEKAERGEGASRSPRGVLRDGGQQEPGTRERDPDKATRFRMEELR 100 110 120 130 140 150 100 110 120 130 140 150 pF1KB5 LANNTHQHVFDDLRGSVSLSWVGDSTGVILVLTTFHVPLVIMTFGQSKLYRSEDYGKNFK :...: . :. .... . : : ...:::.:: .. . .. .:.:.:: ::: ... CCDS75 LTSTTFALTGDSAHNQAMVHWSGHNSSVILILTKLY-DYNLGSITESSLWRSTDYGTTYE 160 170 180 190 200 210 160 170 180 190 200 210 pF1KB5 DITDLINNTFIRTEFGMAIGPENSGKVVLTAEVSGGSRGGRIFRSSDFAKNFVQTDLPFH ..: .. : . . . : :. :..: .. : .. ::: . .. . : :. CCDS75 KLNDKVGLKTILSY--LYVCPTNKRKIMLLTDPEIESS---LLISSDEGATYQKYRLNFY 220 230 240 250 260 270 220 230 240 250 260 270 pF1KB5 PLTQMMYSPQNSDYLLALSTENGLWVSKNFGGKWEEIHKAVCLAKWGSDNTIFFTTYANG . .... :.. :..:: : .. :. : .:: .:. :...: . :. . .. CCDS75 -IQSLLFHPKQEDWILAYSQDQKLYSSAEFGRRWQLIQEGVVPNR-------FYWSVMGS 280 290 300 310 320 280 290 300 310 320 330 pF1KB5 SCKADLGALELWRTSDLGKSFKTIGVKIYSFGLGGRFLFASVMADKDTT----RRIHVST . . :: :: :: : :.: . . .. . ..: . : :. . . :. 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CCDS75 SELSDTDISMFVSSDAGNTWRQIFEEEHSVLYLDQGGVLVAMKHTSLPIRHLWLSFDEGR 560 570 580 590 600 610 560 570 580 590 600 610 pF1KB5 CWQTYTFTRDPIYFTGLASEPGARSMNISIWG-FTESFLTSQWVSYTIDFKDILERNCEE :. :.:: :.. :. .::: ... ....: :.. :.: .:.:.:..: : : CCDS75 SWSKYSFTSIPLFVDGVLGEPGEETLIMTVFGHFSHR---SEWQLVKVDYKSIFDRRCAE 620 630 640 650 660 670 620 630 640 650 660 670 pF1KB5 KDYTIWLAHSTDPEDYEDGCILGYKEQFLRLRKSSVCQNGRDYVVTKQPSICLCSLEDFL .:: : :: ..::.: :. . . .. :..:. :. . . :.:. :: CCDS75 EDYRPWQLHSQG-----EACIMGAKRIYKKRKSERKCMQGK-YAGAMESEPCVCTEADFD 680 690 700 710 720 680 690 700 710 720 730 pF1KB5 CDFGYYRPENDSKCVEQPELKGHDL-EFCLYGREEHLTTNGYRKIPGDKCQGGVNPVREV ::.:: : : ..:. .. .: . : : . .:...::::. ...: :: . 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CCDS84 VFRSTDFFQSRENQEVILEEVRDFQLRDKYMFATKVVHLLGSEQQSSVQLWVSFGR-KPM 280 290 300 310 320 330 340 350 360 370 380 390 pF1KB5 SMAQLPSVGQEQFYSILAANDDMVFMHVDEPGDTGFGTIFTSDDRGIVYSKSLDRHLYTT ::. . . : : :..:.::. :.. .. ... :. .:. .: ::. :: . CCDS84 RAAQFVTRHPINEYYIADASEDQVFVCVSHSNNR--TNLYISEAEGLKFSLSLENVLYYS 340 350 360 370 380 390 400 410 420 430 440 pF1KB5 TGGE--------------TDFTNVTSLRGVYITSVLS---EDNSIQTMITFDQGGRWTHL :: .:: : .:.::::..... ........::::.:: : : CCDS84 PGGAGSDTLVRYFANEPFADFHRVEGLQGVYIATLINGSMNEENMRSVITFDKGGTWEFL 400 410 420 430 440 450 450 460 470 480 490 pF1KB5 RKP------ENSECDATAKNKNECSLHIHASYSISQKLNVP---MAPLSEPNAVGIVIAH . : :. .:. . ::::. . .:: ::. : ::. .: :..:: CCDS84 QAPAFTGYGEKINCELSQG----CSLHL--AQRLSQLLNLQLRRMPILSKESAPGLIIAT 460 470 480 490 500 500 510 520 530 540 550 pF1KB5 GSVGDAISVMVPDVYISDDGGYSWTKMLEGPHYYTILDSGGIIVAIEHSSRPINVIKFST :::: .. . .::::...: : . : :::::: : ::::.:: .. . : .:.:: CCDS84 GSVGKNLASKT-NVYISSSAGARWREALPGPHYYTWGDHGGIITAIAQGMET-NELKYST 510 520 530 540 550 560 560 570 580 590 600 610 pF1KB5 DEGQCWQTYTFTRDPIYFTGLASEPGARSMNISIWGFTESFLTSQWVSYTIDFKDILERN .::. :.:. :.. :.. :: .::: .: ..:.: .. . : :. .. : : CCDS84 NEGETWKTFIFSEKPVFVYGLLTEPGEKSTVFTIFGSNKENVHS-WLILQVNATDALGVP 570 580 590 600 610 620 620 630 640 650 660 pF1KB5 CEEKDYTIWLAHSTDPEDYEDG--CILGYKEQFLRLRKSSVCQNGRDYVVTKQPSICLCS : :.:: .: .: : : : :.::.: : : ..: ::.:. : : :. 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