Result of FASTA (ccds) for
pFN21AE4543
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE4543, 627 aa
1>>>pF1KE4543 627 - 627 aa - 627 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.4575+/-0.00117; mu= 18.4701+/- 0.071
mean_var=86.9621+/-17.114, 0's: 0 Z-trim(102.1): 111 B-trim: 20 in 1/50
Lambda= 0.137534
statistics sampled from 6674 (6782) to 6674 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.559), E-opt: 0.2 (0.208), width: 16
Scan time: 2.540
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS9403.1 LCP1 gene_id:3936|Hs108|chr13 ( 627) 4130 830.5 0
CCDS14568.1 PLS3 gene_id:5358|Hs108|chrX ( 630) 3394 684.5 1.2e-196
CCDS3125.1 PLS1 gene_id:5357|Hs108|chr3 ( 629) 3161 638.2 9.5e-183
CCDS78499.1 PLS3 gene_id:5358|Hs108|chrX ( 617) 1858 379.7 6.3e-105
>>CCDS9403.1 LCP1 gene_id:3936|Hs108|chr13 (627 aa)
initn: 4130 init1: 4130 opt: 4130 Z-score: 4433.5 bits: 830.5 E(32554): 0
Smith-Waterman score: 4130; 99.8% identity (100.0% similar) in 627 aa overlap (1-627:1-627)
10 20 30 40 50 60
pF1KE4 MARGSVSDEEMMELREAFAKVDTDGNGYISFNELNDLFKAACLPLPGYRVREITENLMAT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS94 MARGSVSDEEMMELREAFAKVDTDGNGYISFNELNDLFKAACLPLPGYRVREITENLMAT
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE4 GDLDQDGRISFDEFIKIFHGLKSTDVAKTFRKAINKKEGICAIGGTSEQSSVGTQHSYSE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS94 GDLDQDGRISFDEFIKIFHGLKSTDVAKTFRKAINKKEGICAIGGTSEQSSVGTQHSYSE
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE4 EEKYAFVNWINKALENDPDCRHVIPMNPNTNDLFNAVGDGIVLCKMINLSVPDTIDERTI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS94 EEKYAFVNWINKALENDPDCRHVIPMNPNTNDLFNAVGDGIVLCKMINLSVPDTIDERTI
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE4 NKKKLTPFTIQENLNLALNSASAIGCHVVNIGAEDLKEGKPYLVLGLLWQVIKIGLFADI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS94 NKKKLTPFTIQENLNLALNSASAIGCHVVNIGAEDLKEGKPYLVLGLLWQVIKIGLFADI
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE4 ELSRNEALIALLREGESLEDLMKLSPEELLLRWANYHLENAGCNKIGNFSTDIKDSKAYY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS94 ELSRNEALIALLREGESLEDLMKLSPEELLLRWANYHLENAGCNKIGNFSTDIKDSKAYY
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KE4 HLLEQVAPKGDEEGVPAVVIDMSGLREKDDIQRAECMLQQAERLGCRQFVTATDVVRGNP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS94 HLLEQVAPKGDEEGVPAVVIDMSGLREKDDIQRAECMLQQAERLGCRQFVTATDVVRGNP
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KE4 KLNLAFIANLFNRYPALHKPENQDIDWGALEGETREERTFRNWMNSLGVNPRVNHLYSDL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS94 KLNLAFIANLFNRYPALHKPENQDIDWGALEGETREERTFRNWMNSLGVNPRVNHLYSDL
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KE4 SDALVIFQLYEKIKVPVDWNRVNKPPYPKLGGNMKKLENCNYAVELGKNQAKFSLVGIGG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS94 SDALVIFQLYEKIKVPVDWNRVNKPPYPKLGGNMKKLENCNYAVELGKNQAKFSLVGIGG
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KE4 QDLNEGNRTLTLALIWQLMRRYTLNILEEIGGGQKVNDDIIVNWVNETLREAEKSSSISS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.:::::::
CCDS94 QDLNEGNRTLTLALIWQLMRRYTLNILEEIGGGQKVNDDIIVNWVNETLREAKKSSSISS
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KE4 FKDPKISTSLPVLDLIDAIQPGSINYDLLKTENLNDDEKLNNAKYAISMARKIGARVYAL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS94 FKDPKISTSLPVLDLIDAIQPGSINYDLLKTENLNDDEKLNNAKYAISMARKIGARVYAL
550 560 570 580 590 600
610 620
pF1KE4 PEDLVEVNPKMVMTVFACLMGKGMKRV
:::::::::::::::::::::::::::
CCDS94 PEDLVEVNPKMVMTVFACLMGKGMKRV
610 620
>>CCDS14568.1 PLS3 gene_id:5358|Hs108|chrX (630 aa)
initn: 3394 init1: 3394 opt: 3394 Z-score: 3644.2 bits: 684.5 E(32554): 1.2e-196
Smith-Waterman score: 3394; 79.9% identity (93.1% similar) in 627 aa overlap (1-627:4-630)
10 20 30 40 50
pF1KE4 MARGSVSDEEMMELREAFAKVDTDGNGYISFNELNDLFKAACLPLPGYRVREITENL
:: ..: .:. ::.::::::: ..::.: ::..::: : .:::::.:::: ..:
CCDS14 MDEMATTQISKDELDELKEAFAKVDLNSNGFICDYELHELFKEANMPLPGYKVREIIQKL
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KE4 MATGDLDQDGRISFDEFIKIFHGLKSTDVAKTFRKAINKKEGICAIGGTSEQSSVGTQHS
: :: ..::.::::::. ::. .::.:.:::::::::.::::::.::::: :: :::::
CCDS14 MLDGDRNKDGKISFDEFVYIFQEVKSSDIAKTFRKAINRKEGICALGGTSELSSEGTQHS
70 80 90 100 110 120
120 130 140 150 160 170
pF1KE4 YSEEEKYAFVNWINKALENDPDCRHVIPMNPNTNDLFNAVGDGIVLCKMINLSVPDTIDE
:::::::::::::::::::::::::::::::::.:::.::::::::::::::::::::::
CCDS14 YSEEEKYAFVNWINKALENDPDCRHVIPMNPNTDDLFKAVGDGIVLCKMINLSVPDTIDE
130 140 150 160 170 180
180 190 200 210 220 230
pF1KE4 RTINKKKLTPFTIQENLNLALNSASAIGCHVVNIGAEDLKEGKPYLVLGLLWQVIKIGLF
:.::::::::: :::::::::::::::::::::::::::. :::.::::::::.::::::
CCDS14 RAINKKKLTPFIIQENLNLALNSASAIGCHVVNIGAEDLRAGKPHLVLGLLWQIIKIGLF
190 200 210 220 230 240
240 250 260 270 280 290
pF1KE4 ADIELSRNEALIALLREGESLEDLMKLSPEELLLRWANYHLENAGCNKIGNFSTDIKDSK
::::::::::: ::::.::.::.:::::::::::::::.::::.: .::.:::.::::::
CCDS14 ADIELSRNEALAALLRDGETLEELMKLSPEELLLRWANFHLENSGWQKINNFSADIKDSK
250 260 270 280 290 300
300 310 320 330 340 350
pF1KE4 AYYHLLEQVAPKGDEEGVPAVVIDMSGLREKDDIQRAECMLQQAERLGCRQFVTATDVVR
::.:::.:.::::..:: : . :.:::. : ::..::: :::::..:::::::: .:::
CCDS14 AYFHLLNQIAPKGQKEGEPRIDINMSGFNETDDLKRAESMLQQADKLGCRQFVTPADVVS
310 320 330 340 350 360
360 370 380 390 400 410
pF1KE4 GNPKLNLAFIANLFNRYPALHKPENQDIDWGALEGETREERTFRNWMNSLGVNPRVNHLY
:::::::::.:::::.:::: ::::::::: ::::::::::::::::::::::.:::::
CCDS14 GNPKLNLAFVANLFNKYPALTKPENQDIDWTLLEGETREERTFRNWMNSLGVNPHVNHLY
370 380 390 400 410 420
420 430 440 450 460 470
pF1KE4 SDLSDALVIFQLYEKIKVPVDWNRVNKPPYPKLGGNMKKLENCNYAVELGKNQAKFSLVG
.::.:::::.::::.:::::::..::::::::::.::::::::::::::::. :::::::
CCDS14 ADLQDALVILQLYERIKVPVDWSKVNKPPYPKLGANMKKLENCNYAVELGKHPAKFSLVG
430 440 450 460 470 480
480 490 500 510 520 530
pF1KE4 IGGQDLNEGNRTLTLALIWQLMRRYTLNILEEIGGGQKVNDDIIVNWVNETLREAEKSSS
:::::::.::.::::::.::::::::::.::..: :::.::::::::::.:: :: ::.:
CCDS14 IGGQDLNDGNQTLTLALVWQLMRRYTLNVLEDLGDGQKANDDIIVNWVNRTLSEAGKSTS
490 500 510 520 530 540
540 550 560 570 580 590
pF1KE4 ISSFKDPKISTSLPVLDLIDAIQPGSINYDLLKTENLNDDEKLNNAKYAISMARKIGARV
:.:::: ::.:: :.::::::::: :::::.:. ::..:.: ::::::.::::.:::::
CCDS14 IQSFKDKTISSSLAVVDLIDAIQPGCINYDLVKSGNLTEDDKHNNAKYAVSMARRIGARV
550 560 570 580 590 600
600 610 620
pF1KE4 YALPEDLVEVNPKMVMTVFACLMGKGMKRV
::::::::::.:::::::::::::.:::::
CCDS14 YALPEDLVEVKPKMVMTVFACLMGRGMKRV
610 620 630
>>CCDS3125.1 PLS1 gene_id:5357|Hs108|chr3 (629 aa)
initn: 3203 init1: 1628 opt: 3161 Z-score: 3394.4 bits: 638.2 E(32554): 9.5e-183
Smith-Waterman score: 3161; 74.0% identity (91.8% similar) in 623 aa overlap (5-627:7-628)
10 20 30 40 50
pF1KE4 MARGSVSDEEMMELREAFAKVDTDGNGYISFNELNDLFKAACLPLPGYRVREITENLM
..: ::. ::.::: :.: :..::.: ::.:::: : ::::::.::::.:...
CCDS31 MENSTTTISREELEELQEAFNKIDIDNSGYVSDYELQDLFKEASLPLPGYKVREIVEKIL
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KE4 ATGDLDQDGRISFDEFIKIFHGLKSTDVAKTFRKAINKKEGICAIGGTSEQSSVGTQHSY
...: ..::.:::.::..... ::: :..::::: :::.::: :::::: :: ::::::
CCDS31 SVADSNKDGKISFEEFVSLMQELKSKDISKTFRKIINKREGITAIGGTSTISSEGTQHSY
70 80 90 100 110 120
120 130 140 150 160 170
pF1KE4 SEEEKYAFVNWINKALENDPDCRHVIPMNPNTNDLFNAVGDGIVLCKMINLSVPDTIDER
::::: ::::::::::::::::.:.:::::: ..::....:::.:::::::: :::::::
CCDS31 SEEEKVAFVNWINKALENDPDCKHLIPMNPNDDSLFKSLADGILLCKMINLSEPDTIDER
130 140 150 160 170 180
180 190 200 210 220 230
pF1KE4 TINKKKLTPFTIQENLNLALNSASAIGCHVVNIGAEDLKEGKPYLVLGLLWQVIKIGLFA
.:::::::::::.::::::::::::::: :::::: :::::::.::::::::.::.::::
CCDS31 AINKKKLTPFTISENLNLALNSASAIGCTVVNIGASDLKEGKPHLVLGLLWQIIKVGLFA
190 200 210 220 230 240
240 250 260 270 280 290
pF1KE4 DIELSRNEALIALLREGESLEDLMKLSPEELLLRWANYHLENAGCNKIGNFSTDIKDSKA
:::.:::::::::: ::: ::.:::::::::::::.:::: ::: . :.::: :::::.:
CCDS31 DIEISRNEALIALLNEGEELEELMKLSPEELLLRWVNYHLTNAGWHTISNFSQDIKDSRA
250 260 270 280 290 300
300 310 320 330 340 350
pF1KE4 YYHLLEQVAPKGDEEGVPAVVIDMSGLREKDDIQRAECMLQQAERLGCRQFVTATDVVRG
:.:::.:.:::: :.: ::..::.::. : .:..:: :::.:..:::.:::: .::: :
CCDS31 YFHLLNQIAPKGGEDG-PAIAIDLSGINETNDLKRAGLMLQEADKLGCKQFVTPADVVSG
310 320 330 340 350
360 370 380 390 400 410
pF1KE4 NPKLNLAFIANLFNRYPALHKPENQDIDWGALEGETREERTFRNWMNSLGVNPRVNHLYS
::::::::.::::: :: ::::.:.::: . ::::..:::::::::::::::: .:::::
CCDS31 NPKLNLAFVANLFNTYPCLHKPNNNDIDMNLLEGESKEERTFRNWMNSLGVNPYINHLYS
360 370 380 390 400 410
420 430 440 450 460 470
pF1KE4 DLSDALVIFQLYEKIKVPVDWNRVNKPPYPKLGGNMKKLENCNYAVELGKNQAKFSLVGI
::.:::::::::: :.:::.:..::::::: :::::::.::::::::::::.::::::::
CCDS31 DLADALVIFQLYEMIRVPVNWSHVNKPPYPALGGNMKKIENCNYAVELGKNKAKFSLVGI
420 430 440 450 460 470
480 490 500 510 520 530
pF1KE4 GGQDLNEGNRTLTLALIWQLMRRYTLNILEEIGGGQKVNDDIIVNWVNETLREAEKSSSI
.:::::::: ::::::.::::::::::.: ..: :.::::.::..:::.::. :.:..::
CCDS31 AGQDLNEGNSTLTLALVWQLMRRYTLNVLSDLGEGEKVNDEIIIKWVNQTLKSANKKTSI
480 490 500 510 520 530
540 550 560 570 580 590
pF1KE4 SSFKDPKISTSLPVLDLIDAIQPGSINYDLLKTENLNDDEKLNNAKYAISMARKIGARVY
::::: .:::::::::::::: :... .... :::.:..::::::::::.:::::::.:
CCDS31 SSFKDKSISTSLPVLDLIDAIAPNAVRQEMIRRENLSDEDKLNNAKYAISVARKIGARIY
540 550 560 570 580 590
600 610 620
pF1KE4 ALPEDLVEVNPKMVMTVFACLMGKGMKRV
:::.:::::.:::::::::::::::..:.
CCDS31 ALPDDLVEVKPKMVMTVFACLMGKGLNRIK
600 610 620
>>CCDS78499.1 PLS3 gene_id:5358|Hs108|chrX (617 aa)
initn: 1858 init1: 1858 opt: 1858 Z-score: 1997.2 bits: 379.7 E(32554): 6.3e-105
Smith-Waterman score: 3293; 79.5% identity (92.2% similar) in 615 aa overlap (22-627:3-617)
10 20 30 40 50 60
pF1KE4 MARGSVSDEEMMELREAFAKVDTDGNGYISFNELNDLFKAACLPLPGYRVREITENLMAT
: ..::.: ::..::: : .:::::.:::: ..::
CCDS78 MEDLNSNGFICDYELHELFKEANMPLPGYKVREIIQKLMLD
10 20 30 40
70 80 90 100 110 120
pF1KE4 GDLDQDGRISFDEFIKIFHGLKSTDVAKTFRKAINKKEGICAIGGTSEQSSVGTQHSYSE
:: ..::.::::::. ::. .::.:.:::::::::.::::::.::::: :: ::::::::
CCDS78 GDRNKDGKISFDEFVYIFQEVKSSDIAKTFRKAINRKEGICALGGTSELSSEGTQHSYSE
50 60 70 80 90 100
130 140 150 160 170 180
pF1KE4 EEKYAFVNWINKALENDPDCRHVIPMNPNTNDLFNAVGDGIVLCKMINLSVPDTIDERTI
::::::::::::::::::::::::::::::.:::.:::::::::::::::::::::::.:
CCDS78 EEKYAFVNWINKALENDPDCRHVIPMNPNTDDLFKAVGDGIVLCKMINLSVPDTIDERAI
110 120 130 140 150 160
190 200 210 220 230 240
pF1KE4 NKKKLTPFTIQENLNLALNSASAIGCHVVNIGAEDLKEGKPYLVLGLLWQVIKIGLFADI
:::::::: :::::::::::::::::::::::::::. :::.::::::::.:::::::::
CCDS78 NKKKLTPFIIQENLNLALNSASAIGCHVVNIGAEDLRAGKPHLVLGLLWQIIKIGLFADI
170 180 190 200 210 220
250 260 270 280 290
pF1KE4 ELSRNEALIALLREGESLEDLMKLSPEELLLRWANYHLENAGCNKIGNFSTDIK------
:::::::: ::::.::.::.:::::::::::::::.::::.: .::.:::.:::
CCDS78 ELSRNEALAALLRDGETLEELMKLSPEELLLRWANFHLENSGWQKINNFSADIKLIDFSN
230 240 250 260 270 280
300 310 320 330 340 350
pF1KE4 ---DSKAYYHLLEQVAPKGDEEGVPAVVIDMSGLREKDDIQRAECMLQQAERLGCRQFVT
:::::.:::.:.::::..:: : . :.:::. : ::..::: :::::..::::::::
CCDS78 SVKDSKAYFHLLNQIAPKGQKEGEPRIDINMSGFNETDDLKRAESMLQQADKLGCRQFVT
290 300 310 320 330 340
360 370 380 390 400 410
pF1KE4 ATDVVRGNPKLNLAFIANLFNRYPALHKPENQDIDWGALEGETREERTFRNWMNSLGVNP
.::: :::::::::.:::::.:::: ::::::::: ::::::::::::::::::::::
CCDS78 PADVVSGNPKLNLAFVANLFNKYPALTKPENQDIDWTLLEGETREERTFRNWMNSLGVNP
350 360 370 380 390 400
420 430 440 450 460 470
pF1KE4 RVNHLYSDLSDALVIFQLYEKIKVPVDWNRVNKPPYPKLGGNMKKLENCNYAVELGKNQA
.:::::.::.:::::.::::.:::::::..::::::::::.::::::::::::::::. :
CCDS78 HVNHLYADLQDALVILQLYERIKVPVDWSKVNKPPYPKLGANMKKLENCNYAVELGKHPA
410 420 430 440 450 460
480 490 500 510 520 530
pF1KE4 KFSLVGIGGQDLNEGNRTLTLALIWQLMRRYTLNILEEIGGGQKVNDDIIVNWVNETLRE
:::::::::::::.::.::::::.::::::::::.::..: :::.::::::::::.:: :
CCDS78 KFSLVGIGGQDLNDGNQTLTLALVWQLMRRYTLNVLEDLGDGQKANDDIIVNWVNRTLSE
470 480 490 500 510 520
540 550 560 570 580 590
pF1KE4 AEKSSSISSFKDPKISTSLPVLDLIDAIQPGSINYDLLKTENLNDDEKLNNAKYAISMAR
: ::.::.:::: ::.:: :.::::::::: :::::.:. ::..:.: ::::::.::::
CCDS78 AGKSTSIQSFKDKTISSSLAVVDLIDAIQPGCINYDLVKSGNLTEDDKHNNAKYAVSMAR
530 540 550 560 570 580
600 610 620
pF1KE4 KIGARVYALPEDLVEVNPKMVMTVFACLMGKGMKRV
.:::::::::::::::.:::::::::::::.:::::
CCDS78 RIGARVYALPEDLVEVKPKMVMTVFACLMGRGMKRV
590 600 610
627 residues in 1 query sequences
18511270 residues in 32554 library sequences
Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
start: Sun Nov 6 00:06:32 2016 done: Sun Nov 6 00:06:32 2016
Total Scan time: 2.540 Total Display time: 0.020
Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]