FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KE1572, 860 aa 1>>>pF1KE1572 860 - 860 aa - 860 aa Library: /omim/omim.rfq.tfa 60827320 residues in 85289 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.3861+/-0.000437; mu= 20.0768+/- 0.027 mean_var=66.4948+/-13.746, 0's: 0 Z-trim(110.1): 79 B-trim: 527 in 1/48 Lambda= 0.157282 statistics sampled from 18339 (18400) to 18339 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.567), E-opt: 0.2 (0.216), width: 16 Scan time: 10.080 The best scores are: opt bits E(85289) NP_001136093 (OMIM: 606237) transforming growth fa ( 860) 5694 1301.8 0 NP_004248 (OMIM: 606237) transforming growth facto ( 860) 5694 1301.8 0 NP_001315575 (OMIM: 606237) transforming growth fa ( 824) 5289 1209.8 0 XP_016860828 (OMIM: 606237) PREDICTED: transformin ( 440) 2938 676.2 8.7e-194 XP_016877528 (OMIM: 612188) PREDICTED: vam6/Vps39- ( 518) 198 54.5 1.4e-06 XP_016877527 (OMIM: 612188) PREDICTED: vam6/Vps39- ( 751) 198 54.6 2e-06 NP_056104 (OMIM: 612188) vam6/Vps39-like protein i ( 875) 198 54.7 2.3e-06 NP_001288067 (OMIM: 612188) vam6/Vps39-like protei ( 886) 198 54.7 2.3e-06 XP_016877526 (OMIM: 612188) PREDICTED: vam6/Vps39- ( 860) 193 53.5 4.9e-06 XP_016877525 (OMIM: 612188) PREDICTED: vam6/Vps39- ( 871) 193 53.5 4.9e-06 XP_011519706 (OMIM: 612188) PREDICTED: vam6/Vps39- ( 896) 193 53.5 5.1e-06 XP_011519705 (OMIM: 612188) PREDICTED: vam6/Vps39- ( 907) 193 53.5 5.1e-06 >>NP_001136093 (OMIM: 606237) transforming growth factor (860 aa) initn: 5694 init1: 5694 opt: 5694 Z-score: 6975.4 bits: 1301.8 E(85289): 0 Smith-Waterman score: 5694; 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XP_016 SIHCLGPIKLELLEPKANLQAALQVLELHHSKLDTTKALNLLPANTQINDIRIFLEKVLE 620 630 640 650 660 670 780 790 800 810 820 830 pF1KE1 DSIHARRTMQVALGLARSENLIYTYDKMKLKGSSIQLSDKKLCQICQNPFCEPVFVRYPN .. . .: :: .: ..: : ... . . ....:.:..:.. . . .:.:::: XP_016 ENAQKKRFNQVLKNLLHAEFLRVQEERILHQQVKCIITEEKVCMVCKKKIGNSAFARYPN 680 690 700 710 720 730 840 850 860 pF1KE1 GGLVHTHCAASRHTNPSSSSPGTRT : .:: : :...::... XP_016 GVVVHYFC--SKEVNPADT 740 750 >>NP_056104 (OMIM: 612188) vam6/Vps39-like protein isofo (875 aa) initn: 487 init1: 185 opt: 198 Z-score: 235.4 bits: 54.7 E(85289): 2.3e-06 Smith-Waterman score: 807; 25.6% identity (58.7% similar) in 886 aa overlap (21-854:12-875) 10 20 30 40 50 60 pF1KE1 MMSIKAFTLVSAVERELLMGDKERVNIECVECCGRDLYVGTNDCFVYHFLLEERPVPAGP .: ..:.:. . : :::.. :.:: . .: NP_056 MHDAFEPVPILEKLPLQIDCLAAWEEWLLVGTKQ---GHLLLYRIRKDVGC 10 20 30 40 70 80 90 100 110 120 pF1KE1 ATFTATKQLQRHLGFKKPVNELRAASALNRLLVLCDNSISLVNMLNLEPVPSGARIKGAA : .: . . . .:.: .......: .. :. : .:.: . ..:... . . .. :::. 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