Result of FASTA (ccds) for
pFN21AE6235
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE6235, 249 aa
1>>>pF1KE6235 249 - 249 aa - 249 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 4.9498+/-0.000961; mu= 16.5354+/- 0.057
mean_var=65.1908+/-13.369, 0's: 0 Z-trim(104.7): 47 B-trim: 288 in 1/47
Lambda= 0.158848
statistics sampled from 7964 (8011) to 7964 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.602), E-opt: 0.2 (0.246), width: 16
Scan time: 1.870
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS14248.1 TSPAN7 gene_id:7102|Hs108|chrX ( 249) 1663 389.8 9e-109
CCDS14470.1 TSPAN6 gene_id:7105|Hs108|chrX ( 245) 1011 240.4 8.4e-64
CCDS8890.1 CD63 gene_id:967|Hs108|chr12 ( 238) 490 121.0 7.2e-28
CCDS7719.1 CD151 gene_id:977|Hs108|chr11 ( 253) 486 120.1 1.4e-27
CCDS10292.1 TSPAN3 gene_id:10099|Hs108|chr15 ( 253) 453 112.5 2.7e-25
CCDS58243.1 CD63 gene_id:967|Hs108|chr12 ( 215) 428 106.8 1.3e-23
CCDS76001.1 TSPAN6 gene_id:7105|Hs108|chrX ( 129) 395 99.0 1.6e-21
CCDS58242.1 CD63 gene_id:967|Hs108|chr12 ( 156) 373 94.1 6.1e-20
CCDS8520.1 TSPAN9 gene_id:10867|Hs108|chr12 ( 239) 375 94.7 6.2e-20
CCDS31765.1 TSPAN11 gene_id:441631|Hs108|chr12 ( 253) 374 94.4 7.6e-20
CCDS530.1 TSPAN1 gene_id:10103|Hs108|chr1 ( 241) 356 90.3 1.3e-18
CCDS53963.1 TSPAN3 gene_id:10099|Hs108|chr15 ( 189) 330 84.3 6.6e-17
CCDS8999.1 TSPAN8 gene_id:7103|Hs108|chr12 ( 237) 329 84.1 9.2e-17
CCDS7721.1 TSPAN4 gene_id:7106|Hs108|chr11 ( 238) 323 82.7 2.4e-16
CCDS47346.2 TSPAN17 gene_id:26262|Hs108|chr5 ( 263) 323 82.8 2.6e-16
CCDS54952.1 TSPAN17 gene_id:26262|Hs108|chr5 ( 329) 323 82.8 3.1e-16
CCDS34298.1 TSPAN17 gene_id:26262|Hs108|chr5 ( 332) 322 82.6 3.6e-16
CCDS7294.1 TSPAN15 gene_id:23555|Hs108|chr10 ( 294) 315 81.0 1e-15
CCDS3646.1 TSPAN5 gene_id:10098|Hs108|chr4 ( 268) 311 80.0 1.8e-15
CCDS7910.1 TSPAN18 gene_id:90139|Hs108|chr11 ( 248) 302 77.9 7e-15
CCDS7369.1 TSPAN14 gene_id:81619|Hs108|chr10 ( 270) 291 75.4 4.3e-14
CCDS8540.1 CD9 gene_id:928|Hs108|chr12 ( 228) 285 74.0 9.7e-14
CCDS5810.1 TSPAN33 gene_id:340348|Hs108|chr7 ( 283) 284 73.9 1.3e-13
CCDS62549.1 TSPAN16 gene_id:26526|Hs108|chr19 ( 244) 272 71.1 8.1e-13
CCDS10293.1 TSPAN3 gene_id:10099|Hs108|chr15 ( 228) 267 69.9 1.7e-12
CCDS44949.1 TSPAN19 gene_id:144448|Hs108|chr12 ( 248) 265 69.5 2.5e-12
CCDS829.1 CD53 gene_id:963|Hs108|chr1 ( 219) 262 68.7 3.6e-12
CCDS12256.1 TSPAN16 gene_id:26526|Hs108|chr19 ( 245) 258 67.8 7.5e-12
>>CCDS14248.1 TSPAN7 gene_id:7102|Hs108|chrX (249 aa)
initn: 1663 init1: 1663 opt: 1663 Z-score: 2066.3 bits: 389.8 E(32554): 9e-109
Smith-Waterman score: 1663; 99.2% identity (100.0% similar) in 249 aa overlap (1-249:1-249)
10 20 30 40 50 60
pF1KE6 MASRRMETKPVITCLKTLLIIYSFVFWITGVILLAVGVWGKLTLGTYISLIAKNSTNAPY
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CCDS14 MASRRMETKPVITCLKTLLIIYSFVFWITGVILLAVGVWGKLTLGTYISLIAENSTNAPY
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE6 VLIGTGTTIVVFGLFGCFATCRGSPWMLKLYAMFLSLVFLAELVAGISGFVFRHEIKDTF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 VLIGTGTTIVVFGLFGCFATCRGSPWMLKLYAMFLSLVFLAELVAGISGFVFRHEIKDTF
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE6 LRTYTDTMQTYNGNDERSRAVDHVQRSLSCCGVQNYTNWSTSPYFLEHGIPPSCCMNETD
::::::.:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 LRTYTDAMQTYNGNDERSRAVDHVQRSLSCCGVQNYTNWSTSPYFLEHGIPPSCCMNETD
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE6 CNPQDLHNLTVAATKVNQKGCYDLVTSFMETNMGIIAGVAFGIAFSQLIGMLLACCLSRF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 CNPQDLHNLTVAATKVNQKGCYDLVTSFMETNMGIIAGVAFGIAFSQLIGMLLACCLSRF
190 200 210 220 230 240
pF1KE6 ITANQYEMV
:::::::::
CCDS14 ITANQYEMV
>>CCDS14470.1 TSPAN6 gene_id:7105|Hs108|chrX (245 aa)
initn: 841 init1: 635 opt: 1011 Z-score: 1258.9 bits: 240.4 E(32554): 8.4e-64
Smith-Waterman score: 1011; 58.1% identity (83.9% similar) in 248 aa overlap (3-249:5-245)
10 20 30 40 50
pF1KE6 MASRRMETKPVITCLKTLLIIYSFVFWITGVILLAVGVWGKLTLGTYISLIAKNSTNA
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CCDS14 MASPSRRLQTKPVITCFKSVLLIYTFIFWITGVILLAVGIWGKVSLENYFSLLNEKATNV
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KE6 PYVLIGTGTTIVVFGLFGCFATCRGSPWMLKLYAMFLSLVFLAELVAGISGFVFRHEIKD
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CCDS14 PFVLIATGTVIILLGTFGCFATCRASAWMLKLYAMFLTLVFLVELVAAIVGFVFRHEIKN
70 80 90 100 110 120
120 130 140 150 160 170
pF1KE6 TFLRTYTDTMQTYNGN-DERSRAVDHVQRSLSCCGVQNYTNWSTSPYFLEHGIPPSCCMN
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CCDS14 SFKNNYEKALKQYNSTGDYRSHAVDKIQNTLHCCGVTDYRDWTDTNYYSEKGFPKSCCKL
130 140 150 160 170 180
180 190 200 210 220 230
pF1KE6 ETDCNPQDLHNLTVAATKVNQKGCYDLVTSFMETNMGIIAGVAFGIAFSQLIGMLLACCL
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CCDS14 E-DCTPQR------DADKVNNEGCFIKVMTIIESEMGVVAGISFGVACFQLIGIFLAYCL
190 200 210 220 230
240
pF1KE6 SRFITANQYEMV
:: :: ::::.:
CCDS14 SRAITNNQYEIV
240
>>CCDS8890.1 CD63 gene_id:967|Hs108|chr12 (238 aa)
initn: 512 init1: 356 opt: 490 Z-score: 613.8 bits: 121.0 E(32554): 7.2e-28
Smith-Waterman score: 490; 30.2% identity (68.2% similar) in 245 aa overlap (6-249:1-238)
10 20 30 40 50 60
pF1KE6 MASRRMETKPVITCLKTLLIIYSFVFWITGVILLAVGVWGKLTLGTYISLIAKNSTNAPY
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CCDS88 MAVEGGMKCVKFLLYVLLLAFCACAVGLIAVGVGAQLVLSQTIIQGATPGSLLPV
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KE6 VLIGTGTTIVVFGLFGCFATCRGSPWMLKLYAMFLSLVFLAELVAGISGFVFRHEIKDTF
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CCDS88 VIIAVGVFLFLVAFVGCCGACKENYCLMITFAIFLSLIMLVEVAAAIAGYVFRDKVMSEF
60 70 80 90 100 110
130 140 150 160 170
pF1KE6 LRTYTDTMQTYNGNDERSRAVDHVQRSLSCCGVQNYTNWSTSPYFLEHGIPPSCCMNET-
.. . :..: :.. . .:..: ...:::. :::.: : . .. .: :::.: :
CCDS88 NNNFRQQMENYPKNNHTASILDRMQADFKCCGAANYTDWEKIPSMSKNRVPDSCCINVTV
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KE6 DCNPQDLHNLTVAATKVNQKGCYDLVTSFMETNMGIIAGVAFGIAFSQLIGMLLACCLSR
:. .. ....:: . . .... :. ..:..:.:::: ...:...:::: .
CCDS88 GCG------INFNEKAIHKEGCVEKIGGWLRKNVLVVAAAALGIAFVEVLGIVFACCLVK
180 190 200 210 220
240
pF1KE6 FITANQYEMV
: .. ::..
CCDS88 SIRSG-YEVM
230
>>CCDS7719.1 CD151 gene_id:977|Hs108|chr11 (253 aa)
initn: 382 init1: 163 opt: 486 Z-score: 608.5 bits: 120.1 E(32554): 1.4e-27
Smith-Waterman score: 488; 33.3% identity (66.7% similar) in 243 aa overlap (14-246:15-253)
10 20 30 40 50
pF1KE6 MASRRMETKPVITCLKTLLIIYSFVFWITGVILLAVGVWGKLTLGTYISLIAKNSTNAP
::: ::. :. ::..:. ..:::.: . ::::.:... :
CCDS77 MGEFNEKKTTCGTVCLKYLLFTYNCCFWLAGLAVMAVGIWTLALKSDYISLLASGTYLAT
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KE6 -YVLIGTGTTIVVFGLFGCFATCRGSPWMLKLYAMFLSLVFLAELVAGISGFVFRHEIKD
:.:. .::...: :..:: :: . .:.:: ..: ..:: :..::: .... ....
CCDS77 AYILVVAGTVVMVTGVLGCCATFKERRNLLRLYFILLLIIFLLEIIAGILAYAYYQQLNT
70 80 90 100 110 120
120 130 140 150 160 170
pF1KE6 TFLRTYTDTM-QTYN--GNDERSRAVDHVQRSLSCCGVQNYTNWSTSPYF--LEHG---I
. .. ::: . :. :.. . :::..:. . ::: .: .: : .. : : .
CCDS77 ELKENLKDTMTKRYHQPGHEAVTSAVDQLQQEFHCCGSNNSQDWRDSEWIRSQEAGGRVV
130 140 150 160 170 180
180 190 200 210 220
pF1KE6 PPSCCMNETD-CNPQDLHNLTVAATKVNQKGCYDLVTSFMETNMGIIAGVAFGIAFSQLI
: ::: . . :. .: : .. :: . :: . .:.. .. .:..:..::: :..
CCDS77 PDSCCKTVVALCGQRD-HASNIY--KV-EGGCITKLETFIQEHLRVIGAVGIGIACVQVF
190 200 210 220 230
230 240
pF1KE6 GMLLACCLSRFITANQYEMV
::...::: : . ..:
CCDS77 GMIFTCCLYRSLKLEHY
240 250
>>CCDS10292.1 TSPAN3 gene_id:10099|Hs108|chr15 (253 aa)
initn: 422 init1: 145 opt: 453 Z-score: 567.6 bits: 112.5 E(32554): 2.7e-25
Smith-Waterman score: 453; 34.1% identity (63.4% similar) in 246 aa overlap (12-249:6-246)
10 20 30 40 50
pF1KE6 MASRRMETKPVITCLKTLLIIYSFVFWITGVILLAVGVWGKLTLGTYISLIAKNSTNAP-
:: ::.:.. ...:: .. :: ::.. .: : .. : :
CCDS10 MGQCGITSSKTVLVFLNLIFWGAAGILCYVGAYVFITYDDYDHFFEDVYTLIPA
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KE6 YVLIGTGTTIVVFGLFGCFATCRGSPWMLKLYAMFLSLVFLAELVAGISGFVFRHEIKDT
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CCDS10 VVIIAVGALLFIIGLIGCCATIRESRCGLATFVIILLLVFVTEVVVVVLGYVYRAKVENE
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KE6 FLRTYTDTMQTYNGN--DERSRAVDHVQRSLSCCGVQNYTNWSTSPYFLE---HGIPPSC
:. ...::::. : :::.:.:::.: :::..::..: .. .: : ...: ::
CCDS10 VDRSIQKVYKTYNGTNPDAASRAIDYVQRQLHCCGIHNYSDWENTDWFKETKNQSVPLSC
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KE6 CMNE-TDCNPQDLHNLTVAATKVNQKGCYDLVTSFMETNMGIIAGVAFGIAFSQLIGMLL
: . ..:: . : . : .:: ::.. .. : . .:...: ::.:::
CCDS10 CRETASNCNGSLAHPSDLYA-----EGCEALVVKKLQEIMMHVIWAALAFAAIQLLGMLC
180 190 200 210 220
240
pF1KE6 AC-CLSRFITANQYEMV
:: : : ::..
CCDS10 ACIVLCRRSRDPAYELLITGGTYA
230 240 250
>>CCDS58243.1 CD63 gene_id:967|Hs108|chr12 (215 aa)
initn: 442 init1: 286 opt: 428 Z-score: 537.6 bits: 106.8 E(32554): 1.3e-23
Smith-Waterman score: 428; 30.2% identity (70.8% similar) in 192 aa overlap (59-249:31-215)
30 40 50 60 70 80
pF1KE6 TGVILLAVGVWGKLTLGTYISLIAKNSTNAPYVLIGTGTTIVVFGLFGCFATCRGSPWML
: :.:..:. . . .. :: ..:. . ..
CCDS58 MAVEGGMKCVKFLLYVLLLAFCGATPGSLLPVVIIAVGVFLFLVAFVGCCGACKENYCLM
10 20 30 40 50 60
90 100 110 120 130 140
pF1KE6 KLYAMFLSLVFLAELVAGISGFVFRHEIKDTFLRTYTDTMQTYNGNDERSRAVDHVQRSL
.:.::::..:.:..:.:.:.::: .. . : .. . :..: :.. . .:..: ..
CCDS58 ITFAIFLSLIMLVEVAAAIAGYVFRDKVMSEFNNNFRQQMENYPKNNHTASILDRMQADF
70 80 90 100 110 120
150 160 170 180 190 200
pF1KE6 SCCGVQNYTNWSTSPYFLEHGIPPSCCMNET-DCNPQDLHNLTVAATKVNQKGCYDLVTS
.:::. :::.: : . .. .: :::.: : :. .. ....:: . . .
CCDS58 KCCGAANYTDWEKIPSMSKNRVPDSCCINVTVGCG------INFNEKAIHKEGCVEKIGG
130 140 150 160 170
210 220 230 240
pF1KE6 FMETNMGIIAGVAFGIAFSQLIGMLLACCLSRFITANQYEMV
... :. ..:..:.:::: ...:...:::: . : .. ::..
CCDS58 WLRKNVLVVAAAALGIAFVEVLGIVFACCLVKSIRSG-YEVM
180 190 200 210
>>CCDS76001.1 TSPAN6 gene_id:7105|Hs108|chrX (129 aa)
initn: 302 init1: 217 opt: 395 Z-score: 499.9 bits: 99.0 E(32554): 1.6e-21
Smith-Waterman score: 427; 47.0% identity (64.0% similar) in 164 aa overlap (87-249:1-129)
60 70 80 90 100 110
pF1KE6 NAPYVLIGTGTTIVVFGLFGCFATCRGSPWMLKLYAMFLSLVFLAELVAGISGFVFRHEI
:::::::::.::::.::::.: ::::::::
CCDS76 MLKLYAMFLTLVFLVELVAAIVGFVFRHEI
10 20 30
120 130 140 150 160 170
pF1KE6 KDTFLRTYTDTMQTYNGN-DERSRAVDHVQRSLSCCGVQNYTNWSTSPYFLEHGIPPSCC
:..: .: ... ::.. : ::.:::..: .: :::: .: .:. . :. :.:.: :::
CCDS76 KNSFKNNYEKALKQYNSTGDYRSHAVDKIQNTLHCCGVTDYRDWTDTNYYSEKGFPKSCC
40 50 60 70 80 90
180 190 200 210 220 230
pF1KE6 MNETDCNPQDLHNLTVAATKVNQKGCYDLVTSFMETNMGIIAGVAFGIAFSQLIGMLLAC
: ::.:: : ::: ..:::..::
CCDS76 KLE-DCTPQR------DADKVN----------------------------NELIGIFLAY
100 110
240
pF1KE6 CLSRFITANQYEMV
:::: :: ::::.:
CCDS76 CLSRAITNNQYEIV
120
>>CCDS58242.1 CD63 gene_id:967|Hs108|chr12 (156 aa)
initn: 400 init1: 248 opt: 373 Z-score: 471.5 bits: 94.1 E(32554): 6.1e-20
Smith-Waterman score: 373; 31.9% identity (71.9% similar) in 160 aa overlap (91-249:4-156)
70 80 90 100 110 120
pF1KE6 VLIGTGTTIVVFGLFGCFATCRGSPWMLKLYAMFLSLVFLAELVAGISGFVFRHEIKDTF
.:.::::..:.:..:.:.:.::: .. . :
CCDS58 MITFAIFLSLIMLVEVAAAIAGYVFRDKVMSEF
10 20 30
130 140 150 160 170
pF1KE6 LRTYTDTMQTYNGNDERSRAVDHVQRSLSCCGVQNYTNWSTSPYFLEHGIPPSCCMNET-
.. . :..: :.. . .:..: ...:::. :::.: : . .. .: :::.: :
CCDS58 NNNFRQQMENYPKNNHTASILDRMQADFKCCGAANYTDWEKIPSMSKNRVPDSCCINVTV
40 50 60 70 80 90
180 190 200 210 220 230
pF1KE6 DCNPQDLHNLTVAATKVNQKGCYDLVTSFMETNMGIIAGVAFGIAFSQLIGMLLACCLSR
:. .. ....:: . . .... :. ..:..:.:::: ...:...:::: .
CCDS58 GCG------INFNEKAIHKEGCVEKIGGWLRKNVLVVAAAALGIAFVEVLGIVFACCLVK
100 110 120 130 140
240
pF1KE6 FITANQYEMV
: .. ::..
CCDS58 SIRSG-YEVM
150
>>CCDS8520.1 TSPAN9 gene_id:10867|Hs108|chr12 (239 aa)
initn: 342 init1: 121 opt: 375 Z-score: 471.3 bits: 94.7 E(32554): 6.2e-20
Smith-Waterman score: 375; 26.9% identity (62.4% similar) in 242 aa overlap (12-247:6-238)
10 20 30 40 50
pF1KE6 MASRRMETKPVITCLKTLLIIYSFVFWITGVILLAVGVWGKLTLGTYISLIAK-NSTNAP
. ::: ........::. : ::.::.: ... :.. .. . : .:
CCDS85 MARGCLCCLKYMMFLFNLIFWLCGCGLLGVGIWLSVSQGNFATFSPSFPSLSAA
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KE6 YVLIGTGTTIVVFGLFGCFATCRGSPWMLKLYAMFLSLVFLAELVAGISGFVFRHEIKDT
..:. :: ..: :..::... . . .: . . : ...::::. : ::. .....
CCDS85 NLVIAIGTIVMVTGFLGCLGAIKENKCLLLSFFIVLLVILLAELILLILFFVYMDKVNEN
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KE6 FLRTYTDTMQTYNGNDERS--RAVDHVQRSLSCCGVQNYTNWSTSPYFLEHGIPPSCCM-
. . . :. ... . : . .: . :::: .::.: : . :. .: :::
CCDS85 AKKDLKEGLLLYHTENNVGLKNAWNIIQAEMRCCGVTDYTDW--YPVLGENTVPDRCCME
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KE6 NETDCNPQDLHNLTVAATKVNQKGCYDLVTSFMETNMGIIAGVAFGIAFSQLIGMLLACC
: :. .: :.: . . :::. : ... : ... :.. : . :..:: ..
CCDS85 NSQGCG----RN---ATTPLWRTGCYEKVKMWFDDNKHVLGTVGMCILIMQILGMAFSMT
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