Result of FASTA (omim) for
pFN21AA1063
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KA1063, 525 aa
1>>>pF1KA1063 525 - 525 aa - 525 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.3227+/-0.000405; mu= 18.7684+/- 0.025
mean_var=93.6632+/-20.111, 0's: 0 Z-trim(113.7): 217 B-trim: 696 in 1/55
Lambda= 0.132523
statistics sampled from 22766 (23094) to 22766 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.642), E-opt: 0.2 (0.271), width: 16
Scan time: 9.620
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_056091 (OMIM: 612116) ubiquitin carboxyl-termin ( 525) 3694 717.1 3.2e-206
XP_005256632 (OMIM: 612116) PREDICTED: ubiquitin c ( 420) 2934 571.7 1.5e-162
NP_001138545 (OMIM: 300975,300984) ubiquitin carbo ( 438) 2348 459.7 8.3e-129
NP_004196 (OMIM: 604725) ubiquitin carboxyl-termin ( 605) 393 86.0 3.4e-16
XP_005271779 (OMIM: 604725) PREDICTED: ubiquitin c ( 605) 393 86.0 3.4e-16
XP_005271778 (OMIM: 604725) PREDICTED: ubiquitin c ( 605) 393 86.0 3.4e-16
NP_001230688 (OMIM: 604725) ubiquitin carboxyl-ter ( 362) 378 82.9 1.7e-15
XP_016874028 (OMIM: 604725) PREDICTED: ubiquitin c ( 352) 372 81.8 3.8e-15
NP_741994 (OMIM: 604725) ubiquitin carboxyl-termin ( 396) 372 81.8 4.1e-15
XP_016878255 (OMIM: 604728) PREDICTED: ubiquitin c ( 435) 361 79.8 1.9e-14
XP_016878256 (OMIM: 604728) PREDICTED: ubiquitin c ( 435) 361 79.8 1.9e-14
NP_001243631 (OMIM: 604728) ubiquitin carboxyl-ter ( 476) 361 79.8 2e-14
XP_016878252 (OMIM: 604728) PREDICTED: ubiquitin c ( 498) 361 79.8 2.1e-14
XP_016878253 (OMIM: 604728) PREDICTED: ubiquitin c ( 498) 361 79.8 2.1e-14
XP_016878254 (OMIM: 604728) PREDICTED: ubiquitin c ( 498) 361 79.8 2.1e-14
NP_006528 (OMIM: 604728) ubiquitin carboxyl-termin ( 520) 361 79.8 2.1e-14
XP_016878257 (OMIM: 604728) PREDICTED: ubiquitin c ( 351) 354 78.3 4.1e-14
XP_016878210 (OMIM: 603158) PREDICTED: ubiquitin c ( 928) 358 79.5 4.8e-14
XP_016878211 (OMIM: 603158) PREDICTED: ubiquitin c ( 928) 358 79.5 4.8e-14
NP_001269978 (OMIM: 603158) ubiquitin carboxyl-ter (1012) 358 79.6 5.1e-14
XP_016878209 (OMIM: 603158) PREDICTED: ubiquitin c (1089) 358 79.6 5.4e-14
XP_016878208 (OMIM: 603158) PREDICTED: ubiquitin c (1089) 358 79.6 5.4e-14
XP_006720825 (OMIM: 603158) PREDICTED: ubiquitin c (1089) 358 79.6 5.4e-14
XP_016878207 (OMIM: 603158) PREDICTED: ubiquitin c (1089) 358 79.6 5.4e-14
XP_006720824 (OMIM: 603158) PREDICTED: ubiquitin c (1118) 358 79.6 5.5e-14
XP_011520495 (OMIM: 603158) PREDICTED: ubiquitin c (1118) 358 79.6 5.5e-14
NP_005145 (OMIM: 603158) ubiquitin carboxyl-termin (1118) 358 79.6 5.5e-14
NP_001122082 (OMIM: 603158) ubiquitin carboxyl-ter (1118) 358 79.6 5.5e-14
XP_011523373 (OMIM: 612543) PREDICTED: ubiquitin c ( 739) 355 78.8 6.1e-14
XP_011523371 (OMIM: 612543) PREDICTED: ubiquitin c ( 925) 355 78.9 7.1e-14
XP_016880390 (OMIM: 612543) PREDICTED: ubiquitin c (1044) 355 79.0 7.8e-14
NP_001308220 (OMIM: 612543) ubiquitin carboxyl-ter (1123) 355 79.0 8.2e-14
XP_005257599 (OMIM: 612543) PREDICTED: ubiquitin c (1123) 355 79.0 8.2e-14
XP_005257600 (OMIM: 612543) PREDICTED: ubiquitin c (1123) 355 79.0 8.2e-14
XP_016880389 (OMIM: 612543) PREDICTED: ubiquitin c (1123) 355 79.0 8.2e-14
XP_011523369 (OMIM: 612543) PREDICTED: ubiquitin c (1124) 355 79.0 8.2e-14
XP_011523367 (OMIM: 612543) PREDICTED: ubiquitin c (1124) 355 79.0 8.2e-14
XP_011523368 (OMIM: 612543) PREDICTED: ubiquitin c (1124) 355 79.0 8.2e-14
XP_016875498 (OMIM: 610993) PREDICTED: ubiquitin c ( 712) 315 71.2 1.2e-11
NP_001035862 (OMIM: 610993) ubiquitin carboxyl-ter ( 712) 315 71.2 1.2e-11
XP_016875499 (OMIM: 610993) PREDICTED: ubiquitin c ( 712) 315 71.2 1.2e-11
NP_115523 (OMIM: 610993) ubiquitin carboxyl-termin ( 712) 315 71.2 1.2e-11
NP_001265322 (OMIM: 610993) ubiquitin carboxyl-ter ( 712) 315 71.2 1.2e-11
XP_016875500 (OMIM: 610993) PREDICTED: ubiquitin c ( 712) 315 71.2 1.2e-11
XP_011516464 (OMIM: 615143) PREDICTED: ubiquitin c ( 914) 313 70.9 1.9e-11
NP_001103773 (OMIM: 615143) ubiquitin carboxyl-ter ( 914) 313 70.9 1.9e-11
NP_001008563 (OMIM: 615143) ubiquitin carboxyl-ter ( 914) 313 70.9 1.9e-11
XP_011516463 (OMIM: 615143) PREDICTED: ubiquitin c ( 914) 313 70.9 1.9e-11
XP_005251722 (OMIM: 615143) PREDICTED: ubiquitin c ( 914) 313 70.9 1.9e-11
NP_006667 (OMIM: 615143) ubiquitin carboxyl-termin ( 914) 313 70.9 1.9e-11
>>NP_056091 (OMIM: 612116) ubiquitin carboxyl-terminal h (525 aa)
initn: 3694 init1: 3694 opt: 3694 Z-score: 3823.3 bits: 717.1 E(85289): 3.2e-206
Smith-Waterman score: 3694; 100.0% identity (100.0% similar) in 525 aa overlap (1-525:1-525)
10 20 30 40 50 60
pF1KA1 MVSRPEPEGEAMDAELAVAPPGCSHLGSFKVDNWKQNLRAIYQCFVWSGTAEARKRKAKS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_056 MVSRPEPEGEAMDAELAVAPPGCSHLGSFKVDNWKQNLRAIYQCFVWSGTAEARKRKAKS
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KA1 CICHVCGVHLNRLHSCLYCVFFGCFTKKHIHEHAKAKRHNLAIDLMYGGIYCFLCQDYIY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_056 CICHVCGVHLNRLHSCLYCVFFGCFTKKHIHEHAKAKRHNLAIDLMYGGIYCFLCQDYIY
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KA1 DKDMEIIAKEEQRKAWKMQGVGEKFSTWEPTKRELELLKHNPKRRKITSNCTIGLRGLIN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_056 DKDMEIIAKEEQRKAWKMQGVGEKFSTWEPTKRELELLKHNPKRRKITSNCTIGLRGLIN
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KA1 LGNTCFMNCIVQALTHTPLLRDFFLSDRHRCEMQSPSSCLVCEMSSLFQEFYSGHRSPHI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_056 LGNTCFMNCIVQALTHTPLLRDFFLSDRHRCEMQSPSSCLVCEMSSLFQEFYSGHRSPHI
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KA1 PYKLLHLVWTHARHLAGYEQQDAHEFLIAALDVLHRHCKGDDNGKKANNPNHCNCIIDQI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_056 PYKLLHLVWTHARHLAGYEQQDAHEFLIAALDVLHRHCKGDDNGKKANNPNHCNCIIDQI
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KA1 FTGGLQSDVTCQVCHGVSTTIDPFWDISLDLPGSSTPFWPLSPGSEGNVVNGESHVSGTT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_056 FTGGLQSDVTCQVCHGVSTTIDPFWDISLDLPGSSTPFWPLSPGSEGNVVNGESHVSGTT
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KA1 TLTDCLRRFTRPEHLGSSAKIKCSGCHSYQESTKQLTMKKLPIVACFHLKRFEHSAKLRR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_056 TLTDCLRRFTRPEHLGSSAKIKCSGCHSYQESTKQLTMKKLPIVACFHLKRFEHSAKLRR
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KA1 KITTYVSFPLELDMTPFMASSKESRMNGQYQQPTDSLNNDNKYSLFAVVNHQGTLESGHY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_056 KITTYVSFPLELDMTPFMASSKESRMNGQYQQPTDSLNNDNKYSLFAVVNHQGTLESGHY
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520
pF1KA1 TSFIRQHKDQWFKCDDAIITKASIKDVLDSEGYLLFYHKQFLEYE
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_056 TSFIRQHKDQWFKCDDAIITKASIKDVLDSEGYLLFYHKQFLEYE
490 500 510 520
>>XP_005256632 (OMIM: 612116) PREDICTED: ubiquitin carbo (420 aa)
initn: 2934 init1: 2934 opt: 2934 Z-score: 3039.2 bits: 571.7 E(85289): 1.5e-162
Smith-Waterman score: 2934; 100.0% identity (100.0% similar) in 420 aa overlap (106-525:1-420)
80 90 100 110 120 130
pF1KA1 CLYCVFFGCFTKKHIHEHAKAKRHNLAIDLMYGGIYCFLCQDYIYDKDMEIIAKEEQRKA
::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 MYGGIYCFLCQDYIYDKDMEIIAKEEQRKA
10 20 30
140 150 160 170 180 190
pF1KA1 WKMQGVGEKFSTWEPTKRELELLKHNPKRRKITSNCTIGLRGLINLGNTCFMNCIVQALT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 WKMQGVGEKFSTWEPTKRELELLKHNPKRRKITSNCTIGLRGLINLGNTCFMNCIVQALT
40 50 60 70 80 90
200 210 220 230 240 250
pF1KA1 HTPLLRDFFLSDRHRCEMQSPSSCLVCEMSSLFQEFYSGHRSPHIPYKLLHLVWTHARHL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 HTPLLRDFFLSDRHRCEMQSPSSCLVCEMSSLFQEFYSGHRSPHIPYKLLHLVWTHARHL
100 110 120 130 140 150
260 270 280 290 300 310
pF1KA1 AGYEQQDAHEFLIAALDVLHRHCKGDDNGKKANNPNHCNCIIDQIFTGGLQSDVTCQVCH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 AGYEQQDAHEFLIAALDVLHRHCKGDDNGKKANNPNHCNCIIDQIFTGGLQSDVTCQVCH
160 170 180 190 200 210
320 330 340 350 360 370
pF1KA1 GVSTTIDPFWDISLDLPGSSTPFWPLSPGSEGNVVNGESHVSGTTTLTDCLRRFTRPEHL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 GVSTTIDPFWDISLDLPGSSTPFWPLSPGSEGNVVNGESHVSGTTTLTDCLRRFTRPEHL
220 230 240 250 260 270
380 390 400 410 420 430
pF1KA1 GSSAKIKCSGCHSYQESTKQLTMKKLPIVACFHLKRFEHSAKLRRKITTYVSFPLELDMT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 GSSAKIKCSGCHSYQESTKQLTMKKLPIVACFHLKRFEHSAKLRRKITTYVSFPLELDMT
280 290 300 310 320 330
440 450 460 470 480 490
pF1KA1 PFMASSKESRMNGQYQQPTDSLNNDNKYSLFAVVNHQGTLESGHYTSFIRQHKDQWFKCD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 PFMASSKESRMNGQYQQPTDSLNNDNKYSLFAVVNHQGTLESGHYTSFIRQHKDQWFKCD
340 350 360 370 380 390
500 510 520
pF1KA1 DAIITKASIKDVLDSEGYLLFYHKQFLEYE
::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 DAIITKASIKDVLDSEGYLLFYHKQFLEYE
400 410 420
>>NP_001138545 (OMIM: 300975,300984) ubiquitin carboxyl- (438 aa)
initn: 2444 init1: 1296 opt: 2348 Z-score: 2433.5 bits: 459.7 E(85289): 8.3e-129
Smith-Waterman score: 2433; 82.4% identity (90.2% similar) in 427 aa overlap (114-525:1-426)
90 100 110 120 130
pF1KA1 CFTKKHIHEHAKAKRHNLAIDLMYGGIYCFLCQDYIYDKDMEIIAKEEQRKAWKMQ----
.:.::.::::.: :::::: .: :.:
NP_001 MCKDYVYDKDIEQIAKEEQGEALKLQASTS
10 20 30
140 150 160 170 180
pF1KA1 -----------GVGEKFSTWEPTKRELELLKHNPKRRKITSNCTIGLRGLINLGNTCFMN
:.:::: ::: :: ::::: :::.::.:::. :::::::::::::::::
NP_001 TEVSHQQCSVPGLGEKFPTWETTKPELELLGHNPRRRRITSSFTIGLRGLINLGNTCFMN
40 50 60 70 80 90
190 200 210 220 230 240
pF1KA1 CIVQALTHTPLLRDFFLSDRHRCEMQSPSSCLVCEMSSLFQEFYSGHRSPHIPYKLLHLV
::::::::::.:::::::::::::: :: ::::::::::.:.:::. :::.::::::::
NP_001 CIVQALTHTPILRDFFLSDRHRCEMPSPELCLVCEMSSLFRELYSGNPSPHVPYKLLHLV
100 110 120 130 140 150
250 260 270 280 290 300
pF1KA1 WTHARHLAGYEQQDAHEFLIAALDVLHRHCKGDDNGKKANNPNHCNCIIDQIFTGGLQSD
: ::::::::.::::::::::::::::::::::: :: ::::::::::::::::::::::
NP_001 WIHARHLAGYRQQDAHEFLIAALDVLHRHCKGDDVGKAANNPNHCNCIIDQIFTGGLQSD
160 170 180 190 200 210
310 320 330 340 350 360
pF1KA1 VTCQVCHGVSTTIDPFWDISLDLPGSSTPFWPLSPGSEGNVVNGESHVSGTTTLTDCLRR
::::.:::::::::: :::::::::: : :::.::: :..: :::::. : :::::::::
NP_001 VTCQACHGVSTTIDPCWDISLDLPGSCTSFWPMSPGRESSV-NGESHIPGITTLTDCLRR
220 230 240 250 260
370 380 390 400 410 420
pF1KA1 FTRPEHLGSSAKIKCSGCHSYQESTKQLTMKKLPIVACFHLKRFEHSAKLRRKITTYVSF
:::::::::::::::..:.:::::::::::.:::.:::::.:::::::: :::::::.::
NP_001 FTRPEHLGSSAKIKCGSCQSYQESTKQLTMNKLPVVACFHFKRFEHSAKQRRKITTYISF
270 280 290 300 310 320
430 440 450 460 470 480
pF1KA1 PLELDMTPFMASSKESRMNGQYQQPTDSLNNDNKYSLFAVVNHQGTLESGHYTSFIRQHK
::::::::::::::::::::: : ::.: ::.:::::::::::::::::::::::::.::
NP_001 PLELDMTPFMASSKESRMNGQLQLPTNSGNNENKYSLFAVVNHQGTLESGHYTSFIRHHK
330 340 350 360 370 380
490 500 510 520
pF1KA1 DQWFKCDDAIITKASIKDVLDSEGYLLFYHKQFLEYE
:::::::::.:::::::::::::::::::::: ::.:
NP_001 DQWFKCDDAVITKASIKDVLDSEGYLLFYHKQVLEHESEKVKEMNTQAY
390 400 410 420 430
>>NP_004196 (OMIM: 604725) ubiquitin carboxyl-terminal h (605 aa)
initn: 609 init1: 185 opt: 393 Z-score: 411.6 bits: 86.0 E(85289): 3.4e-16
Smith-Waterman score: 579; 30.7% identity (55.6% similar) in 401 aa overlap (144-517:233-596)
120 130 140 150 160 170
pF1KA1 LCQDYIYDKDMEIIAKEEQRKAWKMQGVGEKFSTWEPTKRELE--LLKHNPKRRKITSNC
... :: : . . .: : ..:.
NP_004 GRKGSASQVPSQAPPSRVPEIISPTYRPIGRYTLWETGKGQAPGPSRSSSPGRDGMNSKS
210 220 230 240 250 260
180 190 200 210 220
pF1KA1 TIGLRGLINLGNTCFMNCIVQALTHTPLLRDFFLSDRHRCEMQSPS---SCLVCEMSSLF
. :: :: ::::::::: :.: :..: :::. :. . ... : . :: :...:.
NP_004 AQGLAGLRNLGNTCFMNSILQCLSNTRELRDYCLQRLYMRDLHHGSNAHTALVEEFAKLI
270 280 290 300 310 320
230 240 250 260 270
pF1KA1 QEFYSGHRSPHI-PYKLLHLVWTHARHLAGYEQQDAHEFLIAALDVLHR-----------
: .... . . : .. . .: ...::.::::.::: :: ::
NP_004 QTIWTSSPNDVVSPSEFKTQIQRYAPRFVGYNQQDAQEFLRFLLDGLHNEVNRVTLRPKS
330 340 350 360 370 380
280 290 300 310 320
pF1KA1 ------HCKGDDNGKKANNP--NHCNCIIDQIFTGGLQSDVTCQVCHGVSTTIDPFWDIS
: :..:.. .. . : ..:.: :.:..:: : ::..:::::.:
NP_004 NPENLDHLPDDEKGRQMWRKYLEREDSRIGDLFVGQLKSSLTCTDCGYCSTVFDPFWDLS
390 400 410 420 430 440
330 340 350 360 370 380
pF1KA1 LDLPGSSTPFWPLSPGSEGNVVNGESHVSGTTTLTDCLRRFTRPEHLGSSAKIKCSGCHS
: . . : .:: ::.: ::. . : .. : : :..
NP_004 LPIAKRGYP---------------------EVTLMDCMRLFTKEDVLDGDEKPTCCRCRG
450 460 470 480
390 400 410 420 430 440
pF1KA1 YQESTKQLTMKKLPIVACFHLKRFEHSAKLRRKITTYVSFPL-ELDMTPFMASSKESRMN
.. :.......: . .::::: .: :.::.:.::: .::. : . .
NP_004 RKRCIKKFSIQRFPKILVLHLKRFSESRIRTSKLTTFVNFPLRDLDLREFASEN------
490 500 510 520 530
450 460 470 480 490 500
pF1KA1 GQYQQPTDSLNNDNKYSLFAVVNHQGTLESGHYTSFIRQH-KDQWFKCDDAIITKASIKD
.: :.:.:: ::.:: .::::.. :. .: .:. .: : ..
NP_004 ----------TNHAVYNLYAVSNHSGTTMGGHYTAYCRSPGTGEWHTFNDSSVTPMSSSQ
540 550 560 570 580
510 520
pF1KA1 VLDSEGYLLFYHKQFLEYE
: :..:::::
NP_004 VRTSDAYLLFYELASPPSRM
590 600
>>XP_005271779 (OMIM: 604725) PREDICTED: ubiquitin carbo (605 aa)
initn: 609 init1: 185 opt: 393 Z-score: 411.6 bits: 86.0 E(85289): 3.4e-16
Smith-Waterman score: 579; 30.7% identity (55.6% similar) in 401 aa overlap (144-517:233-596)
120 130 140 150 160 170
pF1KA1 LCQDYIYDKDMEIIAKEEQRKAWKMQGVGEKFSTWEPTKRELE--LLKHNPKRRKITSNC
... :: : . . .: : ..:.
XP_005 GRKGSASQVPSQAPPSRVPEIISPTYRPIGRYTLWETGKGQAPGPSRSSSPGRDGMNSKS
210 220 230 240 250 260
180 190 200 210 220
pF1KA1 TIGLRGLINLGNTCFMNCIVQALTHTPLLRDFFLSDRHRCEMQSPS---SCLVCEMSSLF
. :: :: ::::::::: :.: :..: :::. :. . ... : . :: :...:.
XP_005 AQGLAGLRNLGNTCFMNSILQCLSNTRELRDYCLQRLYMRDLHHGSNAHTALVEEFAKLI
270 280 290 300 310 320
230 240 250 260 270
pF1KA1 QEFYSGHRSPHI-PYKLLHLVWTHARHLAGYEQQDAHEFLIAALDVLHR-----------
: .... . . : .. . .: ...::.::::.::: :: ::
XP_005 QTIWTSSPNDVVSPSEFKTQIQRYAPRFVGYNQQDAQEFLRFLLDGLHNEVNRVTLRPKS
330 340 350 360 370 380
280 290 300 310 320
pF1KA1 ------HCKGDDNGKKANNP--NHCNCIIDQIFTGGLQSDVTCQVCHGVSTTIDPFWDIS
: :..:.. .. . : ..:.: :.:..:: : ::..:::::.:
XP_005 NPENLDHLPDDEKGRQMWRKYLEREDSRIGDLFVGQLKSSLTCTDCGYCSTVFDPFWDLS
390 400 410 420 430 440
330 340 350 360 370 380
pF1KA1 LDLPGSSTPFWPLSPGSEGNVVNGESHVSGTTTLTDCLRRFTRPEHLGSSAKIKCSGCHS
: . . : .:: ::.: ::. . : .. : : :..
XP_005 LPIAKRGYP---------------------EVTLMDCMRLFTKEDVLDGDEKPTCCRCRG
450 460 470 480
390 400 410 420 430 440
pF1KA1 YQESTKQLTMKKLPIVACFHLKRFEHSAKLRRKITTYVSFPL-ELDMTPFMASSKESRMN
.. :.......: . .::::: .: :.::.:.::: .::. : . .
XP_005 RKRCIKKFSIQRFPKILVLHLKRFSESRIRTSKLTTFVNFPLRDLDLREFASEN------
490 500 510 520 530
450 460 470 480 490 500
pF1KA1 GQYQQPTDSLNNDNKYSLFAVVNHQGTLESGHYTSFIRQH-KDQWFKCDDAIITKASIKD
.: :.:.:: ::.:: .::::.. :. .: .:. .: : ..
XP_005 ----------TNHAVYNLYAVSNHSGTTMGGHYTAYCRSPGTGEWHTFNDSSVTPMSSSQ
540 550 560 570 580
510 520
pF1KA1 VLDSEGYLLFYHKQFLEYE
: :..:::::
XP_005 VRTSDAYLLFYELASPPSRM
590 600
>>XP_005271778 (OMIM: 604725) PREDICTED: ubiquitin carbo (605 aa)
initn: 609 init1: 185 opt: 393 Z-score: 411.6 bits: 86.0 E(85289): 3.4e-16
Smith-Waterman score: 579; 30.7% identity (55.6% similar) in 401 aa overlap (144-517:233-596)
120 130 140 150 160 170
pF1KA1 LCQDYIYDKDMEIIAKEEQRKAWKMQGVGEKFSTWEPTKRELE--LLKHNPKRRKITSNC
... :: : . . .: : ..:.
XP_005 GRKGSASQVPSQAPPSRVPEIISPTYRPIGRYTLWETGKGQAPGPSRSSSPGRDGMNSKS
210 220 230 240 250 260
180 190 200 210 220
pF1KA1 TIGLRGLINLGNTCFMNCIVQALTHTPLLRDFFLSDRHRCEMQSPS---SCLVCEMSSLF
. :: :: ::::::::: :.: :..: :::. :. . ... : . :: :...:.
XP_005 AQGLAGLRNLGNTCFMNSILQCLSNTRELRDYCLQRLYMRDLHHGSNAHTALVEEFAKLI
270 280 290 300 310 320
230 240 250 260 270
pF1KA1 QEFYSGHRSPHI-PYKLLHLVWTHARHLAGYEQQDAHEFLIAALDVLHR-----------
: .... . . : .. . .: ...::.::::.::: :: ::
XP_005 QTIWTSSPNDVVSPSEFKTQIQRYAPRFVGYNQQDAQEFLRFLLDGLHNEVNRVTLRPKS
330 340 350 360 370 380
280 290 300 310 320
pF1KA1 ------HCKGDDNGKKANNP--NHCNCIIDQIFTGGLQSDVTCQVCHGVSTTIDPFWDIS
: :..:.. .. . : ..:.: :.:..:: : ::..:::::.:
XP_005 NPENLDHLPDDEKGRQMWRKYLEREDSRIGDLFVGQLKSSLTCTDCGYCSTVFDPFWDLS
390 400 410 420 430 440
330 340 350 360 370 380
pF1KA1 LDLPGSSTPFWPLSPGSEGNVVNGESHVSGTTTLTDCLRRFTRPEHLGSSAKIKCSGCHS
: . . : .:: ::.: ::. . : .. : : :..
XP_005 LPIAKRGYP---------------------EVTLMDCMRLFTKEDVLDGDEKPTCCRCRG
450 460 470 480
390 400 410 420 430 440
pF1KA1 YQESTKQLTMKKLPIVACFHLKRFEHSAKLRRKITTYVSFPL-ELDMTPFMASSKESRMN
.. :.......: . .::::: .: :.::.:.::: .::. : . .
XP_005 RKRCIKKFSIQRFPKILVLHLKRFSESRIRTSKLTTFVNFPLRDLDLREFASEN------
490 500 510 520 530
450 460 470 480 490 500
pF1KA1 GQYQQPTDSLNNDNKYSLFAVVNHQGTLESGHYTSFIRQH-KDQWFKCDDAIITKASIKD
.: :.:.:: ::.:: .::::.. :. .: .:. .: : ..
XP_005 ----------TNHAVYNLYAVSNHSGTTMGGHYTAYCRSPGTGEWHTFNDSSVTPMSSSQ
540 550 560 570 580
510 520
pF1KA1 VLDSEGYLLFYHKQFLEYE
: :..:::::
XP_005 VRTSDAYLLFYELASPPSRM
590 600
>>NP_001230688 (OMIM: 604725) ubiquitin carboxyl-termina (362 aa)
initn: 609 init1: 185 opt: 378 Z-score: 399.0 bits: 82.9 E(85289): 1.7e-15
Smith-Waterman score: 564; 31.1% identity (56.5% similar) in 379 aa overlap (164-517:12-353)
140 150 160 170 180 190
pF1KA1 KAWKMQGVGEKFSTWEPTKRELELLKHNPKRRKITSNCTIGLRGLINLGNTCFMNCIVQA
... .:. . :: :: ::::::::: :.:
NP_001 MLVPGSTRPYSKKRQNSKSAQGLAGLRNLGNTCFMNSILQC
10 20 30 40
200 210 220 230 240
pF1KA1 LTHTPLLRDFFLSDRHRCEMQSPS---SCLVCEMSSLFQEFYSGHRSPHI-PYKLLHLVW
:..: :::. :. . ... : . :: :...:.: .... . . : .. .
NP_001 LSNTRELRDYCLQRLYMRDLHHGSNAHTALVEEFAKLIQTIWTSSPNDVVSPSEFKTQIQ
50 60 70 80 90 100
250 260 270 280 290
pF1KA1 THARHLAGYEQQDAHEFLIAALDVLHR-----------------HCKGDDNGKKANNP--
.: ...::.::::.::: :: :: : :..:..
NP_001 RYAPRFVGYNQQDAQEFLRFLLDGLHNEVNRVTLRPKSNPENLDHLPDDEKGRQMWRKYL
110 120 130 140 150 160
300 310 320 330 340 350
pF1KA1 NHCNCIIDQIFTGGLQSDVTCQVCHGVSTTIDPFWDISLDLPGSSTPFWPLSPGSEGNVV
.. . : ..:.: :.:..:: : ::..:::::.:: . . :
NP_001 EREDSRIGDLFVGQLKSSLTCTDCGYCSTVFDPFWDLSLPIAKRGYP-------------
170 180 190 200
360 370 380 390 400 410
pF1KA1 NGESHVSGTTTLTDCLRRFTRPEHLGSSAKIKCSGCHSYQESTKQLTMKKLPIVACFHLK
.:: ::.: ::. . : .. : : :.. .. :.......: . .:::
NP_001 --------EVTLMDCMRLFTKEDVLDGDEKPTCCRCRGRKRCIKKFSIQRFPKILVLHLK
210 220 230 240 250 260
420 430 440 450 460
pF1KA1 RFEHSAKLRRKITTYVSFPL-ELDMTPFMASSKESRMNGQYQQPTDSLNNDNKYSLFAVV
:: .: :.::.:.::: .::. : . . .: :.:.::
NP_001 RFSESRIRTSKLTTFVNFPLRDLDLREFASEN----------------TNHAVYNLYAVS
270 280 290 300
470 480 490 500 510 520
pF1KA1 NHQGTLESGHYTSFIRQH-KDQWFKCDDAIITKASIKDVLDSEGYLLFYHKQFLEYE
::.:: .::::.. :. .: .:. .: : ..: :..:::::
NP_001 NHSGTTMGGHYTAYCRSPGTGEWHTFNDSSVTPMSSSQVRTSDAYLLFYELASPPSRM
310 320 330 340 350 360
>>XP_016874028 (OMIM: 604725) PREDICTED: ubiquitin carbo (352 aa)
initn: 609 init1: 185 opt: 372 Z-score: 392.9 bits: 81.8 E(85289): 3.8e-15
Smith-Waterman score: 558; 31.6% identity (56.1% similar) in 374 aa overlap (169-517:7-343)
140 150 160 170 180 190
pF1KA1 QGVGEKFSTWEPTKRELELLKHNPKRRKITSNCTIGLRGLINLGNTCFMNCIVQALTHTP
:. . :: :: ::::::::: :.: :..:
XP_016 MPPPQNSKSAQGLAGLRNLGNTCFMNSILQCLSNTR
10 20 30
200 210 220 230 240 250
pF1KA1 LLRDFFLSDRHRCEMQSPS---SCLVCEMSSLFQEFYSGHRSPHI-PYKLLHLVWTHARH
:::. :. . ... : . :: :...:.: .... . . : .. . .: .
XP_016 ELRDYCLQRLYMRDLHHGSNAHTALVEEFAKLIQTIWTSSPNDVVSPSEFKTQIQRYAPR
40 50 60 70 80 90
260 270 280 290
pF1KA1 LAGYEQQDAHEFLIAALDVLHR-----------------HCKGDDNGKKANNP--NHCNC
..::.::::.::: :: :: : :..:.. .. .
XP_016 FVGYNQQDAQEFLRFLLDGLHNEVNRVTLRPKSNPENLDHLPDDEKGRQMWRKYLEREDS
100 110 120 130 140 150
300 310 320 330 340 350
pF1KA1 IIDQIFTGGLQSDVTCQVCHGVSTTIDPFWDISLDLPGSSTPFWPLSPGSEGNVVNGESH
: ..:.: :.:..:: : ::..:::::.:: . . :
XP_016 RIGDLFVGQLKSSLTCTDCGYCSTVFDPFWDLSLPIAKRGYP------------------
160 170 180 190
360 370 380 390 400 410
pF1KA1 VSGTTTLTDCLRRFTRPEHLGSSAKIKCSGCHSYQESTKQLTMKKLPIVACFHLKRFEHS
.:: ::.: ::. . : .. : : :.. .. :.......: . .::::: .:
XP_016 ---EVTLMDCMRLFTKEDVLDGDEKPTCCRCRGRKRCIKKFSIQRFPKILVLHLKRFSES
200 210 220 230 240 250
420 430 440 450 460 470
pF1KA1 AKLRRKITTYVSFPL-ELDMTPFMASSKESRMNGQYQQPTDSLNNDNKYSLFAVVNHQGT
:.::.:.::: .::. : . . .: :.:.:: ::.::
XP_016 RIRTSKLTTFVNFPLRDLDLREFASEN----------------TNHAVYNLYAVSNHSGT
260 270 280 290
480 490 500 510 520
pF1KA1 LESGHYTSFIRQH-KDQWFKCDDAIITKASIKDVLDSEGYLLFYHKQFLEYE
.::::.. :. .: .:. .: : ..: :..:::::
XP_016 TMGGHYTAYCRSPGTGEWHTFNDSSVTPMSSSQVRTSDAYLLFYELASPPSRM
300 310 320 330 340 350
>>NP_741994 (OMIM: 604725) ubiquitin carboxyl-terminal h (396 aa)
initn: 609 init1: 185 opt: 372 Z-score: 392.3 bits: 81.8 E(85289): 4.1e-15
Smith-Waterman score: 558; 31.6% identity (56.1% similar) in 374 aa overlap (169-517:51-387)
140 150 160 170 180 190
pF1KA1 QGVGEKFSTWEPTKRELELLKHNPKRRKITSNCTIGLRGLINLGNTCFMNCIVQALTHTP
:. . :: :: ::::::::: :.: :..:
NP_741 LAKELRPRSPLSPSLLLSTFVGLLLNKAKNSKSAQGLAGLRNLGNTCFMNSILQCLSNTR
30 40 50 60 70 80
200 210 220 230 240 250
pF1KA1 LLRDFFLSDRHRCEMQSPS---SCLVCEMSSLFQEFYSGHRSPHI-PYKLLHLVWTHARH
:::. :. . ... : . :: :...:.: .... . . : .. . .: .
NP_741 ELRDYCLQRLYMRDLHHGSNAHTALVEEFAKLIQTIWTSSPNDVVSPSEFKTQIQRYAPR
90 100 110 120 130 140
260 270 280 290
pF1KA1 LAGYEQQDAHEFLIAALDVLHR-----------------HCKGDDNGKKANNP--NHCNC
..::.::::.::: :: :: : :..:.. .. .
NP_741 FVGYNQQDAQEFLRFLLDGLHNEVNRVTLRPKSNPENLDHLPDDEKGRQMWRKYLEREDS
150 160 170 180 190 200
300 310 320 330 340 350
pF1KA1 IIDQIFTGGLQSDVTCQVCHGVSTTIDPFWDISLDLPGSSTPFWPLSPGSEGNVVNGESH
: ..:.: :.:..:: : ::..:::::.:: . . :
NP_741 RIGDLFVGQLKSSLTCTDCGYCSTVFDPFWDLSLPIAKRGYP------------------
210 220 230 240
360 370 380 390 400 410
pF1KA1 VSGTTTLTDCLRRFTRPEHLGSSAKIKCSGCHSYQESTKQLTMKKLPIVACFHLKRFEHS
.:: ::.: ::. . : .. : : :.. .. :.......: . .::::: .:
NP_741 ---EVTLMDCMRLFTKEDVLDGDEKPTCCRCRGRKRCIKKFSIQRFPKILVLHLKRFSES
250 260 270 280 290
420 430 440 450 460 470
pF1KA1 AKLRRKITTYVSFPL-ELDMTPFMASSKESRMNGQYQQPTDSLNNDNKYSLFAVVNHQGT
:.::.:.::: .::. : . . .: :.:.:: ::.::
NP_741 RIRTSKLTTFVNFPLRDLDLREFASEN----------------TNHAVYNLYAVSNHSGT
300 310 320 330 340
480 490 500 510 520
pF1KA1 LESGHYTSFIRQH-KDQWFKCDDAIITKASIKDVLDSEGYLLFYHKQFLEYE
.::::.. :. .: .:. .: : ..: :..:::::
NP_741 TMGGHYTAYCRSPGTGEWHTFNDSSVTPMSSSQVRTSDAYLLFYELASPPSRM
350 360 370 380 390
>>XP_016878255 (OMIM: 604728) PREDICTED: ubiquitin carbo (435 aa)
initn: 636 init1: 231 opt: 361 Z-score: 380.4 bits: 79.8 E(85289): 1.9e-14
Smith-Waterman score: 657; 33.8% identity (57.9% similar) in 444 aa overlap (111-517:9-423)
90 100 110 120 130
pF1KA1 FFGCFTKKHIHEHAKAKRHNLAIDLMYGGIYCFLCQDYIY-DKDMEIIAKEEQRKAWKMQ
::. :.:.. : . .. : ... .:
XP_016 MDCSSYSTYCYRCDDFVVNDTKLGLVQKVREH----LQ
10 20 30
140 150 160 170 180 190
pF1KA1 GV-GEKFSTWEPTKREL-ELLKHNPKRRKITSNCT-IGLRGLINLGNTCFMNCIVQALTH
.. . :.. . ::.: : : : :.... : : :: ::::::::: :.:.:..
XP_016 NLENSAFTADRHKKRKLLENSTLNSKLLKVNGSTTAICATGLRNLGNTCFMNAILQSLSN
40 50 60 70 80 90
200 210 220 230 240
pF1KA1 T----------PL--LRDFFLSDRHRCEMQSPSS---CLVCEMSSLFQEFYSGHRSPHIP
: ::. . :. . .: .. :: :. . . ...: .. :
XP_016 IEQFCCYFKELPAVELRNGKTAGRRTYHTRSQGDNNVSLVEEFRKTLCALWQGSQTAFSP
100 110 120 130 140 150
250 260 270 280 290
pF1KA1 YKLLHLVWTHARHLAGYEQQDAHEFLIAALDVLHRHCKGDDNG--KKA--------NNPN
.:...:: .. ::.:::::::. :: :: . .: :: ..: . :
XP_016 ESLFYVVWKIMPNFRGYQQQDAHEFMRYLLDHLHLELQGGFNGVSRSAILQENSTLSASN
160 170 180 190 200 210
300 310 320 330 340
pF1KA1 HCNCI------IDQIFTGGLQSDVTCQVCHGVSTTIDPFWDISLDLPGSSTPFWPLSPGS
.: :: . :: : ::..:.: .: : .::: :.:::.: . : : :
XP_016 KC-CINGASTVVTAIFGGILQNEVNCLICGTESRKFDPFLDLSLDIP---SQFR--SKRS
220 230 240 250 260
350 360 370 380 390 400
pF1KA1 EGNVVNGESHVSGTTTLTDCLRRFTRPEHLGSSAKIKCSGCHSYQESTKQLTMKKLPIVA
. : :: . .: :::: :: :.: . : :.. :.:::.. ..::: :
XP_016 K-NQENGP-----VCSLRDCLRSFTDLEELDETELYMCHKCKKKQKSTKKFWIQKLPKVL
270 280 290 300 310 320
410 420 430 440 450 460
pF1KA1 CFHLKRFEHSAKLRRKITTYVSFPLE-LDMTPFMASSKESRMNGQYQQPTDSLNNDNKYS
:.:::::. .: :: :. ::: :::. ::: .. .: .: .. :.
XP_016 CLHLKRFHWTAYLRNKVDTYVEFPLRGLDMKCYLL------------EPENSGPESCLYD
330 340 350 360 370
470 480 490 500 510 520
pF1KA1 LFAVVNHQGT-LESGHYTSFIRQHKDQWFKCDDAIITKASIKDVLDSEGYLLFYHKQFLE
: ::: :.:. . :::::.. :. .::. .:. .: .. . :. ...:.:::
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380 390 400 410 420
pF1KA1 YE
XP_016 AGSDKL
430
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]