FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KB5288, 550 aa 1>>>pF1KB5288 550 - 550 aa - 550 aa Library: human.CCDS.faa 18511270 residues in 32554 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 7.8152+/-0.000888; mu= 7.8892+/- 0.053 mean_var=158.0015+/-31.707, 0's: 0 Z-trim(112.3): 11 B-trim: 0 in 0/51 Lambda= 0.102034 statistics sampled from 13043 (13049) to 13043 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.744), E-opt: 0.2 (0.401), width: 16 Scan time: 3.380 The best scores are: opt bits E(32554) CCDS1941.1 RTKN gene_id:6242|Hs108|chr2 ( 550) 3761 565.6 5.5e-161 CCDS33226.1 RTKN gene_id:6242|Hs108|chr2 ( 563) 3615 544.1 1.7e-154 CCDS42699.1 RTKN gene_id:6242|Hs108|chr2 ( 513) 3524 530.7 1.7e-150 CCDS7263.1 RTKN2 gene_id:219790|Hs108|chr10 ( 609) 1311 205.0 2.2e-52 CCDS73140.1 RTKN2 gene_id:219790|Hs108|chr10 ( 163) 443 76.8 2.2e-14 >>CCDS1941.1 RTKN gene_id:6242|Hs108|chr2 (550 aa) initn: 3761 init1: 3761 opt: 3761 Z-score: 3003.7 bits: 565.6 E(32554): 5.5e-161 Smith-Waterman score: 3761; 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CCDS72 DSDHFSNKERSRRYAIFCLFKMGANVFDTDVVNVDKTITDICFENVTIFNEAGPDFQIKV 120 130 140 150 160 170 190 200 210 220 230 240 pF1KB5 ELYGACVEEEGALTGGPKRLATKLSSSLGRSSGRRVRASLDSAGGSGSSPILLPTPVVGG :.: .: ::...:. ::.:: ::..:.....:... . :. . :: . .: : CCDS72 EVY-SCCTEESSITNTPKKLAKKLKTSISKATGKKISSVLQEED---DEMCLLLSSAVFG 180 190 200 210 220 230 250 260 270 280 290 300 pF1KB5 PRYHLLAHTTLTLAAVQDGFRTHDLTLASHEENPAWLPLYGSVCCRLAAQPLCMTQPTAS .:.::::::::: ...:.:.::.:.. ..::. ::::::..::::.::: ::.. . . CCDS72 VKYNLLAHTTLTLESAEDSFKTHNLSINGNEESSFWLPLYGNMCCRLVAQPACMAEDAFA 240 250 260 270 280 290 310 320 330 340 350 pF1KB5 GTLRVQQAGE-MQNWAQVHGVLKGTNLFCYRQPEDADTGEEPLLTIAVNKETRVRAGELD : : :: : . .: ... ::.: .:.:. .::. .. :: :.. .:::::.:: . : CCDS72 GFLNQQQMVEGLISWRRLYCVLRGGKLYCFYSPEEIEAKVEPALVVPINKETRIRAMDKD 300 310 320 330 340 350 360 370 380 390 400 410 pF1KB5 QALGRPFTLSISNQYGDDEVTHTLQTESREALQSWMEALWQLFFDMSQWKQCCDEIMKIE : : ..:. : . .:. . ...:: ::.::::.:: :::.::::.::.:.:::: CCDS72 -AKKRIHNFSVINPVPGQAITQIFAVDNREDLQKWMEAFWQHFFDLSQWKHCCEELMKIE 360 370 380 390 400 420 430 440 450 460 pF1KB5 TPAPRKPPQALAKQG-SLYHEMAIEPLDDIAAVTDILTQRE---------GARLET-PPP .::::: :.:.. :.::.:.:. . ..:::. .. : . :. ::: CCDS72 IMSPRKPPLFLTKEATSVYHDMSIDSPMKLESLTDIIQKKIEETNGQFLIGQHEESLPPP 410 420 430 440 450 460 470 480 490 500 510 520 pF1KB5 WLAMFTDQPALPNPCSPASVAPAPDWTHPLPWGRPRTFSLDAVPPDHSPRARSVAPLPPQ : ..: . . . . :: . : :. : : : :. : CCDS72 WATLFDGNHQMV--IQKKVLYPASEPLHDEK-GKKRQAPLP--PSDKLPFSLKSQSNTDQ 470 480 490 500 510 520 530 540 550 pF1KB5 RSPRTRGLCSKGQPRTWLQSPV CCDS72 LVKDNWGKTSVSQTSSLDTKLSTLMHHLQKPMAAPRKLLPARRNRLSDGEHTDTKTNFEA 530 540 550 560 570 580 >>CCDS73140.1 RTKN2 gene_id:219790|Hs108|chr10 (163 aa) initn: 413 init1: 256 opt: 443 Z-score: 371.6 bits: 76.8 E(32554): 2.2e-14 Smith-Waterman score: 443; 45.5% identity (79.7% similar) in 143 aa overlap (24-165:20-159) 10 20 30 40 50 60 pF1KB5 MQDRLHILEDLNMLYIRQMALSLEDTELQRKLDHEIRMREGACKLLAACSQREQALEATK .: ..:.:.: ::::::: :::. .:..:.:.:.: CCDS73 MEGPSLRGPALRLAGLPTQQDCNIQEKIDLEIRMREGIWKLLSLSTQKDQVLHAVK 10 20 30 40 50 70 80 90 100 110 pF1KB5 SLLVCNSRILSYMGELQRRKEAQVLGKTSRRPSDSG-PPAERSPCRGRVCISDLRIPLMW .:.:::.:...: .:::. .: :. ..:.: : ::. :.:.. :::.:::::: CCDS73 NLMVCNARLMAYTSELQKLEE-QIANQTGR--CDVKFESKERTACKGKIAISDIRIPLMW 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 pF1KB5 KDTEYFKNKGDLHRWAVFLLLQLGEHIQDTEMILVDRTLTDISFQSNVLFAEAGPDFELR ::...:.:: .:.:.: :...: .. ::... ::.:.::: :.. CCDS73 KDSDHFSNKERSRRYAIFCLFKMGANVFDTDVVNVDKTITDICFENVTIL 120 130 140 150 160 180 190 200 210 220 230 pF1KB5 LELYGACVEEEGALTGGPKRLATKLSSSLGRSSGRRVRASLDSAGGSGSSPILLPTPVVG 550 residues in 1 query sequences 18511270 residues in 32554 library sequences Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc) start: Fri Nov 4 22:08:56 2016 done: Fri Nov 4 22:08:56 2016 Total Scan time: 3.380 Total Display time: 0.030 Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]