FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KE1053, 376 aa 1>>>pF1KE1053 376 - 376 aa - 376 aa Library: human.CCDS.faa 18511270 residues in 32554 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 8.3191+/-0.000921; mu= 5.7723+/- 0.055 mean_var=253.9818+/-51.577, 0's: 0 Z-trim(115.3): 928 B-trim: 0 in 0/52 Lambda= 0.080477 statistics sampled from 14857 (15851) to 14857 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.79), E-opt: 0.2 (0.487), width: 16 Scan time: 2.560 The best scores are: opt bits E(32554) CCDS6398.1 GLI4 gene_id:2738|Hs108|chr8 ( 376) 2714 327.7 1e-89 CCDS43619.1 ZNF3 gene_id:7551|Hs108|chr7 ( 446) 1009 129.8 4.6e-30 CCDS74472.1 ZNF135 gene_id:7694|Hs108|chr19 ( 616) 993 128.1 2.1e-29 CCDS74471.1 ZNF135 gene_id:7694|Hs108|chr19 ( 658) 993 128.1 2.1e-29 CCDS12970.2 ZNF135 gene_id:7694|Hs108|chr19 ( 670) 993 128.1 2.2e-29 CCDS54329.1 ZNF135 gene_id:7694|Hs108|chr19 ( 682) 993 128.2 2.2e-29 CCDS69562.1 ZNF34 gene_id:80778|Hs108|chr8 ( 539) 972 125.6 1e-28 CCDS55282.1 ZNF250 gene_id:58500|Hs108|chr8 ( 555) 972 125.6 1e-28 CCDS47945.1 ZNF34 gene_id:80778|Hs108|chr8 ( 560) 972 125.6 1e-28 CCDS34972.1 ZNF250 gene_id:58500|Hs108|chr8 ( 560) 972 125.6 1e-28 CCDS74346.1 ZNF566 gene_id:84924|Hs108|chr19 ( 314) 966 124.7 1.1e-28 CCDS12494.1 ZNF566 gene_id:84924|Hs108|chr19 ( 418) 966 124.8 1.4e-28 CCDS46061.1 ZNF566 gene_id:84924|Hs108|chr19 ( 419) 966 124.8 1.4e-28 CCDS62707.1 ZNF180 gene_id:7733|Hs108|chr19 ( 665) 969 125.4 1.5e-28 CCDS62708.1 ZNF180 gene_id:7733|Hs108|chr19 ( 667) 969 125.4 1.5e-28 CCDS12639.1 ZNF180 gene_id:7733|Hs108|chr19 ( 692) 969 125.4 1.5e-28 CCDS6437.1 ZNF16 gene_id:7564|Hs108|chr8 ( 682) 966 125.0 1.9e-28 CCDS69664.1 ZNF79 gene_id:7633|Hs108|chr9 ( 474) 960 124.2 2.5e-28 CCDS10329.2 ZSCAN2 gene_id:54993|Hs108|chr15 ( 614) 962 124.5 2.5e-28 CCDS6871.1 ZNF79 gene_id:7633|Hs108|chr9 ( 498) 960 124.2 2.5e-28 CCDS12501.1 ZNF383 gene_id:163087|Hs108|chr19 ( 475) 959 124.0 2.7e-28 CCDS4645.1 ZKSCAN8 gene_id:7745|Hs108|chr6 ( 578) 957 123.9 3.6e-28 CCDS12498.1 ZNF420 gene_id:147923|Hs108|chr19 ( 688) 956 123.9 4.3e-28 CCDS2719.1 ZNF502 gene_id:91392|Hs108|chr3 ( 544) 952 123.3 5.1e-28 CCDS32991.1 ZNF599 gene_id:148103|Hs108|chr19 ( 588) 949 123.0 6.9e-28 CCDS75904.1 ZNF79 gene_id:7633|Hs108|chr9 ( 364) 945 122.3 6.9e-28 CCDS45852.1 ZNF397 gene_id:84307|Hs108|chr18 ( 534) 945 122.5 8.9e-28 CCDS233.1 ZNF436 gene_id:80818|Hs108|chr1 ( 470) 943 122.2 9.6e-28 CCDS6399.1 ZNF696 gene_id:79943|Hs108|chr8 ( 374) 940 121.7 1e-27 CCDS11067.1 ZFP3 gene_id:124961|Hs108|chr17 ( 502) 942 122.1 1.1e-27 CCDS12497.1 ZNF345 gene_id:25850|Hs108|chr19 ( 488) 941 122.0 1.2e-27 CCDS2715.1 ZKSCAN7 gene_id:55888|Hs108|chr3 ( 754) 943 122.4 1.3e-27 CCDS44344.1 ZNF695 gene_id:57116|Hs108|chr1 ( 515) 936 121.4 1.8e-27 CCDS76895.1 ZNF23 gene_id:7571|Hs108|chr16 ( 585) 937 121.6 1.8e-27 CCDS10900.1 ZNF23 gene_id:7571|Hs108|chr16 ( 643) 937 121.6 1.9e-27 CCDS45463.1 ZNF629 gene_id:23361|Hs108|chr16 ( 869) 939 122.0 2e-27 CCDS82413.1 ZNF544 gene_id:27300|Hs108|chr19 ( 687) 936 121.5 2.2e-27 CCDS12973.1 ZNF544 gene_id:27300|Hs108|chr19 ( 715) 936 121.6 2.2e-27 CCDS2708.1 ZNF662 gene_id:389114|Hs108|chr3 ( 426) 930 120.6 2.6e-27 CCDS46807.1 ZNF662 gene_id:389114|Hs108|chr3 ( 452) 930 120.6 2.7e-27 CCDS47931.1 ZNF623 gene_id:9831|Hs108|chr8 ( 496) 930 120.7 2.8e-27 CCDS34957.1 ZNF623 gene_id:9831|Hs108|chr8 ( 536) 930 120.7 3e-27 CCDS47352.1 ZNF879 gene_id:345462|Hs108|chr5 ( 563) 930 120.8 3.1e-27 CCDS47944.1 ZNF251 gene_id:90987|Hs108|chr8 ( 671) 930 120.8 3.5e-27 CCDS32797.1 ZNF519 gene_id:162655|Hs108|chr18 ( 540) 927 120.4 3.8e-27 CCDS12945.1 ZNF471 gene_id:57573|Hs108|chr19 ( 626) 928 120.6 3.9e-27 CCDS6787.1 ZFP37 gene_id:7539|Hs108|chr9 ( 630) 927 120.5 4.2e-27 CCDS65109.1 ZFP37 gene_id:7539|Hs108|chr9 ( 631) 927 120.5 4.2e-27 CCDS65110.1 ZFP37 gene_id:7539|Hs108|chr9 ( 645) 927 120.5 4.3e-27 CCDS58523.1 ZNF286B gene_id:729288|Hs108|chr17 ( 522) 923 119.9 5.1e-27 >>CCDS6398.1 GLI4 gene_id:2738|Hs108|chr8 (376 aa) initn: 2714 init1: 2714 opt: 2714 Z-score: 1724.0 bits: 327.7 E(32554): 1e-89 Smith-Waterman score: 2714; 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CCDS54 GEKPYKCTQCGRTFNQIAPLIQHQRTHTGEKPYECSECGKSF-SFRSSFSQHERTHTGEK 290 300 310 320 330 340 160 170 180 190 200 210 pF1KE1 PERAAELGVNFGRSRQGSAR-----GAKPHRCEACGKSFKYNSLLLKHQRIHTGEKPYAC : . .: : : .: . . . : ::..: :::.:...: : :::::::::::: : CCDS54 PYECSECGKAFRQSIHLTQHLRIHTGEKPYQCGECGKAFSHSSSLTKHQRIHTGEKPYEC 350 360 370 380 390 400 220 230 240 250 260 270 pF1KE1 HECGKRFRGWSGFIQHHRIHTGEKPYECGQCGRAFSHSSHFTQHLRIHNGEKPYKCGECG ::::: : . .:::.: ::::::::::.::.:::.:. .:.: :::.::::: :.::: CCDS54 HECGKAFTQITPLIQHQRTHTGEKPYECGECGKAFSQSTLLTEHRRIHTGEKPYGCNECG 410 420 430 440 450 460 280 290 300 310 320 330 pF1KE1 QAFSQSSNLVRHQRLHTGEKPYACSQCGKAFIWSSVLIEHQRIHTGEKPYECSDCGKAFR ..::.::.: .:.: ::::::: :::::::: :. : .:::::::::::::.:::::: CCDS54 KTFSHSSSLSQHERTHTGEKPYECSQCGKAFRQSTHLTQHQRIHTGEKPYECNDCGKAFS 470 480 490 500 510 520 340 350 360 370 pF1KE1 GRSHFFRHLRTHTGEKPFACGACGKAFGQSSQLIQHQRVHYRE : . .: : ::::::. :. ::.::.: . ::::::.: : CCDS54 HSSSLTKHQRIHTGEKPYECNQCGRAFSQLAPLIQHQRIHTGEKPYECNQCGRAFSQSSL 530 540 550 560 570 580 CCDS54 LIEHQRIHTKEKPYGCNECGKSFSHSSSLSQHERTHTGEKPYECHDCGKSFRQSTHLTQH 590 600 610 620 630 640 >-- initn: 542 init1: 542 opt: 542 Z-score: 358.0 bits: 75.8 E(32554): 1.3e-13 Smith-Waterman score: 542; 64.2% identity (84.4% similar) in 109 aa overlap (265-373:572-680) 240 250 260 270 280 290 pF1KE1 GEKPYECGQCGRAFSHSSHFTQHLRIHNGEKPYKCGECGQAFSQSSNLVRHQRLHTGEKP :::.:..::.:::::: :..:::.:: ::: CCDS54 GEKPYECNQCGRAFSQLAPLIQHQRIHTGEKPYECNQCGRAFSQSSLLIEHQRIHTKEKP 550 560 570 580 590 600 300 310 320 330 340 350 pF1KE1 YACSQCGKAFIWSSVLIEHQRIHTGEKPYECSDCGKAFRGRSHFFRHLRTHTGEKPFACG :.:..:::.: :: : .:.: ::::::::: ::::.:: .:. .: : ::::::.:: CCDS54 YGCNECGKSFSHSSSLSQHERTHTGEKPYECHDCGKSFRQSTHLTQHRRIHTGEKPYACR 610 620 630 640 650 660 360 370 pF1KE1 ACGKAFGQSSQLIQHQRVHYRE ::::: .::.: .:::.: CCDS54 DCGKAFTHSSSLTKHQRTHTG 670 680 >>CCDS69562.1 ZNF34 gene_id:80778|Hs108|chr8 (539 aa) initn: 1840 init1: 945 opt: 972 Z-score: 629.1 bits: 125.6 E(32554): 1e-28 Smith-Waterman score: 983; 41.5% identity (63.8% similar) in 390 aa overlap (3-376:94-479) 10 20 30 pF1KE1 MAALGDIQESPSVPSPVSLSSPGTPGTQHHEP ::: : . : .. : : :: CCDS69 VISQLERGDEPWVLDVQGTSGKEHLRVNSPALGTRTEYKELTSQETF---GEEDPQGSEP 70 80 90 100 110 120 40 50 60 70 80 pF1KE1 QLHLHGHQHGSPGSSPKVLSQ--PSDLDLQDVEEVEIGRDTFWPDSEPKPEQAPRSPG-- .. : : :: :.. : : . : . : . . .. :.: :.: :.. CCDS69 -VEACDHISKSEGSLEKLVEQRGPRAVTLTNGESSRESGGNLRLLSRPVPDQRPHKCDIC 130 140 150 160 170 90 100 110 120 130 140 pF1KE1 SQAPDEGAG-GALRSLLRSLPRRARCSAG--FGPESSAERPAGQPPGAV--PCAQPRGAW :. .. . . . . :: . ..: :. . ... : : :. .. CCDS69 EQSFEQRSYLNNHKRVHRSKKTNTVRNSGEIFSANLVVKEDQKIPTGKKLHYCSYCGKTF 180 190 200 210 220 230 150 160 170 180 190 pF1KE1 RVT--LVQQAAAGPEGAPERAAELGVNFGRS-----RQGSARGAKPHRCEACGKSFKYNS : . ::.. : : . : : :..: .. : :.::. :::.: CCDS69 RYSANLVKHQRLHTEEKPYKCDECGKAFSQSCEFINHRRMHSGEIPYRCDECGKTFTRRP 240 250 260 270 280 290 200 210 220 230 240 250 pF1KE1 LLLKHQRIHTGEKPYACHECGKRFRGWSGFIQHHRIHTGEKPYECGQCGRAFSHSSHFTQ :.:::::::::::: : ::::.: ..:..: :.:::::::::.:..::.::: .: . . 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