Result of FASTA (ccds) for
pFN21AB3558
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB3558, 333 aa
1>>>pF1KB3558 333 - 333 aa - 333 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.6081+/-0.000809; mu= 15.4896+/- 0.049
mean_var=94.6433+/-18.329, 0's: 0 Z-trim(110.9): 190 B-trim: 0 in 0/51
Lambda= 0.131835
statistics sampled from 11723 (11936) to 11723 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.732), E-opt: 0.2 (0.367), width: 16
Scan time: 2.890
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS13805.1 RAB36 gene_id:9609|Hs108|chr22 ( 333) 2206 429.5 1.9e-120
CCDS11240.1 RAB34 gene_id:83871|Hs108|chr17 ( 259) 983 196.8 1.6e-50
CCDS45636.1 RAB34 gene_id:83871|Hs108|chr17 ( 251) 905 181.9 4.7e-46
CCDS54101.1 RAB34 gene_id:83871|Hs108|chr17 ( 268) 787 159.5 2.8e-39
CCDS58536.1 RAB34 gene_id:83871|Hs108|chr17 ( 237) 745 151.5 6.5e-37
CCDS1058.1 RAB13 gene_id:5872|Hs108|chr1 ( 203) 415 88.6 4.6e-18
CCDS4962.1 RAB23 gene_id:51715|Hs108|chr6 ( 237) 405 86.8 1.9e-17
CCDS9570.1 RAB2B gene_id:84932|Hs108|chr14 ( 216) 400 85.8 3.4e-17
CCDS12201.1 RAB11B gene_id:9230|Hs108|chr19 ( 218) 392 84.3 1e-16
CCDS8224.1 RAB6A gene_id:5870|Hs108|chr11 ( 208) 390 83.9 1.3e-16
CCDS8223.1 RAB6A gene_id:5870|Hs108|chr11 ( 208) 385 82.9 2.4e-16
CCDS41846.1 RAB35 gene_id:11021|Hs108|chr12 ( 201) 382 82.4 3.5e-16
CCDS3082.1 RAB6B gene_id:51560|Hs108|chr3 ( 208) 382 82.4 3.6e-16
CCDS33030.1 RAB4B gene_id:53916|Hs108|chr19 ( 213) 382 82.4 3.7e-16
CCDS31613.1 RAB1B gene_id:81876|Hs108|chr11 ( 201) 371 80.3 1.5e-15
CCDS46306.1 RAB1A gene_id:5861|Hs108|chr2 ( 205) 370 80.1 1.7e-15
CCDS76691.1 RAB15 gene_id:376267|Hs108|chr14 ( 212) 369 79.9 2e-15
CCDS6827.1 RAB14 gene_id:51552|Hs108|chr9 ( 215) 368 79.7 2.3e-15
CCDS10212.1 RAB11A gene_id:8766|Hs108|chr15 ( 216) 367 79.5 2.7e-15
CCDS44803.1 CRACR2A gene_id:84766|Hs108|chr12 ( 731) 373 81.1 3e-15
CCDS6175.1 RAB2A gene_id:5862|Hs108|chr8 ( 212) 366 79.3 3e-15
CCDS31050.1 RAB4A gene_id:5867|Hs108|chr1 ( 218) 364 79.0 4e-15
CCDS10183.1 RAB8B gene_id:51762|Hs108|chr15 ( 207) 362 78.6 5e-15
CCDS8264.1 RAB30 gene_id:27314|Hs108|chr11 ( 203) 354 77.0 1.4e-14
CCDS1720.1 RAB10 gene_id:10890|Hs108|chr2 ( 200) 351 76.5 2.1e-14
CCDS33850.1 RAB43 gene_id:339122|Hs108|chr3 ( 212) 351 76.5 2.2e-14
CCDS12339.1 RAB8A gene_id:4218|Hs108|chr19 ( 207) 348 75.9 3.2e-14
CCDS11703.1 RAB37 gene_id:326624|Hs108|chr17 ( 216) 348 75.9 3.3e-14
CCDS54161.1 RAB37 gene_id:326624|Hs108|chr17 ( 228) 347 75.8 3.9e-14
CCDS82198.1 RAB37 gene_id:326624|Hs108|chr17 ( 196) 342 74.7 6.7e-14
CCDS32722.1 RAB37 gene_id:326624|Hs108|chr17 ( 223) 342 74.8 7.4e-14
CCDS34300.1 RAB24 gene_id:53917|Hs108|chr5 ( 203) 341 74.6 7.9e-14
CCDS6662.1 RASEF gene_id:158158|Hs108|chr9 ( 740) 347 76.2 9.3e-14
CCDS58373.1 RAB11A gene_id:8766|Hs108|chr15 ( 155) 336 73.5 1.2e-13
CCDS82514.1 WTH3DI gene_id:150786|Hs108|chr2 ( 254) 338 74.1 1.4e-13
CCDS46408.1 RAB6C gene_id:84084|Hs108|chr2 ( 254) 337 73.9 1.6e-13
CCDS41413.1 RAB25 gene_id:57111|Hs108|chr1 ( 213) 336 73.6 1.6e-13
CCDS42410.1 RAB12 gene_id:201475|Hs108|chr18 ( 244) 334 73.3 2.3e-13
CCDS34762.2 RAB19 gene_id:401409|Hs108|chr7 ( 217) 331 72.7 3.1e-13
CCDS11419.1 RAB5C gene_id:5878|Hs108|chr17 ( 216) 330 72.5 3.5e-13
CCDS53836.1 RAB35 gene_id:11021|Hs108|chr12 ( 152) 328 72.0 3.5e-13
CCDS7155.1 RAB18 gene_id:22931|Hs108|chr10 ( 206) 329 72.3 3.9e-13
CCDS58551.1 RAB5C gene_id:5878|Hs108|chr17 ( 249) 330 72.6 3.9e-13
CCDS9003.1 RAB21 gene_id:23011|Hs108|chr12 ( 225) 325 71.6 7e-13
CCDS10460.1 RAB26 gene_id:25837|Hs108|chr16 ( 256) 324 71.4 8.8e-13
CCDS35322.2 RAB41 gene_id:347517|Hs108|chrX ( 221) 320 70.6 1.3e-12
CCDS8900.1 RAB5B gene_id:5869|Hs108|chr12 ( 215) 319 70.4 1.5e-12
CCDS12257.1 RAB3D gene_id:9545|Hs108|chr19 ( 219) 319 70.4 1.5e-12
CCDS12372.1 RAB3A gene_id:5864|Hs108|chr19 ( 220) 319 70.4 1.5e-12
CCDS58155.1 RAB6A gene_id:5870|Hs108|chr11 ( 175) 317 69.9 1.7e-12
>>CCDS13805.1 RAB36 gene_id:9609|Hs108|chr22 (333 aa)
initn: 2206 init1: 2206 opt: 2206 Z-score: 2276.0 bits: 429.5 E(32554): 1.9e-120
Smith-Waterman score: 2206; 100.0% identity (100.0% similar) in 333 aa overlap (1-333:1-333)
10 20 30 40 50 60
pF1KB3 MVIAGASWMLGRAAASPTQTPPTTSTIRVARRSRVALVAMVIAAAGSGGPGRAEPQLSQP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 MVIAGASWMLGRAAASPTQTPPTTSTIRVARRSRVALVAMVIAAAGSGGPGRAEPQLSQP
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB3 SLDCGRMRSSLTPLGPPVSRDRVIASFPKWYTPEACLQLREHFHGQVSAACQRRNTGTVG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 SLDCGRMRSSLTPLGPPVSRDRVIASFPKWYTPEACLQLREHFHGQVSAACQRRNTGTVG
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB3 LKLSKVVVVGDLYVGKTSLIHRFCKNVFDRDYKATIGVDFEIERFEIAGIPYSLQIWDTA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 LKLSKVVVVGDLYVGKTSLIHRFCKNVFDRDYKATIGVDFEIERFEIAGIPYSLQIWDTA
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB3 GQEKFKCIASAYYRGAQVIITAFDLTDVQTLEHTRQWLEDALRENEAGSCFIFLVGTKKD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 GQEKFKCIASAYYRGAQVIITAFDLTDVQTLEHTRQWLEDALRENEAGSCFIFLVGTKKD
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB3 LLSGAACEQAEADAVHLAREMQAEYWSVSAKTGENVKAFFSRVAALAFEQSVLQDLERQS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 LLSGAACEQAEADAVHLAREMQAEYWSVSAKTGENVKAFFSRVAALAFEQSVLQDLERQS
250 260 270 280 290 300
310 320 330
pF1KB3 SARLQVGNGDLIQMEGSPPETQESKRPSSLGCC
:::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 SARLQVGNGDLIQMEGSPPETQESKRPSSLGCC
310 320 330
>>CCDS11240.1 RAB34 gene_id:83871|Hs108|chr17 (259 aa)
initn: 1002 init1: 961 opt: 983 Z-score: 1020.3 bits: 196.8 E(32554): 1.6e-50
Smith-Waterman score: 983; 56.9% identity (81.5% similar) in 260 aa overlap (77-333:6-258)
50 60 70 80 90 100
pF1KB3 SGGPGRAEPQLSQPSLDCGRMRSSLTPLGPPVSRDRVIASFPKWYTPEACLQLREHFHGQ
:: ::::.: .:. :: :. .. :: .
CCDS11 MNILAPVRRDRVLAELPQCLRKEAALHGHKDFHPR
10 20 30
110 120 130 140 150 160
pF1KB3 VSAACQRRNTGTVGLKLSKVVVVGDLYVGKTSLIHRFCKNVFDRDYKATIGVDFEIERFE
:. :::.. :::::.:.:::.::::: :::: ::.::::..::..::::::::::.::::
CCDS11 VTCACQEHRTGTVGFKISKVIVVGDLSVGKTCLINRFCKDTFDKNYKATIGVDFEMERFE
40 50 60 70 80 90
170 180 190 200 210 220
pF1KB3 IAGIPYSLQIWDTAGQEKFKCIASAYYRGAQVIITAFDLTDVQTLEHTRQWLEDALRENE
. :::.:::.:::::::.::::::.::::::.:: .:.:.:: .::::.::: :::.::.
CCDS11 VLGIPFSLQLWDTAGQERFKCIASTYYRGAQAIIIVFNLNDVASLEHTKQWLADALKEND
100 110 120 130 140 150
230 240 250 260 270 280
pF1KB3 AGSCFIFLVGTKKDLLSGAACEQAEADAVHLAREMQAEYWSVSAKTGENVKAFFSRVAAL
.: ..::::.:::: . : : ::...:.::.::::.::. :::::. :: :::::
CCDS11 PSSVLLFLVGSKKDLSTPAQYALMEKDALQVAQEMKAEYWAVSSLTGENVREFFFRVAAL
160 170 180 190 200 210
290 300 310 320 330
pF1KB3 AFEQSVLQDLERQSSARLQVGNGDLIQMEGSPPE---TQESKRPSSLGCC
.:: .:: .::.... :. ::....... . : .:.:. ::
CCDS11 TFEANVLAELEKSGARRI----GDVVRINSDDSNLYLTASKKKPT---CCP
220 230 240 250
>>CCDS45636.1 RAB34 gene_id:83871|Hs108|chr17 (251 aa)
initn: 953 init1: 726 opt: 905 Z-score: 940.3 bits: 181.9 E(32554): 4.7e-46
Smith-Waterman score: 927; 54.6% identity (80.0% similar) in 260 aa overlap (77-333:6-250)
50 60 70 80 90 100
pF1KB3 SGGPGRAEPQLSQPSLDCGRMRSSLTPLGPPVSRDRVIASFPKWYTPEACLQLREHFHGQ
:: ::::.: .:. :: :. .. :: .
CCDS45 MNILAPVRRDRVLAELPQCLRKEAALHGHKDFHPR
10 20 30
110 120 130 140 150 160
pF1KB3 VSAACQRRNTGTVGLKLSKVVVVGDLYVGKTSLIHRFCKNVFDRDYKATIGVDFEIERFE
:. :::.. :::::.:.:::.::::: :::: ::.::::..::..::::::::::.::::
CCDS45 VTCACQEHRTGTVGFKISKVIVVGDLSVGKTCLINRFCKDTFDKNYKATIGVDFEMERFE
40 50 60 70 80 90
170 180 190 200 210 220
pF1KB3 IAGIPYSLQIWDTAGQEKFKCIASAYYRGAQVIITAFDLTDVQTLEHTRQWLEDALRENE
. :::.:::.:::::::.::::::.::::::.:: .:.:.:: .::::.::: :::.::.
CCDS45 VLGIPFSLQLWDTAGQERFKCIASTYYRGAQAIIIVFNLNDVASLEHTKQWLADALKEND
100 110 120 130 140 150
230 240 250 260 270 280
pF1KB3 AGSCFIFLVGTKKDLLSGAACEQAEADAVHLAREMQAEYWSVSAKTGENVKAFFSRVAAL
.: ..::. .. :. : ::...:.::.::::.::. :::::. :: :::::
CCDS45 PSSVLLFLTPAQYALM--------EKDALQVAQEMKAEYWAVSSLTGENVREFFFRVAAL
160 170 180 190 200
290 300 310 320 330
pF1KB3 AFEQSVLQDLERQSSARLQVGNGDLIQMEGSPPE---TQESKRPSSLGCC
.:: .:: .::.... :. ::....... . : .:.:. ::
CCDS45 TFEANVLAELEKSGARRI----GDVVRINSDDSNLYLTASKKKPT---CCP
210 220 230 240 250
>>CCDS54101.1 RAB34 gene_id:83871|Hs108|chr17 (268 aa)
initn: 775 init1: 647 opt: 787 Z-score: 818.6 bits: 159.5 E(32554): 2.8e-39
Smith-Waterman score: 787; 58.8% identity (79.9% similar) in 204 aa overlap (60-262:51-249)
30 40 50 60 70 80
pF1KB3 ARRSRVALVAMVIAAAGSGGPGRAEPQLSQPSLDCGRMRSSLTPLGPPVSRDRVIASFPK
: ::: . :: ::::.: .:.
CCDS54 LSPFPLPAGSWHRQMLRSSLRFPITNSAGAPCKAAGRMN-----ILAPVRRDRVLAELPQ
30 40 50 60 70
90 100 110 120 130 140
pF1KB3 WYTPEACLQLREHFHGQVSAACQRRNTGTVG-LKLSKVVVVGDLYVGKTSLIHRFCKNVF
:: :. .. :: .:. :::.. ::::: .:.:::.::::: :::: ::.::::..:
CCDS54 CLRKEAALHGHKDFHPRVTCACQEHRTGTVGRFKISKVIVVGDLSVGKTCLINRFCKDTF
80 90 100 110 120 130
150 160 170 180 190 200
pF1KB3 DRDYKATIGVDFEIERFEIAGIPYSLQIWDTAGQEKFKCIASAYYRGAQVIITAFDLTDV
:..::::::::::.::::. :::.:::.:::::::.::::::.::::::.:: .:.:.::
CCDS54 DKNYKATIGVDFEMERFEVLGIPFSLQLWDTAGQERFKCIASTYYRGAQAIIIVFNLNDV
140 150 160 170 180 190
210 220 230 240 250 260
pF1KB3 QTLEHTRQWLEDALRENEAGSCFIFLVGTKKDLLSGAACEQAEADAVHLAREMQAEYWSV
.::::.::: :::.::. .: ..::::.:::: . : : ::...:.::.
CCDS54 ASLEHTKQWLADALKENDPSSVLLFLVGSKKDLSTPAQYALMEKDALQVAQEMKTVQRLP
200 210 220 230 240 250
270 280 290 300 310 320
pF1KB3 SAKTGENVKAFFSRVAALAFEQSVLQDLERQSSARLQVGNGDLIQMEGSPPETQESKRPS
CCDS54 SPRALCHPHSSRA
260
>>CCDS58536.1 RAB34 gene_id:83871|Hs108|chr17 (237 aa)
initn: 871 init1: 720 opt: 745 Z-score: 776.2 bits: 151.5 E(32554): 6.5e-37
Smith-Waterman score: 830; 50.8% identity (73.8% similar) in 260 aa overlap (77-333:6-236)
50 60 70 80 90 100
pF1KB3 SGGPGRAEPQLSQPSLDCGRMRSSLTPLGPPVSRDRVIASFPKWYTPEACLQLREHFHGQ
:: ::::.: .:. :: :. .. :: .
CCDS58 MNILAPVRRDRVLAELPQCLRKEAALHGHKDFHPR
10 20 30
110 120 130 140 150 160
pF1KB3 VSAACQRRNTGTVGLKLSKVVVVGDLYVGKTSLIHRFCKNVFDRDYKATIGVDFEIERFE
:. :::.. ::::: :::..::..::::::::::.::::
CCDS58 VTCACQEHRTGTVG----------------------FCKDTFDKNYKATIGVDFEMERFE
40 50 60 70
170 180 190 200 210 220
pF1KB3 IAGIPYSLQIWDTAGQEKFKCIASAYYRGAQVIITAFDLTDVQTLEHTRQWLEDALRENE
. :::.:::.:::::::.::::::.::::::.:: .:.:.:: .::::.::: :::.::.
CCDS58 VLGIPFSLQLWDTAGQERFKCIASTYYRGAQAIIIVFNLNDVASLEHTKQWLADALKEND
80 90 100 110 120 130
230 240 250 260 270 280
pF1KB3 AGSCFIFLVGTKKDLLSGAACEQAEADAVHLAREMQAEYWSVSAKTGENVKAFFSRVAAL
.: ..::::.:::: . : : ::...:.::.::::.::. :::::. :: :::::
CCDS58 PSSVLLFLVGSKKDLSTPAQYALMEKDALQVAQEMKAEYWAVSSLTGENVREFFFRVAAL
140 150 160 170 180 190
290 300 310 320 330
pF1KB3 AFEQSVLQDLERQSSARLQVGNGDLIQMEGSPPE---TQESKRPSSLGCC
.:: .:: .::.... :. ::....... . : .:.:. ::
CCDS58 TFEANVLAELEKSGARRI----GDVVRINSDDSNLYLTASKKKPT---CCP
200 210 220 230
>>CCDS1058.1 RAB13 gene_id:5872|Hs108|chr1 (203 aa)
initn: 384 init1: 334 opt: 415 Z-score: 437.9 bits: 88.6 E(32554): 4.6e-18
Smith-Waterman score: 420; 38.2% identity (67.8% similar) in 199 aa overlap (123-321:8-187)
100 110 120 130 140 150
pF1KB3 PEACLQLREHFHGQVSAACQRRNTGTVGLKLSKVVVVGDLYVGKTSLIHRFCKNVFDRDY
: :....:: :::: :: :: .. :. :
CCDS10 MAKAYDHLFKLLLIGDSGVGKTCLIIRFAEDNFNNTY
10 20 30
160 170 180 190 200 210
pF1KB3 KATIGVDFEIERFEIAGIPYSLQIWDTAGQEKFKCIASAYYRGAQVIITAFDLTDVQTLE
.:::.::.:. .: : .::.:::::::.:: :..::::::. :: ..:.:: ...:
CCDS10 ISTIGIDFKIRTVDIEGKKIKLQVWDTAGQERFKTITTAYYRGAMGIILVYDITDEKSFE
40 50 60 70 80 90
220 230 240 250 260 270
pF1KB3 HTRQWLEDALRENEAGSCFIFLVGTKKDLLSGAACEQAEADAVHLAREMQAEYWSVSAKT
. ..:.. ...:: ... .:.:.: :. . .. .:: .:::: ... .:::.
CCDS10 NIQNWMK-SIKENASAGVERLLLGNKCDMEAKRKVQKEQAD--KLAREHGIRFFETSAKS
100 110 120 130 140 150
280 290 300 310 320 330
pF1KB3 GENVKAFFSRVAALAFEQSVLQDLERQSSARLQVGNGDLIQMEGSPPETQESKRPSSLGC
. :: :: .: .:. .:..: . :::. .:: :
CCDS10 SMNVDEAFSSLA---------RDILLKSGGR-RSGNGN------KPPSTDLKTCDKKNTN
160 170 180 190
pF1KB3 C
CCDS10 KCSLG
200
>>CCDS4962.1 RAB23 gene_id:51715|Hs108|chr6 (237 aa)
initn: 356 init1: 325 opt: 405 Z-score: 426.7 bits: 86.8 E(32554): 1.9e-17
Smith-Waterman score: 407; 34.5% identity (65.1% similar) in 229 aa overlap (125-332:11-234)
100 110 120 130 140 150
pF1KB3 ACLQLREHFHGQVSAACQRRNTGTVGLKLSKVVVVGDLYVGKTSLIHRFCKNVFDRDYKA
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160 170 180 190 200 210
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:::::: ..... :..:::::::.: :..:::::::. . .:. :: ...: .
CCDS49 TIGVDFLERQIQVNDEDVRLMLWDTAGQEEFDAITKAYYRGAQACVLVFSTTDRESFEAV
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CCDS49 SSWREKVV--AEVGDIPTVLVQNKIDLLDDSCIKNEEAEA--LAKRLKLRFYRTSVKEDL
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::. :. .: ..:.. .: : ..:: .. : : ::.:.
CCDS49 NVNEVFKYLAEKYLQKLKQQIAEDPELTHSSSNKIGVFNTSGGSHSGQNSGTLNGGDVIN
160 170 180 190 200 210
320 330
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.. . .:.... : : .:
CCDS49 LRPNKQRTKKNRNPFS-SCSIP
220 230
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. ::. : .: .. :. : :.. .... ...: . :. .: .:...: :
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330
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. :::
CCDS95 NSGCC
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pF1KB3 KATIGVDFEIERFEIAGIPYSLQIWDTAGQEKFKCIASAYYRGAQVIITAFDLTDVQTLE
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CCDS12 KSTIGVEFATRSIQVDGKTIKAQIWDTAGQERYRAITSAYYRGAVGALLVYDIAKHLTYE
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pF1KB3 HTRQWLEDALRENEAGSCFIFLVGTKKDLLSGAACEQAEADAVHLAREMQAEYWSVSAKT
....::.. ::.. .. :.:::.:.:: : :: : .:.. . . .::
CCDS12 NVERWLKE-LRDHADSNIVIMLVGNKSDLRHLRAVPTDEARA--FAEKNNLSFIETSALD
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. ::. :. . . .. ... ... . :: ..... : : : ....:..: :
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160 170 180 190 200 210
pF1KB3 C
:
CCDS12 CQNL
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CCDS82 MSTGGDFGNPLRKFKLVFLGEQSVGKTSLITRFMYDSFDN
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CCDS82 TYQATIGIDFLSKTMYLEDRTVRLQLWDTAGQERFRSLIPSYIRDSTVAVVVYDITNVNS
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CCDS82 KAGYNVKQLFRRVAAALPGMESTQDRSRE----------DMIDIKLEKPQEQ----PVSE
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: :
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]