Result of FASTA (omim) for
pFN21AB7876
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB7876, 638 aa
1>>>pF1KB7876 638 - 638 aa - 638 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.4493+/-0.000848; mu= 16.6574+/- 0.052
mean_var=343.4071+/-70.333, 0's: 0 Z-trim(109.6): 2111 B-trim: 89 in 1/52
Lambda= 0.069210
statistics sampled from 15499 (17823) to 15499 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.49), E-opt: 0.2 (0.209), width: 16
Scan time: 9.870
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_005806 (OMIM: 606697) zinc finger protein 443 [ ( 671) 2537 269.3 3.2e-71
XP_011525924 (OMIM: 606697) PREDICTED: zinc finger ( 639) 2527 268.2 6.3e-71
XP_016881629 (OMIM: 606697) PREDICTED: zinc finger ( 673) 2527 268.3 6.4e-71
XP_011525925 (OMIM: 606697) PREDICTED: zinc finger ( 718) 2527 268.3 6.6e-71
XP_016881628 (OMIM: 606697) PREDICTED: zinc finger ( 685) 2436 259.2 3.5e-68
NP_066358 (OMIM: 194556) zinc finger protein 14 [H ( 642) 2333 248.9 4.3e-65
XP_016882359 (OMIM: 194542) PREDICTED: zinc finger ( 583) 2275 243.0 2.3e-63
NP_057348 (OMIM: 194542) zinc finger protein 44 is ( 615) 2275 243.0 2.3e-63
XP_011526366 (OMIM: 194542) PREDICTED: zinc finger ( 616) 2275 243.0 2.3e-63
XP_011526364 (OMIM: 194542) PREDICTED: zinc finger ( 653) 2275 243.1 2.4e-63
NP_001157748 (OMIM: 194542) zinc finger protein 44 ( 663) 2275 243.1 2.4e-63
XP_011526368 (OMIM: 194542) PREDICTED: zinc finger ( 571) 2228 238.3 5.8e-62
XP_006722936 (OMIM: 194543) PREDICTED: zinc finger ( 569) 2199 235.4 4.3e-61
NP_001190179 (OMIM: 194557) zinc finger protein 20 ( 529) 2161 231.5 5.8e-60
NP_066966 (OMIM: 194557) zinc finger protein 20 is ( 532) 2161 231.5 5.8e-60
XP_005272572 (OMIM: 616290) PREDICTED: zinc finger (1059) 2126 228.6 8.9e-59
NP_001304845 (OMIM: 616290) zinc finger protein 65 (1059) 2126 228.6 8.9e-59
XP_011543981 (OMIM: 616290) PREDICTED: zinc finger (1059) 2126 228.6 8.9e-59
XP_016870103 (OMIM: 616290) PREDICTED: zinc finger (1059) 2126 228.6 8.9e-59
NP_149350 (OMIM: 616290) zinc finger protein 658 [ (1059) 2126 228.6 8.9e-59
XP_011526568 (OMIM: 603971) PREDICTED: zinc finger (1092) 2106 226.6 3.6e-58
XP_006722943 (OMIM: 603971) PREDICTED: zinc finger (1092) 2106 226.6 3.6e-58
XP_016882725 (OMIM: 603971) PREDICTED: zinc finger (1118) 2106 226.6 3.6e-58
XP_016882724 (OMIM: 603971) PREDICTED: zinc finger (1150) 2106 226.7 3.7e-58
XP_011526567 (OMIM: 603971) PREDICTED: zinc finger (1150) 2106 226.7 3.7e-58
NP_001287880 (OMIM: 603971) zinc finger protein 91 (1159) 2106 226.7 3.7e-58
NP_003421 (OMIM: 603971) zinc finger protein 91 is (1191) 2106 226.7 3.7e-58
XP_016882746 (OMIM: 603977) PREDICTED: zinc finger (1168) 2104 226.5 4.3e-58
NP_009084 (OMIM: 603977) zinc finger protein 208 i (1280) 2104 226.5 4.4e-58
NP_001309067 (OMIM: 600398) zinc finger protein 16 ( 782) 2097 225.5 5.8e-58
NP_001309066 (OMIM: 600398) zinc finger protein 16 ( 782) 2097 225.5 5.8e-58
NP_001309068 (OMIM: 600398) zinc finger protein 16 ( 782) 2097 225.5 5.8e-58
NP_001309059 (OMIM: 600398) zinc finger protein 16 ( 818) 2097 225.5 5.9e-58
NP_150630 (OMIM: 600398) zinc finger protein 160 i ( 818) 2097 225.5 5.9e-58
NP_001309064 (OMIM: 600398) zinc finger protein 16 ( 818) 2097 225.5 5.9e-58
NP_001309065 (OMIM: 600398) zinc finger protein 16 ( 818) 2097 225.5 5.9e-58
NP_001309063 (OMIM: 600398) zinc finger protein 16 ( 818) 2097 225.5 5.9e-58
NP_001309060 (OMIM: 600398) zinc finger protein 16 ( 818) 2097 225.5 5.9e-58
NP_001309061 (OMIM: 600398) zinc finger protein 16 ( 818) 2097 225.5 5.9e-58
NP_001309057 (OMIM: 600398) zinc finger protein 16 ( 818) 2097 225.5 5.9e-58
XP_016882935 (OMIM: 600398) PREDICTED: zinc finger ( 818) 2097 225.5 5.9e-58
NP_001309058 (OMIM: 600398) zinc finger protein 16 ( 818) 2097 225.5 5.9e-58
NP_001309062 (OMIM: 600398) zinc finger protein 16 ( 818) 2097 225.5 5.9e-58
NP_001096073 (OMIM: 600398) zinc finger protein 16 ( 818) 2097 225.5 5.9e-58
NP_942596 (OMIM: 600398) zinc finger protein 160 i ( 818) 2097 225.5 5.9e-58
XP_016882934 (OMIM: 600398) PREDICTED: zinc finger ( 837) 2097 225.5 6e-58
NP_001159354 (OMIM: 604753) zinc finger protein 26 ( 864) 2081 223.9 1.8e-57
NP_001159353 (OMIM: 604753) zinc finger protein 26 ( 947) 2081 224.0 1.9e-57
NP_003406 (OMIM: 604753) zinc finger protein 268 i ( 947) 2081 224.0 1.9e-57
NP_001243583 (OMIM: 603972) zinc finger protein 43 ( 744) 2068 222.5 4.2e-57
>>NP_005806 (OMIM: 606697) zinc finger protein 443 [Homo (671 aa)
initn: 1670 init1: 1670 opt: 2537 Z-score: 1399.6 bits: 269.3 E(85289): 3.2e-71
Smith-Waterman score: 2537; 57.2% identity (74.7% similar) in 643 aa overlap (1-633:33-671)
10 20 30
pF1KB7 MQETFRNLASIGKKWKPQNIYVEYENLRRN
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NP_005 SVALEDVAVNFTREEWALLGPCQKNLYKDVMQETIRNLDCVVMKWKDQNIEDQYRYPRKN
10 20 30 40 50 60
40 50 60 70 80
pF1KB7 LRI-VGERLFESKEGHQHGEILTQVPDDMLKKTTT-GVKSCESSVYGEVGSAHSSLNRHI
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NP_005 LRCRMLERFVESKDGTQCGETSSQIQDSIVTKNTLPGVGPCESSMRGEKVMGHSSLNCYI
70 80 90 100 110 120
90 100 110 120 130 140
pF1KB7 RDDTGHKAYEYQEYGQKPYKCKYCKKPFNCLSSVQTHERAHSGRKLYVCEECGKTFISHS
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NP_005 RVGAGHKPHEYHECGEKPDTHKQRGKAFSYHNSFQTHERLHTGKKPYDCKECGKSFSSLG
130 140 150 160 170 180
150 160 170 180 190 200
pF1KB7 NLQRHRIMHRGDGPYKCKFCGKALMFLSLYLIHKRTHTGEKPYQCKQCGKAFSHSSSLRI
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NP_005 NLQRHMAVQRGDGPYKCKLCGKAFFWPSLLHMHERTHTGEKPYECKQCSKAFSFYSSYLR
190 200 210 220 230 240
210 220 230 240 250 260
pF1KB7 HERTHTGEKPYKCNECGKAFHSSTCLHAHKRTHTGEKPYECKQCGKAFSSSHSFQIHERT
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NP_005 HERTHTGEKPYECKQCSKAFPFYSSYLRHERTHTGEKPYKCKQCSKAFPDSSSCLIHERT
250 260 270 280 290 300
270 280 290 300 310 320
pF1KB7 HTGEKPYECKECGKAFKCPSSVRRHERTHSRKKPYECKHCGKVLSYLTSFQNHLGMHTGE
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NP_005 HTGEKPYTCKQCGKAFSVSGSLQRHETTHSAEKPYACQQCGKAFHHLGSFQRHMIRHTGN
310 320 330 340 350 360
330 340 350 360 370 380
pF1KB7 ISHKCKICGKAFYSPSSLQTHEKTHTGEKPYKCNQCGKAFNSSSSFRYHERTHTGEKPYE
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NP_005 GPHKCKICGKGFDCPSSLQSHERTHTGEKPYECKQCGKALSHRSSFRSHMIMHTGDGPHK
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pF1KB7 CKQCGKAFRSASLLQTHGRTHTGEKPYACKECGKPFSNFSFFQIHERMHREEKPYECKGY
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NP_005 CKVCGKAFVYPSVFQRHERTHTAEKPYKCKQCGKAYRISSSLRRHETTHTGEKPYKCK-L
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pF1KB7 GKTFSLPSLFHRHERTHTGGKTYECKQCGRSFNCSSSFRY---HGRTHTGEKPYECKQCG
::.: :. :. :::: : ::::.::..: : ::: : :::::::::::: :
NP_005 GKAFIDFCSFQNHKTTHTGEKPYECKECGKAF---SRFRYLSRHKRTHTGEKPYECKTCR
490 500 510 520 530
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pF1KB7 KAFRSASQLQIHGRTHTGEKPYECKQCGKAFGSASHLQMHGRTHTGEKPYECKQCGKSFG
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NP_005 KAFGHYDNLKVHERIHSGEKPYECKECGKAFSWLTCFLRHERIHMREKSYECPQCGKAFT
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570 580 590 600 610 620
pF1KB7 CASRLQMHGRTHTGEKPYKCKQCGKAFGCPSNLRRHGRTH-----TGEKPYKCNQCGKVF
. :: : .:::::.::.::.:::::. :.:.:: .:: :::.::.:..:::.:
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630
pF1KB7 RCSSQLQVHGRAHCIDTP
:.:. : ..:
NP_005 ASLSSLHRHKKTH
660 670
>>XP_011525924 (OMIM: 606697) PREDICTED: zinc finger pro (639 aa)
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Smith-Waterman score: 2527; 57.1% identity (74.5% similar) in 643 aa overlap (1-633:1-639)
10 20 30 40 50
pF1KB7 MQETFRNLASIGKKWKPQNIYVEYENLRRNLRI-VGERLFESKEGHQHGEILTQVPDDML
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XP_011 MQETIRNLDCVVMKWKDQNIEDQYRYPRKNLRCRMLERFVESKDGTQCGETSSQIQDSIV
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pF1KB7 KKTTT-GVKSCESSVYGEVGSAHSSLNRHIRDDTGHKAYEYQEYGQKPYKCKYCKKPFNC
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XP_011 HNSFQTHERLHTGKKPYDCKECGKSFSSLGNLQRHMAVQRGDGPYKCKLCGKAFFWPSLL
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pF1KB7 LIHKRTHTGEKPYQCKQCGKAFSHSSSLRIHERTHTGEKPYKCNECGKAFHSSTCLHAHK
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XP_011 HMHERTHTGEKPYECKQCSKAFSFYSSYLRHERTHTGEKPYECKQCSKAFPFYSSYLRHE
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pF1KB7 RTHTGEKPYECKQCGKAFSSSHSFQIHERTHTGEKPYECKECGKAFKCPSSVRRHERTHS
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XP_011 RTHTGEKPYKCKQCSKAFPDSSSCLIHERTHTGEKPYTCKQCGKAFSVSGSLQRHETTHS
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pF1KB7 RKKPYECKHCGKVLSYLTSFQNHLGMHTGEISHKCKICGKAFYSPSSLQTHEKTHTGEKP
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XP_011 AEKPYACQQCGKAFHHLGSFQRHMIRHTGNGPHKCKICGKGFDCPSSLQSHERTHTGEKP
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pF1KB7 YKCNQCGKAFNSSSSFRYHERTHTGEKPYECKQCGKAFRSASLLQTHGRTHTGEKPYACK
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XP_011 YECKQCGKALSHRSSFRSHMIMHTGDGPHKCKVCGKAFVYPSVFQRHERTHTAEKPYKCK
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XP_011 QCGKAYRISSSLRRHETTHTGEKPYKCK-LGKACIDFCSFQNHKTTHTGEKPYECKECGK
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XP_011 AF---SRFRYLSRHKRTHTGEKPYECKTCRKAFGHYDNLKVHERIHSGEKPYECKECGKA
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XP_011 SSLHRHKKTHWKKTHTGENPYECKECGKAFASLSSLHRHKKTH
600 610 620 630
>>XP_016881629 (OMIM: 606697) PREDICTED: zinc finger pro (673 aa)
initn: 1670 init1: 1670 opt: 2527 Z-score: 1394.2 bits: 268.3 E(85289): 6.4e-71
Smith-Waterman score: 2527; 57.1% identity (74.5% similar) in 643 aa overlap (1-633:35-673)
10 20 30
pF1KB7 MQETFRNLASIGKKWKPQNIYVEYENLRRN
::::.::: . ::: ::: .:. :.:
XP_016 SVALEDVAVNFTREEWALLGPCQKNLYKDVMQETIRNLDCVVMKWKDQNIEDQYRYPRKN
10 20 30 40 50 60
40 50 60 70 80
pF1KB7 LRI-VGERLFESKEGHQHGEILTQVPDDMLKKTTT-GVKSCESSVYGEVGSAHSSLNRHI
:: . ::. :::.: : :: .:. :... :.: :: ::::. :: .::::: .:
XP_016 LRCRMLERFVESKDGTQCGETSSQIQDSIVTKNTLPGVGPCESSMRGEKVMGHSSLNCYI
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90 100 110 120 130 140
pF1KB7 RDDTGHKAYEYQEYGQKPYKCKYCKKPFNCLSSVQTHERAHSGRKLYVCEECGKTFISHS
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XP_016 RVGAGHKPHEYHECGEKPDTHKQRGKAFSYHNSFQTHERLHTGKKPYDCKECGKSFSSLG
130 140 150 160 170 180
150 160 170 180 190 200
pF1KB7 NLQRHRIMHRGDGPYKCKFCGKALMFLSLYLIHKRTHTGEKPYQCKQCGKAFSHSSSLRI
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XP_016 NLQRHMAVQRGDGPYKCKLCGKAFFWPSLLHMHERTHTGEKPYECKQCSKAFSFYSSYLR
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XP_016 HERTHTGEKPYECKQCSKAFPFYSSYLRHERTHTGEKPYKCKQCSKAFPDSSSCLIHERT
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XP_016 HTGEKPYTCKQCGKAFSVSGSLQRHETTHSAEKPYACQQCGKAFHHLGSFQRHMIRHTGN
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:: ::::: :..: : ::::.:::: ::.::: . : .. :: : ::::.::
XP_016 CKVCGKAFVYPSVFQRHERTHTAEKPYKCKQCGKAYRISSSLRRHETTHTGEKPYKCK-L
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10 20 30
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pF1KB7 HGRAHCIDTP
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640
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XP_016 K-CGKAFSDLFSFQSHETTHSEEEPYECKECGKAFSSFKYFCRHERTHSEEKSYECQICG
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pF1KB7 LRRHGRTHTGEKPYKCNQCGKVFRCSSQLQVHGRAHCIDTP
>>NP_057348 (OMIM: 194542) zinc finger protein 44 isofor (615 aa)
initn: 1449 init1: 1449 opt: 2275 Z-score: 1258.5 bits: 243.0 E(85289): 2.3e-63
Smith-Waterman score: 2275; 57.6% identity (75.5% similar) in 580 aa overlap (1-577:33-610)
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pF1KB7 MQETFRNLASIGKKWKPQNIYVEYENLRRN
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NP_057 SVAFEDVAVNFTHEEWALLGPSQKNLYRDVMRETIRNLNCIGMKWENQNIDDQHQNLRRN
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pF1KB7 LRI-VGERLFESKEGHQHGEILTQVPDDMLKKTTTG-VKSCESSVYGEVGSAHSSLNRHI
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NP_057 PRCDVVERFGKSKDGSQCGETLSQIRNSIVNKNTPARVDACGSSVNGEVIMGHSSLNCYI
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NP_057 RVDTGHKHRECHEYAEKSYTHKQCGKGLSYRHSFQTCERPHTGKKPYDCKECGKTFSSPG
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]