Result of FASTA (omim) for
pFN21AB3240
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB3240, 873 aa
1>>>pF1KB3240 873 - 873 aa - 873 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.5747+/-0.000424; mu= 19.2963+/- 0.027
mean_var=186.5704+/-37.679, 0's: 0 Z-trim(117.1): 32 B-trim: 38 in 1/56
Lambda= 0.093897
statistics sampled from 28811 (28843) to 28811 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.671), E-opt: 0.2 (0.338), width: 16
Scan time: 9.610
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_009153 (OMIM: 604764) zinc fingers and homeobox ( 873) 5719 788.0 0
NP_001017926 (OMIM: 604764) zinc fingers and homeo ( 873) 5719 788.0 0
XP_005250893 (OMIM: 609185) PREDICTED: zinc finger ( 837) 600 94.5 2.2e-18
XP_005250894 (OMIM: 609185) PREDICTED: zinc finger ( 837) 600 94.5 2.2e-18
NP_055758 (OMIM: 609185) zinc fingers and homeobox ( 837) 600 94.5 2.2e-18
XP_011515234 (OMIM: 609185) PREDICTED: zinc finger ( 837) 600 94.5 2.2e-18
XP_011515233 (OMIM: 609185) PREDICTED: zinc finger ( 837) 600 94.5 2.2e-18
XP_016883227 (OMIM: 609598) PREDICTED: zinc finger ( 956) 511 82.6 1e-14
XP_011527022 (OMIM: 609598) PREDICTED: zinc finger ( 956) 511 82.6 1e-14
XP_016883226 (OMIM: 609598) PREDICTED: zinc finger ( 956) 511 82.6 1e-14
NP_055850 (OMIM: 609598) zinc fingers and homeobox ( 956) 511 82.6 1e-14
XP_011527019 (OMIM: 609598) PREDICTED: zinc finger ( 969) 511 82.6 1e-14
XP_011527007 (OMIM: 609598) PREDICTED: zinc finger ( 969) 511 82.6 1e-14
XP_005260400 (OMIM: 609598) PREDICTED: zinc finger ( 969) 511 82.6 1e-14
XP_011527006 (OMIM: 609598) PREDICTED: zinc finger ( 969) 511 82.6 1e-14
XP_011527005 (OMIM: 609598) PREDICTED: zinc finger ( 969) 511 82.6 1e-14
XP_011527015 (OMIM: 609598) PREDICTED: zinc finger ( 969) 511 82.6 1e-14
XP_006723811 (OMIM: 609598) PREDICTED: zinc finger ( 969) 511 82.6 1e-14
XP_011527008 (OMIM: 609598) PREDICTED: zinc finger ( 969) 511 82.6 1e-14
XP_011527009 (OMIM: 609598) PREDICTED: zinc finger ( 969) 511 82.6 1e-14
XP_011527003 (OMIM: 609598) PREDICTED: zinc finger ( 969) 511 82.6 1e-14
XP_011527020 (OMIM: 609598) PREDICTED: zinc finger ( 969) 511 82.6 1e-14
XP_006723812 (OMIM: 609598) PREDICTED: zinc finger ( 969) 511 82.6 1e-14
XP_011527016 (OMIM: 609598) PREDICTED: zinc finger ( 969) 511 82.6 1e-14
XP_011527013 (OMIM: 609598) PREDICTED: zinc finger ( 969) 511 82.6 1e-14
XP_011527004 (OMIM: 609598) PREDICTED: zinc finger ( 969) 511 82.6 1e-14
XP_016883225 (OMIM: 609598) PREDICTED: zinc finger ( 969) 511 82.6 1e-14
XP_005260398 (OMIM: 609598) PREDICTED: zinc finger ( 969) 511 82.6 1e-14
XP_011527011 (OMIM: 609598) PREDICTED: zinc finger ( 969) 511 82.6 1e-14
XP_011527010 (OMIM: 609598) PREDICTED: zinc finger ( 969) 511 82.6 1e-14
NP_065885 (OMIM: 608119) homeobox and leucine zipp ( 550) 258 48.0 0.00015
>>NP_009153 (OMIM: 604764) zinc fingers and homeoboxes p (873 aa)
initn: 5719 init1: 5719 opt: 5719 Z-score: 4198.7 bits: 788.0 E(85289): 0
Smith-Waterman score: 5719; 100.0% identity (100.0% similar) in 873 aa overlap (1-873:1-873)
10 20 30 40 50 60
pF1KB3 MASRRKSTTPCMVLASEQDPDLELISDLDEGPPVLTPVENTRAESISSDEEVHESVDSDN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_009 MASRRKSTTPCMVLASEQDPDLELISDLDEGPPVLTPVENTRAESISSDEEVHESVDSDN
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB3 QQNKKVEGGYECKYCTFQTPDLNMFTFHVDSEHPNVVLNSSYVCVECNFLTKRYDALSEH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_009 QQNKKVEGGYECKYCTFQTPDLNMFTFHVDSEHPNVVLNSSYVCVECNFLTKRYDALSEH
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB3 NLKYHPGEENFKLTMVKRNNQTIFEQTINDLTFDGSFVKEENAEQAESTEVSSSGISISK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_009 NLKYHPGEENFKLTMVKRNNQTIFEQTINDLTFDGSFVKEENAEQAESTEVSSSGISISK
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB3 TPIMKMMKNKVENKRIAVHHNSVEDVPEEKENEIKPDREEIVENPSSSASESNTSTSIVN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_009 TPIMKMMKNKVENKRIAVHHNSVEDVPEEKENEIKPDREEIVENPSSSASESNTSTSIVN
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB3 RIHPSTASTVVTPAAVLPGLAQVITAVSAQQNSNLIPKVLIPVNSIPTYNAALDNNPLLL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_009 RIHPSTASTVVTPAAVLPGLAQVITAVSAQQNSNLIPKVLIPVNSIPTYNAALDNNPLLL
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB3 NTYNKFPYPTMSEITVLSAQAKYTEEQIKIWFSAQRLKHGVSWTPEEVEEARRKQFNGTV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_009 NTYNKFPYPTMSEITVLSAQAKYTEEQIKIWFSAQRLKHGVSWTPEEVEEARRKQFNGTV
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB3 HTVPQTITVIPTHISTGSNGLPSILQTCQIVGQPGLVLTQVAGTNTLPVTAPIALTVAGV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_009 HTVPQTITVIPTHISTGSNGLPSILQTCQIVGQPGLVLTQVAGTNTLPVTAPIALTVAGV
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB3 PSQNNIQKSQVPAAQPTAETKPATAAVPTSQSVKHETALVNPDSFGIRAKKTKEQLAELK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_009 PSQNNIQKSQVPAAQPTAETKPATAAVPTSQSVKHETALVNPDSFGIRAKKTKEQLAELK
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KB3 VSYLKNQFPHDSEIIRLMKITGLTKGEIKKWFSDTRYNQRNSKSNQCLHLNNDSSTTIII
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_009 VSYLKNQFPHDSEIIRLMKITGLTKGEIKKWFSDTRYNQRNSKSNQCLHLNNDSSTTIII
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KB3 DSSDETTESPTVGTAQPKQSWNPFPDFTPQKFKEKTAEQLRVLQASFLNSSVLTDEELNR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_009 DSSDETTESPTVGTAQPKQSWNPFPDFTPQKFKEKTAEQLRVLQASFLNSSVLTDEELNR
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KB3 LRAQTKLTRREIDAWFTEKKKSKALKEEKMEIDESNAGSSKEEAGETSPADESGAPKSGS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_009 LRAQTKLTRREIDAWFTEKKKSKALKEEKMEIDESNAGSSKEEAGETSPADESGAPKSGS
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KB3 TGKICKKTPEQLHMLKSAFVRTQWPSPEEYDKLAKESGLARTDIVSWFGDTRYAWKNGNL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_009 TGKICKKTPEQLHMLKSAFVRTQWPSPEEYDKLAKESGLARTDIVSWFGDTRYAWKNGNL
670 680 690 700 710 720
730 740 750 760 770 780
pF1KB3 KWYYYYQSANSSSMNGLSSLRKRGRGRPKGRGRGRPRGRPRGSKRINNWDRGPSLIKFKT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_009 KWYYYYQSANSSSMNGLSSLRKRGRGRPKGRGRGRPRGRPRGSKRINNWDRGPSLIKFKT
730 740 750 760 770 780
790 800 810 820 830 840
pF1KB3 GTAILKDYYLKHKFLNEQDLDELVNKSHMGYEQVREWFAERQRRSELGIELFEENEEEDE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_009 GTAILKDYYLKHKFLNEQDLDELVNKSHMGYEQVREWFAERQRRSELGIELFEENEEEDE
790 800 810 820 830 840
850 860 870
pF1KB3 VIDDQEEDEEETDDSDTWEPPRHVKRKLSKSDD
:::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_009 VIDDQEEDEEETDDSDTWEPPRHVKRKLSKSDD
850 860 870
>>NP_001017926 (OMIM: 604764) zinc fingers and homeoboxe (873 aa)
initn: 5719 init1: 5719 opt: 5719 Z-score: 4198.7 bits: 788.0 E(85289): 0
Smith-Waterman score: 5719; 100.0% identity (100.0% similar) in 873 aa overlap (1-873:1-873)
10 20 30 40 50 60
pF1KB3 MASRRKSTTPCMVLASEQDPDLELISDLDEGPPVLTPVENTRAESISSDEEVHESVDSDN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 MASRRKSTTPCMVLASEQDPDLELISDLDEGPPVLTPVENTRAESISSDEEVHESVDSDN
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB3 QQNKKVEGGYECKYCTFQTPDLNMFTFHVDSEHPNVVLNSSYVCVECNFLTKRYDALSEH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 QQNKKVEGGYECKYCTFQTPDLNMFTFHVDSEHPNVVLNSSYVCVECNFLTKRYDALSEH
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB3 NLKYHPGEENFKLTMVKRNNQTIFEQTINDLTFDGSFVKEENAEQAESTEVSSSGISISK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 NLKYHPGEENFKLTMVKRNNQTIFEQTINDLTFDGSFVKEENAEQAESTEVSSSGISISK
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB3 TPIMKMMKNKVENKRIAVHHNSVEDVPEEKENEIKPDREEIVENPSSSASESNTSTSIVN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 TPIMKMMKNKVENKRIAVHHNSVEDVPEEKENEIKPDREEIVENPSSSASESNTSTSIVN
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB3 RIHPSTASTVVTPAAVLPGLAQVITAVSAQQNSNLIPKVLIPVNSIPTYNAALDNNPLLL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 RIHPSTASTVVTPAAVLPGLAQVITAVSAQQNSNLIPKVLIPVNSIPTYNAALDNNPLLL
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB3 NTYNKFPYPTMSEITVLSAQAKYTEEQIKIWFSAQRLKHGVSWTPEEVEEARRKQFNGTV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 NTYNKFPYPTMSEITVLSAQAKYTEEQIKIWFSAQRLKHGVSWTPEEVEEARRKQFNGTV
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB3 HTVPQTITVIPTHISTGSNGLPSILQTCQIVGQPGLVLTQVAGTNTLPVTAPIALTVAGV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 HTVPQTITVIPTHISTGSNGLPSILQTCQIVGQPGLVLTQVAGTNTLPVTAPIALTVAGV
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB3 PSQNNIQKSQVPAAQPTAETKPATAAVPTSQSVKHETALVNPDSFGIRAKKTKEQLAELK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 PSQNNIQKSQVPAAQPTAETKPATAAVPTSQSVKHETALVNPDSFGIRAKKTKEQLAELK
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KB3 VSYLKNQFPHDSEIIRLMKITGLTKGEIKKWFSDTRYNQRNSKSNQCLHLNNDSSTTIII
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 VSYLKNQFPHDSEIIRLMKITGLTKGEIKKWFSDTRYNQRNSKSNQCLHLNNDSSTTIII
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KB3 DSSDETTESPTVGTAQPKQSWNPFPDFTPQKFKEKTAEQLRVLQASFLNSSVLTDEELNR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 DSSDETTESPTVGTAQPKQSWNPFPDFTPQKFKEKTAEQLRVLQASFLNSSVLTDEELNR
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KB3 LRAQTKLTRREIDAWFTEKKKSKALKEEKMEIDESNAGSSKEEAGETSPADESGAPKSGS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 LRAQTKLTRREIDAWFTEKKKSKALKEEKMEIDESNAGSSKEEAGETSPADESGAPKSGS
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KB3 TGKICKKTPEQLHMLKSAFVRTQWPSPEEYDKLAKESGLARTDIVSWFGDTRYAWKNGNL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 TGKICKKTPEQLHMLKSAFVRTQWPSPEEYDKLAKESGLARTDIVSWFGDTRYAWKNGNL
670 680 690 700 710 720
730 740 750 760 770 780
pF1KB3 KWYYYYQSANSSSMNGLSSLRKRGRGRPKGRGRGRPRGRPRGSKRINNWDRGPSLIKFKT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 KWYYYYQSANSSSMNGLSSLRKRGRGRPKGRGRGRPRGRPRGSKRINNWDRGPSLIKFKT
730 740 750 760 770 780
790 800 810 820 830 840
pF1KB3 GTAILKDYYLKHKFLNEQDLDELVNKSHMGYEQVREWFAERQRRSELGIELFEENEEEDE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 GTAILKDYYLKHKFLNEQDLDELVNKSHMGYEQVREWFAERQRRSELGIELFEENEEEDE
790 800 810 820 830 840
850 860 870
pF1KB3 VIDDQEEDEEETDDSDTWEPPRHVKRKLSKSDD
:::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 VIDDQEEDEEETDDSDTWEPPRHVKRKLSKSDD
850 860 870
>>XP_005250893 (OMIM: 609185) PREDICTED: zinc fingers an (837 aa)
initn: 1730 init1: 464 opt: 600 Z-score: 451.2 bits: 94.5 E(85289): 2.2e-18
Smith-Waterman score: 1887; 39.9% identity (66.4% similar) in 890 aa overlap (1-858:1-811)
10 20 30 40 50
pF1KB3 MASRRKSTTPCMVLAS---EQDPDLELISDLDEG-----PPVLTPVENTRAESISSDEEV
:::.::::::::: .: ::: :. ..: : : .. :. :...::
XP_005 MASKRKSTTPCMVRTSQVVEQDVPEEVDRAKEKGIGTPQPDVAKDSWAAELENSSKENEV
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KB3 HESVDSDNQQNKKVEGGYECKYCTFQTPDLNMFTFHVDSEHPNVVLNSSYVCVECNFLTK
: . ..:.::..:::::::: ..: .:: :: ::: .::::.:: :::.:::: ::
XP_005 IEVKSMGESQSKKLQGGYECKYCPYSTQNLNEFTEHVDMQHPNVILNPLYVCAECNFTTK
70 80 90 100 110 120
120 130 140 150 160 170
pF1KB3 RYDALSEHNLKYHPGEENFKLTMVKRNNQTIFEQTINDLTFDGSFVKEENAEQAESTEVS
.::.::.:: :.:::: :::: ..::::::..::.:. . :.. .. .: :
XP_005 KYDSLSDHNSKFHPGEANFKLKLIKRNNQTVLEQSIETTNHVVSITT-----SGPGTGDS
130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KB3 SSGISISKTPIMKMMKNKVENKRIAVHHNSVEDVPEEKENEIKPDREEIVENPSSSASES
.::::.::::::: : :.. :. ::.. : :: : :. ::. .:
XP_005 DSGISVSKTPIMKPGKPKADAKK----------VPKKPE-EITP--ENHVEG---TARLV
180 190 200 210
240 250 260 270 280 290
pF1KB3 NTSTSIVNRIHPSTASTVVTPAAVLPGLAQVITAVSAQQNSNLIPKVLIPVNSIPTYNAA
. .. :..:. . :..:. .:. : ::.::: .:.:. ::.:
XP_005 TDTAEILSRLGGV--------ELLQDTLGHVMPSVQLPPNINLVPKVPVPLNTTK-YNSA
220 230 240 250 260 270
300 310 320 330 340 350
pF1KB3 LDNNPLLLNTYNKFPYPTMSEITVLSAQAKYTEEQIKIWFSAQRLKHGVSWTPEEVEEAR
::.: ..:..:::::::..:.. :.: .:. ::.:.:::..::::::.::.::::::::
XP_005 LDTNATMINSFNKFPYPTQAELSWLTAASKHPEEHIRIWFATQRLKHGISWSPEEVEEAR
280 290 300 310 320 330
360 370 380 390 400
pF1KB3 RKQFNGTVHTVPQTITVIPTHISTGSNGLPSILQT---CQIVGQPGLVLTQVAGTNTLPV
.:.::::...:: ::::.:.... . : :::: :::.:: .::::::.. .:
XP_005 KKMFNGTIQSVPPTITVLPAQLAPTKVTQP-ILQTALPCQILGQTSLVLTQVTSGSTTVS
340 350 360 370 380
410 420 430 440 450 460
pF1KB3 TAPIALTVAGVPSQNNIQKSQVPAAQPTAETKPATAAVPTSQSVKHETALVNPDSFGIRA
.::.:.:::: .... . .: : : . .: : :: : . ..: :
XP_005 CSPITLAVAGVTNHGQKRPLVTPQAAPEPK-RPHIAQVPEPPP-KVANPPLTPAS---DR
390 400 410 420 430 440
470 480 490 500 510 520
pF1KB3 KKTKEQLAELKVSYLKNQFPHDSEIIRLMKITGLTKGEIKKWFSDTRYN-QRNSKSNQCL
::::::.:.::.:.:..::: :.:. ::...:::...:::::::: :: ::. .
XP_005 KKTKEQIAHLKASFLQSQFPDDAEVYRLIEVTGLARSEIKKWFSDHRYRCQRG-----IV
450 460 470 480 490
530 540 550 560 570 580
pF1KB3 HLNNDSSTTIIIDSSDETTESPTVGTAQPKQSWNPFPDFTPQKFKEKTAEQLRVLQASFL
:....: ..:. ...... .... .:::.:::::::: :...:. :::
XP_005 HITSESL------AKDQL----AIAASRHGRTYHAYPDFAPQKFKEKTQGQVKILEDSFL
500 510 520 530 540
590 600 610 620 630 640
pF1KB3 NSSVLTDEELNRLRAQTKLTRREIDAWFTEKKKSKALKEEKMEIDESNAGSSKEEAGETS
.:: :. ::.:::..:::.:::::.::.:..: . :. . .: ..:.. ...: .
XP_005 KSSFPTQAELDRLRVETKLSRREIDSWFSERRKLRDSMEQAV-LDSMGSGKKGQDVGAPN
550 560 570 580 590 600
650 660 670 680 690 700
pF1KB3 PA----DE-SGAPKSGST---GKICKKTPEQLHMLKSAFVRTQWPSPEEYDKLAKESGLA
: :. ::: ..: . :. ::.:.:.:.:.:::::.:.:::.:: ..::.
XP_005 GALSRLDQLSGAQLTSSLPSPSPAIAKSQEQVHLLRSTFARTQWPTPQEYDQLAAKTGLV
610 620 630 640 650 660
710 720 730 740 750 760
pF1KB3 RTDIVSWFGDTRYAWKNGNLKWYYYYQSANSSSMNGLSSLRKRGRGRPKGRGRGRPRGRP
::.:: :: ..: :.:..::. :: .. .: ... ... .: ... :
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.::.:.:::: .... . .: : : . .: : :: : . ..: :
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::.:: :: ..: :.:..::. :: .. .: ... ... .: ... :
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XP_016 KTPEGLSLHNATCHSGEASFVWNVAKPDNHVVVEQSIPESTSTPDLAGEPSAEGADG---
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