FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KE0732, 420 aa 1>>>pF1KE0732 420 - 420 aa - 420 aa Library: human.CCDS.faa 18511270 residues in 32554 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 7.6828+/-0.000901; mu= 9.0160+/- 0.054 mean_var=215.7421+/-45.485, 0's: 0 Z-trim(113.6): 96 B-trim: 0 in 0/50 Lambda= 0.087319 statistics sampled from 14152 (14252) to 14152 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.761), E-opt: 0.2 (0.438), width: 16 Scan time: 2.500 The best scores are: opt bits E(32554) CCDS3593.1 HNRNPDL gene_id:9987|Hs108|chr4 ( 420) 2873 374.4 1.1e-103 CCDS75153.1 HNRNPDL gene_id:9987|Hs108|chr4 ( 363) 2305 302.8 3.6e-82 CCDS3591.1 HNRNPD gene_id:3184|Hs108|chr4 ( 336) 1263 171.5 1.1e-42 CCDS34309.1 HNRNPAB gene_id:3182|Hs108|chr5 ( 332) 1205 164.2 1.7e-40 CCDS3592.1 HNRNPD gene_id:3184|Hs108|chr4 ( 355) 1205 164.2 1.8e-40 CCDS34310.1 HNRNPAB gene_id:3182|Hs108|chr5 ( 285) 1016 140.3 2.3e-33 CCDS3590.1 HNRNPD gene_id:3184|Hs108|chr4 ( 306) 988 136.8 2.8e-32 CCDS43557.1 HNRNPA2B1 gene_id:3181|Hs108|chr7 ( 353) 669 96.7 3.8e-20 CCDS5397.1 HNRNPA2B1 gene_id:3181|Hs108|chr7 ( 341) 667 96.4 4.5e-20 CCDS31980.1 HNRNPA1L2 gene_id:144983|Hs108|chr13 ( 320) 662 95.7 6.6e-20 CCDS2273.1 HNRNPA3 gene_id:220988|Hs108|chr2 ( 378) 661 95.7 8.1e-20 CCDS82536.1 HNRNPA3 gene_id:220988|Hs108|chr2 ( 356) 659 95.4 9.3e-20 CCDS44909.1 HNRNPA1 gene_id:3178|Hs108|chr12 ( 372) 659 95.4 9.5e-20 CCDS41793.1 HNRNPA1 gene_id:3178|Hs108|chr12 ( 320) 648 94.0 2.3e-19 CCDS11596.1 MSI2 gene_id:124540|Hs108|chr17 ( 328) 623 90.8 2e-18 CCDS82168.1 MSI2 gene_id:124540|Hs108|chr17 ( 324) 594 87.2 2.5e-17 CCDS4193.1 HNRNPA0 gene_id:10949|Hs108|chr5 ( 305) 588 86.4 4.1e-17 CCDS11597.1 MSI2 gene_id:124540|Hs108|chr17 ( 251) 581 85.4 6.6e-17 CCDS9196.1 MSI1 gene_id:4440|Hs108|chr12 ( 362) 550 81.7 1.3e-15 >>CCDS3593.1 HNRNPDL gene_id:9987|Hs108|chr4 (420 aa) initn: 2873 init1: 2873 opt: 2873 Z-score: 1974.7 bits: 374.4 E(32554): 1.1e-103 Smith-Waterman score: 2873; 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CCDS34 DLKDYFTKFGEVVDCTIKMDPNTGRSRGFGFILFKDAASVEKVLDQKEHRLDGRVIDPKK 90 100 110 120 130 140 230 240 250 260 270 280 pF1KE0 AKALKGKEPPKKVFVGGLSPDTSEEQIKEYFGAFGEIENIELPMDTKTNERRGFCFITYT : :.: :.: ::.:::::.:...::.:.:::: ::::: :::::: : :.:::: :::. CCDS34 AMAMK-KDPVKKIFVGGLNPEATEEKIREYFGEFGEIEAIELPMDPKLNKRRGFVFITFK 150 160 170 180 190 200 290 300 310 320 330 340 pF1KE0 DEEPVKKLLESRYHQIGSGKCEIKVAQPKEVYRQQQQQQKGGRGAAA-GGRG-GTRGRGR .::::::.::...: ....::::::::::::: :::: .:::: :.:: : : : CCDS34 EEEPVKKVLEKKFHTVSGSKCEIKVAQPKEVY-QQQQYGSGGRGNRNRGNRGSGGGGGGG 210 220 230 240 250 260 350 360 370 380 390 400 pF1KE0 GQGQNWNQGFNNYYDQGYGNYNSAYGGDQNYSGYGGYDYTGYNYGNYGYGQGYADYSGQQ ::.:.::::..::..:::: :...:: :::::::. :.: :::: :: ::: . CCDS34 GQSQSWNQGYGNYWNQGYG-YQQGYG-----PGYGGYDYSPYGY--YGYGPGY-DYSQGS 270 280 290 300 310 410 420 pF1KE0 STYGKASRGGGNHQNNYQPY ..:::..: :: :::::.:: CCDS34 TNYGKSQRRGG-HQNNYKPY 320 330 >>CCDS3592.1 HNRNPD gene_id:3184|Hs108|chr4 (355 aa) initn: 1420 init1: 962 opt: 1205 Z-score: 840.0 bits: 164.2 E(32554): 1.8e-40 Smith-Waterman score: 1312; 65.5% identity (83.4% similar) in 307 aa overlap (133-420:63-355) 110 120 130 140 pF1KE0 AATRTARQHPPADSSVTMEDMNEYSNIEEFAEGSKINASKNQQDDG-------------- .::.::.::::..:.: CCDS35 ATQGAAAAAGSGAGTGGGTASGGTEGGSAESEGAKIDASKNEEDEGHSNSSPRHSEAATA 40 50 60 70 80 90 150 160 170 180 190 200 pF1KE0 -----KMFIGGLSWDTSKKDLTEYLSRFGEVVDCTIKTDPVTGRSRGFGFVLFKDAASVD :::::::::::.:::: .:.:.::::::::.: ::.:::::::::::::.. ::: CCDS35 QREEWKMFIGGLSWDTTKKDLKDYFSKFGEVVDCTLKLDPITGRSRGFGFVLFKESESVD 100 110 120 130 140 150 210 220 230 240 250 260 pF1KE0 KVLELKEHKLDGKLIDPKRAKALKGKEPPKKVFVGGLSPDTSEEQIKEYFGAFGEIENIE ::.. :::::.::.::::::::.: ::: ::.::::::::: ::.:.::::.:::.:.:: CCDS35 KVMDQKEHKLNGKVIDPKRAKAMKTKEPVKKIFVGGLSPDTPEEKIREYFGGFGEVESIE 160 170 180 190 200 210 270 280 290 300 310 320 pF1KE0 LPMDTKTNERRGFCFITYTDEEPVKKLLESRYHQIGSGKCEIKVAQPKEVYRQQQQQQKG ::::.:::.::::::::. .::::::..:..::..: .:::::::. :: : ::::: : CCDS35 LPMDNKTNKRRGFCFITFKEEEPVKKIMEKKYHNVGLSKCEIKVAMSKEQY--QQQQQWG 220 230 240 250 260 270 330 340 350 360 370 380 pF1KE0 GRGAAAGGRGGTRGRGRGQGQNWNQGFNNYYDQGYGNYNSAYGGDQNYSGYGGYDYTGYN .::. :: : .:::: : .::::::..::..:::::: .:.. :.:.::::::::::: CCDS35 SRGGFAG-R--ARGRGGGPSQNWNQGYSNYWNQGYGNY--GYNS-QGYGGYGGYDYTGYN 280 290 300 310 320 390 400 410 420 pF1KE0 YGNYGYGQGYADYSGQQSTYGKASRGGGNHQNNYQPY . :::: :::.::: :::.:: :: :::.:.:: CCDS35 -NYYGYG----DYSNQQSGYGKVSRRGG-HQNSYKPY 330 340 350 >>CCDS34310.1 HNRNPAB gene_id:3182|Hs108|chr5 (285 aa) initn: 986 init1: 513 opt: 1016 Z-score: 712.4 bits: 140.3 E(32554): 2.3e-33 Smith-Waterman score: 1016; 65.0% identity (83.8% similar) in 234 aa overlap (133-365:55-282) 110 120 130 140 150 160 pF1KE0 AATRTARQHPPADSSVTMEDMNEYSNIEEFAEGSKINASKNQQDDGKMFIGGLSWDTSKK :::..::::::..: ::::.:::::::::: CCDS34 EGESPAGAGTGAAAGAGGATAAPPSGNQNGAEGDQINASKNEEDAGKMFVGGLSWDTSKK 30 40 50 60 70 80 170 180 190 200 210 220 pF1KE0 DLTEYLSRFGEVVDCTIKTDPVTGRSRGFGFVLFKDAASVDKVLELKEHKLDGKLIDPKR :: .:...:::::::::: :: :::::::::.::::::::.:::. :::.:::..::::. CCDS34 DLKDYFTKFGEVVDCTIKMDPNTGRSRGFGFILFKDAASVEKVLDQKEHRLDGRVIDPKK 90 100 110 120 130 140 230 240 250 260 270 280 pF1KE0 AKALKGKEPPKKVFVGGLSPDTSEEQIKEYFGAFGEIENIELPMDTKTNERRGFCFITYT : :.: :.: ::.:::::.:...::.:.:::: ::::: :::::: : :.:::: :::. CCDS34 AMAMK-KDPVKKIFVGGLNPEATEEKIREYFGEFGEIEAIELPMDPKLNKRRGFVFITFK 150 160 170 180 190 200 290 300 310 320 330 340 pF1KE0 DEEPVKKLLESRYHQIGSGKCEIKVAQPKEVYRQQQQQQKGGRGAAAGGRGGTRGRGRGQ .::::::.::...: ....::::::::::::: :::: .:::: : :. : : : CCDS34 EEEPVKKVLEKKFHTVSGSKCEIKVAQPKEVY-QQQQYGSGGRGNRNRGNRGSGGGGGGG 210 220 230 240 250 260 350 360 370 380 390 400 pF1KE0 GQNWNQGFNNY-YDQGYGNYNSAYGGDQNYSGYGGYDYTGYNYGNYGYGQGYADYSGQQS :: : .:: .: :.... : CCDS34 GQ----GSTNYGKSQRRGGHQNNYKPY 270 280 >>CCDS3590.1 HNRNPD gene_id:3184|Hs108|chr4 (306 aa) initn: 1107 init1: 934 opt: 988 Z-score: 693.0 bits: 136.8 E(32554): 2.8e-32 Smith-Waterman score: 1007; 60.8% identity (80.4% similar) in 250 aa overlap (133-363:63-302) 110 120 130 140 pF1KE0 AATRTARQHPPADSSVTMEDMNEYSNIEEFAEGSKINASKNQQDDG-------------- .::.::.::::..:.: CCDS35 ATQGAAAAAGSGAGTGGGTASGGTEGGSAESEGAKIDASKNEEDEGHSNSSPRHSEAATA 40 50 60 70 80 90 150 160 170 180 190 200 pF1KE0 -----KMFIGGLSWDTSKKDLTEYLSRFGEVVDCTIKTDPVTGRSRGFGFVLFKDAASVD :::::::::::.:::: .:.:.::::::::.: ::.:::::::::::::.. ::: CCDS35 QREEWKMFIGGLSWDTTKKDLKDYFSKFGEVVDCTLKLDPITGRSRGFGFVLFKESESVD 100 110 120 130 140 150 210 220 230 240 250 260 pF1KE0 KVLELKEHKLDGKLIDPKRAKALKGKEPPKKVFVGGLSPDTSEEQIKEYFGAFGEIENIE ::.. :::::.::.::::::::.: ::: ::.::::::::: ::.:.::::.:::.:.:: CCDS35 KVMDQKEHKLNGKVIDPKRAKAMKTKEPVKKIFVGGLSPDTPEEKIREYFGGFGEVESIE 160 170 180 190 200 210 270 280 290 300 310 320 pF1KE0 LPMDTKTNERRGFCFITYTDEEPVKKLLESRYHQIGSGKCEIKVAQPKEVYRQQQQQQKG ::::.:::.::::::::. .::::::..:..::..: .:::::::. :: :.:::: CCDS35 LPMDNKTNKRRGFCFITFKEEEPVKKIMEKKYHNVGLSKCEIKVAMSKEQYQQQQQW--- 220 230 240 250 260 330 340 350 360 370 380 pF1KE0 GRGAAAGGRGGTRGRGRGQGQNWNQGFNNYYDQGYGNYNSAYGGDQNYSGYGGYDYTGYN :.::: ::.::.: . ..:... .: :. :: CCDS35 ------GSRGGFAGRARGRGGDQQSGYGKVSRRG-GHQNSYKPY 270 280 290 300 390 400 410 420 pF1KE0 YGNYGYGQGYADYSGQQSTYGKASRGGGNHQNNYQPY >>CCDS43557.1 HNRNPA2B1 gene_id:3181|Hs108|chr7 (353 aa) initn: 354 init1: 306 opt: 669 Z-score: 475.1 bits: 96.7 E(32554): 3.8e-20 Smith-Waterman score: 670; 35.3% identity (69.9% similar) in 306 aa overlap (129-420:1-303) 100 110 120 130 140 150 pF1KE0 AAAAAATRTARQHPPADSSVTMEDMNEYSNIEEFAEGSKINASKNQQDD-GKMFIGGLSW .:. : .. .: .... :.::::::. CCDS43 MEKTLETVPLERKKREKEQFRKLFIGGLSF 10 20 30 160 170 180 190 200 210 pF1KE0 DTSKKDLTEYLSRFGEVVDCTIKTDPVTGRSRGFGFVLFKDAASVDKVLELKEHKLDGKL .:....: .: ..:...::.. ::.. :::::::: :.. : :: .. . :..::.. CCDS43 ETTEESLRNYYEQWGKLTDCVVMRDPASKRSRGFGFVTFSSMAEVDAAMAARPHSIDGRV 40 50 60 70 80 90 220 230 240 250 260 270 pF1KE0 IDPKRAKALKGKEPP------KKVFVGGLSPDTSEEQIKEYFGAFGEIENIELPMDTKTN ..:::: : . . : ::.::::.. :: :.....:: .:.:..::. : ... 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CCDS31 REDSQRPGAHLTVKKIFVGGIKEDTEEHHLRDYFEQYGKIEVIEIMTDRGSGKKRGFAFV 100 110 120 130 140 150 280 290 300 310 320 330 pF1KE0 TYTDEEPVKKLLESRYHQIGSGKCEIKVAQPKEVYRQQQQQQKGGRGAAAGGRGGTRGRG :. :.. : :.. ..:: . . .::.. : ::. . . ...:.: ::. :. :: :: : CCDS31 TFDDHDSVDKIVIQKYHTVKGHNCEVRKALPKQEMASASSSQRGRRGS--GNFGGGRGDG 160 170 180 190 200 340 350 360 370 380 390 pF1KE0 RGQGQNWNQGFNNYYDQGYGNY--NSAYGGDQNYSGYGGYDYTGYNYGNYGYGQGYADYS : ..:...: : :.:. ...:::. . ::.:. : :.:. : . ...:. CCDS31 FGGNDNFGRGGNFSGRGGFGGSCGGGGYGGSGD--GYNGFGNDGSNFGGGGSYNDFGNYN 210 220 230 240 250 260 400 410 420 pF1KE0 GQQSTYGKASRGGGNHQNNYQPY .:.:..: .::. . :: CCDS31 NQSSNFGPM-KGGNFGGRSSGPYGGGGQYFAKPQNQGGYGVSSSSSSYGSGRRF 270 280 290 300 310 320 420 residues in 1 query sequences 18511270 residues in 32554 library sequences Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc) start: Tue Nov 8 01:25:04 2016 done: Tue Nov 8 01:25:04 2016 Total Scan time: 2.500 Total Display time: 0.030 Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]