Result of FASTA (omim) for
pFN21AB7685
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB7685, 348 aa
1>>>pF1KB7685 348 - 348 aa - 348 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.8470+/-0.000461; mu= 11.9230+/- 0.028
mean_var=292.9128+/-60.623, 0's: 0 Z-trim(118.3): 1909 B-trim: 122 in 1/54
Lambda= 0.074939
statistics sampled from 28896 (31166) to 28896 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.726), E-opt: 0.2 (0.365), width: 16
Scan time: 8.580
The best scores are: opt bits E(85289)
XP_005249352 (OMIM: 610794) PREDICTED: zinc finger ( 406) 1193 142.6 1.4e-33
XP_011513109 (OMIM: 610794) PREDICTED: zinc finger ( 406) 1193 142.6 1.4e-33
XP_011513114 (OMIM: 610794) PREDICTED: zinc finger ( 406) 1193 142.6 1.4e-33
NP_665916 (OMIM: 610794) zinc finger and SCAN doma ( 406) 1193 142.6 1.4e-33
NP_001128687 (OMIM: 610794) zinc finger and SCAN d ( 406) 1193 142.6 1.4e-33
XP_016866685 (OMIM: 610794) PREDICTED: zinc finger ( 406) 1193 142.6 1.4e-33
XP_005249353 (OMIM: 610794) PREDICTED: zinc finger ( 406) 1193 142.6 1.4e-33
XP_011513115 (OMIM: 610794) PREDICTED: zinc finger ( 406) 1193 142.6 1.4e-33
XP_011513113 (OMIM: 610794) PREDICTED: zinc finger ( 406) 1193 142.6 1.4e-33
XP_011513111 (OMIM: 610794) PREDICTED: zinc finger ( 406) 1193 142.6 1.4e-33
NP_112161 (OMIM: 610794) zinc finger and SCAN doma ( 406) 1193 142.6 1.4e-33
NP_001230170 (OMIM: 610794) zinc finger and SCAN d ( 406) 1193 142.6 1.4e-33
XP_011513110 (OMIM: 610794) PREDICTED: zinc finger ( 406) 1193 142.6 1.4e-33
NP_001128688 (OMIM: 610794) zinc finger and SCAN d ( 406) 1193 142.6 1.4e-33
NP_001186409 (OMIM: 602246) zinc finger and SCAN d ( 394) 1139 136.8 7.8e-32
XP_016866756 (OMIM: 602246) PREDICTED: zinc finger ( 394) 1139 136.8 7.8e-32
NP_006290 (OMIM: 602246) zinc finger and SCAN doma ( 394) 1139 136.8 7.8e-32
XP_011513180 (OMIM: 602246) PREDICTED: zinc finger ( 526) 1139 137.0 9.1e-32
NP_008896 (OMIM: 194534) zinc finger protein 24 is ( 368) 1098 132.3 1.6e-30
XP_005258398 (OMIM: 194534) PREDICTED: zinc finger ( 368) 1098 132.3 1.6e-30
XP_011513319 (OMIM: 603978) PREDICTED: zinc finger ( 565) 1079 130.5 8.4e-30
NP_001309215 (OMIM: 609600) zinc finger protein 39 ( 335) 919 112.9 1e-24
XP_006722495 (OMIM: 609600) PREDICTED: zinc finger ( 335) 919 112.9 1e-24
XP_016881177 (OMIM: 609600) PREDICTED: zinc finger ( 335) 919 112.9 1e-24
NP_001309219 (OMIM: 609600) zinc finger protein 39 ( 335) 919 112.9 1e-24
XP_016881176 (OMIM: 609600) PREDICTED: zinc finger ( 335) 919 112.9 1e-24
NP_001305012 (OMIM: 611272) zinc finger protein wi ( 766) 919 113.5 1.6e-24
XP_016867412 (OMIM: 611272) PREDICTED: zinc finger ( 766) 919 113.5 1.6e-24
XP_016867413 (OMIM: 611272) PREDICTED: zinc finger ( 766) 919 113.5 1.6e-24
NP_001186408 (OMIM: 602246) zinc finger and SCAN d ( 445) 824 102.8 1.5e-21
XP_011513178 (OMIM: 602246) PREDICTED: zinc finger ( 577) 824 103.0 1.7e-21
XP_011513177 (OMIM: 602246) PREDICTED: zinc finger ( 583) 819 102.5 2.5e-21
NP_665699 (OMIM: 609600) zinc finger protein 396 i ( 333) 806 100.7 4.9e-21
XP_006715281 (OMIM: 612791) PREDICTED: zinc finger ( 390) 660 85.0 3e-16
NP_001229824 (OMIM: 612791) zinc finger protein wi ( 390) 660 85.0 3e-16
XP_005249480 (OMIM: 612791) PREDICTED: zinc finger ( 405) 660 85.0 3.1e-16
XP_006715279 (OMIM: 612791) PREDICTED: zinc finger ( 509) 660 85.2 3.5e-16
XP_016866809 (OMIM: 612791) PREDICTED: zinc finger ( 509) 660 85.2 3.5e-16
NP_077819 (OMIM: 612791) zinc finger protein with ( 538) 660 85.2 3.6e-16
XP_006715278 (OMIM: 612791) PREDICTED: zinc finger ( 538) 660 85.2 3.6e-16
NP_001229823 (OMIM: 612791) zinc finger protein wi ( 538) 660 85.2 3.6e-16
NP_443155 (OMIM: 615254) SCAN domain-containing pr (1325) 646 84.3 1.6e-15
NP_001230172 (OMIM: 610794) zinc finger and SCAN d ( 247) 630 81.4 2.3e-15
NP_001230171 (OMIM: 610794) zinc finger and SCAN d ( 247) 630 81.4 2.3e-15
NP_001230173 (OMIM: 610794) zinc finger and SCAN d ( 247) 630 81.4 2.3e-15
NP_115723 (OMIM: 609601) zinc finger protein 397 i ( 275) 627 81.2 3e-15
XP_011512891 (OMIM: 611643) PREDICTED: zinc finger ( 390) 625 81.2 4.2e-15
NP_001291435 (OMIM: 611643) zinc finger protein wi ( 390) 625 81.2 4.2e-15
XP_016866333 (OMIM: 611643) PREDICTED: zinc finger ( 390) 625 81.2 4.2e-15
XP_016881531 (OMIM: 609601) PREDICTED: zinc finger ( 534) 627 81.6 4.2e-15
>>XP_005249352 (OMIM: 610794) PREDICTED: zinc finger and (406 aa)
initn: 2760 init1: 561 opt: 1193 Z-score: 723.9 bits: 142.6 E(85289): 1.4e-33
Smith-Waterman score: 1193; 51.3% identity (76.2% similar) in 349 aa overlap (8-348:5-351)
10 20 30 40 50
pF1KB7 MTTALEPEDQKGLLIIKAE-DHYWGQDSSSQKCSPHRRELYRQHFRKLCYQDAPGPREAL
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10 20 30 40 50
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pF1KB7 TQLWELCRQWLRPECHTKEQILDLLVLEQFLSILPKDLQAWVRAHHPETGEEAVTVLEDL
..: :::.:::::: :::::::.::::::::.:::..:::::: ::::.:::::.:.:::
XP_005 SRLRELCHQWLRPEIHTKEQILELLVLEQFLTILPEELQAWVREHHPESGEEAVAVVEDL
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120 130 140 150 160 170
pF1KB7 ERELDEPGKQVPGNSE-RRDILMDKLAPLGRPYESLTVQLHPKKTQLEQEA---GKPQRN
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pF1KB7 GDKTRTKNEELFQKEDMPKDKEFLGEINDRLNKDTPQHPKSKDIIENEGRSEWQQRE---
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>>XP_011513109 (OMIM: 610794) PREDICTED: zinc finger and (406 aa)
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10 20 30 40 50
pF1KB7 MTTALEPEDQKGLLIIKAE-DHYWGQDSSSQKCSPHRRELYRQHFRKLCYQDAPGPREAL
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pF1KB7 TQLWELCRQWLRPECHTKEQILDLLVLEQFLSILPKDLQAWVRAHHPETGEEAVTVLEDL
..: :::.:::::: :::::::.::::::::.:::..:::::: ::::.:::::.:.:::
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pF1KB7 ERELDEPGKQVPGNSE-RRDILMDKLAPLGRPYESLTVQLHPKKTQLEQEA---GKPQRN
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pF1KB7 RRRYKCDECGKSFSHSSDLSKHRRTHTGEKPYKCDECGKAFIQRSHLIGHHRVHTGVKPY
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>>XP_011513114 (OMIM: 610794) PREDICTED: zinc finger and (406 aa)
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pF1KB7 ERELDEPGKQVPGNSE-RRDILMDKLAPLGRPYESLTVQLHPKKTQLEQEA---GKPQRN
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pF1KB7 GDKTRTKNEELFQKEDMPKDKEFLGEINDRLNKDTPQHPKSKDIIENEGRSEWQQRE---
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XP_011 DGESIPENQELASKQEILKEMEHLGD--SKLQRDVSLDSKYRETCKRDSKAEKQQAHSTG
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pF1KB7 RRRYKCDECGKSFSHSSDLSKHRRTHTGEKPYKCDECGKAFIQRSHLIGHHRVHTGVKPY
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XP_011 ERRHRCNECGKSFTKSSVLIEHQRIHTGEKPYECEECGKAFSRRSSLNEHRRSHTGEKPY
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pF1KB7 KCKECGKDFSGRTGLIQHQRIHTGEKPYECDECGRPFRVSSALIRHQRIHTANKLY
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XP_011 QCKECGKAFSASNGLTRHRRIHTGEKPYECKVCGKAFLLSSCLVQHQRIHTGEKRYQCRE
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XP_011 CGKAFIQNAGLFQHLRVHTGEKPYQCSQCSKLFSKRTLLKKHQKIHTGERP
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>>NP_665916 (OMIM: 610794) zinc finger and SCAN domain-c (406 aa)
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Smith-Waterman score: 1193; 51.3% identity (76.2% similar) in 349 aa overlap (8-348:5-351)
10 20 30 40 50
pF1KB7 MTTALEPEDQKGLLIIKAE-DHYWGQDSSSQKCSPHRRELYRQHFRKLCYQDAPGPREAL
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NP_665 SRLRELCHQWLRPEIHTKEQILELLVLEQFLTILPEELQAWVREHHPESGEEAVAVVEDL
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pF1KB7 ERELDEPGKQVPGNSE-RRDILMDKLAPLGRPYESLTVQLHPKKTQLEQEA---GKPQRN
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pF1KB7 GDKTRTKNEELFQKEDMPKDKEFLGEINDRLNKDTPQHPKSKDIIENEGRSEWQQRE---
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NP_665 DGESIPENQELASKQEILKEMEHLGD--SKLQRDVSLDSKYRETCKRDSKAEKQQAHSTG
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pF1KB7 RRRYKCDECGKSFSHSSDLSKHRRTHTGEKPYKCDECGKAFIQRSHLIGHHRVHTGVKPY
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pF1KB7 KCKECGKDFSGRTGLIQHQRIHTGEKPYECDECGRPFRVSSALIRHQRIHTANKLY
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NP_665 QCKECGKAFSASNGLTRHRRIHTGEKPYECKVCGKAFLLSSCLVQHQRIHTGEKRYQCRE
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>>NP_001128687 (OMIM: 610794) zinc finger and SCAN domai (406 aa)
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XP_011 ERRHRCNECGKSFTKSSVLIEHQRIHTGEKPYECEECGKAFSRRSSLNEHRRSHTGEKPY
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pF1KB7 KCKECGKDFSGRTGLIQHQRIHTGEKPYECDECGRPFRVSSALIRHQRIHTANKLY
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]