FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KE4532, 594 aa 1>>>pF1KE4532 594 - 594 aa - 594 aa Library: human.CCDS.faa 18511270 residues in 32554 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.0120+/-0.00106; mu= 15.2884+/- 0.064 mean_var=76.8576+/-15.458, 0's: 0 Z-trim(103.6): 19 B-trim: 7 in 1/47 Lambda= 0.146295 statistics sampled from 7458 (7472) to 7458 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.588), E-opt: 0.2 (0.23), width: 16 Scan time: 3.470 The best scores are: opt bits E(32554) CCDS35146.1 STXBP1 gene_id:6812|Hs108|chr9 ( 594) 3862 825.2 0 CCDS6874.1 STXBP1 gene_id:6812|Hs108|chr9 ( 603) 3765 804.7 0 CCDS12181.1 STXBP2 gene_id:6813|Hs108|chr19 ( 593) 2558 549.9 3.2e-156 CCDS45948.1 STXBP2 gene_id:6813|Hs108|chr19 ( 590) 2531 544.2 1.7e-154 CCDS62522.1 STXBP2 gene_id:6813|Hs108|chr19 ( 604) 2130 459.6 5.1e-129 CCDS790.1 STXBP3 gene_id:6814|Hs108|chr1 ( 592) 2015 435.3 1e-121 CCDS72904.1 VPS45 gene_id:11311|Hs108|chr1 ( 447) 293 71.8 2e-12 CCDS944.1 VPS45 gene_id:11311|Hs108|chr1 ( 570) 293 71.9 2.5e-12 >>CCDS35146.1 STXBP1 gene_id:6812|Hs108|chr9 (594 aa) initn: 3862 init1: 3862 opt: 3862 Z-score: 4405.5 bits: 825.2 E(32554): 0 Smith-Waterman score: 3862; 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CCDS68 ILGGVSLNEMRCAYEVTQANGKWEVLIGSTHILTPTKFLMDLRHPDFRESSRVSFEDQAP 550 560 570 580 590 600 CCDS68 TME >>CCDS12181.1 STXBP2 gene_id:6813|Hs108|chr19 (593 aa) initn: 2502 init1: 1416 opt: 2558 Z-score: 2918.1 bits: 549.9 E(32554): 3.2e-156 Smith-Waterman score: 2558; 63.5% identity (86.0% similar) in 594 aa overlap (1-593:1-591) 10 20 30 40 50 60 pF1KE4 MAPIGLKAVVGEKIMHDVIKKVKKKGEWKVLVVDQLSMRMLSSCCKMTDIMTEGITIVED ::: ::::::::::. ::..::: ::::::..:. :::.:::::::.::..:::::::: CCDS12 MAPSGLKAVVGEKILSGVIRSVKKDGEWKVLIMDHPSMRILSSCCKMSDILAEGITIVED 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 pF1KE4 INKRREPLPSLEAVYLITPSEKSVHSLISDFKDPPTAKYRAAHVFFTDSCPDALFNELVK :::::::.:::::.::..:.::::..::.::. :: :.:::.::::.::. ::.:: . 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CCDS45 VIKDVMEDAVEDRLDRNLWPFVSDPAPTASSQAAVSARFGHWHKNKAGIEARAGPRLIVY 480 490 500 510 520 530 550 560 570 580 590 pF1KE4 ILGGVSLNEMRCAYEVTQAN-GKWEVLIGSTHILTPQKLLDTLKKLNKTDEEISS ..:::...::: :::::.:. :::::::::.::::: ..:: :: :.: :.:. CCDS45 VMGGVAMSEMRAAYEVTRATEGKWEVLIGSSHILTPTRFLDDLKALDKKLEDIALP 540 550 560 570 580 590 >>CCDS62522.1 STXBP2 gene_id:6813|Hs108|chr19 (604 aa) initn: 2489 init1: 986 opt: 2130 Z-score: 2429.7 bits: 459.6 E(32554): 5.1e-129 Smith-Waterman score: 2526; 62.3% identity (84.5% similar) in 605 aa overlap (1-593:1-602) 10 20 30 40 50 60 pF1KE4 MAPIGLKAVVGEKIMHDVIKKVKKKGEWKVLVVDQLSMRMLSSCCKMTDIMTEGITIVED ::: ::::::::::. ::..::: ::::::..:. :::.:::::::.::..:::::::: CCDS62 MAPSGLKAVVGEKILSGVIRSVKKDGEWKVLIMDHPSMRILSSCCKMSDILAEGITIVED 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 pF1KE4 INKRREPLPSLEAVYLITPSEK-----------SVHSLISDFKDPPTAKYRAAHVFFTDS :::::::.:::::.::..:.:: ::..::.::. :: :.:::.::::. CCDS62 INKRREPIPSLEAIYLLSPTEKAQAQRVIHLPQSVQALIKDFQGTPTFTYKAAHIFFTDT 70 80 90 100 110 120 110 120 130 140 150 160 pF1KE4 CPDALFNELVKSRAAKVIKTLTEINIAFLPYESQVYSLDSADSFQSFYSPHKAQMKNPIL ::. ::.:: .:: :::.::: ::..::::::.::.:::. : ..: : .:. .. : CCDS62 CPEPLFSELGRSRLAKVVKTLKEIHLAFLPYEAQVFSLDAPHSTYNLYCPFRAEERTRQL 130 140 150 160 170 180 170 180 190 200 210 220 pF1KE4 ERLAEQIATLCATLKEYPAVRYRGEYKDNALLAQLIQDKLDAYKADDPTMGEGPDKARSQ : ::.:::::::::.::::.::: .:.: ::. . ::.:.::: :..::::.:.::: CCDS62 EVLAQQIATLCATLQEYPAIRYRKGPEDTAQLAHAVLAKLNAFKADTPSLGEGPEKTRSQ 190 200 210 220 230 240 230 240 250 260 270 280 pF1KE4 LLILDRGFDPSSPVLHELTFQAMSYDLLPIENDVYKYETSGIGEARVKEVLLDEDDDLWI :::.::. :: ::.:::::::::.:::: ::.:.:.:::.:..::: : ::::::::::. CCDS62 LLIMDRAADPVSPLLHELTFQAMAYDLLDIEQDTYRYETTGLSEAREKAVLLDEDDDLWV 250 260 270 280 290 300 290 300 310 320 330 340 pF1KE4 ALRHKHIAEVSQEVTRSLKDFSSSKRMNTGEKTTMRDLSQMLKKMPQYQKELSKYSTHLH ::: :::.::..::. :. : :::..: .:....::::.:::::::::::.::::::: CCDS62 ELRHMHIADVSKKVTELLRTFCESKRLTT-DKANIKDLSQILKKMPQYQKELNKYSTHLH 310 320 330 340 350 350 360 370 380 390 400 pF1KE4 LAEDCMKHYQGTVDKLCRVEQDLAMGTDAEGEKIKDPMRAIVPILLDANVSTYDKIRIIL ::.:::::..:.:.::: ::::::::.::::::::: :. :::.:::: : .:::::..: CCDS62 LADDCMKHFKGSVEKLCSVEQDLAMGSDAEGEKIKDSMKLIVPVLLDAAVPAYDKIRVLL 360 370 380 390 400 410 410 420 430 440 450 460 pF1KE4 LYIFLKNGITEENLNKLIQHAQIPPEDSEIITNMAHLGVPIVTDSTLRRRSKPERKERIS :::.:.::..:::: ::::::.. ..: .: :. .:: ... . :. : .::. CCDS62 LYILLRNGVSEENLAKLIQHANVQAHSS-LIRNLEQLGGTVTNPGGSGTSSRLEPRERM- 420 430 440 450 460 470 470 480 490 500 510 520 pF1KE4 EQTYQLSRWTPIIKDIMEDTIEDKLDTKHYPYISTRSSASFSTTAVSARYGHWHKNKAPG : :::::::::.:::.:::..::.:: . .:..: . .. : .:::::.:::::::: CCDS62 EPTYQLSRWTPVIKDVMEDAVEDRLDRNLWPFVSDPAPTASSQAAVSARFGHWHKNKAGI 480 490 500 510 520 530 530 540 550 560 570 580 pF1KE4 EYRSGPRLIIFILGGVSLNEMRCAYEVTQAN-GKWEVLIGSTHILTPQKLLDTLKKLNKT : :.:::::....:::...::: :::::.:. :::::::::.::::: ..:: :: :.: CCDS62 EARAGPRLIVYVMGGVAMSEMRAAYEVTRATEGKWEVLIGSSHILTPTRFLDDLKALDKK 540 550 560 570 580 590 590 pF1KE4 DEEISS :.:. CCDS62 LEDIALP 600 >>CCDS790.1 STXBP3 gene_id:6814|Hs108|chr1 (592 aa) initn: 1812 init1: 461 opt: 2015 Z-score: 2298.7 bits: 435.3 E(32554): 1e-121 Smith-Waterman score: 2015; 51.6% identity (79.8% similar) in 599 aa overlap (1-593:5-587) 10 20 30 40 50 pF1KE4 MAPIGLKAVVGEKIMHDVIKKVKKKGEWKVLVVDQLSMRMLSSCCKMTDIMTEGIT .: :::.:: .:: :. ::.::::....:... ..:.:::::::.. :::: CCDS79 MAPPVAERGLKSVVWQKIKATVFDDCKKEGEWKIMLLDEFTTKLLASCCKMTDLLEEGIT 10 20 30 40 50 60 60 70 80 90 100 110 pF1KE4 IVEDINKRREPLPSLEAVYLITPSEKSVHSLISDFKDPPTAKYRAAHVFFTDSCPDALFN .::.: : :::. ...:.:.:::. ::: .. :: . ::.::...::: ::: ::: CCDS79 VVENIYKNREPVRQMKALYFITPTSKSVDCFLHDFASKSENKYKAAYIYFTDFCPDNLFN 70 80 90 100 110 120 120 130 140 150 160 170 pF1KE4 ELVKSRAAKVIKTLTEINIAFLPYESQVYSLDSADSFQSFYSPH--KAQMKNPILERLAE . .:. .: :. ::::.:.:.:::::.:: :.: ::: .:. :. :.: .:. CCDS79 K-IKASCSKSIRRCKEINISFIPHESQVYTLDVPDAFYYCYSPDPGNAKGKDAIMETMAD 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 230 pF1KE4 QIATLCATLKEYPAVRYRGEYKDNAL-LAQLIQDKL-DAYKADDPTMGEGPDKARSQLLI ::.:.:::: : :.:::... ::: ::::.. :: : :: :. .. .: :..::::: CCDS79 QIVTVCATLDENPGVRYKSKPLDNASKLAQLVEKKLEDYYKIDEKSLIKG--KTHSQLLI 180 190 200 210 220 230 240 250 260 270 280 290 pF1KE4 LDRGFDPSSPVLHELTFQAMSYDLLPIENDVYKYETSGIGEARVKEVLLDEDDDLWIALR .:::::: : ::::::::::.:::::::::.:::.:.: . ::..:.:.::::. .: CCDS79 IDRGFDPVSTVLHELTFQAMAYDLLPIENDTYKYKTDG----KEKEAILEEEDDLWVRIR 240 250 260 270 280 290 300 310 320 330 340 350 pF1KE4 HKHIAEVSQEVTRSLKDFSSSKRMNTGEKTTMRDLSQMLKKMPQYQKELSKYSTHLHLAE :.::: : .:. . .:..::.:. . : ::.. :.:..::::...:...: .::.::: CCDS79 HRHIAVVLEEIPKLMKEISSTKKATEG-KTSLSALTQLMKKMPHFRKQITKQVVHLNLAE 300 310 320 330 340 350 360 370 380 390 400 410 pF1KE4 DCMKHYQGTVDKLCRVEQDLAMGTDAEGEKIKDPMRAIVPILLDANVSTYDKIRIILLYI :::.... ...:::..:::::.::::::.:.:: ::...:.::. : .. :::: ::::: CCDS79 DCMNKFKLNIEKLCKTEQDLALGTDAEGQKVKDSMRVLLPVLLNKNHDNCDKIRAILLYI 360 370 380 390 400 410 420 430 440 450 460 470 pF1KE4 FLKNGITEENLNKLIQHAQIPPEDSEIITNMAHLGVPIVTDSTLRRRSKPERKERISEQT : :: :::::..:::...: : :..: : ..:::::: .: ...:: ::.: .:.: CCDS79 FSINGTTEENLDRLIQNVKIENE-SDMIRNWSYLGVPIVPQS---QQGKPLRKDRSAEET 420 430 440 450 460 480 490 500 510 520 530 pF1KE4 YQLSRWTPIIKDIMEDTIEDKLDTKHYPYISTRSSASFSTTAVSARYGHWHKNKAPG--E .:::::::.:::::::.:...::.:..:: : .. .. ::::: .: .: . 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CCDS72 GGATYEEALTVYNLNRTTPGVRIVLGGTTVHNTKSFLEEVLASGLHSRSKESSQVTSRSA 390 400 410 420 430 440 CCDS72 SRR >>CCDS944.1 VPS45 gene_id:11311|Hs108|chr1 (570 aa) initn: 221 init1: 102 opt: 293 Z-score: 334.7 bits: 71.9 E(32554): 2.5e-12 Smith-Waterman score: 411; 20.3% identity (56.5% similar) in 582 aa overlap (18-580:11-545) 10 20 30 40 50 pF1KE4 MAPIGLKAVVGEKIMHDVIKKVKKKGE-WKVLVVDQLSMRMLSSCCKMTDIMTEGITIVE . : .. .: :::..:. . ..: ...:. . . . : CCDS94 MNVVFAVKQYISKMIEDSGPGMKVLLMDKETTGIVSMVYTQSEILQKEVYLFE 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 pF1KE4 DINKR-REPLPSLEAVYLITPSEKSVHSLISDFKDPPTAKYRAAHVFFTDSCPDALFNEL :... :: . :.:. .. :....: .:.... : :: ..:.. . . : CCDS94 RIDSQNREIMKHLKAICFLRPTKENVDYIIQELRRP---KYTIYFIYFSNVISKSDVKSL 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 pF1KE4 VKSRAAKVIKTLTEINIAFLPYESQVYSLDSADSFQSF-YSPHKAQMKNPILERLAEQIA ... .:. . :. .. . ...::. :. ..: :: : : .. .. CCDS94 AEADEQEVVAEVQEFYGDYIAVNPHLFSLNILGCCQGRNWDP--AQ-----LSRTTQGLT 120 130 140 150 160 180 190 200 210 220 230 pF1KE4 TLCATLKEYPAVRYRGEYKDNALLAQLIQDKLDA-YKADDPTMGEGPDKARSQLLILDRG .: .::. : .::. . ::. ... . :. . : : :::::: CCDS94 ALLLSLKKCPMIRYQLSSEAAKRLAECVKQVITKEYELFEFRRTEVP----PLLLILDRC 170 180 190 200 210 240 250 260 270 280 290 pF1KE4 FDPSSPVLHELTFQAMSYDLLPIEND-VYKYETSGIGEARVKEVLLD-EDDDLWIALRHK : .:.:.. :.::: ..:: :.:. . .. ::.. ..::.:. :.:... . CCDS94 DDAITPLLNQWTYQAMVHELLGINNNRIDLSRVPGISKD-LREVVLSAENDEFYANNMYL 220 230 240 250 260 270 300 310 320 330 340 350 pF1KE4 HIAEVSQEVTRSLKDFSSSKRMNTGEKTTMRDLSQMLKKMPQYQKELSKYSTHLHLAEDC ..::..... ..::...: . . .. :.. .....::..: . : :. .. . CCDS94 NFAEIGSNIKNLMEDFQKKKPKEQQKLESIADMKAFVENYPQFKKMSGTVSKHVTVVGEL 280 290 300 310 320 330 360 370 380 390 400 410 pF1KE4 MKHY-QGTVDKLCRVEQDLAMGTDAEGEKIKDPMRAIVPILLDANVSTYDKIRIILLYIF . . .. .. .:::.:: .: .. .. : .: . .:. .: :...:: . 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