Result of FASTA (ccds) for
pFN21AB6863
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB6863, 179 aa
1>>>pF1KB6863 179 - 179 aa - 179 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.5861+/-0.00112; mu= 11.0303+/- 0.068
mean_var=84.7188+/-18.543, 0's: 0 Z-trim(103.7): 139 B-trim: 552 in 2/47
Lambda= 0.139343
statistics sampled from 7338 (7518) to 7338 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.606), E-opt: 0.2 (0.231), width: 16
Scan time: 1.310
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS2195.1 ARL5A gene_id:26225|Hs108|chr2 ( 179) 1187 248.5 1.6e-66
CCDS7131.1 ARL5B gene_id:221079|Hs108|chr10 ( 179) 1010 212.9 8.4e-56
CCDS46425.1 ARL5A gene_id:26225|Hs108|chr2 ( 142) 941 199.0 1.1e-51
CCDS45664.1 ARL5C gene_id:390790|Hs108|chr17 ( 179) 762 163.1 8.6e-41
CCDS1565.1 ARF1 gene_id:375|Hs108|chr1 ( 181) 607 131.9 2.1e-31
CCDS8774.1 ARF3 gene_id:377|Hs108|chr12 ( 181) 598 130.1 7.3e-31
CCDS44958.1 ARL1 gene_id:400|Hs108|chr12 ( 181) 582 126.9 6.8e-30
CCDS2884.1 ARF4 gene_id:378|Hs108|chr3 ( 180) 569 124.3 4.1e-29
CCDS34745.1 ARF5 gene_id:381|Hs108|chr7 ( 180) 560 122.5 1.4e-28
CCDS9695.1 ARF6 gene_id:382|Hs108|chr14 ( 175) 550 120.4 5.7e-28
CCDS3987.1 TRIM23 gene_id:373|Hs108|chr5 ( 574) 503 111.4 1e-24
CCDS7538.1 ARL3 gene_id:403|Hs108|chr10 ( 182) 486 107.6 4.4e-24
CCDS8088.1 ARL2 gene_id:402|Hs108|chr11 ( 184) 484 107.2 5.8e-24
CCDS3192.1 ARL14 gene_id:80117|Hs108|chr3 ( 192) 454 101.2 3.9e-22
CCDS43322.1 TRIM23 gene_id:373|Hs108|chr5 ( 569) 450 100.7 1.6e-21
CCDS73510.1 ARL1 gene_id:400|Hs108|chr12 ( 135) 434 97.0 4.9e-21
CCDS9419.1 ARL11 gene_id:115761|Hs108|chr13 ( 196) 428 95.9 1.5e-20
CCDS5359.1 ARL4A gene_id:10124|Hs108|chr7 ( 200) 426 95.5 2e-20
CCDS2928.1 ARL6 gene_id:84100|Hs108|chr3 ( 186) 423 94.9 2.9e-20
CCDS3986.1 TRIM23 gene_id:373|Hs108|chr5 ( 546) 423 95.3 6.7e-20
CCDS13533.1 ARFRP1 gene_id:10139|Hs108|chr20 ( 201) 417 93.7 7.1e-20
CCDS2512.1 ARL4C gene_id:10123|Hs108|chr2 ( 192) 413 92.9 1.2e-19
CCDS63169.1 ARL4C gene_id:10123|Hs108|chr2 ( 201) 413 92.9 1.2e-19
CCDS46630.1 ARFRP1 gene_id:10139|Hs108|chr20 ( 173) 370 84.2 4.4e-17
CCDS11463.1 ARL4D gene_id:379|Hs108|chr17 ( 201) 370 84.3 5e-17
CCDS68172.1 ARFRP1 gene_id:10139|Hs108|chr20 ( 154) 347 79.6 9.9e-16
CCDS2566.1 ARL8B gene_id:55207|Hs108|chr3 ( 186) 307 71.6 3e-13
CCDS1421.1 ARL8A gene_id:127829|Hs108|chr1 ( 186) 297 69.6 1.2e-12
CCDS55770.1 ARL2 gene_id:402|Hs108|chr11 ( 157) 291 68.3 2.5e-12
CCDS2925.1 ARL13B gene_id:200894|Hs108|chr3 ( 428) 273 65.0 6.6e-11
>>CCDS2195.1 ARL5A gene_id:26225|Hs108|chr2 (179 aa)
initn: 1187 init1: 1187 opt: 1187 Z-score: 1307.6 bits: 248.5 E(32554): 1.6e-66
Smith-Waterman score: 1187; 100.0% identity (100.0% similar) in 179 aa overlap (1-179:1-179)
10 20 30 40 50 60
pF1KB6 MGILFTRIWRLFNHQEHKVIIVGLDNAGKTTILYQFSMNEVVHTSPTIGSNVEEIVINNT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS21 MGILFTRIWRLFNHQEHKVIIVGLDNAGKTTILYQFSMNEVVHTSPTIGSNVEEIVINNT
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB6 RFLMWDIGGQESLRSSWNTYYTNTEFVIVVVDSTDRERISVTREELYKMLAHEDLRKAGL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS21 RFLMWDIGGQESLRSSWNTYYTNTEFVIVVVDSTDRERISVTREELYKMLAHEDLRKAGL
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170
pF1KB6 LIFANKQDVKECMTVAEISQFLKLTSIKDHQWHIQACCALTGEGLCQGLEWMMSRLKIR
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS21 LIFANKQDVKECMTVAEISQFLKLTSIKDHQWHIQACCALTGEGLCQGLEWMMSRLKIR
130 140 150 160 170
>>CCDS7131.1 ARL5B gene_id:221079|Hs108|chr10 (179 aa)
initn: 1010 init1: 1010 opt: 1010 Z-score: 1115.3 bits: 212.9 E(32554): 8.4e-56
Smith-Waterman score: 1010; 79.9% identity (95.0% similar) in 179 aa overlap (1-179:1-179)
10 20 30 40 50 60
pF1KB6 MGILFTRIWRLFNHQEHKVIIVGLDNAGKTTILYQFSMNEVVHTSPTIGSNVEEIVINNT
::..:...: :: .:::::::::::::::::::::: :::::::::::::::::::..::
CCDS71 MGLIFAKLWSLFCNQEHKVIIVGLDNAGKTTILYQFLMNEVVHTSPTIGSNVEEIVVKNT
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB6 RFLMWDIGGQESLRSSWNTYYTNTEFVIVVVDSTDRERISVTREELYKMLAHEDLRKAGL
.::::::::::::::::::::.::::.:.:::: ::::...:.::::.::::::::::..
CCDS71 HFLMWDIGGQESLRSSWNTYYSNTEFIILVVDSIDRERLAITKEELYRMLAHEDLRKAAV
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170
pF1KB6 LIFANKQDVKECMTVAEISQFLKLTSIKDHQWHIQACCALTGEGLCQGLEWMMSRLKIR
::::::::.: :::.::::..: :.::::: ::::.:::::::::::::::: ::. .:
CCDS71 LIFANKQDMKGCMTAAEISKYLTLSSIKDHPWHIQSCCALTGEGLCQGLEWMTSRIGVR
130 140 150 160 170
>>CCDS46425.1 ARL5A gene_id:26225|Hs108|chr2 (142 aa)
initn: 941 init1: 941 opt: 941 Z-score: 1041.7 bits: 199.0 E(32554): 1.1e-51
Smith-Waterman score: 941; 100.0% identity (100.0% similar) in 142 aa overlap (38-179:1-142)
10 20 30 40 50 60
pF1KB6 IWRLFNHQEHKVIIVGLDNAGKTTILYQFSMNEVVHTSPTIGSNVEEIVINNTRFLMWDI
::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS46 MNEVVHTSPTIGSNVEEIVINNTRFLMWDI
10 20 30
70 80 90 100 110 120
pF1KB6 GGQESLRSSWNTYYTNTEFVIVVVDSTDRERISVTREELYKMLAHEDLRKAGLLIFANKQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS46 GGQESLRSSWNTYYTNTEFVIVVVDSTDRERISVTREELYKMLAHEDLRKAGLLIFANKQ
40 50 60 70 80 90
130 140 150 160 170
pF1KB6 DVKECMTVAEISQFLKLTSIKDHQWHIQACCALTGEGLCQGLEWMMSRLKIR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS46 DVKECMTVAEISQFLKLTSIKDHQWHIQACCALTGEGLCQGLEWMMSRLKIR
100 110 120 130 140
>>CCDS45664.1 ARL5C gene_id:390790|Hs108|chr17 (179 aa)
initn: 788 init1: 762 opt: 762 Z-score: 845.8 bits: 163.1 E(32554): 8.6e-41
Smith-Waterman score: 762; 65.1% identity (84.6% similar) in 175 aa overlap (1-175:1-175)
10 20 30 40 50 60
pF1KB6 MGILFTRIWRLFNHQEHKVIIVGLDNAGKTTILYQFSMNEVVHTSPTIGSNVEEIVINNT
:: :.... .:..::: :::::::: :::::::.: ::::: ::::::::::.. .:
CCDS45 MGQLIAKLMSIFGNQEHTVIIVGLDNEGKTTILYRFLTNEVVHMCPTIGSNVEEIILPKT
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB6 RFLMWDIGGQESLRSSWNTYYTNTEFVIVVVDSTDRERISVTREELYKMLAHEDLRKAGL
.:.:::: :.: :::::.::::.:.:.:::::.:. .:::::::::::: :. :..
CCDS45 HFFMWDIVRPEALSFIWNTYYSNTEFIILVIDSTDRDRLLTTREELYKMLAHEALQDASV
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170
pF1KB6 LIFANKQDVKECMTVAEISQFLKLTSIKDHQWHIQACCALTGEGLCQGLEWMMSRLKIR
::::::::::. : ..:::.:: :..::::.::::.::::: ::: :.:: :.
CCDS45 LIFANKQDVKDSMRMVEISHFLTLSTIKDHSWHIQGCCALTREGLPARLQWMESQAAAN
130 140 150 160 170
>>CCDS1565.1 ARF1 gene_id:375|Hs108|chr1 (181 aa)
initn: 592 init1: 592 opt: 607 Z-score: 677.4 bits: 131.9 E(32554): 2.1e-31
Smith-Waterman score: 607; 48.9% identity (80.9% similar) in 178 aa overlap (1-177:1-178)
10 20 30 40 50
pF1KB6 MGILFTRIWR-LFNHQEHKVIIVGLDNAGKTTILYQFSMNEVVHTSPTIGSNVEEIVINN
:: .:. ... ::...: ....:::: ::::::::.....:.: : :::: ::: . .:
CCDS15 MGNIFANLFKGLFGKKEMRILMVGLDAAGKTTILYKLKLGEIVTTIPTIGFNVETVEYKN
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KB6 TRFLMWDIGGQESLRSSWNTYYTNTEFVIVVVDSTDRERISVTREELYKMLAHEDLRKAG
: .::.:::...: : :. ::. .: ::::.::::.. .::::..:::...:: :
CCDS15 ISFTVWDVGGQDKIRPLWRHYFQNTQGLIFVVDSNDRERVNEAREELMRMLAEDELRDAV
70 80 90 100 110 120
120 130 140 150 160 170
pF1KB6 LLIFANKQDVKECMTVAEISQFLKLTSIKDHQWHIQACCALTGEGLCQGLEWMMSRLKIR
::.::::::. . :..:::.. : : :.. ..:.::: :: .:.:: .::.:. ..:.
CCDS15 LLVFANKQDLPNAMNAAEITDKLGLHSLRHRNWYIQATCATSGDGLYEGLDWLSNQLRNQ
130 140 150 160 170 180
CCDS15 K
>>CCDS8774.1 ARF3 gene_id:377|Hs108|chr12 (181 aa)
initn: 588 init1: 588 opt: 598 Z-score: 667.6 bits: 130.1 E(32554): 7.3e-31
Smith-Waterman score: 598; 48.9% identity (79.8% similar) in 178 aa overlap (1-177:1-178)
10 20 30 40 50
pF1KB6 MGILFTRIWR-LFNHQEHKVIIVGLDNAGKTTILYQFSMNEVVHTSPTIGSNVEEIVINN
:: .: . . :....: ....:::: ::::::::.....:.: : :::: ::: . .:
CCDS87 MGNIFGNLLKSLIGKKEMRILMVGLDAAGKTTILYKLKLGEIVTTIPTIGFNVETVEYKN
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KB6 TRFLMWDIGGQESLRSSWNTYYTNTEFVIVVVDSTDRERISVTREELYKMLAHEDLRKAG
: .::.:::...: : :. ::. .: ::::.::::.. .::::..:::...:: :
CCDS87 ISFTVWDVGGQDKIRPLWRHYFQNTQGLIFVVDSNDRERVNEAREELMRMLAEDELRDAV
70 80 90 100 110 120
120 130 140 150 160 170
pF1KB6 LLIFANKQDVKECMTVAEISQFLKLTSIKDHQWHIQACCALTGEGLCQGLEWMMSRLKIR
::.::::::. . :..:::.. : : :.. ..:.::: :: .:.:: .::.:. ..::
CCDS87 LLVFANKQDLPNAMNAAEITDKLGLHSLRHRNWYIQATCATSGDGLYEGLDWLANQLKNK
130 140 150 160 170 180
CCDS87 K
>>CCDS44958.1 ARL1 gene_id:400|Hs108|chr12 (181 aa)
initn: 586 init1: 568 opt: 582 Z-score: 650.2 bits: 126.9 E(32554): 6.8e-30
Smith-Waterman score: 582; 48.9% identity (76.7% similar) in 180 aa overlap (1-179:1-180)
10 20 30 40 50
pF1KB6 MGILFTRIWR-LFNHQEHKVIIVGLDNAGKTTILYQFSMNEVVHTSPTIGSNVEEIVINN
:: .:. :. ::. .: ...:.:::.::::::::.....::: : :::: ::: .. .:
CCDS44 MGGFFSSIFSSLFGTREMRILILGLDGAGKTTILYRLQVGEVVTTIPTIGFNVETVTYKN
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KB6 TRFLMWDIGGQESLRSSWNTYYTNTEFVIVVVDSTDRERISVTREELYKMLAHEDLRKAG
.: .::.::: :.: : ::.::. :: :::: ::.::.... :: :: .:.::::
CCDS44 LKFQVWDLGGQTSIRPYWRCYYSNTDAVIYVVDSCDRDRIGISKSELVAMLEEEELRKAI
70 80 90 100 110 120
120 130 140 150 160 170
pF1KB6 LLIFANKQDVKECMTVAEISQFLKLTSIKDHQWHIQACCALTGEGLCQGLEWMMSRLKIR
:..::::::... :: .:... : : ..::..:.: : : :: ...::.. :: :
CCDS44 LVVFANKQDMEQAMTSSEMANSLGLPALKDRKWQIFKTSATKGTGLDEAMEWLVETLKSR
130 140 150 160 170 180
CCDS44 Q
>>CCDS2884.1 ARF4 gene_id:378|Hs108|chr3 (180 aa)
initn: 561 init1: 561 opt: 569 Z-score: 636.1 bits: 124.3 E(32554): 4.1e-29
Smith-Waterman score: 569; 46.1% identity (77.2% similar) in 180 aa overlap (1-179:1-180)
10 20 30 40 50
pF1KB6 MGILFTRIW-RLFNHQEHKVIIVGLDNAGKTTILYQFSMNEVVHTSPTIGSNVEEIVINN
::. .. .. :::.... ....:::: ::::::::.....:.: : :::: ::: . .:
CCDS28 MGLTISSLFSRLFGKKQMRILMVGLDAAGKTTILYKLKLGEIVTTIPTIGFNVETVEYKN
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KB6 TRFLMWDIGGQESLRSSWNTYYTNTEFVIVVVDSTDRERISVTREELYKMLAHEDLRKAG
: .::.:::. .: :. :. ::. .: ::::.:::::. . .:: ::: ..:: :
CCDS28 ICFTVWDVGGQDRIRPLWKHYFQNTQGLIFVVDSNDRERIQEVADELQKMLLVDELRDAV
70 80 90 100 110 120
120 130 140 150 160 170
pF1KB6 LLIFANKQDVKECMTVAEISQFLKLTSIKDHQWHIQACCALTGEGLCQGLEWMMSRLKIR
::.::::::. . :...:... : : :.... :..:: :: : :: .::.:. ..:. :
CCDS28 LLLFANKQDLPNAMAISEMTDKLGLQSLRNRTWYVQATCATQGTGLYEGLDWLSNELSKR
130 140 150 160 170 180
>>CCDS34745.1 ARF5 gene_id:381|Hs108|chr7 (180 aa)
initn: 537 init1: 523 opt: 560 Z-score: 626.3 bits: 122.5 E(32554): 1.4e-28
Smith-Waterman score: 560; 45.0% identity (75.6% similar) in 180 aa overlap (1-179:1-180)
10 20 30 40 50
pF1KB6 MGILFTRIW-RLFNHQEHKVIIVGLDNAGKTTILYQFSMNEVVHTSPTIGSNVEEIVINN
::. . .. :.:.... ....:::: ::::::::.....:.: : :::: ::: . .:
CCDS34 MGLTVSALFSRIFGKKQMRILMVGLDAAGKTTILYKLKLGEIVTTIPTIGFNVETVEYKN
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KB6 TRFLMWDIGGQESLRSSWNTYYTNTEFVIVVVDSTDRERISVTREELYKMLAHEDLRKAG
: .::.:::...: : :. ::. .: ::::.::::.. . .:: ::: ...:: :
CCDS34 ICFTVWDVGGQDKIRPLWRHYFQNTQGLIFVVDSNDRERVQESADELQKMLQEDELRDAV
70 80 90 100 110 120
120 130 140 150 160 170
pF1KB6 LLIFANKQDVKECMTVAEISQFLKLTSIKDHQWHIQACCALTGEGLCQGLEWMMSRLKIR
::.::::::. . : :.:... : : .... :..:: :: : :: .::.:. .:. :
CCDS34 LLVFANKQDMPNAMPVSELTDKLGLQHLRSRTWYVQATCATQGTGLYDGLDWLSHELSKR
130 140 150 160 170 180
>>CCDS9695.1 ARF6 gene_id:382|Hs108|chr14 (175 aa)
initn: 530 init1: 514 opt: 550 Z-score: 615.6 bits: 120.4 E(32554): 5.7e-28
Smith-Waterman score: 550; 44.1% identity (76.8% similar) in 177 aa overlap (1-177:1-174)
10 20 30 40 50 60
pF1KB6 MGILFTRIWRLFNHQEHKVIIVGLDNAGKTTILYQFSMNEVVHTSPTIGSNVEEIVINNT
:: ....: :...: .....::: ::::::::...... : : ::.: ::: .. .:.
CCDS96 MGKVLSKI---FGNKEMRILMLGLDAAGKTTILYKLKLGQSVTTIPTVGFNVETVTYKNV
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KB6 RFLMWDIGGQESLRSSWNTYYTNTEFVIVVVDSTDRERISVTREELYKMLAHEDLRKAGL
.: .::.:::...: : :::.:. .: ::: .::.::. .:.::.... ...: : .
CCDS96 KFNVWDVGGQDKIRPLWRHYYTGTQGLIFVVDCADRDRIDEARQELHRIINDREMRDAII
60 70 80 90 100 110
130 140 150 160 170
pF1KB6 LIFANKQDVKECMTVAEISQFLKLTSIKDHQWHIQACCALTGEGLCQGLEWMMSRLKIR
::::::::. . : ::.. : :: :.:..:..: :: .:.:: .:: :. : :
CCDS96 LIFANKQDLPDAMKPHEIQEKLGLTRIRDRNWYVQPSCATSGDGLYEGLTWLTSNYKS
120 130 140 150 160 170
179 residues in 1 query sequences
18511270 residues in 32554 library sequences
Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]