Result of FASTA (ccds) for
pFN21AB6876
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB6876, 200 aa
1>>>pF1KB6876 200 - 200 aa - 200 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.1236+/-0.000964; mu= 15.2135+/- 0.058
mean_var=82.3110+/-15.767, 0's: 0 Z-trim(106.5): 81 B-trim: 5 in 1/48
Lambda= 0.141366
statistics sampled from 8942 (9024) to 8942 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.664), E-opt: 0.2 (0.277), width: 16
Scan time: 1.950
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS11151.1 RCVRN gene_id:5957|Hs108|chr17 ( 200) 1318 278.1 2.4e-75
CCDS1671.1 HPCAL1 gene_id:3241|Hs108|chr2 ( 193) 697 151.5 3.2e-37
CCDS370.1 HPCA gene_id:3208|Hs108|chr1 ( 193) 688 149.6 1.1e-36
CCDS6292.1 NCALD gene_id:83988|Hs108|chr8 ( 193) 674 146.8 8.2e-36
CCDS1689.1 VSNL1 gene_id:7447|Hs108|chr2 ( 191) 615 134.7 3.4e-32
CCDS441.1 HPCAL4 gene_id:51440|Hs108|chr1 ( 191) 609 133.5 8e-32
CCDS6932.1 NCS1 gene_id:23413|Hs108|chr9 ( 190) 573 126.2 1.3e-29
CCDS78448.1 NCS1 gene_id:23413|Hs108|chr9 ( 172) 522 115.7 1.6e-26
CCDS33245.1 KCNIP3 gene_id:30818|Hs108|chr2 ( 230) 432 97.5 6.7e-21
CCDS2013.1 KCNIP3 gene_id:30818|Hs108|chr2 ( 256) 432 97.5 7.3e-21
CCDS7524.1 KCNIP2 gene_id:30819|Hs108|chr10 ( 220) 431 97.3 7.5e-21
CCDS7525.1 KCNIP2 gene_id:30819|Hs108|chr10 ( 225) 431 97.3 7.6e-21
CCDS41562.1 KCNIP2 gene_id:30819|Hs108|chr10 ( 252) 431 97.3 8.3e-21
CCDS7522.1 KCNIP2 gene_id:30819|Hs108|chr10 ( 270) 431 97.4 8.7e-21
CCDS7521.1 KCNIP2 gene_id:30819|Hs108|chr10 ( 285) 431 97.4 9e-21
CCDS64313.1 KCNIP1 gene_id:30820|Hs108|chr5 ( 188) 427 96.4 1.2e-20
CCDS4374.1 KCNIP1 gene_id:30820|Hs108|chr5 ( 216) 427 96.4 1.3e-20
CCDS34285.1 KCNIP1 gene_id:30820|Hs108|chr5 ( 225) 427 96.5 1.3e-20
CCDS34286.1 KCNIP1 gene_id:30820|Hs108|chr5 ( 227) 427 96.5 1.3e-20
CCDS47035.1 KCNIP4 gene_id:80333|Hs108|chr4 ( 188) 425 96.0 1.6e-20
CCDS43215.1 KCNIP4 gene_id:80333|Hs108|chr4 ( 216) 425 96.0 1.7e-20
CCDS43217.1 KCNIP4 gene_id:80333|Hs108|chr4 ( 225) 425 96.1 1.8e-20
CCDS3428.1 KCNIP4 gene_id:80333|Hs108|chr4 ( 229) 425 96.1 1.8e-20
CCDS43216.1 KCNIP4 gene_id:80333|Hs108|chr4 ( 250) 425 96.1 1.9e-20
CCDS7523.1 KCNIP2 gene_id:30819|Hs108|chr10 ( 227) 413 93.6 9.8e-20
CCDS4865.1 GUCA1B gene_id:2979|Hs108|chr6 ( 200) 391 89.1 2e-18
CCDS4864.1 GUCA1A gene_id:2978|Hs108|chr6 ( 201) 384 87.7 5.4e-18
CCDS2954.1 GUCA1C gene_id:9626|Hs108|chr3 ( 209) 325 75.6 2.3e-14
CCDS64312.1 KCNIP1 gene_id:30820|Hs108|chr5 ( 241) 286 67.7 6.4e-12
>>CCDS11151.1 RCVRN gene_id:5957|Hs108|chr17 (200 aa)
initn: 1318 init1: 1318 opt: 1318 Z-score: 1466.0 bits: 278.1 E(32554): 2.4e-75
Smith-Waterman score: 1318; 100.0% identity (100.0% similar) in 200 aa overlap (1-200:1-200)
10 20 30 40 50 60
pF1KB6 MGNSKSGALSKEILEELQLNTKFSEEELCSWYQSFLKDCPTGRITQQQFQSIYAKFFPDT
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CCDS11 MGNSKSGALSKEILEELQLNTKFSEEELCSWYQSFLKDCPTGRITQQQFQSIYAKFFPDT
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB6 DPKAYAQHVFRSFDSNLDGTLDFKEYVIALHMTTAGKTNQKLEWAFSLYDVDGNGTISKN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 DPKAYAQHVFRSFDSNLDGTLDFKEYVIALHMTTAGKTNQKLEWAFSLYDVDGNGTISKN
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB6 EVLEIVMAIFKMITPEDVKLLPDDENTPEKRAEKIWKYFGKNDDDKLTEKEFIEGTLANK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 EVLEIVMAIFKMITPEDVKLLPDDENTPEKRAEKIWKYFGKNDDDKLTEKEFIEGTLANK
130 140 150 160 170 180
190 200
pF1KB6 EILRLIQFEPQKVKEKMKNA
::::::::::::::::::::
CCDS11 EILRLIQFEPQKVKEKMKNA
190 200
>>CCDS1671.1 HPCAL1 gene_id:3241|Hs108|chr2 (193 aa)
initn: 667 init1: 510 opt: 697 Z-score: 781.8 bits: 151.5 E(32554): 3.2e-37
Smith-Waterman score: 697; 50.8% identity (84.6% similar) in 195 aa overlap (1-195:1-192)
10 20 30 40 50 60
pF1KB6 MGNSKSGALSKEILEELQLNTKFSEEELCSWYQSFLKDCPTGRITQQQFQSIYAKFFPDT
::...: : :.:..:. ::.:...:: ::..::::::::..: ..:..:::.:::
CCDS16 MGKQNS-KLRPEVLQDLRENTEFTDHELQEWYKGFLKDCPTGHLTVDEFKKIYANFFPYG
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KB6 DPKAYAQHVFRSFDSNLDGTLDFKEYVIALHMTTAGKTNQKLEWAFSLYDVDGNGTISKN
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CCDS16 DASKFAEHVFRTFDTNGDGTIDFREFIIALSVTSRGKLEQKLKWAFSMYDLDGNGYISRS
60 70 80 90 100 110
130 140 150 160 170 180
pF1KB6 EVLEIVMAIFKMITPEDVKLLPDDENTPEKRAEKIWKYFGKNDDDKLTEKEFIEGTLANK
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CCDS16 EMLEIVQAIYKMVS--SVMKMPEDESTPEKRTDKIFRQMDTNNDGKLSLEEFIRGAKSDP
120 130 140 150 160 170
190 200
pF1KB6 EILRLIQFEPQKVKEKMKNA
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CCDS16 SIVRLLQCDPSSASQF
180 190
>>CCDS370.1 HPCA gene_id:3208|Hs108|chr1 (193 aa)
initn: 660 init1: 499 opt: 688 Z-score: 771.8 bits: 149.6 E(32554): 1.1e-36
Smith-Waterman score: 688; 51.3% identity (83.1% similar) in 195 aa overlap (1-195:1-192)
10 20 30 40 50 60
pF1KB6 MGNSKSGALSKEILEELQLNTKFSEEELCSWYQSFLKDCPTGRITQQQFQSIYAKFFPDT
::...: : :.:..:. ::.::: :: ::..:::::::: .. ..:..:::.:::
CCDS37 MGKQNS-KLRPEMLQDLRENTEFSELELQEWYKGFLKDCPTGILNVDEFKKIYANFFPYG
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KB6 DPKAYAQHVFRSFDSNLDGTLDFKEYVIALHMTTAGKTNQKLEWAFSLYDVDGNGTISKN
: . .:.::::.::.: :::.::.:..::: .:. :. .::: ::::.::.:::: ::..
CCDS37 DASKFAEHVFRTFDTNSDGTIDFREFIIALSVTSRGRLEQKLMWAFSMYDLDGNGYISRE
60 70 80 90 100 110
130 140 150 160 170 180
pF1KB6 EVLEIVMAIFKMITPEDVKLLPDDENTPEKRAEKIWKYFGKNDDDKLTEKEFIEGTLANK
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CCDS37 EMLEIVQAIYKMVS--SVMKMPEDESTPEKRTEKIFRQMDTNNDGKLSLEEFIRGAKSDP
120 130 140 150 160 170
190 200
pF1KB6 EILRLIQFEPQKVKEKMKNA
:.::.: .:.....
CCDS37 SIVRLLQCDPSSASQF
180 190
>>CCDS6292.1 NCALD gene_id:83988|Hs108|chr8 (193 aa)
initn: 624 init1: 469 opt: 674 Z-score: 756.4 bits: 146.8 E(32554): 8.2e-36
Smith-Waterman score: 674; 50.0% identity (82.6% similar) in 190 aa overlap (1-190:1-187)
10 20 30 40 50 60
pF1KB6 MGNSKSGALSKEILEELQLNTKFSEEELCSWYQSFLKDCPTGRITQQQFQSIYAKFFPDT
::...: : :....: .: :.:.:. ::..::.:::.:......:..::..:::
CCDS62 MGKQNS-KLRPEVMQDLLESTDFTEHEIQEWYKGFLRDCPSGHLSMEEFKKIYGNFFPYG
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KB6 DPKAYAQHVFRSFDSNLDGTLDFKEYVIALHMTTAGKTNQKLEWAFSLYDVDGNGTISKN
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CCDS62 DASKFAEHVFRTFDANGDGTIDFREFIIALSVTSRGKLEQKLKWAFSMYDLDGNGYISKA
60 70 80 90 100 110
130 140 150 160 170 180
pF1KB6 EVLEIVMAIFKMITPEDVKLLPDDENTPEKRAEKIWKYFGKNDDDKLTEKEFIEGTLANK
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CCDS62 EMLEIVQAIYKMVS--SVMKMPEDESTPEKRTEKIFRQMDTNRDGKLSLEEFIRGAKSDP
120 130 140 150 160 170
190 200
pF1KB6 EILRLIQFEPQKVKEKMKNA
:.::.: .:
CCDS62 SIVRLLQCDPSSAGQF
180 190
>>CCDS1689.1 VSNL1 gene_id:7447|Hs108|chr2 (191 aa)
initn: 583 init1: 583 opt: 615 Z-score: 691.4 bits: 134.7 E(32554): 3.4e-32
Smith-Waterman score: 615; 45.8% identity (79.2% similar) in 192 aa overlap (1-192:1-191)
10 20 30 40 50 60
pF1KB6 MGNSKSGALSKEILEELQLNTKFSEEELCSWYQSFLKDCPTGRITQQQFQSIYAKFFPDT
::...: :. :..:.: .:.:.:.:: .::..::::::.::.. ..::..:.::::
CCDS16 MGKQNS-KLAPEVMEDLVKSTEFNEHELKQWYKGFLKDCPSGRLNLEEFQQLYVKFFPYG
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KB6 DPKAYAQHVFRSFDSNLDGTLDFKEYVIALHMTTAGKTNQKLEWAFSLYDVDGNGTISKN
: . .:::.::.::.: :::.::.:.. :: .:. :. .:::.:::..::.::.: :..
CCDS16 DASKFAQHAFRTFDKNGDGTIDFREFICALSITSRGSFEQKLNWAFNMYDLDGDGKITRV
60 70 80 90 100 110
130 140 150 160 170 180
pF1KB6 EVLEIVMAIFKMITPEDVKLLPDDENTPEKRAEKIWKYFGKNDDDKLTEKEFIEGTLANK
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CCDS16 EMLEIIEAIYKMVGTVIMMKMNEDGLTPEQRVDKIFSKMDKNKDDQITLDEFKEAAKSDP
120 130 140 150 160 170
190 200
pF1KB6 EILRLIQFEPQKVKEKMKNA
:. :.: . ::
CCDS16 SIVLLLQCDIQK
180 190
>>CCDS441.1 HPCAL4 gene_id:51440|Hs108|chr1 (191 aa)
initn: 600 init1: 600 opt: 609 Z-score: 684.8 bits: 133.5 E(32554): 8e-32
Smith-Waterman score: 609; 45.8% identity (78.1% similar) in 192 aa overlap (1-192:1-191)
10 20 30 40 50 60
pF1KB6 MGNSKSGALSKEILEELQLNTKFSEEELCSWYQSFLKDCPTGRITQQQFQSIYAKFFPDT
::...: :. :.::.: ::.:::.:: .::..::::::.: .. ..::..: ::::
CCDS44 MGKTNS-KLAPEVLEDLVQNTEFSEQELKQWYKGFLKDCPSGILNLEEFQQLYIKFFPYG
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KB6 DPKAYAQHVFRSFDSNLDGTLDFKEYVIALHMTTAGKTNQKLEWAFSLYDVDGNGTISKN
: . .:::.::.::.: :::.::.:.. :: .:. :. .:::.::: .::.::.: :..
CCDS44 DASKFAQHAFRTFDKNGDGTIDFREFICALSVTSRGSFEQKLNWAFEMYDLDGDGRITRL
60 70 80 90 100 110
130 140 150 160 170 180
pF1KB6 EVLEIVMAIFKMITPEDVKLLPDDENTPEKRAEKIWKYFGKNDDDKLTEKEFIEGTLANK
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CCDS44 EMLEIIEAIYKMVGTVIMMRMNQDGLTPQQRVDKIFKKMDQDKDDQITLEEFKEAAKSDP
120 130 140 150 160 170
190 200
pF1KB6 EILRLIQFEPQKVKEKMKNA
:. :.: . ::
CCDS44 SIVLLLQCDMQK
180 190
>>CCDS6932.1 NCS1 gene_id:23413|Hs108|chr9 (190 aa)
initn: 573 init1: 421 opt: 573 Z-score: 645.2 bits: 126.2 E(32554): 1.3e-29
Smith-Waterman score: 573; 45.2% identity (76.1% similar) in 188 aa overlap (1-188:1-185)
10 20 30 40 50 60
pF1KB6 MGNSKSGALSKEILEELQLNTKFSEEELCSWYQSFLKDCPTGRITQQQFQSIYAKFFPDT
::.:.: :. :..::: .: :.:.:. .::..:.::::.:.. ::.:: .:::
CCDS69 MGKSNS-KLKPEVVEELTRKTYFTEKEVQQWYKGFIKDCPSGQLDAAGFQKIYKQFFPFG
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KB6 DPKAYAQHVFRSFDSNLDGTLDFKEYVIALHMTTAGKTNQKLEWAFSLYDVDGNGTISKN
:: .: :: :: : :: ..:.:.. :: .:. : ..::.:::.:::.:..: :..:
CCDS69 DPTKFATFVFNVFDENKDGRIEFSEFIQALSVTSRGTLDEKLRWAFKLYDLDNDGYITRN
60 70 80 90 100 110
130 140 150 160 170 180
pF1KB6 EVLEIVMAIFKMITPEDVKLLPDDENTPEKRAEKIWKYFGKNDDDKLTEKEFIEGTLANK
:.:.:: ::..:. .. ::..:::::::...:. .. :: : ::: .:: ::. :.
CCDS69 EMLDIVDAIYQMVG--NTVELPEEENTPEKRVDRIFAMMDKNADGKLTLQEFQEGSKADP
120 130 140 150 160 170
190 200
pF1KB6 EILRLIQFEPQKVKEKMKNA
:.. ...
CCDS69 SIVQALSLYDGLV
180 190
>>CCDS78448.1 NCS1 gene_id:23413|Hs108|chr9 (172 aa)
initn: 530 init1: 384 opt: 522 Z-score: 589.5 bits: 115.7 E(32554): 1.6e-26
Smith-Waterman score: 522; 44.8% identity (76.4% similar) in 165 aa overlap (24-188:5-167)
10 20 30 40 50 60
pF1KB6 MGNSKSGALSKEILEELQLNTKFSEEELCSWYQSFLKDCPTGRITQQQFQSIYAKFFPDT
.:.:. .::..:.::::.:.. ::.:: .:::
CCDS78 MATITEKEVQQWYKGFIKDCPSGQLDAAGFQKIYKQFFPFG
10 20 30 40
70 80 90 100 110 120
pF1KB6 DPKAYAQHVFRSFDSNLDGTLDFKEYVIALHMTTAGKTNQKLEWAFSLYDVDGNGTISKN
:: .: :: :: : :: ..:.:.. :: .:. : ..::.:::.:::.:..: :..:
CCDS78 DPTKFATFVFNVFDENKDGRIEFSEFIQALSVTSRGTLDEKLRWAFKLYDLDNDGYITRN
50 60 70 80 90 100
130 140 150 160 170 180
pF1KB6 EVLEIVMAIFKMITPEDVKLLPDDENTPEKRAEKIWKYFGKNDDDKLTEKEFIEGTLANK
:.:.:: ::..:. .. ::..:::::::...:. .. :: : ::: .:: ::. :.
CCDS78 EMLDIVDAIYQMVG--NTVELPEEENTPEKRVDRIFAMMDKNADGKLTLQEFQEGSKADP
110 120 130 140 150
190 200
pF1KB6 EILRLIQFEPQKVKEKMKNA
:.. ...
CCDS78 SIVQALSLYDGLV
160 170
>>CCDS33245.1 KCNIP3 gene_id:30818|Hs108|chr2 (230 aa)
initn: 380 init1: 358 opt: 432 Z-score: 488.7 bits: 97.5 E(32554): 6.7e-21
Smith-Waterman score: 432; 35.8% identity (74.3% similar) in 179 aa overlap (12-189:51-227)
10 20 30 40
pF1KB6 MGNSKSGALSKEILEELQLNTKFSEEELCSWYQSFLKDCPT
: :..:: .:::...:: : :..: ..:::
CCDS33 VLKQFGILEPISMEDSSDSELELSTVRHQPEGLDQLQAQTKFTKKELQSLYRGFKNECPT
30 40 50 60 70 80
50 60 70 80 90 100
pF1KB6 GRITQQQFQSIYAKFFPDTDPKAYAQHVFRSFDSNLDGTLDFKEYVIALHMTTAGKTNQK
: . .. :. :::.:::. : .::. .: .::.. .:.. :...:..: . : ...:
CCDS33 GLVDEDTFKLIYAQFFPQGDATTYAHFLFNAFDADGNGAIHFEDFVVGLSILLRGTVHEK
90 100 110 120 130 140
110 120 130 140 150 160
pF1KB6 LEWAFSLYDVDGNGTISKNEVLEIVMAIFKMITPEDVKLLPDDENTPEKRAEKIWKYFGK
:.:::.:::.. .: :.:.:.: :. .:. :. . .: .: .: ...:.... . .
CCDS33 LKWAFNLYDINKDGYITKEEMLAIMKSIYDMMGRHTYPILRED--APAEHVERFFEKMDR
150 160 170 180 190
170 180 190 200
pF1KB6 NDDDKLTEKEFIEGTLANKEILRLIQ-FEPQKVKEKMKNA
:.: .: .::.:. ...:. .: ::
CCDS33 NQDGVVTIEEFLEACQKDENIMSSMQLFENVI
200 210 220 230
>>CCDS2013.1 KCNIP3 gene_id:30818|Hs108|chr2 (256 aa)
initn: 380 init1: 358 opt: 432 Z-score: 488.1 bits: 97.5 E(32554): 7.3e-21
Smith-Waterman score: 432; 35.8% identity (74.3% similar) in 179 aa overlap (12-189:77-253)
10 20 30 40
pF1KB6 MGNSKSGALSKEILEELQLNTKFSEEELCSWYQSFLKDCPT
: :..:: .:::...:: : :..: ..:::
CCDS20 LVKWILSSTAPQGSDSSDSELELSTVRHQPEGLDQLQAQTKFTKKELQSLYRGFKNECPT
50 60 70 80 90 100
50 60 70 80 90 100
pF1KB6 GRITQQQFQSIYAKFFPDTDPKAYAQHVFRSFDSNLDGTLDFKEYVIALHMTTAGKTNQK
: . .. :. :::.:::. : .::. .: .::.. .:.. :...:..: . : ...:
CCDS20 GLVDEDTFKLIYAQFFPQGDATTYAHFLFNAFDADGNGAIHFEDFVVGLSILLRGTVHEK
110 120 130 140 150 160
110 120 130 140 150 160
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