Result of FASTA (omim) for
pFN21AB7754
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB7754, 496 aa
1>>>pF1KB7754 496 - 496 aa - 496 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 9.1130+/-0.000451; mu= 2.4641+/- 0.028
mean_var=302.9904+/-63.107, 0's: 0 Z-trim(119.8): 1912 B-trim: 135 in 1/55
Lambda= 0.073682
statistics sampled from 32085 (34313) to 32085 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.744), E-opt: 0.2 (0.402), width: 16
Scan time: 8.310
The best scores are: opt bits E(85289)
XP_011524533 (OMIM: 609601) PREDICTED: zinc finger ( 534) 699 88.1 6.7e-17
XP_016881531 (OMIM: 609601) PREDICTED: zinc finger ( 534) 699 88.1 6.7e-17
NP_001128650 (OMIM: 609601) zinc finger protein 39 ( 534) 699 88.1 6.7e-17
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XP_011529693 (OMIM: 314997) PREDICTED: zinc finger ( 510) 648 82.7 2.8e-15
XP_005262526 (OMIM: 314997) PREDICTED: zinc finger ( 510) 648 82.7 2.8e-15
NP_009062 (OMIM: 314997) zinc finger protein 75D i ( 510) 648 82.7 2.8e-15
XP_016885222 (OMIM: 300573) PREDICTED: zinc finger ( 513) 560 73.3 1.8e-12
XP_016885221 (OMIM: 300573) PREDICTED: zinc finger ( 513) 560 73.3 1.8e-12
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XP_016885220 (OMIM: 300573) PREDICTED: zinc finger ( 514) 560 73.3 1.8e-12
XP_016885218 (OMIM: 300573) PREDICTED: zinc finger ( 514) 560 73.3 1.8e-12
XP_011542247 (OMIM: 300573) PREDICTED: zinc finger ( 514) 560 73.3 1.8e-12
XP_011513163 (OMIM: 602277) PREDICTED: zinc finger ( 675) 562 73.7 1.9e-12
NP_001305822 (OMIM: 602277) zinc finger protein 18 ( 675) 562 73.7 1.9e-12
XP_011542246 (OMIM: 300573) PREDICTED: zinc finger ( 545) 560 73.4 1.9e-12
NP_001139763 (OMIM: 300573) zinc finger protein 67 ( 575) 560 73.4 2e-12
NP_001177346 (OMIM: 300573) zinc finger protein 67 ( 576) 560 73.4 2e-12
XP_011542245 (OMIM: 300573) PREDICTED: zinc finger ( 580) 560 73.4 2e-12
XP_011542243 (OMIM: 300573) PREDICTED: zinc finger ( 581) 560 73.4 2e-12
NP_001034980 (OMIM: 300573) zinc finger protein 67 ( 581) 560 73.4 2e-12
NP_001305821 (OMIM: 602277) zinc finger protein 18 ( 751) 562 73.7 2e-12
NP_001305820 (OMIM: 602277) zinc finger protein 18 ( 751) 562 73.7 2e-12
NP_009080 (OMIM: 602277) zinc finger protein 184 i ( 751) 562 73.7 2e-12
XP_006716174 (OMIM: 194510) PREDICTED: zinc finger ( 410) 556 72.8 2.1e-12
NP_001265220 (OMIM: 194510) zinc finger protein 3 ( 410) 556 72.8 2.1e-12
NP_001265221 (OMIM: 194510) zinc finger protein 3 ( 410) 556 72.8 2.1e-12
XP_016868071 (OMIM: 194510) PREDICTED: zinc finger ( 410) 556 72.8 2.1e-12
XP_016868072 (OMIM: 194510) PREDICTED: zinc finger ( 410) 556 72.8 2.1e-12
NP_116313 (OMIM: 194510) zinc finger protein 3 iso ( 446) 556 72.8 2.2e-12
NP_001265216 (OMIM: 194510) zinc finger protein 3 ( 446) 556 72.8 2.2e-12
NP_001265213 (OMIM: 194510) zinc finger protein 3 ( 446) 556 72.8 2.2e-12
NP_001305064 (OMIM: 194510) zinc finger protein 3 ( 446) 556 72.8 2.2e-12
NP_001265219 (OMIM: 194510) zinc finger protein 3 ( 446) 556 72.8 2.2e-12
NP_001311070 (OMIM: 314995) zinc finger protein 41 ( 693) 560 73.5 2.2e-12
NP_001311072 (OMIM: 314995) zinc finger protein 41 ( 693) 560 73.5 2.2e-12
NP_001311078 (OMIM: 314995) zinc finger protein 41 ( 693) 560 73.5 2.2e-12
NP_001311068 (OMIM: 314995) zinc finger protein 41 ( 693) 560 73.5 2.2e-12
NP_001311081 (OMIM: 314995) zinc finger protein 41 ( 693) 560 73.5 2.2e-12
NP_001311074 (OMIM: 314995) zinc finger protein 41 ( 693) 560 73.5 2.2e-12
NP_001305065 (OMIM: 194510) zinc finger protein 3 ( 453) 556 72.8 2.3e-12
NP_001311086 (OMIM: 314995) zinc finger protein 41 ( 743) 560 73.5 2.4e-12
NP_001311085 (OMIM: 314995) zinc finger protein 41 ( 745) 560 73.5 2.4e-12
NP_001311069 (OMIM: 314995) zinc finger protein 41 ( 779) 560 73.5 2.4e-12
NP_700359 (OMIM: 314995) zinc finger protein 41 is ( 779) 560 73.5 2.4e-12
NP_001311073 (OMIM: 314995) zinc finger protein 41 ( 779) 560 73.5 2.4e-12
XP_016885306 (OMIM: 314995) PREDICTED: zinc finger ( 779) 560 73.5 2.4e-12
NP_001311079 (OMIM: 314995) zinc finger protein 41 ( 779) 560 73.5 2.4e-12
NP_009061 (OMIM: 314995) zinc finger protein 41 is ( 779) 560 73.5 2.4e-12
>>XP_011524533 (OMIM: 609601) PREDICTED: zinc finger pro (534 aa)
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10 20 30 40 50 60
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pF1KB7 ALRKLTELCHLWLRPDLHTKEQILDMLVMEQFMISMPQELQVLVMMNGVQSCKD----LE
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120 130 140 150 160
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:: :. : . .. .: .: .::.. ..... .: .
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.. :: .... : ::. :.. . :. :. :. ..::. : :.: .. .
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. :. . : . . :: . . : :: . . . . . ..
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>>XP_016881531 (OMIM: 609601) PREDICTED: zinc finger pro (534 aa)
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pF1KB7 AANCTSSWSLGESCNRPGLELPRSMASSETQLGNHDVDPEISHVNFRMFSCPKESD-PIQ
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pF1KB7 FHQRTHTGERPYTCDVCQKQFTQKSYLKCHKRSHTGEKPFECKDCKKVFTYRGSLKEHQR
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:::::.::.:..: ..:.: . : .::. :
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>>NP_001128650 (OMIM: 609601) zinc finger protein 397 is (534 aa)
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Smith-Waterman score: 723; 31.5% identity (56.7% similar) in 480 aa overlap (32-490:38-503)
10 20 30 40 50 60
pF1KB7 AANCTSSWSLGESCNRPGLELPRSMASSETQLGNHDVDPEISHVNFRMFSCPKESD-PIQ
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NP_001 ISTLIPQDPPEQELILVKVEDNFSWDEKFKQNGSTQSCQELFRQQFRKF-CYQETPGPRE
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pF1KB7 ALRKLTELCHLWLRPDLHTKEQILDMLVMEQFMISMPQELQVLVMMNGVQSCKD----LE
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NP_001 ALSRLQELCYQWLMPELHTKEQILELLVLEQFLSILPEELQIWVQQHNPESGEEAVTLLE
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120 130 140 150 160
pF1KB7 DLLRNNRRPKKWSVVTFHGKEYIVQD----------SDIEMAEAPSSVRDDLKDVSSQRA
:: :. : . .. .: .: .::.. ..... .: .
NP_001 DLEREFDDPGQQVPASPQGPAVPWKDLTCLRASQESTDIHLQPLKTQLKSWKPCLSPKSD
130 140 150 160 170 180
170 180 190 200 210 220
pF1KB7 SSVNQMRPGEGQAHRELQILPRVPALSR-RQGEDFLLHKSIDVTGDPKSLRPKQ--TLEK
.. :: .... : ::. :.. . :. :. :. ..::. : :.: .. .
NP_001 CENSETATKEGISEEKSQGLPQEPSFRGISEHESNLVWKQGSATGE-KLRSPSQGGSFSQ
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230 240 250 260 270 280
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. :. . : . . :: . . : :: . . . . . ..
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pF1KB7 ASTHSGNRGDALNLSSPKRSKPDASSISQEEPQGEATPVGNRESPGQAGMNSIHSPGPAS
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NP_001 QRIHTGEKPYKCNQCGKAFSLRSYLIIHQRIHSGEKA----YEC-SECGKAFNQSSALIR
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pF1KB7 PVSHPDGQEAKALPPFACDVCEKRFTCNSKLVIHKRSHTGERLFQCNLCGKRFMQLISLQ
. :..: :. : : :. .: :.::.: ::::. ..:: ::: : : .:
NP_001 HRKIHTGEKA-----CKCNECGKAFSQSSYLIIHQRIHTGEKPYECNECGKTFSQSSKLI
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pF1KB7 FHQRTHTGERPYTCDVCQKQFTQKSYLKCHKRSHTGEKPFECKDCKKVFTYRGSLKEHQR
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NP_001 RHQRIHTGERPYECNECGKAFRQSSELITHQRIHSGEKPYECSECGKAFSLSSNLIRHQR
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pF1KB7 IHSGEKPYKCSKCPRAFSRLKLLRRHQKTHPEATSQ
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NP_001 IHSGEEPYQCNECGKTFKRSSALVQHQRIHSGDEAYICNECGKAFRHRSVLMRHQRVHTI
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>>XP_011520948 (OMIM: 601473) PREDICTED: zinc finger pro (500 aa)
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pF1KB7 SWSLGESCNRPGLELPRSMASSETQLGNHDVDPEISHVNFRMFSCPKESDPIQALRKLTE
.::. : .:: :. . . : .:. :: :
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XP_011 LCHLWLKPEIHSKEQILELLVLEQFLTILPRETQTQMQKHHPQSIEEAVALVEHLQRESG
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. :. :. : ::: .. : ::: : :: . :: .. :.: . .... :
XP_011 QTWNGVAVHELGKEAVLLG---ETAEASSF---GLKPTESQPVG-VSQDEE-FWNTYEGL
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: ::: :: . . . ... .: : . :. . . ..:: ::
XP_011 Q-----EQLSRNT------HKETEPVYE-RAVPTQQILA--FPEQTNTKDWTVTPEHVLP
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