Result of FASTA (ccds) for
pFN21AE6712
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE6712, 934 aa
1>>>pF1KE6712 934 - 934 aa - 934 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.7393+/-0.00102; mu= 14.0561+/- 0.061
mean_var=89.2282+/-18.150, 0's: 0 Z-trim(107.0): 193 B-trim: 258 in 2/49
Lambda= 0.135776
statistics sampled from 9107 (9305) to 9107 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.634), E-opt: 0.2 (0.286), width: 16
Scan time: 3.390
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS4261.1 PCDHGC3 gene_id:5098|Hs108|chr5 ( 934) 6089 1203.3 0
CCDS75348.1 PCDHGC3 gene_id:5098|Hs108|chr5 ( 863) 5247 1038.4 0
CCDS58979.2 PCDHGA4 gene_id:56111|Hs108|chr5 ( 962) 2976 593.5 6.2e-169
CCDS58981.1 PCDHGA9 gene_id:56107|Hs108|chr5 ( 932) 2928 584.1 4.1e-166
CCDS54926.1 PCDHGA6 gene_id:56109|Hs108|chr5 ( 932) 2923 583.2 8e-166
CCDS47294.1 PCDHGA11 gene_id:56105|Hs108|chr5 ( 935) 2921 582.8 1.1e-165
CCDS47290.1 PCDHGA3 gene_id:56112|Hs108|chr5 ( 932) 2920 582.6 1.2e-165
CCDS47292.1 PCDHGA10 gene_id:56106|Hs108|chr5 ( 936) 2906 579.8 8.1e-165
CCDS47291.1 PCDHGA8 gene_id:9708|Hs108|chr5 ( 932) 2869 572.6 1.2e-162
CCDS54924.1 PCDHGB2 gene_id:56103|Hs108|chr5 ( 931) 2860 570.8 4.2e-162
CCDS54927.1 PCDHGA7 gene_id:56108|Hs108|chr5 ( 932) 2860 570.8 4.2e-162
CCDS54925.1 PCDHGA5 gene_id:56110|Hs108|chr5 ( 931) 2859 570.6 4.8e-162
CCDS4260.1 PCDHGA12 gene_id:26025|Hs108|chr5 ( 932) 2859 570.6 4.8e-162
CCDS54922.1 PCDHGA1 gene_id:56114|Hs108|chr5 ( 931) 2831 565.1 2.1e-160
CCDS47289.1 PCDHGA2 gene_id:56113|Hs108|chr5 ( 932) 2787 556.5 8.4e-158
CCDS4262.1 PCDHGC4 gene_id:56098|Hs108|chr5 ( 938) 2776 554.4 3.8e-157
CCDS54923.1 PCDHGB1 gene_id:56104|Hs108|chr5 ( 927) 2775 554.2 4.3e-157
CCDS47293.1 PCDHGB7 gene_id:56099|Hs108|chr5 ( 929) 2774 554.0 4.9e-157
CCDS58980.1 PCDHGB3 gene_id:56102|Hs108|chr5 ( 929) 2768 552.8 1.1e-156
CCDS54929.1 PCDHGB6 gene_id:56100|Hs108|chr5 ( 930) 2713 542.0 1.9e-153
CCDS75331.1 PCDHGA4 gene_id:56111|Hs108|chr5 ( 851) 2142 430.2 8.3e-120
CCDS75341.1 PCDHGA9 gene_id:56107|Hs108|chr5 ( 828) 2103 422.5 1.6e-117
CCDS75335.1 PCDHGA6 gene_id:56109|Hs108|chr5 ( 818) 2095 421.0 4.8e-117
CCDS75329.1 PCDHGA3 gene_id:56112|Hs108|chr5 ( 829) 2094 420.8 5.5e-117
CCDS75345.1 PCDHGA11 gene_id:56105|Hs108|chr5 ( 837) 2090 420.0 9.6e-117
CCDS54915.1 PCDHA3 gene_id:56145|Hs108|chr5 ( 950) 2083 418.6 2.8e-116
CCDS75343.1 PCDHGA10 gene_id:56106|Hs108|chr5 ( 850) 2080 418.0 3.8e-116
CCDS54919.1 PCDHA8 gene_id:56140|Hs108|chr5 ( 950) 2076 417.2 7.2e-116
CCDS75332.1 PCDHGB2 gene_id:56103|Hs108|chr5 ( 811) 2040 410.2 8.3e-114
CCDS75338.1 PCDHGA8 gene_id:9708|Hs108|chr5 ( 820) 2037 409.6 1.3e-113
CCDS75346.1 PCDHGA12 gene_id:26025|Hs108|chr5 ( 820) 2031 408.4 2.8e-113
CCDS75333.1 PCDHGA5 gene_id:56110|Hs108|chr5 ( 813) 2030 408.2 3.2e-113
CCDS75336.1 PCDHGA7 gene_id:56108|Hs108|chr5 ( 817) 2030 408.2 3.2e-113
CCDS54920.1 PCDHA9 gene_id:9752|Hs108|chr5 ( 950) 2031 408.4 3.2e-113
CCDS54916.1 PCDHA4 gene_id:56144|Hs108|chr5 ( 947) 2026 407.5 6.4e-113
CCDS47281.1 PCDHA6 gene_id:56142|Hs108|chr5 ( 950) 2026 407.5 6.4e-113
CCDS54913.1 PCDHA1 gene_id:56147|Hs108|chr5 ( 950) 2023 406.9 9.6e-113
CCDS54917.1 PCDHA5 gene_id:56143|Hs108|chr5 ( 936) 2006 403.5 9.5e-112
CCDS54918.1 PCDHA7 gene_id:56141|Hs108|chr5 ( 937) 2006 403.5 9.5e-112
CCDS4242.1 PCDHAC2 gene_id:56134|Hs108|chr5 (1007) 2006 403.5 1e-111
CCDS64269.1 PCDHA2 gene_id:56146|Hs108|chr5 ( 808) 2000 402.3 1.9e-111
CCDS54914.1 PCDHA2 gene_id:56146|Hs108|chr5 ( 948) 2001 402.6 1.9e-111
CCDS4240.1 PCDHA13 gene_id:56136|Hs108|chr5 ( 950) 1993 401.0 5.6e-111
CCDS75349.1 PCDHGC4 gene_id:56098|Hs108|chr5 ( 871) 1985 399.4 1.5e-110
CCDS47284.1 PCDHA11 gene_id:56138|Hs108|chr5 ( 949) 1979 398.2 3.8e-110
CCDS75325.1 PCDHA10 gene_id:56139|Hs108|chr5 ( 844) 1977 397.8 4.4e-110
CCDS54921.1 PCDHA10 gene_id:56139|Hs108|chr5 ( 948) 1977 397.9 4.9e-110
CCDS75344.1 PCDHGB7 gene_id:56099|Hs108|chr5 ( 808) 1959 394.3 4.9e-109
CCDS75330.1 PCDHGB1 gene_id:56104|Hs108|chr5 ( 810) 1956 393.7 7.4e-109
CCDS75334.1 PCDHGB3 gene_id:56102|Hs108|chr5 ( 814) 1956 393.7 7.4e-109
>>CCDS4261.1 PCDHGC3 gene_id:5098|Hs108|chr5 (934 aa)
initn: 6089 init1: 6089 opt: 6089 Z-score: 6442.2 bits: 1203.3 E(32554): 0
Smith-Waterman score: 6089; 100.0% identity (100.0% similar) in 934 aa overlap (1-934:1-934)
10 20 30 40 50 60
pF1KE6 MVPEAWRSGLVSTGRVVGVLLLLGALNKASTVIHYEIPEEREKGFAVGNVVANLGLDLGS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS42 MVPEAWRSGLVSTGRVVGVLLLLGALNKASTVIHYEIPEEREKGFAVGNVVANLGLDLGS
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE6 LSARRFRVVSGASRRFFEVNRETGEMFVNDRLDREELCGTLPSCTVTLELVVENPLELFS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS42 LSARRFRVVSGASRRFFEVNRETGEMFVNDRLDREELCGTLPSCTVTLELVVENPLELFS
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE6 VEVVIQDINDNNPAFPTQEMKLEISEAVAPGTRFPLESAHDPDVGSNSLQTYELSRNEYF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS42 VEVVIQDINDNNPAFPTQEMKLEISEAVAPGTRFPLESAHDPDVGSNSLQTYELSRNEYF
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE6 ALRVQTREDSTKYAELVLERALDREREPSLQLVLTALDGGTPALSASLPIHIKVLDANDN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS42 ALRVQTREDSTKYAELVLERALDREREPSLQLVLTALDGGTPALSASLPIHIKVLDANDN
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE6 APVFNQSLYRARVLEDAPSGTRVVQVLATDLDEGPNGEIIYSFGSHNRAGVRQLFALDLV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS42 APVFNQSLYRARVLEDAPSGTRVVQVLATDLDEGPNGEIIYSFGSHNRAGVRQLFALDLV
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KE6 TGMLTIKGRLDFEDTKLHEIYIQAKDKGANPEGAHCKVLVEVVDVNDNAPEITVTSVYSP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS42 TGMLTIKGRLDFEDTKLHEIYIQAKDKGANPEGAHCKVLVEVVDVNDNAPEITVTSVYSP
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KE6 VPEDAPLGTVIALLSVTDLDAGENGLVTCEVPPGLPFSLTSSLKNYFTLKTSADLDRETV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS42 VPEDAPLGTVIALLSVTDLDAGENGLVTCEVPPGLPFSLTSSLKNYFTLKTSADLDRETV
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KE6 PEYNLSITARDAGTPSLSALTIVRVQVSDINDNPPQSSQSSYDVYIEENNLPGAPILNLS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS42 PEYNLSITARDAGTPSLSALTIVRVQVSDINDNPPQSSQSSYDVYIEENNLPGAPILNLS
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KE6 VWDPDAPQNARLSFFLLEQGAETGLVGRYFTINRDNGIVSSLVPLDYEDRREFELTAHIS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS42 VWDPDAPQNARLSFFLLEQGAETGLVGRYFTINRDNGIVSSLVPLDYEDRREFELTAHIS
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KE6 DGGTPVLATNISVNIFVTDRNDNAPQVLYPRPGGSSVEMLPRGTSAGHLVSRVVGWDADA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS42 DGGTPVLATNISVNIFVTDRNDNAPQVLYPRPGGSSVEMLPRGTSAGHLVSRVVGWDADA
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KE6 GHNAWLSYSLLGSPNQSLFAIGLHTGQISTARPVQDTDSPRQTLTVLIKDNGEPSLSTTA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS42 GHNAWLSYSLLGSPNQSLFAIGLHTGQISTARPVQDTDSPRQTLTVLIKDNGEPSLSTTA
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KE6 TLTVSVTEDSPEARAEFPSGSAPREQKKNLTFYLLLSLILVSVGFVVTVFGVIIFKVYKW
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS42 TLTVSVTEDSPEARAEFPSGSAPREQKKNLTFYLLLSLILVSVGFVVTVFGVIIFKVYKW
670 680 690 700 710 720
730 740 750 760 770 780
pF1KE6 KQSRDLYRAPVSSLYRTPGPSLHADAVRGGLMSPHLYHQVYLTTDSRRSDPLLKKPGAAS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS42 KQSRDLYRAPVSSLYRTPGPSLHADAVRGGLMSPHLYHQVYLTTDSRRSDPLLKKPGAAS
730 740 750 760 770 780
790 800 810 820 830 840
pF1KE6 PLASRQNTLRSCDPVFYRQVLGAESAPPGQQAPPNTDWRFSQAQRPGTSGSQNGDDTGTW
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS42 PLASRQNTLRSCDPVFYRQVLGAESAPPGQQAPPNTDWRFSQAQRPGTSGSQNGDDTGTW
790 800 810 820 830 840
850 860 870 880 890 900
pF1KE6 PNNQFDTEMLQAMILASASEAADGSSTLGGGAGTMGLSARYGPQFTLQHVPDYRQNVYIP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS42 PNNQFDTEMLQAMILASASEAADGSSTLGGGAGTMGLSARYGPQFTLQHVPDYRQNVYIP
850 860 870 880 890 900
910 920 930
pF1KE6 GSNATLTNAAGKRDGKAPAGGNGNKKKSGKKEKK
::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS42 GSNATLTNAAGKRDGKAPAGGNGNKKKSGKKEKK
910 920 930
>>CCDS75348.1 PCDHGC3 gene_id:5098|Hs108|chr5 (863 aa)
initn: 5247 init1: 5247 opt: 5247 Z-score: 5551.3 bits: 1038.4 E(32554): 0
Smith-Waterman score: 5247; 100.0% identity (100.0% similar) in 810 aa overlap (1-810:1-810)
10 20 30 40 50 60
pF1KE6 MVPEAWRSGLVSTGRVVGVLLLLGALNKASTVIHYEIPEEREKGFAVGNVVANLGLDLGS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 MVPEAWRSGLVSTGRVVGVLLLLGALNKASTVIHYEIPEEREKGFAVGNVVANLGLDLGS
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE6 LSARRFRVVSGASRRFFEVNRETGEMFVNDRLDREELCGTLPSCTVTLELVVENPLELFS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 LSARRFRVVSGASRRFFEVNRETGEMFVNDRLDREELCGTLPSCTVTLELVVENPLELFS
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE6 VEVVIQDINDNNPAFPTQEMKLEISEAVAPGTRFPLESAHDPDVGSNSLQTYELSRNEYF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 VEVVIQDINDNNPAFPTQEMKLEISEAVAPGTRFPLESAHDPDVGSNSLQTYELSRNEYF
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE6 ALRVQTREDSTKYAELVLERALDREREPSLQLVLTALDGGTPALSASLPIHIKVLDANDN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 ALRVQTREDSTKYAELVLERALDREREPSLQLVLTALDGGTPALSASLPIHIKVLDANDN
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE6 APVFNQSLYRARVLEDAPSGTRVVQVLATDLDEGPNGEIIYSFGSHNRAGVRQLFALDLV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 APVFNQSLYRARVLEDAPSGTRVVQVLATDLDEGPNGEIIYSFGSHNRAGVRQLFALDLV
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KE6 TGMLTIKGRLDFEDTKLHEIYIQAKDKGANPEGAHCKVLVEVVDVNDNAPEITVTSVYSP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 TGMLTIKGRLDFEDTKLHEIYIQAKDKGANPEGAHCKVLVEVVDVNDNAPEITVTSVYSP
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KE6 VPEDAPLGTVIALLSVTDLDAGENGLVTCEVPPGLPFSLTSSLKNYFTLKTSADLDRETV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 VPEDAPLGTVIALLSVTDLDAGENGLVTCEVPPGLPFSLTSSLKNYFTLKTSADLDRETV
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KE6 PEYNLSITARDAGTPSLSALTIVRVQVSDINDNPPQSSQSSYDVYIEENNLPGAPILNLS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 PEYNLSITARDAGTPSLSALTIVRVQVSDINDNPPQSSQSSYDVYIEENNLPGAPILNLS
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KE6 VWDPDAPQNARLSFFLLEQGAETGLVGRYFTINRDNGIVSSLVPLDYEDRREFELTAHIS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 VWDPDAPQNARLSFFLLEQGAETGLVGRYFTINRDNGIVSSLVPLDYEDRREFELTAHIS
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KE6 DGGTPVLATNISVNIFVTDRNDNAPQVLYPRPGGSSVEMLPRGTSAGHLVSRVVGWDADA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 DGGTPVLATNISVNIFVTDRNDNAPQVLYPRPGGSSVEMLPRGTSAGHLVSRVVGWDADA
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KE6 GHNAWLSYSLLGSPNQSLFAIGLHTGQISTARPVQDTDSPRQTLTVLIKDNGEPSLSTTA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 GHNAWLSYSLLGSPNQSLFAIGLHTGQISTARPVQDTDSPRQTLTVLIKDNGEPSLSTTA
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KE6 TLTVSVTEDSPEARAEFPSGSAPREQKKNLTFYLLLSLILVSVGFVVTVFGVIIFKVYKW
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 TLTVSVTEDSPEARAEFPSGSAPREQKKNLTFYLLLSLILVSVGFVVTVFGVIIFKVYKW
670 680 690 700 710 720
730 740 750 760 770 780
pF1KE6 KQSRDLYRAPVSSLYRTPGPSLHADAVRGGLMSPHLYHQVYLTTDSRRSDPLLKKPGAAS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 KQSRDLYRAPVSSLYRTPGPSLHADAVRGGLMSPHLYHQVYLTTDSRRSDPLLKKPGAAS
730 740 750 760 770 780
790 800 810 820 830 840
pF1KE6 PLASRQNTLRSCDPVFYRQVLGAESAPPGQQAPPNTDWRFSQAQRPGTSGSQNGDDTGTW
::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 PLASRQNTLRSCDPVFYRQVLGAESAPPGQVRFSKSCLTLLVLFYSYIILRKEWSCFFSD
790 800 810 820 830 840
>>CCDS58979.2 PCDHGA4 gene_id:56111|Hs108|chr5 (962 aa)
initn: 1891 init1: 970 opt: 2976 Z-score: 3146.4 bits: 593.5 E(32554): 6.2e-169
Smith-Waterman score: 2976; 52.0% identity (76.8% similar) in 927 aa overlap (15-934:43-962)
10 20 30 40
pF1KE6 MVPEAWRSGLVSTGRVVGVLLLLGALNKA-STVIHYEIPEEREK
:.. . ::::.: . . : : . ::.:.
CCDS58 PQASTEGKPKHRRLRGGVVMAAPPARPDHTRLLQICLLLGVLVEIRAEQILYSVFEEQEE
20 30 40 50 60 70
50 60 70 80 90 100
pF1KE6 GFAVGNVVANLGLDLGSLSARRFRVVSGASRRFFEVNRETGEMFVNDRLDREELCGTLPS
: .:::.. .::: :. : :.:: . ..: .: ..: . . :.:::::: :.
CCDS58 GSVVGNIAKDLGLAPRELAERGVRIVSRGRTQLFALNPRSGTLVTAGRIDREELCDRSPN
80 90 100 110 120 130
110 120 130 140 150 160
pF1KE6 CTVTLELVVENPLELFSVEVVIQDINDNNPAFPTQEMKLEISEAVAPGTRFPLESAHDPD
:...::...:. .... ::: : :.::: :.: :.. .....: ::.:::: : :::
CCDS58 CVTNLEILLEDTVKILRVEVEIIDVNDNPPSFGTEQREIKVAENENPGARFPLPEAFDPD
140 150 160 170 180 190
170 180 190 200 210 220
pF1KE6 VGSNSLQTYELSRNEYFALRVQTREDSTKYAELVLERALDREREPSLQLVLTALDGGTPA
:: :::: :.:. : ::.: ::. :. :: :::::::::::.: .:::::.::: :.
CCDS58 VGVNSLQGYQLNSNGYFSLDVQSGADGIKYPELVLERALDREEEAVHHLVLTAFDGGDPV
200 210 220 230 240 250
230 240 250 260 270 280
pF1KE6 LSASLPIHIKVLDANDNAPVFNQSLYRARVLEDAPSGTRVVQVLATDLDEGPNGEIIYSF
:.. : : ..:.:::::::.: :.. : :..: :::.. : ::: ::: ::.. :::
CCDS58 RSGTARILIILVDTNDNAPVFTQPEYHVSVRENVPVGTRLLTVKATDPDEGANGDVTYSF
260 270 280 290 300 310
290 300 310 320 330 340
pF1KE6 GSHNRAGVRQLFALDLVTGMLTIKGRLDFEDTKLHEIYIQAKDKGANPEGAHCKVLVEVV
. : . ::: :. ..: .:: : ::.::. ...: ..:.: : . . :. :::: :.
CCDS58 -RKVRDKISQLFQLNSLSGDITILGGLDYEDSGFYDIDVEAHD-GPGLR-ARSKVLVTVL
320 330 340 350 360
350 360 370 380 390 400
pF1KE6 DVNDNAPEITVTSVYSPVPEDAPLGTVIALLSVTDLDAGENGLVTCEVPPGLPFSLTSSL
: ::::::.::::. : : :.. ::::::..: : :.: :::::: .: .:::.: ..
CCDS58 DENDNAPEVTVTSLTSSVQESSSPGTVIALFNVHDSDSGGNGLVTCSIPDNLPFTLEKTY
370 380 390 400 410 420
410 420 430 440 450 460
pF1KE6 KNYFTLKTSADLDRETVPEYNLSITARDAGTPSLSALTIVRVQVSDINDNPPQSSQSSYD
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CCDS58 GNYYRLLTHRTLDREEVSEYNITVTATDQGTPPLSTETHISLQVMDINDNPPTFPHASYS
430 440 450 460 470 480
470 480 490 500 510 520
pF1KE6 VYIEENNLPGAPILNLSVWDPDAPQNARLSFFLLEQGAETGLVGRYFTINRDNGIVSSLV
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CCDS58 AYIPENNPRGASILSMTAQDPDSGDNARITYSLAEDTFQGAPLSSYVSINSNTGILYALC
490 500 510 520 530 540
530 540 550 560 570 580
pF1KE6 PLDYEDRREFELTAHISDGGTPVLATNISVNIFVTDRNDNAPQVLYPR-P--GGSSVEML
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CCDS58 SFDYEQFRDLQLLMTASDSGDPPLSSNVSLSLFVLDQNDNVPEILYPTFPTDGSTGVELA
550 560 570 580 590 600
590 600 610 620 630 640
pF1KE6 PRGTSAGHLVSRVVGWDADAGHNAWLSYSLLGSPNQSLFAIGLHTGQISTARPVQDTDSP
::....:.::..::. : :.:.::::::::: : . .:::.:::::.. ::: . : :.
CCDS58 PRSADSGYLVTKVVAVDRDSGQNAWLSYSLLKSSEPGLFAVGLHTGEVRTARALLDRDAL
610 620 630 640 650 660
650 660 670 680 690
pF1KE6 RQTLTVLIKDNGEPSLSTTATLTVSVTEDSPEARAEFPSGSAPRE-QKKNLTFYLLLSLI
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CCDS58 KQRLVVVVQDHGQPPLSATVTLTVAVADSIPDVLADLGSLKPSADPDDSGLTLYLVVAVA
670 680 690 700 710 720
700 710 720 730 740 750
pF1KE6 LVSVGFVVTVFGVIIFKVYKWKQSRDLYRAPVSSLYRTPGPSL-HADAVRGGLMSPHLYH
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CCDS58 AVSCVFLAFVTVLLALKLRRWHKSR-LLHAEGSRLAGVPASHFVGVDGVRAFLQT--YSH
730 740 750 760 770 780
760 770 780 790 800 810
pF1KE6 QVYLTTDSRRSDPLLKKPGAASPLASRQNTLRSCDPVFYRQ-VLGAESAPPGQQAPPNTD
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CCDS58 EVSLTADSRKSHLIFSQPSYADTLISRESCEKS-EPLLITQDLLETKGDPNLQQAPPNTD
790 800 810 820 830 840
820 830 840 850 860 870
pF1KE6 WRFSQAQRPGTSGSQNGDDTGTWPNNQFDTEMLQAMILASASEAADGSSTLGGGAGTMGL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 WRFSQAQRPGTSGSQNGDDTGTWPNNQFDTEMLQAMILASASEAADGSSTLGGGAGTMGL
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880 890 900 910 920 930
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CCDS58 SARYGPQFTLQHVPDYRQNVYIPGSNATLTNAAGKRDGKAPAGGNGNKKKSGKKEKK
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10 20 30 40 50
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pF1KE6 SLSARRFRVVSGASRRFFEVNRETGEMFVNDRLDREELCGTLPSCTVTLELVVENPLELF
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CCDS58 ELAERRVRIVSRGRTQLFSLNPRSGTLVTAGRIDREELCAQSPRCLVNFKVLVEDRVKLY
60 70 80 90 100 110
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pF1KE6 SVEVVIQDINDNNPAFPTQEMKLEISEAVAPGTRFPLESAHDPDVGSNSLQTYELSRNEY
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CCDS58 GIEIEVTDINDSAPKFQAESLEVKINEIAVPGARYPLPEAIDPDVGVNSLQSYQLSPNHH
120 130 140 150 160 170
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pF1KE6 FALRVQTREDSTKYAELVLERALDREREPSLQLVLTALDGGTPALSASLPIHIKVLDAND
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CCDS58 FSLNVQTGDNGAINPELVLERALDREEATAHHLVLTASDGGEPRRSSTVRIHVTVLDTND
180 190 200 210 220 230
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pF1KE6 NAPVFNQSLYRARVLEDAPSGTRVVQVLATDLDEGPNGEIIYSFGSHNRAGVRQLFALDL
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CCDS58 NAPVFAQRIYRVKVLENVPPGTWLLTATASDLDEGINGKVAYKFWKINEKQ-SLLFQLNE
240 250 260 270 280 290
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pF1KE6 VTGMLTIKGRLDFEDTKLHEIYIQAKDKGANPEGAHCKVLVEVVDVNDNAPEITVTSVYS
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CCDS58 NTGEISTAKSLDYEECSFYEMEIQAED-GGGLKGW-TKVLISVEDVNDNRPEVTITSLFS
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pF1KE6 PVPEDAPLGTVIALLSVTDLDAGENGLVTCEVPPGLPFSLTSSLKNYFTLKTSADLDRET
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CCDS58 PVREDAPQGTVILLFNAHDRDSGKNGQVVCSIQENLSFTLENSEEDYYRLLTAQILDREK
360 370 380 390 400 410
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CCDS58 ASEYNITVTATDRGTPPLSTEIHITLQVTDINDNPPAFSQASYSVYLPENNARGTSIFSV
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CCDS58 IAYDPDSNENSRVIYSLAEDTIQGSPLSTYVSINSDTGVLYALCSFDYEQFRDLQMQVTA
480 490 500 510 520 530
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pF1KE6 SDGGTPVLATNISVNIFVTDRNDNAPQVLYPR-P--GGSSVEMLPRGTSAGHLVSRVVGW
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CCDS58 SDSGSPPLSSNVSLRLFVLDQNDNAPEILYPALPTDGSTGVELAPRSAEPGYLVTKVVAV
540 550 560 570 580 590
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CCDS58 DRDSGQNAWLSYRLFKASEPGLFSVGLHTGEVRTARALLDRDALKQSLVVAVQDHGQPPL
600 610 620 630 640 650
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CCDS58 SATVTLTVAIADSIPDILADLGSLQIPADLEASDLTLYLVVAVAVVSCVFLTFVITLLAL
660 670 680 690 700 710
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pF1KE6 KVYKWKQSRDLYRAPVSSLYRTPGPSL-HADAVRGGLMSPHLYHQVY-LTTDSRRSDPLL
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CCDS58 RLRHWHSSH-LLRATSDGLAGVPTSHFVGVDGVRAFLQT---YSQEFSLTADSRKSHLIF
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pF1KE6 KKPGAASPLASRQNTLRSCDP--VFYRQVLGAESAPPGQQAPPNTDWRFSQAQRPGTSGS
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CCDS58 PQPNYADTLISQQSCEKN-EPLCVSVDSKFPIEDTPLVPQAPPNTDWRFSQAQRPGTSGS
780 790 800 810 820
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CCDS58 QNGDDTGTWPNNQFDTEMLQAMILASASEAADGSSTLGGGAGTMGLSARYGPQFTLQHVP
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:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 DYRQNVYIPGSNATLTNAAGKRDGKAPAGGNGNKKKSGKKEKK
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>>CCDS54926.1 PCDHGA6 gene_id:56109|Hs108|chr5 (932 aa)
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CCDS54 ELAEHGVRIVSRGRMQLFSLNPRNGSLVTAGRIDREELCAQSPRCLVSFNILVEDKLNLY
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CCDS54 PVEVEIVDINDNTPRFLKEELEVKILENAAPSSRFPLMEVYDPDVGMNSLQGFKLSGNSH
120 130 140 150 160 170
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pF1KE6 FALRVQTREDSTKYAELVLERALDREREPSLQLVLTALDGGTPALSASLPIHIKVLDAND
:.. ::.. . :: ::::: .:::: : .:::::.::: :. :. : . :::.::
CCDS54 FSVDVQSEAHGPKYPELVLEGTLDREGEAVYRLVLTAMDGGDPVRSSVAQILVTVLDVND
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pF1KE6 NAPVFNQSLYRARVLEDAPSGTRVVQVLATDLDEGPNGEIIYSFGSHNRAGVRQLFALDL
:.:.:.: .::. : :. : :: :. : ::: ::: .::. ::: . . :.: :..
CCDS54 NTPMFTQPVYRVSVPENLPVGTPVLAVTATDQDEGVHGEVTYSF-VKITEKISQIFCLNV
240 250 260 270 280 290
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pF1KE6 VTGMLTIKGRLDFEDTKLHEIYIQAKDKGANPEGAHCKVLVEVVDVNDNAPEITVTSVYS
.:: .. .. ::.::....:. ..:.: . . : :::. ..:::::.::..:::
CCDS54 LTGEISTSANLDYEDSSFYELGVEARDGPGLRDRA--KVLITILDVNDNVPEVVVTSGSR
300 310 320 330 340 350
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. :.:: ::::::..: : :.: :::::: .: .::: : .:. ::. : :.: ::::
CCDS54 TIAESAPPGTVIALFQVFDRDSGLNGLVTCSIPRSLPFELEKSVGNYYRLVTNAALDREE
360 370 380 390 400 410
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CCDS54 VFLYNITVTATDKGTPPLSTETIISLNVADTNDNPPTFPHSSYSVYVLENNPRGASIFSV
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pF1KE6 SVWDPDAPQNARLSFFLLEQGAETGLVGRYFTINRDNGIVSSLVPLDYEDRREFELTAHI
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CCDS54 NALDPDVDQNAQVSYSLAEDTLQGAPLSSYVSINSDTGILYALRSFDYEQLRDLQLWVTA
480 490 500 510 520 530
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pF1KE6 SDGGTPVLATNISVNIFVTDRNDNAPQVLYPR-P--GGSSVEMLPRGTSAGHLVSRVVGW
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CCDS54 SDSGDPPLSSNVSLSLFVLDQNDNAPEILYPALPTDGSTGVELAPRSAEPGYLVTKVVAV
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pF1KE6 DADAGHNAWLSYSLLGSPNQSLFAIGLHTGQISTARPVQDTDSPRQTLTVLIKDNGEPSL
: :.:.:::::: :: . . .::..:::::.. ::: . : :. .:.:.: ..:.:.: :
CCDS54 DRDSGQNAWLSYRLLKASEPGLFSVGLHTGEVRTARALLDRDALKQSLVVAVQDHGQPPL
600 610 620 630 640 650
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pF1KE6 STTATLTVSVTEDSPEARAEFPS-GSAPREQKKNLTFYLLLSLILVSVGFVVTVFGVIIF
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CCDS54 SATVTLTVAVADRIPDILADLGSLEPSAKPNDSDLTLYLVVAVAAVSCVFLAFVIVLLAL
660 670 680 690 700 710
720 730 740 750 760 770
pF1KE6 KVYKWKQSRDLYRAPVSSLYRTPGPSL-HADAVRGGLMSPHLYHQVYLTTDSRRSDPLLK
.. .:..:: : .: ..: :: . ...::. :.. :.: ::.:::.: ..
CCDS54 RLQRWHKSR-LLQASGGGLASMPGSHFVGVEGVRAFLQT--YSHEVSLTADSRKSHLIFP
720 730 740 750 760 770
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pF1KE6 KPGAASPLASRQNTLRSCDPVFYRQVLGAESAPPGQ--QAPPNTDWRFSQAQRPGTSGSQ
.:. :. : . :.. .. .:.. : : .. : : ::::::::::::::::::::::
CCDS54 QPNYADTLIN-QESYEKSEPLLITQDLLETKGEPRQLQQAPPNTDWRFSQAQRPGTSGSQ
780 790 800 810 820 830
840 850 860 870 880 890
pF1KE6 NGDDTGTWPNNQFDTEMLQAMILASASEAADGSSTLGGGAGTMGLSARYGPQFTLQHVPD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 NGDDTGTWPNNQFDTEMLQAMILASASEAADGSSTLGGGAGTMGLSARYGPQFTLQHVPD
840 850 860 870 880 890
900 910 920 930
pF1KE6 YRQNVYIPGSNATLTNAAGKRDGKAPAGGNGNKKKSGKKEKK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 YRQNVYIPGSNATLTNAAGKRDGKAPAGGNGNKKKSGKKEKK
900 910 920 930
>>CCDS47294.1 PCDHGA11 gene_id:56105|Hs108|chr5 (935 aa)
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pF1KE6 MVPEAWRSGLVSTGRVVGVLLLLGALNK-ASTVIHYEIPEEREKGFAVGNVVANLGLDLG
..::.: . :.: .::: ::: :::. .:::.
CCDS47 MANRLQRGDRSRLLLLLCIFLGTLRGFRARQIRYSVPEETEKGSFVGNISKDLGLEPR
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KE6 SLSARRFRVVSGASRRFFEVNRETGEMFVNDRLDREELCGTLPSCTVTLELVVENPLELF
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CCDS47 ELAKRGVRIVSRGKTQLFAVNPRSGSLITAGRIDREELCETVSSCFLNMELLVEDTLKIY
60 70 80 90 100 110
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pF1KE6 SVEVVIQDINDNNPAFPTQEMKLEISEAVAPGTRFPLESAHDPDVGSNSLQTYELSRNEY
.::: : ::::: :.: .:.....:: . ::.:: : .:.::::: ::::.:.:: :.:
CCDS47 GVEVEIIDINDNAPSFQEDEVEIKVSEHAIPGARFALPNARDPDVGVNSLQSYQLSPNNY
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KE6 FALRVQTREDSTKYAELVLERALDREREPSLQLVLTALDGGTPALSASLPIHIKVLDAND
:.:... : :..: ::::: .::::.: . :.::::::: : ....::.. :::.::
CCDS47 FSLQLRGRTDGAKNPELVLEGSLDREKEAAHLLLLTALDGGDPIRKGAVPIRVVVLDVND
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KE6 NAPVFNQSLYRARVLEDAPSGTRVVQVLATDLDEGPNGEIIYSFGSHNRAGVRQLFALDL
. :.:.::.::. : :. :::::..: ::: ::: :::..::: . .. . ..: ::
CCDS47 HIPMFTQSVYRVSVPENISSGTRVLMVNATDPDEGINGEVMYSF-RNMESKASEIFQLDS
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KE6 VTGMLTIKGRLDFEDTKLHEIYIQAKDKGANPEGAHCKVLVEVVDVNDNAPEITVTSVYS
:: . ..: :::: ...:. ::..: :. . .:. ::::::::::::.:: .
CCDS47 QTGEVQVRGSLDFEKYRFYEMEIQGQDGGG--LFTTTTMLITVVDVNDNAPEITITSSIN
300 310 320 330 340 350
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pF1KE6 PVPEDAPLGTVIALLSVTDLDAGENGLVTCEVPPGLPFSLTSSLKNYFTLKTSADLDRET
. :..: :::::::.: : :.:::: :.: .: :::.: .. ::. : :: ::::
CCDS47 SILENSPPGTVIALLNVQDQDSGENGQVSCFIPNHLPFKLEKTYGNYYKLITSRVLDREL
360 370 380 390 400 410
420 430 440 450 460 470
pF1KE6 VPEYNLSITARDAGTPSLSALTIVRVQVSDINDNPPQSSQSSYDVYIEENNLPGAPILNL
: ::...:: : :.: ::: : : ..:.: ::::: .:::..:: ::: :: :...
CCDS47 VQSYNITLTATDQGSPPLSAETHVWLNVADDNDNPPVFPHSSYSAYIPENNPRGASIFSV
420 430 440 450 460 470
480 490 500 510 520 530
pF1KE6 SVWDPDAPQNARLSFFLLEQGAETGLVGRYFTINRDNGIVSSLVPLDYEDRREFELTAHI
.. :::. ::: ... : .. .. .. : .:: ..:.. .: .:::. :..:: .
CCDS47 TALDPDSKQNALVTYSLTDDTVQGVPLSSYVSINSNTGVLYALQSFDYEQFRDLELRVIA
480 490 500 510 520 530
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CCDS47 SQNGDDTGTWPNNQFDTEMLQAMILASASEAADGSSTLGGGAGTMGLSARYGPQFTLQHV
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CCDS47 YFSLAVNSVSEGAKYPELVLERALDREKKEIHQLVLVASDGGDPVHSGNLHIQVIVLDAN
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CCDS47 DNPPMFTQPEYRVSVWENVPVGTRLLTVNATDPDEGFNAQVSYILDKMP-GKIAEIFHLN
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CCDS47 SVSGEVSILKSLDYEDAMFYEIKIEAQD---GP-GLLSRAKILVTVLDVNDNAPEITITS
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CCDS47 FSVTAQDPDSNNNARITYALTEDTLQGAPLSSFVSINSNTGVLYALRSFDYEQFRDLKLL
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CCDS47 VTASDSGNPPLSSNVSLNLFVLDQNDNAPEILYPALPTDGSTGVELAPRSAEPGYLVTKV
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CCDS47 VAVDRDSGQNAWLSYRLLKASEPGLFSVGLHTGEVRTARALLDRDALKQSLVVAVQDHGQ
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CCDS47 PPLSATVTLTVAVADRIPDILADLGSLEPSAKPNDSDLTLYLVVAVAAVSCVFLAFVIVL
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CCDS47 LALRLRRWHKSR-LLQASGGGLASTPGSHFVGADGVRAFLQT--YSHEVSLTADSRKSHL
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CCDS47 GSQNGDDTGTWPNNQFDTEMLQAMILASASEAADGSSTLGGGAGTMGLSARYGPQFTLQH
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CCDS47 VPDYRQNVYIPGSNATLTNAAGKRDGKAPAGGNGNKKKSGKKEKK
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CCDS47 DRVKLFGIEIEVTDINDNAPKFQAENLDVKINENVAAGMRFPLPEAIDPDVGVNSLQSYQ
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CCDS47 ASIFSVTALDPDSKENAQIIYSLAEDTIQGVPLSSYISINSDTGVLYALRSFDYEQFHEL
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CCDS47 IVLLAHRLRRWHKSR-LLQASGGGLTGVSGSHFVGVDGVRAFLQT--YSHEVSLTADSRK
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CCDS47 SHLIFPQPNYADTLIS-QESCEKNDPLSLLDDSKFPIEDTPLVPQAPPNTDWRFSQAQRP
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CCDS47 GTSGSQNGDDTGTWPNNQFDTEMLQAMILASASEAADGSSTLGGGAGTMGLSARYGPQFT
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pF1KE6 LQHVPDYRQNVYIPGSNATLTNAAGKRDGKAPAGGNGNKKKSGKKEKK
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CCDS47 LQHVPDYRQNVYIPGSNATLTNAAGKRDGKAPAGGNGNKKKSGKKEKK
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>>CCDS47291.1 PCDHGA8 gene_id:9708|Hs108|chr5 (932 aa)
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CCDS47 MAAPQSRPRRGELILLCALLGTLWEIGRGQIRYSVPEETDKGSFVGNISKDLGLDPR
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CCDS47 KLAKHGVRIVSRGRTQLFALNPRSGSLITAGRIDREELCAQSPRCLININTLVEDKGKLF
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CCDS47 GVEIEIIDINDNNPKFQVEDLEVKINEIAVPGARYPLPEAVDPDVGVNSLQSYQLSPNHH
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CCDS47 FSLDVQTGDNGAINPELVLERALDREEEAAHHLVLTASDGGKPPRSSTVRIHVTVLDTND
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CCDS47 NAPVFPHPIYRVKVLENMPPGTRLLTVTASDPDEGINGKVAYKFRKINEKQT-PLFQLNE
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CCDS47 NTGEISIAKSLDYEECSFYEMEIQAEDVGA--LLGRTKLLISVEDVNDNRPEVIITSLFS
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CCDS47 PVLENSLPGTVIAFLSVHDQDSGKNGQVVCYTRDNLPFKLEKSIGNYYRLVTRKYLDREN
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CCDS47 VSIYNITVMASDLGTPPLSTETQIALHVADINDNPPTFPHASYSAYILENNLRGASIFSL
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pF1KE6 SVWDPDAPQNARLSFFLLEQGAETGLVGRYFTINRDNGIVSSLVPLDYEDRREFELTAHI
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CCDS47 TAHDPDSQENAQVTYSVTEDTLQGAPLSSYISINSDTGVLYALQSFDYEQIRDLQLLVTA
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CCDS47 SDSGDPPLSSNMSLSLFVLDQNDNAPEILYPALPTDGSTGVELAPRSAERGYLVTKVVAV
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CCDS47 DRDSGQNAWLSYRLLKASEPGLFSVGLHTGEVRTARALLDRDALKQSLVVAVQDHGQPPL
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CCDS47 SATVTLTVAVADSIPEVLTELGSLKPSVDPNDSSLTLYLVVAVAAISCVFLAFVAVLLGL
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