Result of FASTA (ccds) for
pFN21AE0195
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE0195, 410 aa
1>>>pF1KE0195 410 - 410 aa - 410 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.9888+/-0.000727; mu= 10.7978+/- 0.044
mean_var=125.0369+/-25.214, 0's: 0 Z-trim(113.3): 24 B-trim: 85 in 1/53
Lambda= 0.114698
statistics sampled from 13960 (13972) to 13960 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.773), E-opt: 0.2 (0.429), width: 16
Scan time: 3.540
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS14744.2 TEX28 gene_id:1527|Hs108|chrX ( 410) 2729 462.2 3.9e-130
CCDS33855.1 TMCC1 gene_id:23023|Hs108|chr3 ( 653) 409 78.5 2.1e-14
CCDS73010.1 TMCC2 gene_id:9911|Hs108|chr1 ( 469) 376 72.9 7e-13
CCDS76257.1 TMCC2 gene_id:9911|Hs108|chr1 ( 484) 376 72.9 7.2e-13
CCDS81418.1 TMCC2 gene_id:9911|Hs108|chr1 ( 514) 376 73.0 7.5e-13
CCDS55676.1 TMCC2 gene_id:9911|Hs108|chr1 ( 631) 376 73.0 8.9e-13
CCDS30984.1 TMCC2 gene_id:9911|Hs108|chr1 ( 709) 376 73.0 9.7e-13
>>CCDS14744.2 TEX28 gene_id:1527|Hs108|chrX (410 aa)
initn: 2729 init1: 2729 opt: 2729 Z-score: 2449.9 bits: 462.2 E(32554): 3.9e-130
Smith-Waterman score: 2729; 100.0% identity (100.0% similar) in 410 aa overlap (1-410:1-410)
10 20 30 40 50 60
pF1KE0 MVLKAEHTRSPSATLPSNVPSCRSLSSSEDGPSGPSSLADGGLAHNLQDSVRHRILYLSE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 MVLKAEHTRSPSATLPSNVPSCRSLSSSEDGPSGPSSLADGGLAHNLQDSVRHRILYLSE
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE0 QLRVEKASRDGNTVSYLKLVSKADRHQVPHIQQAFEKVNQRASATIAQIEHRLHQCHQQL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 QLRVEKASRDGNTVSYLKLVSKADRHQVPHIQQAFEKVNQRASATIAQIEHRLHQCHQQL
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE0 QELEEGCRPEGLLLMAESDPANCEPPSEKALLSEPPEPGGEDGPVNLPHASRPFILESRF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 QELEEGCRPEGLLLMAESDPANCEPPSEKALLSEPPEPGGEDGPVNLPHASRPFILESRF
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE0 QSLQQGTCLETEDVAQQQNLLLQKVKAELEEAKRFHISLQESYHSLKERSLTDLQLLLES
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 QSLQQGTCLETEDVAQQQNLLLQKVKAELEEAKRFHISLQESYHSLKERSLTDLQLLLES
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE0 LQEEKCRQALMEEQVNGRLQGQLNEIYNLKHNLACSEERMAYLSYERAKEIWEITETFKS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 LQEEKCRQALMEEQVNGRLQGQLNEIYNLKHNLACSEERMAYLSYERAKEIWEITETFKS
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KE0 RISKLEMLQQVTQLEAAEHLQSRPPQMLFKFLSPRLSLATVLLVFVSTLCACPSSLISSR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 RISKLEMLQQVTQLEAAEHLQSRPPQMLFKFLSPRLSLATVLLVFVSTLCACPSSLISSR
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410
pF1KE0 LCTCTMLMLIGLGVLAWQRWRAIPATDWQEWVPSRCRLYSKDSGPPADGP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 LCTCTMLMLIGLGVLAWQRWRAIPATDWQEWVPSRCRLYSKDSGPPADGP
370 380 390 400 410
>>CCDS33855.1 TMCC1 gene_id:23023|Hs108|chr3 (653 aa)
initn: 574 init1: 270 opt: 409 Z-score: 372.2 bits: 78.5 E(32554): 2.1e-14
Smith-Waterman score: 512; 30.5% identity (59.7% similar) in 407 aa overlap (51-383:237-641)
30 40 50 60 70 80
pF1KE0 SCRSLSSSEDGPSGPSSLADGGLAHNLQDSVRHRILYLSEQLRVEKASRDGNTVSYLKLV
....:: :.::... ...:: :.. ::::.
CCDS33 AVASSTDGSIHTDSVDGTPDPQRTKAAIAHLQQKILKLTEQIKIAQTARDDNVAEYLKLA
210 220 230 240 250 260
90 100 110 120
pF1KE0 SKADRHQVPHIQQAFEKVNQRASATIAQIEHRLHQCHQQLQELEEGCRP-----------
..::..:. .:.:.::: ::... :: :....:.. :..:.:.:.. :
CCDS33 NSADKQQAARIKQVFEKKNQKSAQTILQLQKKLEHYHRKLREVEQNGIPRQPKDVFRDMH
270 280 290 300 310 320
130 140 150 160
pF1KE0 --------------EGLLLMAE---SDPANCEPPSEKALLSEPPEP--------GGEDGP
::.. .. :. .. . :..:.: : :. :.
CCDS33 QGLKDVGAKVTGFSEGVVDSVKGGFSSFSQATHSAAGAVVSKPREIASLIRNKFGSADNI
330 340 350 360 370 380
170 180 190
pF1KE0 VNLPH---------ASRPFILESRFQSLQQ---------------GTCLETEDVA-----
:: :.. . . : ::: . :. : .:
CCDS33 PNLKDSLEEGQVDDAGKALGVISNFQSSPKYGSEEDCSSATSGSVGANSTTGGIAVGASS
390 400 410 420 430 440
200 210 220 230 240
pF1KE0 QQQNLLLQKVKA------ELEEAKRFHISLQESYHSLKERSLTDLQLLLESLQEEKCRQA
.. : : .. .. :..: .. . :.::...:::. : .:....::::. :
CCDS33 SKTNTLDMQSSGFDALLHEIQEIRETQARLEESFETLKEHYQRDYSLIMQTLQEERYRCE
450 460 470 480 490 500
250 260 270 280 290 300
pF1KE0 LMEEQVNGRLQGQLNEIYNLKHNLACSEERMAYLSYERAKEIWEITETFKSRISKLEMLQ
.:::.: . . ::: :::..:: ::..:: :::::..: : :. ..::::.:. :
CCDS33 RLEEQLNDLTELHQNEILNLKQELASMEEKIAYQSYERARDIQEALEACQTRISKMELQQ
510 520 530 540 550 560
310 320 330 340 350 360
pF1KE0 Q---VTQLEAAEHLQSRPPQMLFKFLSPRLSLATVLLVFVSTLCACPSSLISSRLCTCTM
: :.:::. :. .: ..: :... :.. .::::::::. : :...: : .
CCDS33 QQQQVVQLEGLENATAR--NLLGKLINILLAVMAVLLVFVSTVANCVVPLMKTRNRTFST
570 580 590 600 610 620
370 380 390 400 410
pF1KE0 LMLIGLGVLAWQRWRAIPATDWQEWVPSRCRLYSKDSGPPADGP
:.:. . .. :..: :.
CCDS33 LFLVVFIAFLWKHWDALFSYVERFFSSPR
630 640 650
>>CCDS73010.1 TMCC2 gene_id:9911|Hs108|chr1 (469 aa)
initn: 668 init1: 255 opt: 376 Z-score: 344.8 bits: 72.9 E(32554): 7e-13
Smith-Waterman score: 470; 28.0% identity (57.8% similar) in 422 aa overlap (49-394:50-469)
20 30 40 50 60 70
pF1KE0 VPSCRSLSSSEDGPSGPSSLADGGLAHNLQDSVRHRILYLSEQLRVEKASRDGNTVSYLK
: ....:: ..::...:. .:: :.. :::
CCDS73 LPAGHGDTDGPISLDVPDGAPDPQRTKAAIDHLHQKILKITEQIKIEQEARDDNVAEYLK
20 30 40 50 60 70
80 90 100 110 120 130
pF1KE0 LVSKADRHQVPHIQQAFEKVNQRASATIAQIEHRLHQCHQQLQELEEGC---RPE-----
:...::..:: .:.:.::: ::... ::::....:.. ...:.:.:.. .:.
CCDS73 LANNADKQQVSRIKQVFEKKNQKSAQTIAQLHKKLEHYRRRLKEIEQNGPSRQPKDVLRD
80 90 100 110 120 130
140 150 160
pF1KE0 ---------------------GLLLMAESDPANCEPPSEKALLSEPPEPGG---------
:.. .... .. .. :..:.: : ..
CCDS73 MQQGLKDVGANVRAGISGFGGGVVEGVKGSLSGLSQATHTAVVSKPREFASLIRNKFGSA
140 150 160 170 180 190
170 180 190
pF1KE0 ----------EDGPVNLP----HASRPFILESRFQSLQQGTCLETEDV------------
:::: . .: .. .. : .. . . ..
CCDS73 DNIAHLKDPLEDGPPEEAARALSGSATLVSSPKYGSDDECSSASASSAGAGSNSGAGPGG
200 210 220 230 240 250
200 210 220 230 240
pF1KE0 ---AQQQNLL------LQKVKAELEEAKRFHISLQESYHSLKERSLTDLQLLLESLQEEK
. ..: : :. . ::.: :. . :..:...:: . : . . ::::.
CCDS73 ALGSPKSNALYGAPGNLDALLEELREIKEGQSHLEDSMEDLKTQLQRDYTYMTQCLQEER
260 270 280 290 300 310
250 260 270 280 290 300
pF1KE0 CRQALMEEQVNGRLQGQLNEIYNLKHNLACSEERMAYLSYERAKEIWEITETFKSRISKL
: .:::.: . . ::. :::..:: ::..:: :::::..: : .:. .:..::
CCDS73 YRYERLEEQLNDLTELHQNEMTNLKQELASMEEKVAYQSYERARDIQEAVESCLTRVTKL
320 330 340 350 360 370
310 320 330 340 350 360
pF1KE0 EMLQQ---VTQLEAAEHLQSRPPQMLFKFLSPRLSLATVLLVFVSTLCACPSSLISSRLC
:. :: :.:::..:. ..: .: ::.. :.: .::::::::. . :...::
CCDS73 ELQQQQQQVVQLEGVENANAR--ALLGKFINVILALMAVLLVFVSTIANFITPLMKTRLR
380 390 400 410 420 430
370 380 390 400 410
pF1KE0 TCTMLMLIGLGVLAWQRWRAIPATDWQEWVPSRCRLYSKDSGPPADGP
. .:. . : :..: .. . .::
CCDS73 ITSTTLLVLVLFLLWKHWDSLTYLLEHVLLPS
440 450 460
>>CCDS76257.1 TMCC2 gene_id:9911|Hs108|chr1 (484 aa)
initn: 637 init1: 255 opt: 376 Z-score: 344.6 bits: 72.9 E(32554): 7.2e-13
Smith-Waterman score: 470; 28.0% identity (57.8% similar) in 422 aa overlap (49-394:65-484)
20 30 40 50 60 70
pF1KE0 VPSCRSLSSSEDGPSGPSSLADGGLAHNLQDSVRHRILYLSEQLRVEKASRDGNTVSYLK
: ....:: ..::...:. .:: :.. :::
CCDS76 LPAGHGDTDGPISLDVPDGAPDPQRTKAAIDHLHQKILKITEQIKIEQEARDDNVAEYLK
40 50 60 70 80 90
80 90 100 110 120 130
pF1KE0 LVSKADRHQVPHIQQAFEKVNQRASATIAQIEHRLHQCHQQLQELEEGC---RPE-----
:...::..:: .:.:.::: ::... ::::....:.. ...:.:.:.. .:.
CCDS76 LANNADKQQVSRIKQVFEKKNQKSAQTIAQLHKKLEHYRRRLKEIEQNGPSRQPKDVLRD
100 110 120 130 140 150
140 150 160
pF1KE0 ---------------------GLLLMAESDPANCEPPSEKALLSEPPEPGG---------
:.. .... .. .. :..:.: : ..
CCDS76 MQQGLKDVGANVRAGISGFGGGVVEGVKGSLSGLSQATHTAVVSKPREFASLIRNKFGSA
160 170 180 190 200 210
170 180 190
pF1KE0 ----------EDGPVNLP----HASRPFILESRFQSLQQGTCLETEDV------------
:::: . .: .. .. : .. . . ..
CCDS76 DNIAHLKDPLEDGPPEEAARALSGSATLVSSPKYGSDDECSSASASSAGAGSNSGAGPGG
220 230 240 250 260 270
200 210 220 230 240
pF1KE0 ---AQQQNLL------LQKVKAELEEAKRFHISLQESYHSLKERSLTDLQLLLESLQEEK
. ..: : :. . ::.: :. . :..:...:: . : . . ::::.
CCDS76 ALGSPKSNALYGAPGNLDALLEELREIKEGQSHLEDSMEDLKTQLQRDYTYMTQCLQEER
280 290 300 310 320 330
250 260 270 280 290 300
pF1KE0 CRQALMEEQVNGRLQGQLNEIYNLKHNLACSEERMAYLSYERAKEIWEITETFKSRISKL
: .:::.: . . ::. :::..:: ::..:: :::::..: : .:. .:..::
CCDS76 YRYERLEEQLNDLTELHQNEMTNLKQELASMEEKVAYQSYERARDIQEAVESCLTRVTKL
340 350 360 370 380 390
310 320 330 340 350 360
pF1KE0 EMLQQ---VTQLEAAEHLQSRPPQMLFKFLSPRLSLATVLLVFVSTLCACPSSLISSRLC
:. :: :.:::..:. ..: .: ::.. :.: .::::::::. . :...::
CCDS76 ELQQQQQQVVQLEGVENANAR--ALLGKFINVILALMAVLLVFVSTIANFITPLMKTRLR
400 410 420 430 440 450
370 380 390 400 410
pF1KE0 TCTMLMLIGLGVLAWQRWRAIPATDWQEWVPSRCRLYSKDSGPPADGP
. .:. . : :..: .. . .::
CCDS76 ITSTTLLVLVLFLLWKHWDSLTYLLEHVLLPS
460 470 480
>>CCDS81418.1 TMCC2 gene_id:9911|Hs108|chr1 (514 aa)
initn: 668 init1: 255 opt: 376 Z-score: 344.2 bits: 73.0 E(32554): 7.5e-13
Smith-Waterman score: 470; 28.0% identity (57.8% similar) in 422 aa overlap (49-394:95-514)
20 30 40 50 60 70
pF1KE0 VPSCRSLSSSEDGPSGPSSLADGGLAHNLQDSVRHRILYLSEQLRVEKASRDGNTVSYLK
: ....:: ..::...:. .:: :.. :::
CCDS81 LPAGHGDTDGPISLDVPDGAPDPQRTKAAIDHLHQKILKITEQIKIEQEARDDNVAEYLK
70 80 90 100 110 120
80 90 100 110 120 130
pF1KE0 LVSKADRHQVPHIQQAFEKVNQRASATIAQIEHRLHQCHQQLQELEEGC---RPE-----
:...::..:: .:.:.::: ::... ::::....:.. ...:.:.:.. .:.
CCDS81 LANNADKQQVSRIKQVFEKKNQKSAQTIAQLHKKLEHYRRRLKEIEQNGPSRQPKDVLRD
130 140 150 160 170 180
140 150 160
pF1KE0 ---------------------GLLLMAESDPANCEPPSEKALLSEPPEPGG---------
:.. .... .. .. :..:.: : ..
CCDS81 MQQGLKDVGANVRAGISGFGGGVVEGVKGSLSGLSQATHTAVVSKPREFASLIRNKFGSA
190 200 210 220 230 240
170 180 190
pF1KE0 ----------EDGPVNLP----HASRPFILESRFQSLQQGTCLETEDV------------
:::: . .: .. .. : .. . . ..
CCDS81 DNIAHLKDPLEDGPPEEAARALSGSATLVSSPKYGSDDECSSASASSAGAGSNSGAGPGG
250 260 270 280 290 300
200 210 220 230 240
pF1KE0 ---AQQQNLL------LQKVKAELEEAKRFHISLQESYHSLKERSLTDLQLLLESLQEEK
. ..: : :. . ::.: :. . :..:...:: . : . . ::::.
CCDS81 ALGSPKSNALYGAPGNLDALLEELREIKEGQSHLEDSMEDLKTQLQRDYTYMTQCLQEER
310 320 330 340 350 360
250 260 270 280 290 300
pF1KE0 CRQALMEEQVNGRLQGQLNEIYNLKHNLACSEERMAYLSYERAKEIWEITETFKSRISKL
: .:::.: . . ::. :::..:: ::..:: :::::..: : .:. .:..::
CCDS81 YRYERLEEQLNDLTELHQNEMTNLKQELASMEEKVAYQSYERARDIQEAVESCLTRVTKL
370 380 390 400 410 420
310 320 330 340 350 360
pF1KE0 EMLQQ---VTQLEAAEHLQSRPPQMLFKFLSPRLSLATVLLVFVSTLCACPSSLISSRLC
:. :: :.:::..:. ..: .: ::.. :.: .::::::::. . :...::
CCDS81 ELQQQQQQVVQLEGVENANAR--ALLGKFINVILALMAVLLVFVSTIANFITPLMKTRLR
430 440 450 460 470 480
370 380 390 400 410
pF1KE0 TCTMLMLIGLGVLAWQRWRAIPATDWQEWVPSRCRLYSKDSGPPADGP
. .:. . : :..: .. . .::
CCDS81 ITSTTLLVLVLFLLWKHWDSLTYLLEHVLLPS
490 500 510
>>CCDS55676.1 TMCC2 gene_id:9911|Hs108|chr1 (631 aa)
initn: 663 init1: 255 opt: 376 Z-score: 342.9 bits: 73.0 E(32554): 8.9e-13
Smith-Waterman score: 470; 28.0% identity (57.8% similar) in 422 aa overlap (49-394:212-631)
20 30 40 50 60 70
pF1KE0 VPSCRSLSSSEDGPSGPSSLADGGLAHNLQDSVRHRILYLSEQLRVEKASRDGNTVSYLK
: ....:: ..::...:. .:: :.. :::
CCDS55 LPAGHGDTDGPISLDVPDGAPDPQRTKAAIDHLHQKILKITEQIKIEQEARDDNVAEYLK
190 200 210 220 230 240
80 90 100 110 120 130
pF1KE0 LVSKADRHQVPHIQQAFEKVNQRASATIAQIEHRLHQCHQQLQELEEGC---RPE-----
:...::..:: .:.:.::: ::... ::::....:.. ...:.:.:.. .:.
CCDS55 LANNADKQQVSRIKQVFEKKNQKSAQTIAQLHKKLEHYRRRLKEIEQNGPSRQPKDVLRD
250 260 270 280 290 300
140 150 160
pF1KE0 ---------------------GLLLMAESDPANCEPPSEKALLSEPPEPGG---------
:.. .... .. .. :..:.: : ..
CCDS55 MQQGLKDVGANVRAGISGFGGGVVEGVKGSLSGLSQATHTAVVSKPREFASLIRNKFGSA
310 320 330 340 350 360
170 180 190
pF1KE0 ----------EDGPVNLP----HASRPFILESRFQSLQQGTCLETEDV------------
:::: . .: .. .. : .. . . ..
CCDS55 DNIAHLKDPLEDGPPEEAARALSGSATLVSSPKYGSDDECSSASASSAGAGSNSGAGPGG
370 380 390 400 410 420
200 210 220 230 240
pF1KE0 ---AQQQNLL------LQKVKAELEEAKRFHISLQESYHSLKERSLTDLQLLLESLQEEK
. ..: : :. . ::.: :. . :..:...:: . : . . ::::.
CCDS55 ALGSPKSNALYGAPGNLDALLEELREIKEGQSHLEDSMEDLKTQLQRDYTYMTQCLQEER
430 440 450 460 470 480
250 260 270 280 290 300
pF1KE0 CRQALMEEQVNGRLQGQLNEIYNLKHNLACSEERMAYLSYERAKEIWEITETFKSRISKL
: .:::.: . . ::. :::..:: ::..:: :::::..: : .:. .:..::
CCDS55 YRYERLEEQLNDLTELHQNEMTNLKQELASMEEKVAYQSYERARDIQEAVESCLTRVTKL
490 500 510 520 530 540
310 320 330 340 350 360
pF1KE0 EMLQQ---VTQLEAAEHLQSRPPQMLFKFLSPRLSLATVLLVFVSTLCACPSSLISSRLC
:. :: :.:::..:. ..: .: ::.. :.: .::::::::. . :...::
CCDS55 ELQQQQQQVVQLEGVENANAR--ALLGKFINVILALMAVLLVFVSTIANFITPLMKTRLR
550 560 570 580 590
370 380 390 400 410
pF1KE0 TCTMLMLIGLGVLAWQRWRAIPATDWQEWVPSRCRLYSKDSGPPADGP
. .:. . : :..: .. . .::
CCDS55 ITSTTLLVLVLFLLWKHWDSLTYLLEHVLLPS
600 610 620 630
>>CCDS30984.1 TMCC2 gene_id:9911|Hs108|chr1 (709 aa)
initn: 663 init1: 255 opt: 376 Z-score: 342.2 bits: 73.0 E(32554): 9.7e-13
Smith-Waterman score: 470; 28.0% identity (57.8% similar) in 422 aa overlap (49-394:290-709)
20 30 40 50 60 70
pF1KE0 VPSCRSLSSSEDGPSGPSSLADGGLAHNLQDSVRHRILYLSEQLRVEKASRDGNTVSYLK
: ....:: ..::...:. .:: :.. :::
CCDS30 LPAGHGDTDGPISLDVPDGAPDPQRTKAAIDHLHQKILKITEQIKIEQEARDDNVAEYLK
260 270 280 290 300 310
80 90 100 110 120 130
pF1KE0 LVSKADRHQVPHIQQAFEKVNQRASATIAQIEHRLHQCHQQLQELEEGC---RPE-----
:...::..:: .:.:.::: ::... ::::....:.. ...:.:.:.. .:.
CCDS30 LANNADKQQVSRIKQVFEKKNQKSAQTIAQLHKKLEHYRRRLKEIEQNGPSRQPKDVLRD
320 330 340 350 360 370
140 150 160
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