FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KE6224, 270 aa 1>>>pF1KE6224 270 - 270 aa - 270 aa Library: human.CCDS.faa 18511270 residues in 32554 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.3041+/-0.000697; mu= 16.0094+/- 0.042 mean_var=77.9769+/-15.311, 0's: 0 Z-trim(110.9): 75 B-trim: 0 in 0/53 Lambda= 0.145242 statistics sampled from 11902 (11979) to 11902 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.74), E-opt: 0.2 (0.368), width: 16 Scan time: 1.690 The best scores are: opt bits E(32554) CCDS30959.1 CFHR2 gene_id:3080|Hs108|chr1 ( 270) 1929 413.1 1.1e-115 CCDS1386.1 CFHR1 gene_id:3078|Hs108|chr1 ( 330) 1201 260.6 1.1e-69 CCDS53453.1 CFHR3 gene_id:10878|Hs108|chr1 ( 269) 1028 224.3 7.3e-59 CCDS1387.1 CFHR5 gene_id:81494|Hs108|chr1 ( 569) 929 203.8 2.3e-52 CCDS1385.1 CFH gene_id:3075|Hs108|chr1 (1231) 826 182.4 1.3e-45 CCDS30958.1 CFHR3 gene_id:10878|Hs108|chr1 ( 330) 784 173.2 2.1e-43 CCDS41451.1 CFHR4 gene_id:10877|Hs108|chr1 ( 331) 756 167.3 1.2e-41 CCDS55671.1 CFHR4 gene_id:10877|Hs108|chr1 ( 577) 756 167.5 1.9e-41 CCDS1388.1 F13B gene_id:2165|Hs108|chr1 ( 661) 448 103.0 5.6e-22 CCDS53452.1 CFH gene_id:3075|Hs108|chr1 ( 449) 435 100.2 2.8e-21 >>CCDS30959.1 CFHR2 gene_id:3080|Hs108|chr1 (270 aa) initn: 1929 init1: 1929 opt: 1929 Z-score: 2190.5 bits: 413.1 E(32554): 1.1e-115 Smith-Waterman score: 1929; 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CCDS53 YYELQGSNYVTCSNGEWSEPPRCIHPCIITEENMNKNNIKLKGRSDRKYYAKTGDTIEFM 190 200 210 220 230 240 250 260 270 pF1KE6 CKSGYHPTKS-HSFRAMCQNGKLVYPSCEEK :: ::. . : ::.:.:..: . :: :: CCDS53 CKLGYNANTSILSFQAVCREGIVEYPRCE 250 260 >>CCDS1387.1 CFHR5 gene_id:81494|Hs108|chr1 (569 aa) initn: 1476 init1: 857 opt: 929 Z-score: 1053.6 bits: 203.8 E(32554): 2.3e-52 Smith-Waterman score: 929; 53.5% identity (72.2% similar) in 273 aa overlap (1-270:1-265) 10 20 30 40 50 60 pF1KE6 MWLLVSVILISRISSVGGEAMFCDFPKINHGILYDEEKYKPFSQVPTGEVFYYSCEYNFV : :: :::::: .:.::::. .::::::.::.::::: :.:::::::::::::::::::: CCDS13 MLLLFSVILISWVSTVGGEGTLCDFPKIHHGFLYDEEDYNPFSQVPTGEVFYYSCEYNFV 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 pF1KE6 SPSKSFWTRITCAEEGWSPTPKCLRLCFFPFVENGHSESSGQTHLEGDTVQIICNTGYRL ::::::::::::.::::::::::::.: ::::.:::::::: ::::::::::::::: : CCDS13 SPSKSFWTRITCTEEGWSPTPKCLRMCSFPFVKNGHSESSGLIHLEGDTVQIICNTGYSL 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 pF1KE6 QNNENNISCVERGWSTPPKCRSTISAEKCGPPPPIDNGDITSFLLSVYAPGSSVEYQC-Q ::::.::::::::::::: : ... .: : : : : : :. ....: . CCDS13 QNNEKNISCVERGWSTPPIC--SFTKGECHVPILEANVDAQPKKES-YKVGDVLKFSCRK 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 230 pF1KE6 NLYQLEGNNQITCRNGQWSEP-PKCLDPCVISQEIMEKYNIKLKWTNQQKLYSRTGDIVE :: .. :.... : . :: : : . : ..: ... :... ..:: CCDS13 NLIRV-GSDSVQCYQFGWSPNFPTCKGQVRSCGPPPQLSNGEVKEIRKEE-YGHN-EVVE 180 190 200 210 220 230 240 250 260 270 pF1KE6 FVCKSGYHPTKSHSFRAMCQNGK-LVYPSCEEK . :. .. . . .: .:. . :.: :. CCDS13 YDCNPNF--IINGPKKIQCVDGEWTTLPTCVEQVKTCGYIPELEYGYVQPSVPPYQHGVS 240 250 260 270 280 290 CCDS13 VEVNCRNEYAMIGNNMITCINGIWTELPMCVATHQLKRCKIAGVNIKTLLKLSGKEFNHN 300 310 320 330 340 350 >-- initn: 566 init1: 490 opt: 657 Z-score: 745.6 bits: 146.8 E(32554): 3.3e-35 Smith-Waterman score: 657; 42.1% identity (67.5% similar) in 228 aa overlap (47-268:345-569) 20 30 40 50 60 70 pF1KE6 GGEAMFCDFPKINHGILYDEEKYKPFSQVPTGEVFYYSCEYNFVSPSKSFWTRITCAEEG .:. : .. . . . . . .: . CCDS13 IWTELPMCVATHQLKRCKIAGVNIKTLLKLSGKEFNHNSRIRYRCSDIFRYRHSVCINGK 320 330 340 350 360 370 80 90 100 110 120 130 pF1KE6 WSPTPKCL--RLCFFPF---VENGHSESSGQTHLEGDTVQIICNTGYRLQNNENNISCVE :.: : : : : . :... .. .. .:. : ..:. .: : . .. : : . CCDS13 WNPEVDCTEKREQFCPPPPQIPNAQNMTTTVNYQDGEKVAVLCKENYLLPEAKE-IVCKD 380 390 400 410 420 430 140 150 160 170 180 190 pF1KE6 RGWSTPPKCRSTISAEKCGPPPPIDNGDITSFLLSVYAPGSSVEYQCQNLYQLEGNNQIT :.. :.: . :. ::::: :.::: ::: :::: :::.: :.::..:.:.:. .: CCDS13 GRWQSLPRC--VESTAYCGPPPSINNGDTTSFPLSVYPPGSTVTYRCQSFYKLQGSVTVT 440 450 460 470 480 490 200 210 220 230 240 250 pF1KE6 CRNGQWSEPPKCLDPCVISQEIMEKYNIKLKWTNQQKLYSRTGDIVEFVCKSGYHPT-KS ::: ::::::.::::::.:.: :.: ::.::: :. :::..::: ::: :: .. .: CCDS13 CRNKQWSEPPRCLDPCVVSEENMNKNNIQLKWRNDGKLYAKTGDAVEFQCKFPHKAMISS 500 510 520 530 540 550 260 270 pF1KE6 HSFRAMCQNGKLVYPSCEEK :::.::.::. :: :: CCDS13 PPFRAICQEGKFEYPICE 560 >>CCDS1385.1 CFH gene_id:3075|Hs108|chr1 (1231 aa) initn: 612 init1: 612 opt: 826 Z-score: 932.3 bits: 182.4 E(32554): 1.3e-45 Smith-Waterman score: 827; 49.8% identity (72.2% similar) in 255 aa overlap (23-270:989-1231) 10 20 30 40 pF1KE6 MWLLVSVILISRISSVGGEAMFC-DFPKINHGILYDEEK--YKPFSQVPTGE : ..:.....: . :.: :: .:: CCDS13 CFEGFGIDGPAIAKCLGEKWSHPPSCIKTDCLSLPSFENAIPMGEKKDVYK------AGE 960 970 980 990 1000 1010 50 60 70 80 90 100 pF1KE6 VFYYSCEYNFVSPSKSFWTRITCAEEGWSPTPKCLRL-CFFP-FVENGHSESSGQTHLE- :.: . . : .:: . :. : : : : :.:.. : ... CCDS13 QVTYTCATYYKMDGAS---NVTCINSRWTGRPTCRDTSCVNPPTVQNAYIVSRQMSKYPS 1020 1030 1040 1050 1060 110 120 130 140 150 160 pF1KE6 GDTVQIICNTGYRLQNNENNISCVERGWSTPPKCRSTISAEKCGPPPPIDNGDITSFLLS :. :. : . :.. ..:. . :.. .:. ::.:.. :. :::::::::::::::: :: CCDS13 GERVRYQCRSPYEMFGDEE-VMCLNGNWTEPPQCKD--STGKCGPPPPIDNGDITSFPLS 1070 1080 1090 1100 1110 1120 170 180 190 200 210 220 pF1KE6 VYAPGSSVEYQCQNLYQLEGNNQITCRNGQWSEPPKCLDPCVISQEIMEKYNIKLKWTNQ ::::.::::::::::::::::..::::::::::::::: :::::.::::.::: :.:: . CCDS13 VYAPASSVEYQCQNLYQLEGNKRITCRNGQWSEPPKCLHPCVISREIMENYNIALRWTAK 1130 1140 1150 1160 1170 1180 230 240 250 260 270 pF1KE6 QKLYSRTGDIVEFVCKSGYH-PTKSHSFRAMCQNGKLVYPSCEEK ::::::::. :::::: ::. ..::..:. : .::: ::.: .. CCDS13 QKLYSRTGESVEFVCKRGYRLSSRSHTLRTTCWDGKLEYPTCAKR 1190 1200 1210 1220 1230 >-- initn: 464 init1: 464 opt: 561 Z-score: 632.2 bits: 126.9 E(32554): 6.8e-29 Smith-Waterman score: 561; 32.3% identity (59.8% similar) in 254 aa overlap (23-270:325-567) 10 20 30 40 50 pF1KE6 MWLLVSVILISRISSVGGEAMFCDFPKINHGILYDEEKYKPFSQVPTGEVFY ::.: :.:: :: :. .:. : .:. . CCDS13 RNGFYPATRGNTAKCTSTGWIPAPRCTLKPCDYPDIKHGGLYHENMRRPYFPVAVGKYYS 300 310 320 330 340 350 60 70 80 90 100 110 pF1KE6 YSCEYNFVSPSKSFWTRITCAEEGWSPTPKCLRLCFFPFVENGHSESSGQTHLEGDTVQI : :. .: .:: :.: .: :...::::. ::: :.::..:::.... :. ..: .... CCDS13 YYCDEHFETPSGSYWDHIHCTQDGWSPAVPCLRKCYFPYLENGYNQNHGRKFVQGKSIDV 360 370 380 390 400 410 120 130 140 150 160 170 pF1KE6 ICNTGYRLQNNENNISCVERGWSTPPKCRSTISAEKCGPPP-PIDNGDITSFLLSVYAPG :. :: : . .....:.: ::: :.: : .. :. :.:: :. . :: CCDS13 ACHPGYALPKAQTTVTCMENGWSPTPRC---IRVKTCSKSSIDIENGFISESQYT-YALK 420 430 440 450 460 470 180 190 200 210 220 pF1KE6 SSVEYQCQNLYQL---EGNNQITCRNGQWSEPPKCLDPCVISQEIMEKYNIKLKWTNQQK ...:::. : : ...::: . :: : :. : : . . . . : CCDS13 EKAKYQCKLGYVTADGETSGSITCGKDGWSAQPTCIKSCDIPVFMNARTKNDFTWF---- 480 490 500 510 520 230 240 250 260 270 pF1KE6 LYSRTGDIVEFVCKSGYHP-TKSHSFRAMC-QNGKLVYPSCEEK . .: ... :..::. : : . .: :: : : :. CCDS13 ---KLNDTLDYECHDGYESNTGSTTGSIVCGYNGWSDLPICYERECELPKIDVHLVPDRK 530 540 550 560 570 580 CCDS13 KDQYKVGEVLKFSCKPGFTIVGPNSVQCYHFGLSPDLPICKEQVQSCGPPPELLNGNVKE 590 600 610 620 630 640 >>CCDS30958.1 CFHR3 gene_id:10878|Hs108|chr1 (330 aa) initn: 1092 init1: 528 opt: 784 Z-score: 892.7 bits: 173.2 E(32554): 2.1e-43 Smith-Waterman score: 823; 39.2% identity (62.5% similar) in 301 aa overlap (30-268:30-330) 10 20 30 40 50 60 pF1KE6 MWLLVSVILISRISSVGGEAMFCDFPKINHGILYDEEKYKPFSQVPTGEVFYYSCEYNFV :: :. :. .:. : .:. . : :. .: CCDS30 MLLLINVILTLWVSCANGQVKPCDFPDIKHGGLFHENMRRPYFPVAVGKYYSYYCDEHFE 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 pF1KE6 SPSKSFWTRITCAEEGWSPTPKCLRLCFFPFVENGHSESSGQTHLEGDTVQIICNTGYRL .:: :.: : :...::::. ::: :.::..:::.... :. ..:..... :. :: : CCDS30 TPSGSYWDYIHCTQNGWSPAVPCLRKCYFPYLENGYNQNYGRKFVQGNSTEVACHPGYGL 70 80 90 100 110 120 130 140 pF1KE6 QNNENNISCVERGWSTPPKC-------RSTI----------------------------- . .....:.:.::: :.: .: : CCDS30 PKAQTTVTCTEKGWSPTPRCIRVRTCSKSDIEIENGFISESSSIYILNKEIQYKCKPGYA 130 140 150 160 170 180 150 160 170 pF1KE6 -------------------------SAEKCGPPPPIDNGDITSFLLSVYAPGSSVEYQCQ :.:::::::::.::: :::::.::.: : :::::: CCDS30 TADGNSSGSITCLQNGWSAQPICINSSEKCGPPPPISNGDTTSFLLKVYVPQSRVEYQCQ 190 200 210 220 230 240 180 190 200 210 220 230 pF1KE6 NLYQLEGNNQITCRNGQWSEPPKCLDPCVISQEIMEKYNIKLKWTNQQKLYSRTGDIVEF :.:.:.: .:: ::.:::::.:. ::.:..: :.: ::::: ...: :..::: .:: CCDS30 PYYELQGSNYVTCSNGEWSEPPRCIHPCIITEENMNKNNIKLKGRSDRKYYAKTGDTIEF 250 260 270 280 290 300 240 250 260 270 pF1KE6 VCKSGYHPTKS-HSFRAMCQNGKLVYPSCEEK .:: ::. . : ::.:.:..: . :: :: CCDS30 MCKLGYNANTSILSFQAVCREGIVEYPRCE 310 320 330 >>CCDS41451.1 CFHR4 gene_id:10877|Hs108|chr1 (331 aa) initn: 963 init1: 613 opt: 756 Z-score: 860.9 bits: 167.3 E(32554): 1.2e-41 Smith-Waterman score: 756; 47.0% identity (74.0% similar) in 219 aa overlap (53-268:115-331) 30 40 50 60 70 80 pF1KE6 CDFPKINHGILYDEEKYKPFSQVPTGEVFYYSCEYNFVSPSKSFWTRITCAEEGWSPTPK :.:. .... . . ::: ..::: : CCDS41 LRTCSKSDIEIENGFISESSSIYILNKEIQYKCKPGYATADGNSSGSITCLQNGWSAQPI 90 100 110 120 130 140 90 100 110 120 130 140 pF1KE6 CLRLCFFPFVENGHSESSGQTHLEGDTVQIICNTGYRLQ--NNENNISCVERGWSTPPKC :...: .: ::....:.:. ::.. : ::... :. ..: : : ::: : : CCDS41 CIKFCDMPVFENSRAKSNGMRFKLHDTLDYECYDGYEISYGNTTGSIVCGEDGWSHFPTC 150 160 170 180 190 200 150 160 170 180 190 200 pF1KE6 RSTISAEKCGPPPPIDNGDITSFLLSVYAPGSSVEYQCQNLYQLEGNNQITCRNGQWSEP . :.:::::::::.::: :::::.::.: : ::::::. :.:.:.: .:: ::.:::: CCDS41 YN--SSEKCGPPPPISNGDTTSFLLKVYVPQSRVEYQCQSYYELQGSNYVTCSNGEWSEP 210 220 230 240 250 260 210 220 230 240 250 pF1KE6 PKCLDPCVISQEIMEKYNIKLKWTNQQKLYSRTGDIVEFVCKSGYHPTKS-HSFRAMCQN :.:. ::.:..: :.: ::.:: .. : :..::: .::.:: ::. . : ::.:.:.. CCDS41 PRCIHPCIITEENMNKNNIQLKGKSDIKYYAKTGDTIEFMCKLGYNANTSVLSFQAVCRE 270 280 290 300 310 320 260 270 pF1KE6 GKLVYPSCEEK : . :: :: CCDS41 GIVEYPRCE 330 >>CCDS55671.1 CFHR4 gene_id:10877|Hs108|chr1 (577 aa) initn: 1071 init1: 613 opt: 756 Z-score: 857.6 bits: 167.5 E(32554): 1.9e-41 Smith-Waterman score: 756; 47.0% identity (74.0% similar) in 219 aa overlap (53-268:361-577) 30 40 50 60 70 80 pF1KE6 CDFPKINHGILYDEEKYKPFSQVPTGEVFYYSCEYNFVSPSKSFWTRITCAEEGWSPTPK :.:. .... . . ::: ..::: : CCDS55 LRTCSKSDIEIENGFISESSSIYILNKEIQYKCKPGYATADGNSSGSITCLQNGWSAQPI 340 350 360 370 380 390 90 100 110 120 130 140 pF1KE6 CLRLCFFPFVENGHSESSGQTHLEGDTVQIICNTGYRLQ--NNENNISCVERGWSTPPKC :...: .: ::....:.:. ::.. : ::... :. ..: : : ::: : : CCDS55 CIKFCDMPVFENSRAKSNGMRFKLHDTLDYECYDGYEISYGNTTGSIVCGEDGWSHFPTC 400 410 420 430 440 450 150 160 170 180 190 200 pF1KE6 RSTISAEKCGPPPPIDNGDITSFLLSVYAPGSSVEYQCQNLYQLEGNNQITCRNGQWSEP . :.:::::::::.::: :::::.::.: : ::::::. :.:.:.: .:: ::.:::: CCDS55 YN--SSEKCGPPPPISNGDTTSFLLKVYVPQSRVEYQCQSYYELQGSNYVTCSNGEWSEP 460 470 480 490 500 210 220 230 240 250 pF1KE6 PKCLDPCVISQEIMEKYNIKLKWTNQQKLYSRTGDIVEFVCKSGYHPTKS-HSFRAMCQN :.:. ::.:..: :.: ::.:: .. : :..::: .::.:: ::. . : ::.:.:.. CCDS55 PRCIHPCIITEENMNKNNIQLKGKSDIKYYAKTGDTIEFMCKLGYNANTSVLSFQAVCRE 510 520 530 540 550 560 260 270 pF1KE6 GKLVYPSCEEK : . :: :: CCDS55 GIVEYPRCE 570 >-- initn: 413 init1: 413 opt: 534 Z-score: 606.2 bits: 121.0 E(32554): 1.9e-27 Smith-Waterman score: 534; 38.1% identity (62.8% similar) in 223 aa overlap (53-267:114-330) 30 40 50 60 70 80 pF1KE6 CDFPKINHGILYDEEKYKPFSQVPTGEVFYYSCEYNFVSPSKSFWTRITCAEEGWSPTPK :.:. .... . ::: ..::: : CCDS55 LRTCSKSDVEIENGFISESSSIYILNEETQYNCKPGYATAEGNSSGSITCLQNGWSTQPI 90 100 110 120 130 140 90 100 110 120 130 140 pF1KE6 CLRLCFFPFVENGHSESSGQTHLEGDTVQIICNTGYRLQ--NNENNISCVERGWSTPPKC :...: .: ::....:.:. ::.. : ::. . :. ..: : : ::: : : CCDS55 CIKFCDMPVFENSRAKSNGMWFKLHDTLDYECYDGYESSYGNTTDSIVCGEDGWSHLPTC 150 160 170 180 190 200 150 160 170 180 190 200 pF1KE6 RSTISAEKCGPPPPIDNGDITSFLLSVYAPGSSVEYQCQNLYQLEGNNQITCRNGQWSEP . :.:.:::::::.::: ::: .:: : : ::::::. :.:.:.. .:: ::.:::: CCDS55 YN--SSENCGPPPPISNGDTTSFPQKVYLPWSRVEYQCQSYYELQGSKYVTCSNGDWSEP 210 220 230 240 250 260 210 220 230 240 250 pF1KE6 PKCLD--PCVISQEIMEKYNIKLKWTNQQKLY--SRTGDIVEFVCKSGY-HPTKSHSFRA :.:.. :: :. : . .: . : .. : ::. . : ... :. :. CCDS55 PRCISMKPC----EFPEIQHGHLYYENTRRPYFPVATGQSYSYYCDQNFVTPSGSYWDYI 270 280 290 300 310 260 270 pF1KE6 MC-QNGKLVYPSCEEK : :.: : : CCDS55 HCTQDGWLPTVPCLRTCSKSDIEIENGFISESSSIYILNKEIQYKCKPGYATADGNSSGS 320 330 340 350 360 370 >-- initn: 297 init1: 286 opt: 294 Z-score: 334.4 bits: 70.7 E(32554): 2.6e-12 Smith-Waterman score: 294; 43.7% identity (66.0% similar) in 103 aa overlap (1-100:1-103) 10 20 30 40 50 60 pF1KE6 MWLLVSVILISRISSVGGEAMFCDFPKINHGILYDEEKYKPFSQVPTGEVFYYSCEYNFV : ::..::: .: ..:.. ::::.:.:: :: . . . . .:. . : :. ::: CCDS55 MLLLINVILTLWVSCANGQVKPCDFPEIQHGGLYYKSLRRLYFPAAAGQSYSYYCDQNFV 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 pF1KE6 SPSKSFWTRITCAEEGWSPTPKCLRLCFFP--FVENGH-SESSGQTHLEGDTVQIICNTG .:: :.: : :...::::: ::: : .::: :::: CCDS55 TPSGSYWDYIHCTQDGWSPTVPCLRTCSKSDVEIENGFISESSSIYILNEETQYNCKPGY 70 80 90 100 110 120 120 130 140 150 160 170 pF1KE6 YRLQNNENNISCVERGWSTPPKCRSTISAEKCGPPPPIDNGDITSFLLSVYAPGSSVEYQ CCDS55 ATAEGNSSGSITCLQNGWSTQPICIKFCDMPVFENSRAKSNGMWFKLHDTLDYECYDGYE 130 140 150 160 170 180 >>CCDS1388.1 F13B gene_id:2165|Hs108|chr1 (661 aa) initn: 962 init1: 314 opt: 448 Z-score: 508.0 bits: 103.0 E(32554): 5.6e-22 Smith-Waterman score: 473; 37.2% identity (67.8% similar) in 180 aa overlap (94-270:344-518) 70 80 90 100 110 120 pF1KE6 KSFWTRITCAEEGWSPTPKCLRLCFFPFVENGHSESSGQTHLEGDTVQIICNTGYRLQNN :: .. .. . .:: : :..:: :... CCDS13 IRCEDGKWTEPPKCIEGQEKVACEEPPFIENGAANLHSKIYYNGDKVTYACKSGYLLHGS 320 330 340 350 360 370 130 140 150 160 170 180 pF1KE6 ENNISCVERGWSTPPKCRSTISAEKCGPPPPIDNGDITSFLLSVYAPGSSVEYQCQNLYQ :.:.: . :. ::.: . :.: :: . :: ... .:. :: ::::::.:.. : CCDS13 -NEITCNRGKWTLPPECVE--NNENCKHPPVVMNGAVADGILASYATGSSVEYRCNEYYL 380 390 400 410 420 430 190 200 210 220 230 240 pF1KE6 LEGNNQITCRNGQWSEPPKCLDPCVISQEIMEKYNIKLKWTNQQKLYSRTGDIVEFVCKS :.:.. :..:.:: :: ::.::... . :.. ::..:: . :. ::...::::. CCDS13 LRGSKISRCEQGKWSSPPVCLEPCTVNVDYMNRNNIEMKWKYEGKVLH--GDLIDFVCKQ 440 450 460 470 480 250 260 270 pF1KE6 GYH--PTKSHS-FRAMCQNGKLVYPSCEEK :: : : . ..:. :.. :: : .: CCDS13 GYDLSPLTPLSELSVQCNRGEVKYPLCTRKESKGMCTSPPLIKHGVIISSTVDTYENGSS 490 500 510 520 530 540 >-- initn: 373 init1: 162 opt: 341 Z-score: 386.8 bits: 80.6 E(32554): 3.2e-15 Smith-Waterman score: 341; 31.4% identity (60.6% similar) in 188 aa overlap (23-205:153-329) 10 20 30 40 50 pF1KE6 MWLLVSVILISRISSVGGEAMFCDFPKINHGILYDEEK-YKPFSQVPTGEVF : :.. .: .: .: ..: CCDS13 KTTGGKDEEVVQCLSDGWSSQPTCRKEHETCLAPELYNGNYSTTQKTFKVKDKVQ----- 130 140 150 160 170 60 70 80 90 100 pF1KE6 YYSCEYNFVSPSKSFWTRITCAEEGWSPTPKCLRL-CF-FPFVENGHSESSGQTHLEGDT : : .. . . . .. : ::: :::: .: : . ..:::. . ::. :::. CCDS13 -YECATGYYTAGGKKTEEVECLTYGWSLTPKCTKLKCSSLRLIENGYFHPVKQTYEEGDV 180 190 200 210 220 230 110 120 130 140 150 160 pF1KE6 VQIICNTGYRLQNNENNISCVERGW-STPPKCRSTISAEKCGPPP-PIDNGDITSFLLSV ::..:. .: :.... :.: . :: : :.. ..: ::: :: :. : . .. CCDS13 VQFFCHENYYLSGSDL-IQCYNFGWYPESPVCEG--RRNRCPPPPLPI-NSKIQTHS-TT 240 250 260 270 280 290 170 180 190 200 210 220 pF1KE6 YAPGSSVEYQCQNLYQLEGNNQITCRNGQWSEPPKCLDPCVISQEIMEKYNIKLKWTNQQ : : :. .:. ....:. .: :..:.:.:::::.. CCDS13 YRHGEIVHIECELNFEIHGSAEIRCEDGKWTEPPKCIEGQEKVACEEPPFIENGAANLHS 300 310 320 330 340 350 230 240 250 260 270 pF1KE6 KLYSRTGDIVEFVCKSGYHPTKSHSFRAMCQNGKLVYPSCEEK CCDS13 KIYYNGDKVTYACKSGYLLHGSNEITCNRGKWTLPPECVENNENCKHPPVVMNGAVADGI 360 370 380 390 400 410 >-- initn: 307 init1: 286 opt: 335 Z-score: 380.0 bits: 79.3 E(32554): 7.6e-15 Smith-Waterman score: 335; 38.2% identity (65.0% similar) in 123 aa overlap (149-267:524-646) 120 130 140 150 160 170 pF1KE6 RLQNNENNISCVERGWSTPPKCRSTISAEKCGPPPPIDNGDITSFLLSVYAPGSSVEYQC : :: : .: : : ...: ::::::.: CCDS13 PLTPLSELSVQCNRGEVKYPLCTRKESKGMCTSPPLIKHGVIISSTVDTYENGSSVEYRC 500 510 520 530 540 550 180 190 200 210 220 230 pF1KE6 QNLYQLEGNNQITCRNGQWSEPPKCLDPCVISQEIMEKYNIKLKWTNQQKLYSRTGDIVE . . :::. . : .:.:. :: ::.::..: ::: :. ::: ... . :. .: CCDS13 FDHHFLEGSREAYCLDGMWTTPPLCLEPCTLSFTEMEKNNLLLKWDFDNRPHILHGEYIE 560 570 580 590 600 610 240 250 260 270 pF1KE6 FVCKSGYHPTKSHS----FRAMCQNGKLVYPSCEEK :.:.. .:.. . .: .:. :.: :: : CCDS13 FICRGDTYPAELYITGSILRMQCDRGQLKYPRCIPRQSTLSYQEPLRT 620 630 640 650 660 >>CCDS53452.1 CFH gene_id:3075|Hs108|chr1 (449 aa) initn: 512 init1: 435 opt: 435 Z-score: 495.6 bits: 100.2 E(32554): 2.8e-21 Smith-Waterman score: 435; 39.8% identity (73.7% similar) in 118 aa overlap (23-140:325-442) 10 20 30 40 50 pF1KE6 MWLLVSVILISRISSVGGEAMFCDFPKINHGILYDEEKYKPFSQVPTGEVFY ::.: :.:: :: :. .:. : .:. . CCDS53 RNGFYPATRGNTAKCTSTGWIPAPRCTLKPCDYPDIKHGGLYHENMRRPYFPVAVGKYYS 300 310 320 330 340 350 60 70 80 90 100 110 pF1KE6 YSCEYNFVSPSKSFWTRITCAEEGWSPTPKCLRLCFFPFVENGHSESSGQTHLEGDTVQI : :. .: .:: :.: .: :...::::. ::: :.::..:::.... :. ..: .... CCDS53 YYCDEHFETPSGSYWDHIHCTQDGWSPAVPCLRKCYFPYLENGYNQNHGRKFVQGKSIDV 360 370 380 390 400 410 120 130 140 150 160 170 pF1KE6 ICNTGYRLQNNENNISCVERGWSTPPKCRSTISAEKCGPPPPIDNGDITSFLLSVYAPGS :. :: : . .....:.: ::: :.: CCDS53 ACHPGYALPKAQTTVTCMENGWSPTPRCIRVSFTL 420 430 440 270 residues in 1 query sequences 18511270 residues in 32554 library sequences Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc) start: Tue Nov 8 11:14:16 2016 done: Tue Nov 8 11:14:16 2016 Total Scan time: 1.690 Total Display time: 0.010 Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]