FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KE4532, 594 aa 1>>>pF1KE4532 594 - 594 aa - 594 aa Library: /omim/omim.rfq.tfa 60827320 residues in 85289 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.6450+/-0.000445; mu= 17.8736+/- 0.028 mean_var=81.5770+/-16.323, 0's: 0 Z-trim(110.3): 23 B-trim: 36 in 1/52 Lambda= 0.142001 statistics sampled from 18617 (18635) to 18617 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.572), E-opt: 0.2 (0.218), width: 16 Scan time: 10.490 The best scores are: opt bits E(85289) NP_001027392 (OMIM: 602926,612164) syntaxin-bindin ( 594) 3862 801.6 0 NP_003156 (OMIM: 602926,612164) syntaxin-binding p ( 603) 3765 781.7 0 NP_008880 (OMIM: 601717,613101) syntaxin-binding p ( 593) 2558 534.4 3.9e-151 NP_001120868 (OMIM: 601717,613101) syntaxin-bindin ( 590) 2531 528.9 1.8e-149 NP_001258963 (OMIM: 601717,613101) syntaxin-bindin ( 604) 2130 446.8 9.9e-125 NP_009200 (OMIM: 608339) syntaxin-binding protein ( 592) 2015 423.2 1.2e-117 XP_011526512 (OMIM: 601717,613101) PREDICTED: synt ( 597) 2015 423.2 1.2e-117 XP_011526514 (OMIM: 601717,613101) PREDICTED: synt ( 439) 1916 402.8 1.2e-111 NP_001266284 (OMIM: 610035,615285) vacuolar protei ( 447) 293 70.4 1.5e-11 NP_001266283 (OMIM: 610035,615285) vacuolar protei ( 534) 293 70.4 1.7e-11 NP_009190 (OMIM: 610035,615285) vacuolar protein s ( 570) 293 70.4 1.8e-11 XP_016855653 (OMIM: 610035,615285) PREDICTED: vacu ( 503) 277 67.1 1.6e-10 NP_001266282 (OMIM: 610035,615285) vacuolar protei ( 538) 256 62.8 3.3e-09 >>NP_001027392 (OMIM: 602926,612164) syntaxin-binding pr (594 aa) initn: 3862 init1: 3862 opt: 3862 Z-score: 4278.1 bits: 801.6 E(85289): 0 Smith-Waterman score: 3862; 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NP_001 VIKDVMEDAVEDRLDRNLWPFVSDPAPTASSQAAVSARFGHWHKNKAGIEARAGPRLIVY 480 490 500 510 520 530 550 560 570 580 590 pF1KE4 ILGGVSLNEMRCAYEVTQAN-GKWEVLIGSTHILTPQKLLDTLKKLNKTDEEISS ..:::...::: :::::.:. :::::::::.::::: ..:: :: :.: :.:. NP_001 VMGGVAMSEMRAAYEVTRATEGKWEVLIGSSHILTPTRFLDDLKALDKKLEDIALP 540 550 560 570 580 590 >>NP_001258963 (OMIM: 601717,613101) syntaxin-binding pr (604 aa) initn: 2489 init1: 986 opt: 2130 Z-score: 2360.3 bits: 446.8 E(85289): 9.9e-125 Smith-Waterman score: 2526; 62.3% identity (84.5% similar) in 605 aa overlap (1-593:1-602) 10 20 30 40 50 60 pF1KE4 MAPIGLKAVVGEKIMHDVIKKVKKKGEWKVLVVDQLSMRMLSSCCKMTDIMTEGITIVED ::: ::::::::::. ::..::: ::::::..:. :::.:::::::.::..:::::::: NP_001 MAPSGLKAVVGEKILSGVIRSVKKDGEWKVLIMDHPSMRILSSCCKMSDILAEGITIVED 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 pF1KE4 INKRREPLPSLEAVYLITPSEK-----------SVHSLISDFKDPPTAKYRAAHVFFTDS :::::::.:::::.::..:.:: ::..::.::. :: :.:::.::::. 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NP_001 LEDIALP 600 >>NP_009200 (OMIM: 608339) syntaxin-binding protein 3 [H (592 aa) initn: 1812 init1: 461 opt: 2015 Z-score: 2233.1 bits: 423.2 E(85289): 1.2e-117 Smith-Waterman score: 2015; 51.6% identity (79.8% similar) in 599 aa overlap (1-593:5-587) 10 20 30 40 50 pF1KE4 MAPIGLKAVVGEKIMHDVIKKVKKKGEWKVLVVDQLSMRMLSSCCKMTDIMTEGIT .: :::.:: .:: :. ::.::::....:... ..:.:::::::.. :::: NP_009 MAPPVAERGLKSVVWQKIKATVFDDCKKEGEWKIMLLDEFTTKLLASCCKMTDLLEEGIT 10 20 30 40 50 60 60 70 80 90 100 110 pF1KE4 IVEDINKRREPLPSLEAVYLITPSEKSVHSLISDFKDPPTAKYRAAHVFFTDSCPDALFN .::.: : :::. ...:.:.:::. ::: .. :: . ::.::...::: ::: ::: NP_009 VVENIYKNREPVRQMKALYFITPTSKSVDCFLHDFASKSENKYKAAYIYFTDFCPDNLFN 70 80 90 100 110 120 120 130 140 150 160 170 pF1KE4 ELVKSRAAKVIKTLTEINIAFLPYESQVYSLDSADSFQSFYSPH--KAQMKNPILERLAE . .:. .: :. ::::.:.:.:::::.:: :.: ::: .:. :. :.: .:. 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XP_011 INKRREPIPSLEAIYLLSPTEKSVQALIKDFQGTPTFTYKAAHIFFTDTCPEPLFSELGR 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 pF1KE4 SRAAKVIKTLTEINIAFLPYESQVYSLDSADSFQSFYSPHKAQMKNPILERLAEQIATLC :: :::.::: ::..::::::.::.:::. : ..: : .:. .. :: ::.:::::: XP_011 SRLAKVVKTLKEIHLAFLPYEAQVFSLDAPHSTYNLYCPFRAEERTRQLEVLAQQIATLC 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 230 240 pF1KE4 ATLKEYPAVRYRGEYKDNALLAQLIQDKLDAYKADDPTMGEGPDKARSQLLILDRGFDPS :::.::::.::: .:.: ::. . ::.:.::: :..::::.:.::::::.::. :: XP_011 ATLQEYPAIRYRKGPEDTAQLAHAVLAKLNAFKADTPSLGEGPEKTRSQLLIMDRAADPV 190 200 210 220 230 240 250 260 270 280 290 300 pF1KE4 SPVLHELTFQAMSYDLLPIENDVYKYETSGIGEARVKEVLLDEDDDLWIALRHKHIAEVS ::.:::::::::.:::: ::.:.:.:::.:..::: : ::::::::::. ::: :::.:: XP_011 SPLLHELTFQAMAYDLLDIEQDTYRYETTGLSEAREKAVLLDEDDDLWVELRHMHIADVS 250 260 270 280 290 300 310 320 330 340 350 360 pF1KE4 QEVTRSLKDFSSSKRMNTGEKTTMRDLSQMLKKMPQYQKELSKYSTHLHLAEDCMKHYQG ..::. :. : :::..: .:....::::.:::::::::::.:::::::::.:::::..: XP_011 KKVTELLRTFCESKRLTT-DKANIKDLSQILKKMPQYQKELNKYSTHLHLADDCMKHFKG 310 320 330 340 350 370 380 390 400 410 420 pF1KE4 TVDKLCRVEQDLAMGTDAEGEKIKDPMRAIVPILLDANVSTYDKIRIILLYIFLKNGITE .:.::: ::::::::.::::::::: :. :::.:::: : .:::::..::::.:.: XP_011 SVEKLCSVEQDLAMGSDAEGEKIKDSMKLIVPVLLDAAVPAYDKIRVLLLYILLRNATPL 360 370 380 390 400 410 430 440 450 460 470 480 pF1KE4 ENLNKLIQHAQIPPEDSEIITNMAHLGVPIVTDSTLRRRSKPERKERISEQTYQLSRWTP XP_011 DPGTLLHWLGDSSTEVRAPC 420 430 >>NP_001266284 (OMIM: 610035,615285) vacuolar protein so (447 aa) initn: 221 init1: 102 opt: 293 Z-score: 328.3 bits: 70.4 E(85289): 1.5e-11 Smith-Waterman score: 304; 20.6% identity (56.5% similar) in 428 aa overlap (169-580:32-422) 140 150 160 170 180 190 pF1KE4 PYESQVYSLDSADSFQSFYSPHKAQMKNPILERLAEQIATLCATLKEYPAVRYRGEYKDN : : .. ...: .::. : .::. . 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NP_001 QNDH-----SSALQNIKRLLQNPKVTEFDAARLVMLYALHYERHSSNSLPGLMMDLRNKG 240 250 260 270 280 290 440 450 460 470 480 pF1KE4 IPPEDSEIITNMAHLGVPIVTDSTLRRRSKPERKERISEQTYQ--------LSRWTPIIK . . .... ... : : : : .:. :..: . .. :... NP_001 VSEKYRKLVSAVVEYGGKRVRGSDLF---SPKDAVAITKQFLKGLKGVENVYTQHQPFLH 300 310 320 330 340 490 500 510 520 530 540 pF1KE4 DIMEDTIEDKLDTKHYPYISTRSSASFSTTAVSARYGHWHKNKAPGEYRSGPR-LIIFIL . .. :. .: . :::.. :. :. :. .:.:.. NP_001 ETLDHLIKGRLKENLYPYLG------------------------PSTLRDRPQDIIVFVI 350 360 370 380 550 560 570 580 590 pF1KE4 GGVSLNEMRCAYEVTQANGKWEVLIGSTHILTPQKLLDTLKKLNKTDEEISS ::.. .: .:...... ....:.: . . ...:. NP_001 GGATYEEALTVYNLNRTTPGVRIVLGGTTVHNTKSFLEEVLASGLHSRSKESSQVTSRSA 390 400 410 420 430 440 NP_001 SRR >>NP_001266283 (OMIM: 610035,615285) vacuolar protein so (534 aa) initn: 221 init1: 102 opt: 293 Z-score: 327.2 bits: 70.4 E(85289): 1.7e-11 Smith-Waterman score: 384; 20.1% identity (56.4% similar) in 551 aa overlap (48-580:6-509) 20 30 40 50 60 70 pF1KE4 VIKKVKKKGEWKVLVVDQLSMRMLSSCCKMTDIMTEGITIVEDINKR-REPLPSLEAVYL ..:. . . . : :... :: . :.:. . NP_001 MVYTQSEILQKEVYLFERIDSQNREIMKHLKAICF 10 20 30 80 90 100 110 120 130 pF1KE4 ITPSEKSVHSLISDFKDPPTAKYRAAHVFFTDSCPDALFNELVKSRAAKVIKTLTEINIA . :....: .:.... : :: ..:.. . . :... .:. . :. NP_001 LRPTKENVDYIIQELRRP---KYTIYFIYFSNVISKSDVKSLAEADEQEVVAEVQEFYGD 40 50 60 70 80 90 140 150 160 170 180 190 pF1KE4 FLPYESQVYSLDSADSFQSF-YSPHKAQMKNPILERLAEQIATLCATLKEYPAVRYRGEY .. . ...::. :. ..: :: : : .. ...: .::. : .::. NP_001 YIAVNPHLFSLNILGCCQGRNWDP--AQ-----LSRTTQGLTALLLSLKKCPMIRYQLSS 100 110 120 130 140 200 210 220 230 240 250 pF1KE4 KDNALLAQLIQDKLDA-YKADDPTMGEGPDKARSQLLILDRGFDPSSPVLHELTFQAMSY . ::. ... . :. . : : :::::: : .:.:.. :.::: . NP_001 EAAKRLAECVKQVITKEYELFEFRRTEVPP----LLLILDRCDDAITPLLNQWTYQAMVH 150 160 170 180 190 200 260 270 280 290 300 310 pF1KE4 DLLPIEND-VYKYETSGIGEARVKEVLLD-EDDDLWIALRHKHIAEVSQEVTRSLKDFSS .:: :.:. . .. ::.. ..::.:. :.:... . ..::..... ..::.. NP_001 ELLGINNNRIDLSRVPGISKD-LREVVLSAENDEFYANNMYLNFAEIGSNIKNLMEDFQK 210 220 230 240 250 260 320 330 340 350 360 370 pF1KE4 SKRMNTGEKTTMRDLSQMLKKMPQYQKELSKYSTHLHLAEDCMKHY-QGTVDKLCRVEQD .: . . .. :.. .....::..: . : :. .. . . . .. .. .:::. NP_001 KKPKEQQKLESIADMKAFVENYPQFKKMSGTVSKHVTVVGELSRLVSERNLLEVSEVEQE 270 280 290 300 310 320 380 390 400 410 420 pF1KE4 LAMGTDAEGEKIKDPMRAIVPILLDANVSTYDKIRIILLYIFLKNGITEENLNKLI---Q :: .: .. .. : .: . .:. .: :...:: . . . ..: :. . NP_001 LACQNDH-----SSALQNIKRLLQNPKVTEFDAARLVMLYALHYERHSSNSLPGLMMDLR 330 340 350 360 370 430 440 450 460 470 480 pF1KE4 HAQIPPEDSEIITNMAHLGVPIVTDSTLRRRSKPERKERISEQTYQ--------LSRWTP . . . .... ... : : : : .:. :..: . .. : NP_001 NKGVSEKYRKLVSAVVEYGGKRVRGSDLF---SPKDAVAITKQFLKGLKGVENVYTQHQP 380 390 400 410 420 430 490 500 510 520 530 pF1KE4 IIKDIMEDTIEDKLDTKHYPYISTRSSASFSTTAVSARYGHWHKNKAPGEYRSGPR-LII .... .. :. .: . :::.. :. :. :. .:. NP_001 FLHETLDHLIKGRLKENLYPYLG------------------------PSTLRDRPQDIIV 440 450 460 540 550 560 570 580 590 pF1KE4 FILGGVSLNEMRCAYEVTQANGKWEVLIGSTHILTPQKLLDTLKKLNKTDEEISS :..::.. .: .:...... ....:.: . . ...:. NP_001 FVIGGATYEEALTVYNLNRTTPGVRIVLGGTTVHNTKSFLEEVLASGLHSRSKESSQVTS 470 480 490 500 510 520 NP_001 RSASRR 530 594 residues in 1 query sequences 60827320 residues in 85289 library sequences Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc) start: Sun Nov 6 00:11:41 2016 done: Sun Nov 6 00:11:42 2016 Total Scan time: 10.490 Total Display time: 0.150 Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]