FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KE3646, 195 aa 1>>>pF1KE3646 195 - 195 aa - 195 aa Library: human.CCDS.faa 18511270 residues in 32554 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.1971+/-0.000907; mu= 13.4712+/- 0.055 mean_var=73.2285+/-14.472, 0's: 0 Z-trim(106.6): 214 B-trim: 263 in 1/49 Lambda= 0.149877 statistics sampled from 8834 (9068) to 8834 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.669), E-opt: 0.2 (0.279), width: 16 Scan time: 1.890 The best scores are: opt bits E(32554) CCDS45826.1 RAB31 gene_id:11031|Hs108|chr18 ( 195) 1310 292.3 1.3e-79 CCDS33497.1 RAB22A gene_id:57403|Hs108|chr20 ( 194) 897 203.0 9.5e-53 CCDS2633.1 RAB5A gene_id:5868|Hs108|chr3 ( 215) 604 139.7 1.2e-33 CCDS11419.1 RAB5C gene_id:5878|Hs108|chr17 ( 216) 592 137.1 7.4e-33 CCDS58551.1 RAB5C gene_id:5878|Hs108|chr17 ( 249) 592 137.1 8.3e-33 CCDS8900.1 RAB5B gene_id:5869|Hs108|chr12 ( 215) 586 135.8 1.8e-32 CCDS46306.1 RAB1A gene_id:5861|Hs108|chr2 ( 205) 497 116.5 1.1e-26 CCDS8223.1 RAB6A gene_id:5870|Hs108|chr11 ( 208) 489 114.8 3.6e-26 CCDS3082.1 RAB6B gene_id:51560|Hs108|chr3 ( 208) 486 114.2 5.7e-26 CCDS9003.1 RAB21 gene_id:23011|Hs108|chr12 ( 225) 486 114.2 6.1e-26 CCDS2520.1 RAB17 gene_id:64284|Hs108|chr2 ( 212) 480 112.9 1.4e-25 CCDS8224.1 RAB6A gene_id:5870|Hs108|chr11 ( 208) 479 112.6 1.6e-25 CCDS77710.1 RAB5A gene_id:5868|Hs108|chr3 ( 201) 477 112.2 2.1e-25 CCDS31613.1 RAB1B gene_id:81876|Hs108|chr11 ( 201) 476 112.0 2.5e-25 CCDS41413.1 RAB25 gene_id:57111|Hs108|chr1 ( 213) 473 111.4 4.1e-25 CCDS10212.1 RAB11A gene_id:8766|Hs108|chr15 ( 216) 473 111.4 4.1e-25 CCDS82514.1 WTH3DI gene_id:150786|Hs108|chr2 ( 254) 473 111.4 4.7e-25 CCDS12201.1 RAB11B gene_id:9230|Hs108|chr19 ( 218) 469 110.5 7.5e-25 CCDS1720.1 RAB10 gene_id:10890|Hs108|chr2 ( 200) 465 109.6 1.3e-24 CCDS46408.1 RAB6C gene_id:84084|Hs108|chr2 ( 254) 458 108.2 4.4e-24 CCDS10183.1 RAB8B gene_id:51762|Hs108|chr15 ( 207) 454 107.2 6.9e-24 CCDS12339.1 RAB8A gene_id:4218|Hs108|chr19 ( 207) 452 106.8 9.3e-24 CCDS41846.1 RAB35 gene_id:11021|Hs108|chr12 ( 201) 441 104.4 4.7e-23 CCDS1058.1 RAB13 gene_id:5872|Hs108|chr1 ( 203) 439 104.0 6.4e-23 CCDS7155.1 RAB18 gene_id:22931|Hs108|chr10 ( 206) 439 104.0 6.5e-23 CCDS8264.1 RAB30 gene_id:27314|Hs108|chr11 ( 203) 438 103.8 7.4e-23 CCDS35322.2 RAB41 gene_id:347517|Hs108|chrX ( 221) 427 101.4 4.1e-22 CCDS33850.1 RAB43 gene_id:339122|Hs108|chr3 ( 212) 424 100.8 6.3e-22 CCDS34762.2 RAB19 gene_id:401409|Hs108|chr7 ( 217) 424 100.8 6.4e-22 CCDS3052.1 RAB7A gene_id:7879|Hs108|chr3 ( 207) 423 100.5 7.2e-22 CCDS6175.1 RAB2A gene_id:5862|Hs108|chr8 ( 212) 423 100.5 7.3e-22 CCDS14766.1 RAB39B gene_id:116442|Hs108|chrX ( 213) 423 100.5 7.3e-22 CCDS58373.1 RAB11A gene_id:8766|Hs108|chr15 ( 155) 420 99.8 8.9e-22 CCDS12257.1 RAB3D gene_id:9545|Hs108|chr19 ( 219) 421 100.1 1e-21 CCDS9570.1 RAB2B gene_id:84932|Hs108|chr14 ( 216) 416 99.0 2.1e-21 CCDS58155.1 RAB6A gene_id:5870|Hs108|chr11 ( 175) 411 97.9 3.8e-21 CCDS11703.1 RAB37 gene_id:326624|Hs108|chr17 ( 216) 411 98.0 4.5e-21 CCDS31050.1 RAB4A gene_id:5867|Hs108|chr1 ( 218) 402 96.0 1.7e-20 CCDS42410.1 RAB12 gene_id:201475|Hs108|chr18 ( 244) 402 96.0 1.9e-20 CCDS33030.1 RAB4B gene_id:53916|Hs108|chr19 ( 213) 401 95.8 2e-20 CCDS6827.1 RAB14 gene_id:51552|Hs108|chr9 ( 215) 398 95.1 3.1e-20 CCDS82198.1 RAB37 gene_id:326624|Hs108|chr17 ( 196) 397 94.9 3.4e-20 CCDS32722.1 RAB37 gene_id:326624|Hs108|chr17 ( 223) 397 94.9 3.7e-20 CCDS54161.1 RAB37 gene_id:326624|Hs108|chr17 ( 228) 397 94.9 3.8e-20 CCDS8338.1 RAB39A gene_id:54734|Hs108|chr11 ( 217) 392 93.8 7.7e-20 CCDS3976.1 RAB3C gene_id:115827|Hs108|chr5 ( 227) 390 93.4 1.1e-19 CCDS12372.1 RAB3A gene_id:5864|Hs108|chr19 ( 220) 389 93.2 1.2e-19 CCDS3747.1 RAB33B gene_id:83452|Hs108|chr4 ( 229) 387 92.8 1.7e-19 CCDS34300.1 RAB24 gene_id:53917|Hs108|chr5 ( 203) 382 91.7 3.3e-19 CCDS560.1 RAB3B gene_id:5865|Hs108|chr1 ( 219) 382 91.7 3.5e-19 >>CCDS45826.1 RAB31 gene_id:11031|Hs108|chr18 (195 aa) initn: 1310 init1: 1310 opt: 1310 Z-score: 1543.0 bits: 292.3 E(32554): 1.3e-79 Smith-Waterman score: 1310; 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CCDS26 MASRGATRPNGPNTGNKICQFKLVLLGESAVGKSSLVLRFVKGQFHEFQESTIGAAFLTQ 10 20 30 40 50 60 50 60 70 80 90 100 pF1KE3 TVPCGNELHKFLIWDTAGQERFHSLAPMYYRGSAAAVIVYDITKQDSFYTLKKWVKELKE :: . :: :::::::::.::::::::::. ::..:::::...:: :.:::::.. CCDS26 TVCLDDTTVKFEIWDTAGQERYHSLAPMYYRGAQAAIVVYDITNEESFARAKNWVKELQR 70 80 90 100 110 120 110 120 130 140 150 160 pF1KE3 HGPENIVMAIAGNKCDLSDIREVPLKDAKEYAESIGAIVVETSAKNAINIEELFQGISRQ .. :::.:..::: ::.. : : ...:. ::.. . . .:::::...:..:.:..:... CCDS26 QASPNIVIALSGNKADLANKRAVDFQEAQSYADDNSLLFMETSAKTSMNVNEIFMAIAKK 130 140 150 160 170 180 170 180 190 pF1KE3 IPPLDPHENGNNGT----IKVEKPTMQASRRCC .: .:.. : :.. . . .::. . .:: CCDS26 LPKNEPQNPGANSARGRGVDLTEPTQPTRNQCCSN 190 200 210 >>CCDS11419.1 RAB5C gene_id:5878|Hs108|chr17 (216 aa) initn: 557 init1: 557 opt: 592 Z-score: 703.4 bits: 137.1 E(32554): 7.4e-33 Smith-Waterman score: 592; 45.9% identity (76.0% similar) in 196 aa overlap (4-195:19-214) 10 20 30 40 pF1KE3 MMAIRELKVCLLGDTGVGKSSIVCRFVQDHFDHNISPTIGASFMT : ..:. :::...:::::.: :::. .: . ::::.:.: CCDS11 MAGRGGAARPNGPAAGNKICQFKLVLLGESAVGKSSLVLRFVKGQFHEYQESTIGAAFLT 10 20 30 40 50 60 50 60 70 80 90 100 pF1KE3 KTVPCGNELHKFLIWDTAGQERFHSLAPMYYRGSAAAVIVYDITKQDSFYTLKKWVKELK .:: . :: :::::::::.::::::::::. ::..:::::. :.: :.:::::. CCDS11 QTVCLDDTTVKFEIWDTAGQERYHSLAPMYYRGAQAAIVVYDITNTDTFARAKNWVKELQ 70 80 90 100 110 120 110 120 130 140 150 160 pF1KE3 EHGPENIVMAIAGNKCDLSDIREVPLKDAKEYAESIGAIVVETSAKNAINIEELFQGISR ... :::.:.:::: ::.. : : ...:. ::.. . . .:::::.:.:..:.:..:.. CCDS11 RQASPNIVIALAGNKADLASKRAVEFQEAQAYADDNSLLFMETSAKTAMNVNEIFMAIAK 130 140 150 160 170 180 170 180 190 pF1KE3 QIPPLDPHEN----GNNGTIKVEKPTMQASRRCC ..: .:.. : : . ... . . .:: CCDS11 KLPKNEPQNATGAPGRNRGVDLQENNPASRSQCCSN 190 200 210 >>CCDS58551.1 RAB5C gene_id:5878|Hs108|chr17 (249 aa) initn: 557 init1: 557 opt: 592 Z-score: 702.5 bits: 137.1 E(32554): 8.3e-33 Smith-Waterman score: 592; 45.9% identity (76.0% similar) in 196 aa overlap (4-195:52-247) 10 20 30 pF1KE3 MMAIRELKVCLLGDTGVGKSSIVCRFVQDHFDH : ..:. :::...:::::.: :::. .: . CCDS58 PHALWTTTAGRAMAGRGGAARPNGPAAGNKICQFKLVLLGESAVGKSSLVLRFVKGQFHE 30 40 50 60 70 80 40 50 60 70 80 90 pF1KE3 NISPTIGASFMTKTVPCGNELHKFLIWDTAGQERFHSLAPMYYRGSAAAVIVYDITKQDS ::::.:.:.:: . :: :::::::::.::::::::::. ::..:::::. :. CCDS58 YQESTIGAAFLTQTVCLDDTTVKFEIWDTAGQERYHSLAPMYYRGAQAAIVVYDITNTDT 90 100 110 120 130 140 100 110 120 130 140 150 pF1KE3 FYTLKKWVKELKEHGPENIVMAIAGNKCDLSDIREVPLKDAKEYAESIGAIVVETSAKNA : :.:::::.... :::.:.:::: ::.. : : ...:. ::.. . . .:::::.: CCDS58 FARAKNWVKELQRQASPNIVIALAGNKADLASKRAVEFQEAQAYADDNSLLFMETSAKTA 150 160 170 180 190 200 160 170 180 190 pF1KE3 INIEELFQGISRQIPPLDPHEN----GNNGTIKVEKPTMQASRRCC .:..:.:..:....: .:.. : : . ... . . .:: CCDS58 MNVNEIFMAIAKKLPKNEPQNATGAPGRNRGVDLQENNPASRSQCCSN 210 220 230 240 >>CCDS8900.1 RAB5B gene_id:5869|Hs108|chr12 (215 aa) initn: 581 init1: 557 opt: 586 Z-score: 696.4 bits: 135.8 E(32554): 1.8e-32 Smith-Waterman score: 586; 45.4% identity (76.5% similar) in 196 aa overlap (4-195:18-213) 10 20 30 40 pF1KE3 MMAIRELKVCLLGDTGVGKSSIVCRFVQDHFDHNISPTIGASFMTK : ..:. :::...:::::.: :::. .: . ::::.:.:. CCDS89 MTSRSTARPNGQPQASKICQFKLVLLGESAVGKSSLVLRFVKGQFHEYQESTIGAAFLTQ 10 20 30 40 50 60 50 60 70 80 90 100 pF1KE3 TVPCGNELHKFLIWDTAGQERFHSLAPMYYRGSAAAVIVYDITKQDSFYTLKKWVKELKE .: . :: :::::::::.::::::::::. ::..:::::.:..: : :::::.. CCDS89 SVCLDDTTVKFEIWDTAGQERYHSLAPMYYRGAQAAIVVYDITNQETFARAKTWVKELQR 70 80 90 100 110 120 110 120 130 140 150 160 pF1KE3 HGPENIVMAIAGNKCDLSDIREVPLKDAKEYAESIGAIVVETSAKNAINIEELFQGISRQ .. .::.:.:::: ::.. : : ..:. ::.. . . .:::::.:.:...:: .:... CCDS89 QASPSIVIALAGNKADLANKRMVEYEEAQAYADDNSLLFMETSAKTAMNVNDLFLAIAKK 130 140 150 160 170 180 170 180 190 pF1KE3 IPPLDPHE-NGNNGT---IKVEKPTMQASRRCC .: .:.. .: : . ... ..: . .:: CCDS89 LPKSEPQNLGGAAGRSRGVDLHEQSQQNKSQCCSN 190 200 210 >>CCDS46306.1 RAB1A gene_id:5861|Hs108|chr2 (205 aa) initn: 463 init1: 463 opt: 497 Z-score: 592.7 bits: 116.5 E(32554): 1.1e-26 Smith-Waterman score: 497; 38.1% identity (72.2% similar) in 194 aa overlap (7-195:12-205) 10 20 30 40 50 pF1KE3 MMAIRELKVCLLGDTGVGKSSIVCRFVQDHFDHNISPTIGASFMTKTVPCGNELH .:. :.::.::::: .. ::..: . .. :::..: .:. .. CCDS46 MSSMNPEYDYLFKLLLIGDSGVGKSCLLLRFADDTYTESYISTIGVDFKIRTIELDGKTI 10 20 30 40 50 60 60 70 80 90 100 110 pF1KE3 KFLIWDTAGQERFHSLAPMYYRGSAAAVIVYDITKQDSFYTLKKWVKELKEHGPENIVMA :. ::::::::::.... ::::. . ..:::.: :.:: ..:.:..:. ... ::. CCDS46 KLQIWDTAGQERFRTITSSYYRGAHGIIVVYDVTDQESFNNVKQWLQEIDRYASENVNKL 70 80 90 100 110 120 120 130 140 150 160 170 pF1KE3 IAGNKCDLSDIREVPLKDAKEYAESIGAIVVETSAKNAINIEELFQG----ISRQIPPLD ..::::::. . : :::.:.:.: .::::::: :.:. :. :.... : CCDS46 LVGNKCDLTTKKVVDYTTAKEFADSLGIPFLETSAKNATNVEQSFMTMAAEIKKRMGPGA 130 140 150 160 170 180 180 190 pF1KE3 PHENGNNGTIKVEK-PTMQASRRCC .......:... :. :.. :: CCDS46 TAGGAEKSNVKIQSTPVKQSGGGCC 190 200 >>CCDS8223.1 RAB6A gene_id:5870|Hs108|chr11 (208 aa) initn: 499 init1: 456 opt: 489 Z-score: 583.2 bits: 114.8 E(32554): 3.6e-26 Smith-Waterman score: 489; 37.6% identity (72.5% similar) in 189 aa overlap (4-189:11-199) 10 20 30 40 50 pF1KE3 MMAIRELKVCLLGDTGVGKSSIVCRFVQDHFDHNISPTIGASFMTKTVPCGNE .:..:. .::. .:::.:.. ::. : ::.. . ::: .:..::. .. CCDS82 MSTGGDFGNPLRKFKLVFLGEQSVGKTSLITRFMYDSFDNTYQATIGIDFLSKTMYLEDR 10 20 30 40 50 60 60 70 80 90 100 110 pF1KE3 LHKFLIWDTAGQERFHSLAPMYYRGSAAAVIVYDITKQDSFYTLKKWVKELKEHGPENIV .. .:::::::::.:: : : : :::::.:::::. .:: ::. ... . ... CCDS82 TIRLQLWDTAGQERFRSLIPSYIRDSAAAVVVYDITNVNSFQQTTKWIDDVRTERGSDVI 70 80 90 100 110 120 120 130 140 150 160 170 pF1KE3 MAIAGNKCDLSDIREVPLKDAKEYAESIGAIVVETSAKNAINIEELFQGISRQIPPLDPH . ..::: ::.: :.: ...... :. .... .::::: . :...::. .. .: .. CCDS82 IMLVGNKTDLADKRQVSIEEGERKAKELNVMFIETSAKAGYNVKQLFRRVAAALPGMEST 130 140 150 160 170 180 180 190 pF1KE3 ENGNNGT---IKVEKPTMQASRRCC .. . ::.::: : CCDS82 QDRSREDMIDIKLEKPQEQPVSEGGCSC 190 200 >>CCDS3082.1 RAB6B gene_id:51560|Hs108|chr3 (208 aa) initn: 486 init1: 451 opt: 486 Z-score: 579.7 bits: 114.2 E(32554): 5.7e-26 Smith-Waterman score: 486; 36.2% identity (74.5% similar) in 196 aa overlap (4-195:11-206) 10 20 30 40 50 pF1KE3 MMAIRELKVCLLGDTGVGKSSIVCRFVQDHFDHNISPTIGASFMTKTVPCGNE .:..:. .::. .:::.:.. ::. : ::.. . ::: .:..::. .. CCDS30 MSAGGDFGNPLRKFKLVFLGEQSVGKTSLITRFMYDSFDNTYQATIGIDFLSKTMYLEDR 10 20 30 40 50 60 60 70 80 90 100 110 pF1KE3 LHKFLIWDTAGQERFHSLAPMYYRGSAAAVIVYDITKQDSFYTLKKWVKELKEHGPENIV .. .:::::::::.:: : : : :..::.:::::. .:: .::. ... . ... CCDS30 TVRLQLWDTAGQERFRSLIPSYIRDSTVAVVVYDITNLNSFQQTSKWIDDVRTERGSDVI 70 80 90 100 110 120 120 130 140 150 160 170 pF1KE3 MAIAGNKCDLSDIREVPLKDAKEYAESIGAIVVETSAKNAINIEELFQGISRQIPPLDP- . ..::: ::.: :.. ...... :. .... .:::::.. :...::. .. .: .. 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