FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KE4485, 501 aa 1>>>pF1KE4485 501 - 501 aa - 501 aa Library: /omim/omim.rfq.tfa 60827320 residues in 85289 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.0504+/-0.000458; mu= 14.0140+/- 0.028 mean_var=74.2371+/-14.904, 0's: 0 Z-trim(109.8): 44 B-trim: 101 in 1/49 Lambda= 0.148855 statistics sampled from 18033 (18073) to 18033 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.562), E-opt: 0.2 (0.212), width: 16 Scan time: 9.190 The best scores are: opt bits E(85289) NP_001340 (OMIM: 603084,615281) aspartate--tRNA li ( 501) 3310 720.8 2.3e-207 XP_016858978 (OMIM: 603084,615281) PREDICTED: aspa ( 468) 3101 675.9 7e-194 NP_001280241 (OMIM: 603084,615281) aspartate--tRNA ( 401) 2666 582.4 8.1e-166 XP_005266757 (OMIM: 108410) PREDICTED: asparagine- ( 547) 523 122.2 3.7e-27 NP_004530 (OMIM: 108410) asparagine--tRNA ligase, ( 548) 523 122.2 3.7e-27 NP_078954 (OMIM: 612803,616239) probable asparagin ( 477) 394 94.5 7.1e-19 XP_011543555 (OMIM: 612803,616239) PREDICTED: prob ( 468) 373 90.0 1.6e-17 XP_016873792 (OMIM: 612803,616239) PREDICTED: prob ( 250) 336 82.0 2.2e-15 NP_001230180 (OMIM: 612803,616239) probable aspara ( 250) 336 82.0 2.2e-15 XP_016873793 (OMIM: 612803,616239) PREDICTED: prob ( 241) 315 77.5 4.9e-14 XP_011508013 (OMIM: 610956,611105) PREDICTED: aspa ( 482) 226 58.5 5.2e-08 XP_016873791 (OMIM: 612803,616239) PREDICTED: prob ( 310) 195 51.7 3.5e-06 XP_006711490 (OMIM: 610956,611105) PREDICTED: aspa ( 594) 178 48.2 8e-05 NP_060592 (OMIM: 610956,611105) aspartate--tRNA li ( 645) 178 48.2 8.6e-05 XP_016878706 (OMIM: 601421,613641,613916) PREDICTE ( 441) 153 42.8 0.0025 NP_005539 (OMIM: 601421,613641,613916) lysine--tRN ( 597) 153 42.8 0.0033 NP_001123561 (OMIM: 601421,613641,613916) lysine-- ( 625) 153 42.8 0.0035 >>NP_001340 (OMIM: 603084,615281) aspartate--tRNA ligase (501 aa) initn: 3310 init1: 3310 opt: 3310 Z-score: 3843.8 bits: 720.8 E(85289): 2.3e-207 Smith-Waterman score: 3310; 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NP_004 RQGKNLMFLVLRDGTGYLQCVLA--DELCQCYN--GVLLSTESSVAVYGML-NLTPK-GK 140 150 160 170 180 190 130 140 150 160 170 180 pF1KE4 CTQQDVELHVQKIYVISLAEPRLPLQLDDAVRPEAEGEEEGRATVNQDTRLDNRVIDLRT . :: . .:.:: :. . :.. :..:.:: . .: NP_004 QAPGGHELSCDFWELIGLAPAG---GADNLINEESD----------VDVQLNNRHMMIRG 200 210 220 230 190 200 210 220 230 240 pF1KE4 STSQAVFRLQSGICHLFRETLINKGFVEIQTPKIISAASEGGANVFTVSYFKNNAYLAQS . . ... .: . . ::. ....:. :. : .... ::::..: ..:: ..:.:.:: NP_004 ENMSKILKARSMVTRCFRDHFFDRGYYEVTPPTLVQTQVEGGATLFKLDYFGEEAFLTQS 240 250 260 270 280 290 250 260 270 280 290 300 pF1KE4 PQLYKQMCICADFEKVFSIGPVFRAEDSNTHRHLTEFVGLDIEMAFNYHYHEVMEEIADT ::: . :. : . :: :. .:::.: :.:::.:.. .. : : . ...... : NP_004 SQLYLETCLPA-LGDVFCIAQSYRAEQSRTRRHLAEYTHVEAECPF-LTFDDLLNRLEDL 300 310 320 330 340 350 310 320 330 340 350 360 pF1KE4 MVQIF-KGLQERFQTEIQTVNKQF--PCEPFKFLEPTLRLEYCEALAMLREAGVEMGDE- . .. . :. . .. .: .: : .::: :..: .:.. :.: :. : NP_004 VCDVVDRILKSPAGSIVHELNPNFQPPKRPFK------RMNYSDAIVWLKEHDVKKEDGT 360 370 380 390 400 410 370 380 390 400 410 420 pF1KE4 -----DDLSTPNEKLLGHLVKEKYDTDFYILDKYPLAVRPFYTMPDPRNPKQSNSYDMFM .:. :.:. ..: .: ..:. .. :: . :.. . ..: :..: NP_004 FYEFGEDIPEAPERLMTDTINEPI-----LLCRFPVEIKSFYMQRCPEDSRLTESVDVLM 420 430 440 450 460 430 440 450 460 470 pF1KE4 RGE-EILSGAQRIHDPQLLTERALHHGIDLEKIKAYIDSFRFGAPPHAGGGIGLERVTML . ::..:..:: : . . ..::: : :. ..:. ::.: :.:::: NP_004 PNVGEIVGGSMRIFDSEEILAGYKREGIDPTPYYWYTDQRKYGTCPHGGYGLGLERFLTW 470 480 490 500 510 520 480 490 500 pF1KE4 FLGLHNVRQTSMFPRDPKRLTP .:. ...:.. ..:: .: :: NP_004 ILNRYHIRDVCLYPRFVQRCTP 530 540 >>NP_078954 (OMIM: 612803,616239) probable asparagine--t (477 aa) initn: 400 init1: 137 opt: 394 Z-score: 459.8 bits: 94.5 E(85289): 7.1e-19 Smith-Waterman score: 460; 27.0% identity (57.7% similar) in 492 aa overlap (32-496:15-472) 10 20 30 40 50 pF1KE4 PSASASRKSQEKPREIMDAAEDYAKERYGISSMIQSQEKPDRVLVRVRD-LTIQKAD-EV :: ..::. : ::: : :.:. : NP_078 MLGVRCLLRSVRFCSSAPFPKHKPSAKL-SVRDALGAQNASGER 10 20 30 40 60 70 80 90 100 110 pF1KE4 VWVRARVHTSRAKGKQCFLVLRQQQFNVQALVAVGDHASKQMVKFAANINKESIVDVEGV . ... ... :.. . :: . . . ....: .:.: . . ..: : :.:.: NP_078 IKIQGWIRSVRSQKEVLFLHVNDGS-SLESLQVVADSGLD-----SRELNFGSSVEVQGQ 50 60 70 80 90 120 130 140 150 160 170 pF1KE4 VRKVNQKIGSCTQQDVELHVQKIYVISLAEPR-LPLQLDDAVRPEAEGEEEGRATVNQDT . : .: .:.:::...:: ::. . . .:.. . : : . : NP_078 LIKSPSK-----RQNVELKAEKIKVIGNCDAKDFPIKYKE--RHPLE-------YLRQYP 100 110 120 130 140 180 190 200 210 220 230 pF1KE4 RLDNRVIDLRTSTSQAVFRLQSGICHLFRETLINKGFVEIQTPKIISAASEGGANVFTV- .. : :.. ...:..: .. . ..:::.:.:: : : :::....: . 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NP_001 EISFVDSLQDLMQVIEELFKATTMMVLSKCPEDVELCHKFIAPGQKDRLEHMLKNNFLII 40 50 60 70 80 90 350 360 370 380 390 400 pF1KE4 EYCEALAMLREAGV------EMGDEDDLSTPNEKLLGHLVKEKYDTDFYILDKYPLAVRP : ::. .:..:. : : :: : .:: .:::. . .... :::...: NP_001 SYTEAVEILKQASQNFTFTPEWGA--DLRTEHEK---YLVKHCGNIPVFVIN-YPLTLKP 100 110 120 130 140 410 420 430 440 450 pF1KE4 FYTMPDPRNPKQS-NSYDMFMRGE-EILSGAQRIHDPQLLTERALHHGIDLEKIKAYIDS :: . .:... . :... : :...:. : . ..: :: . :. : . :.: NP_001 FYMRDNEDGPQHTVAAVDLLVPGVGELFGGGLREERYHFLEERLARSGLT-EVYQWYLDL 150 160 170 180 190 200 460 470 480 490 500 pF1KE4 FRFGAPPHAGGGIGLERVTMLFLGLHNVRQTSMFPRDPKRLTP :::. ::.: :.:.:: . .::. :.... ::: : NP_001 RRFGSVPHGGFGMGFERYLQCILGVDNIKDVIPFPRFPHSCLL 210 220 230 240 250 >>XP_016873793 (OMIM: 612803,616239) PREDICTED: probable (241 aa) initn: 291 init1: 137 opt: 315 Z-score: 372.9 bits: 77.5 E(85289): 4.9e-14 Smith-Waterman score: 334; 29.4% identity (59.3% similar) in 248 aa overlap (262-496:5-236) 240 250 260 270 280 290 pF1KE4 ANVFTVSYFKNNAYLAQSPQLYKQMCICADFEKVFSIGPVFRAEDSNTHRHLTEFVGLDI : .::..::.::::.:...:::.:: .. 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XP_016 EISFVDSLQDLMQVIEELFKATTMMVLSKCPEDVELCHKFIAPGQKDRLEHMLKNNFLII 40 50 60 70 80 90 350 360 370 380 390 400 pF1KE4 EYCEALAMLREAGV------EMGDEDDLSTPNEKLLGHLVKEKYDTDFYILDKYPLAVRP : ::. .:..:. : : :: : .:: .:::. . .... :::...: XP_016 SYTEAVEILKQASQNFTFTPEWGA--DLRTEHEK---YLVKHCGNIPVFVIN-YPLTLKP 100 110 120 130 140 410 420 430 440 450 pF1KE4 FYTMPDPRNPKQS-NSYDMFMRGE-EILSGAQRIHDPQLLTERALHHGIDLEKIKAYIDS :: . .:... . :... : :...:. : :: .: .. :.. :.: XP_016 FYMRDNEDGPQHTVAAVDLLVPGVGELFGGGLR-------EER--YHFLE-ERLARYLDL 150 160 170 180 190 460 470 480 490 500 pF1KE4 FRFGAPPHAGGGIGLERVTMLFLGLHNVRQTSMFPRDPKRLTP :::. ::.: :.:.:: . .::. :.... ::: : XP_016 RRFGSVPHGGFGMGFERYLQCILGVDNIKDVIPFPRFPHSCLL 200 210 220 230 240 501 residues in 1 query sequences 60827320 residues in 85289 library sequences Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc) start: Sun Nov 6 00:50:20 2016 done: Sun Nov 6 00:50:21 2016 Total Scan time: 9.190 Total Display time: 0.060 Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]