FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KE3907, 421 aa 1>>>pF1KE3907 421 - 421 aa - 421 aa Library: /omim/omim.rfq.tfa 60827320 residues in 85289 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 7.4163+/-0.000475; mu= 6.0095+/- 0.029 mean_var=145.6912+/-32.082, 0's: 0 Z-trim(112.9): 260 B-trim: 114 in 2/52 Lambda= 0.106257 statistics sampled from 21774 (22077) to 21774 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.625), E-opt: 0.2 (0.259), width: 16 Scan time: 9.060 The best scores are: opt bits E(85289) XP_011509226 (OMIM: 605991) PREDICTED: ephexin-1 i ( 433) 978 162.4 2.1e-39 XP_011509227 (OMIM: 605991) PREDICTED: ephexin-1 i ( 433) 978 162.4 2.1e-39 NP_001107562 (OMIM: 605991) ephexin-1 isoform 2 [H ( 618) 978 162.5 2.7e-39 XP_011509225 (OMIM: 605991) PREDICTED: ephexin-1 i ( 710) 978 162.5 3.1e-39 NP_062824 (OMIM: 605991) ephexin-1 isoform 1 [Homo ( 710) 978 162.5 3.1e-39 XP_011539008 (OMIM: 612496) PREDICTED: rho guanine ( 802) 843 141.9 5.7e-33 NP_694945 (OMIM: 612496) rho guanine nucleotide ex ( 802) 843 141.9 5.7e-33 NP_005426 (OMIM: 600888) rho guanine nucleotide ex (1597) 835 140.8 2.3e-32 NP_079290 (OMIM: 608504) rho guanine nucleotide ex ( 841) 649 112.1 5.3e-24 NP_776089 (OMIM: 608504) rho guanine nucleotide ex ( 841) 649 112.1 5.3e-24 XP_011522039 (OMIM: 608504) PREDICTED: rho guanine ( 439) 399 73.6 1.1e-12 XP_011522037 (OMIM: 608504) PREDICTED: rho guanine ( 856) 399 73.8 1.9e-12 XP_011522036 (OMIM: 608504) PREDICTED: rho guanine ( 856) 399 73.8 1.9e-12 XP_011522038 (OMIM: 608504) PREDICTED: rho guanine ( 792) 395 73.2 2.7e-12 NP_062541 (OMIM: 604464) intersectin-2 isoform 3 [ (1670) 320 61.9 1.4e-08 NP_006268 (OMIM: 604464) intersectin-2 isoform 1 [ (1697) 320 61.9 1.4e-08 XP_016883926 (OMIM: 602442) PREDICTED: intersectin (1185) 305 59.5 5.2e-08 XP_016883925 (OMIM: 602442) PREDICTED: intersectin (1608) 305 59.6 6.6e-08 XP_016883924 (OMIM: 602442) PREDICTED: intersectin (1613) 305 59.6 6.7e-08 XP_016883923 (OMIM: 602442) PREDICTED: intersectin (1645) 305 59.6 6.8e-08 XP_016883922 (OMIM: 602442) PREDICTED: intersectin (1650) 305 59.6 6.8e-08 XP_016883919 (OMIM: 602442) PREDICTED: intersectin (1679) 305 59.6 6.9e-08 XP_016883918 (OMIM: 602442) PREDICTED: intersectin (1684) 305 59.6 6.9e-08 NP_001317939 (OMIM: 602442) intersectin-1 isoform (1716) 305 59.6 7e-08 XP_016883917 (OMIM: 602442) PREDICTED: intersectin (1721) 305 59.6 7e-08 NP_003015 (OMIM: 602442) intersectin-1 isoform ITS (1721) 305 59.6 7e-08 NP_945328 (OMIM: 601855) rho guanine nucleotide ex ( 879) 253 51.4 1e-05 NP_004697 (OMIM: 601855) rho guanine nucleotide ex ( 912) 253 51.4 1.1e-05 NP_945353 (OMIM: 601855) rho guanine nucleotide ex ( 927) 253 51.5 1.1e-05 XP_005259447 (OMIM: 601855) PREDICTED: rho guanine ( 981) 253 51.5 1.1e-05 XP_011525770 (OMIM: 601855) PREDICTED: rho guanine ( 985) 253 51.5 1.1e-05 XP_005259443 (OMIM: 601855) PREDICTED: rho guanine (1041) 253 51.5 1.2e-05 NP_004454 (OMIM: 300546,305400) FYVE, RhoGEF and P ( 961) 246 50.4 2.3e-05 XP_016872911 (OMIM: 604763) PREDICTED: rho guanine (1401) 247 50.7 2.8e-05 XP_016872910 (OMIM: 604763) PREDICTED: rho guanine (1441) 247 50.7 2.9e-05 XP_011541022 (OMIM: 604763) PREDICTED: rho guanine (1441) 247 50.7 2.9e-05 NP_001288013 (OMIM: 604763) rho guanine nucleotide (1441) 247 50.7 2.9e-05 XP_016872909 (OMIM: 604763) PREDICTED: rho guanine (1485) 247 50.7 3e-05 XP_006718868 (OMIM: 604763) PREDICTED: rho guanine (1519) 247 50.7 3e-05 NP_001185594 (OMIM: 604763) rho guanine nucleotide (1525) 247 50.7 3e-05 NP_056128 (OMIM: 604763) rho guanine nucleotide ex (1544) 247 50.7 3.1e-05 XP_005263745 (OMIM: 605216) PREDICTED: rho guanine ( 483) 234 48.3 4.9e-05 XP_011509578 (OMIM: 605216) PREDICTED: rho guanine ( 483) 234 48.3 4.9e-05 XP_011509579 (OMIM: 605216) PREDICTED: rho guanine ( 483) 234 48.3 4.9e-05 XP_005263746 (OMIM: 605216) PREDICTED: rho guanine ( 483) 234 48.3 4.9e-05 XP_016884867 (OMIM: 300429,300607) PREDICTED: rho ( 362) 231 47.8 5.3e-05 XP_016884865 (OMIM: 300429,300607) PREDICTED: rho ( 375) 231 47.8 5.5e-05 NP_065871 (OMIM: 606905) phosphatidylinositol 3,4, (1659) 242 49.9 5.5e-05 XP_005263744 (OMIM: 605216) PREDICTED: rho guanine ( 567) 234 48.4 5.5e-05 XP_016884869 (OMIM: 300429,300607) PREDICTED: rho ( 305) 229 47.4 5.8e-05 >>XP_011509226 (OMIM: 605991) PREDICTED: ephexin-1 isofo (433 aa) initn: 928 init1: 574 opt: 978 Z-score: 828.5 bits: 162.4 E(85289): 2.1e-39 Smith-Waterman score: 978; 37.8% identity (70.7% similar) in 426 aa overlap (1-420:1-415) 10 20 30 40 50 60 pF1KE3 MFEILTSEFSYQHSLSILVEEFLQSKELRATVTQMEHHHLFSNILDVLGASQRFFEDLEQ :::..::: :: .::..:: .:......: . : : ::::.::::..:.::. .::. 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NP_001 APNRRTKFVSFTSRLLDCPQVQCVHPYVAQQPDELTLELADILNILDKTDDGWIFGERLH 510 520 530 540 550 560 390 400 410 420 pF1KE3 DGETGWFPEDFARFITSRVAVEGNVRRMERLRVETDV : : :::: .... : . :... :.. : NP_001 DQERGWFPSSMTEEILNPKIRSQNLKECFRVHKMDDPQRSQNKDRRKLGSRNRQ 570 580 590 600 610 >>XP_011509225 (OMIM: 605991) PREDICTED: ephexin-1 isofo (710 aa) initn: 928 init1: 574 opt: 978 Z-score: 825.5 bits: 162.5 E(85289): 3.1e-39 Smith-Waterman score: 978; 37.8% identity (70.7% similar) in 426 aa overlap (1-420:278-692) 10 20 30 pF1KE3 MFEILTSEFSYQHSLSILVEEFLQSKELRA :::..::: :: .::..:: .:......: XP_011 RFNLWQDLPEIRSSGVLEILQPEEIKLQEAMFELVTSEASYYKSLNLLVSHFMENERIRK 250 260 270 280 290 300 40 50 60 70 80 90 pF1KE3 TVTQMEHHHLFSNILDVLGASQRFFEDLEQRHKAQVLVEDISDILEEHAEKYFHPYIAYC . : : ::::.::::..:.::. .::.: . .... :. ::. ..: .: ::.: XP_011 ILHPSEAHILFSNVLDVLAVSERFLLELEHRMEENIVISDVCDIVYRYAADHFSVYITYV 310 320 330 340 350 360 100 110 120 130 140 150 pF1KE3 SNEVYQQRTLQKLISSNAAFREALREIERRPACGGLPMLSFLILPMQRVTRLPLLMDTLC ::..::.:: ..:.. .::::: . ..: : : :::. ::::::.::.::: ::.... 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NP_694 RWLVRHGE--LVELAPLPAAPPAKLKLSSK-AVYLHLFNDCLLLSRRKELGKFAVFVHAK 600 610 620 630 640 270 280 290 300 310 320 pF1KE3 MNHIQVEKIEPSELPLPGGGNRSSSVPHPFQVTLLRNSEGRQEQLLLSSDSASDRARWIV : ..::. . . .:: : : . :: ... ..:.:: . . :.. ::: NP_694 MAELQVRDLSLKLQGIPG---------HVFLLQLL-HGQHMKHQFLLRARTESEKQRWIS 650 660 670 680 690 330 340 350 360 370 380 pF1KE3 ALTHSERQW-QGLSSKG-DLPQVEITKAFFAKQADEVTLQQADVVLV-LQQEDGWLYGER :: : : . . :.: : :::. .... : . ::.::...:.. : :::: : : NP_694 ALCPSSPQEDKEVISEGEDCPQVQCVRTYKALHPDELTLEKTDILSVRTWTSDGWLEGVR 700 710 720 730 740 750 390 400 410 420 pF1KE3 LRDGETGWFPEDFARFITSRVAVEGNVRRMERLRVETDV : ::: :: :. ... :.: : :.:. .:. : NP_694 LADGEKGWVPQAYVEEISSLSARLRNLRENKRVTSATSKLGEAPV 760 770 780 790 800 >>NP_005426 (OMIM: 600888) rho guanine nucleotide exchan (1597 aa) initn: 812 init1: 509 opt: 835 Z-score: 702.0 bits: 140.8 E(85289): 2.3e-32 Smith-Waterman score: 944; 38.2% identity (68.2% similar) in 421 aa overlap (2-416:1180-1586) 10 20 30 pF1KE3 MFEILTSEFSYQHSLSILVEEFLQSKELRAT ::...:: :: .::.: :..: : :::: NP_005 GSLWQEIPVVRNSTVLLSMTHEDQKLQEVKFELIVSEASYLRSLNIAVDHFQLSTSLRAT 1150 1160 1170 1180 1190 1200 40 50 60 70 80 90 pF1KE3 VTQMEHHHLFSNILDVLGASQRFFEDLEQRHKAQVLVEDISDILEEHAEKYFHPYIAYCS ....::. ::: . :: .: :. :::. . ... .. :.. .:: . . :. : . 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NP_079 LGAFPTPGPLPCSPDTIYEDCDCSQELCSESSAPAKTEGRSLESRAAPKHLHKTPEGWLK 740 750 760 770 780 790 >>NP_776089 (OMIM: 608504) rho guanine nucleotide exchan (841 aa) initn: 704 init1: 564 opt: 649 Z-score: 551.9 bits: 112.1 E(85289): 5.3e-24 Smith-Waterman score: 718; 38.3% identity (65.9% similar) in 334 aa overlap (1-327:422-739) 10 20 30 pF1KE3 MFEILTSEFSYQHSLSILVEEFLQSKELRA .::..::: :: .:: .:.. :. :. :: NP_776 RNTLWQELPAVQASGLLDTLSPQERRMQESLFEVVTSEASYLRSLRLLTDTFVLSQALRD 400 410 420 430 440 450 40 50 60 70 80 90 pF1KE3 TVTQMEHHHLFSNILDVLGASQRFFEDLEQRHKAQVLVEDISDILEEHAEKYFHPYIAYC :.: .:: ::::. : :.:.::. : .: ... . :. :... :: : :. : NP_776 TLTPRDHHTLFSNVQRVQGVSERFLATLLSRVRSSPHISDLCDVVHAHAVGPFSVYVDYV 460 470 480 490 500 510 100 110 120 130 140 150 pF1KE3 SNEVYQQRTLQKLISSNAAFREALREIERRPACGGLPMLSFLILPMQRVTRLPLLMDTLC :. ::..: ..:...:. : ::... : : ::. :::.::.::.::: .:.... 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NP_776 LGAFPTPGPLPCSPDTIYEDCDCSQELCSESSAPAKTEGRSLESRAAPKHLHKTPEGWLK 740 750 760 770 780 790 421 residues in 1 query sequences 60827320 residues in 85289 library sequences Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc) start: Sun Nov 6 09:04:17 2016 done: Sun Nov 6 09:04:19 2016 Total Scan time: 9.060 Total Display time: 0.070 Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]