FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KE6447, 506 aa 1>>>pF1KE6447 506 - 506 aa - 506 aa Library: human.CCDS.faa 18511270 residues in 32554 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.1527+/-0.00101; mu= 19.2103+/- 0.060 mean_var=62.0316+/-12.198, 0's: 0 Z-trim(103.1): 25 B-trim: 42 in 1/50 Lambda= 0.162842 statistics sampled from 7231 (7243) to 7231 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.599), E-opt: 0.2 (0.222), width: 16 Scan time: 2.480 The best scores are: opt bits E(32554) CCDS4238.1 HARS2 gene_id:23438|Hs108|chr5 ( 506) 3359 798.1 0 CCDS64267.1 HARS2 gene_id:23438|Hs108|chr5 ( 481) 2950 702.0 3.9e-202 CCDS4237.1 HARS gene_id:3035|Hs108|chr5 ( 509) 2466 588.3 6.9e-168 CCDS58976.1 HARS gene_id:3035|Hs108|chr5 ( 469) 2210 528.1 8.2e-150 CCDS75324.1 HARS gene_id:3035|Hs108|chr5 ( 435) 1816 435.5 5.6e-122 CCDS75323.1 HARS gene_id:3035|Hs108|chr5 ( 395) 1815 435.3 6.1e-122 CCDS58977.1 HARS gene_id:3035|Hs108|chr5 ( 449) 1815 435.3 6.8e-122 CCDS58978.1 HARS gene_id:3035|Hs108|chr5 ( 489) 1815 435.3 7.3e-122 CCDS42016.1 EIF2AK4 gene_id:440275|Hs108|chr15 (1649) 445 113.7 1.6e-24 >>CCDS4238.1 HARS2 gene_id:23438|Hs108|chr5 (506 aa) initn: 3359 init1: 3359 opt: 3359 Z-score: 4261.4 bits: 798.1 E(32554): 0 Smith-Waterman score: 3359; 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CCDS42 TSREEVDVRREDLVEEIKRRTGQPLCIC 490 500 >>CCDS58976.1 HARS gene_id:3035|Hs108|chr5 (469 aa) initn: 2253 init1: 2210 opt: 2210 Z-score: 2803.1 bits: 528.1 E(32554): 8.2e-150 Smith-Waterman score: 2210; 80.0% identity (95.8% similar) in 405 aa overlap (101-505:60-464) 80 90 100 110 120 130 pF1KE6 MVVREKILDLVISCFKRHGAKGMDTPAFELKETLTEKYGEDSGLMYDLKDQGGELLSLRY :::: :::::: :.::::::::::::::: CCDS58 LIEEEVAKLLKLKAQLGPDESKQKFVLKTPKETLMGKYGEDSKLIYDLKDQGGELLSLRY 30 40 50 60 70 80 140 150 160 170 180 190 pF1KE6 DLTVPFARYLAMNKVKKMKRYHVGKVWRRESPTIVQGRYREFCQCDFDIAGQFDPMIPDA ::::::::::::::. ..::::..::.::..:....:::::: ::::::::.:::::::: CCDS58 DLTVPFARYLAMNKLTNIKRYHIAKVYRRDNPAMTRGRYREFYQCDFDIAGNFDPMIPDA 90 100 110 120 130 140 200 210 220 230 240 250 pF1KE6 ECLKIMCEILSGLQLGDFLIKVNDRRIVDGMFAVCGVPESKFRAICSSIDKLDKMAWKDV :::::::::::.::.::::.:::::::.:::::.::: .::::.::::.:::::..:..: CCDS58 ECLKIMCEILSSLQIGDFLVKVNDRRILDGMFAICGVSDSKFRTICSSVDKLDKVSWEEV 150 160 170 180 190 200 260 270 280 290 300 310 pF1KE6 RHEMVVKKGLAPEVADRIGDYVQCHGGVSLVEQMFQDPRLSQNKQALEGLGDLKLLFEYL ..::: .:::::::::::::::: :::::::::..:::.::::::::::::::::::::: CCDS58 KNEMVGEKGLAPEVADRIGDYVQQHGGVSLVEQLLQDPKLSQNKQALEGLGDLKLLFEYL 210 220 230 240 250 260 320 330 340 350 360 370 pF1KE6 TLFGIADKISFDLSLARGLDYYTGVIYEAVLLQTPTQAGEEPLNVGSVAAGGRYDGLVGM ::::: :::::::::::::::::::::::::::::.:::::::.:::::::::::::::: CCDS58 TLFGIDDKISFDLSLARGLDYYTGVIYEAVLLQTPAQAGEEPLGVGSVAAGGRYDGLVGM 270 280 290 300 310 320 380 390 400 410 420 430 pF1KE6 FDPKGHKVPCVGLSIGVERIFYIVEQRMKTKGEKVRTTETQVFVATPQKNFLQERLKLIA :::::.::::::::::::::: :::::... ::.:::::::.::. ::..:.:::::.. 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CCDS58 RREDLVEEIKRRTGQPLCIC 450 460 >>CCDS75324.1 HARS gene_id:3035|Hs108|chr5 (435 aa) initn: 2064 init1: 1815 opt: 1816 Z-score: 2303.3 bits: 435.5 E(32554): 5.6e-122 Smith-Waterman score: 1919; 64.5% identity (79.3% similar) in 473 aa overlap (34-505:32-430) 10 20 30 40 50 60 pF1KE6 LGLLPRRAWASLLSQLLRPPCASCTGAVRCQSQVAEAV-LTSQLKAHQEKPNFIIKTPKG . .::. . : .:: . : .:..::::: CCDS75 AERAALEELVKLQGERVRGLKQQKASAELIEEEVAKLLKLKAQLGPDESKQKFVLKTPKG 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 pF1KE6 TRDLSPQHMVVREKILDLVISCFKRHGAKGMDTPAFELKETLTEKYGEDSGLMYDLKDQG ::: ::..:.::::..:..: :::::::. .:::.:::: CCDS75 TRDYSPRQMAVREKVFDVIIRCFKRHGAEVIDTPVFELK--------------------- 70 80 90 100 130 140 150 160 170 180 pF1KE6 GELLSLRYDLTVPFARYLAMNKVKKMKRYHVGKVWRRESPTIVQGRYREFCQCDFDIAGQ ::::::. CCDS75 -----------------------------------------------------DFDIAGN 190 200 210 220 230 240 pF1KE6 FDPMIPDAECLKIMCEILSGLQLGDFLIKVNDRRIVDGMFAVCGVPESKFRAICSSIDKL :::::::::::::::::::.::.::::.:::::::.:::::.::: .::::.::::.::: CCDS75 FDPMIPDAECLKIMCEILSSLQIGDFLVKVNDRRILDGMFAICGVSDSKFRTICSSVDKL 110 120 130 140 150 160 250 260 270 280 290 300 pF1KE6 DKMAWKDVRHEMVVKKGLAPEVADRIGDYVQCHGGVSLVEQMFQDPRLSQNKQALEGLGD ::..:..:..::: .:::::::::::::::: :::::::::..:::.::::::::::::: CCDS75 DKVSWEEVKNEMVGEKGLAPEVADRIGDYVQQHGGVSLVEQLLQDPKLSQNKQALEGLGD 170 180 190 200 210 220 310 320 330 340 350 360 pF1KE6 LKLLFEYLTLFGIADKISFDLSLARGLDYYTGVIYEAVLLQTPTQAGEEPLNVGSVAAGG ::::::::::::: :::::::::::::::::::::::::::::.:::::::.:::::::: CCDS75 LKLLFEYLTLFGIDDKISFDLSLARGLDYYTGVIYEAVLLQTPAQAGEEPLGVGSVAAGG 230 240 250 260 270 280 370 380 390 400 410 420 pF1KE6 RYDGLVGMFDPKGHKVPCVGLSIGVERIFYIVEQRMKTKGEKVRTTETQVFVATPQKNFL :::::::::::::.::::::::::::::: :::::... ::.:::::::.::. ::..: CCDS75 RYDGLVGMFDPKGRKVPCVGLSIGVERIFSIVEQRLEALEEKIRTTETQVLVASAQKKLL 290 300 310 320 330 340 430 440 450 460 470 480 pF1KE6 QERLKLIAELWDSGIKAEMLYKNNPKLLTQLHYCESTGIPLVVIIGEQELKEGVIKIRSV .:::::..::::.:::::.:::.:::::.::.::: .:::::.::::::::.::::.::: CCDS75 EERLKLVSELWDAGIKAELLYKKNPKLLNQLQYCEEAGIPLVAIIGEQELKDGVIKLRSV 350 360 370 380 390 400 490 500 pF1KE6 ASREEVAIKRENFVAEIQKRLSES .::::: ..::..: ::..: .. CCDS75 TSREEVDVRREDLVEEIKRRTGQPLCIC 410 420 430 >>CCDS75323.1 HARS gene_id:3035|Hs108|chr5 (395 aa) initn: 1861 init1: 1815 opt: 1815 Z-score: 2302.7 bits: 435.3 E(32554): 6.1e-122 Smith-Waterman score: 1815; 80.9% identity (96.4% similar) in 330 aa overlap (176-505:61-390) 150 160 170 180 190 200 pF1KE6 KKMKRYHVGKVWRRESPTIVQGRYREFCQCDFDIAGQFDPMIPDAECLKIMCEILSGLQL ::::::.:::::::::::::::::::.::. CCDS75 IEEEVAKLLKLKAQLGPDESKQKFVLKTPKDFDIAGNFDPMIPDAECLKIMCEILSSLQI 40 50 60 70 80 90 210 220 230 240 250 260 pF1KE6 GDFLIKVNDRRIVDGMFAVCGVPESKFRAICSSIDKLDKMAWKDVRHEMVVKKGLAPEVA ::::.:::::::.:::::.::: .::::.::::.:::::..:..:..::: .:::::::: CCDS75 GDFLVKVNDRRILDGMFAICGVSDSKFRTICSSVDKLDKVSWEEVKNEMVGEKGLAPEVA 100 110 120 130 140 150 270 280 290 300 310 320 pF1KE6 DRIGDYVQCHGGVSLVEQMFQDPRLSQNKQALEGLGDLKLLFEYLTLFGIADKISFDLSL :::::::: :::::::::..:::.:::::::::::::::::::::::::: ::::::::: CCDS75 DRIGDYVQQHGGVSLVEQLLQDPKLSQNKQALEGLGDLKLLFEYLTLFGIDDKISFDLSL 160 170 180 190 200 210 330 340 350 360 370 380 pF1KE6 ARGLDYYTGVIYEAVLLQTPTQAGEEPLNVGSVAAGGRYDGLVGMFDPKGHKVPCVGLSI ::::::::::::::::::::.:::::::.:::::::::::::::::::::.::::::::: CCDS75 ARGLDYYTGVIYEAVLLQTPAQAGEEPLGVGSVAAGGRYDGLVGMFDPKGRKVPCVGLSI 220 230 240 250 260 270 390 400 410 420 430 440 pF1KE6 GVERIFYIVEQRMKTKGEKVRTTETQVFVATPQKNFLQERLKLIAELWDSGIKAEMLYKN :::::: :::::... ::.:::::::.::. ::..:.:::::..::::.:::::.:::. CCDS75 GVERIFSIVEQRLEALEEKIRTTETQVLVASAQKKLLEERLKLVSELWDAGIKAELLYKK 280 290 300 310 320 330 450 460 470 480 490 500 pF1KE6 NPKLLTQLHYCESTGIPLVVIIGEQELKEGVIKIRSVASREEVAIKRENFVAEIQKRLSE :::::.::.::: .:::::.::::::::.::::.:::.::::: ..::..: ::..: .. CCDS75 NPKLLNQLQYCEEAGIPLVAIIGEQELKDGVIKLRSVTSREEVDVRREDLVEEIKRRTGQ 340 350 360 370 380 390 pF1KE6 S CCDS75 PLCIC >>CCDS58977.1 HARS gene_id:3035|Hs108|chr5 (449 aa) initn: 2098 init1: 1815 opt: 1815 Z-score: 2301.8 bits: 435.3 E(32554): 6.8e-122 Smith-Waterman score: 2062; 77.0% identity (91.1% similar) in 405 aa overlap (101-505:60-444) 80 90 100 110 120 130 pF1KE6 MVVREKILDLVISCFKRHGAKGMDTPAFELKETLTEKYGEDSGLMYDLKDQGGELLSLRY :::: :::::: :.::::::::::::::: CCDS58 LIEEEVAKLLKLKAQLGPDESKQKFVLKTPKETLMGKYGEDSKLIYDLKDQGGELLSLRY 30 40 50 60 70 80 140 150 160 170 180 190 pF1KE6 DLTVPFARYLAMNKVKKMKRYHVGKVWRRESPTIVQGRYREFCQCDFDIAGQFDPMIPDA ::::::::::::::. ..::::..: ::::::.:::::::: CCDS58 DLTVPFARYLAMNKLTNIKRYHIAK--------------------DFDIAGNFDPMIPDA 90 100 110 120 200 210 220 230 240 250 pF1KE6 ECLKIMCEILSGLQLGDFLIKVNDRRIVDGMFAVCGVPESKFRAICSSIDKLDKMAWKDV :::::::::::.::.::::.:::::::.:::::.::: .::::.::::.:::::..:..: CCDS58 ECLKIMCEILSSLQIGDFLVKVNDRRILDGMFAICGVSDSKFRTICSSVDKLDKVSWEEV 130 140 150 160 170 180 260 270 280 290 300 310 pF1KE6 RHEMVVKKGLAPEVADRIGDYVQCHGGVSLVEQMFQDPRLSQNKQALEGLGDLKLLFEYL ..::: .:::::::::::::::: :::::::::..:::.::::::::::::::::::::: CCDS58 KNEMVGEKGLAPEVADRIGDYVQQHGGVSLVEQLLQDPKLSQNKQALEGLGDLKLLFEYL 190 200 210 220 230 240 320 330 340 350 360 370 pF1KE6 TLFGIADKISFDLSLARGLDYYTGVIYEAVLLQTPTQAGEEPLNVGSVAAGGRYDGLVGM ::::: :::::::::::::::::::::::::::::.:::::::.:::::::::::::::: CCDS58 TLFGIDDKISFDLSLARGLDYYTGVIYEAVLLQTPAQAGEEPLGVGSVAAGGRYDGLVGM 250 260 270 280 290 300 380 390 400 410 420 430 pF1KE6 FDPKGHKVPCVGLSIGVERIFYIVEQRMKTKGEKVRTTETQVFVATPQKNFLQERLKLIA :::::.::::::::::::::: :::::... ::.:::::::.::. ::..:.:::::.. CCDS58 FDPKGRKVPCVGLSIGVERIFSIVEQRLEALEEKIRTTETQVLVASAQKKLLEERLKLVS 310 320 330 340 350 360 440 450 460 470 480 490 pF1KE6 ELWDSGIKAEMLYKNNPKLLTQLHYCESTGIPLVVIIGEQELKEGVIKIRSVASREEVAI ::::.:::::.:::.:::::.::.::: .:::::.::::::::.::::.:::.::::: . CCDS58 ELWDAGIKAELLYKKNPKLLNQLQYCEEAGIPLVAIIGEQELKDGVIKLRSVTSREEVDV 370 380 390 400 410 420 500 pF1KE6 KRENFVAEIQKRLSES .::..: ::..: .. CCDS58 RREDLVEEIKRRTGQPLCIC 430 440 >>CCDS58978.1 HARS gene_id:3035|Hs108|chr5 (489 aa) initn: 2353 init1: 1815 opt: 1815 Z-score: 2301.3 bits: 435.3 E(32554): 7.3e-122 Smith-Waterman score: 2318; 73.8% identity (89.9% similar) in 473 aa overlap (34-505:32-484) 10 20 30 40 50 60 pF1KE6 LGLLPRRAWASLLSQLLRPPCASCTGAVRCQSQVAEAV-LTSQLKAHQEKPNFIIKTPKG . .::. . : .:: . : .:..::::: CCDS58 AERAALEELVKLQGERVRGLKQQKASAELIEEEVAKLLKLKAQLGPDESKQKFVLKTPKG 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 pF1KE6 TRDLSPQHMVVREKILDLVISCFKRHGAKGMDTPAFELKETLTEKYGEDSGLMYDLKDQG ::: ::..:.::::..:..: :::::::. .:::.::::::: :::::: :.::::::: CCDS58 TRDYSPRQMAVREKVFDVIIRCFKRHGAEVIDTPVFELKETLMGKYGEDSKLIYDLKDQG 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 pF1KE6 GELLSLRYDLTVPFARYLAMNKVKKMKRYHVGKVWRRESPTIVQGRYREFCQCDFDIAGQ ::::::::::::::::::::::. ..::::..: ::::::. 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CCDS58 TSREEVDVRREDLVEEIKRRTGQPLCIC 470 480 >>CCDS42016.1 EIF2AK4 gene_id:440275|Hs108|chr15 (1649 aa) initn: 309 init1: 104 opt: 445 Z-score: 553.9 bits: 113.7 E(32554): 1.6e-24 Smith-Waterman score: 445; 26.7% identity (59.1% similar) in 450 aa overlap (61-492:1053-1476) 40 50 60 70 80 90 pF1KE6 VRCQSQVAEAVLTSQLKAHQEKPNFIIKTPKGTRDLSPQHMVVREKILDLVISCFKRHGA ::. .. .: .... . .: :::::: CCDS42 DGKAYRTMMAQIFSQRISPAIDYTYDSDILKGNFSIRTAKM--QQHVCETIIRIFKRHGA 1030 1040 1050 1060 1070 1080 100 110 120 130 140 150 pF1KE6 KGMDTPAFELKETLTEKYGEDSGLMYDLKDQGGELLSLRYDLTVPFARYLAMNKVKKMKR . :: . .. ...: . .: :..: :. : .:: .:::::.: :.. ..:: CCDS42 VQLCTPLLLPRNRQIYEHNEAALFM----DHSGMLVMLPFDLRIPFARYVARNNILNLKR 1090 1100 1110 1120 1130 160 170 180 190 200 pF1KE6 YHVGKVWRRESPTIVQGRY--REFCQCDFDIA-GQFDPMIPDAECLKIMCEILS---GLQ : . .:.: : .. :. .:. .: :::. . . ..: :: . . ::.. .:: CCDS42 YCIERVFR---PRKLD-RFHPKELLECAFDIVTSTTNSFLPTAEIIYTIYEIIQEFPALQ 1140 1150 1160 1170 1180 1190 210 220 230 240 250 260 pF1KE6 LGDFLIKVNDRRIVDGMFAVCGVPESKFRAICSSIDKLDKMAWKDVRHEMVVK---KGLA .. : .: .. ... ::.::.:. . : : .. : .:.:. .: .:. CCDS42 ERNYSIYLNHTMLLKAILLHCGIPEDKLSQV--YIILYDAVTEKLTRREVEAKFCNLSLS 1200 1210 1220 1230 1240 1250 270 280 290 300 310 pF1KE6 PEVADRIGDYVQCHGGVSLVEQMFQDPRLSQNKQALE-----GLGDLKLLFEYLTLFGIA . :. ... .: .: . : : ..: .. :: ::. . : .:: CCDS42 SNSLCRLYKFIEQKG--DLQDLMPTINSLIKQKTGIAQLVKYGLKDLEEVVGLLKKLGIK 1260 1270 1280 1290 1300 320 330 340 350 360 370 pF1KE6 DKISFDLSLARGLDYYTGVIYEAV-LLQTPTQAGEEPLNVGSVAAGGRYDGLVGMF-DPK .. ..:.:. .. ..:.:.. : ... .: : : ::::::: :. .: :. CCDS42 LQVLINLGLVYKVQQHNGIIFQFVAFIKRRQRAVPEIL-----AAGGRYDLLIPQFRGPQ 1310 1320 1330 1340 1350 1360 380 390 400 410 420 430 pF1KE6 G-HKVPC-VGLSIGVERIFYIVEQRMKTKGEKVRTTETQVFVATPQKNFLQERLKLIAEL . :: .:.::....: : :. :.: . ...:.. . ... ..: .: CCDS42 ALGPVPTAIGVSIAIDKISAAV-LNME---ESVTISSCDLLVVSVGQMSMSRAINLTQKL 1370 1380 1390 1400 1410 440 450 460 470 480 490 pF1KE6 WDSGIKAEMLYKNNPKLLTQLHYCESTGIPLVVIIGEQELKEGVIKIRSVASREEVAIKR : .:: ::..: . . .::. : :......: .. .:..: .:. . :: CCDS42 WTAGITAEIMYDWSQSQEELQEYCRHHEITYVALVSDKEGSH--VKVKSFE-KERQTEKR 1420 1430 1440 1450 1460 1470 500 pF1KE6 ENFVAEIQKRLSES CCDS42 VLETELVDHVLQKLRTKVTDERNGREASDNLAVQNLKGSFSNASGLFEIHGATVVPIVSV 1480 1490 1500 1510 1520 1530 506 residues in 1 query sequences 18511270 residues in 32554 library sequences Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc) start: Tue Nov 8 13:23:37 2016 done: Tue Nov 8 13:23:38 2016 Total Scan time: 2.480 Total Display time: 0.050 Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]