FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KB5690, 518 aa 1>>>pF1KB5690 518 - 518 aa - 518 aa Library: human.CCDS.faa 18511270 residues in 32554 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.3596+/-0.00091; mu= 13.5679+/- 0.055 mean_var=91.4788+/-18.286, 0's: 0 Z-trim(107.8): 22 B-trim: 3 in 1/50 Lambda= 0.134095 statistics sampled from 9804 (9823) to 9804 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.663), E-opt: 0.2 (0.302), width: 16 Scan time: 3.270 The best scores are: opt bits E(32554) CCDS13668.1 BACE2 gene_id:25825|Hs108|chr21 ( 518) 3437 675.2 4.9e-194 CCDS13670.1 BACE2 gene_id:25825|Hs108|chr21 ( 396) 2503 494.5 9.6e-140 CCDS13669.1 BACE2 gene_id:25825|Hs108|chr21 ( 468) 2149 426.0 4.5e-119 CCDS8383.1 BACE1 gene_id:23621|Hs108|chr11 ( 501) 1535 307.2 2.8e-83 CCDS55787.1 BACE1 gene_id:23621|Hs108|chr11 ( 401) 1288 259.4 5.5e-69 CCDS44740.1 BACE1 gene_id:23621|Hs108|chr11 ( 457) 1043 212.0 1.1e-54 CCDS55786.1 BACE1 gene_id:23621|Hs108|chr11 ( 376) 914 187.0 3.2e-47 CCDS44739.1 BACE1 gene_id:23621|Hs108|chr11 ( 476) 914 187.1 3.9e-47 CCDS44741.1 BACE1 gene_id:23621|Hs108|chr11 ( 432) 913 186.9 4.1e-47 CCDS73013.1 CTSE gene_id:1510|Hs108|chr1 ( 396) 359 79.7 6.9e-15 CCDS4859.1 PGC gene_id:5225|Hs108|chr6 ( 388) 332 74.4 2.5e-13 CCDS30981.1 REN gene_id:5972|Hs108|chr1 ( 406) 318 71.7 1.7e-12 CCDS73012.1 CTSE gene_id:1510|Hs108|chr1 ( 363) 309 70.0 5.2e-12 CCDS12794.1 NAPSA gene_id:9476|Hs108|chr19 ( 420) 296 67.5 3.4e-11 >>CCDS13668.1 BACE2 gene_id:25825|Hs108|chr21 (518 aa) initn: 3437 init1: 3437 opt: 3437 Z-score: 3597.1 bits: 675.2 E(32554): 4.9e-194 Smith-Waterman score: 3437; 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CCDS83 AISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDC 390 400 410 420 430 440 460 470 480 490 500 510 pF1KB5 CVPAQSLSEPILWIVSYALMSVCGAILLVLIVLLLLPFRCQR--RPRDPEVVNDESSLVR . .: : ..:.. ..: :.... . :.. .:: : : . . ..: : : CCDS83 GYNIPQTDESTLMTIAYVMAAIC-ALFMLPLCLMVCQWRCLRCLRQQHDDFADDISLLK 450 460 470 480 490 500 pF1KB5 HRWK >>CCDS55787.1 BACE1 gene_id:23621|Hs108|chr11 (401 aa) initn: 1263 init1: 611 opt: 1288 Z-score: 1352.0 bits: 259.4 E(32554): 5.5e-69 Smith-Waterman score: 1288; 47.6% identity (75.2% similar) in 399 aa overlap (122-512:3-400) 100 110 120 130 140 pF1KB5 YYLEMLIGTPPQKLQILVDTGSSNFAVAGTPHSYIDTYFD--TERSSTYRSKGFDVTVKY : :....: . :::::. : : : CCDS55 MVPFIYLQAHFTLCSGWSSTYRDLRKGVYVPY 10 20 30 150 160 170 180 190 200 pF1KB5 TQGSWTGFVGEDLVTIPKGFNTSFLVNIATIFESENFFLPGIKWNGILGLAYATLAKPSS :::.: : .: :::.::.: :.. .:::.: ::..::. : .:.:::::::: .:.:.. CCDS55 TQGKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDD 40 50 60 70 80 90 210 220 230 240 250 260 pF1KB5 SLETFFDSLVTQANIPNVFSMQMCGAGLPVAGS---GTNGGSLVLGGIEPSLYKGDIWYT ::: :::::: :...::.::.:.::::.:. : .. :::...:::. ::: :..::: CCDS55 SLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGAGFPLNQSEVLASVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYT 100 110 120 130 140 150 270 280 290 300 310 320 pF1KB5 PIKEEWYYQIEILKLEIGGQSLNLDCREYNADKAIVDSGTTLLRLPQKVFDAVVEAVARA ::..::::.. :...::.::.:..::.::: ::.::::::: ::::.:::.:.:... : CCDS55 PIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAA 160 170 180 190 200 210 330 340 350 360 370 380 pF1KB5 SLIPEFSDGFWTGSQLACWTNSETPWSYFPKISIYLRDENSSRSFRITILPQLYIQPMMG : .: :::: : ::.:: . :::. :: ::.:: : ...::::::::: :..:. CCDS55 SSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVED 220 230 240 250 260 270 390 400 410 420 430 440 pF1KB5 AGLNYE-CYRFGISPSTNALVIGATVMEGFYVIFDRAQKRVGFAASPCAEIAGAAVSEIS .. . . ::.:.:: :... :.::..::::::.::::.::.:::.: : .. . CCDS55 VATSQDDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVE 280 290 300 310 320 330 450 460 470 480 490 500 pF1KB5 GPFSTEDVASNCVPAQSLSEPILWIVSYALMSVCGAILLVLIVLLLLPFRCQR--RPRDP ::: : :. . . .: : ..:.. ..: :.... . :.. .:: : : . CCDS55 GPFVTLDMEDCGYNIPQTDESTLMTIAYVMAAIC-ALFMLPLCLMVCQWRCLRCLRQQHD 340 350 360 370 380 390 510 pF1KB5 EVVNDESSLVRHRWK . ..: : : CCDS55 DFADDISLLK 400 >>CCDS44740.1 BACE1 gene_id:23621|Hs108|chr11 (457 aa) initn: 1340 init1: 611 opt: 1043 Z-score: 1094.9 bits: 212.0 E(32554): 1.1e-54 Smith-Waterman score: 1279; 44.2% identity (68.8% similar) in 448 aa overlap (71-512:54-456) 50 60 70 80 90 100 pF1KB5 RVVAPTPGPGTPAERHADGLALALEPALASPAGAANFLAMVDNLQGDSGRGYYLEMLIGT :. ..:. :::::.: ::.:::.:: .:. CCDS44 HGIRLPLRSGLGGAPLGLRLPRETDEEPEEPGRRGSFVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGS 30 40 50 60 70 80 110 120 130 140 150 160 pF1KB5 PPQKLQILVDTGSSNFAVAGTPHSYIDTYFDTERSSTYRSKGFDVTVKYTQGSWTGFVGE ::: :.::::::::::::...:: .. :.. . :::::. : : ::::.: : .: CCDS44 PPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGT 90 100 110 120 130 140 170 180 190 200 210 220 pF1KB5 DLVTIPKGFNTSFLVNIATIFESENFFLPGIKWNGILGLAYATLAKPSSSLETFFDSLVT :: :..::: :::::: CCDS44 DL--------------------------------------------PDDSLEPFFDSLVK 150 230 240 250 260 270 pF1KB5 QANIPNVFSMQMCGAGLPVAGS---GTNGGSLVLGGIEPSLYKGDIWYTPIKEEWYYQIE :...::.::.:.::::.:. : .. :::...:::. ::: :..:::::..::::.. CCDS44 QTHVPNLFSLQLCGAGFPLNQSEVLASVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVI 160 170 180 190 200 210 280 290 300 310 320 330 pF1KB5 ILKLEIGGQSLNLDCREYNADKAIVDSGTTLLRLPQKVFDAVVEAVARASLIPEFSDGFW :...::.::.:..::.::: ::.::::::: ::::.:::.:.:... :: .: :::: CCDS44 IVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFW 220 230 240 250 260 270 340 350 360 370 380 390 pF1KB5 TGSQLACWTNSETPWSYFPKISIYLRDENSSRSFRITILPQLYIQPMMGAGLNYE-CYRF : ::.:: . :::. :: ::.:: : ...::::::::: :..:. .. . . ::.: CCDS44 LGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVEDVATSQDDCYKF 280 290 300 310 320 330 400 410 420 430 440 450 pF1KB5 GISPSTNALVIGATVMEGFYVIFDRAQKRVGFAASPCAEIAGAAVSEISGPFSTEDVASN .:: :... :.::..::::::.::::.::.:::.: : .. . ::: : :. . 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CCDS44 HGIRLPLRSGLGGAPLGLRLPRETDEEPEEPGRRGSFVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGS 30 40 50 60 70 80 110 120 130 140 150 160 pF1KB5 PPQKLQILVDTGSSNFAVAGTPHSYIDTYFDTERSSTYRSKGFDVTVKYTQGSWTGFVGE ::: :.::::::::::::...:: .. :.. . :::::. : : ::::.: : .: CCDS44 PPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGT 90 100 110 120 130 140 170 180 190 200 210 220 pF1KB5 DLVTIPKGFNTSFLVNIATIFESENFFLPGIKWNGILGLAYATLAKPSSSLETFFDSLVT :: CCDS44 DL---------------------------------------------------------- 230 240 250 260 270 pF1KB5 QANIPNVFSMQMCGAGLPVAGS---GTNGGSLVLGGIEPSLYKGDIWYTPIKEEWYYQIE .::::.:. : .. :::...:::. ::: :..:::::..::::.. CCDS44 -----------LCGAGFPLNQSEVLASVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVI 150 160 170 180 190 280 290 300 310 320 330 pF1KB5 ILKLEIGGQSLNLDCREYNADKAIVDSGTTLLRLPQKVFDAVVEAVARASLIPEFSDGFW :...::.::.:..::.::: ::.::::::: ::::.:::.:.:... :: .: :::: CCDS44 IVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFW 200 210 220 230 240 250 340 350 360 370 380 390 pF1KB5 TGSQLACWTNSETPWSYFPKISIYLRDENSSRSFRITILPQLYIQPMMGAGLNYE-CYRF : ::.:: . :::. :: ::.:: : ...::::::::: :..:. .. . . ::.: CCDS44 LGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVEDVATSQDDCYKF 260 270 280 290 300 310 400 410 420 430 440 450 pF1KB5 GISPSTNALVIGATVMEGFYVIFDRAQKRVGFAASPCAEIAGAAVSEISGPFSTEDVASN .:: :... :.::..::::::.::::.::.:::.: : .. . ::: : :. . 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CCDS73 YCTSPACKTHSRFQPSQSSTYSQPGQSFSIQYGTGSLSGIIGADQVSV-EGLTVVGQQFG 110 120 130 140 150 160 180 190 200 210 220 230 pF1KB5 ATIFESENFFLPGIKWNGILGLAYATLAKPSSSLETFFDSLVTQ--ANIPNVFSMQMCGA .. : . :. . ...:::::.: .:: ... ::....: ...: .::. : . CCDS73 ESVTEPGQTFVDA-EFDGILGLGYPSLA--VGGVTPVFDNMMAQNLVDLP-MFSVYMSSN 170 180 190 200 210 220 240 250 260 270 280 290 pF1KB5 GLPVAGSGTNGGSLVLGGIEPSLYKGDIWYTPIKEEWYYQIEILKLEIGGQSLNLDCREY : .:.:.. :..:: . : ..:.. ..:. .. :.:: . ....:: . : : CCDS73 --PEGGAGSE---LIFGGYDHSHFSGSLNWVPVTKQAYWQIALDNIQVGGTVMF--CSE- 230 240 250 260 270 300 310 320 330 340 350 pF1KB5 NADKAIVDSGTTLLRLPQKVFDAVVEAVARASLIPEFSDGFWTGSQL--ACWTNSETPWS . .::::.::.:. :. . . .:.. : . :.. . . . . .: . .:.. CCDS73 -GCQAIVDTGTSLITGPSDKIKQLQNAIGAAPVDGEYAVECANLNVMPDVTFTINGVPYT 280 290 300 310 320 330 360 370 380 390 400 410 pF1KB5 YFPKISIYLRDENSSRSFRITILPQLYIQPMMGAGLNYECYRFGISPSTNALVIGATVME : . : : .. .: . . : :.: :. ..: . .. CCDS73 LSPT-AYTLLDFVDGMQFCSSGFQGLDIHP----------------PAGPLWILGDVFIR 340 350 360 370 420 430 440 450 460 470 pF1KB5 GFYVIFDRAQKRVGFA-ASPCAEIAGAAVSEISGPFSTEDVASNCVPAQSLSEPILWIVS :: .:::...:::.: : : CCDS73 QFYSVFDRGNNRVGLAPAVP 380 390 518 residues in 1 query sequences 18511270 residues in 32554 library sequences Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc) start: Mon Nov 7 01:24:58 2016 done: Mon Nov 7 01:24:59 2016 Total Scan time: 3.270 Total Display time: 0.070 Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]