Result of FASTA (ccds) for
pFN21AE3504
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE3504, 863 aa
1>>>pF1KE3504 863 - 863 aa - 863 aa
Library: human.CCDS.faa
18921897 residues in 33420 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.1029+/-0.000864; mu= 16.6922+/- 0.052
mean_var=78.7932+/-15.886, 0's: 0 Z-trim(107.2): 75 B-trim: 4 in 1/49
Lambda= 0.144487
statistics sampled from 9480 (9551) to 9480 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.647), E-opt: 0.2 (0.286), width: 16
Scan time: 1.810
The best scores are: opt bits E(33420)
CCDS3235.1 USP13 gene_id:8975|Hs109|chr3 ( 863) 5891 1238.1 0
CCDS41743.1 USP5 gene_id:8078|Hs109|chr12 ( 858) 3301 698.2 1.7e-200
CCDS31733.1 USP5 gene_id:8078|Hs109|chr12 ( 835) 2713 575.6 1.3e-163
>>CCDS3235.1 USP13 gene_id:8975|Hs109|chr3 (863 aa)
initn: 5891 init1: 5891 opt: 5891 Z-score: 6631.1 bits: 1238.1 E(33420): 0
Smith-Waterman score: 5891; 100.0% identity (100.0% similar) in 863 aa overlap (1-863:1-863)
10 20 30 40 50 60
pF1KE3 MQRRGALFGMPGGSGGRKMAAGDIGELLVPHMPTIRVPRSGDRVYKNECAFSYDSPNSEG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 MQRRGALFGMPGGSGGRKMAAGDIGELLVPHMPTIRVPRSGDRVYKNECAFSYDSPNSEG
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE3 GLYVCMNTFLAFGREHVERHFRKTGQSVYMHLKRHVREKVRGASGGALPKRRNSKIFLDL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 GLYVCMNTFLAFGREHVERHFRKTGQSVYMHLKRHVREKVRGASGGALPKRRNSKIFLDL
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE3 DTDDDLNSDDYEYEDEAKLVIFPDHYEIALPNIEELPALVTIACDAVLSSKSPYRKQDPD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 DTDDDLNSDDYEYEDEAKLVIFPDHYEIALPNIEELPALVTIACDAVLSSKSPYRKQDPD
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE3 TWENELPVSKYANNLTQLDNGVRIPPSGWKCARCDLRENLWLNLTDGSVLCGKWFFDSSG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 TWENELPVSKYANNLTQLDNGVRIPPSGWKCARCDLRENLWLNLTDGSVLCGKWFFDSSG
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE3 GNGHALEHYRDMGYPLAVKLGTITPDGADVYSFQEEEPVLDPHLAKHLAHFGIDMLHMHG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 GNGHALEHYRDMGYPLAVKLGTITPDGADVYSFQEEEPVLDPHLAKHLAHFGIDMLHMHG
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KE3 TENGLQDNDIKLRVSEWEVIQESGTKLKPMYGPGYTGLKNLGNSCYLSSVMQAIFSIPEF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 TENGLQDNDIKLRVSEWEVIQESGTKLKPMYGPGYTGLKNLGNSCYLSSVMQAIFSIPEF
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KE3 QRAYVGNLPRIFDYSPLDPTQDFNTQMTKLGHGLLSGQYSKPPVKSELIEQVMKEEHKPQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 QRAYVGNLPRIFDYSPLDPTQDFNTQMTKLGHGLLSGQYSKPPVKSELIEQVMKEEHKPQ
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KE3 QNGISPRMFKAFVSKSHPEFSSNRQQDAQEFFLHLVNLVERNRIGSENPSDVFRFLVEER
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 QNGISPRMFKAFVSKSHPEFSSNRQQDAQEFFLHLVNLVERNRIGSENPSDVFRFLVEER
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KE3 IQCCQTRKVRYTERVDYLMQLPVAMEAATNKDELIAYELTRREAEANRRPLPELVRAKIP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 IQCCQTRKVRYTERVDYLMQLPVAMEAATNKDELIAYELTRREAEANRRPLPELVRAKIP
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KE3 FSACLQAFSEPENVDDFWSSALQAKSAGVKTSRFASFPEYLVVQIKKFTFGLDWVPKKFD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 FSACLQAFSEPENVDDFWSSALQAKSAGVKTSRFASFPEYLVVQIKKFTFGLDWVPKKFD
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KE3 VSIDMPDLLDINHLRARGLQPGEEELPDISPPIVIPDDSKDRLMNQLIDPSDIDESSVMQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 VSIDMPDLLDINHLRARGLQPGEEELPDISPPIVIPDDSKDRLMNQLIDPSDIDESSVMQ
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KE3 LAEMGFPLEACRKAVYFTGNMGAEVAFNWIIVHMEEPDFAEPLTMPGYGGAASAGASVFG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 LAEMGFPLEACRKAVYFTGNMGAEVAFNWIIVHMEEPDFAEPLTMPGYGGAASAGASVFG
670 680 690 700 710 720
730 740 750 760 770 780
pF1KE3 ASGLDNQPPEEIVAIITSMGFQRNQAIQALRATNNNLERALDWIFSHPEFEEDSDFVIEM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 ASGLDNQPPEEIVAIITSMGFQRNQAIQALRATNNNLERALDWIFSHPEFEEDSDFVIEM
730 740 750 760 770 780
790 800 810 820 830 840
pF1KE3 ENNANANIISEAKPEGPRVKDGSGTYELFAFISHMGTSTMSGHYICHIKKEGRWVIYNDH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 ENNANANIISEAKPEGPRVKDGSGTYELFAFISHMGTSTMSGHYICHIKKEGRWVIYNDH
790 800 810 820 830 840
850 860
pF1KE3 KVCASERPPKDLGYMYFYRRIPS
:::::::::::::::::::::::
CCDS32 KVCASERPPKDLGYMYFYRRIPS
850 860
>>CCDS41743.1 USP5 gene_id:8078|Hs109|chr12 (858 aa)
initn: 3463 init1: 1583 opt: 3301 Z-score: 3713.3 bits: 698.2 E(33420): 1.7e-200
Smith-Waterman score: 3598; 60.6% identity (84.0% similar) in 862 aa overlap (26-863:7-858)
10 20 30 40 50 60
pF1KE3 MQRRGALFGMPGGSGGRKMAAGDIGELLVPHMPTIRVPRSGDRVYKNECAFSYDSPNSEG
: :. .::::::..::::.:.:::::.:.:.:::
CCDS41 MAELSEEALLSVLPTIRVPKAGDRVHKDECAFSFDTPESEG
10 20 30 40
70 80 90 100 110
pF1KE3 GLYVCMNTFLAFGREHVERHFRKTGQSVYMHLKRHVREKVRG-ASG-GALPKRRNSKIFL
:::.::::::.::...::::: :::: ::.::.: : : . :.: : :... ... .
CCDS41 GLYICMNTFLGFGKQYVERHFNKTGQRVYLHLRRTRRPKEEDPATGTGDPPRKKPTRLAI
50 60 70 80 90 100
120 130 140 150 160 170
pF1KE3 DLDTDDDLNSDDYEYEDEAKLVIFPDHYEIALPNIEELPALV----TIACDAVLSSKSPY
.. ::. . .: ....:.::.::. ::: .. :: .: : : .:.::. :
CCDS41 GVEGGFDLSEEKFELDEDVKIVILPDYLEIARDGLGGLPDIVRDRVTSAVEALLSADSAS
110 120 130 140 150 160
180 190 200 210 220 230
pF1KE3 RKQDPDTWENEL-PVSKYANNLTQLDNGVRIPPSGWKCARCDLRENLWLNLTDGSVLCGK
:::. ..:..:. :::.: .: :::: .:::: ::::..::.::::::::::::.:::.
CCDS41 RKQEVQAWDGEVRQVSKHAFSLKQLDNPARIPPCGWKCSKCDMRENLWLNLTDGSILCGR
170 180 190 200 210 220
240 250 260 270 280 290
pF1KE3 WFFDSSGGNGHALEHYRDMGYPLAVKLGTITPDGADVYSFQEEEPVLDPHLAKHLAHFGI
.::.::::.::.::::. ::::::::::::::::::::..:.. :::: ::.::.::::
CCDS41 RYFDGSGGNNHAVEHYRETGYPLAVKLGTITPDGADVYSYDEDDMVLDPSLAEHLSHFGI
230 240 250 260 270 280
300 310 320 330 340 350
pF1KE3 DMLHMHGTENGLQDNDIKL--RVSEWEVIQESGTKLKPMYGPGYTGLKNLGNSCYLSSVM
:::.:. :.. . . .: . :..:::.:::::. :::..::::::..::::::::.::.
CCDS41 DMLKMQKTDKTMTELEIDMNQRIGEWELIQESGVPLKPLFGPGYTGIRNLGNSCYLNSVV
290 300 310 320 330 340
360 370 380 390 400 410
pF1KE3 QAIFSIPEFQRAYVGNLPRIFDYSPLDPTQDFNTQMTKLGHGLLSGQYSKPPVKSELIEQ
:..::::.::: :: .: .::. .: ::::::.::..:::::::::.:::: .: :.
CCDS41 QVLFSIPDFQRKYVDKLEKIFQNAPTDPTQDFSTQVAKLGHGLLSGEYSKPVPESGDGER
350 360 370 380 390 400
420 430 440 450 460 470
pF1KE3 VMKEEHKPQQNGISPRMFKAFVSKSHPEFSSNRQQDAQEFFLHLVNLVERNRIGSENPSD
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CCDS41 V--PEQKEVQDGIAPRMFKALIGKGHPEFSTNRQQDAQEFFLHLINMVERNCRSSENPNE
410 420 430 440 450
480 490 500 510 520 530
pF1KE3 VFRFLVEERIQCCQTRKVRYTERVDYLMQLPVAMEAATNKDELIAYELTRREAEANRRPL
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CCDS41 VFRFLVEEKIKCLATEKVKYTQRVDYIMQLPVPMDAALNKEELLEYEEKKRQAEEEKMAL
460 470 480 490 500 510
540 550 560 570 580 590
pF1KE3 PELVRAKIPFSACLQAFSEPENVDDFWSSALQAKSAGVKTSRFASFPEYLVVQIKKFTFG
::::::..:::.::.:.. ::.::::::.::::::..:::.::::::.:::.::::::::
CCDS41 PELVRAQVPFSSCLEAYGAPEQVDDFWSTALQAKSVAVKTTRFASFPDYLVIQIKKFTFG
520 530 540 550 560 570
600 610 620 630 640
pF1KE3 LDWVPKKFDVSIDMPDLLDINHLRARGLQPGEEELPDISPPIVIPDDSKDRLM---NQLI
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CCDS41 LDWVPKKLDVSIEMPEELDISQLRGTGLQPGEEELPDIAPPLVTPDEPKGSLGFYGNEDE
580 590 600 610 620 630
650 660 670 680 690
pF1KE3 D---------PSD--IDESSVMQLAEMGFPLEACRKAVYFTGNMGAEVAFNWIIVHMEEP
: :.. .::: ..::.:::::..:::::::.::: :::.:.::.. ::..:
CCDS41 DSFCSPHFSSPTSPMLDESVIIQLVEMGFPMDACRKAVYYTGNSGAEAAMNWVMSHMDDP
640 650 660 670 680 690
700 710 720 730 740 750
pF1KE3 DFAEPLTMPGYGGAASAGASVFGASGLDNQPPEEIVAIITSMGFQRNQAIQALRATNNNL
:::.:: .:: .: .:..:.. . :::. :. :.::::.:.::..:::::::.:
CCDS41 DFANPLILPGSSGPGSTSAAA-------DPPPEDCVTTIVSMGFSRDQALKALRATNNSL
700 710 720 730 740 750
760 770 780 790 800 810
pF1KE3 ERALDWIFSHPEFEEDSDFVIEM-ENNANANIISEAKPEGPRVKDGSGTYELFAFISHMG
:::.:::::: . . :.. .... :. . :. :::. : ::.:.:: : :.:::::::::
CCDS41 ERAVDWIFSHID-DLDAEAAMDISEGRSAADSISESVPVGPKVRDGPGKYQLFAFISHMG
760 770 780 790 800 810
820 830 840 850 860
pF1KE3 TSTMSGHYICHIKKEGRWVIYNDHKVCASERPPKDLGYMYFYRRIPS
:::: :::.::::::::::::::.::::::.:::::::.:::.:. :
CCDS41 TSTMCGHYVCHIKKEGRWVIYNDQKVCASEKPPKDLGYIYFYQRVAS
820 830 840 850
>>CCDS31733.1 USP5 gene_id:8078|Hs109|chr12 (835 aa)
initn: 3402 init1: 1580 opt: 2713 Z-score: 3051.1 bits: 575.6 E(33420): 1.3e-163
Smith-Waterman score: 3606; 61.1% identity (84.7% similar) in 848 aa overlap (26-863:7-835)
10 20 30 40 50 60
pF1KE3 MQRRGALFGMPGGSGGRKMAAGDIGELLVPHMPTIRVPRSGDRVYKNECAFSYDSPNSEG
: :. .::::::..::::.:.:::::.:.:.:::
CCDS31 MAELSEEALLSVLPTIRVPKAGDRVHKDECAFSFDTPESEG
10 20 30 40
70 80 90 100 110
pF1KE3 GLYVCMNTFLAFGREHVERHFRKTGQSVYMHLKRHVREKVRG-ASG-GALPKRRNSKIFL
:::.::::::.::...::::: :::: ::.::.: : : . :.: : :... ... .
CCDS31 GLYICMNTFLGFGKQYVERHFNKTGQRVYLHLRRTRRPKEEDPATGTGDPPRKKPTRLAI
50 60 70 80 90 100
120 130 140 150 160 170
pF1KE3 DLDTDDDLNSDDYEYEDEAKLVIFPDHYEIALPNIEELPALV----TIACDAVLSSKSPY
.. ::. . .: ....:.::.::. ::: .. :: .: : : .:.::. :
CCDS31 GVEGGFDLSEEKFELDEDVKIVILPDYLEIARDGLGGLPDIVRDRVTSAVEALLSADSAS
110 120 130 140 150 160
180 190 200 210 220 230
pF1KE3 RKQDPDTWENEL-PVSKYANNLTQLDNGVRIPPSGWKCARCDLRENLWLNLTDGSVLCGK
:::. ..:..:. :::.: .: :::: .:::: ::::..::.::::::::::::.:::.
CCDS31 RKQEVQAWDGEVRQVSKHAFSLKQLDNPARIPPCGWKCSKCDMRENLWLNLTDGSILCGR
170 180 190 200 210 220
240 250 260 270 280 290
pF1KE3 WFFDSSGGNGHALEHYRDMGYPLAVKLGTITPDGADVYSFQEEEPVLDPHLAKHLAHFGI
.::.::::.::.::::. ::::::::::::::::::::..:.. :::: ::.::.::::
CCDS31 RYFDGSGGNNHAVEHYRETGYPLAVKLGTITPDGADVYSYDEDDMVLDPSLAEHLSHFGI
230 240 250 260 270 280
300 310 320 330 340 350
pF1KE3 DMLHMHGTENGLQDNDIKL--RVSEWEVIQESGTKLKPMYGPGYTGLKNLGNSCYLSSVM
:::.:. :.. . . .: . :..:::.:::::. :::..::::::..::::::::.::.
CCDS31 DMLKMQKTDKTMTELEIDMNQRIGEWELIQESGVPLKPLFGPGYTGIRNLGNSCYLNSVV
290 300 310 320 330 340
360 370 380 390 400 410
pF1KE3 QAIFSIPEFQRAYVGNLPRIFDYSPLDPTQDFNTQMTKLGHGLLSGQYSKPPVKSELIEQ
:..::::.::: :: .: .::. .: ::::::.::..:::::::::.:::: .: :.
CCDS31 QVLFSIPDFQRKYVDKLEKIFQNAPTDPTQDFSTQVAKLGHGLLSGEYSKPVPESGDGER
350 360 370 380 390 400
420 430 440 450 460 470
pF1KE3 VMKEEHKPQQNGISPRMFKAFVSKSHPEFSSNRQQDAQEFFLHLVNLVERNRIGSENPSD
: :.: :.::.::::::...:.:::::.:::::::::::::.:.:::: .::::..
CCDS31 V--PEQKEVQDGIAPRMFKALIGKGHPEFSTNRQQDAQEFFLHLINMVERNCRSSENPNE
410 420 430 440 450
480 490 500 510 520 530
pF1KE3 VFRFLVEERIQCCQTRKVRYTERVDYLMQLPVAMEAATNKDELIAYELTRREAEANRRPL
::::::::.:.: :.::.::.::::.::::: :.:: ::.::. :: .:.:: .. :
CCDS31 VFRFLVEEKIKCLATEKVKYTQRVDYIMQLPVPMDAALNKEELLEYEEKKRQAEEEKMAL
460 470 480 490 500 510
540 550 560 570 580 590
pF1KE3 PELVRAKIPFSACLQAFSEPENVDDFWSSALQAKSAGVKTSRFASFPEYLVVQIKKFTFG
::::::..:::.::.:.. ::.::::::.::::::..:::.::::::.:::.::::::::
CCDS31 PELVRAQVPFSSCLEAYGAPEQVDDFWSTALQAKSVAVKTTRFASFPDYLVIQIKKFTFG
520 530 540 550 560 570
600 610 620 630 640 650
pF1KE3 LDWVPKKFDVSIDMPDLLDINHLRARGLQPGEEELPDISPPIVIPDDSKDRLMNQLIDPS
:::::::.::::.::. :::..::. ::::::::::::.::.: ::. : ..
CCDS31 LDWVPKKLDVSIEMPEELDISQLRGTGLQPGEEELPDIAPPLVTPDEPKAPML-------
580 590 600 610 620 630
660 670 680 690 700 710
pF1KE3 DIDESSVMQLAEMGFPLEACRKAVYFTGNMGAEVAFNWIIVHMEEPDFAEPLTMPGYGGA
::: ..::.:::::..:::::::.::: :::.:.::.. ::..::::.:: .:: .:
CCDS31 --DESVIIQLVEMGFPMDACRKAVYYTGNSGAEAAMNWVMSHMDDPDFANPLILPGSSGP
640 650 660 670 680 690
720 730 740 750 760 770
pF1KE3 ASAGASVFGASGLDNQPPEEIVAIITSMGFQRNQAIQALRATNNNLERALDWIFSHPEFE
.:..:.. . :::. :. :.::::.:.::..:::::::.::::.:::::: . .
CCDS31 GSTSAAA-------DPPPEDCVTTIVSMGFSRDQALKALRATNNSLERAVDWIFSHID-D
700 710 720 730 740
780 790 800 810 820 830
pF1KE3 EDSDFVIEM-ENNANANIISEAKPEGPRVKDGSGTYELFAFISHMGTSTMSGHYICHIKK
:.. .... :. . :. :::. : ::.:.:: : :.::::::::::::: :::.:::::
CCDS31 LDAEAAMDISEGRSAADSISESVPVGPKVRDGPGKYQLFAFISHMGTSTMCGHYVCHIKK
750 760 770 780 790 800
840 850 860
pF1KE3 EGRWVIYNDHKVCASERPPKDLGYMYFYRRIPS
:::::::::.::::::.:::::::.:::.:. :
CCDS31 EGRWVIYNDQKVCASEKPPKDLGYIYFYQRVAS
810 820 830
863 residues in 1 query sequences
18921897 residues in 33420 library sequences
Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
start: Thu Jun 20 10:38:59 2019 done: Thu Jun 20 10:38:59 2019
Total Scan time: 1.810 Total Display time: 0.050
Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]