FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KE4494, 515 aa 1>>>pF1KE4494 515 - 515 aa - 515 aa Library: /omim/omim.rfq.tfa 60827320 residues in 85289 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 4.9096+/-0.000428; mu= 20.2760+/- 0.027 mean_var=64.6898+/-12.809, 0's: 0 Z-trim(109.1): 16 B-trim: 29 in 1/48 Lambda= 0.159462 statistics sampled from 17224 (17232) to 17224 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.567), E-opt: 0.2 (0.202), width: 16 Scan time: 8.620 The best scores are: opt bits E(85289) NP_001035810 (OMIM: 134700,300908,305900,611162) g ( 515) 3486 811.4 0 NP_000393 (OMIM: 134700,300908,305900,611162) gluc ( 545) 3486 811.4 0 XP_006711115 (OMIM: 138090,604931) PREDICTED: GDH/ ( 791) 669 163.5 2.1e-39 NP_004276 (OMIM: 138090,604931) GDH/6PGL endoplasm ( 791) 669 163.5 2.1e-39 XP_016858354 (OMIM: 138090,604931) PREDICTED: GDH/ ( 791) 669 163.5 2.1e-39 XP_005263597 (OMIM: 138090,604931) PREDICTED: GDH/ ( 800) 669 163.5 2.1e-39 NP_001269516 (OMIM: 138090,604931) GDH/6PGL endopl ( 802) 669 163.5 2.2e-39 >>NP_001035810 (OMIM: 134700,300908,305900,611162) gluco (515 aa) initn: 3486 init1: 3486 opt: 3486 Z-score: 4333.4 bits: 811.4 E(85289): 0 Smith-Waterman score: 3486; 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XP_016 LRWEGVPFILMSGKALDERVGYARILFKNQACCVQSEKHWAAAQSQCLPRQLVFHIGHGD 350 360 370 380 390 400 400 410 420 430 440 pF1KE4 ----AVYTKMMTKKPGMFFNPEESE----LDLTYGN------RYKNVKLPDAYERLILDV :: .. .:.. . .: : : : .:. :. :. ::. :. . XP_016 LGSPAVLVSRNLFRPSLPSSWKEMEGPPGLRL-FGSPLSDYYAYSPVRERDAHSVLLSHI 410 420 430 440 450 460 450 460 470 480 490 500 pF1KE4 FCGSQMHFVRSDELREAWRIFTPLLHQIELEKPKPIPYIYGSRGPTEADELMKRVGFQYE : : . :. ...: .: ..::::... . :. : XP_016 FHGRKNFFITTENLLASWNFWTPLLESLAHKAPRLYPGGAENGRLLDFEFSSGRLFFSQQ 470 480 490 500 510 520 510 pF1KE4 GTYKWVNPHKL XP_016 QPEQLVPGPGPAPMPSDFQVLRAKYRESPLVSAWSEELISKLANDIEATAVRAVRRFGQF 530 540 550 560 570 580 >>XP_005263597 (OMIM: 138090,604931) PREDICTED: GDH/6PGL (800 aa) initn: 650 init1: 193 opt: 669 Z-score: 828.2 bits: 163.5 E(85289): 2.1e-39 Smith-Waterman score: 785; 32.6% identity (62.4% similar) in 503 aa overlap (14-481:24-511) 10 20 30 40 50 pF1KE4 MAEQVALSRTQVCGILREELFQGDAFHQSDTHIFIIMGASGDLAKKKIYP : :. . .:: : : .:..::.:::::: .. XP_005 MVLWSVHPGMWNMLIVAMCLALLGCLQAQELQG---HVS----IILLGATGDLAKKYLWQ 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 pF1KE4 TIWWLFRDGLLPENTFIV-GYARS------RLTVADIRKQSEPFFKATPEEKLKLEDFFA .. :. : ..: : : . .: . ... : : .: . . .: : XP_005 GLFQLYLDEAGRGHSFSFHGAALTAPKQGQELMAKALESLSCPK-DMAPSHCAEHKDQFL 60 70 80 90 100 110 110 120 130 140 150 160 pF1KE4 RNSYVAGQYDDAASYQRLNSHMNAL--HLG-SQANRLFYLALPPTVYEAVTKNIHESCMS . : : : .:: ::. ..: : : .:.:.::...:: .:: ...::. :: XP_005 QLSQYR-QLKTAEDYQALNKDIEAQLQHAGLREAGRIFYFSVPPFAYEDIARNINSSCRP 120 130 140 150 160 170 170 180 190 200 210 pF1KE4 QIG-WNRIIVEKPFGRDLQSSDRLSNHISSLFREDQIYRIDHYLGKEMVQNLMVLRFANR : : :...:::::.: :...:.......:.:...::.::::::. : ... .: :: XP_005 GPGAWLRVVLEKPFGHDHFSAQQLATELGTFFQEEEMYRVDHYLGKQAVAQILPFRDQNR 180 190 200 210 220 230 220 230 240 250 260 270 pF1KE4 -IFGPIWNRDNIACVILTFKEPFGTEGRGGYFDEFGIIRDVMQNHLLQMLCLVAMEKPAS . .::: .. : . .:: .::: ....:.:.::::.:::: ..: ::::: : . 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NP_001 RQLVFHIGHGDLGSPAVLVSRNLFRPSLPSSWKEMEGPPGLRL-FGSPLSDYYAYSPVRE 410 420 430 440 450 460 440 450 460 470 480 490 pF1KE4 PDAYERLILDVFCGSQMHFVRSDELREAWRIFTPLLHQIELEKPKPIPYIYGSRGPTEAD ::. :. .: : . :. ...: .: ..::::... . :. : NP_001 RDAHSVLLSHIFHGRKNFFITTENLLASWNFWTPLLESLAHKAPRLYPGGAENGRLLDFE 470 480 490 500 510 520 500 510 pF1KE4 ELMKRVGFQYEGTYKWVNPHKL NP_001 FSSGRLFFSQQQPEQLVPGPGPAPMPSDFQVLRAKYRESPLVSAWSEELISKLANDIEAT 530 540 550 560 570 580 515 residues in 1 query sequences 60827320 residues in 85289 library sequences Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc) start: Sun Nov 6 00:46:01 2016 done: Sun Nov 6 00:46:02 2016 Total Scan time: 8.620 Total Display time: 0.080 Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]