FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KE3242, 565 aa 1>>>pF1KE3242 565 - 565 aa - 565 aa Library: human.CCDS.faa 18511270 residues in 32554 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 8.8074+/-0.000864; mu= 3.6020+/- 0.052 mean_var=207.3993+/-41.814, 0's: 0 Z-trim(114.5): 83 B-trim: 161 in 1/51 Lambda= 0.089058 statistics sampled from 14958 (15042) to 14958 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.787), E-opt: 0.2 (0.462), width: 16 Scan time: 3.580 The best scores are: opt bits E(32554) CCDS30920.1 USP21 gene_id:27005|Hs108|chr1 ( 565) 3900 513.7 2.4e-145 CCDS81392.1 USP21 gene_id:27005|Hs108|chr1 ( 551) 3438 454.3 1.8e-127 CCDS58189.1 USP2 gene_id:9099|Hs108|chr11 ( 362) 789 113.8 3.6e-25 CCDS8423.1 USP2 gene_id:9099|Hs108|chr11 ( 396) 789 113.9 3.9e-25 CCDS8422.1 USP2 gene_id:9099|Hs108|chr11 ( 605) 789 114.0 5.4e-25 CCDS61632.1 USP8 gene_id:9101|Hs108|chr15 (1012) 495 76.4 1.9e-13 CCDS10137.1 USP8 gene_id:9101|Hs108|chr15 (1118) 495 76.4 2.1e-13 CCDS58370.1 USP3 gene_id:9960|Hs108|chr15 ( 476) 452 70.6 4.8e-12 CCDS32265.1 USP3 gene_id:9960|Hs108|chr15 ( 520) 452 70.6 5.2e-12 >>CCDS30920.1 USP21 gene_id:27005|Hs108|chr1 (565 aa) initn: 3900 init1: 3900 opt: 3900 Z-score: 2722.8 bits: 513.7 E(32554): 2.4e-145 Smith-Waterman score: 3900; 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CCDS58 RNLGNTCFMNSILQCLSNTRELRDYCLQRLYMRDLHHGSNAHTALVEEFAKLIQTIWTSS 30 40 50 60 70 80 280 290 300 310 320 330 pF1KE3 SCEAVNPTRFRAVFQKYVPSFSGYSQQDAQEFLKLLMERLHLEINRRGRRAPPILANGPV ..:.:..:.. .:.:.: : ::.::::::::..:.. :: :.:: : : CCDS58 PNDVVSPSEFKTQIQRYAPRFVGYNQQDAQEFLRFLLDGLHNEVNRVTLR--------PK 90 100 110 120 130 340 350 360 370 380 390 pF1KE3 PSPPRRGGALLEEPELSDDDRANLMWKRYLEREDSKIVDLFVGQLKSCLKCQACGYRSTT .: :.. : ::... ::..:::::::.: ::::::::: : : ::: ::. CCDS58 SNPEN-----LDH--LPDDEKGRQMWRKYLEREDSRIGDLFVGQLKSSLTCTDCGYCSTV 140 150 160 170 180 190 400 410 420 430 440 450 pF1KE3 FEVFCDLSLPIPKKGFAGGKVSLRDCFNLFTKEEELESENAPVCDRCRQKTRSTKKLTVQ :. : :::::: :.:. .:.: ::. :::::. :.... :.: ::: . : ::...: CCDS58 FDPFWDLSLPIAKRGYP--EVTLMDCMRLFTKEDVLDGDEKPTCCRCRGRKRCIKKFSIQ 200 210 220 230 240 460 470 480 490 500 510 pF1KE3 RFPRILVLHLNRFSASRGSIKKSSVGVDFPLQRLSLGDFASDKAGSPVYQLYALCNHSGS :::.::::::.::: :: .: .. :.:::. :.: .:::.... ::.:::. ::::. CCDS58 RFPKILVLHLKRFSESRIRTSKLTTFVNFPLRDLDLREFASENTNHAVYNLYAVSNHSGT 250 260 270 280 290 300 520 530 540 550 560 pF1KE3 VHYGHYTALCRCQ-TG-WHVYNDSRVSPVSENQVASSEGYVLFYQLMQEPPRCL . ::::: :: :: ::..::: :.:.: .:: .:..:.:::.: . : : CCDS58 TMGGHYTAYCRSPGTGEWHTFNDSSVTPMSSSQVRTSDAYLLFYELASPPSRM 310 320 330 340 350 360 >>CCDS8423.1 USP2 gene_id:9099|Hs108|chr11 (396 aa) initn: 1039 init1: 404 opt: 789 Z-score: 564.8 bits: 113.9 E(32554): 3.9e-25 Smith-Waterman score: 1152; 49.6% identity (74.5% similar) in 357 aa overlap (210-563:56-395) 180 190 200 210 220 230 pF1KE3 HGSFHMISARSSEPFYSDDKMAHHTLLLGSGHVGLRNLGNTCFLNAVLQCLSSTRPLRDF : .::::::::::.:..:::::.:: :::. CCDS84 RPRSPLSPSLLLSTFVGLLLNKAKNSKSAQGLAGLRNLGNTCFMNSILQCLSNTRELRDY 30 40 50 60 70 80 240 250 260 270 280 290 pF1KE3 CLRRDFRQEVPGGGRAQE-LTEAFADVIGALWHPDSCEAVNPTRFRAVFQKYVPSFSGYS ::.: . ... :. :. :.: :: .: ..: . ..:.:..:.. .:.:.: : ::. CCDS84 CLQRLYMRDLHHGSNAHTALVEEFAKLIQTIWTSSPNDVVSPSEFKTQIQRYAPRFVGYN 90 100 110 120 130 140 300 310 320 330 340 350 pF1KE3 QQDAQEFLKLLMERLHLEINRRGRRAPPILANGPVPSPPRRGGALLEEPELSDDDRANLM ::::::::..:.. :: :.:: : :. . :.. : ::... : CCDS84 QQDAQEFLRFLLDGLHNEVNRVTLR-------------PKSNPENLDH--LPDDEKGRQM 150 160 170 180 190 360 370 380 390 400 410 pF1KE3 WKRYLEREDSKIVDLFVGQLKSCLKCQACGYRSTTFEVFCDLSLPIPKKGFAGGKVSLRD :..:::::::.: ::::::::: : : ::: ::.:. : :::::: :.:. .:.: : CCDS84 WRKYLEREDSRIGDLFVGQLKSSLTCTDCGYCSTVFDPFWDLSLPIAKRGYP--EVTLMD 200 210 220 230 240 420 430 440 450 460 470 pF1KE3 CFNLFTKEEELESENAPVCDRCRQKTRSTKKLTVQRFPRILVLHLNRFSASRGSIKKSSV :. :::::. :.... :.: ::: . : ::...::::.::::::.::: :: .: .. CCDS84 CMRLFTKEDVLDGDEKPTCCRCRGRKRCIKKFSIQRFPKILVLHLKRFSESRIRTSKLTT 250 260 270 280 290 300 480 490 500 510 520 530 pF1KE3 GVDFPLQRLSLGDFASDKAGSPVYQLYALCNHSGSVHYGHYTALCRCQ-TG-WHVYNDSR :.:::. :.: .:::.... ::.:::. ::::.. ::::: :: :: ::..::: CCDS84 FVNFPLRDLDLREFASENTNHAVYNLYAVSNHSGTTMGGHYTAYCRSPGTGEWHTFNDSS 310 320 330 340 350 360 540 550 560 pF1KE3 VSPVSENQVASSEGYVLFYQLMQEPPRCL :.:.: .:: .:..:.:::.: . : : CCDS84 VTPMSSSQVRTSDAYLLFYELASPPSRM 370 380 390 >>CCDS8422.1 USP2 gene_id:9099|Hs108|chr11 (605 aa) initn: 1007 init1: 404 opt: 789 Z-score: 562.2 bits: 114.0 E(32554): 5.4e-25 Smith-Waterman score: 1160; 48.3% identity (73.4% similar) in 379 aa overlap (188-563:248-604) 160 170 180 190 200 210 pF1KE3 RRLGGFPGPPTLFSIRTEPPASHGSFHMISARSSEPFYSDDKMAHHTLLLGSGHVGLRNL .::: : . : : .. ..: .::::: CCDS84 SRVPEIISPTYRPIGRYTLWETGKGQAPGPSRSSSP--GRDGMNSKS---AQGLAGLRNL 220 230 240 250 260 270 220 230 240 250 260 270 pF1KE3 GNTCFLNAVLQCLSSTRPLRDFCLRRDFRQEVPGGGRAQE-LTEAFADVIGALWHPDSCE :::::.:..:::::.:: :::.::.: . ... :. :. :.: :: .: ..: . . CCDS84 GNTCFMNSILQCLSNTRELRDYCLQRLYMRDLHHGSNAHTALVEEFAKLIQTIWTSSPND 280 290 300 310 320 330 280 290 300 310 320 330 pF1KE3 AVNPTRFRAVFQKYVPSFSGYSQQDAQEFLKLLMERLHLEINRRGRRAPPILANGPVPSP .:.:..:.. .:.:.: : ::.::::::::..:.. :: :.:: : CCDS84 VVSPSEFKTQIQRYAPRFVGYNQQDAQEFLRFLLDGLHNEVNRVTLR------------- 340 350 360 370 340 350 360 370 380 390 pF1KE3 PRRGGALLEEPELSDDDRANLMWKRYLEREDSKIVDLFVGQLKSCLKCQACGYRSTTFEV :. . :.. : ::... ::..:::::::.: ::::::::: : : ::: ::.:. CCDS84 PKSNPENLDH--LPDDEKGRQMWRKYLEREDSRIGDLFVGQLKSSLTCTDCGYCSTVFDP 380 390 400 410 420 430 400 410 420 430 440 450 pF1KE3 FCDLSLPIPKKGFAGGKVSLRDCFNLFTKEEELESENAPVCDRCRQKTRSTKKLTVQRFP : :::::: :.:. .:.: ::. :::::. :.... :.: ::: . : ::...:::: CCDS84 FWDLSLPIAKRGYP--EVTLMDCMRLFTKEDVLDGDEKPTCCRCRGRKRCIKKFSIQRFP 440 450 460 470 480 490 460 470 480 490 500 510 pF1KE3 RILVLHLNRFSASRGSIKKSSVGVDFPLQRLSLGDFASDKAGSPVYQLYALCNHSGSVHY .::::::.::: :: .: .. :.:::. :.: .:::.... ::.:::. ::::.. CCDS84 KILVLHLKRFSESRIRTSKLTTFVNFPLRDLDLREFASENTNHAVYNLYAVSNHSGTTMG 500 510 520 530 540 550 520 530 540 550 560 pF1KE3 GHYTALCRCQ-TG-WHVYNDSRVSPVSENQVASSEGYVLFYQLMQEPPRCL ::::: :: :: ::..::: :.:.: .:: .:..:.:::.: . : : CCDS84 GHYTAYCRSPGTGEWHTFNDSSVTPMSSSQVRTSDAYLLFYELASPPSRM 560 570 580 590 600 >>CCDS61632.1 USP8 gene_id:9101|Hs108|chr15 (1012 aa) initn: 718 init1: 222 opt: 495 Z-score: 354.9 bits: 76.4 E(32554): 1.9e-13 Smith-Waterman score: 729; 29.9% identity (56.6% similar) in 558 aa overlap (13-555:497-1000) 10 20 30 pF1KE3 MPQASEHRLGRTREPPVNIQPRVGSKLPFAP----RARSKER : : .:: . . .: . . .: . CCDS61 RGKEITGVKRQSKSEHETSDAKKSVEDRGKRCPTPEIQKKSTGDVPHTSVTGDSGSGKAQ 470 480 490 500 510 520 40 50 60 70 80 90 pF1KE3 RNPASGP--NPMLRPLPPRPGLPDERLKKLELGRGRTSGPRPRGPLRADHGVP---LPGS :.: . . : : .: :::. : :. : ..: . : : :.: CCDS61 REPLTRARSEEMGRIVP---GLPSGWAKFLDPITGTFR--YYHSPTNTVHMYPPEMAPSS 530 540 550 560 570 580 100 110 120 130 140 150 pF1KE3 PPPTVALPLPSRTNLARSKSVSSGDLRPMGIALGGHRGTGELGAALSRLALRPEPPTLRR ::.. : : :. :. . . : .: : .. .. :... : ::. CCDS61 APPST--P-P--THKAKPQIPAERDREPS--KLKRSYSSPDITQAIQEEEKR--KPTV-- 590 600 610 620 630 160 170 180 190 200 210 pF1KE3 STSLRRLGGFPGPPTLFSIRTEPPASHGSFHMISARSSEPFYSDDKMAHHTLLLGSGHVG . .. : . :: . : : . . . :. .: .. . : . .: CCDS61 TPTVNR----ENKPTCY-----PKAEISRLSASQIRNLNPVFGGS---------GPALTG 640 650 660 670 220 230 240 250 260 270 pF1KE3 LRNLGNTCFLNAVLQCLSSTRPLRDFCLRRDFRQEVPGG---GRAQELTEAFADVIGALW ::::::::..:..:::: .. : :. : ..... . :. :..: :. .. ::: CCDS61 LRNLGNTCYMNSILQCLCNAPHLADYFNRNCYQDDINRSNLLGHKGEVAEEFGIIMKALW 680 690 700 710 720 730 280 290 300 310 320 330 pF1KE3 HPDSCEAVNPTRFRAVFQKYVPSFSGYSQQDAQEFLKLLMERLHLEINRRGRRAPPILAN . . ..: :. .. : .:.::::::.::.: .::. :: ..:. : : CCDS61 -TGQYRYISPKDFKITIGKINDQFAGYSQQDSQELLLFLMDGLHEDLNKADNRKRYKEEN 740 750 760 770 780 790 340 350 360 370 380 390 pF1KE3 GPVPSPPRRGGALLEEPELSDDDRANLMWKRYLEREDSKIVDLFVGQLKSCLKCQACGYR . .:.: :. :... . ..: :: :: ::.:: ..: .: . CCDS61 ND---------------HLDDFKAAEHAWQKHKQLNESIIVALFQGQFKSTVQCLTCHKK 800 810 820 830 400 410 420 430 440 450 pF1KE3 STTFEVFCDLSLPIPKKGFAGGKVSLRDCFNLFTKEEELESENAPVCDRCRQKTRSTKKL : :::.: ::::. . .: .:.::. ::.:::.: ..: :..:: . : ::. CCDS61 SRTFEAFMYLSLPLA----STSKCTLQDCLRLFSKEEKLTDNNRFYCSHCRARRDSLKKI 840 850 860 870 880 890 460 470 480 490 500 pF1KE3 TVQRFPRILVLHLNRFSASRGSIKKSSVGVDFPLQRLSLGDFA-SDKAGSPVYQLYALCN . ..: .:..::.::: . .: ...:::::. :.:.... . : . :.:... : CCDS61 EIWKLPPVLLVHLKRFSYDGRWKQKLQTSVDFPLENLDLSQYVIGPKNNLKKYNLFSVSN 900 910 920 930 940 950 510 520 530 540 550 560 pF1KE3 HSGSVHYGHYTALCR--CQTGWHVYNDSRVSPVSENQVASSEGYVLFYQLMQEPPRCL : :.. ::::: :. . : ..: .:: .: ..: :: .:.::: CCDS61 HYGGLDGGHYTAYCKNAARQRWFKFDDHEVSDISVSSVKSSAAYILFYTSLGPRVTDVAT 960 970 980 990 1000 1010 >>CCDS10137.1 USP8 gene_id:9101|Hs108|chr15 (1118 aa) initn: 718 init1: 222 opt: 495 Z-score: 354.3 bits: 76.4 E(32554): 2.1e-13 Smith-Waterman score: 737; 30.2% identity (56.7% similar) in 563 aa overlap (2-555:609-1106) 10 20 30 pF1KE3 MPQASEHRLGRTREPPVNIQPRVGSKLPFAP :... : : :: . . ... :.. CCDS10 EIQKKSTGDVPHTSVTGDSGSGKPFKIKGQPESGILRTGTFREDTDDTERNKAQREPLT- 580 590 600 610 620 630 40 50 60 70 80 pF1KE3 RARSKERRNPASGPNPMLRPLPPRPGLPDERLKKLELGRGRTSGPRPRGPLRADHGVP-- ::::.: : : .: :::. : :. : ..: . : : CCDS10 RARSEE----------MGRIVP---GLPSGWAKFLDPITGTFR--YYHSPTNTVHMYPPE 640 650 660 670 680 90 100 110 120 130 140 pF1KE3 -LPGSPPPTVALPLPSRTNLARSKSVSSGDLRPMGIALGGHRGTGELGAALSRLALRPEP :.: ::.. : : :. :. . . : .: : .. .. :... : CCDS10 MAPSSAPPST--P-P--THKAKPQIPAERDREPS--KLKRSYSSPDITQAIQEEEKR--K 690 700 710 720 730 150 160 170 180 190 200 pF1KE3 PTLRRSTSLRRLGGFPGPPTLFSIRTEPPASHGSFHMISARSSEPFYSDDKMAHHTLLLG ::. . .. : . :: . : : . . . :. .: .. . : CCDS10 PTV--TPTVNR----ENKPTCY-----PKAEISRLSASQIRNLNPVFGGS---------G 740 750 760 770 210 220 230 240 250 260 pF1KE3 SGHVGLRNLGNTCFLNAVLQCLSSTRPLRDFCLRRDFRQEVPGG---GRAQELTEAFADV . .:::::::::..:..:::: .. : :. : ..... . :. :..: :. . CCDS10 PALTGLRNLGNTCYMNSILQCLCNAPHLADYFNRNCYQDDINRSNLLGHKGEVAEEFGII 780 790 800 810 820 830 270 280 290 300 310 320 pF1KE3 IGALWHPDSCEAVNPTRFRAVFQKYVPSFSGYSQQDAQEFLKLLMERLHLEINRRGRRAP . ::: . . ..: :. .. : .:.::::::.::.: .::. :: ..:. : CCDS10 MKALW-TGQYRYISPKDFKITIGKINDQFAGYSQQDSQELLLFLMDGLHEDLNKADNRKR 840 850 860 870 880 890 330 340 350 360 370 380 pF1KE3 PILANGPVPSPPRRGGALLEEPELSDDDRANLMWKRYLEREDSKIVDLFVGQLKSCLKCQ :. .:.: :. :... . ..: :: :: ::.:: ..: CCDS10 YKEENND---------------HLDDFKAAEHAWQKHKQLNESIIVALFQGQFKSTVQCL 900 910 920 930 390 400 410 420 430 440 pF1KE3 ACGYRSTTFEVFCDLSLPIPKKGFAGGKVSLRDCFNLFTKEEELESENAPVCDRCRQKTR .: .: :::.: ::::. . .: .:.::. ::.:::.: ..: :..:: . 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CCDS32 FKELPAVELRNGKTAGRRTYHTRSQGDNNVS-LVEEFRKTLCALWQ-GSQTAFSPESLFY 190 200 210 220 230 240 290 300 310 320 330 340 pF1KE3 VFQKYVPSFSGYSQQDAQEFLKLLMERLHLEINRRGRRAPPILANGPVPSPPRRGGALLE : : .:.: ::.::::.::.. :...::::. . : :: :.. : : CCDS32 VVWKIMPNFRGYQQQDAHEFMRYLLDHLHLEL-QGGF-------NGV-----SRSAILQE 250 260 270 280 290 350 360 370 380 390 400 pF1KE3 EPELSDDDRANLMWKRYLEREDSKIVDLFVGQLKSCLKCQACGYRSTTFEVFCDLSLPIP . :: ... . . .. .. .: : :.. ..: :: .: :. : :::: :: CCDS32 NSTLSASNKCCI------NGASTVVTAIFGGILQNEVNCLICGTESRKFDPFLDLSLDIP 300 310 320 330 340 410 420 430 440 450 pF1KE3 K-------KGFAGGKV-SLRDCFNLFTKEEELESENAPVCDRCRQKTRSTKKLTVQRFPR . :. .: : :::::. :: :::. . .: .:..: .::::. .:..:. CCDS32 SQFRSKRSKNQENGPVCSLRDCLRSFTDLEELDETELYMCHKCKKKQKSTKKFWIQKLPK 350 360 370 380 390 400 460 470 480 490 500 510 pF1KE3 ILVLHLNRFSASRGSIKKSSVGVDFPLQRLSLGDFASDKAGS-P---VYQLYALCNHSGS .: :::.:: . .: .. :.:::. :.. . . .: : .:.: :. : :: CCDS32 VLCLHLKRFHWTAYLRNKVDTYVEFPLRGLDMKCYLLEPENSGPESCLYDLAAVVVHHGS 410 420 430 440 450 460 520 530 540 550 560 pF1KE3 -VHYGHYTALCRCQTGWHVYNDSRVSPVSENQVASSEGYVLFYQLMQEPPRCL : ::::: . : .::: :. ..:. :.....:.::: CCDS32 GVGSGHYTAYATHEGRWFHFNDSTVTLTDEETVVKAKAYILFYVEHQAKAGSDKL 470 480 490 500 510 520 565 residues in 1 query sequences 18511270 residues in 32554 library sequences Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc) start: Mon Nov 7 03:24:52 2016 done: Mon Nov 7 03:24:52 2016 Total Scan time: 3.580 Total Display time: 0.090 Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]