Result of FASTA (omim) for
pFN21AE3685
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE3685, 320 aa
1>>>pF1KE3685 320 - 320 aa - 320 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 12.2750+/-0.000429; mu= -16.0828+/- 0.027
mean_var=406.6061+/-82.046, 0's: 0 Z-trim(122.9): 251 B-trim: 0 in 0/58
Lambda= 0.063604
statistics sampled from 41557 (41845) to 41557 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.766), E-opt: 0.2 (0.491), width: 16
Scan time: 9.300
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_005446 (OMIM: 604347) zinc finger Ran-binding d ( 320) 2093 205.5 1.2e-52
NP_976225 (OMIM: 604347) zinc finger Ran-binding d ( 330) 2022 199.0 1.1e-50
XP_006722006 (OMIM: 609434) PREDICTED: luc7-like p ( 413) 322 43.1 0.0012
NP_006098 (OMIM: 609434) luc7-like protein 3 isofo ( 432) 322 43.1 0.0012
NP_057508 (OMIM: 609434) luc7-like protein 3 isofo ( 432) 322 43.1 0.0012
XP_005257506 (OMIM: 609434) PREDICTED: luc7-like p ( 472) 322 43.2 0.0013
NP_001317259 (OMIM: 609434) luc7-like protein 3 is ( 489) 322 43.2 0.0014
NP_001278340 (OMIM: 182465,617140) protein SON iso (2108) 326 44.0 0.0033
NP_115571 (OMIM: 182465,617140) protein SON isofor (2303) 326 44.0 0.0035
NP_620305 (OMIM: 182465,617140) protein SON isofor (2426) 326 44.0 0.0037
XP_005257509 (OMIM: 609434) PREDICTED: luc7-like p ( 442) 293 40.5 0.0079
NP_006266 (OMIM: 601944) serine/arginine-rich spli ( 344) 288 39.9 0.0089
>>NP_005446 (OMIM: 604347) zinc finger Ran-binding domai (320 aa)
initn: 2093 init1: 2093 opt: 2093 Z-score: 1066.4 bits: 205.5 E(85289): 1.2e-52
Smith-Waterman score: 2093; 99.7% identity (99.7% similar) in 320 aa overlap (1-320:1-320)
10 20 30 40 50 60
pF1KE3 MSTKNFRVSDGDWICPDKKCGNVNFARRTSCNRCGREKTTEAKMMKAGGTEIGKTLAEKS
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NP_005 MSTKNFRVSDGDWICPDKKCGNVNFARRTSCNRCGREKTTEAKMMKAGGTEIGKTLAEKS
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE3 RGLFSANDWQCKTCSNVNWARRSECNMCNTPKYAKLEERTGYGGGFNERENVEYIEREES
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_005 RGLFSANDWQCKTCSNVNWARRSECNMCNTPKYAKLEERTGYGGGFNERENVEYIEREES
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE3 DGEYDEFGRKKKKYRGKAVGPASILKEVEDKESEGEEEDEDEDLSKYKLDEDEDEDDADL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_005 DGEYDEFGRKKKKYRGKAVGPASILKEVEDKESEGEEEDEDEDLSKYKLDEDEDEDDADL
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE3 SKYNLDASEEEDSNKKKSNRRSRSKSGSSHSRSSSRSSSPSSSRSRSRSRSRSSSSSQSR
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NP_005 SKYNLDASEEEDSNKKKSNRRSRSKSRSSHSRSSSRSSSPSSSRSRSRSRSRSSSSSQSR
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE3 SRSSSRERSRSRGSKSRSSSRSHRGSSSPRKRSYSSSSSSPERNRKRSRSRSSSSGDRKK
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NP_005 SRSSSRERSRSRGSKSRSSSRSHRGSSSPRKRSYSSSSSSPERNRKRSRSRSSSSGDRKK
250 260 270 280 290 300
310 320
pF1KE3 RRTRSRSPESQVIGENTKQP
::::::::::::::::::::
NP_005 RRTRSRSPESQVIGENTKQP
310 320
>>NP_976225 (OMIM: 604347) zinc finger Ran-binding domai (330 aa)
initn: 2022 init1: 2022 opt: 2022 Z-score: 1031.0 bits: 199.0 E(85289): 1.1e-50
Smith-Waterman score: 2022; 99.7% identity (99.7% similar) in 309 aa overlap (1-309:1-309)
10 20 30 40 50 60
pF1KE3 MSTKNFRVSDGDWICPDKKCGNVNFARRTSCNRCGREKTTEAKMMKAGGTEIGKTLAEKS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_976 MSTKNFRVSDGDWICPDKKCGNVNFARRTSCNRCGREKTTEAKMMKAGGTEIGKTLAEKS
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE3 RGLFSANDWQCKTCSNVNWARRSECNMCNTPKYAKLEERTGYGGGFNERENVEYIEREES
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_976 RGLFSANDWQCKTCSNVNWARRSECNMCNTPKYAKLEERTGYGGGFNERENVEYIEREES
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE3 DGEYDEFGRKKKKYRGKAVGPASILKEVEDKESEGEEEDEDEDLSKYKLDEDEDEDDADL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_976 DGEYDEFGRKKKKYRGKAVGPASILKEVEDKESEGEEEDEDEDLSKYKLDEDEDEDDADL
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE3 SKYNLDASEEEDSNKKKSNRRSRSKSGSSHSRSSSRSSSPSSSRSRSRSRSRSSSSSQSR
:::::::::::::::::::::::::: :::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_976 SKYNLDASEEEDSNKKKSNRRSRSKSRSSHSRSSSRSSSPSSSRSRSRSRSRSSSSSQSR
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE3 SRSSSRERSRSRGSKSRSSSRSHRGSSSPRKRSYSSSSSSPERNRKRSRSRSSSSGDRKK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_976 SRSSSRERSRSRGSKSRSSSRSHRGSSSPRKRSYSSSSSSPERNRKRSRSRSSSSGDRKK
250 260 270 280 290 300
310 320
pF1KE3 RRTRSRSPESQVIGENTKQP
:::::::::
NP_976 RRTRSRSPERRHRSSSGSSHSGSRSSSKKK
310 320 330
>>XP_006722006 (OMIM: 609434) PREDICTED: luc7-like prote (413 aa)
initn: 995 init1: 192 opt: 322 Z-score: 186.5 bits: 43.1 E(85289): 0.0012
Smith-Waterman score: 322; 35.9% identity (64.6% similar) in 192 aa overlap (132-318:139-330)
110 120 130 140 150 160
pF1KE3 YGGGFNERENVEYIEREESDGEYDEFGRKKKKYRGKAVGPASILKEVEDKESEGEEEDED
:.. : : :.. . : ... :: :.:
XP_006 QEKQMEVCEVCGAFLIVGDAQSRVDDHLMGKQHMGYAKIKATVEELKEKLRKRTEEPDRD
110 120 130 140 150 160
170 180 190 200 210
pF1KE3 EDLSKYKLDEDEDEDDADLSKYNLDAS---EEEDSNKKKSNRRSRSKSGSSHSRSSSRSS
: :.: : ...: : . . . . . . :::. .:... : : : . :.:: :::.:
XP_006 ERLKKEKQEREEREKEREREREERERKRRREEEEREKERARDRERRKRSRSRSRHSSRTS
170 180 190 200 210 220
220 230 240 250 260 270
pF1KE3 SPSSSRSRSRSRSRSSSSSQSRSRSSSRERSRSRGS-KSRSSSRSHRGSSSPRKRSYSSS
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XP_006 DRRCSRSRDHKRSRSRERRRSRSRDRRRSRSHDRSERKHRSRSRDRRRSKSRDRKSYKHR
230 240 250 260 270 280
280 290 300 310 320
pF1KE3 SSSPERNRKR-SRSRSSSSGDRKKRRTRSRSPESQVIGENTKQP
:.: .:.. : :. . . ..: :: ..: : :.: ::.
XP_006 SKSRDREQDRKSKEKEKRGSDDKKSSVKSGSREKQSEDTNTESKESDTKNEVNGTSEDIK
290 300 310 320 330 340
XP_006 SEVQRKYAQMKMELSRVRRHTKASSEGKDSVVLQNILRYIVLSQLFCSRLVPPLVCLFGN
350 360 370 380 390 400
>>NP_006098 (OMIM: 609434) luc7-like protein 3 isoform 1 (432 aa)
initn: 995 init1: 192 opt: 322 Z-score: 186.3 bits: 43.1 E(85289): 0.0012
Smith-Waterman score: 322; 35.9% identity (64.6% similar) in 192 aa overlap (132-318:215-406)
110 120 130 140 150 160
pF1KE3 YGGGFNERENVEYIEREESDGEYDEFGRKKKKYRGKAVGPASILKEVEDKESEGEEEDED
:.. : : :.. . : ... :: :.:
NP_006 QEKQMEVCEVCGAFLIVGDAQSRVDDHLMGKQHMGYAKIKATVEELKEKLRKRTEEPDRD
190 200 210 220 230 240
170 180 190 200 210
pF1KE3 EDLSKYKLDEDEDEDDADLSKYNLDAS---EEEDSNKKKSNRRSRSKSGSSHSRSSSRSS
: :.: : ...: : . . . . . . :::. .:... : : : . :.:: :::.:
NP_006 ERLKKEKQEREEREKEREREREERERKRRREEEEREKERARDRERRKRSRSRSRHSSRTS
250 260 270 280 290 300
220 230 240 250 260 270
pF1KE3 SPSSSRSRSRSRSRSSSSSQSRSRSSSRERSRSRGS-KSRSSSRSHRGSSSPRKRSYSSS
. ::::...:::: .::::. : ::..:. : :: ::..: :.: ..::.
NP_006 DRRCSRSRDHKRSRSRERRRSRSRDRRRSRSHDRSERKHRSRSRDRRRSKSRDRKSYKHR
310 320 330 340 350 360
280 290 300 310 320
pF1KE3 SSSPERNRKR-SRSRSSSSGDRKKRRTRSRSPESQVIGENTKQP
:.: .:.. : :. . . ..: :: ..: : :.: ::.
NP_006 SKSRDREQDRKSKEKEKRGSDDKKSSVKSGSREKQSEDTNTESKESDTKNEVNGTSEDIK
370 380 390 400 410 420
NP_006 SEGDTQSN
430
>>NP_057508 (OMIM: 609434) luc7-like protein 3 isoform 1 (432 aa)
initn: 995 init1: 192 opt: 322 Z-score: 186.3 bits: 43.1 E(85289): 0.0012
Smith-Waterman score: 322; 35.9% identity (64.6% similar) in 192 aa overlap (132-318:215-406)
110 120 130 140 150 160
pF1KE3 YGGGFNERENVEYIEREESDGEYDEFGRKKKKYRGKAVGPASILKEVEDKESEGEEEDED
:.. : : :.. . : ... :: :.:
NP_057 QEKQMEVCEVCGAFLIVGDAQSRVDDHLMGKQHMGYAKIKATVEELKEKLRKRTEEPDRD
190 200 210 220 230 240
170 180 190 200 210
pF1KE3 EDLSKYKLDEDEDEDDADLSKYNLDAS---EEEDSNKKKSNRRSRSKSGSSHSRSSSRSS
: :.: : ...: : . . . . . . :::. .:... : : : . :.:: :::.:
NP_057 ERLKKEKQEREEREKEREREREERERKRRREEEEREKERARDRERRKRSRSRSRHSSRTS
250 260 270 280 290 300
220 230 240 250 260 270
pF1KE3 SPSSSRSRSRSRSRSSSSSQSRSRSSSRERSRSRGS-KSRSSSRSHRGSSSPRKRSYSSS
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NP_057 DRRCSRSRDHKRSRSRERRRSRSRDRRRSRSHDRSERKHRSRSRDRRRSKSRDRKSYKHR
310 320 330 340 350 360
280 290 300 310 320
pF1KE3 SSSPERNRKR-SRSRSSSSGDRKKRRTRSRSPESQVIGENTKQP
:.: .:.. : :. . . ..: :: ..: : :.: ::.
NP_057 SKSRDREQDRKSKEKEKRGSDDKKSSVKSGSREKQSEDTNTESKESDTKNEVNGTSEDIK
370 380 390 400 410 420
NP_057 SEGDTQSN
430
>>XP_005257506 (OMIM: 609434) PREDICTED: luc7-like prote (472 aa)
initn: 995 init1: 192 opt: 322 Z-score: 185.7 bits: 43.2 E(85289): 0.0013
Smith-Waterman score: 322; 35.9% identity (64.6% similar) in 192 aa overlap (132-318:215-406)
110 120 130 140 150 160
pF1KE3 YGGGFNERENVEYIEREESDGEYDEFGRKKKKYRGKAVGPASILKEVEDKESEGEEEDED
:.. : : :.. . : ... :: :.:
XP_005 QEKQMEVCEVCGAFLIVGDAQSRVDDHLMGKQHMGYAKIKATVEELKEKLRKRTEEPDRD
190 200 210 220 230 240
170 180 190 200 210
pF1KE3 EDLSKYKLDEDEDEDDADLSKYNLDAS---EEEDSNKKKSNRRSRSKSGSSHSRSSSRSS
: :.: : ...: : . . . . . . :::. .:... : : : . :.:: :::.:
XP_005 ERLKKEKQEREEREKEREREREERERKRRREEEEREKERARDRERRKRSRSRSRHSSRTS
250 260 270 280 290 300
220 230 240 250 260 270
pF1KE3 SPSSSRSRSRSRSRSSSSSQSRSRSSSRERSRSRGS-KSRSSSRSHRGSSSPRKRSYSSS
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XP_005 DRRCSRSRDHKRSRSRERRRSRSRDRRRSRSHDRSERKHRSRSRDRRRSKSRDRKSYKHR
310 320 330 340 350 360
280 290 300 310 320
pF1KE3 SSSPERNRKR-SRSRSSSSGDRKKRRTRSRSPESQVIGENTKQP
:.: .:.. : :. . . ..: :: ..: : :.: ::.
XP_005 SKSRDREQDRKSKEKEKRGSDDKKSSVKSGSREKQSEDTNTESKESDTKNEVNGTSEDIK
370 380 390 400 410 420
XP_005 SEVQRKYAQMKMELSRVRRHTKASSEGKDSVVLQNILRTTVRRFLEEY
430 440 450 460 470
>>NP_001317259 (OMIM: 609434) luc7-like protein 3 isofor (489 aa)
initn: 995 init1: 192 opt: 322 Z-score: 185.5 bits: 43.2 E(85289): 0.0014
Smith-Waterman score: 322; 35.9% identity (64.6% similar) in 192 aa overlap (132-318:215-406)
110 120 130 140 150 160
pF1KE3 YGGGFNERENVEYIEREESDGEYDEFGRKKKKYRGKAVGPASILKEVEDKESEGEEEDED
:.. : : :.. . : ... :: :.:
NP_001 QEKQMEVCEVCGAFLIVGDAQSRVDDHLMGKQHMGYAKIKATVEELKEKLRKRTEEPDRD
190 200 210 220 230 240
170 180 190 200 210
pF1KE3 EDLSKYKLDEDEDEDDADLSKYNLDAS---EEEDSNKKKSNRRSRSKSGSSHSRSSSRSS
: :.: : ...: : . . . . . . :::. .:... : : : . :.:: :::.:
NP_001 ERLKKEKQEREEREKEREREREERERKRRREEEEREKERARDRERRKRSRSRSRHSSRTS
250 260 270 280 290 300
220 230 240 250 260 270
pF1KE3 SPSSSRSRSRSRSRSSSSSQSRSRSSSRERSRSRGS-KSRSSSRSHRGSSSPRKRSYSSS
. ::::...:::: .::::. : ::..:. : :: ::..: :.: ..::.
NP_001 DRRCSRSRDHKRSRSRERRRSRSRDRRRSRSHDRSERKHRSRSRDRRRSKSRDRKSYKHR
310 320 330 340 350 360
280 290 300 310 320
pF1KE3 SSSPERNRKR-SRSRSSSSGDRKKRRTRSRSPESQVIGENTKQP
:.: .:.. : :. . . ..: :: ..: : :.: ::.
NP_001 SKSRDREQDRKSKEKEKRGSDDKKSSVKSGSREKQSEDTNTESKESDTKNEVNGTSEDIK
370 380 390 400 410 420
NP_001 SEVQRKYAQMKMELSRVRRHTKASSEGKDSVVLQNILRYIVLSQLFCSRLVPPLVCLFGN
430 440 450 460 470 480
>>NP_001278340 (OMIM: 182465,617140) protein SON isoform (2108 aa)
initn: 490 init1: 221 opt: 326 Z-score: 178.6 bits: 44.0 E(85289): 0.0033
Smith-Waterman score: 326; 45.3% identity (67.9% similar) in 159 aa overlap (152-308:1781-1925)
130 140 150 160 170 180
pF1KE3 GEYDEFGRKKKKYRGKAVGPASILKEVEDKESEGEEEDEDEDLSKYKLDEDEDEDDADLS
:: .::.:. : . : : : . :
NP_001 GIEGPLLASDVGRDRSAASPVVSSMPERASESSSEEKDDYEIFVKVK-------DTHEKS
1760 1770 1780 1790 1800
190 200 210 220 230 240
pF1KE3 KYNLDASEEEDSNKKKSNRRSRSK-SGSSHSRSSSRSSSPSSSRSRSRSRSRSSSSSQSR
: : . .. : .:. :. ::::: : ::. .: .:.: ::::.:.:: .:.: .:.
NP_001 KKNKNRDKGEKEKKRDSSLRSRSKRSKSSEHKSRKRTSE---SRSRARKRSSKSKSHRSQ
1810 1820 1830 1840 1850 1860
250 260 270 280 290
pF1KE3 SRSSSRERSRSRGSKSRSSSRSHRG-SSSPRKRSYSSSSSSPERNRKRSRSRSSSSGDRK
.:: :: : : :.:.:::.::..:. :. :::: . :.: ::.:::: ::. .::
NP_001 TRSRSRSRRRRRSSRSRSKSRGRRSVSKEKRKRSPKHRSKSRERKRKRSSSRD----NRK
1870 1880 1890 1900 1910
300 310 320
pF1KE3 KRRTRSRSPESQVIGENTKQP
:.:::.:
NP_001 TVRARSRTPSRRSRSHTPSRRRRSRSVGRRRSFSISPSRRSRTPSRRSRTPSRRSRTPSR
1920 1930 1940 1950 1960 1970
>>NP_115571 (OMIM: 182465,617140) protein SON isoform B (2303 aa)
initn: 490 init1: 221 opt: 326 Z-score: 178.1 bits: 44.0 E(85289): 0.0035
Smith-Waterman score: 326; 45.3% identity (67.9% similar) in 159 aa overlap (152-308:1781-1925)
130 140 150 160 170 180
pF1KE3 GEYDEFGRKKKKYRGKAVGPASILKEVEDKESEGEEEDEDEDLSKYKLDEDEDEDDADLS
:: .::.:. : . : : : . :
NP_115 GIEGPLLASDVGRDRSAASPVVSSMPERASESSSEEKDDYEIFVKVK-------DTHEKS
1760 1770 1780 1790 1800
190 200 210 220 230 240
pF1KE3 KYNLDASEEEDSNKKKSNRRSRSK-SGSSHSRSSSRSSSPSSSRSRSRSRSRSSSSSQSR
: : . .. : .:. :. ::::: : ::. .: .:.: ::::.:.:: .:.: .:.
NP_115 KKNKNRDKGEKEKKRDSSLRSRSKRSKSSEHKSRKRTSE---SRSRARKRSSKSKSHRSQ
1810 1820 1830 1840 1850 1860
250 260 270 280 290
pF1KE3 SRSSSRERSRSRGSKSRSSSRSHRG-SSSPRKRSYSSSSSSPERNRKRSRSRSSSSGDRK
.:: :: : : :.:.:::.::..:. :. :::: . :.: ::.:::: ::. .::
NP_115 TRSRSRSRRRRRSSRSRSKSRGRRSVSKEKRKRSPKHRSKSRERKRKRSSSRD----NRK
1870 1880 1890 1900 1910
300 310 320
pF1KE3 KRRTRSRSPESQVIGENTKQP
:.:::.:
NP_115 TVRARSRTPSRRSRSHTPSRRRRSRSVGRRRSFSISPSRRSRTPSRRSRTPSRRSRTPSR
1920 1930 1940 1950 1960 1970
>>NP_620305 (OMIM: 182465,617140) protein SON isoform F (2426 aa)
initn: 490 init1: 221 opt: 326 Z-score: 177.8 bits: 44.0 E(85289): 0.0037
Smith-Waterman score: 326; 45.3% identity (67.9% similar) in 159 aa overlap (152-308:1781-1925)
130 140 150 160 170 180
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