Result of FASTA (ccds) for
pFN21AE5504
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE5504, 420 aa
1>>>pF1KE5504 420 - 420 aa - 420 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.7695+/-0.000702; mu= 14.7726+/- 0.042
mean_var=72.5661+/-14.735, 0's: 0 Z-trim(110.5): 18 B-trim: 0 in 0/50
Lambda= 0.150559
statistics sampled from 11611 (11628) to 11611 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.723), E-opt: 0.2 (0.357), width: 16
Scan time: 2.590
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS12794.1 NAPSA gene_id:9476|Hs108|chr19 ( 420) 2892 637.1 9.1e-183
CCDS73013.1 CTSE gene_id:1510|Hs108|chr1 ( 396) 1168 262.7 4.6e-70
CCDS30981.1 REN gene_id:5972|Hs108|chr1 ( 406) 1048 236.6 3.3e-62
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CCDS31574.1 PGA3 gene_id:643834|Hs108|chr11 ( 388) 993 224.6 1.3e-58
CCDS31575.1 PGA4 gene_id:643847|Hs108|chr11 ( 388) 992 224.4 1.5e-58
CCDS4859.1 PGC gene_id:5225|Hs108|chr6 ( 388) 902 204.9 1.1e-52
CCDS7725.1 CTSD gene_id:1509|Hs108|chr11 ( 412) 901 204.7 1.4e-52
CCDS73012.1 CTSE gene_id:1510|Hs108|chr1 ( 363) 728 167.1 2.5e-41
CCDS55000.1 PGC gene_id:5225|Hs108|chr6 ( 315) 537 125.6 6.9e-29
CCDS13669.1 BACE2 gene_id:25825|Hs108|chr21 ( 468) 301 74.4 2.6e-13
CCDS13670.1 BACE2 gene_id:25825|Hs108|chr21 ( 396) 298 73.7 3.6e-13
CCDS13668.1 BACE2 gene_id:25825|Hs108|chr21 ( 518) 298 73.7 4.5e-13
>>CCDS12794.1 NAPSA gene_id:9476|Hs108|chr19 (420 aa)
initn: 2892 init1: 2892 opt: 2892 Z-score: 3394.7 bits: 637.1 E(32554): 9.1e-183
Smith-Waterman score: 2892; 99.8% identity (99.8% similar) in 420 aa overlap (1-420:1-420)
10 20 30 40 50 60
pF1KE5 MSPPPLLQPLLLLLPLLNVEPSGATLIRIPLHRVQPGRRTLNLLRGWREPAELPKLGAPS
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CCDS12 MSPPPLLQPLLLLLPLLNVEPSGATLIRIPLHRVQPGRRILNLLRGWREPAELPKLGAPS
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE5 PGDKPIFVPLSNYRDVQYFGEIGLGTPPQNFTVAFDTGSSNLWVPSRRCHFFSVPCWLHH
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CCDS12 PGDKPIFVPLSNYRDVQYFGEIGLGTPPQNFTVAFDTGSSNLWVPSRRCHFFSVPCWLHH
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE5 RFDPKASSSFQANGTKFAIQYGTGRVDGILSEDKLTIGGIKGASVIFGEALWEPSLVFAF
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CCDS12 RFDPKASSSFQANGTKFAIQYGTGRVDGILSEDKLTIGGIKGASVIFGEALWEPSLVFAF
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE5 AHFDGILGLGFPILSVEGVRPPMDVLVEQGLLDKPVFSFYLNRDPEEPDGGELVLGGSDP
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CCDS12 AHFDGILGLGFPILSVEGVRPPMDVLVEQGLLDKPVFSFYLNRDPEEPDGGELVLGGSDP
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE5 AHYIPPLTFVPVTVPAYWQIHMERVKVGPGLTLCAKGCAAILDTGTSLITGPTEEIRALH
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CCDS12 AHYIPPLTFVPVTVPAYWQIHMERVKVGPGLTLCAKGCAAILDTGTSLITGPTEEIRALH
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KE5 AAIGGIPLLAGEYIILCSEIPKLPAVSFLLGGVWFNLTAHDYVIQTTRNGVRLCLSGFQA
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CCDS12 AAIGGIPLLAGEYIILCSEIPKLPAVSFLLGGVWFNLTAHDYVIQTTRNGVRLCLSGFQA
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KE5 LDVPPPAGPFWILGDVFLGTYVAVFDRGDMKSSARVGLARARTRGADLGWGETAQAQFPG
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CCDS12 LDVPPPAGPFWILGDVFLGTYVAVFDRGDMKSSARVGLARARTRGADLGWGETAQAQFPG
370 380 390 400 410 420
>>CCDS73013.1 CTSE gene_id:1510|Hs108|chr1 (396 aa)
initn: 1165 init1: 640 opt: 1168 Z-score: 1371.3 bits: 262.7 E(32554): 4.6e-70
Smith-Waterman score: 1168; 45.1% identity (71.3% similar) in 397 aa overlap (10-401:5-394)
10 20 30 40 50
pF1KE5 MSPPPLLQPLLLLLPLLNVEPSGATLIRIPLHRVQPGRRTL----NLLRGWREPA-ELPK
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CCDS73 MKTLLLLLLVLLELGEAQGSLHRVPLRRHPSLKKKLRARSQLSEFWKSHNLDMIQ
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KE5 LGAPSPGDKPIFVPLSNYRDVQYFGEIGLGTPPQNFTVAFDTGSSNLWVPSRRCHFFSVP
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CCDS73 FTESCSMDQSAKEPLINYLDMEYFGTISIGSPPQNFTVIFDTGSSNLWVPSVYCT--SPA
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KE5 CWLHHRFDPKASSSFQANGTKFAIQYGTGRVDGILSEDKLTIGGIKGASVIFGEALWEPS
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CCDS73 CKTHSRFQPSQSSTYSQPGQSFSIQYGTGSLSGIIGADQVSVEGLTVVGQQFGESVTEPG
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KE5 LVFAFAHFDGILGLGFPILSVEGVRPPMDVLVEQGLLDKPVFSFYLNRDPEEPDGGELVL
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CCDS73 QTFVDAEFDGILGLGYPSLAVGGVTPVFDNMMAQNLVDLPMFSVYMSSNPEGGAGSELIF
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KE5 GGSDPAHYIPPLTFVPVTVPAYWQIHMERVKVGPGLTLCAKGCAAILDTGTSLITGPTEE
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CCDS73 GGYDHSHFSGSLNWVPVTKQAYWQIALDNIQVGGTVMFCSEGCQAIVDTGTSLITGPSDK
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KE5 IRALHAAIGGIPLLAGEYIILCSEIPKLPAVSFLLGGVWFNLTAHDYVIQTTRNGVRLCL
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CCDS73 IKQLQNAIGAAPV-DGEYAVECANLNVMPDVTFTINGVPYTLSPTAYTLLDFVDGMQFCS
300 310 320 330 340 350
360 370 380 390 400 410
pF1KE5 SGFQALDVPPPAGPFWILGDVFLGTYVAVFDRGDMKSSARVGLARARTRGADLGWGETAQ
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CCDS73 SGFQGLDIHPPAGPLWILGDVFIRQFYSVFDRGN----NRVGLAPAVP
360 370 380 390
420
pF1KE5 AQFPG
>>CCDS30981.1 REN gene_id:5972|Hs108|chr1 (406 aa)
initn: 470 init1: 470 opt: 1048 Z-score: 1230.3 bits: 236.6 E(32554): 3.3e-62
Smith-Waterman score: 1048; 42.9% identity (68.6% similar) in 382 aa overlap (26-402:36-406)
10 20 30 40 50
pF1KE5 MSPPPLLQPLLLLLPLLNVEPSGATLIRIPLHRVQPGRRTLNLLR-G--WREPAE
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CCDS30 RMPRWGLLLLLWGSCTFGLPTDTTTFKRIFLKRMPSIRESLKERGVDMARLGPEWSQPMK
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KE5 LPKLGAPSPGDKPIFVPLSNYRDVQYFGEIGLGTPPQNFTVAFDTGSSNLWVPSRRCHFF
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CCDS30 RLTLGNTTSS-----VILTNYMDTQYYGEIGIGTPPQTFKVVFDTGSSNVWVPSSKCSRL
70 80 90 100 110 120
120 130 140 150 160 170
pF1KE5 SVPCWLHHRFDPKASSSFQANGTKFAIQYGTGRVDGILSEDKLTIGGIKGASVIFGEALW
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CCDS30 YTACVYHKLFDASDSSSYKHNGTELTLRYSTGTVSGFLSQDIITVGGIT-VTQMFGEVTE
130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KE5 EPSLVFAFAHFDGILGLGFPILSVEGVRPPMDVLVEQGLLDKPVFSFYLNRDPEEPD--G
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CCDS30 MPALPFMLAEFDGVVGMGFIEQAIGRVTPIFDNIISQGVLKEDVFSFYYNRDSENSQSLG
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KE5 GELVLGGSDPAHYIPPLTFVPVTVPAYWQIHMERVKVGPGLTLCAKGCAAILDTGTSLIT
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CCDS30 GQIVLGGSDPQHYEGNFHYINLIKTGVWQIQMKGVSVGSSTLLCEDGCLALVDTGASYIS
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KE5 GPTEEIRALHAAIGGIPLLAGEYIILCSEIPKLPAVSFLLGGVWFNLTAHDYVIQTTRNG
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CCDS30 GSTSSIEKLMEALGAKKRLF-DYVVKCNEGPTLPDISFHLGGKEYTLTSADYVFQESYSS
300 310 320 330 340 350
360 370 380 390 400 410
pF1KE5 VRLCLSGFQALDVPPPAGPFWILGDVFLGTYVAVFDRGDMKSSARVGLARARTRGADLGW
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CCDS30 KKLCTLAIHAMDIPPPTGPTWALGATFIRKFYTEFDR----RNNRIGFALAR
360 370 380 390 400
420
pF1KE5 GETAQAQFPG
>>CCDS8001.1 PGA5 gene_id:5222|Hs108|chr11 (388 aa)
initn: 933 init1: 291 opt: 997 Z-score: 1170.7 bits: 225.5 E(32554): 6.9e-59
Smith-Waterman score: 1002; 41.9% identity (67.2% similar) in 399 aa overlap (11-399:4-385)
10 20 30 40 50
pF1KE5 MSPPPLLQPLLLLLPLLNVEPSGATLIRIPLHRVQPGRRTLN---LLRGWRE-----PAE
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10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KE5 --LPKLGAPSPGDKPIFVPLSNYRDVQYFGEIGLGTPPQNFTVAFDTGSSNLWVPSRRCH
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CCDS80 KYFPQWEAPTLVDEQ---PLENYLDMEYFGTIGIGTPAQDFTVVFDTGSSNLWVPSVYCS
60 70 80 90 100
120 130 140 150 160 170
pF1KE5 FFSVPCWLHHRFDPKASSSFQANGTKFAIQYGTGRVDGILSEDKLTIGGIKGASVIFGEA
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CCDS80 --SLACTNHNRFNPEDSSTYQSTSETVSITYGTGSMTGILGYDTVQVGGISDTNQIFGLS
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180 190 200 210 220 230
pF1KE5 LWEPSLVFAFAHFDGILGLGFPILSVEGVRPPMDVLVEQGLLDKPVFSFYLNRDPEEPDG
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CCDS80 ETEPGSFLYYAPFDGILGLAYPSISSSGATPVFDNIWNQGLVSQDLFSVYLSAD--DKSG
170 180 190 200 210 220
240 250 260 270 280 290
pF1KE5 GELVLGGSDPAHYIPPLTFVPVTVPAYWQIHMERVKVGPGLTLCAKGCAAILDTGTSLIT
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300 310 320 330 340 350
pF1KE5 GPTEEIRALHAAIGGIPLLAGEYIILCSEIPKLPAVSFLLGGVWFNLTAHDYVIQTTRNG
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CCDS80 GPTSPIANIQSDIGASENSDGDMVVSCSAISSLPDIVFTINGVQYPVPPSAYILQSEGS-
290 300 310 320 330 340
360 370 380 390 400 410
pF1KE5 VRLCLSGFQALDVPPPAGPFWILGDVFLGTYVAVFDRGDMKSSARVGLARARTRGADLGW
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CCDS80 ---CISGFQGMNVPTESGELWILGDVFIRQYFTVFDRAN----NQVGLAPVA
350 360 370 380
420
pF1KE5 GETAQAQFPG
>>CCDS31574.1 PGA3 gene_id:643834|Hs108|chr11 (388 aa)
initn: 929 init1: 292 opt: 993 Z-score: 1166.0 bits: 224.6 E(32554): 1.3e-58
Smith-Waterman score: 998; 41.6% identity (67.2% similar) in 399 aa overlap (11-399:4-385)
10 20 30 40 50
pF1KE5 MSPPPLLQPLLLLLPLLNVEPSGATLIRIPLHRVQPGRRTLN---LLRGWRE-----PAE
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CCDS31 MKWLLLLGLVAL--SECIMYKVPLIRKKSLRRTLSERGLLKDFLKKHNLNPAR
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KE5 --LPKLGAPSPGDKPIFVPLSNYRDVQYFGEIGLGTPPQNFTVAFDTGSSNLWVPSRRCH
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CCDS31 KYFPQWKAPTLVDEQ---PLENYLDMEYFGTIGIGTPAQDFTVVFDTGSSNLWVPSVYCS
60 70 80 90 100
120 130 140 150 160 170
pF1KE5 FFSVPCWLHHRFDPKASSSFQANGTKFAIQYGTGRVDGILSEDKLTIGGIKGASVIFGEA
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CCDS31 --SLACTNHNRFNPEDSSTYQSTSETVSITYGTGSMTGILGYDTVQVGGISDTNQIFGLS
110 120 130 140 150 160
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pF1KE5 LWEPSLVFAFAHFDGILGLGFPILSVEGVRPPMDVLVEQGLLDKPVFSFYLNRDPEEPDG
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CCDS31 ETEPGSFLYYAPFDGILGLAYPSISSSGATPVFDNIWNQGLVSQDLFSVYLSADDQ--SG
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pF1KE5 GELVLGGSDPAHYIPPLTFVPVTVPAYWQIHMERVKVGPGLTLCAKGCAAILDTGTSLIT
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CCDS31 SVVIFGGIDSSYYTGSLNWVPVTVEGYWQITVDSITMNGEAIACAEGCQAIVDTGTSLLT
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pF1KE5 GPTEEIRALHAAIGGIPLLAGEYIILCSEIPKLPAVSFLLGGVWFNLTAHDYVIQTTRNG
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CCDS31 GPTSPIANIQSDIGASENSDGDMVVSCSAISSLPDIVFTINGVQYPVPPSAYILQSEGS-
290 300 310 320 330 340
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pF1KE5 VRLCLSGFQALDVPPPAGPFWILGDVFLGTYVAVFDRGDMKSSARVGLARARTRGADLGW
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CCDS31 ---CISGFQGMNLPTESGELWILGDVFIRQYFTVFDRAN----NQVGLAPVA
350 360 370 380
420
pF1KE5 GETAQAQFPG
>>CCDS31575.1 PGA4 gene_id:643847|Hs108|chr11 (388 aa)
initn: 929 init1: 292 opt: 992 Z-score: 1164.8 bits: 224.4 E(32554): 1.5e-58
Smith-Waterman score: 997; 41.6% identity (67.2% similar) in 399 aa overlap (11-399:4-385)
10 20 30 40 50
pF1KE5 MSPPPLLQPLLLLLPLLNVEPSGATLIRIPLHRVQPGRRTLN---LLRGWRE-----PAE
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CCDS31 MKWLLLLGLVAL--SECIMYKVPLIRKKSLRRTLSERGLLKDFLKKHNLNPAR
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KE5 --LPKLGAPSPGDKPIFVPLSNYRDVQYFGEIGLGTPPQNFTVAFDTGSSNLWVPSRRCH
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CCDS31 KYFPQWEAPTLVDEQ---PLENYLDMEYFGTIGIGTPAQDFTVVFDTGSSNLWVPSVYCS
60 70 80 90 100
120 130 140 150 160 170
pF1KE5 FFSVPCWLHHRFDPKASSSFQANGTKFAIQYGTGRVDGILSEDKLTIGGIKGASVIFGEA
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CCDS31 --SLACTNHNRFNPEDSSTYQSTSETVSITYGTGSMTGILGYDTVQVGGISDTNQIFGLS
110 120 130 140 150 160
180 190 200 210 220 230
pF1KE5 LWEPSLVFAFAHFDGILGLGFPILSVEGVRPPMDVLVEQGLLDKPVFSFYLNRDPEEPDG
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CCDS31 ETEPGSFLYYAPFDGILGLAYPSISSSGATPVFDNIWNQGLVSQDLFSVYLSADDQ--SG
170 180 190 200 210 220
240 250 260 270 280 290
pF1KE5 GELVLGGSDPAHYIPPLTFVPVTVPAYWQIHMERVKVGPGLTLCAKGCAAILDTGTSLIT
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CCDS31 SVVIFGGIDSSYYTGSLNWVPVTVEGYWQITVDSITMNGEAIACAEGCQAIVDTGTSLLT
230 240 250 260 270 280
300 310 320 330 340 350
pF1KE5 GPTEEIRALHAAIGGIPLLAGEYIILCSEIPKLPAVSFLLGGVWFNLTAHDYVIQTTRNG
::: : ... ::. :.... :: : .:: . : ..:: . . :..:. .
CCDS31 GPTSPIANIQSDIGASENSDGDMVVSCSAISSLPDIVFTINGVQYPVPPSAYILQSEGS-
290 300 310 320 330 340
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pF1KE5 VRLCLSGFQALDVPPPAGPFWILGDVFLGTYVAVFDRGDMKSSARVGLARARTRGADLGW
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CCDS31 ---CISGFQGMNLPTESGELWILGDVFIRQYFTVFDRAN----NQVGLAPVA
350 360 370 380
420
pF1KE5 GETAQAQFPG
>>CCDS4859.1 PGC gene_id:5225|Hs108|chr6 (388 aa)
initn: 802 init1: 436 opt: 902 Z-score: 1059.2 bits: 204.9 E(32554): 1.1e-52
Smith-Waterman score: 902; 39.4% identity (64.9% similar) in 388 aa overlap (24-401:16-387)
10 20 30 40 50
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