Result of FASTA (ccds) for
pFN21AE3626
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE3626, 216 aa
1>>>pF1KE3626 216 - 216 aa - 216 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.5034+/- 0.001; mu= 12.3297+/- 0.060
mean_var=78.4506+/-15.752, 0's: 0 Z-trim(104.5): 206 B-trim: 258 in 1/47
Lambda= 0.144803
statistics sampled from 7683 (7913) to 7683 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.628), E-opt: 0.2 (0.243), width: 16
Scan time: 1.990
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS9570.1 RAB2B gene_id:84932|Hs108|chr14 ( 216) 1417 305.6 1.5e-83
CCDS6175.1 RAB2A gene_id:5862|Hs108|chr8 ( 212) 1191 258.4 2.4e-69
CCDS56537.1 RAB2A gene_id:5862|Hs108|chr8 ( 188) 936 205.1 2.4e-53
CCDS6827.1 RAB14 gene_id:51552|Hs108|chr9 ( 215) 803 177.4 6.1e-45
CCDS31050.1 RAB4A gene_id:5867|Hs108|chr1 ( 218) 728 161.7 3.2e-40
CCDS33030.1 RAB4B gene_id:53916|Hs108|chr19 ( 213) 713 158.6 2.8e-39
CCDS10183.1 RAB8B gene_id:51762|Hs108|chr15 ( 207) 645 144.4 5.1e-35
CCDS12201.1 RAB11B gene_id:9230|Hs108|chr19 ( 218) 631 141.4 4e-34
CCDS12339.1 RAB8A gene_id:4218|Hs108|chr19 ( 207) 628 140.8 6e-34
CCDS10212.1 RAB11A gene_id:8766|Hs108|chr15 ( 216) 612 137.5 6.3e-33
CCDS46306.1 RAB1A gene_id:5861|Hs108|chr2 ( 205) 601 135.2 3e-32
CCDS14766.1 RAB39B gene_id:116442|Hs108|chrX ( 213) 601 135.2 3e-32
CCDS8338.1 RAB39A gene_id:54734|Hs108|chr11 ( 217) 600 135.0 3.6e-32
CCDS1720.1 RAB10 gene_id:10890|Hs108|chr2 ( 200) 593 133.5 9.2e-32
CCDS1058.1 RAB13 gene_id:5872|Hs108|chr1 ( 203) 593 133.5 9.3e-32
CCDS31613.1 RAB1B gene_id:81876|Hs108|chr11 ( 201) 591 133.1 1.2e-31
CCDS7155.1 RAB18 gene_id:22931|Hs108|chr10 ( 206) 571 128.9 2.3e-30
CCDS32722.1 RAB37 gene_id:326624|Hs108|chr17 ( 223) 570 128.7 2.8e-30
CCDS82198.1 RAB37 gene_id:326624|Hs108|chr17 ( 196) 568 128.3 3.4e-30
CCDS54161.1 RAB37 gene_id:326624|Hs108|chr17 ( 228) 568 128.3 3.8e-30
CCDS11703.1 RAB37 gene_id:326624|Hs108|chr17 ( 216) 566 127.9 4.9e-30
CCDS34762.2 RAB19 gene_id:401409|Hs108|chr7 ( 217) 555 125.6 2.4e-29
CCDS8264.1 RAB30 gene_id:27314|Hs108|chr11 ( 203) 549 124.3 5.5e-29
CCDS33850.1 RAB43 gene_id:339122|Hs108|chr3 ( 212) 549 124.3 5.6e-29
CCDS10460.1 RAB26 gene_id:25837|Hs108|chr16 ( 256) 548 124.2 7.6e-29
CCDS76691.1 RAB15 gene_id:376267|Hs108|chr14 ( 212) 545 123.5 1e-28
CCDS41413.1 RAB25 gene_id:57111|Hs108|chr1 ( 213) 544 123.3 1.2e-28
CCDS76806.1 RAB26 gene_id:25837|Hs108|chr16 ( 190) 532 120.7 6.1e-28
CCDS58373.1 RAB11A gene_id:8766|Hs108|chr15 ( 155) 517 117.5 4.5e-27
CCDS12372.1 RAB3A gene_id:5864|Hs108|chr19 ( 220) 513 116.8 1.1e-26
CCDS42410.1 RAB12 gene_id:201475|Hs108|chr18 ( 244) 513 116.8 1.2e-26
CCDS41846.1 RAB35 gene_id:11021|Hs108|chr12 ( 201) 509 115.9 1.8e-26
CCDS8900.1 RAB5B gene_id:5869|Hs108|chr12 ( 215) 505 115.1 3.3e-26
CCDS11419.1 RAB5C gene_id:5878|Hs108|chr17 ( 216) 501 114.3 6e-26
CCDS58551.1 RAB5C gene_id:5878|Hs108|chr17 ( 249) 501 114.3 6.7e-26
CCDS560.1 RAB3B gene_id:5865|Hs108|chr1 ( 219) 484 110.7 7.1e-25
CCDS12257.1 RAB3D gene_id:9545|Hs108|chr19 ( 219) 480 109.9 1.3e-24
CCDS2633.1 RAB5A gene_id:5868|Hs108|chr3 ( 215) 479 109.7 1.4e-24
CCDS3976.1 RAB3C gene_id:115827|Hs108|chr5 ( 227) 472 108.2 4.1e-24
CCDS3082.1 RAB6B gene_id:51560|Hs108|chr3 ( 208) 468 107.4 6.9e-24
CCDS8223.1 RAB6A gene_id:5870|Hs108|chr11 ( 208) 464 106.5 1.2e-23
CCDS33497.1 RAB22A gene_id:57403|Hs108|chr20 ( 194) 463 106.3 1.3e-23
CCDS54162.1 RAB37 gene_id:326624|Hs108|chr17 ( 186) 459 105.5 2.3e-23
CCDS3747.1 RAB33B gene_id:83452|Hs108|chr4 ( 229) 458 105.3 3.2e-23
CCDS8224.1 RAB6A gene_id:5870|Hs108|chr11 ( 208) 454 104.5 5.2e-23
CCDS2520.1 RAB17 gene_id:64284|Hs108|chr2 ( 212) 454 104.5 5.3e-23
CCDS9003.1 RAB21 gene_id:23011|Hs108|chr12 ( 225) 439 101.3 4.9e-22
CCDS44803.1 CRACR2A gene_id:84766|Hs108|chr12 ( 731) 439 101.7 1.3e-21
CCDS75442.1 RAB44 gene_id:401258|Hs108|chr6 (1021) 433 100.5 3.9e-21
CCDS56275.1 RAB43 gene_id:339122|Hs108|chr3 ( 155) 420 97.3 5.7e-21
>>CCDS9570.1 RAB2B gene_id:84932|Hs108|chr14 (216 aa)
initn: 1417 init1: 1417 opt: 1417 Z-score: 1613.5 bits: 305.6 E(32554): 1.5e-83
Smith-Waterman score: 1417; 100.0% identity (100.0% similar) in 216 aa overlap (1-216:1-216)
10 20 30 40 50 60
pF1KE3 MTYAYLFKYIIIGDTGVGKSCLLLQFTDKRFQPVHDLTIGVEFGARMVNIDGKQIKLQIW
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS95 MTYAYLFKYIIIGDTGVGKSCLLLQFTDKRFQPVHDLTIGVEFGARMVNIDGKQIKLQIW
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE3 DTAGQESFRSITRSYYRGAAGALLVYDITRRETFNHLTSWLEDARQHSSSNMVIMLIGNK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS95 DTAGQESFRSITRSYYRGAAGALLVYDITRRETFNHLTSWLEDARQHSSSNMVIMLIGNK
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE3 SDLESRRDVKREEGEAFAREHGLIFMETSAKTACNVEEAFINTAKEIYRKIQQGLFDVHN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS95 SDLESRRDVKREEGEAFAREHGLIFMETSAKTACNVEEAFINTAKEIYRKIQQGLFDVHN
130 140 150 160 170 180
190 200 210
pF1KE3 EANGIKIGPQQSISTSVGPSASQRNSRDIGSNSGCC
::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS95 EANGIKIGPQQSISTSVGPSASQRNSRDIGSNSGCC
190 200 210
>>CCDS6175.1 RAB2A gene_id:5862|Hs108|chr8 (212 aa)
initn: 1209 init1: 1165 opt: 1191 Z-score: 1358.5 bits: 258.4 E(32554): 2.4e-69
Smith-Waterman score: 1191; 83.8% identity (96.3% similar) in 216 aa overlap (1-216:1-212)
10 20 30 40 50 60
pF1KE3 MTYAYLFKYIIIGDTGVGKSCLLLQFTDKRFQPVHDLTIGVEFGARMVNIDGKQIKLQIW
:.:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::..:::::::::::
CCDS61 MAYAYLFKYIIIGDTGVGKSCLLLQFTDKRFQPVHDLTIGVEFGARMITIDGKQIKLQIW
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE3 DTAGQESFRSITRSYYRGAAGALLVYDITRRETFNHLTSWLEDARQHSSSNMVIMLIGNK
:::::::::::::::::::::::::::::::.::::::.:::::::::.:::::::::::
CCDS61 DTAGQESFRSITRSYYRGAAGALLVYDITRRDTFNHLTTWLEDARQHSNSNMVIMLIGNK
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE3 SDLESRRDVKREEGEAFAREHGLIFMETSAKTACNVEEAFINTAKEIYRKIQQGLFDVHN
:::::::.::.:::::::::::::::::::::: ::::::::::::::.:::.:.::..:
CCDS61 SDLESRREVKKEEGEAFAREHGLIFMETSAKTASNVEEAFINTAKEIYEKIQEGVFDINN
130 140 150 160 170 180
190 200 210
pF1KE3 EANGIKIGPQQSISTSVGPSASQRNSRDIGSNSGCC
::::::::::.. .... :....... : .:::
CCDS61 EANGIKIGPQHAATNAT--HAGNQGGQQAG--GGCC
190 200 210
>>CCDS56537.1 RAB2A gene_id:5862|Hs108|chr8 (188 aa)
initn: 1028 init1: 917 opt: 936 Z-score: 1071.3 bits: 205.1 E(32554): 2.4e-53
Smith-Waterman score: 969; 72.7% identity (85.2% similar) in 216 aa overlap (1-216:1-188)
10 20 30 40 50 60
pF1KE3 MTYAYLFKYIIIGDTGVGKSCLLLQFTDKRFQPVHDLTIGVEFGARMVNIDGKQIKLQIW
:.::::::::::::::: ::::::..:::::::::::
CCDS56 MAYAYLFKYIIIGDTGV------------------------EFGARMITIDGKQIKLQIW
10 20 30
70 80 90 100 110 120
pF1KE3 DTAGQESFRSITRSYYRGAAGALLVYDITRRETFNHLTSWLEDARQHSSSNMVIMLIGNK
:::::::::::::::::::::::::::::::.::::::.:::::::::.:::::::::::
CCDS56 DTAGQESFRSITRSYYRGAAGALLVYDITRRDTFNHLTTWLEDARQHSNSNMVIMLIGNK
40 50 60 70 80 90
130 140 150 160 170 180
pF1KE3 SDLESRRDVKREEGEAFAREHGLIFMETSAKTACNVEEAFINTAKEIYRKIQQGLFDVHN
:::::::.::.:::::::::::::::::::::: ::::::::::::::.:::.:.::..:
CCDS56 SDLESRREVKKEEGEAFAREHGLIFMETSAKTASNVEEAFINTAKEIYEKIQEGVFDINN
100 110 120 130 140 150
190 200 210
pF1KE3 EANGIKIGPQQSISTSVGPSASQRNSRDIGSNSGCC
::::::::::.. .... :....... : .:::
CCDS56 EANGIKIGPQHAATNAT--HAGNQGGQQAG--GGCC
160 170 180
>>CCDS6827.1 RAB14 gene_id:51552|Hs108|chr9 (215 aa)
initn: 777 init1: 777 opt: 803 Z-score: 920.3 bits: 177.4 E(32554): 6.1e-45
Smith-Waterman score: 803; 56.7% identity (82.8% similar) in 215 aa overlap (3-216:8-215)
10 20 30 40 50
pF1KE3 MTYAYLFKYIIIGDTGVGKSCLLLQFTDKRFQPVHDLTIGVEFGARMVNIDGKQI
:.:.:::::::: :::::::: :::.:.:. :::::::.:.....:..:
CCDS68 MATAPYNYSYIFKYIIIGDMGVGKSCLLHQFTEKKFMADCPHTIGVEFGTRIIEVSGQKI
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KE3 KLQIWDTAGQESFRSITRSYYRGAAGALLVYDITRRETFNHLTSWLEDARQHSSSNMVIM
::::::::::: ::..::::::::::::.::::::: :.:::.::: :::. .. : ::.
CCDS68 KLQIWDTAGQERFRAVTRSYYRGAAGALMVYDITRRSTYNHLSSWLTDARNLTNPNTVII
70 80 90 100 110 120
120 130 140 150 160 170
pF1KE3 LIGNKSDLESRRDVKREEGEAFAREHGLIFMETSAKTACNVEEAFINTAKEIYRKIQQGL
:::::.:::..::: ::.. ::.:.::.:.:.::::. :::.::...::.::..::.:
CCDS68 LIGNKADLEAQRDVTYEEAKQFAEENGLLFLEASAKTGENVEDAFLEAAKKIYQNIQDGS
130 140 150 160 170 180
180 190 200 210
pF1KE3 FDVHNEANGIKIGPQQSISTSVGPSASQRNSRDIGSNSGC-C
.:.. .:.. :. .:.... .:. . :: :
CCDS68 LDLNAAESGVQHKPS-------APQGGRLTSEPQPQREGCGC
190 200 210
>>CCDS31050.1 RAB4A gene_id:5867|Hs108|chr1 (218 aa)
initn: 728 init1: 728 opt: 728 Z-score: 835.6 bits: 161.7 E(32554): 3.2e-40
Smith-Waterman score: 728; 58.3% identity (82.9% similar) in 187 aa overlap (2-188:9-195)
10 20 30 40 50
pF1KE3 MTYAYLFKYIIIGDTGVGKSCLLLQFTDKRFQPVHDLTIGVEFGARMVNIDGK
:: .:::...::..:.:::::: :: .:.:. . :::::::....:. ::
CCDS31 MSQTAMSETYDFLFKFLVIGNAGTGKSCLLHQFIEKKFKDDSNHTIGVEFGSKIINVGGK
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KE3 QIKLQIWDTAGQESFRSITRSYYRGAAGALLVYDITRRETFNHLTSWLEDARQHSSSNMV
.::::::::::: :::.:::::::::::::::::: :::.: ::.:: :::. .:.:.:
CCDS31 YVKLQIWDTAGQERFRSVTRSYYRGAAGALLVYDITSRETYNALTNWLTDARMLASQNIV
70 80 90 100 110 120
120 130 140 150 160 170
pF1KE3 IMLIGNKSDLESRRDVKREEGEAFAREHGLIFMETSAKTACNVEEAFINTAKEIYRKIQQ
:.: :::.::.. :.: :. ::.:. :.:.:::: :. ::::::.. :..: ::..
CCDS31 IILCGNKKDLDADREVTFLEASRFAQENELMFLETSALTGENVEEAFVQCARKILNKIES
130 140 150 160 170 180
180 190 200 210
pF1KE3 GLFDVHNEANGIKIGPQQSISTSVGPSASQRNSRDIGSNSGCC
: .: . ..::. :
CCDS31 GELDPERMGSGIQYGDAALRQLRSPRRAQAPNAQECGC
190 200 210
>>CCDS33030.1 RAB4B gene_id:53916|Hs108|chr19 (213 aa)
initn: 711 init1: 711 opt: 713 Z-score: 818.8 bits: 158.6 E(32554): 2.8e-39
Smith-Waterman score: 713; 55.0% identity (78.7% similar) in 202 aa overlap (2-203:4-204)
10 20 30 40 50
pF1KE3 MTYAYLFKYIIIGDTGVGKSCLLLQFTDKRFQPVHDLTIGVEFGARMVNIDGKQIKLQ
:: .:::...::..:.:::::: :: ...:. . :::::::.:.::. :: .:::
CCDS33 MAETYDFLFKFLVIGSAGTGKSCLLHQFIENKFKQDSNHTIGVEFGSRVVNVGGKTVKLQ
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KE3 IWDTAGQESFRSITRSYYRGAAGALLVYDITRRETFNHLTSWLEDARQHSSSNMVIMLIG
:::::::: :::.:::::::::::::::::: :::.: :..:: ::: .: :.:..: :
CCDS33 IWDTAGQERFRSVTRSYYRGAAGALLVYDITSRETYNSLAAWLTDARTLASPNIVVILCG
70 80 90 100 110 120
120 130 140 150 160 170
pF1KE3 NKSDLESRRDVKREEGEAFAREHGLIFMETSAKTACNVEEAFINTAKEIYRKIQQGLFDV
::.::. .:.: :. ::.:. :.:.:::: :. ::::::.. :. : ::..: .:
CCDS33 NKKDLDPEREVTFLEASRFAQENELMFLETSALTGENVEEAFLKCARTILNKIDSGELDP
130 140 150 160 170 180
180 190 200 210
pF1KE3 HNEANGIKIGPQQSISTSVGPSASQRNSRDIGSNSGCC
. ..::. : . :. : ..:
CCDS33 ERMGSGIQYG-DASLRQLRQPRSAQAVAPQPCGC
190 200 210
>>CCDS10183.1 RAB8B gene_id:51762|Hs108|chr15 (207 aa)
initn: 634 init1: 634 opt: 645 Z-score: 742.2 bits: 144.4 E(32554): 5.1e-35
Smith-Waterman score: 645; 47.2% identity (81.2% similar) in 197 aa overlap (2-196:4-200)
10 20 30 40 50
pF1KE3 MTYAYLFKYIIIGDTGVGKSCLLLQFTDKRFQPVHDLTIGVEFGARMVNIDGKQIKLQ
:: :::: ..:::.::::.:::..:.. :. . :::..: : ...:::.::::
CCDS10 MAKTYDYLFKLLLIGDSGVGKTCLLFRFSEDAFNTTFISTIGIDFKIRTIELDGKKIKLQ
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KE3 IWDTAGQESFRSITRSYYRGAAGALLVYDITRRETFNHLTSWLEDARQHSSSNMVIMLIG
:::::::: ::.:: .::::: : .:::::: ...:... .:... ..:.::.. :..:
CCDS10 IWDTAGQERFRTITTAYYRGAMGIMLVYDITNEKSFDNIKNWIRNIEEHASSDVERMILG
70 80 90 100 110 120
120 130 140 150 160 170
pF1KE3 NKSDLESRRDVKREEGEAFAREHGLIFMETSAKTACNVEEAFINTAKEIYRKIQQGLFDV
:: :....:.:..:.:: .: ..:. :.:::::.. ::::::.. :..:. :... . :
CCDS10 NKCDMNDKRQVSKERGEKLAIDYGIKFLETSAKSSANVEEAFFTLARDIMTKLNRKMNDS
130 140 150 160 170 180
180 190 200 210
pF1KE3 HNEANG--IKIGPQQSISTSVGPSASQRNSRDIGSNSGCC
.. . : .:: ..: .::
CCDS10 NSAGAGGPVKITENRSKKTSFFRCSLL
190 200
>>CCDS12201.1 RAB11B gene_id:9230|Hs108|chr19 (218 aa)
initn: 617 init1: 617 opt: 631 Z-score: 726.1 bits: 141.4 E(32554): 4e-34
Smith-Waterman score: 631; 48.4% identity (74.2% similar) in 217 aa overlap (3-216:8-215)
10 20 30 40 50
pF1KE3 MTYAYLFKYIIIGDTGVGKSCLLLQFTDKRFQPVHDLTIGVEFGARMVNIDGKQI
: :::: ..:::.::::: :: .:: ..:. ::::::..: ...::: :
CCDS12 MGTRDDEYDYLFKVVLIGDSGVGKSNLLSRFTRNEFNLESKSTIGVEFATRSIQVDGKTI
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KE3 KLQIWDTAGQESFRSITRSYYRGAAGALLVYDITRRETFNHLTSWLEDARQHSSSNMVIM
: ::::::::: .:.:: .:::::.::::::::... :.... ::.. :.:..::.:::
CCDS12 KAQIWDTAGQERYRAITSAYYRGAVGALLVYDIAKHLTYENVERWLKELRDHADSNIVIM
70 80 90 100 110 120
120 130 140 150 160 170
pF1KE3 LIGNKSDLESRRDVKREEGEAFAREHGLIFMETSAKTACNVEEAFINTAKEIYRKI-QQG
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CCDS12 SPQGSNQGVKITPDQQKRSSFFRCVLL
190 200
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]